生物软件汇总
521生物软件汇总
1.三维分子类
RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构
RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件
CHIME：直接在浏览器中观看3D分子
MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序
Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子
Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具
ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示
CN3D：3D分子结构观察软件
WPDB：PDB文件检索显示分析软件
DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序
Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具
gopenmol：显示并分析分子结构及其特性
POV-Rayv：生成三维图像工具软件
MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件
Mol2Mol：分子文件格式转换软件
PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件
Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图
PLATON：通用结晶学软件工具
Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件
Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件
Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件
DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件
StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件
JMVC：使用JA V A技术编写的三维分子查看器
ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件
Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包
Moilin：分子构建与观察软件
Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模
Biodesigner：免费的分子建模与显示软件
MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件
Viewer Activex Control：三维分子显示控件
MarvinView：JA V A语言编写的化学分子二维与三维显示程序
ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件
Amira：高等三维显示建模系统
AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具
Visualize：分子建模和研究软件包
ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具
Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件
2.DNA分析
DNAClub：DNA处理软件
JaMBW：分子生物学软件包
DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件
RESTRICTION ANAL YSIS：限制酶消化工具
ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件
Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件
Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具
DNAProbe：核苷酸序列设计工具
DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件
DFW：DNA分析软件
Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’
ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器
GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析
RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件
Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件
基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件
MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JA V A语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件
Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件
3.RNA分析
RNAdraw：RNA二级结构分析软件
RNAstructure：预测RNA 级结构图
RnaViz：RNA二级结构图绘制程序
4.蛋白质分析
ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包
pSAAM：蛋白序列分析软件包
VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件
aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包
5.生化教学
mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来
linpath.zip：线性酶反应模拟软件
protlab：蛋白质纯化仿真软件
MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序
Biochem：生化教学文件
photo：光合作用教学程序
Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示
Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序
6.生化工程
brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件
BioStat：BioStatB发酵罐控制程序
PenSimv：青霉素发酵模拟软件
BioProSim：发酵实时模拟软件
7.序列格式转换
vised：序列输入分析和格式转换软件
ForCon：多序列文件格式转换软件
SeqVerter：序列格式转换软件
GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件
FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件
8.引物分析
primer Premier 5.0：引物设计工具
Oligo：引物分析著名软件
Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序
9.序列综合分析
pcgene：分子生物应用软件
MACAW：多序列构建与分析软件
Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件
Clustal X：ClustalWWindows界面程序
FASTA：数据库中查找同源序列软件
GeneDoc：对序列进行相关分析等操作
BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件
SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件
K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件
DAMBE：综合性序列工具软件
LaserGene：综合性序列工具软件
SeaView：图形化多序列队列编辑器
Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器
DNASIS：序列综合分析工具
Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具
Vector NTIViewer：载体查看软件
Jellyfish：多功能序列分析软件
ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件
Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件
SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合
Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件
Staden：综合序列分析工具软件包
Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序
ISYS：NCGR开发的用JA V A语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件
Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件
PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件
10.进化树分析
phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树
TreeView：进化树处理软件
GeneTree：比较基因与种系进化树的程序
NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序
TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序
Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件
Phyltools：计算与处理进化树数据的软件
tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具
ATV：JA V A语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包
ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件
11.质粒绘图
Plasmid Processor：绘制质粒图软件
Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者
WinPlas：质粒绘图软件商业版
DMUP：环状质粒绘图软件测试版
Plasmid Toolkit：质粒绘制软件
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件
12.图像处理
Image Tool：科学用途的处理图像软件
Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件
Cross Checker：基因指纹图分析软件
ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件
Band Leader：凝胶图像处理软件
Scion lmage：图像处理与分析工具
OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件
Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器
Smart Draw：流程图绘制软件演示版
GIMPWin：图像处理自由软件
ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件
bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件
SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版
SigmaGel：凝胶图像分析软件
TotalLab：图像分析软件
Lablmage：凝胶图像分析软件
GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JA V A软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JA V A软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件
13.数据处理
CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件
Cliekh Graph：实验数据作图软件
Statistica：专业统计软件
GraphPad PRISM：著名的数据处理软件
NoSA：中文非典型数据统计分析系统
CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件
SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版
PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件
TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件
TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件
SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DA Tb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件
数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件
14.检索与阅读
PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件
PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序
PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器
Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件
EndNote：专业参考文献查询软件
Reference Manager：专业参考文献查询软件
Procite：参考资料检索管理软件
Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件
MiniViewer：数图阅览器
Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件
Refs：参考文献管理软件
Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件
paperworks：免费的参考文献管理软件
KD：知识仓库建库管理系统
15.基因芯片
AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件
ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件
Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件
TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件
AMAD：微数组数据库
ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档
J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件
16.其他功能软件
digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式
Graph Paper：坐标纸打印软件
DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件
Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序
arlequin：人口遗传学软件
正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件
FBAT：家族遗传相联检验的统计程序
GGT32：图形化基因型表示软件
CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件
Jarnac：代谢过程模拟软件包
Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件
BCT：微生物趋向性模拟程序
StochSim：随机生物化学反应模拟软件
Bio_MW：生物化学分子量计算软件
MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件
Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件
MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件
Canvas：绘图软件
免疫室管理系统：中文免疫室综合软件
Cyrillic：家谱绘图软件
Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序
MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件
DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件
boxit：管理生物样品的数据库系统
GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件
健康药霸：药典类的软件
AceDB：基因组数据库软件
MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件
PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件
quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件
BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件
MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件
ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件
ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件
WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件
TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件
Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANAL YSIS)软件
gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件
生物五笔：生物医学专业输入法
17.化学绘图
ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版
ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中
clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片
ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件
AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件
MarvinSketch：JA V A语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序
ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JA V A小程序
ChemPen：绘制化学结构式软件
ChemPen+：绘制化学结构式软件
ChemPen：绘制化学结构式软件
18.化学应用
mmcalc.exe：分子量计算器
hxfc.zip：化学方程式配平软件
cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器
alkne.exe：有机化学命名练习程序
chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序
periodic.zip：小巧的元素周期表
ptab32.zip：高级元素周期表
CAF：计算机辅助配方软件
CFT：化学式教师
元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件
化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等
CRS：化学反应方程式配平器
Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版
periodic.exe：免费的元素周期表
化学品电子手册：一个综合性的化学品手册
19.在线综合工具
Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具
sewer：网上常用在线工具集合，本地版
20.在线蛋白工具
BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点
DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域
TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具
SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具
PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测
HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器
SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等
TMpred：预测蛋白序列跨膜区
TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋
The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务
SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器
PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JA V A程序，预测蛋白的跨膜区
TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务
21.RNA analysis
Pattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具
DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具
Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具
解链温度计算器：JA V A语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。可以下载后使用，当小计算器
BCMgene-finder：核酸序列查找服务器，提交核酸序列，选择相应的数据库，进行序列查找
22.在线引物设计
The Primer Generator：在线引物设计程序
Prime3：比较有名的在线引物设计程序
Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件
MiniViewer：数图阅览器
Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件
Refs：参考文献管理软件
Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件
paperworks：免费的参考文献管理软件
KD：知识仓库建库管理系统
15.基因芯片
AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件
ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件
Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件
TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件
AMAD：微数组数据库
ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档
J-Express：分析微矩阵
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常用生物学软件简介
网址： https://www.sodocs.net/doc/0c4286089.html,/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。 网址： Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：https://www.sodocs.net/doc/0c4286089.html,/Soft/2006/112.htm Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） Oligo 6 Tour 主要功能介绍 https://www.sodocs.net/doc/0c4286089.html,/ 2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot 是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直 接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBan k、EMBL或FASTA文件。Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、B last Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。 网址： Vector NTI7.0 中文使用手册 Vector NTI Suite 9.1 Demo（综合性蛋白核酸分析工具包）https://www.sodocs.net/doc/0c4286089.html,/Soft/2007 /460.htm https://www.sodocs.net/doc/0c4286089.html,/solutions/vectornti/index.html 3．DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主
(完整版)分子生物学试题及答案(整理版)
分子生物学试题及答案 一、名词解释 1．cDNA与cccDNA：cDNA是由mRNA通过反转录酶合成的双链DNA；cccDNA是游离于染色体之外的质粒双链闭合环形DNA。 2．标准折叠单位：蛋白质二级结构单元α－螺旋与β－折叠通过各种连接多肽可以组成特殊几何排列的结构块，此种确定的折叠类型通常称为超二级结构。几乎所有的三级结构都可以用这些折叠类型，乃至他们的组合型来予以描述，因此又将其称为标准折叠单位。 3．CAP：环腺苷酸（cAMP）受体蛋白CRP（cAMP receptor protein ），cAMP与CRP结合后所形成的复合物称激活蛋白CAP（cAMP activated protein ） 4．回文序列：DNA片段上的一段所具有的反向互补序列，常是限制性酶切位点。 5．micRNA：互补干扰RNA或称反义RNA，与mRNA序列互补，可抑制mRNA的翻译。 6．核酶：具有催化活性的RNA，在RNA的剪接加工过程中起到自我催化的作用。 7．模体：蛋白质分子空间结构中存在着某些立体形状和拓扑结构颇为类似的局部区域 8．信号肽：在蛋白质合成过程中N端有15~36个氨基酸残基的肽段，引导蛋白质的跨膜。 9．弱化子：在操纵区与结构基因之间的一段可以终止转录作用的核苷酸序列。 10．魔斑：当细菌生长过程中，遇到氨基酸全面缺乏时，细菌将会产生一个应急反应，停止全部基因的表达。产生这一应急反应的信号是鸟苷四磷酸(ppGpp)和鸟苷五磷酸（pppGpp）。PpGpp与pppGpp的作用不只是一个或几个操纵子，而是影响一大批，所以称他们是超级调控子或称为魔斑。 11．上游启动子元件：是指对启动子的活性起到一种调节作用的DNA序列，-10区的TATA、-35区的TGACA 及增强子，弱化子等。 12．DNA探针：是带有标记的一段已知序列DNA，用以检测未知序列、筛选目的基因等方面广泛应用。13．SD序列：是核糖体与mRNA结合序列，对翻译起到调控作用。 14．单克隆抗体：只针对单一抗原决定簇起作用的抗体。 15．考斯质粒：是经过人工构建的一种外源DNA载体，保留噬菌体两端的COS区，与质粒连接构成。16．蓝-白斑筛选：含LacZ基因（编码β半乳糖苷酶）该酶能分解生色底物X-gal(5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷)产生蓝色，从而使菌株变蓝。当外源DNA插入后，LacZ基因不能表达，菌株呈白色，以此来筛选重组细菌。称之为蓝-白斑筛选。 17．顺式作用元件：在DNA中一段特殊的碱基序列，对基因的表达起到调控作用的基因元件。18．Klenow酶：DNA聚合酶I大片段，只是从DNA聚合酶I全酶中去除了5’→3’外切酶活性 19．锚定PCR：用于扩增已知一端序列的目的DNA。在未知序列一端加上一段多聚dG的尾巴，然后分别用多聚dC和已知的序列作为引物进行PCR扩增。 20．融合蛋白：真核蛋白的基因与外源基因连接，同时表达翻译出的原基因蛋白与外源蛋白结合在一起所组成的蛋白质。 二、填空 1． DNA的物理图谱是DNA分子的（限制性内切酶酶解）片段的排列顺序。 2． RNA酶的剪切分为（自体催化）、（异体催化）两种类型。 3．原核生物中有三种起始因子分别是（IF-1）、（IF-2）和（IF-3）。 4．蛋白质的跨膜需要（信号肽）的引导，蛋白伴侣的作用是（辅助肽链折叠成天然构象的蛋白质）。5．启动子中的元件通常可以分为两种：（核心启动子元件）和（上游启动子元件）。 6．分子生物学的研究内容主要包含（结构分子生物学）、（基因表达与调控）、（DNA重组技术）三部分。7．证明DNA是遗传物质的两个关键性实验是（肺炎球菌感染小鼠）、（ T2噬菌体感染大肠杆菌）这两个实验中主要的论点证据是：（生物体吸收的外源DNA改变了其遗传潜能）。 8．hnRNA与mRNA之间的差别主要有两点：（hnRNA在转变为mRNA的过程中经过剪接，）、 （mRNA的5′末端被加上一个m7pGppp帽子，在mRNA3′末端多了一个多聚腺苷酸(polyA)尾巴）。 9．蛋白质多亚基形式的优点是（亚基对DNA的利用来说是一种经济的方法）、（可以减少蛋白质合成过程中随机的错误对蛋白质活性的影响）、（活性能够非常有效和迅速地被打开和被关闭）。 10．蛋白质折叠机制首先成核理论的主要内容包括（成核）、（结构充实）、（最后重排）。 11．半乳糖对细菌有双重作用；一方面（可以作为碳源供细胞生长）；另一方面（它又是细胞壁的成分）。所以需要一个不依赖于cAMP—CRP的启动子S2进行本底水平的永久型合成；同时需要一个依赖于cAMP—CRP的启动子S1对高水平合成进行调节。有G时转录从（ S2）开始，无G时转录从（ S1）开
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简 介 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退
分子生物学题库重点
一. 名词解释 1. C值及C值反常反应：所谓C值，通常是指一种生物单倍体基因组DNA的总量。真核细胞基因的最大特点是它含有大量的重复序列，而且功能DNA序列大多被不编码蛋白质的非功能DNA所隔开，这就是C值反常现象。 2. 半保留复制：DNA生物合成时，母链DNA解开分为两股单链，各自为模板按碱基互补规律，合成与模板互补的子链。子代细胞的DNA，一股从亲本完全接受过来，另一股则完全从新合成。两个子细胞的DNA碱基序列一致。 3 半不连续复制：前导链连续复制而随从链不连续复制，就是复制的半不连续性。 4 引发体：复制的起始含有解螺旋酶.DNA C蛋白.引物酶和DNA复制起始区域的复合结构称为引发体。 5. DNA损伤：在复制过程中发生的DNA突变体称为DNA损伤。 6 转座子：是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。 7. 中心法则：通过DNA的复制把遗传信息由亲代传递给子代，遗传信息由DNA传递到RNA，最后翻译成特异的蛋白质.RNA还以逆转录的方式将遗传信息体传递给DNA分子。这种遗传信息的流向称为中心法则。 8 编码链：双链DNA中，不能进行转录的那一条DNA链，该链的核苷酸序列与转录生成的RNA的序列一致，又称意义链。 9. 转录因子：能直接或间接辨认和结合转录上游区段DNA的蛋白质，称反式作用因子。在反式作用因子中，直接或间接结合DNA聚合酶的，则称为转录因子。 10 RNA编辑：是某些RNA，特别是mRNA前体的一种加工方式，如插入，删除或取代一些核苷酸残基，导致DNA所编码的遗传信息发生改变，因为经过编辑mRNA序列发生了不同于模板DNA的变化。 11 cDNA：互补DNA，是以mRNA为模板，按碱基互补规律，合成与mRNA互补的DNA 单链。 12 RNA选择性剪接：是指不同的剪切方式从一个mRNA前体产生不同的mRNA剪接异构体的过程。 13 GU-AG法则：多数细胞核mRNA前体中内含子的5’边界序列为GU，3’边界，序列为AG。因此，GU表示供体先借点的5’端，AG代表接纳体衔接点3’端序列。习惯上，这种保守序列模式称为GU-AG法则。 14. 顺反子：遗传学上将编码一个多肽链的遗传单位，称为顺反子。真核mRNA只编码一种蛋白质，为单顺反子。 15. 翻译：以mRNA为模板，氨酰-tRNA为原料直接供体，在多种蛋白质因子和酶的参与下，在核糖体上将mRNA分子上的核苷酸顺序表达为有特定氨基酸顺序的蛋白质的过程。 16. 摆动假说：Crick为解释反密码子中某些稀有成分的配对以及许多氨基酸有2个以上的密码子的问题而提出的假说。 17. 氨酰-tRNA合成酶：是一类催化氨基酸和tRNA相结合的特异性酶。 18. SD序列：早在1974年，Shine就发现，几种细菌小亚基rRNA3’末端顺序为：5’—ACCUCCUA—3’，它可以和mRNA中离AUG顺序5’侧约9-13个碱基处有一段富含嘌呤碱基AGGA或GAGG互补，后来称此区域为SD。 19. 多核糖体：mRNA同时与若干个核糖体结合形成的念珠转结构，称为多核糖体。 20 核定位序列：蛋白质中的一种常见的结构域，通常为一短的氨基酸序列，它能与核载体相互作用，将蛋白质运进细胞核内。 21. 基因打靶：是指通过DNA定点同源重组，改变基因组中的某一特定基因，从而在生物活体内研究此基因的功能。
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生物学软件大全 1.三维分子类 RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构 RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看3D分子 MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序 Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子 Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具 ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示 CN3D：3D分子结构观察软件 WPDB：PDB文件检索显示分析软件 DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序 Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具 gopenmol：显示并分析分子结构及其特性 POV-Rayv：生成三维图像工具软件 MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件 Mol2Mol：分子文件格式转换软件 PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件 Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图 PLATON：通用结晶学软件工具 Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件 Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件 DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件 StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件 JMVC：使用JA V A技术编写的三维分子查看器 ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件 Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包 Moilin：分子构建与观察软件 Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模 Biodesigner：免费的分子建模与显示软件 MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件 MarvinView：JA V A语言编写的化学分子二维与三维显示程序 ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件 Amira：高等三维显示建模系统 AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包
分子生物学知识点整理知识讲解
分子生物学知识点整 理
一、名词解释： 1. 基因：基因是位于染色体上的遗传基本单位，是负载特定遗传信息的DNA 片段，编码具有生物功能的产物包括RNA和多肽链。 2. 基因表达：即基因负载遗传信息转变生成具有生物学功能产物的过程，包括基因的激活、转录、翻译以及相关的加工修饰等多个步骤或过程。 3.管家基因：在一个生物个体的几乎所有组织细胞中和所有时间段都持续表达的基因，其表达水平变化很小且较少受环境变化的影响。如GAPDH、β-肌动蛋白基因。 4. 启动子：是指位于基因转录起始位点上游、能够与RNA聚合酶和其他转录因子结合并进而调节其下游目的基因转录起始和转录效率的一段DNA片段。 5.操纵子：是原核生物基因表达的协调控制单位，包括有结构基因、启动序列、操纵序列等。如：乳糖操纵子、色氨酸操纵子等。 6.反式作用因子：指由其他基因表达产生的、能与顺式作用元件直接或间接作用而参与调节靶基因转录的蛋白因子（转录因子）。 7.顺式作用元件：即位于基因附近或内部的能够调节基因自身表达的特定DNA 序列。是转录因子的结合位点，通过与转录因子的结合而实现对真核基因转录的精确调控。 8. Ct值：即循环阈值（cycle threshold，Ct），是指在PCR扩增过程中，扩增产物的荧光信号达到设定的荧光阈值所经历的循环数。（它与PCR扩增的起始模板量存在线性对数关系，由此可以对扩增样品中的目的基因的模板量进行准确的绝对和（或）相对定量。）
9.核酸分子杂交：是指核酸分子在变性后再复性的过程中，来源不同但互不配对的核酸单链（包括DNA和DNA，DNA和RNA，RNA和RNA）相互结合形成杂合双链的特性或现象，依据此特性建立的一种对目的核酸分子进行定性和定量分析的技术则称为分子杂交技术。 10. 印迹或转印：是指将核酸或蛋白质等生物大分子通过一定的方法转移并固定至尼龙膜等支持载体上的一种方法，该技术类似于用吸墨纸吸收纸张上的墨迹。 11. 探针：是一种用同位素或非同位素标记核酸单链，通常是人工合成的寡核苷酸片段。 12. 基因芯片：又称DNA芯片或DNA微阵列，是基于核酸分子杂交原理建立的一种对DNA进行高通量、大规模、并进行分析的技术，其基本原理是将大量寡核苷酸分子固定于支持物上，然后与标记的待测样品进行杂交，通过检测杂交信号的强弱进而对待测样品中的核酸进行定性和定量分析。 13. 基因文库：是指通过克隆方法保存在适当宿主中的一群混合的DNA分子，所有这些分子中的插入片段的总和，可代表某种生物的全部基因组序列或全部的mRNA序列，因此基因文库实际上是包含某一生物体或生物组织样本的全部DNA序列的克隆群体。基因文库包括两类：基因组文库和cDNA文库。 14. 克隆：是来自同一始祖的相同副本或拷贝的集合。 15. 载体：为携带的目的基因，实现其无性繁殖或表达有意义的蛋白质所采用的一些DNA分子。 16. 限制性核酸内切酶：识别DNA的特意序列，并在识别位点或其周围切割双链DNA的一类内切酶。
分子生物学期末试题
分子生物学期末试题 分子生物学期末考试试题 一、名词讲明 1、反式作用因子：能直截了当或间接地识别或结合各类顺式作用元件核心序列，参与调控靶基因转录效率的蛋白质。 2、基因家族： 3、C值矛盾：C值是指真核生物单倍体的DNA含量，一样的，真核生物的进化程度越高，C值越大，但在一些两栖类生物中，其C值却比哺乳动物大的现象。缘故是它含有大量的重复序列，而且功能DNA序列大多被不编码蛋白质的非功能D NA所隔开。 4、核型：指一个物种所特有的染色体数目和每一条染色体所特有的形状特点。 5、RNA editing：转录后的RNA在编码区发生碱基的突变、加入或丢失等现象。 二、判定： 1、真核生物所有的mRNA都有polyA结构。（X ） 组蛋白的mRNA没有 2、由于密码子存在摇摆性，使得一种tRNA分子常常能够识别一种以上同一种氨基酸的密码子。 （√） 3、大肠杆菌的连接酶以ATP作为能量来源。（X ）
以NAD作为能量来源 4、tRNA只在蛋白质合成中起作用。（X ） tRNA还有其它的生物学功能，如可作为逆转录酶的引物 5、DNA聚合酶和RNA聚合酶的催化反应都需要引物。（X ） RNA聚合酶的催化反应不需要引物 6、真核生物蛋白质合成的起始氨基酸是甲酰甲硫氨酸（X ） 真核生物蛋白质合成的起始氨基酸是甲硫氨酸 7、质粒不能在宿主细胞中独立自主地进行复制（X ） 质粒具有复制起始原点，能在宿主细胞中独立自主地进行复制 8、RNA因为不含有DNA基因组，因此按照分子遗传的中心法则，它必须先进行反转录，才能复制和增殖。（X ）不一定，有的RNA病毒可直截了当进行RNA复制和翻译 9、细菌的RNA聚合酶全酶由核心酶和ρ因子组成。（ X ） 细菌的RNA聚合酶全酶由核心酶和σ因子组成 10、核小体在复制时组蛋白八聚体以全保留的方式传递给子代。（√） 11、色氨酸操纵子中含有衰减子序列（√） 12、SOS框是所有din基因（SOS基因）的操纵子都含有的20bp的lexA结合位点。（√） 三、填空：
陈阅增普通生物学重点整理
第一、二、三章 1生物的特征:①特定的组构②新陈代谢③稳态与应激④生殖与遗传⑤生长与发育 ⑥进化与适应 2、生物界的分界以及阶元:原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界与动物界。 分类阶元:界、门、纲、目、科、属、种 3、生物界的结构层次特点:生物界就是一个多层次的有序结构,生命的基本单位就是细胞,在细胞这一层次上还有组织、器官、系统、个体、种群、群落、生态系统。 4、生物学的研究方法:科学观察、假说与实验、模型实验。 5、多样性中存在着高度统一的特点。 6、同位素示踪:利用放射性同位素显示某种原子在生物体内的来去踪迹。 7、多聚体:由相同或相似的小分子组成的长链 8、单糖的结构与功能:①有许多羟基,所以单糖属于醇类②有羰基 细胞中用作燃料的分子主要就是葡萄糖,葡糖糖与其她单糖也就是细胞合成别的有机分子的的原料。 9、脂肪的功能:①脂质中主要的贮能分子②构成一些重要的生理物质③维持体温与保护内脏,缓冲外界压力④提供必需的脂肪酸⑤脂溶性维生素的来源,促进脂溶性维生素的吸收⑥增加饱腹感。 10、磷脂的结构:结构与脂肪内似,分子中只有两个脂肪酸,另一个酸就是磷酸。 11、蛋白质的结构与功能:蛋白质就是生物大分子,通过酸、碱或者蛋白酶的彻底水解。可以产生各种氨基酸。因此,蛋白质的基本结构单位就是氨基酸。 12、生物体离不开水的七个特征:①水就是极性分子②水分子之间会形成氢键③液态水中的水分子具有内聚力④水分子之间的氢键使水能缓与温度的变化⑤冰比水轻⑥水就是极好的溶剂⑦水能够电离。 13、DNA双螺旋的结构特点:两个由磷酸基团与糖形成的主链缠绕在一起,含氮碱基主动伸出,夹在双螺旋之间。①两条DNA互补链反向平行②DNA双螺旋的表面存在一个大沟与一个小沟,蛋白质分子通过这两个沟与碱基识别③两条DNA链依靠彼此之间形成的碱基结合在一起④DNA双螺旋结构比较稳定。 14、细胞生物学的发展趋势:①“一切生物学的关键问题必须在细胞中找寻”细胞就是一切生命活动结构与功能的基本单位。②细胞生物学研究的核心内容:遗传与发育的关系问题,两者的关系就是,遗传在发育过程中实现,发育又以遗传为基础。③细胞生物学的主要发展趋势:用分子生物学及其它相关学科的方法,深入研究真核细胞 基因表达的调节与控制,以期从根本上揭示遗传与发育的关系、细胞衰老、死亡及癌变的机理等基本的生物学问题,为生物工程的广泛应用提供理论依据。④两个基本点:一就是基因与基因产物如何控制细胞的生命活动,包括细胞内外信号就是如何传递的;二就是基因表达产物——蛋白质如何构建与装配成细胞的结构,并使细胞正常的生命活动得以进行。⑤蛋白质组学:生命科学的研究已经进入后基因组时代,随着一大批模式生物基因组结构的阐明,研究的重心将回归到在细胞的水平研究蛋白质的结构与功能,即蛋白质组学的研究,同时对糖类的研究将提升到新的高度。 15、原核细胞与真核细胞的差异:最大的区别就是原核细胞没有核膜包裹形成的细胞核,而真核就有;另外原核细胞中只有核糖体这一种细胞器,而真核细胞中有多种细胞器。 16、真核细胞细胞核的结构;细胞核包括核被膜、核基质、染色质与核仁。核被膜就是包在核外的双层膜,外膜可延伸于细胞质中的内质网相连;染色质就是核中由DNA与蛋白质组成,含有大量的基因片段,就是生命的遗传物质;核仁就是核中颗粒状结构,富含蛋白质与RNA,产生核糖体的细胞器。染色质与核仁都被液态的核基质所包围。
分子生物学 题库汇总
名词解释： 1.基因(gene)：是一段携带功能产物（多肽，蛋白质，tRNA和rRNA和某些小分子RNA）信息的DNA片段，是控制某种性状的的遗传单位。 2.基因组(genome)：泛指一个有生命体、病毒或细胞器的全部遗传物质；在真核生物，基因组是指一套染色体（单倍体）DNA。 3、端粒:以线性染色体形式存在的真核基因组DNA末端都有一种特殊的结构叫端粒。该结构是一段DNA序列和蛋白质形成的一种复合体，仅在真核细胞染色体末端存在。 4、操纵子:是指数个功能上相关的结构基因串联在一起，构成信息区，连同其上游的调控区（包括启动子和操纵基因）以及下游的转录终止信号所构成的基因表达单位，所转录的RNA为多顺反子。 5、顺式作用元件:是指那些与结构基因表达调控相关、能够被基因调控蛋白特异性识别和结合的特异DNA序列。包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和一些反应元件等。 6、反式作用因子:是指真核细胞内含有的大量可以通过直接或间接结合顺式作用元件而调节基因转录活性的蛋白质因子。在反式作用因子中，可直接或间接结合RNA聚合酶的，称为转录因子。 转录调节因子结构 DNA结合域 酸性活域 脯氨酸富含域 TF 转录激活域 谷氨酰胺富含域 蛋白质-蛋白质结合域 （二聚化结构域） 7、启动子:是RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。 8、增强子:位于真核基因中远离转录起始点，能明显增强启动子转录效率的特殊DNA序列。它可位于被增强的转录基因的上游或下游，也可相距靶基因较远。 9、基因表达:是指生物基因组中结构基因所携带的遗传信息经过转录、翻译等一系列过程，合成特定的蛋白质，进而发挥其特定的生物学功能和生物学效应的全过程。 10、信息分子:调节细胞生命活动的化学物质。其中由细胞分泌的调节靶细胞生命活动的化学物质称为细胞间信息分子；而在细胞内传递信息调控信号的化学物质称为细胞内信息分子。 11、受体:是存在于靶细胞膜上或细胞内能特异识别生物活性分子并与之结合，进而发生生物学效应的的特殊蛋白质。 12、分子克隆:在体外对DNA分子按照即定目的和方案进行人工重组，将重组分子导入合适宿主，使其在宿主中扩增和 繁殖，以获得该DNA分子的大量拷贝。 13、蛋白激酶:是指能够将磷酸集团从磷酸供体分子转移到底物蛋白的氨基酸受体上的一大类酶。 14、蛋白磷酸酶:是具有催化已经磷酸化的蛋白质分子发生去磷酸化反应的一类酶分子，与蛋白激酶相对应存在，共同 构成了磷酸化和去磷酸化这一重要的蛋白质活性的开关系统。 15、基因工程:有目的的通过分子克隆技术，人为的操作改造基因，改变生物遗传性状的系列过程。 16、载体:能在连接酶的作用下和外源DNA片段连接并运送DNA分子进入受体细胞的DNA分子。 17、转化:指质粒DNA或以它为载体构建的重组DNA导入细菌的过程。 18、感染:以噬菌体、粘性质粒和真核细胞病毒为载体的重组DNA分子，在体外经过包装成具有感染能力的病毒或噬菌 体颗粒，才能感染适当的细胞，并在细胞内扩增。 19、转导:指以噬菌体为载体，在细菌之间转移DNA的过程，有时也指在真核细胞之间通过逆转录病毒转移和获得细胞DNA的过程。 20、转染:指病毒或以它为载体构建的重组子导入真核细胞的过程。 21、DNA变性:在物理或化学因素的作用下，导致两条DNA链之间的氢键断裂，而核酸分子中的所有共价键则不受影响。
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生物学软件大全 1. 三维分子类 RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构 RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看3D分子 MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件 raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构 PDViewer：PDB格式文件的查看程序 Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具 ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示 CN3D：3D分子结构观察软件 WPDB：PDB文件检索显示分析软件 DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序 Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性 POV-Rayv：生成三维图像工具软件
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分子生物学终极复习资料汇总
《分子生物学》复习题 1、染色体：是指在细胞分裂期出现的一种能被碱性染料强烈染色，并具有一定 形态、结构特征的物体。携带很多基因的分离单位。只有在细胞分裂中才可见的形态单位。 2、染色质：是指细胞周期间期细胞核内由DNA、组蛋白、非组蛋白和少量RNA 组成的复合结构，因其易被碱性染料染色而得名。 3、核小体：染色质的基本结构亚基，由约200 bp的DNA和组蛋白八聚体所组 成 4、C值谬误：一个有机体的C值与它的编码能力缺乏相关性称为C值矛盾 5、半保留复制：由亲代DNA生成子代DNA时，每个新形成的子代DNA中， 一条链来自6、亲代DNA，而另一条链则是新合成的，这种复制方式称半保留复制 6、DNA重组技术又称基因工程，目的是将不同的DNA片段（如某个基因或基 因的一部分）按照人们的设计定向连接起来，在特定的受体细胞中与载体同时复制并得到表达，产生影响受体细胞的新的遗传性状。 7、半不连续复制：DNA复制时其中一条子链的合成是连续的，而另一条子链的 合成是不连续的，故称半不连续复制。 8、引发酶：此酶以DNA为模板合成一段RNA,这段RNA作为合成DNA的引 物（Primer)。实质是以DNA为模板的RNA聚合酶。 9、转坐子：存在与染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。 10、多顺反子：一种能作为两种或多种多肽链翻译模板的信使RNA，由DNA 链上的邻近顺反子所界定。 11、基因：产生一条多肽链或功能RNA所必需的全部核甘酸序列。 12、启动子：指能被RNA聚合酶识别、结合并启动基因转录的一段DNA序列。 13、增强子：能强化转录起始的序列 14、全酶：含有表达其基础酶活力所必需的5个亚基的酶蛋白复合物，拥有σ因子。 （即核心酶+σ因子） 15、核心酶：仅含有表达其基础酶活力所必需亚基的酶蛋白复合物，没有σ因子。 16、核酶：是一类具有催化功能的RNA分子 17、三元复合物：开放复合物与最初的两个NTP相结合，并在这两个核苷酸之间形成磷酸二酯键后，转变成包括RNA聚合酶，DNA和新生的RNA的三元复合物。 18、SD序列：mRNA中用于结合原核生物核糖体的序列。30S亚基通过其
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、
生物常用软件学习
Excel 提速12招 https://www.sodocs.net/doc/0c4286089.html,生物谷网站Excel是一个全能的电子表格，它功能强大、操作方便，除了可以快速地生成、格式化各种表格外，还可以对表格中的数据完成很多数据库的功能。下面向您介绍几个快速使用Excel的方法技巧。 1、快速启动Excel。若您日常工作中要经常使用Excel，可以在启动Windows时启动它，设置方法： （1）启动“我的电脑”进入Windows目录，依照路径“Start Menu\Programs\启动”来打开“启动”文件夹； （2）打开Excel 所在的文件夹，用鼠标将Excel图标拖到“启动”文件夹，这时Excel的快捷方式就被复制到“启动”文件夹中，下次启动Windows就可快速启动Excel了。 若Windows已启动，您可用以下方法快速启动Excel。方法一：双击“开始”菜单中的“文档”命令里的任一Excel工作簿即可。 方法二：用鼠标从“我的电脑”中将Excel应用程序拖到桌面上，然后从快捷菜单中选择“在当前位置创建快捷方式”以创建它的快捷方式，启动时只需双击其快捷方式即可。 2、快速获取帮助。对于工具栏或屏幕区，您只需按组合键Shift＋F1，然后用鼠标单击工具栏按钮或屏幕区，它就会弹出一 个帮助窗口，上面会告诉该元素的详细帮助信息。 3、快速移动或复制单元格。先选定单元格，然后移动鼠标指针到单元格边框上，按下鼠标左键并拖动到新位置，然后释放 按键即可移动。若要复制单元格，则在释放鼠标之前按下Ctrl即可。 4、快速查找工作簿。您可以利用在工作表中的任何文字进行搜寻，方法为：(1)单击工具栏中的“打开”按钮，在“打开”对话 框里，输入文件的全名或部分名，可以用通配符代替；(2)在“文本属性”编辑框中，输入想要搜寻的文字，最好是您认为是唯一的单词或短语，以便搜寻更容易成功；(3)选择“开始查找”即可。在找到满足条件的文件前，“打开”对话框的状态栏都会显示“找到了0个文件”的信息，您应该耐心等待，只有当“打开”按钮由灰化状态变成可用状态时，才表明搜寻结束。 5、快速打印工作表。若选择“文件”菜单中“打印”命令来打印，会出现“打印”对话框让您选择，程序繁琐。若要跳过该对话 框，您可以单击“常用”工具栏上的“打印”按钮或者按下Shift键并单击“打印预览”按钮，Excel将使用“选定工作表”选项打印。 6、快速切换工作表。按Ctrl＋PageUp组合键可激活前一个工作表，按Ctrl＋PageDown组合键可激活后一个工作表。您还可 用鼠标去控制工作表底部的标签滚动按钮快速地移动工作表的名字，然后单击工作表进行切换。 7、快速切换工作簿。对于较少工作簿切换，可单击工作簿所在窗口。要对多个窗口下的多个工作进行切换，用“窗口”菜单 最方便。“窗口”菜单的底部列出了已打开了工作簿的名字，要直接切换到一个工作簿，从“窗口”菜单选择它的名字即可。“窗口” 菜单最多能列出9个工作簿，若多于9个，“窗口”菜单则包含一个名为“多窗口”的命令，选用该命令，则出现一个按字母顺序列出所有已打开的工作簿名字的对话框，只需单击其中需要的名字即可。 8、快速插入Word表格。Excel可以处理Word表格中列出的数据，您可用以下方法快速插入Word表格：(1)打开Word表 格所在的文件；(2)打开要处理Word表格的Excel文件，并调整好两窗口的位置，以便能看见表格和要插入表格的区域；(3)选中Word中的表格；(4)按住鼠标左键，将表格拖到Excel窗口中，松开鼠标左键将表格放在需要的位置即可。 9、快速链接网上的数据。您可以用以下方法快速建立与网上工作簿中数据的链接：(1)打开Internet上含有需要链接数据的 工作簿，并在工作簿选定数据，然后单击“编辑”菜单的“复制”命令；(2)打开需要创建链接的Excel工作簿，在需要显示链接数据的区域中，单击左上角单元格；(3)单击“编辑”菜单中的“选择性粘贴”命令，在“选择性粘贴”对话框中，选择“粘贴链接”按钮即可。 若您想在创建链接时不打开Internet工作簿，可单击需要链接处的单元格，然后键入(=)和URL地址及工作簿位置，如：=https://www.sodocs.net/doc/0c4286089.html,/[filel.xls]。
(完整版)生物化学与分子生物学知识总结
生物化学与分子生物学知识总结 第一章蛋白质的结构与功能 1.组成蛋白质的元素主要有C、H、O、N和 S。 2.蛋白质元素组成的特点各种蛋白质的含氮量很接近，平均为16％。 100克样品中蛋白质的含量 (g %)= 每克样品含氮克数× 6.25×100 3.组成人体蛋白质的20种氨基酸均属于L- -氨基酸氨基酸 4.可根据侧链结构和理化性质进行分类 非极性脂肪族氨基酸极性中性氨基酸芳香族氨基酸酸性氨基酸碱性氨基酸 5.脯氨酸属于亚氨基酸 6.等电点(isoelectric point, pI) 在某一pH的溶液中，氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等，成为兼性离子，呈电中性。此时溶液的pH值称为该氨基酸的等电点。 色氨酸、酪氨酸的最大吸收峰在 280 nm 附近。 氨基酸与茚三酮反应生成蓝紫色化合物 7.蛋白质的分子结构包括: 一级结构(primary structure) 二级结构(secondary structure) 三级结构(tertiary structure) 四级结构(quaternary structure) 1）一级结构定义:蛋白质的一级结构指在蛋白质分子从N-端至C-端的氨基酸排列顺序。主要的化学键:肽键，有些蛋白质还包括二硫键。 2）二级结构定义：蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构，即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置，并不涉及
氨基酸残基侧链的构象主要的化学键：氢键 ?蛋白质二级结构 包括α-螺旋 (α -helix) β-折叠 (β-pleated sheet) β-转角 (β-turn) 无规卷曲 (random coil) 3）三级结构定义：整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。主要的化学键: 8. 模体(motif)是具有特殊功能的超二级结构，是由二个或 三个具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个特殊的空间构象。 9.分子伴侣(chaperon)通过提供一个保护环境从而加速蛋白质折叠成天然构象或形成四级结构。 蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用，称为蛋白质的四级结构。 ?蛋白质胶体稳定的因素: 颗粒表面电荷、水化膜 10.蛋白质的变性： 在某些物理和化学因素作用下，其特定的空间构象被破坏，也即有序的空间结构变成无序的空间结构，从而导致其理化性质改变和生物活性的丧失。 变性的本质：破坏非共价键和二硫键，不改变蛋白质的一级结构。 ?造成变性的因素: 如加热、乙醇等有机溶剂、强酸、强碱、重金属离子及生物碱试剂等。 由于空间结构改变，分子内部疏水基团暴露，亲水基团被掩盖，故水溶性降低。由于变性蛋白质分子不对称性增加，故粘度增加。由于变性蛋白质肽键暴露，易被蛋白酶水解。