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生物信息软件Haploview软件使用

生物信息软件Haploview软件使用
生物信息软件Haploview软件使用

生物信息软件Haploview软件使用,单倍型分析

by 柳城

Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件,该软件具有如下功能:

1.连锁不平衡与单倍型分析

2.单倍型人群频率估算

3.SNP与单倍型关系分析

4.相互关系的排列测验

5.可以从HapMap上直接下载基因型信息

网址:https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/haploview

下载:Windows版:HapInstall.exe Mac / Unix / Linux Haploview.jar (安装:java -jar Haploview.jar)JAVA下载在安装该软件之前,必须先安装一个“JAVA”,Haploview必须在JAVA环境下才能运行。

首先要选择要分析数据的类型,包括Linkage format 、Haps format 、Hapmap format、Phase format等。我们主要选Hapmap format这种类型。这种类型的数据可以直接从Hapmap网站(https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,)中直接下载。

1,进入Hapmap网站。依次:Data/Generic Genome Browser(数据/通用基因组浏览器)。输入要查询的基因名称,如xrcc1,在右面选择“显示SNP genotype data”, 点击配置。

根据需要选择CHB(中国汉族人群)。Output format(打开格式)选择Open directly in HaploView (输出后的文件可直接导入Haploview软件)。

点击“执行”,将文件保存到指定位置比如桌面。打开haploview软件,选择Hapmap format,点击browse,选择刚刚下载下来的文件。

左边的LD Plot表示该基因所以snp的的连锁情况,各个方块的颜色由浅至深(白——红),表示连锁程度由低到高,深红色表示完全连锁。

在方块上点击右键,可以看到连锁的具体信息。点击“tagger”,可以进一步选择标签snp。r2指的是两个位点间的统计学关联。一般认为两点间的r2大于或等于0.8,就可以用一个点代表另外一个点。

点击“Run Tagger”,即可出现符合条件的tagger snp(标签snp)。

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Hapmap网站简介:国际人类基因组单体型图计划(简称HapMap计划)是由加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国共同资助和合作进行的项目,旨在建立一个将帮助研究者发现人类疾病及其对药物反应的相关基因的公众资源。

生物信息学软件及使用概述

生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html, 用概述 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念: 科,它将数学和计算机知识应用于生物学,以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息,从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

分析和处理实验数据和公共数据,生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作,利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测(三维建模,目前研究的焦点和难点) 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

功能1. 分析和处理实验数据和公共数据,加快研究进度,缩短科研时间 ?核酸:序列同源性比较,分子进化树构建,结构信息分析,包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框(ORF ),蛋白编码区(CDS )及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接; ?蛋白:序列同源性比较,结构信息分析(包括Motif ,限制酶切点,内部重复序列的查找,氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析),等电点及二级结构预测等等; ?本地序列与公共序列的联接,成果扩大。 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物! w w w .b b i o o .c o m

生物信息学数据库或软件

一、搜索生物信息学数据库或者软件 数据库是生物信息学的主要内容,各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。 核酸序列数据库有GenBank,EMBL,DDB等,核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个,分别是美国生物技术信息中心(NCBI)的GenBank ,欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank(简称EMBL),日本遗传研究所的DDBJ 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT,PIR,OWL,NRL3D,TrEMBL等, 蛋白质片段数据库有PROSITE,BLOCKS,PRINTS等, 三维结构数据库有PDB,NDB,BioMagResBank,CCSD等, 与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP,CATH,FSSP,3D-ALI,DSSP等, 与基因组有关的数据库还有ESTdb,OMIM,GDB,GSDB等, 文献数据库有Medline,Uncover等。 另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。

生物信息学数据库覆盖面广,分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务,如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库,三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具,用户可以进行多个数据库的多种查询。 二、搜索生物信息学软件 生物信息学软件的主要功能有: 分析和处理实验数据和公共数据,加快研究进度,缩短科研时间; 提示、指导、替代实验操作,利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验;寻找、预测新基因及预测其结构、功能; 蛋白高级结构预测。 如:核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等;序列相似性搜索BLAST;多重系列比对软件Clustalx;系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等;PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等;蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。 NCBI的网址是:https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,。 Entrez的网址是:https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/entrez/。 BankIt的网址是:https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/BankIt。 Sequin的相关网址是:https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/Sequin/。 数据库网址是:https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/embl/。

启动子生物信息学分析软件

https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/seq_tools/promoter.html 2. PlantCARE(plant cis-acting regulatory elements), a database of plant cis-acting regulatory elements http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtoo ls/plantcare/html/ 3. promoter 2.0 prediction server http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4. 启动子分析网址: 1 https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/seq_tools/promoter.html 2 http://alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html 3 http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4 https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/~molb470/ ... s/solorz/index.html 5 https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/molbio/proscan/ http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/seq_tools/promoter.html https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/pub/programs.html#pmatch https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/molbio/proscan/ https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/molbio/signal/ https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/thread-41571-1-1.htm 常用启动子分析网址: http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databas es

生物信息学软件使用

生物信息学软件的使用(以MC4R基因为例) 第一章从NCBI上查找DNA、mRNA、蛋白质序列 一、以猪的黑素皮质素受体4(MC4R, melanocortin-4 re-ceptor)基因为例,介绍如何从NCBI 上查找DNA、mRNA、氨基酸序列。 1.首先查找MC4R的DNA序列。 在百度里输入NCBI,打开后得到的结果如下网页: 在Search 栏输入“MC4R pig”,在下拉菜单里选择Gene,然后点击Search,得到如下结果:

点击第一个ID为397359的链接,得到如下的结果:

可以看到该基因位于猪的1号染色体上,在右下方有个“Go to nucleotide”即进入核酸序列,有三种格式(用红圈标记的),经常用的是“FASTA”和“GenBank”,“FASTA”格式的比较简洁,不包含任何的数字,就全部是碱基,序列的对比和分析是就要用到这种格式;而“GenBank”格式就比较详细,可以查看到很多信息,比如碱基数、mRNA序列、内含子、外显子、CDS,以及氨基酸序列等等之类的。点击GenBank后得到如下结果: Sus scrofa breed mixed chromosome 1, Sscrofa10.2 DNA LOCUS NC_010443 2265 bp DNA linear CON 29-SEP-2013 DEFINITION Sus scrofa breed mixed chromosome 1, Sscrofa10.2. ACCESSION NC_010443 REGION: complement(178553488..178555752) GPC_000000583 VERSION NC_010443.4 GI:347618793 DBLINK BioProject: PRJNA28993 Assembly: GCF_000003025.5 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Sus scrofa (pig) ORGANISM Sus scrofa Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Suina; Suidae; Sus. COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000812.4. On Oct 11, 2011 this sequence version replaced gi:333795951. Assembly Name: Sscrofa10.2 The genomic sequence for this RefSeq record is from the genome assembly released by the Swine Genome Sequencing Consortium as Sscrofa10.2 in August 2011 (see https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/Projects/S_scrofa). Sscrofa10.2 is a mixed assembly of clones and contigs from the whole-genome shotgun

常用生物信息学软件

常用生物信息学软件 一、基因芯片 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品,该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者,相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写,是一个用JA V A语言写的应用程序,界面清晰漂亮,用来分析微矩阵(microarray)实验获得的基因表达数据,需要下载安装JA V A运行环境JRE1.2后(5.1M)后,才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ,斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件,进行微矩阵荧光图像分析,包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇(Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写,微矩阵显著性分析软件,EXCEL软件的插件,由Stanford大学编制。 4.基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JA V A语言的系统树生成软件,接收Cluster生成的数据,比Treeview 增强了某些功能。 5.基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 三、序列综合分析 V ector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找),对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据)->分析->结果(显示、保存和入库)三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、

生物信息学常用工具

常用DNA和蛋白质序列数据分析工具: ●序列比对工具: a)BLAST: ●网络比对,包括基础的Blast比对、参数、特殊Blast如PSI-Blast、Blast2 等; ●本地比对,包括程序下载、安装、数据库的下载及格式化、Blast程序的 运行等。 b)多序列比对ClustalX(Windows系统) 包括程序下载、安装、及程序的运行、结果的输入输出等。 ●真核生物基因结构的预测: a)基因可读框的识别: Genescan; CpG岛、转录终止信号和启动子区域预测; CpGPlot; POLYAH; PromoterScan; b)基因密码子偏好性: CodonW; c)采用mRNA序列预测基因: Spidey; d)ASTD数据库 ●分子进化遗传分析工具 ●MEGA;

●Phylip; ●蛋白质结构和功能预测 a)一级结构 ProtParam蛋白质序列理化参数检索; ProtScale蛋白质疏水性分析; COILS卷曲螺旋预测; b)二级结构 PredictProtein蛋白质结构预测; PSIPRED不同蛋白质结构预测方法; c)InterProScan: 模式和序列谱研究 Prosite:蛋白质结构域、家族和功能为点数据库; Pfam:蛋白质家族比对和HMM数据库; BLOCK:模块搜索数据库; SMART:简单模块架构搜索工具; TMHMM:跨膜结构预测工具; d)三级结构 Swiss-Model Workspace: 同源建模的网络综合服务器; Phyre:线串法预测蛋白质折叠; HMMSTR/Rosetta:从头预测蛋白质结构; Swiss-PdbViewer:分子建模和可视化工具; 序列模体的识别和解析; MEME程序包; ●蛋白质谱数据分析

生物信息学工具介绍

生物信息学工具介绍 1、FASTA[10](https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/fasta33/)和BLAST[11](http://www.nc https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/BLAST/)是目前运用较为广泛的相似性搜索工具。比较和确定某一数据库中的序列与某一给定序列的相似性是生物信息学中最频繁使用和最有价值的操作。本质上这与两条序列的比较没有什么两样,只是要重复成千上万次。但是要严格地进行一次比较必定需要一定的耗时,所以必需考虑在一个合理的时间内完成搜索比较操作。FASTA使用的是Wilbur-Lipman 算法的改进算法,进行整体联配,重点查找那些可能达到匹配显著的联配。虽然FASTA不会错过那些匹配极好的序列,但有时会漏过一些匹配程度不高但达显著水平的序列。使用FASTA和BLAST,进行数据库搜索,找到与查询序列有一定相似性的序列。一般认为,如果蛋白的序列一致性为25-30%,则可认为序列同源。BLAST(Basic Loc al Alignment Search Tool,基本局部联配搜索工具)是基于匹配短序列片段,用一种强有力的统计模型来确定未知序列与数据库序列的最佳局部联配。BLAST 是现在应用最广泛的序列相似性搜索工具,相比FASTA 有更多改进,速度更快,并建立在严格的统计学基础之上。这两个工具都采用局部比对的方法,选择计分矩阵对序列计分,通过分值的大小和统计学显著性分析确定有意义的局部比对。BLAST根据搜索序列和数据库的不同类型分为5种:1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。另外PSI-BLAST通过迭代搜索,可以搜索到与查询序列相似性较低的序列。其中BLASTN、BLASTP在实践中最为常用,TBLASTN在搜索相似序列

常用生物信息学软件介绍

常用生物学软件简介 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件,除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外,还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能: a) 已知一个PCR引物的序列,搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型DNA片段,设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针,以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。 g) 同源序列查找,并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中,可以“Lock”每个参数,如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。 i) 以多种形式存储结果;支持多用户,每个用 户可保存自己的特殊设置。 网址: https://www.sodocs.net/doc/1813525015.html,/ 2. Vector NTI Suite是一套功能最全,而且界面最美观,最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件,它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴ NTI:作为Vector NTI Suite的核心组成部分,它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式,且支持项目组织的数据库来完成这一功能的;通过这个数据库,可以保存和组织大部分的实验数据,比如:基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上,该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体,外源片断序列,明确载体克隆的大致位置或酶切位点,其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕;最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵:BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具,它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是,BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱,如疏水性和抗原性;并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析,如:退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶:AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较,以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基,并绘制进化树;为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX 可以识别所有标准TXT格式,如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS-PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷:Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列,也可以是直

生物信息学常用工具,作用及操作流程

用于分析DNA、RNA以及蛋白质一级结构 1、VecScreen用于分析未知序列的长度、载体序列的区域、判断可能使用的克隆载体。 操作过程:NCBI→Resource List (A-Z)→V→VecScreen→输入序列→Run VecScreen→获得结果 2、RepeatMasker用于分析未知序列的重复序列情况,输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。 操作流程: RepeatMasker Home Page→RepeatMasking→输入文本→选择参数→submit sequence→Results→选择所需结果 3、使用CpGPlot工具,分析未知序列的CpG岛的长度、区域、GC数量及Obs/Exp 值。 EMBL→service→Search “cpg”→EMBOSS cpgplot→输入序列→选择参数→submit→得到结果 4、Neural Network Promoter Prediction和Splice Site Prediction用于预测未知序列的启动子,获得可能的启动子序列及相应的位置。 Neural Network Promoter Prediction BDGP: Home→Analysis Tools→Promoter Prediction→输入序列→选择参数→submit →得到结果 Splice Site Prediction Splice Site Prediction→输入序列→选择参数(物种)→submit→得到结果 这两个都是bdgp里边的,sp这个直接能进去操作。 5、ORF finder用于分析未知序列开放阅读框的预测,寻找潜在的蛋白质编码片段,并进行六框翻译(概念性翻译)。 操作流程 NCBI→Resource List (A-Z)→ORF finder→输入序列→选择参数→submit→获得结果→选择符合要求的形式的结果 6、GENSCAN,用于未知序列综合分析,预测来自各种生物的基因组序列中基因的位置和外显子结构,并对其进行概念性翻译。同时可以获得未知序列的长度以及C+G含量。(首先确定给定序列的物种来源) 操作流程: GENSCAN→输入序列→选择参数→Run GENSCAN→得到结果 7、REBASE是限制性内切酶数据库,用于分析限制性核酸内酶的Recognition Sequence和Type(识别序列和酶切类型)。 Official REBASE Homepage→输入酶的名字→GO→得到结果

浅谈生物信息学在生物学研究中的应用

浅谈生物信息学在生物学研究中的应用 生物信息学(Bioinformatics)是一门新兴的、正在迅速发展的交叉学科,目前国内外对生物信息学的定义众说纷纭,没有形成统一认识。概括来说,现代生物信息学是以核酸和蛋白质等生物大分子数据库及其相关的图书、文献、资料为主要对象,以数学、信息学、计算机科学为主要手段,对浩如烟海的原始数据和原始资料进行存储、管理、注释、加工,使之成为具有明确生物意义的生物信息。并通过对生物信息的查询、搜索、比较、分析,从中获得基因的编码、凋控、遗传、突变等知识;研究核酸和蛋白质等生物大分子的结构、功能及其相互关系;研究它们在生物体内的物质代谢、能量转移、信息传导等生命活动中的作用机制。 生物信息在生物学研究上的应用主要包括在基因组学研究上的应用和在蛋白质组学研究中的应用。 1.在基因组学研究中的应用 基因组(genome)表示一个生物体所有的遗传信息的总和。一个生物体基因所包含的信息决定了该生物体的生长、发育、繁殖和消亡等所有生命现象。有关基因组的研究称为基因组学(Genomics),基因组学根据研究重点的不同分为序列基因组学(Sequence genomics)、结构基因组学(Structural genomics)、功能基因组学(Functional genomics)与比较基因组学(Comparative genomics)。 结构基因组学的研究:结构基因组学(Structural genomics)是基于基因组学的一个重要组成部分和研究领域,它是一门通过基因作图、核苷酸序列分析确定基因组成、基因定位的科学口。生物信息学在结构基因组学中的应用主要在于:基因组作图、核苷酸序列信息分析、基因定位、新基因的发现和鉴定等方面。比较基因组学的研究:借助生物信息学的手段对不同生物基因组的比较、分析,可以进行生物进化等方面的研究。 功能基因组学的研究:功能基因组学(Functional genomics)是指在全基因组序列测定的基础上,从整体水平研究基因及其产物在不同时空、条件下的结构与功能关系及活动规律的学科。功能基因组的研究是后基因组时代的关键点,它将借助生物信息学的技术平台,利用先进的基因表达技术及庞大的生物功能检测体系,从浩瀚无垠的基因库筛选并确知某一特定基因的功能,并通过比较分析基因及其表达的状态,确定出基因的功能内涵,揭示生命奥秘,甚至开发出基因产品。 2.在蛋白质组学的研究中的应用 在20世纪中后期,随着DNA双螺旋结构的提出和蛋白质空间结构的解析,生生命科学的研究进入了分子生物学时代,而遗传信息载体DNA和生命功能的体现者蛋白质的研究,成为了其主要内容。90年代初期启动的庞大的人类基因组计划,已经取得巨大的成在20世纪中后期,随着DNA双螺旋结构的提出和蛋白质

常用的生物信息学软件的介绍和文献依据

常用的生物信息学软件的介绍和文献依据

名称简介参考文献备注 ALINE 一个产生出版质量比对的“所见 即所得”蛋白质-序列比对编辑器 19390156 AMDA 用于自动微阵列数据分析的一个 R包 16824223 AmiGO 访问本体论和注释数据19033274 AnnotationSketch 基因组注释绘图库,基因组特征可 视化 19106120 Arcadia 代谢通路的一个可视化工具,翻译 文本的生物学网络描述为图示 20453003 ArchTEx 下一代测序数据片段的最佳延长 及准确提取和可视化 22302569 ArrayExpress 将ArrayExpress数据集导入到 R/Bioconductor中 19505942 ArrayExpressHTS 用于RNA-seq数据处理和质量 评估的一个流程 21233166 arrayMagic 双色cDNA微阵列质控和预处理15454413 arrayQCplot 用图形分析和统计分析检查微阵 列数据质量的软件 16864592 BALL 生物化学算法库20973958

BALLView 用于分子建模研究和教育的一个 工具 16332707 BamTools 分析和管理BAM文件的一个 C++应用程序接口和工具包 21493652 Batch Blast Extractor 批量Blast提取器:一个自动的 blastx剖析器应用程序 18831775 BayesPeak 分析ChIP-seq数据的一个R包, 峰识别 21245054 BEDTools 比较基因组特征的一套灵活的实 用程序,支持BED,BAM, GFF格式文件 20110278 BEST 结合位点评估工具套件,整合了4 种普遍使用的motif发现程序 15814553 BIGpre 一个下一代测序数据质量评估程 序包 22289480 BiNGO 一个评估基因本体论类别在生物 网络中过代表的Cytoscape插件 15972284 Bio++ 用于序列分析、系统发生学、分子 进化和群体遗传学的一套C++库 16594991 BioCoder 一种标准化及自动化生物学实验 方案的编程语言 21059251

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