M-K突变检验

%最近写论文需要用到MK检验法，网上收集到大量的matlab代码，但是没有一个代码能够

%完全正确运行或者分析信息不全，结合多位网友编写的MK检验法，经过我的改编，顺利得到%正确的运行结果，谢谢各位网友，希望对有需要的盆友有帮助

% Mann-Kendall突变检测

% 数据序列y

% 结果序列UFk，UBk2

%--------------------------------------------

%读取excel中的数据，赋给矩阵y

%获取y的样本数

%A为时间和径流数据列

A=xlswrite('数据.xls')

x=A(:,1);%时间序列

y=A(:,2);%径流数据列

N=length(y);

n=length(y);

% 正序列计算---------------------------------

% 定义累计量序列Sk，长度=y，初始值=0

Sk=zeros(size(y));

% 定义统计量UFk，长度=y，初始值=0

UFk=zeros(size(y));

% 定义Sk序列元素s

s = 0;

% i从2开始，因为根据统计量UFk公式，i=1时，Sk(1)、E(1)、Var(1)均为0

% 此时UFk无意义，因此公式中，令UFk(1)=0

for i=2:n

for j=1:i

if y(i)>y(j)

s=s+1;

else

s=s+0;

end;

end;

Sk(i)=s;

E=i*(i-1)/4; % Sk(i)的均值

Var=i*(i-1)*(2*i+5)/72; % Sk(i)的方差

UFk(i)=(Sk(i)-E)/sqrt(Var);

end;

% ------------------------------正序列计算end

% 逆序列计算---------------------------------

% 构造逆序列y2，长度=y，初始值=0

y2=zeros(size(y));

% 定义逆序累计量序列Sk2，长度=y，初始值=0

Sk2=zeros(size(y));

% 定义逆序统计量UBk，长度=y，初始值=0

UBk=zeros(size(y));

% s归0

s=0;

% 按时间序列逆转样本y

% 也可以使用y2=flipud(y);或者y2=flipdim(y,1);

for i=1:n

y2(i)=y(n-i+1);

end;

% i从2开始，因为根据统计量UBk公式，i=1时，Sk2(1)、E(1)、Var(1)均为0

% 此时UBk无意义，因此公式中，令UBk(1)=0

for i=2:n

for j=1:i

if y2(i)>y2(j)

s=s+1;

else

s=s+0;

end;

end;

Sk2(i)=s;

E=i*(i-1)/4; % Sk2(i)的均值

Var=i*(i-1)*(2*i+5)/72; % Sk2(i)的方差

% 由于对逆序序列的累计量Sk2的构建中，依然用的是累加法，即后者大于前者时s加1，% 则s的大小表征了一种上升的趋势的大小，而序列逆序以后，应当表现出与原序列相反% 的趋势表现，因此，用累加法统计Sk2序列，统计量公式(S(i)-E(i))/sqrt(Var(i))

% 也不应改变，但统计量UBk应取相反数以表征正确的逆序序列的趋势

UBk(i)=0-(Sk2(i)-E)/sqrt(Var);

end;

% ------------------------------逆序列计算end

% 此时上一步的到UBk表现的是逆序列在逆序时间上的趋势统计量

% 与UFk做图寻找突变点时，2条曲线应具有同样的时间轴，因此

% 再按时间序列逆转结果统计量UBk，得到时间正序的UBk2，做图用

UBk2=zeros(size(y));

% 也可以使用UBk2=flipud(UBk);或者UBk2=flipdim(UBk,1);

for i=1:n

UBk2(i)=UBk(n-i+1);

end;

% 做突变检测图时，使用UFk和UBk2

% 写入目标xls文件：f:\test2.xls

% 目标表单：Sheet1

% 目标区域：UFk从A1开始，UBk2从B1开始

xlswrite('f:\test2.xls',UFk,'Sheet1','A1');

xlswrite('f:\test2.xls',UBk2,'Sheet1','B1');

figure(3)%画图

plot(x,UFk,'r-','linewidth',1.5);

hold on

plot(x,UBk2,'b-.','linewidth',1.5);

plot(x,1.96*ones(N,1),':','linewidth',1);

axis([min(x),max(x),-5,5]);

legend('UF统计量','UB统计量','0.05显著水平');

xlabel('t (year)','FontName','TimesNewRoman','FontSize',12); ylabel('统计量','FontName','TimesNewRoman','Fontsize',12); %grid on

hold on

plot(x,0*ones(N,1),'-.','linewidth',1);

plot(x,1.96*ones(N,1),':','linewidth',1);

plot(x,-1.96*ones(N,1),':','linewidth',1);

基因突变的检测方法

基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一，检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述，对于基因突变的检测，1985以前，利用Southern印迹法，可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变，只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）技术是突变研究中的最重大进展，使基因突变检测技术有了长足的发展，目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上，并且由PCR衍生出的新方法不断出现，目前已达二十余种，自动化程度也愈来愈高，分析时间大大缩短，分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性（single-strand comformational polymorphism,SSCP）和异源双链分析法（heteroduplex analysis,HA）。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法，可根据检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象，一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构，这种二级结构依赖于其碱基组成，即使一个碱基的不同，也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速，因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp的PCR产物时，突变检出率可达70％-95％，片段大于400bp时，检出率仅为50％左右，该法可能会存在1％的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件，一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响，同时该法不能测定突变的准确位点，还需通过序列分析来确定。Sarkar等认为对于大于200bp的片段，用其RNA分子来做SSCP会提高其录敏度。应用PCR-SSCP检测点突变已见报道于人类大部分的肿瘤组织或细胞，如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。检测的基因包括多种癌基因及抑癌基因，也是检测抑癌基因p53突变最常用的方法，仅检测第5-8外显子即可发现85％以上的p53基因突变。由于该法简便快速，特别适合大样本基因突变研究的筛选工作。 异源双链分析法（HA） HA法直接在变性凝胶上分离杂交的突变型一野生型DNA双链。由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起，在非变性凝胶中电泳时，会产生与相应的同源双DNA不同的迁移率。该法与SSCP相似，所不同的是SSCP分离的是单链DNA，HA法分离的是双链DNA，也只适合于小片段的分析。但HA对一些不能用SSCP 检出的突变有互补作用，两者结合使用，可使突变检出率提高到近100％。

突发环境事件应急预案模板

ＸＸ企业环境突发事件应急预案（框架） 1 总则 1.1 编制目的 建立健全环境污染事故应急机制，提高企业应对涉及公共危机的突发环境污染事故的能力，维护社会稳定，保障公众生命健康和财产安全，保护环境，促进社会全面、协调、可持续发展。 1.2 编制依据 依据《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国安全生产法》、《国家突发公共事件总体应急预案》和《国家突法环境事故应急预案》及相关的法律、行政法规，制定本预案。 1.3事故分级 按照突发环境污染事故严重性和紧急程度分级。 1.4 适用范围 l.5 工作原则 企业在建立突发性环境污染事故应急系统及其响应程序时，应本着实事求是、切实可行的方针，贯彻如下原则： （1）坚持以人为本，预防为主。加强对环境事故危险源的监测、监控并实施监督管理，建立环境事故风险防范体系，积极预防、及时控制、消除隐患，提高突发性环境污染事故防范和处理能力，尽可能地避免或减少突发环境污染事故的发生，消除或减轻环境污染事故造成的中长期影响，最大程度地保障公众健康，保护人民群众生命财产安全。

（2）坚持统一领导，分类管理，分级响应。接受政府环保部门的指导，使企业的突发性环境污染事故应急系统成为区域系统的有机组成部分。加强企业各部门之间协同与合作，提高快速反应能力。针对不同污染源所造成的环境污染的特点，实行分类管理，充分发挥部门专业优势，使采取的措施与突发环境污染事故造成的危害范围和社会影响相适应。 （3）坚持平战结合，专兼结合，充分利用现有资源。积极做好应对突发性环境污染事故的思想准备、物资准备、技术准备、工作准备，加强培训演练，应急系统做到常备不懈，可为本企业和其它企业及社会提供服务，在应急时快速有效。 2 组织指挥与职责 建立健全企业突发性环境污染事故应急组织体系，明确各应急组织机构职责。 （组织机构图） 3预防和预警 3.1环境污染事故源 3.1.1企业基本信息 自然概况；地理位臵；气象及水文资料；周围居民点、敏感点信息； 3.1.2环境污染事故源 厂区平面布臵；工艺流程及排污管线（要求标明产污环节、排污口位臵）；

(3)理解基因突变的检测方法

第十章基因突变 一、教学目的与要求： （1）了解基因突变的类型和性质、特征 （2）掌握基因突变分子机理和诱变因素的作用方式 （3）理解基因突变的检测方法 (4) 掌握基因突变的修复途径 二、教学重点、难点、疑点： 1.突变的概念、类型和性质 2.诱发突变的分子基础 3.诱发突变与人类癌症 4.生物体基因突变的修复机制 5.果蝇基因突变的检出 6.植物基因突变的检出 7.人类基因突变的检出 [解决方法] （1）通过出示基因结构变化的示意图，加深学生对基因突变内涵的理解。 （2）课堂教学中不断提出问题，让学生通过概念的运用达到巩固概念和知识迁移的目的。 2．教学难点及解决办法 基因突变的原因。 [解决办法] 对人类镰刀型细胞贫血症病因结合图解进行分析，使学生真正明白基因突变的原因——DNA复制过程也可能发生差错，基因中个别碱基的变化，就会造成性状改变。 3．教学疑点及解决办法 为什么说基因突变是变异的主要来源？ [解决办法]讲明基因突变与基因重组的区别，联系实际举例。 三、教学方法设计： 四、教具或教学手段：多媒体课件 五、教学过程与板书设计：

第一节基因突变的概念和特征 一、基因突变的概念及类别 1、基因突变：指在染色体上一定位点基因内部的化学变化引起的突变基因突变：指染色体上一定位点基因内部的化学变化引起的突变 2、类别 隐性突变：A a 显性突变：a A 自发突变—外界环境条件的自然作用或生物体内的生理生化变化而产生的突变 诱发突变—在专门诱变因素影响引起的突变，为“诱发突变” 形态突变型—可见突变：指造成外形改变的突变型 至死突变型—能造成个体死亡或生命力明显下降的突变型 条件突变型—在一定条件下有致死效应 3.一般特征 ①突变的频率：指生物体在每一世代中发生突变的机率，或者在一定时 间内突变可能发生的次数。 高等植物 10-5— 10-8 细菌和噬菌体 10-4—10-10范围大、突变频率比动植物高 例如：氨基酸过程中三种疾病是由三种基因突变导致酶发生变化引起的，有一定的突变频率 苯丙氨酸羟化酶缺乏导致苯丙酮尿症；尿黑尿酸氧化酶缺乏会产生尿黑酸尿症；酪氨酸酶缺乏导致白化病 苯丙氨酸羟化酶 苯丙酮酸苯丙氨酸酪氨酸 积累尿黑尿酸氧化酶 酪氨酸酶 苯丙酮尿症尿黑酸黑色素

突发环境事件特征分析及典型案例

Water Pollution and Treatment 水污染及处理, 2014, 2, 28-31 Published Online July 2014 in Hans. https://www.sodocs.net/doc/1418805636.html,/journal/wpt https://www.sodocs.net/doc/1418805636.html,/10.12677/wpt.2014.23005 Feature Analysis and Typical Cases of Abrupt Environmental Pollution Accidents Daxin Zhu, Chengwei Ying Environmental Monitoring Station of Songjiang District, Shanghai Email: sjzdx@https://www.sodocs.net/doc/1418805636.html,, yingchengwei@https://www.sodocs.net/doc/1418805636.html, Received: Jul. 1st, 2014; revised: Jul. 18th, 2014; accepted: Jul. 23rd, 2014 Copyright ? 2014 by authors and Hans Publishers Inc. This work is licensed under the Creative Commons Attribution International License (CC BY). https://www.sodocs.net/doc/1418805636.html,/licenses/by/4.0/ Abstract Statistics of abrupt environmental pollution accidents occurring in Songjiang District, Shanghai during 2010-2013 was done in this paper. This paper analyzed the pollution objects, the reason of the pollution accidents and the kinds of the pollution. The experience of the disposal of sudden environmental pollution accidents was summarized combining with the typical cases. Keywords Abrupt Environmental Pollution Accidents, Feature Analysis, Typical Cases, Emergency Monitoring 突发环境事件特征分析及典型案例 朱大昕，应诚威 上海市松江区环境监测站单位，上海 Email: sjzdx@https://www.sodocs.net/doc/1418805636.html,, yingchengwei@https://www.sodocs.net/doc/1418805636.html, 收稿日期：2014年7月1日；修回日期：2014年7月18日；录用日期：2014年7月23日 摘要 本文统计2010~2013年4年间发生在上海市松江区境内的突发环境事件，分析污染的对象，发生的原因

基因突变的检测方法(完整资料).doc

此文档下载后即可编辑 基因突变的检测方法 基因突变的检测方法 基因突变的研已成为当今生命科学研究的热点之一，检测方法也随之迅速发展。人类细胞癌基因的突变类型已如上所述，对于基因突变的检测，1985以前，利用Southern印迹法，可以筛选出基因的缺失、插入和移码重组等突变形式。对于用该法法不能检测的突变，只能应用复杂费时的DNA序列测定分析法。多聚酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）技术是突变研究中的最重大进展，使基因突变检测技术有了长足的发展，目前几乎所有的基因突变检测的分子诊断技术都是建立于PCR的基础之上，并且 由PCR衍生出的新方法不断出现，目前已达二十余种，自动化 程度也愈来愈高，分析时间大大缩短，分析结果的准确性也有很大很提高。其中包括单链构象多态性（single-strand comformational polymorphism,SSCP）和异源双链分析法（heteroduplex analysis,HA）。下面分别介绍几种PCR衍生技术及经典突变检测方法，可根据 检测目的和实验室条件选择时参考。 PCR-SSCP法PCR-SSCP法是在非这性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同构象， 一个碱基的改变将影响其构象而导致其在凝胶上的移动速度改变。其基本原理为单链DNA在中性条件下会形成二级结构，这种二级结构依赖于其碱基组成，即使一个碱基的不同，也会形成不同的二级结构而出刺同的迁移率。由于该法简单快速，因而被广泛用于未知基因突变的检测。用PCR-SSCP法检测小于200bp 的PCR产物时，突变检出率可达70％-95％，片段大于400bp时，检出率仅为50％左右，该法可能会存在1％的假阳性率。应用PCR-SSCP法应注意电泳的最佳条件，一般突变类型对检测的灵敏度无大的影响，同时该法不能测定突变的准确位点，还需通过

单位根检验与结构突变的理论、方法及应用

单位根检验与结构突变的理论、方法及应用 南开大学经济学院数量经济学专业博士生导师 中国数量经济学会常务理事 张晓峒 1．典型随机过程简述。 在介绍单位根检验之前，先认识一下各种随机过程的表现形式。 （1）白噪声过程（white noise ，如图1）。属于平稳过程。 y t = u t , u t ~ IID(0, σ2) 图2是日元兑美元差分序列（收益序列），近似于白噪声序列。 （2）随机游走过程（random walk ，如图3）。属于非平稳过程。 y t = y t -1 + u t , u t ~ IID(0, σ2 ) 图4是深圳股票综合价格收盘指数序列，近似于随机游走过程。 随机游走的差分过程是平稳过程（白噪声过程）。?y t = u t 。 -3 -2 -10123 100120140160180200220240260280300 white noise -2 -1 1 2 240260340360DJPY 图1 白噪声序列（σ2 =1） 图2 日元兑美元差分序列 -10 -5 5 10 20 40 60 80 100120140160180200 y=y(-1)+u 1200 1400 1600 1800 2000 2200 50100150200250300 图3随机游走序列（σ2=1） 图4深圳股票综合指数 2040 60 80 100 400 450500550600650700750800 -80 -60 -40 -20 20 100200300400500600700800

图5 随机趋势非平稳序列（μ = 0.1） 图6 随机趋势非平稳序列（μ = -0.1） “随机游走”一词首次出现于1905年自然（Nature ）杂志第72卷Pearson K. 和 Rayleigh L.的一篇通信中。该信件的题目是“随机游走问题”。文中讨论寻找一个被放在野地中央的醉汉的最佳策略是从投放点开始搜索。 （3）随机趋势非平稳过程（stochastic trend process ）或差分平稳过程（difference- stationary process ）、有漂移项的非平稳过程（non-stationary process with drift ）。见图5和6。属于非平稳过程。 y t = μ + y t -1 + u t , u t ~ IID(0, σ2) 迭代变换， y t = μ + (μ + y t -2 + u t -1) + u t = … = y 0 + μ t +∑ -t i i u 1= μ t +∑ -t i i u 1 因为随机趋势过程是由一个确定性时间趋势μt 和一个随机游走组合而成，所以随机趋势过程由确定性时间趋势所主导，表现出很强的趋势性。y t 围绕着μt 变化，但不会回到μt 。趋势的方向完全由μ的符号决定。μ为正时，趋势向上（见图5）；μ为负时，趋势向下（见图6）。对y t 做一阶差分，?y t = μ + u t ，为平稳过程。差分平稳过程由此得名。E(?y t ) = μ。当y t 表示对数变量时，E(?y t )表示平均增长率。 随机趋势非平稳过程的差分过程是平稳过程。?y t = μ + u t 。 5 10 15 20 25 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 6080100 120 140 160180400 450500550600650700750800 图7 退势平稳序列（μ =0, α=0.1） 图8 确定性趋势非平稳序列（μ =0.1, α=0.1） （4）趋势平稳过程（trend-stationary process ）或退势平稳过程（见图7）。属于非平稳过程。 y t = μ + α t + u t , u t ~ IID(0, σ2 ) 因为该过程是由确定性趋势μ + α t 和平稳随机过程u t 组成，所以称为趋势平稳过程。趋势平稳过程由确定性时间趋势t 所主导。减去确定性时间趋势项αt 之后，过程变为平稳过程，所以也称退势平稳过程。 趋势平稳过程的差分过程是过度差分过程。?y t = α + u t - u t -1 。所以应该用退势的方法获得平稳过程。y t - α t = μ + u t 。 （5）确定性趋势非平稳过程（non-stationary process with deterministic trend ）（如图8）。属于非平稳过程。 y t = μ + α t + y t -1+ u t , u t ~ IID(0, σ2 ) 确定性趋势非平稳过程中含有随机趋势、确定性趋势并含有单位根成分。过程由确定性时间趋势所主导。减去确定性时间趋势项之后，过程仍是非平稳过程。这种过程的时间趋势性比随机趋势非平稳过程和退势平稳过程更强烈、明显。

环境污染突发事故应急预案(示例)

环境污染突发事故应急预案 一、总则 1、目的 （1）为提高突发事故应急响应能力，作好污染事故应急准备和响应，确保在发生污染事故的第一时间，能准确掌握情况，采取有效措施对事故的控制，杜绝或最大限度减轻对职工和周边群众生活和健康影响、降低空气、土壤及水质的污染特制定本应急预案。 （2）建立健全突发环保事故应急机制，提高公司和全体员工对涉及公共危害的突发环保事故具有应急处置能力，保障公共群众生命财产安全，维护环境清洁，促进文明、健康、友好和谐的社会环境和经济社会可持续发展。 2、编制依据 依据《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国安全生产法》、《突发公共事件总体应急预案》和《重庆市环境保护条例》、《重庆市长江三峡库区流域水污染防治条例》等法律法规制定本应急预案。 3、基本原则 以人为本，预防为主，统一指挥，分工负责，把环保应急工作落实到实际行动。根据企业自身实际制定有效、适宜性格的预防应急预案，充分

发挥指挥者和实施者及全体员工的积极性，做到有的放矢，无险以防，有险必救，有求必应，有应必胜的格局。 4、应急任务 （1）公司领导小组制定应急方案和响应程序及操作规范。 （2）第一责任人承担其环保责任，指挥和发布抢险救援命令，领导成员按照自己的职责及时、准确、有效完成其工作任务。 （3）生产部负责事故的现场处理和事故后的生产恢复工作。 （4）行政部负责事故调查和善后处理工作，及时发布事故信息和上下联络工作。 二、应急组织和响应 1、应急组织机构是公司按照自身实际，建立的突发环保事故的应急响应组织，部门明确，责任清楚，任务落实，做到准确、有效、及时响应。将突发环保事故得到组织即时、统一指挥、相互协调、有效控制，尽可能减少和降到环保事故对周边群众的生产、生活影响，排除或降低土壤、水质、空气的污染程度。维护社会稳定、保障人民群众和全体职工的生命健康和财产安全，推动社会主义经济建设和企业生产经营持续发展。 如图一：《环保事故应急组织机构》

致突变、致畸、致癌效应的区别和联系-推荐下载

致突变、致畸、致癌效应的区别和联系 致突变效应：是指环境污染物或其他环境因素引起生物细胞的遗传物质发生突然改变的一种作用，这种变化的遗传物质，在细胞分裂繁殖过程中可传递给子代细胞，使其具有新的遗传特性。可分为基因突变和染色体变异 致畸作用：环境中某些物质或因素通过母体影响胚胎的发育，使细胞分化和器官发育不能正常进行，以致出现器官或形态结构上的畸形，此种作用称为致畸作用或致畸胎作用。可引起致畸作用的物质称致畸物。广义的致畸应包括生化、生理功能或行为方面的发育缺陷在内。 致癌作用：环境中致癌物诱发肿瘤的作用。肿瘤有良性和恶性之分，恶性肿瘤又称癌。估计80～85%的人类肿瘤与环境中的致癌物有关。 这三者（突变、致畸、致癌效应）的联系： （1）化学物质，物理因素和生物因素都有可能引起三致作用 （2）致突变作用如影响生殖细胞而发生突变时，可影响妇女的正常妊娠，而出现不孕、早期流产、畸胎或死胎，还可以发生遗传特性的改变而影响下一代。致突变作用如发生在体细胞时，则不具有遗传性质，而是使细胞发生不正常的分裂和增生，其结果可能表现为癌的形成 （3）致突变与致癌之间的关系非常密切，很多致突变物能引起实验动物的癌症，同样很多动物致癌物也为致突变物。 这三者（突变、致畸、致癌效应）的区别： （1）致突变作用可分为基因突变和染色体畸变两大类。基因突变只涉及染色体的某一部分，并未涉及整个染色体，是属于分子水平的变化，因此不能用普通光学显微镜直接观察，只能借助其他方法加以测定。染色体畸变是一个或几个染色体的结构或数目发生变化，这种变化可用光学显微镜进行直接观察。这两种突变类型仅有程度之分，而无本质差别。致畸作用可用肉眼进行观察，而致癌作用可用光学显微镜进行直接观察。 （2）基因突变的机理是在致突变物的作用下，DNA中碱基对的排列顺序发生变化，造成基因控制下蛋白质合成错误，可表现为酶功能或结构功能的破坏和丧失，导致细胞的遗传性状发生变化而引起突变。染色体畸变包括染色体数目和结构的变化。

一文读懂变异检测

全基因组重测序：是对已有参考基因组的物种进行个体或群体的基因组测序，利用高性能计算平台和生物信息学方法，可以快速进行大量样本筛选，全基因组扫描遗传变异信息（SNP、InDel、SV等）,对动植物分子育种，性状定位，群体进化研究具有重大的指导意义。 重测序技术内容示意图 遗传变异指在同一基因库中不同个体之间在DNA水平上的差异，也称“分子变异(molecular variation)”，也是对同一物种个体之间遗传差别的定性或定量描述。遗传与变异，是生物界不断地普遍发生的现象，也是物种形成和生物进化的基础。简单地说，遗传就是“种瓜得瓜、种豆得豆”，而俗话说“一母生九子，九子各不同”这就是变异。也正是变异的存在，绘制了五彩斑斓的世界。 今天，带你们了解最为基础的一个技术，变异检测，顾名思义就是通过高通量测序手段检测物种个体或者群体水平上的遗传变异信息，如：单核苷酸多态性（SNP）、插入确实（InDel）、拷贝数变异（CNV）、结构变异（SV），用于开发分子标记，建立遗传多态性数据库，为后续揭示进化关系、挖掘功能基因等奠定数据基础。 主要应用 1.开发分子标记，辅助遗传育种 2.构建和完善物种核心种质资源 3.不同个体、群体之间差异比较分析

变异检测技术路线 变异检测技术参数： 变异检测信息分析流程 1.数据质控 （复制你16s那篇质控部分软件，FastQC,Trimmomatic）这部分可以省略，或者直接说前面一些微信稿讲过，这里重点从比对开始讲，看你怎么写了。 2.比对 用BWA比对 bwa mem -t 4 -k 32 –M reference read1.fq read2.fq -t INT number of threads. -k INT minimum seed length. 32是经验值 -M mark shorter split hits as secondary 3.SNP/InDel检测（复制前文：如何进行SNP INDEL检测及其影响因素） 利用Samtools检测 samtools sort -m 4000000000 file.bam file.sorted samtools rmdup file.sorted .bam file. rmdup.bam samtools mpileup –q 20 -Q 20 -C 50 -S -D -m 2 -F 0.002 –uf genome.fa file.rmdup.bam | bcftools view -cg - > raw.vcf -q INT skip alignments with mapQ smaller than INT -Q INT skip bases with baseQ/BAQ smaller than INT

极端气候事件和气候突变事件的历史演变与未来预测

极端气候事件和气候突变事件的历史演变与未来预测 摘要：本文主要从史前全球环境的演变，结合世界古文明的衰落历史两个方面来阐述极端气候事件和气候突变事件的历史演变；从目前全球环境的现状对未来气候大势做一个预测。 极端天气气候事件是指天气（气候）的状态严重偏离其平均态，在统计意义上属于不易发生的事件。气候突变事件则是相对于“气候渐变”而言的，指的是短时间内气候系统在短暂时间内发生的突变。这两类事件有一个共同的特点，那就是均偏离气候的常态，在短时间内发生可能造成持续影响的事件。 关于史前的气候演变，人类无法从文献记载中得知，今天所得到的关于史前全球环境的信息多来自于对氧同位素、极低冰芯，植物孢粉，动物骨骼化石、湖泥等的考察与研究。 我国近年来的研究以距今8500年至3000年作为我国大暖期的起讫时间，主要的划分依据是参考了表现温度变化敏感而细致的敦德冰芯记录。全新世大暖期延续的时间长达5500年，分为四个阶段。 第一阶段，距今8500年前出现急剧升温现象，在不到200年的时间里上升了4.5摄氏度。因植被对气候影响的滞后性，未出现相应的变化，但今天西藏青海地区关于湖泥盐度降低等证据表明这一时期这一地区降水曾一度激增。延至8000年后，暖湿气候使植被分布出现重大变化，北方暖温带落叶阔叶林向北推移了3个纬度。此后不久即出现降温现象，距今7700年前后，中国黄河流域有三四百年的文化层变稀和缺失。距今7300年左右冰川推进，连南半球的新西兰和南美热带山地也有发现。如此高的温度变化率无论是对自然界还是人类社会均是一种灾难性的后果。 第二阶段，从距今7200年至6000年。这个阶段是大暖期中的稳定暖湿阶段，也是大暖期的鼎盛时期。对我国而言，除了个别地点如青海湖柴达木可能因高温蒸发旺盛而出现更为干燥的盐类沉积外，其它各地区都出现暖湿气候特征，植被生长空前繁茂，如现代为草原的青海湖出现了针叶阔叶混交林。良好的气候环境条件使人类生产、人口和居地迅速发展，形成了黄河流域的仰韶文化和长江下游地区的马家浜文化，此外在青藏高原的西北部也发现了三十多处细石器文化遗址，据推测也是这个阶段人类活动的遗迹，表明当时的生存环境条件要比现代好。 第三阶段，从距今6000年至5000年。这个阶段的气候波动剧烈，敦德冰芯记录显示存在三次明显的降温时间，表现为欧洲和北美东部一些喜温植物突然出现衰减，同时，南北半球各山区均出现了冰川的前进，从孢粉资料分析可以看出这个时期气候偏凉干。 第四阶段，从距今5000年至3000年，这一阶段前一千年气候波动和缓，是个亚稳定的温暖期。在中国，北方的龙山文化和长江下游的良渚文化蔚然兴起，古遗址的数量较以前有明显增加，距今4000年前后温度下降，暖湿植被特征一直延续到距今3000年左右才逐渐衰落，此时正是殷亡周兴之时，显著标志是野象从黄河流域南退。 在这一时期以后，世界的古代文明经历了一个共同衰落的过程，即使它们相

关于在人类基因组中检测结构变异计算方法的综述

关于在人类基因组中检测结构变异计算方法的综述 【摘要】结构变异是基因的重排列，它对于进化有显著的贡献，在人类中自然变异通常涉及到基因相关的疾病。细胞压力过大，错误的重组机制能够导致基因序列大量不同的结构变异，传统的显微镜与阵列碱基方法常被用于检测大的变异或者是重复序列变异。下一代基因测序海森理论的启用对于在人类基因组中检测各种类型的结构变异都有空前的准确性。事实上，一个显著的挑战在于发展中的各种计算方法是否有能力在生成的模拟数据上检测出结构变异，在过去的几年中，基于在实验数据中获得四种不同类别的数据类发明了很多检测工具，这四种数据类分别是：成对碱基读取，读取深度，分裂碱基读取，组合序列。 【关键词】结构变异;重复序列变异;下一代基因测序;检测算法;成对碱基读取;读取深度;分裂碱基读取;重测序技术;集合 1.引言 结构变异描述了基因变异对于基因结构的影响，尽管人类基因变异最有可能引起的原因是单碱基变异，但是在人类基因组中蛋白显性与结构变异的相关性远远高于单碱基变异。结构变异发生的范围可以从几个bp（碱基的基本单位）到整个染色体。结构变异对于人种的多样性与疾病的发生有显著的影响，并且在任何的基因学研究中是非常重要的。结构体变异研究对于检测大变异，比如非整倍性变异与用微复制方法重组染色体有一定的局限性。 对于阵列碱基法，目前来说序列碱基法更容易解决检测小的微型的结构变异。下一代测序技术理论上能用前所未有的速度够识别出所有类型的结构变异，几种不同的方法在检测数据中显著的变异中都各有优点与不足。然而这些方法需要大量的计算分析，大量的算法在过滤数据上由显著的进展，与参考基因组或者其他样列做对比发现有相近的结构变异。在这里我将介绍结构变异在人类与其他物种上的效果，组合机制的不同导致变异信息的不同，最终产生不同的结构变异。随后，我将给出一个能够被用于检测结构变异所有方法的一个概述并提供目前可提供基于下一代测序技术用于检测人类基因组结构变异的计算工具的一个概述。 2.结构变异 2.1 结构变异的重要性 在人类基因组结构变异现在已知能够比单碱基覆盖更多的核苷酸，成百上千的结构变异产生于基因组上，有些变异跨染色体，打断基因中某些有规律的元素，但是这些变异对于蛋白表达通常没有影响，但是也能引起碱基数量变化，基因分裂，新融合基因，新的调整机制。 新的但碱基变异形成与不同的调整机制都取决于变异碱基的位置。尽管很多的结构变异不在编码区，它们仍然引入了大量的遗传因子和表型变异，不仅仅在

体内致突变试验——Pig-a基因突变试验概况和进展

Pig-a基因突变试验——研究与应用进展 李岩，霍娇，张立实 四川大学华西公共卫生学院，四川省食品安全监测与风险评估重点实验室 327098360@https://www.sodocs.net/doc/1418805636.html, 遗传毒性评估是化学品和药品安全性评价的重要组成部分，现有致突变试验虽已很多，但仍不能完全满足毒理学安全性评价和风险评估的要求。近几年来，一项新的体内致突变试验——Pig-a基因突变试验受到广泛关注，该试验的检测终点为基因突变，且能够利用流式细胞术对人体突变细胞频率实现高通量检测。 Pig-a基因位于人类X染色体，编码N-乙酰氨基葡萄糖转移酶复合物，参与糖基磷脂酰肌醇（GPI）连接蛋白的早期合成。当Pig-a基因发生突变时，细胞不能正常合成GPI连接蛋白，致使造血干细胞最终分化的血细胞（包括红细胞等）表型缺失。Hall等学者收集患者外周血，用荧光标记的单抗与细胞GPI连接蛋白反应，使用流式细胞术（FCM)）检测未被荧光标记的突变细胞，根据表型缺失细胞的比例来诊断阵发性睡眠性血红蛋白尿症（PNH）。 鉴于对PNH中Pig-a基因的研究以及FCM对Pig-a基因表型缺失的成功检测，不少学者期望使用Pig-a基因作为体细胞突变实验的报告基因。目前已建立两种方法测定Pig-a基因突变率：流式细胞术或有限稀释法。 流式细胞术方法利用梯度离心液等方式富集目标细胞，利用荧光标记的抗体与目标细胞孵育，标记目标细胞，以及至少标记一种GPI连接蛋白标志物。之后利用散射光区分血小板、白细胞和红细胞，核酸染色还可用于区分正染红细胞和网织红细胞。 另一种检测方法为有限稀释法。淋巴细胞能够将前气单胞菌溶素转变为气单胞菌溶素，气单胞菌溶素能够与正常细胞GPI连接蛋白结合，导致细胞膜完整性受损以致细胞死亡。而Pig-a基因发生突变的细胞GPI连接蛋白缺失，因此得以存活。该方法利用ProAER作为选择物质，使发生突变T淋巴细胞在96孔板内克隆性生长，而未突变的细胞死亡。 Pig-a基因突变试验能够利用少量样本相对迅速地得到较为精确的结果，并节省实验室工作量。有学者将Pig-a基因突变试验、体内微核试验与28天重复剂量染毒试验结合应用，通过收集不同时间点外周血，同时检测同一动物同一靶组织的非整倍体诱变剂、染色体断裂诱变剂和基因突变诱变剂。该整合方法不仅可比较化学物对同一动物造成的不同遗传学终点损伤，还可以研究重复染毒对突变频率的影响，并且大量节省实验动物，实验过程更为简便快捷。 关键词：Pig-a基因，流式细胞术，遗传毒性

全球生态环境热点问题笔记

全球生态环境热点问题 听课笔记 院系:信息与控制学院物联网 班级:物联网二班 姓名:鲁铮 学号:1430110413 第一讲石化企业突发环境污染事故与应急对策 石化企业就是一个具有多种类储量较大、易燃易爆、有毒有害危险化学品的特殊企业,高温高压装置多年且装置具有上下连锁的关系。企业的特殊性易诱发突发性环境污染事故,尤其就是有毒有害物品的泄漏事故,对环境造成极大危害,因此环境应急监测对于防范突发性环境污染事故,在事先预防、事先检测、事后恢复的整个过程中均起着极其重要的作用。 突发性环境污染事故的分类 根据事故发生原因、主要污染物性质与事故表现形式等,可以分为七类:

①有毒有害物质污染事故:指在生产、生活过程中因生产、使用、贮存、运输、排放不当导致有毒有害化学品泄漏或非正常排放所引发的污染事故。 ②毒气污染事故:实际就是上面事故的一种,由于毒气污染事故最常见,所以另列,主要有毒有害气体有:一氧化碳、硫化氢、氯气、氨气等。 ③爆炸事故:易燃、易爆物质所引起的爆炸、火灾事故。例:煤矿瓦斯、烟花爆竹厂以及煤气、石油液化气、天然气、油漆硫磺使用不当造成爆炸事故。有些垃圾、固体废物堆放或处置不当,也会发生爆炸事故。 ④农药污染事故:剧毒农药在生产、贮存、运输过程中、因意外、使用不当所引起的泄漏所导致的污染事故。 ⑤放射性污染事故:生产、使用、贮存、运输放射性物质过程中不当而造成核辐射危害的污染事故。 ⑥油污染事故:原油、燃料油以及各种油制品在生产、贮存、运输与使用过程中因意外或不当而造成泄漏的污染事故。 ⑦废水非正常排放污染事故:因不当或事故使大量高浓度水突然排入地表水体,致使水质突然恶化。 2、突发性环境污染事故的特征 突发性环境污染事故的特征有以下几种: ①形式多样性:有核污染;农药、有毒化学品;溢油;爆炸等事故。产生方式有在生产、贮存、运输中使用与处置不当所引起。

突变体鉴定

作物突变体的细胞学研究 一、突变体的初步观察和遗传分析 在某品系材料A中发现一株突变体，将其命名为M，优先将M自交，得到具有突变性状的纯系，如果为不育等特殊性状则可以采取不断回交的方式得到相应 纯系；再将M与A和另外一品系Y分别正交和反交，得到F 1世代；将得到的F 1 自交得到各个的F 2世代；将F 1 与M进行回交，分别得到对应的BC 1 世代；如果需 要，还可以继续回交得BC 2 等世代。 观察M的突变性状在自交过程中是否始终存在，则能初步判别此突变性状是否为可遗传性状； 分别统计M与A，M与Y的正反交的表型数据，分析所有正交与反交的差异，可以判别此性状是由核基因控制或者细胞质基因控制，甚至为核质互作控制； 结合M自交过程中的突变性状的遗传特性和所有F 1 突变性状，可判别突变性状为隐性或显性； 统计分析F 2和BC 1 世代的突变表型数据，可判别控制突变性状为质量性状或 者数量性状，以及质量性状中的的基因的对数。 在数据的分析过程中要充分应用生物统计的方法，如方差分析，Χ2检验等。 二、突变体的细胞学观察 核型分析原理与步骤 核型分析是指在一个物种内，对其染色体数目。结构及其它特征进行描述性分析，从而对单一染色体进行初步分析的过程。在突变基因确定为核基因后，则可以进行核型分析。 不同物种的染色体都有各自特定的形态结构（包括染色体的长度、着丝点位置、臂比、随体大小等）特征，而且这种形态特征是相对稳定的。因此，染色体核型分析是植物遗传性研究的重要内容。 染色体核型分析主要包括染色体长度、染色体臂比、着丝点位置、次缢痕等。染色体的长度差异有两种，一种是不同种、属间染色体组间相对应的染色体的绝对长度差异，一种是同一套染色体组内不同染色体的相对长度差异。

突发环境事件(环保)应急预案编制包含内容范本

1 总则.......................................................................................... 错误！未定义书签。 1.1 编制目的....................................................................... 错误！未定义书签。 1.2 编制依据....................................................................... 错误！未定义书签。 1.2.1 法律、法规........................................................ 错误！未定义书签。 1.2.2 技术规范............................................................ 错误！未定义书签。 1.2.3 其他相关文件.................................................... 错误！未定义书签。 1.3 事件分级....................................................................... 错误！未定义书签。 1.3.1 国家突发环境事件分级.................................... 错误！未定义书签。 1.3.2 公司突发环境事件分级.................................... 错误！未定义书签。 1.4 适用范围....................................................................... 错误！未定义书签。 1.5 工作原则....................................................................... 错误！未定义书签。 1.6 应急预案关系说明....................................................... 错误！未定义书签。 2 应急组织指挥体系与职责...................................................... 错误！未定义书签。 2.1 内部应急组织机构与职责........................................... 错误！未定义书签。 2.1.1内部应急组织机构............................................. 错误！未定义书签。 2.1.2应急组织机构职责............................................. 错误！未定义书签。 2.1.3人员替补规定..................................................... 错误！未定义书签。 2.2 外部指挥与协调........................................................... 错误！未定义书签。 3 预防与预警.............................................................................. 错误！未定义书签。 3.1预防................................................................................ 错误！未定义书签。 3.1.1 制度保障措施.................................................... 错误！未定义书签。 3.1.2 硬件保障措施.................................................... 错误！未定义书签。 3.1.3 防止废水泄漏至外环境的措施........................ 错误！未定义书签。 3.1.4防止废气泄漏至外环境的措施......................... 错误！未定义书签。 3.2 预警............................................................................... 错误！未定义书签。 3.2.1 预警条件............................................................ 错误！未定义书签。 3.2.2 预警措施............................................................ 错误！未定义书签。 3.2.3 预警解除............................................................ 错误！未定义书签。 4 应急处置.................................................................................. 错误！未定义书签。

危险废物突发环境事件应急演练方案

宜昌市危险废物集中处置中心危险废物突发环境事件应急演练方案 为进一步加强危险废物集中收集处置过程中安全生产管理工作，牢固树立“安全第一、预防为主、综合治理”的安全生产工作方针，切实提升中心各级管理人员和从业人员的安全生产意识和对突发事件的应急反应速度和应急抢险能力，维护人民群众的生命和财产安全，构建“集中领导、统一指挥、结构完整、功能全面、反应灵敏、运转高效”的突发事件应急体系，确保一旦发生危险货物运输事故，能以最快的速度、最大的效能，有序地实施救援，最大限度减少人员伤亡和财产损失，把事故危害降到最低限度，确保迅速有效地处理各类突发事件，提高全中心应对突发环境事件的综合能力，编写此方案。 一、应急演练领导小组成员： 总指挥：肖淑君 副总指挥（现场指挥）：郭贵伟 现场指挥部：郝斌、舒翼 应急监测组：方登志、严霄 现场调援组：生产部、工程部、技术部 信息传输组：办公室 评估组：技术部 二、应急演练时间： 二零一二年月日

三、应急演练地点： 宜昌市危险废物集中处置中心 四、应急演练内容： 一是宜昌市危险废物集中处置中心在处置危险废物时，发生泄漏并燃烧；二是运送危废的车辆在运输过程中，发生意外泄漏事故。 假设宜昌市危险废物集中处置中心在处置危险废物时，桶装废液发生泄漏并引发燃烧，产生大量有毒烟雾，中心及时启动应急预案，对雨水口进行封堵并对消防废水进行收集，集中到事故调节池，中心积极组织自救，同时上报有关上级主管部门；环保部门接报后及时组织市、区两级环保部门和环境应急专家赶赴现场，开展环境应急事故技术指导工作，在中心的配合下对危险废物进行快速、安全处置。 假设在紧急处理中心环境污染事故的同时，又有一辆运送危险废物（废乳化液）的车辆在运输途中发生意外事故，导致大量的废乳化液泄漏，影响道路，同时事故地靠近柏临河，如果处置不及时，大量废乳化液极有可能流入柏临河，污染河道。现场指挥部接报后，及时调整力量进行快速处置。 五、应急演练器材保障及注意事项： （一）演练车辆： 危险废物运输车一辆，救援车一辆，消防水车一辆，救援物质运输车一辆，统一停放在车库待命。 （二）演练通讯设备、通讯器材（对讲机）由信息传输组负责、模拟道具、桌椅条幅警戒线等由生产部负责，其他后勤保障物资由办