使用Eclipse UML2 Tools建模的方法

开发环境：

要使用Eclipse UML2 Tools插件，环境的配置是很重要的，我的开发环境如下：

l JDK1.5.0_01

l Eclipse 3.3M6

l emf-sdo-xsd-SDK-2.3.0M6

l emft-query-SDK-1.1M6

l emft-transaction-SDK-1.1M6

l emft-validation-SDK-1.1M6

l GEF-ALL-3.3M6

l GMF-sdk-2.0M6

l mdt-ocl-SDK-1.1M6

l mdt-uml2-SDK-2.1M6

l mdt-uml2tools-SDK-1.0.0M6b

简介

这篇文章向你介绍使用UML2 Tools新建模型的过程。我们使用一个简单模型作为例子，用Rose设计的模型图如下：

新建项目

l File>New>Project…,在弹出的对话框中，选择Eclipse Modeling Framework>Empty EMF Proj ect，点击”Next”按钮，在对话框中，输入项目名：umltools，点”Finish”按钮；

新建模型

l File>New>Other…，在弹出的对话框中，选择Examples>UMLClass Diagram，点击”Next”按钮，在这个对话框可以指定UML类图的文件名和存放位置，输入文件名test.umlclass_diagram和文件存放路径u mltools\model，点击”Next”按钮，在这个对话框中可以指定uml文件名和存放路径，输入文件名test.uml 和文件存放路径umltools\model，点”Finish”按钮，此时系统自动打开类图编辑器，如图：

新建基本类型

l选择编辑器，在属性页的Name属性上，输入test，如图：

l选中类图编辑器调色板上的PrimitiveType，拖动至编辑区域，输入Name属性（String），这样就新建Stri ng基本类型，同样操作，新建基本类型float和long；

新建类

l选中类图编辑器调色板上的Class，拖动至编辑区域，输入Name属性（Customer），这样就新建Customer 类，同样操作，新建类Order；

新建属性

l选中类图编辑器调色板上的Attribute，拖动到类Customer，输入Name属性（name）,选择Type属性（< PrimitiveType>String），这样就新建Customer类的name属性，同样操作，新建类Order的id和price 属性；

新建关联

l选中类图编辑器调色板上的Association>Composite Aggregation，关联类Customer和Order，输入Na me属性（Customer_orders）；

l在Customer类中新建orders属性，选择该属性的Association为Customer_orders，选择Type属性为Order，输入Lower属性为0，Upper属性为-1；

保存模型

保存模型，这样一个简单的模型就新建完毕。

WimTool使用教程

WimTool使用教程 一、基本介绍： 1、WimTool并不是Imagex的GUI，可以脱离Imagex而独立使用。 2、WimTool能提供普通用户对WIM格式文件最常用的处理功能，如制作映像文件、挂载映像、解开Wim映像到硬盘的目录和向现存的Wim文件加入新的映像卷等。 3、在WimTool中，对Wim文件进行操作处理时，界面元素给用户提供了相当的显示信息，对Wim 文件最常见的处理出现失败时，WimTool会提供失败的说明。 4、WimTool界面采用分页式设计，每页都提供了必要的操作说明、选项要求和注意事项。初次使用的用户，请先阅读每页的操作说明。 二、运行环境： Windows XP/2K3/Vista及它们相应的PE系统，在上述系统中安装WimFltr组件后可以使用全部功能，如果没有安装WimFltr组件，只需一个位于同目录中的WIMGAPI.DLL文件也可使用大部分常用功能。 三、功能简介： 1、支持制作不同压缩类型的映像文件。在制作新的映像文件时，用户可以给新的映卷指定映卷名称和映卷描述，并加上启动标记，同时用户可以在WimTool中指定压缩类型。 2、支持向现有的映像文件添加新的映卷，并可指定新映卷的名称和描述，并加上启动标记。向现有映像文件添加新的映像卷时，WimTool会自动检测原映像文件的压缩类型，并使新加入的映像卷与之匹配。 3、支持挂载和卸载Wim文件。用WimTool挂载Wim文件时，用户可以选择指定的映像文件和挂载目录，同时也可指定挂载方式(是否可写或只读)。 4、支持向硬盘解开(应用)Wim文件中指定的映像卷，包括解开分割包。WimTool解开Wim文件时会自动检测用户指定的Wim是否属分割包，并将其它分包系列也解开到指定目录。 5、支持将单一的大体积Wim文件按指定大小分割，分包文件既支持WimTool解开也支持Imagex解开。 6、支持将某一Wim文件中存在的映像卷导入到另一个Wim文件中。导入映像卷的目标Wim文件既支持Imagex操作，也支持WimTool操作，如挂载、解开等。 7、支持从已有的Wim文件中删除已有的映像卷条目。 8、支持查看Wim文件的基本属性和详细信息，如映卷名称、映卷描述、压缩类型、映像卷数目、是否属分割包等。 9、支持列出系统所有挂载的Wim映像及其挂载目录、挂载方式等。 10、支持修改现有的Wim映像文件中的某个映卷的名称和描述，并加上启动标记。 11、支持Mount 、MountRW 、UnMount 、Apply 、Capture 和Append 六项命令行参数及它们的常用选项。 12、支持WIM映像文件与WimTool程序直接关联，并可创建右键菜单，方便挂载或打开WIM映像文件。 13、支持列出映像内的文件目录，这个功能相当于ImageX的/DIR参数，可以在PE系统中使用。 14、支持通过配置文件定义捕获映像或解开映像的规则。WimTool的配置文件与ImageX的兼容。在WimTool内置了一份默认的配置文件，这个配置文件与ImageX的默认配置文件相同。 15、在图形视窗界面中，WimTool对制作映像、解开映像、导出映像、列文件目录等过程提供用户中止操作支持。 16、注册WIM文件关联后可通过双击WIM文件打开WIM映像内的程序或启动到WimTool的图形界面。 17、支持鼠标右键扩展菜单快速展开WIM映像文件和快速制作WIM映像文件，这两项操作提供处理

eclipse使用技巧

代码篇： 1.在源代码中快速跳转: eclipse中的跳转甚至比https://www.sodocs.net/doc/2314151086.html,还方便，方法是按住Ctrl键，然后鼠标指向变量名，方法名，类名，就会出现链接，点击就可跳到定义处。 2.实时语法检查: 编辑区右侧如果有红色小方块，直接点击就可跳到有错的行；黄色小方块是警告，可以忽略，但最好检查一下；如果某个函数尚未完成，要提 醒自己注意怎么办？加上注释// TODO，右侧就会有蓝色小方块，提示你此处尚未完成。当一个源码的右侧没有任何提示时，说明这个文件已经 完成了。 3.自动生成getter/setter方法: 只需要申明protected，private类成员变量，然后在Package Explore中找到该类，右键点击，选择“Source”“Generate Getters and Setters”。 4.更改类名/变量名: 如果涉及到多处修改，不要直接在源码中更改，在Package Explore中找到要改名的类或变量，右键点击，选择“Refactor”“Rename”， eclipse会自动搜索所有相关代码并替换，确保不会遗漏或改错。 5.匹配Try: 如果写的代码需要抛出或者捕捉异常，在JBuilder中，你需要首先引入这个异常类，然后再在写好的代码前后加try，catch或者在方法后面加 throws，在eclipse里完全不必要这样，只需要写好代码，然后按ctrl + 1，这时会出来提示，提示你是throw还是catch这个异常，选择你需要 的，按下enter就可以了。 6.快速书写循环代码： 在写循环或者选择条件的语句时，先写出关键字如if、while，然后按alt + /自己去看有什么好处吧。接下来会出来提示代码，按下tab可以在 框框中跳，按下确定跳出代码提示。 热键篇： ctrl + D：删除行 ctrl + M：当前窗口的最大化或最小化 ctrl + L：跳到指定的行 ctrl + 1：代码纠错提示 alt + /：代码辅助提示 F11：运行上次运行的程序

Eclipse常见问题初学者入门必备

1 Eclipse的概述 ●Eclipse是一种可扩展的开放源代码的IDE。 ●Eclipse的特点描述 ?免费 ?纯Java语言编写 ?免安装 ?扩展性强 ●MyEclipse ?在Eclipse基础上追加的功能性插件，对插件收费 在WEB开发中提供强大的系统架构平台 Eclipse是一种可扩展的开放源代码的IDE。起始于1999年4月，由OTI和IBM两家公司的IDE产品开发组组建。2001年11月，IBM公司捐出价值4000万美元的源代码组建了Eclipse联盟，并由该联盟负责这种工具的后续开发。最初主要用于Java语言开发，通过安装不同的插件，Eclipse可以支持不同的计算机语言开发。 Eclipse： 可免费使用 早期是由Java开发人员使用Java语言编写，工具所带来的快捷帮助完全符合Java编程人员的习惯 免安装，由于使用Java语言编写，需要为其提供JDK与JRE 扩展性强，工具本身不具有的功能，可以通过标准接口扩展添加功能 MyEclipse： MyEclipse是在Eclipse基础上追加的功能性插件 MyEclipse目前已收费 MyEclipse主要在JavaWeb方面为开发者提供强大的系统架构平台 早期的MyEclipse安装需要基于Eclipse安装目录，后期逐渐发布完整版开发包，安装后自带Eclipse、JDK和各种插件

2 Eclipse的下载，安装及卸载 ●下载 https://www.sodocs.net/doc/2314151086.html,/ ●安装 ?绿色版解压就可以使用(Eclipse) ?安装版双击运行,一路next即可(JDK) ●卸载 ?绿色版直接删除文件夹即可 ?安装版专业卸载软件或者控制面板添加删除程序 ●下载 https://www.sodocs.net/doc/2314151086.html,/ ●安装 ?绿色版解压就可以使用(Eclipse) ?安装版双击运行,一路next即可(JDK) ●卸载 ?绿色版直接删除文件夹即可 ?安装版专业卸载软件或者控制面板添加删除程序 3 Eclipse的基本使用 ●选择工作空间 ?工作空间其实就是我们写的源代码所在的目录 ●用Eclipse来完成一个HelloWorld案例 ?代码以项目为基本单位 ?创建项目 ?创建包 ?创建类

VisionPro控件的使用

VisionPro控件的使用C# 开发篇 VisionPro 常用控件的说明 1．工具设置窗体 a.CogPMAlignEditV2 [ 模版匹配设置窗体控件] CogPMAlignEditV2.Subject : 工具关联对象 如：CogPMAlignEditV2.Subject = CogPMAlignTool1; CogPMAlignTool1 的类型为CogPMAlignTool b.CogFixtureEditV2 [ 坐标定位设置窗体控件] CogFixtureEditV2.Subject : 工具关联对象 如：CogFixtureEditV2.Subject = CogFixture Tool1; CogFixture Tool1的类型为CogFixture Tool c.CogCalibNPointToNPointEditV2 [ N点坐标矫正设置窗体控件]

CogCalibNPointToNPointEditV2.Subject : 工具关联对象 如：CogCalibNPointToNPointEditV2.Subject = CogCalibNPointToNPoint Tool1; CogCalibNPointToNPoint Tool1的类型为CogCalibNPointToNPoint Tool ------------------------------------------------- 其中： 未矫正X : 像素坐标X 未矫正Y : 像素坐标Y 原始的已校正X : 物理坐标X 原始的已校正Y : 物理坐标Y ------------------------------------------------- d.CogFindCircleEditV2 [ 圆形寻找设置窗体控件] CogFindCircleEditV2.Subject : 工具关联对象 如：CogFindCircleEditV2.Subject = CogFindCircle Tool1; CogFindCircle Tool1的类型为CogFindCircle Tool e.CogAcqFifoEditV2 [ 相机信息设置窗体控件]

Eclipse常用技巧总结：热键,自定义模版及其他

Eclipse常用技巧总结：热键，自定义模版及其他 关于eclipse的使用方面，其实有些东西都是小技巧的东西。知道了这些Eclipse 常用技巧后，对编程会带来很大的方便。 一.老是使用鼠标操作，有的功能要点好多次鼠标，eclipse热键都有哪些呢？ 热键是Eclipse常用技巧中最常见的一个了。平时使用eclipse编程中，我最常用的三个组合热键： 1.alt+/ 代码提示功能，编程中首选热键熟悉delphi编程的同事经常把它改为ctrl+space 2.ctrl+shift+f 代码排版为了是你写的程序代码版面更清晰，你可以尝试使用该热键 3.ctrl+shift+o 整理你的import部分的内容，会把多余的import项清理掉 更多的热键可以在window->preferences->general->keys查看 二.有些代码或注释在几乎每个类中都要出现，我想使用方便的方法来自动生成，我该怎么办呢？ eclipse中可以自定义模板，只需要输入模板的名称，就可以帮你生成你预先定义好的模板代码。 个性的注释，log4j记录器等都可以自定义模板，让eclipse帮你方便的生成你所需要的代码。 Eclipse自定义模板在window->preferences->java->editor->templates中设置。 三.我想改变eclipse默认的字体大小和颜色，该怎么办呢 如果你使用了19寸大液晶屏，那么你不妨把eclipse默认的10号字调大一些，保护你的眼睛。 或者你嫌eclipse默认的颜色设置不好看。 那么你可以看看window->preferences->appearance->colors and fonts 四.我不小心关闭了某个视图窗口，怎么让它再显示出来？ 遇到这个问题，你可以看看这里window->show view

Eclipse使用方法[精髓]

附录C 3.2.2使用简介 C.3 使用开发工具进行编程 当下载并安装完毕Eclipse 3.2.2开发工具后，可以使用该开发工具进行代码的开发了，本节将使用该工具开发一段代码，介绍如何使用该开发工具进行编程，请按照如下步骤进行操作。 （1）首先打开Eclipse 3.2.2开发工具，稍等片刻之后，会进入到图C-8所示的界面，在这里将设置工程文件默认的存放路径。 图C-8 设置工程文件默认的存放路径 （2）本书选用默认路径作为工程文件的存放路径，当设置完成之后，就可以单击“OK”按钮，稍等片刻进入Eclipse 3.2.2的主程序。如图C-9所示。 图C-9 Eclipse 3.2.2主程序的欢迎界面 （3）这时可以将欢迎界面关掉，并单击“File” 菜单，将鼠标移动到“New”菜单项上，此时可以看

到图C-10所示的界面。 （4）在图C-11所示的“New”子菜单中选择“Project…”菜单项来创建工程文件，单击之后，会弹出一个图C-12所示的对话框。 （5）在该对话框中将选择所要创建工程的类型，可以选择“Java Project”选项，并单击“Next”按钮来进行创建。单击完“Next”按钮后，会进入图C-13所示的界面，在这里将设置工程文件的名称。 （3）可以在“Project Name”文本框中设置该工程的名称，例如这里将该工程的名称设置为“T est”，当设置完毕之后，可以单击“Fini sh”按钮完成设置。单击完“Fini sh”按钮后，可以在开发工具的主界面左侧看到本工程的工程树。如图C-14所示。 图C-12 选择工程文件的类型图C-13 设置工程文件的名称 图C-14 主界面中的工程树 （4）由于还没有创建文件，所以创建工程完毕之后，工程树比较空，这时可以为该工程创建代码文件，单击“File”菜单，并在其中“New”子菜单中选择“Class”选项。这样会弹出一个用来创建文件的向导提示框，如图C-15所示。

deploytool使用的具体说明

通常编写的matlab程序只能在装有matlab的机器上执行，但是没有安装matlab的怎么办呢？这个可以使用matlab的自带工具-Deploy Tool。 Matlab的Deploy Tools 可以方便的将matlab工程编译成所支持的类型，例如一般的Windows应用程序，Matlab for .NET/COM ,Matlab for Java,Matlab for Excel 等。 其原理就是先使用MCC 编译器根据你的m文件生成相应的c语言文件以及数据文件，然后在调用C/C++编译器编译成可执行文件或者控件库。 在Matlab 2007a 中Deploy Tool其实是一个MCC的前端界面（用MCC的命令行参数一样可以完成编译工作） 下面是用Deploy Tool来编matlab工程。 首先创建prj工程，从菜单中定位到“New”-》“Deployment Project”然后会提示选择类型

然后添加文件

接着你就可以编译了 第一次编译会让你去选择C/C++编译器，运行mbuild -setup 之后matlab会自动搜索系统所安装的C/C++编译器， 然后让你给出选择，matlab自带了LCC编译器，不过可以使用VC的编译器。 选择好了之后你就可以编译了，编译之前你可以设置工程属性，例如通用设置：

可以指定生成的中间文件的路径，编译选项，等等，你还可以设置选择针对哪些工具箱进行扫描：

当然你还可以手动设置C/C++编译器路径，头文件、库文件目录，警告等级等 不过想要你的程序在没有安装Matlab的机器上运行，还有一点要注意，就是Matlab编译出来的程序需要用到Matlab的一些包括但不限于数学、图形等动态链接库，这些是你的程序必要的运行时环境，你可以拷贝 （MatlabDIR）\ toolbox\\toolbox\compiler\deploy\win32\MCRRegCOMComponent.exe 到目标机器安装，然后就有了运行时环境，当然使用Deployment Tool工具可以设置自动打包这个运行时，具体在设置页勾选“Include MATLAB Comptent Runtime(MCR)”：

Eclipse中常用的操作的英文单词及翻译

Eclipse中常用的操作单词 1. Existing Project into Workspace 现有的工程引入工作空间(加载工程) File 文件 New 新建 Project 工程 Folder 文件夹 Import 引入(加载&导入) Run As 运行 Application 应用程序 copy 复制 paste 粘贴 Delete 删除 properties 属性 Java Build Path 建立java路径 Libraries 库 Add Library 添加库 User Library 用户库 Next 下一步 User Libraries 用户库 New 新建 JDBC-ODBC 桥 2. 需掌握的单词 overload 重载 override 重写(覆盖) 3. 程序编写时常用的单词 package 指定文件夹 class 类 static 静态类型 true 真 false 假 String 字符串对象(也是一种数据类型) extends 继承 this 当前对象引用 super 父类对象引用 Math.random() 随机数 interface 接口 implements 继承接口 throw 抛出

throws 抛出 try 尝试 catch 捕获 Exception 异常 Separator 分割线 4. 基本数据类型(返回值类型中的一部分) 英文类型默认值封装类byte 字节型0b Byte char 字符型'\u0000' Character short 短整型0 Short int 整型0 Integer long 长整型0 Long float 单精度浮点型0.0f Float double 双精度浮点型0.0 Double boolean 布尔型flase Boolean String 字符串null String 5. 访问控制修饰符 public 公有的 protected 公共的(保护的) private 私有的 6. 类修饰符 final 最终 new 新的 abstract 抽象 finally 最终的 7. 逻辑关键字 if 如果 else 否则 switch 开关 case 事件 default 默认 for (循环) while (循环) do-while (循环) continue 继续 break 打破 8. 类

Eclipse使用指南

Eclipse使用指南（北京）技术有限公司

1 修订记录

2 目录 1修订记录 (1) 2目录 (1) 3概述 (1) 4基本操作 (1) 4.1常用的快捷键 (1) 4.2设置T ask (2) 4.3eclipse.ini配置 (2) 4.4代码模板 (2) 5插件 (3) 5.1Subversion插件 (3) 5.2Tomcat插件 (4) 6常见问题解答 (4) 6.1Javaw.exe启动有问题 (4) 6.2Ant不能执行 (4) 6.3ant超时解决办法 (4) 7参考资源 (5) 7.1插件地址 (5)

3 概述 本文是关于Eclipse的使用指南。内容包括：eclipse配置、快捷键的使用、使用建议、代码模版的配置、相关参考资源等。 4 基本操作 4.1 常用的快捷键 它可以大大的增强您的开发效率，要想成为高手的必备技能之一。 对于一个仅仅知道几个快捷键的选手，不要急于一天就能掌握所有的操作。可以每天重点使用几个，对于一个java程序员，几周就可以熟练掌握。 1． Alt+shift+s 操作source源代码的一些方式 2． F4 查看类的结构和继承关系 3．可以用Ctrl+shift+L可以查阅，它能增加巨大的效率。 4． Ctr＋H：查找具体的类 5． F3 ：等价于Ctr＋被选中的某个单词 6．Ctrl＋/：可以在选中一定的区域后，可以直接的全部加上注释。Ctrl + shift +/可以注释块。 7． Tab＋shift：按钮可以跳tab距离。 8．全部选中＋tab：可以向前跳置tab的距离。 9． F5和F6:是常用的调试按钮。非常的有用。 10．F4：在选中的类中可以查看类图的集成结构。 11．Shift+鼠标右键，可以选择一行，比直接的按住右键好用多了。 12．Ctr + Shift + o organize import 非常的好用。 13．Ctr + o Quick outline 14．Ctr + Shift + e 在单独的窗口中。列出当前所有的文件， 15．Ctr + T 查询调用该函数父函数。比F4好用。 16．Alt + shift + R 重命名选中的函数rename 17．Ctr + F3 可以查看类

Eclipse常见问题及解决方法

、修改字体大小 二、修改代码的背景颜色 先取消这个勾 备注：个人觉得看代码看久了眼睛会很累，所以建议把字体调大点和 背景颜色改成比较暗的比较好。 _r 二一- J * r 七 - 三、修改项目的编码格式。（防止导入项目出现中文注释乱码） 备注：这招不是万能的，有可能这样设置了还是产生中文乱码。 选择自己喜欢的颜 色， 或者自定义颜色

四、导入项目出现中文注释乱码的解决方法。 1.中文注释乱码症状: 2.解决方法：安装系统文件浏览器插件。 下载地址 3.安装方法：（文件插件,复制到你ecli pse安装目录下的plug ins文件夹内, 重启eclipse,就会在工具栏内有个快速打开图标）如图： 4.使用方法：（点击文件，在点插件的图标） 进入文件路径后，选中文件，用记事本打开: 用记事本打开文件后，全部复制代码，再回到ecl ip se里, 全部代替有乱码的代码，就行了。 五、还有几种出现错误的情况: 1.导入项目，工程文件显示有个红色的X,但没有具体显示 哪里错了。只显示下面这句话: An droid requires comp iler comp lia nee level or . Foun d" in stead. Please use An droid Tools > Fix Project Prop

erties. 解决方法：选中文件，右键->android tools->fix project properties 如下图: 2.导入文件，工程文件有个红色的叹号，或者没有生成文 件。 解决方法：clea n —下出现问题的工程。 3.找不到activity 类: Un able to find exp licit activity class {xxxx} 解决方法：在中增加activity 的申明，如: vactivity an droid: name=".xxxActivity" > 这里选中需要 clean 的工程。 六、Eclipse下的调试技巧 断点大家都比较熟悉，在Eclipse Java编辑区的行头双击就会得到一个断点，代码会运行到此处时停止。 条件断点，顾名思义就是一个有一定条件的断点，只有满足了用户设置的条件，代码才会在运行到断点处时 停止。 在断点处点击鼠标右键，选择最后一个"Break poi nt Prop erties" 断点的属性界面及各个选项的意思如下图, 2、变量断点

GATK使用方法详解-plob最详尽说明书

GATK使用方法详解 一、使用GATK前须知事项： （1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如Ion Torrent）或者实验设计（RNA-Seq）的分析方法。 （2）GATK是一个应用于前沿科学研究的软件，不断在更新和修正，因此，在使用GATK进行变异检测时，最好是下载最新的版本，目前的版本是2.8.1（2014-02-25）。下载网站：https://www.sodocs.net/doc/2314151086.html,/gatk/download。 （3）在GATK使用过程中（见下面图），有些步骤需要用到已知变异信息，对于这些已知变异，GATK只提供了人类的已知变异信息，可以在GATK的FTP 站点下载（GATK resource bundle）。如果要研究的不是人类基因组，需要自行构建已知变异，GATK提供了详细的构建方法。 （4）GATK在进行BQSR和VQSR的过程中会使用到R软件绘制一些图，因此，在运行GATK之前最好先检查一下是否正确安装了R和所需要的包，所需要的包大概包括ggplot2、gplots、bitops、caTools、colorspace、gdata、gsalib、reshape、RColorBrewer等。如果画图时出现错误，会提示需要安装的包的名称。 二、GATK的使用流程 GATK最佳使用方案：共3大步骤，即: 原始数据的处理 --> 变异检测--> 初步分析。 原始数据的处理

1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对（mapping） 对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping。 Bwa比对步骤大致如下： （1）对参考基因组构建索引： 例子：bwa index -a bwtsw hg19.fa。 构建索引时需要注意的问题：bwa构建索引有两种算法，两种算法都是基于BWT 的，这两种算法通过参数-a is 和-a bwtsw进行选择。其中-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的，必须要大于等于10Mb；-a is是默认参数，这个参数不适用于大的参考序列，必须要小于等于2G。 （2）寻找输入reads文件的SA坐标。 对于pair end数据，每个reads文件单独做运算，single end数据就不用说了，只有一个文件。 pair end： bwa aln hg19.fa read1.fq.gz -t 4 -I > read1.fq.gz.sai bwa aln hg19.fa read2.fq.gz -t 4 -I > read2.fq.gz.sai single end： bwa aln hg19.fa read.fq.gz -l 30 -k 2 -t 4 -I > read.fq.gz.sai 主要参数说明： -o int：允许出现的最大gap数。 -e int：每个gap允许的最大长度。 -d int：不允许在3’端出现大于多少bp的deletion。 -i int：不允许在reads两端出现大于多少bp的indel。 -l int：Read前多少个碱基作为seed，如果设置的seed大于read 长度，将无法继续，最好设置在25-35，与-k 2 配合使用。 -k int：在seed中的最大编辑距离，使用默认2，与-l配合使用。 -t int：要使用的线程数。

Eclipse_CDT安装及使用教程

Eclipse CDT安装及使用教程 Eclipse CDT安装教程 一、安装配置JDK 1、下载windows jdk 安装包，可以从官网下载，也可以从这里下载，下载完成后，按照一般软件安装的方法安装； 2、安装完成后，找到安装目录，如C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_35，记录下来； 3、Windows7下右击电脑桌面的计算机，选择属性，然后点击右边的“高级系统设置”，在弹出的对话框点击“环境变量”，如图。 4、在步骤3中弹出的对话框的下方，看到系统变量，点击下方的“新建”（见图12），然后在变量名的地方填入JA V A_HOME，变量值填入步骤2中记录的路径，然后点击确定；

5、按照步骤4的方法，新建另一个变量，变量名是：CLASSPATH，变量值是：.;%JA V A_HOME%\lib\dt.jar;%JA V A_HOME%\lib\tools.jar;%JA V A_HOME%\jre\lib\rt.jar 统变量中找到变量名为PATH的变量，双击，在变量值的最后加上：;%JA V A_HOME%\bin（见图），然后一路确定。 7、至此，eclipse的运行环境配置成功。

二、配置C/C++编译器MinGW Windows下安装配置MinGW 从MinGW官网下载最新程序，下载地址： https://www.sodocs.net/doc/2314151086.html,/project/mingw/Installer/mingw-get-inst/mingw-get-inst-20120426/mi ngw-get-inst-20120426.exe； 双击下载好的程序，然后一路点击“Next”按钮，直到图1的界面，选择“I accept the agreement”，然后点击next。 3、选择路径，默认放在C:\MinGW，点击next；接下来的界面也是next；一直到图中的组件选择界面，勾上C Compiler前面的钩，也可以按自己喜好选上C++ Compiler或其它组件，点击next；在下一个界面点击Install，就会进行安装。

Eclipse – 整合开发工具8

出现Move Static Members窗口 III. 按浏览按钮，开启Choose Type窗口，选择要移动的目的地

图6.49 IV. 按预览，以查看预览，或按确定，执行重构作业，不查看预览V. 预览窗口会显示重构要更动的部份，下半部的窗格显示两者的比较

图6.50 6.6自行封装字段(Self Encapsulating a Field) 如果要自行封装字段，请执行下列动作： I. 在Java编辑器中选取字段 II. 「Refactor」→「Encapsulate Field...」 (或是在编辑器按右键，选取「Refactor」→「Encapsulate Field...」)

图6.51 出现Encapsulate Field 窗口 图6.52 III. 在Getter 名称字段中输入Getter 的名称。 IV . 在Setter 名称字段中输入Setter 的名称。 V . 使用在下列后面插入新方法组合框，指出Getter 与（或）Setter 方法的位置。 VI. 从存取修饰元群组中选取一个圆钮，以指定新方法的可见性。 VII. 在宣告字段所在的类别中，读取权和写入权可为直接的，或者可以使用Getter 和如果想要重构作业将 III IV V VI VII VIII IX

所有这些存取权转换成使用Getter 和Setter ，请选取使用Getter 和Setter 圆钮。 如果不想让重构作业修改宣告字段所在之类别中的现行字段存取权，请选取保留字段参照圆钮。 VIII. 若要产生Javadoc 批注，则选取勾选框 IX. 如果要先预览再进行重构作业，请按预览，或如果要直接进行重构作业而不预览，请按确定。 图6.53 X. 预览窗口会显示重构要更动的部份 XI. 下半部的窗格显示两者的比较 X XI

软件开发工具Eclipse

1.E CLIPSE定义P101:一种支持多种语言的程序开发的集成环境。 2.E CLIPSE功能：开发源代码的，基于JAVA的可扩展集成应用程序开发环境。 3.E CLIPSE体系结构P101：运行时内核，工作空间，工作台（用户界面，SWT,API），其他插 件 4.JDK:java se development kit(JAVA软件工程开发包),CDT：编写C或C++的编辑器。 5.E CLIPSE依据的概念模式：开放源代码，体系结构的4个成分 6.E CLIPSE信息库构造：系统状况，设计成果，运行状况，项目版本。功能：使用查询，一 致性维护，录入更新。信息之间逻辑联系的识别与记录，如何实现定量信息与文字信息的协调一致。历史信息是难点：数量大格式多，所以加强标准化稳定数据结构P74 P70： 7.E CLIPSE文档生成，代码生成P77图4-6 8.项目管理，在资源管理器中管理项目project explore P118：new,import,clean,close project 9.E CLIPSE特点P101：可扩展的开发源代码IDE，框架的灵活性来源于扩展点，将高级设计 UML与低级开发工具（应用调试器）结合，能接受有JAVA开发者自己编写的开放源代码的插件。 10.E CLIPSE工作台定义P107:一个高级用户界面框架，为用户提供了一个整体架构和可扩展 的用户界面。 11.Eclipse工作空间WORKSPACE P107：是E CLIPSE在用户计算机磁盘上划出的一块区域，用来 存放用户的工作资料如代码配臵信息等。工作空间以项目为单位组织文件盒目录，他将各种资源组织成树形结构，项目位于数的根部，文件和文件夹位于树枝的位臵。 12.E CLIPSE工作台窗口P108：A菜单栏， B工具栏（主工具栏，视图工具栏） C透视图（编辑器，视图至少7个） 其中视图：导航器视图，大纲视图，控制台视图 13.项目管理：P122 14.常用快捷键P123:查找替换CRTL+F,切换视图CRTL+F7，切换编辑器CRTL+F6,切换透视图 CRTL+F8,打开搜索对话框CRTL+H,保存文件CRTL+S,编译CRTL+B,运行CRTL+F11（调试F11）15.帮助文档（联机方式动态方式）：:help contents(内容，索引，搜索结果，书签)dynamic help 16.MINGW:C/C++编译器： 新建C项目：FILE-NEW-PROJECT-C/C++PROJECT NEXT 新建源文件夹右击项目名NEW--SRC 新建C++类右击文件夹名SRC-NEW-CLASS 编译C程序右击项目名build configuationg—build all 运行C程序右击项目名run as /run configuationg 17.浏览功能navigate-open declartion F3 P144 18.重构功能P149 Refactor-rename PREVIEW对比 19.搜索功能P157SEARCH(文件搜索，任务搜索，C/C++搜索) 20.GDB:程序调试工具：运行暂停程序，指定断点处停可以检查原因，动态改变程序执行环 境，单步调试程序每个断点显示变量状态和值。 21.CDT：调试器window—preferences—run-debug调试视图相关属性；console(设臵控 制台视图大小输出缓存大小) 22.断点：自动停止并显示程序当前状态P163 行断点，方法断点（方法或函数），事件断点

java-Eclipse常用快捷键(常用)

下面几个是小弟在Java中常用到的快捷键，如果那位大哥有更好的常用快捷键应用，我们可以共同来完善此篇博文！！！请多支持 1、ctrl+shift+f自动对齐格式 2、alt+shift+s选择generate geter and seter 3、ctrl+f在全局进行常找并替换 4、alt+/内容辅助（代码提示） 5、ctrl+t列出所有实现此接口的类 6、ctrl+d删除当前行 7、ctrl+/注释当前行，再按则取消注释 8、F3查看源代码 1;解决sql注入的问题 2。多次编译sql语句，导致缓冲区益出 3，效率问题 //带参数数据操作一般使用preparedStatement ctrl+shift+f格式化代码 ctrl+shift+f格式化代码 把源代码与程序关联起来方法： 1：点击架包，再点attach sourch 2：右击架包，选——properties -------Eclipse快捷键大全(转载) Ctrl+1快速修复(最经典的快捷键,就不用多说了) Ctrl+D:删除当前行 Ctrl+Alt+↓复制当前行到下一行(复制增加)

Ctrl+Alt+↑复制当前行到上一行(复制增加) Alt+↓当前行和下面一行交互位置(特别实用,可以省去先剪切,再粘贴了) Alt+↑当前行和上面一行交互位置(同上) Alt+←前一个编辑的页面 Alt+→下一个编辑的页面(当然是针对上面那条来说了) Alt+Enter显示当前选择资源(工程,or文件or文件)的属性 Shift+Enter在当前行的下一行插入空行(这时鼠标可以在当前行的任一位置,不一定是最后) Shift+Ctrl+Enter在当前行插入空行(原理同上条) Ctrl+Q定位到最后编辑的地方 Ctrl+L定位在某行(对于程序超过100的人就有福音了) Ctrl+M最大化当前的Edit或View(再按则反之) Ctrl+/注释当前行,再按则取消注释 Ctrl+O快速显示OutLine Ctrl+T快速显示当前类的继承结构 Ctrl+W关闭当前Editer Ctrl+K参照选中的Word快速定位到下一个 Ctrl+E快速显示当前Editer的下拉列表(如果当前页面没有显示的用黑体表示) Ctrl+/(小键盘)折叠当前类中的所有代码 Ctrl+×(小键盘)展开当前类中的所有代码 Ctrl+Space代码助手完成一些代码的插入(但一般和输入法有冲突,可以修改输入法的热键,也可以暂用Alt+/来代替) Ctrl+Shift+E显示管理当前打开的所有的View的管理器(可以选择关闭,激活等操作) Ctrl+J正向增量查找(按下Ctrl+J后,你所输入的每个字母编辑器都提供快速匹配定位到某个单词,如果没有,则在stutes line中显示没有找到了,查一个单词时,特别实用,这个功能Idea两年前就有了) Ctrl+Shift+J反向增量查找(和上条相同,只不过是从后往前查) Ctrl+Shift+F4关闭所有打开的Editer Ctrl+Shift+X把当前选中的文本全部变味小写 Ctrl+Shift+Y把当前选中的文本全部变为小写 Ctrl+Shift+F格式化当前代码 Ctrl+Shift+P定位到对于的匹配符(譬如{})(从前面定位后面时,光标要在匹配符里面,后面到前面,则反之) 下面的快捷键是重构里面常用的,本人就自己喜欢且常用的整理一下(注:一般重构的快捷键都是Alt+Shift开头的了) Alt+Shift+R重命名(是我自己最爱用的一个了,尤其是变量和类的Rename,比手工方法能节省很多劳动力) Alt+Shift+M抽取方法(这是重构里面最常用的方法之一了,尤其是对一大堆泥团代码有用) Alt+Shift+C修改函数结构(比较实用,有N个函数调用了这个方法,修改一次搞定) Alt+Shift+L抽取本地变量(可以直接把一些魔法数字和字符串抽取成一个变量,尤其是多处调用的时候) Alt+Shift+F把Class中的local变量变为field变量(比较实用的功能) Alt+Shift+I合并变量(可能这样说有点不妥Inline) Alt+Shift+V移动函数和变量(不怎么常用)

VisionPro控件的使用

VisionPro 控件的使用C#开发篇 VisionPro 常用控件的说明 1. 工具设置窗体 a. CogPMAlignEditV2 ［模版匹配设置窗体控件 ］丄 '- CogPMAlignEditV2.Subject :工具关联对象 如：CogPMAlignEditV2.Subject = CogPMAlignTool1; CogPMAlignTool1 的类型为 CogPMAlignTool CogFixtureEditV2.Subject :工具关联对象 如：CogFixtureEditV2.Subject = CogFixture Tool1; CogFixture Tool1 的类型为 CogFixture Tool c. CogCalibNPointToNPointEditV2 [ N 点坐标矫正设置窗体控件 ] b. CogFixtureEditV2 ［坐标定位设置窗体控件 ] 匸 i CogFi>tureEditV2

讥；CogCalibNPoirtToNPciTitEdit￥2

CogCalibNPoi ntToNPoi ntEditV2.Subject :工具关联对象 如：CogCalibNPointToNPointEditV2.Subject = CogCalibNPointToNPoint Tooll; CogCalibNPointToNPoint Tool1 的类型为CogCalibNPointToNPoint Tool 其中： 未矫正X:像素坐标X 未矫正Y:像素坐标Y 原始的已校正X :物理坐标X 原始的已校正Y :物理坐标Y d. CogFindCircleEditV2 [圆形寻找设置窗体控件] CogFi ndCircleEditV2.Subject :工具关联对象 如：CogFindCircleEditV2.Subject = CogFindCircle Tool1; CogFindCircle Tool1 的类型为CogFindCircle Tool］ e. CogAcqFifoEditV2 ［相机信息设置窗体控件］同—

Eclipse使用方法介绍

（1）Eclipse启动后，弹出一个【工作空间启动程序】对话框，在【工作空间】文本框中输入“D:\java”目录，单击【确定】按钮。 工作空间workspace用于保存Eclipse所建立的程序项目和相关的设置。 （2）单击【确定】按钮，系统将出现Eclipse的欢迎界面，其中包含【概述】、【教程】、【样本】、【新增内容】以及工作台相关按钮和菜单栏等。

在Eclipse的欢迎界面中，单击【工作台】按钮或者关闭【欢迎】的界面窗口，将显示出Eclipse的工作台，包括标题栏、菜单栏、工具栏、编辑器、透视图和相关的视图。 3．Eclipse菜单栏 （1）文件菜单 包含【新建】、【保存】、【关闭】以及【刷新】等命令，主要用于新项目的创建、保存以及关闭等操作。 （2）编辑菜单 主要用于辅助程序设计代码设计工作、如代码的【复制】、【剪贴】和【粘贴】等。 （3）源代码菜单 包含的命令都是和代码编写相关的，主要用于复制编程工作。 （4）重构菜单 是Eclipse最为关键的菜单，主要包括对项目重构的相关命令，需重点掌握。 （5）项目菜单 用于管理Eclipse中的项目，用于项目的打开与关闭、自动构建等操作。 （6）运行菜单 包含了与程序运行和调试相关的各种操作，同时还具有保存运行和调试的记录功能。（7）窗口菜单 用于显示、隐藏或处理Eclipse中的各种视图和透视图。 4．Eclipse中创建Java项目 在Eclipse中编写应用程序时，需要先创建一个项目。Eclipse的多种项目中，其中Java 项目是用于管理和编写Java程序的。 （1）创建一个java项目

（2）新建一个类文件

Eclipse常用插件

Eclipse开发经常用到的插件 1：Colorer Take Colorer Take 能为在Eclipse中打开的各种类型源代码文件按语法着色。支持150多种语言。 2：Code Folding Code Folding 加入多种代码折叠功能（比eclipse自带的更多）。 3：RegEx Test RegEx Test 测试正则表达式。 4：SVN 版本管理等 5：ANT 将项目打包为jar文件 6：MemoryManager 内存占用率的监视 7：TomcatPlugin 支持Tomcat插件 8：eclipse UML UML建模插件功能其全。 9：JSEditor JSEditor也是一个可以在eclipse下编写JavaScript的插件。 10：CDT

C/C++在Eclipse平台下的开发工具．它提供的功能包括：C/C++编辑器(一些基本的功能：语法高亮显示,代码编辑等)，C/C++调试器,C/C++ Launcher，剖析器，内容提示，Makefile生成器等。 11：myJSEditor myJSEditor是一个JavaScript编辑器。它的功能包括：语法高亮显示，代码自动完成等。myJSEditor还对自定义的JavaScript对象有高亮显示，代码自动完成的功能。 12：EasySQL EasySQL:Eclipse SQL插件。包含SQL编辑器和执行器,表格编辑器，数据导出工具。EasySQL设计成易于与其它插件相集成。如果在你的项目中需要数据库操作功能，可以考虑该插件。 13： Multi Clipboard Multi Clipboard为Eclipse源代码编辑器提供一个可以把多次复制的内容保存起来的剪贴板，它不会像正常剪贴板一样只是保存最后一次复制的内容。你可以设置该插件当Eclipse关闭时会把Multi Clipboard中的内容保存一个文件中，当Eclipse再次打开时会重新加载保存到文件中的内容。你还可以通过设置该插件把Multi Clipboard中的内容变成可编辑。 14：DBViewer DBViewer是一个数据库管理插件。通过JDBC驱动支持各种类型数据库。支持数据库结构查看，生成ValueObject，区分DDL差异，直接编辑表格数据，支持Blob/Clob数据类型，增删改字段，增删约束，增删索引，高亮显示SQL语法，Content Assist，提供SQL模板，格式化SQL脚本，保存/打开/执行SQL 脚本等。 15：Memory Analyzer(MAT) Eclipse Memory Analyzer是一个快速并且功能强大的Java heap分析器，能够帮助你查找内存泄漏和减少内存消耗。 16：Javascript Debug Toolkit JSDT(Javascript Debug Toolkit)是一个用于javascript调试的eclipse 插件，用于调试javascript。JSDT可以跨浏览器调试，支持在 IE,Firefox,Safari,Chrome等主流浏览器中调试javascript。JSDT支持设置断点，单步调试等调试工具的基本特性。