GWAS_Plink_GenABLE

GWAS分析

一、plink 下的操作

数据map 和ped 文件：

MAP files:

如图：四列，分别是染色体编号、rs或者snp标识、Genetic distance、bp position(bp)

PED files:

如图：六列，Family ID、Individual ID、Paternal ID、Maternal ID、Sex、Phenotype。

注意：sex(1=male,2=female)但是

转换为tped 和tfam 文件：

xx:map或者ped 文件名，不需要后缀

out：输出的tpe 或tfam 文件名

如图：

tped:

tfam:

二、R下利用GenABEL包的操作

1. library(GenABEL)需要一些其他的包的支持，提示缺哪个包就安装哪个包。

2. 利用convert.snp.tped函数对这两个tped和tfam文件进行合并

生成gen2.raw文件如图：

3. 联合表型数据和snp基因数据

其中的pheno.dat是根据表型文件写入到R在保存出来的，其中表型中的id一定要和tfam中的id保持一致（数量上一致，且数值一致）其实也就是和gen2.raw中的第二行数据中的id一致。Pheno.dat:

这里有个细节就是id必须是字符型的。

所以pheno.dat的获得：

这样生成了关键的gwaa.data类的文件：HS_F5.raw

里面有些其他属性函数，nids nsps 等等，

具体含义可以参考下此包的说明书的第四章。

具体的话，在你下载了包后，解压出来有个doc文件夹，就在里面有个pdf文档，其实前面的几章节也可以看看，讲genetics包的，告诉你怎么下载相关文件，还挺好的。

也不知道写到哪里了，先上传这么多吧。

后期还有画曼哈顿图的一些代码，需要的可以找我。