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DNAStar中文使用说明书

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DNAStar中文使用说明书

Sequence Analysis Software

for Macintosh and Windows GETTING STARTED Introductory Tour of the LASERGENE System

MAY 2001

DNASTAR, Inc.

1228 South Park Street

Madison, Wisconsin 53715

(608) 258-7420

Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.

All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.

Sixth Edition, May 2001

Printed in Madison, Wisconsin, USA

Trademark Information

DNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan, Protean,MapDraw, PrimerSelect, GeneQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc. Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism 373, 377 and 3700 are registered trademarks of Applera Corp., ALF is a registered trademark of Pharmacia Biotech A.B., MacVertor. and GCG. are registered trademarks of Pharmacopeia, Inc.

Disclaimer & Liability

DNASTAR, Inc. makes no warranties, expressed or implied, including without limitation the implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose, regarding the software. DNASTAR does not warrant, guaranty, or make any representation regarding the use or the results of the use of the software in terms of correctness, accuracy, reliability, currentness, or otherwise. The entire risk as to the results and

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In no event will DNASTAR, Inc. and their directors, officers, employees, or agents (collectively DNASTAR) be liable to you for any consequential, incidental or indirect damages (including damages for loss of business profits, business interruption, loss of business information and the like) arising out of the use of, or the inability to use the software even if DNASTAR Inc. has been advised of the possibility of such damages.

Because some states do not allow the exclusion or limitation of liability for consequential or incidental damages, the above limitations may not apply to you.

DNASTAR, Inc. reserves the right to revise this publication and to make changes to it from time to time without obligation of DNASTAR, Inc. to notify any person or organization of such revision or changes. The screen and other illustrations in this publication are meant to be representative of those that appear on your monitor or printer.

目录

在苹果机(Macintosh)上的安装与升级05通过因特网升级06 软件安装 07 网络安装 08 疑难解答 12

在PC机(Windows)上安装与升级17

通过因特网升级18 软件安装 19 从EditSeq 开始 21 从GeneQuest开始 31 从MapDraw 开始 44 从MegAlign开始 54 从PrimerSelect开始 65 从Protean 开始 78 从SeqMan II开始 89

L A S E R G E N E

f o r

Wi n d o w s & M a c i n t o s h

DNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 3 9

e m a i l : s u p p o r t @ d n a s t a r. c o m

在苹果机(Macintosh)上的安装与升级

通过因特网升级

必备条件 6 下载升级程序 6

软件安装

必备条件 7 从CD安装Lasergene7

网络安装

必备条件 8 定义 8 Dongle安装 10 服务器安装 10 终端机安装 11

疑难解答

系统配臵冲突及网络问题 12 解决网络问题的其他工具 13 授权错误报告 14 程序使用及更多的授权信息 15

通过英特网升级

如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系,您就可以通过英特网来升级您现有的版本,各种模块(module)都是以自解压形式存储的,你可以选择性的下载安装。

必备条件

您的用户名和会员号是必需的,可以在安装盘上找到。

程序升级

备份您已有的Lasergene,找到您要升级的程序,并把它转移到备份的文件夹中。连接到DNAstar网站的主页(https://www.sodocs.net/doc/3a12727522.html,),从菜单中的Customers中点击Lasergene Updates点,安提示输入密码和用户名(与会员名相同),这样就会打开下载页面,找到Macintosh 软件(Macintosh Software),就可以下载您想要的模块了。

模块下载完毕以后,双击文件将其解压缩到已经安装的DNAstar文件夹中替换旧的模块文件。

用Macintosh Finder打开Lasergene浏览器,找到DNAstar文件夹,从FILE MENU选择Update Applications,然后插入安装盘,等待升级完毕。

本节介绍若何从CD在苹果机(Macintosh)上安装Lasergene。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。

必备条件

一张个人的Lasergene安装盘;

一张Lasergene软件光碟;

足够的硬盘空间和内存:至少30Mb的硬盘,32Mb的RAM。

从光盘安装Lasergene

插入安装盘和安装光盘,双击图标,则出现下面的窗口,点击继

续则出现安装窗口。

窗口中有两种安装选择:

简易安装和一般安装。

简易安装可以运行于

68K-family and Power

Macintoshes。

而一般安装可以安装工作站文件、执行文件和样品资料,我们推荐使用简易安装,如果使用一般安装可以节省5Mb的空间。

注意安装完毕后,要重新启动计算机。

Lasergene网络系统是可以运行于局域网计算机上的软件。他有两部分组成:一是资料服务器,服务器要有较大的硬盘和较高的运行速度;二是与服务器相连的终端机。后者通过一个称为dongle的Lasergene硬盘设备相连进行管理。

必备条件

安装磁盘(服务器版)

客户端磁盘,包括安装盘(终端版)和Disk 1(终端版)。Lasergene软件光盘

DNAstar网络用dongle

盘足够的硬盘空间和内存:服务器至少30Mb的硬盘,8Mb的RAM。终端机至少1Mb的硬盘,32Mb的RAM。

定义

在安装Lasergene网络系统之前要熟悉以下术语:

◆应用程序:指EditSeq, GeneMan, GeneQuest, MapDraw,

MegAlign, PrimerSelect, Protean, and SeqMan II。

◆应用程序服务器:是指存储应用程序的电脑,通常与dongle服务

器是同一个服务器,但也可以不同,当在局部硬盘上安装网络程序时,也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务器,而且应用程序服务器不一定是苹果机,储存应用程序的机器也

不一定必须能够运行该程序,仅仅是储存而已。

◆终端机安装(又称工作站安装),安装网络版本Lasergene运行的最

小软件部分,它包括以下在内:LicenseKeeper,Navigator,和系统资源。

◆终端机:这可以是任何不作为Dongle Server的网络上的机器。终端

机是任何最少穿过终端机安装的机器,这样是使得Lasergene应用程序运行需要的最少、最低限度的软件。

◆Dongle:Dongle是网络版Lasergene需要的硬件装臵。每个网络系统

都需要单独的Dongle。dongle是末端上带1个短的电缆的小的矩形的装臵。有2不同的种类的dongles:一种是在计算机背后可与调制解调器端口连起来,有9个pin插头;另一种有4个别针阳插头,连接鼠标和键盘。

◆Dongle服务器:这是装有Dongle的机器,它肯定是最少穿过终端机

安装的苹果计算机,这机器应该始终保持运行。

◆Navigator:是为了更简单的进行Lasergene应用设计的工具。在必

要的情况下,Navigator将自动安装网络组件,而且为网络安装诊断工具。

◆LicenseKeeper:和Dongle交流的持有人的系统扩展部分。它告诉

dongle哪个应用被开始,这样,dongle才允许末个机器程序运行。

◆服务器安装:指Lasergene软件的完整安装,包括应用程序、

LicenseKeeper、Navigator和系统资源。

Dongle安装

使Lasergene网络版能够运行的第一个操作就是安装dongle。在你安装之前,请检查你的dongle是否有9-别针连接器(connector)或4-别针连接器(connector)。

◆关闭你打算装dongle服务器那台苹果计算机的电源。

◆如果你的dongle有9-别针连接器(connector),把它连接到你的计

算机调制解调器的端口上。调制解调器端口是一个有9个外臵接口的设备,位于你的苹果计算机的后面的展示板上,电话听筒图标的附近。

◆如果你的dongle有4-别针连接器,从键盘断开鼠标,把dongle接在

键盘上,接着,把你的鼠标接在dongle上。

◆重新启动苹果计算机。

◆如果你的dongle被接在苹果计算机上,你必须按照dongle服务器那

样进行软件安装。如果你打算将这机器作为文件服务器,请安服务器安装的方法安装。如果你不打算将这机器作为文件服务器,请安终端机安装的方法安装。在对dongle服务器施行成功

的软件安装之后,在启动时应该出现右面的服务器图标。

服务器安装(Server Installation)

◆这个安装和在第5页上所描述的软件安装过程基本相同的。由于大部

分的网络包括机器很多的不同的种类的(68 K,和Power Macintosh

机器),所以我们推荐您选择简易安

装。

◆在完成软件安装之后,如右图操作共

享Lasergene应用程序文件夹,这样,

其他的网络用户才可以使用。如果你

不能确定怎样操作,请和你的网络管

理员联络。

终端机安装(Client Installation)

◆终端机安装必须在全部需要对Lasergene服务器操作的机器,但不是

文件服务器的机器。

◆插入安装磁盘终端机版本,然后按照在第5页上软件安装的方法安

装。

◆随后通过苹果机菜单的选择命令将文件服务器和终端机相连。一些

网络可以使用其他的方法进行相连。如果这步你有问题,请和你的网络管理员联络。

◆从终端机上的DNASTAR文件夹中运行浏览器。

◆从文件菜单,选择寻找应用程序,你应该收到如下信息:全部应程

序用都被浏览器找到了。

现在就可以从文件服务器运行Lasergene应用程序了。

疑难解答

系统配臵冲突

一些系统配臵可能会在安装过程冲突,如果你不能从Lasergene光盘成功地安装,可以关上不必要的配臵:

◆用计算机控制板上的配臵管理器关闭任何不必要的扩展程序。

◆或重新启动你的机器,继续安装。

网络疑难

找不到dongle服务器是网络问题中最常见的问题。当你开始运行DNASTAR应用程序时,你会遇到这问题,提示信息显示:DNASTAR许可服务器没有应答,请再试一次。可能有以下几个原因:

◆是否装有dongle的计算机被关闭,如果是重启dongle机器即可。

◆是否dongle没有接在苹果计算机上,或者不在调制解调器端口或鼠

标接口,按照第8页Dongle Installation命令在苹果计算机上重新安装dongle。记住在除掉或者插入dongle之前先关闭计算机。

◆如果你的dongle被接在IIfx,Quadra 900或Quadra 950等机子上,

你不仅需要重新安装,还要进行如下操作:

?从菜单中选择Control Panels中的Serial

Switch双击,就会出现右面的窗口。

?将Faster 换成Compatible。然后重启计算

机。

?如果dongle已适当地被接在调制解调器端口上,但是计算机不识别,

那可能是你的计算机在booting 期间里不是别调制解调器端口的记号。用LicenseKeeper按下面的方法寻找调制解调器端口:

●启动Navigator。

●按Option——NETWORK MENU—

—Set LicenseKeeper的顺序打

开右边的LicenseKeeper对话

框。

●把Dongle Delay参数放到3秒上。

●单击LicenseKeeper,接着Done。

●重启苹果计算机。

●如果问题还没解决,和DNASTAR联络。

其他解决网络问题方法

要了解您的计算机和全部可通过网络运行DNASTAR的 dongle服务器,选择NETWORK MENU中的

Diagnose LicenseKeeper。

计算机将告诉您是否

dongle被安装到你的计算

机上,是否存在

LicenseKeeper系统配臵。

同时显示LicenseKeeper站

点识别和版本编号。无论你的计算机的授权状态如何,Navigator都会报告所有已连接的dongle服务器的状态。许可服务器报告在网络地带附近形成,可显示全部对你的网络应答的dongle服务器的用户名,站点识别和版本编号。通常,你的LAN包括单一的dongle服务器,但是,大的网络上可以有几个。如果你的计算机被接在大的LAN上,打开这个报告可能会慢一些。确定全部LicenseKeeper服务器的地点要求network request被送到在LAN上每个区。至少需要1秒钟才能确定是否有回应。

LicenseKeeper错误报告

如果授权系统没有安装,或者和dongle服务器连接困难,Navigator将会发现问题,报告错误信息。下面斜体为错误类型,其后是各自的原因。

◆LicenseKeeper系统扩展没在系统文件夹或扩展文件夹中。重新安装

Lasergene客户端软件。Navigator不能和系统扩展连接,也没在系统文件夹中发现。对于System 7或较晚的Macintoshes,如果你重启计算机时按下Shift键,则可能发生这问题。

◆当计算机起动的时候,按下了鼠标按钮或Shift键。重启你的机器。

因为系统扩展在启动时被失活了,所以Navigator不能和系统扩展交流。

你的机器上安装了较老版本的Mac机网络协议。安装53或更新版本的Mac 机网络协议。安装的Mac机网络协议不支持系统扩展。在小的网络或closely-knit的安装上,这将不是问题,因为dongle服务器与其他的客户机在同一个区。如果必要,DNASTAR能为较新版本的Mac机网络协议

(AppleTalk)提供驱动和installation script。

◆不能在网上注册LicenseKeeper。和DNASTAR联络。由于你的计算机

上有太多的其他的网络处理,系统扩展不能进行网络操作。这种情况很少见,但如果您的计算机是网络中介的话,有时也会发生。

◆LicenseKeeper系统扩展所需的内存不够。关闭不必要的系统扩展。

如果你的操作系统在你的计算机上使用了全部的内存,这也会发

生。。

◆系统文件夹被保护。去除系统文件夹保护,重启计算机。系统文件

夹里的文件和已经使用的文件不能够保存。磁盘压缩和口令保护的扩展时会发生这些问题。

◆重新安装Lasergene工作站软件。系统扩展使用的系统文件夹里的文

件不存在了。

应用程序的使用

为了了解已连接的用户的数目,用户使用了什末程序,程序使用的时间,可以从NETWORK MENU打开Application Usage。窗口中还会显示有关诸如客户/服务器状态,站点识别和LicenseKeeper系统扩展的版本编号等一般信息。当这窗口打开时,Navigator将没10秒钟更新一次应用程序的使用信息。

更多的LicenseKeeper信息

计算机启动时,LicenseKeeper将自动寻找网络的区信息和每个区的dongle服务器。只有标识号与LicenseKeeper系统扩展相符的dongle服务器才能够被识别。这允许1台以上dongle服务器在相同的网络的范围内操作。如果网络管理员改变了有dongle服务器的区名并重新启动dongle服务器,那末区外的所有终端机也必须重新启动。

系统扩展作为Dongle Server成功启动时,在启动期间会出现这个图标。

系统扩展作为终端机成功启动时,在启动期间会出现这个图标。

系统扩展被安装,但是由于较少的内存或失活(启动时按下了鼠标)而不能启动时会出现这个图标。

WINDOWS上的安装与升级

通过因特网升级

必备条件 18 下载升级程序 18软件安装

必备条件 19 从CD安装Lasergene19

通过英特网升级

如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系,您就可以通过英特网来升级您现有的版本,各种模块(module)都是以自解压形式存储的,你可以选择性的下载安装。

必备条件

您的用户名和会员号是必需的,可以在安装盘上找到。

程序升级

备份您已有的Lasergene,找到您要升级的执行程序,并把它转移到备份的文件夹中。

连接到DNAstar网站的主页(https://www.sodocs.net/doc/3a12727522.html,),从菜单中的Customers中点击Lasergene Updates点,安提示输入密码和用户名(与会员名相同),这样就会打开下载页面。

找到windows软件(Windows 95/98/NT Software.),就可以下载您想要的模块了。

模块下载完毕以后,双击文件将其解压缩完毕。

看到“Application name” has been updated.说明升级完毕。

软件安装

本节介绍若何从CD在PC机(Windows)上安装Lasergene。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。

必备条件

一张个人的Lasergene安装盘;

一张Lasergene软件光碟;

足够的硬盘空间和内存:至少30Mb的硬盘,32Mb的RAM。

从光盘安装Lasergene

插入安装盘和安装光盘,双击安装图标,则出现下面的窗口,点击继续则出现安装窗口。

随后一次出现下面窗口,请按

照提示做出选择然后点击

Next,直至完成安装。

IE安全漏洞及防范措施

IE安全漏洞及防范措施 摘要 谈到联网的计算机,就能想到它百纳海川的资讯,可以在网络的世界里找到自己想了解到的,自己想探索到的新知识,但是要想了解到这些资讯我们需要借助到一个工具,这就是我们每一个人都熟悉的----IE浏览器。技术的进步,离不开知识的传播。时代的需求就是我们的责任,我们要抓住信息时代的脉搏,在Internet飞速发展的今天,互联网成为人们快速获取、发布和传递信息的重要渠道,从而倍受人们的重视。互联网上信息的查找又要通过浏览器的浏览来实现,所以希望通过对IE浏览器的安全漏洞和防范措施的探讨让大家对网络及网络资源搜索的认识以及浏览器的各个功能。 关键词:IE浏览器/漏洞/措施

IE Security vulnerabilities and preventive measures ABSTRACT The PC is popular and the brilliant Computer-Culture is developing rapidly by drived of the Financial globalization,Assimilation of information and the Industrial knowledge-ization.Studying computer knowledge is becoming a consciousness action for many back-hoping people in the Boundary of the century.There are many progresses in the information industry,the time of the network and so on.We can see that more person's work and life are never left by a computer.It isn't left the spread of knowledge by technological progress.The demanding of the time is our responsibility.In the days of the internet developing fastly,we should catch the pulse of it,make the internet become a basilic channel that make people getting,issuancing and passing the news at a rapid rate.And then made the internet receives people's emphasis increasingly.One looking for the information by the browser's browsing,so I hope everyone should increasing Browser vulnerabilities and preventive measures and all kinds of functions of the browser by my paper. Keyword: Internet Explorer /vulnerabilities/measure

Mrbayes中文使用说明

< >内为需要输入的内容,但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes >的提示下才能输入。 文件格式: 文件输入,输入格式为Nexus file(ASCII,a simple text file,如图): 或者还有其他信息: interleave=yes 代表数据矩阵为交叉序列interleaved sequences nexus文件可由MacClade或者Mesquite生成。但Mrbayes并不支持the full Nexus standard。 同时,Mrbayes象其它许多系统软件一样允许模糊特点,如:如果一个特点有两个状态2、3,可以表示为:(23),(2,3),{23}或者{2,3}。但除了DNA{A, C, G, T, R, Y, M, K,S, W, H, B, V, D, N}、RNA{A, C, G, U, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N}、Protein {A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V, X}、二进制数据{0, 1}、标准数据(形态学数据){0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 5, 7, 8, 9}外,并不支持其他数据或者符号形式。 执行文件: execute 或缩写exe ,注意:文件必须在程序所在的文件夹(或者指明文件具体路径),文件名中不能含有空格,如果执行成功,执行窗口会自动输出文件的简单信息。 选定模型: 通常至少需要两个命令,lset和prset,lset用于定义模型的结构,prset用于定义模型参数的先验概率分布。在进行分析之前可以执行showmodel命令检查当前矩阵模型的设置。或者执行help lset检查默认设置(如图): 略 Nucmodel用于指定DNA模型的一般类型。我们通常选取标准的核苷酸替代模型nucleotide substitution model,即默认选项4by4。另外,Doublet选项用于paired stem regions of ribosomal DNA的分析,Codon选项用于DNA sequence in terms of its codons的分析。 替代模型的一般结构一般由Nst设置决定。默认状态下,所有的置换比率相同,对应于F81模型(JC model)。一般我们选用GTR模型,即nst=6。 Code设置只有在DNA模型设置为codon的情况下才使用。Ploidy设置也与我们无关。 Rates通常设置为invgamma (gamma-shaped rate variation with a proportion of invariable sites),Ngammacat(the number of discrete categories used to approximate the gamma distribution)一般采用默认选项4。通常这个设置已经足够,增加该选项设置的数量可能会增加似然计算的精确性,但所花时间也成比例增加,大多数情况下,由增加该数值对结果的影响可以忽略不计。 余下的选项中,只有Covarion和Parsmodel与单核苷酸模型相关,而我们既不会采用parsimony model,也不会采用the covariotide model,故保留默认状态。 在对矩阵作了以上修改后,重新输入help lset命令,可以查看变化后的设置。 设置先验参数prior: 现在可以为模型设置先验参数了。模型有6种类型的参数:the topology, the branch lengths, the four stationary frequencies of the nucleotides, the six different nucleotide substitution rates, the proportion of invariable sites, and

spyglass中文使用说明

望远镜用户指南

概览............................................... (5) 关于本指南 望远镜 概观 按钮 手势 最多显示头---(HUD)的 工具和手段 入门................................................ (17) 版本和功能 硬件和软件兼容性说明............................................. (17) 启用定位服务 设置最多望远镜 开始标记和跟踪对象............................................. . (22) ViewVinder ................................................. . (23) 设置颜色 设置最多的HUD 快速切换 HUD的操作模式 缩放 指南针................................................. (28) 校准

增强现实和三维罗盘............................................. .. (29) 寻找目标对象 设置最多罗盘 罗盘定位模式............................................... .. (32) 罗经................................................. .. (34) 开始使用罗经............................................... .. (34) 确定启动轴承............................................... .. (35) 漂移和调整 全球定位系统................................................. . (37) 设置最多的GPS 获取GPS数据 设置单位 查找................................................. .. (39) 概观 按钮 快速目标标记 添加目标 管理目标 寻找和跟踪 在地图上观测地点的目标............................................. .. (47) 跟踪................................................. .. (48) 设置跟踪

外研社版高二英语选修六单词表(带音标、词性、中文)

英文音标词性中文 small talk 闲谈,聊天 informal /in'f?:ml/ adj. 非正式的 serious /'s??r??s/ adj. 严肃的 confidently /'k?nfid?ntli/ adv. 自信地 make friends 交朋友,建立友谊 lack /l?k/ v. 缺乏,缺少 be nervous about对……神经紧张/害怕/胆怯/焦虑不安advance /?d'vɑ:ns/adj. 预先的,在前的 think of 想起,回忆起 nod /n?d/ v. 点头 body language 身体语言,肢体语言 yawn /j?:n/ v. 打呵欠 sigh /sa?/ v. 叹气,叹息 look away from 把目光从……移开 social rules 社交规则 in addition 除此之外,另外 find out 了解(到);找出(信息)opportunity /,?p?'tju:n?t?/ n. 机会 obligation /??bl?'ge??n/ n. 责任;义务 prize /pra?z/ n. 奖品,奖金 application /??pl?'ke??n/ n. 申请 form /f?:rm/ n. 表格 immigration /??m?'gre??n/ n. 移民 visa /'v?:z?/ n. 签证 impolite /??mp?'la?t/ adj. 不礼貌的 tidy /'ta?d?/ v. 使……整洁,整理 refund /r?:'f?nd/ n. 退款 favour /'feiv?/ n. 恩惠,照顾 reception /r?'sep?n/ n. 欢迎会;招待会 embassy /'emb?s?/ n. 使馆 certain /'s?:tn/ pron. 某些 reply /r?'pla?/ n. 回答,答复,回信 saleswoman /se?lz?w?m?n/ n. 女推销员,女销售员 firm /f?:m/ n. 公司 fax /f?ks/ n. 传真(机) outspoken /,aut'sp?uk?n/ adj. 直言不讳的,坦率的,不客气的human being 人类 motto /'m?t??/ n. 座右铭,格言 put one’s foot in 犯使人难堪的错误,说错话 one’s mouth shortcoming /??:t,k?mi?/n. 缺点,短处 absence /'?bs?ns/ n. 缺乏,不存在 as a consequence 因此,结果

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