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基因网络的构建方法及应用 - downloadbiooncomcn

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《网络应用技术基础》课程教学大纲

《网络应用技术基础》教学大纲 课程编号: 课程类型:通识教育课 总学时:32 理论教学学时:16 技能训练学时:16 学分: 2 适用对象: 先修课程:通用信息技术基础 一、教学目标 《网络应用技术基础》课程是我院各专业学生的一门必修公共基础课,涉及面广,影响大,直接关系到各专业人才培养的基本规格要求。本课程的课程定位是以适应本科人才培养为目标,构建课程的知识、能力、素质结构。拓宽非计算机专业学生的计算机网络基础知识,培养学生熟练掌握计算机网络的基本操作技能。具备通过网络获取信息、加工信息、传播信息和应用信息的能力,为他们的自主学习、终生学习以及适应未来工作奠定良好基础。重点突出实践技能,使学生能够运用所学的基础知识,解决实际问题,能在毕业后迅速适应岗位需要、并能在工作岗位上具有可持续发展的再学习能力。使学生将计算机与信息技术用于其工作领域,成为既熟悉本专业知识又掌握计算机应用技术的复合型人才。 本课程学习主要内容包括计算机网络概述,数据通信基础,网络体系结构,TCP/IP协议集,局域网技术,网络互连技术,Internet基础与应用,网络安全等八大部分,贯彻“以学生为中心”的教学思想,让学生自主学习,充分利用网络和多媒体教学资源开展教学。 《网络应用技术基础》是一门注重实践的课程,课堂的理论学习总是需要相应上机练习相配合,为了加强学生对课程内容的理解,需要适当增加有关上机练习环节,以加深学生对计算机知识印象。 通过该课程的技能训练,应使学生达到以下学习目标: 1、具备较强的信息意识,深入了解信息技术的发展变化及其对工作、社会的影响,掌握计算机网络的基本结构与应用; 2、熟练计算机网路的数据通信基础; 3、熟练掌握网络的体系结构; 4、熟练掌握网络TCP/IP协议集;

《计算机网络应用基础》考试试卷

宜宾市职教教科联盟 2016级(高二)信息一类专业《计算机网络应用基础》试卷 本试卷分第Ⅰ卷和第Ⅱ卷。第Ⅰ卷2页,第Ⅱ卷1页,共3页。考生作答时,须将答案填写到答题卡上,在试题卷、草稿纸上答题无效。满分100分。考试时间90分钟。考试结束后,将本试卷和答题卡一并交回。 第Ⅰ卷(共80分) 注意事项: 1.必须使用2B铅笔在答题卡上将所选答案对应的标号涂黑。 2.第Ⅰ卷共三大题,45小题,共80分。 一、单项选择题(每题2分,30小题,共60分。每题所给的四个选项中,只有一个正确答案,请在答题卡上将该项涂黑) 1、最早出现的计算机网络是( ). A. ARPANet B. Bitnet C. Internet D. Ethernet 2、计算机网络的最大优点是()。 A. 可视化通信 B. 资源共享 C. 发送电子邮件 D. 网页浏览 3、Internet的通信协议是()。 A. X.25 B. CSMA/CD C. CSMA D. TCP/IP 4、令牌环网采用的令牌环协议是一种()。 A. 有冲突协议 B. 无冲突协议 C. 随机争用协议 D. 多令牌协议 5、在网络互连中,当总线网的网段已超过最大距离时,可用()来延伸。 A. 路由器 B. 中继器 C. 网桥 D. 网关 6、开放系统互联参考模型简称()。 A、HOST B、OSI/RM C、TCP/IP D、Internet 7、校园网属于典型的()。 A、局域网 B、城域网 C、广域网 D、楼宇网络 8、在()拓扑结构中,结点通过通信线路与中心结点连接,中心节点控制全网的 通信,任何两结点之间的通信都要通过中心结点。 A、星型 B、总线型 C、环型 D、网格型 9、目前,局域网的传输介质主要是同轴电缆、双绞线和() A.电话线 B.通信卫星 C.光纤 D.公共数据网 10、计算机网络系统由硬件、软件和()三部分内容组成 A.数据 B.线路 C.服务商 D.协议 11、广域网和局域网是按照()来分的。 A.网络使用者 B.传输控制规程 C.网络连接距离 D.信息交换方式 12、下列不属OSI参考模型分层的是() A.物理层 B.网络层 C.网络接口层 D.应用层 13、快速以太网的介质访问控制方法是()。 A.CSMA/CD B.令牌总线 C.令牌环 D.100VG-AnyLan 14、在OSI的七层参考模型中,工作在第二层上的网间连接设备是()。 A.集线器 B.路由器 C.交换机 D.网关 15、物理层上信息传输的基本单位称为()。 A. 段 B. 位 C. 帧 D. 报文 16、10BASE-5的最大网段长度是:()。 A.25米 B. 100米 C.185米 D.500米 17、在OSI的七层参考模型中,工作在第三层上的网间连接设备是()。 A.集线器 B.路由器 C.交换机 D.网关 18、交换式局域网的核心设备是()。 A.中继器 B.局域网交换机 C.集线器 D.路由器 19、决定局域网特性的主要技术一般认为有三个 , 它们是()。 欢迎下载

网络技术及其应用——简答题

网络技术及其应用——简答题 1、简述计算机网络的主要功能,并举例说明? 数据传输,数据是指数字、文字、声音、图像和视频信号等媒体信息。数据通过通信线路将各种媒体信息从甲地传到乙地。数据传输是计算机网络各 种功能的基础。资源共享,资源包括硬件、软件和数据,通过共享使资源发 挥最大的作用,同时节约成本提高效率。组建计算机网络的根本目的就是资 源共享。协调负载,通过网络来协调工作,分布式信息处理、分布式数据库 依靠协调负载提高效率。网络服务,网络服务包括电子邮件、网上电话、网 络会议和电子商务等。给人们的生活、学习和娱乐带来了极大的方便。 2、计算机网络由哪几部分组成? 网络设备:是构成网络的节点,包括计算机和网络互联设备。 传输介质:传输介质是把网络节点连接起来的数据传输通道,包括有线传输介质和无线传输介质。 网络软件:网络软件是负责实现数据在网络设备之间通过传输介质进行传输的软件系统。包括网络操作系统、网络传输协议、网络管理软件、网络服务软件、网络应用软件。 3、组成计算网络的基本要素及其作用? 一个计算机网络是由主机、网络设备、传输介质和网络软件组成。 主机由服务器和工作站,是网络的处理数据的节点。 网络设备包括:网卡、交换机和路由器,实现节点之间的连接和数据传递网线包括:同轴电缆、双绞线、光纤和无线介质,实现信号的传递 软件包括操作系统和网络协议。操作系统是网络管理和事物处理的平台,协议是网络通信的标准。 4、简述三种基本的交换技术及其特点。 三种基本的交换技术是:电路交换、报文交换和分组交换。其特点:(1)电路交换是一种实时交换,处理过程都包括呼叫建立、通信(信息传送)、连接释放三个阶段。(2)报文交换的交换节点采用存储/转发方式对每份报文完整地加以处理,每个报文传送时,没有连接建立/释放两个阶段。(3)分组交换也是一种存储—转发处理方式,其处理过程是需将用户的原始信息(报文)分成若干个小的数据单元(分组)来传送。

网络技术应用

1、网络故障排查一般应遵循的原则是什么? 答排查可分系统软件与硬件两种情况: 软件系统故障导致网络异常 操作系统是否异常。 网卡驱动程序安装是否正确 操作系统中相关网络协议(TCP/IP)是否正确安装。 网络参数设置是否正确。 是否由于系统防火墙阻断了网络连接。 机器是否感染计算机病毒或受到黑客攻击。 硬件故障导致网络异常 网卡是否安插好,电源与状态灯是否闪亮正常。 网线与RJ-45接头是否完好,插接是否牢固。 双绞线(直通线和交叉线)使用是否正确。 交换机、集线器或其它网络设备电源是否接好,状态灯闪亮是 否正常。 网线插接在网络设备端口是否正确,可以采用交换设备端口测 试。 2、FTP命令集中使用什么命令可以显示远程服务器与本地硬盘目录内容?什么命令向服务器批量传送或下载文件可以使用什么命令? 答:FTP命令是Internet用户最常用的命令之一,不论是DOS还是UNIX 操作系统下使用FTP,都会遇到大量的FTP内部命令。熟悉并灵活应用FTP的内部命令,可以大大方便使用者。常用的FTP命令: 1. FTP IP地址(登录到FTP到服务器中) 2. cd 目录名(进入服务器目录) 3. cd \(退到服务器根目录) 4. cd ..(退回到上一级目录) 5. lcd目录名(进入本机目录) 6. dir(显示服务器目录内容) 7. !dir(显示本机目录内容) 8. ls(显示服务器文件) 9. mkdir 目录名(在服务器中建一目录) 10. delete 文件名(删除服务器文件) 11. rename 原文件名目标文件名(更改服务器文件名 ) 12. rmdir 目录名(删除服务器目录)

基因测序案例

分析草案 项目名称:西北农林科技大学18个花绒寄甲转录组+18个小RNA+6个蛋白定量分析(iTRAQ)测序及分析合同 (无参考基因组) 委托人(甲方):西北农林科技大学林学院 受托方(乙方): 签订地点: 签订日期:年月日 有效期限:年月日至年月日

1.项目描述 1)材料说明:研究对象为花绒寄甲(Dastarcus helophoroides),实验方案是对4龄期L1、6龄期L2、蛹期L3、1年成虫L4、2年成虫L5、4年成虫L6共6个时间点(每个时间点有3个生物学重复)的样本进行18个转录组测序、18个Small RNA测序、6个ITRAQ蛋白定量实验。其中,转录组、Small RNA测序使用同一样品。 2)项目背景信息与项目策略 3)测序数据分组、合并及符号 发育节点: 4龄期L1 6龄期L2蛹期L3 1年成虫L4 2年成虫L5 4年成虫L6 原始重复数据:(1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3) mRNA合并数据: X1 X2 X3 X4 X5 X6 X1-X6合并=T ↓↓↓↓↓↓ 7组拼接数据:X1● X2● X3● X4● X5● X6●X1●-X6●合并=T●蛋白质翻译库X1d● X2d● X3d● X4d● X5d● X6d●Td● 按照链特异性文库建库strand-specific RNA sequencing(Directional RNA-Seq) Small RNA合并:Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 Y1-Y6合并=U ↓↓↓↓↓↓↓注释比对库 Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 U 蛋白质组数据: D1 D2 D3 D4 D5 D6 D1-D6合并=V ↓↓↓↓↓↓↓注释比对库 D1 D2 D3 D4 D5 D6 V 对比15次: L1-L2,L1-L3,L1-L4,L1-L5,L1-L6;L2-L3,L2-L4,L2-L5,L2-L6;L3-L4,L3-L5,L3-L6;L4-L5,L4-L6;L5-L6

BAC文库构建

(转载)BAC文库构建技巧 (2011-07-21 09:39:20) 基因组DNA文库构建实验技巧 基因组DNA文库有十分广泛的用途,如用于分析、分离特定的基因片段,用以基因表达调控、人类及动植物基因组工程的研究。通常情况下,基因组文库构建的基本流程可以归为4大步骤:分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。 一、分离基因组DNA(gDNA) 毫无疑问,优质的基因组DNA对于基因组文库构建是至关重要的。研究者需要查阅文献,通过经验来选择合适的基因组DNA分离方法,在分离过程中保证DNA不被过度剪切或降解,同时也要尽量保证DNA 的纯度。 二、处理基因组DNA 根据研究目的,研究者需要选择合适的载体。不同的载体对基因组DNA的长度有不同的要求,研究者必须选择合适长度的基因组DNA来构建基因组文库。比如,对于黏粒载体(比如Epicntre的pCC1FOSTM、pEpiFOSTM-5、pWEB-TNCTM、pWEBTM),合适的片段长度大约为40kb;对于BAC载体(比如Epicentre的pIndigoBAC-5、pCC1BACTM),平均来说,合适的片段长度为120kb-300kb。

构建黏粒基因组DNA文库,研究者需要将基因组DNA用注射器抽打来随机剪切DNA;接着用末端修复酶修复DNA,可以提高DNA连接入载体的效率;然后通过脉冲场电泳或者普通电泳来找到40kb左右的DNA 片段,随后使用Epicentre GELase 胶回收试剂盒回收DNA。 构建BAC基因组DNA文库,研究者需要将基因组DNA用限制性内切酶(常用EcoR I、BamH I或者Hind III)来消化基因组DNA,然后通过脉冲场电泳找到合适长度的DNA片段(比如100kb-150kb),随后透析回收DNA。 需要注意: (1)电泳时,要选用合适的DNA Ladder,以保证电泳后可以准确定位所需分子量的DNA。用Epicentre试剂盒构建黏粒文库时,就可以直接采用文库试剂盒内的Control Insert DNA来做marker,既方便又准确。 (2)电泳以后,应该避免用紫外光照射目标DNA,紫外光照射DNA 会显著降低克隆效率。解决方法:把marker所在的部分凝胶切下,在紫外灯下做好记号, 然后以此为参考定位所需的片段。 (3)回收DNA的时候,应该要避免过度离心,以防止DNA被剪切,降低文库质量。 三、载体的选择

计算机网络应用基础

计算机网络应用基础

计算机网络应用基础 一、单选 1、计算机网络安全体系结构是指(C)? A.各种网络的协议的集合 B.网络安全基本问题应对措施的集合 C.网络层次结构与各层协议的集合 D.网络的层次结构的总称 2、RSA算法是一种基于(C)的公钥体系。 A.素数不能分解 B.大数没有质因数的假设 C.大数不可能质因数分解的假设 D.公钥可以公开的假设 3、现在计算机及网络系统中常用的身份认证的方式主要有以下四种,其中(B)是最简答也是最常用的身份认证方法。 A.IC卡认证 B.用户名/密码方式 https://www.sodocs.net/doc/4d7094330.html,BKey认证 D.动态密码

4、常见的拒绝服务攻击不包括以下哪一项(D) A.广播风暴 B.SYN淹没 C.OoB攻击 D.ARP攻击 5、防火墙截取内网主机与外网通信,由防火墙本身完成与外网主机通信,然后把结果传回给内网主机,这种技术称为(D)。 A.地址转换 B.内容过滤 C.内容中转 D.透明代理 6、下列对子网系统的防火墙的描述错误的是(A)。 A.防止内部和外部的威胁 B.增强保密性 C.集中的安全管理 D.控制对系统的访问 7、仅设立防火墙系统,而没有(B),防火墙就形同虚设。 A.安全操作系统 B.安全策略 C.防毒系统 D.管理员

8、主要用于加密机制的协议是(C) A.FTP B.TELNETD C.SSL D.HTTP 9、在4种常见的防火墙系统构建模型中,最不安全的模型是(A) A.屏蔽主机模型 B.双宿主堡垒主机模型 C.屏蔽防火墙系统模型 D.屏蔽子网模型 10、PKI的全称是(A)。 A.Public Key Infrastructure B.P rivate Key Infrastructure C.Public Key Intrusion D.P rivate Key Intrusion 11、PKI管理对象不包括(D)。 A.证书 B.秘钥 C.证书撤销列表 D.ID和口令 12、哪一个是PKI体系中用以对证书进行访问的协议是(C)。

基因调控网络的重构及其疾病学应用

上海交通大学 硕士学位论文 基于基因芯片数据的基因调控网络的重构及其疾病学应用 姓名:蒋强 申请学位级别:硕士 专业:控制理论与控制工程 指导教师:杨根科 20090201

基于基因芯片数据的基因调控网络的重构及其疾病学应用 摘要 随着高通量生物学技术的发展,为以单个分子的结构和功能为研究对象的分子生物学逐渐转变为以分子之间相互作用机理为研究对象的系统生物学。基因调控网络的重构和疾病基因的预测是系统生物学中颇具挑战性的两个课题。 基因调控网络是由一组基因、蛋白质、小分子以及它们之间的相互调控作用所构成的一种生化网络,是生命功能在基因表达层面上的展现。研究基因调控网络的目的是通过建立基因调控网络模型对某一个物种或者组织中的全部基因的表达关系进行整体模拟分析和研究,在系统的框架下认识生命现象。 另一方面,随着疾病学研究的深入开展,人们越来越认识到目前单基因疾病分析方法的局限性,越来越多的研究人员开始从基因的相互关系着手研究人类疾病,更多地关注基因与疾病之间的关联关系。 作为网络分析的基础,论文首先给出了基于谱聚类的复杂网络社团结构剖分算法。然后,提出了基因调控网络的多时延动态贝叶斯模型。在此基础上,论文提出了一种新的两步启发式的模型结构学习算法。接着,论文详细阐述了疾病和基因网络的关系,构建了一个整合的症状-基因网络。随后提出了一种基于症状网络模块化利用一致性分数来预测疾病基因的算法。论文的主要贡献如下: 1.首次证明了数据聚类的谱方法可以最大化网络模块函数Q,并且

提出了一种基于谱聚类的网络社团结构的剖分算法框架; 2.构建了基因调控网络的多时延动态贝叶斯网络模型,提出了一种 新的两步启发式的模型结构学习算法。论文用酵母基因芯片表达 数据重构了酵母细胞周期基因调控网络,以此比较了新方法和传 统的动态贝叶斯方法。 3.论文初步给出了利用症状和基因网络关系来预测疾病基因的方 法框架,构建了一个整合的症状-基因网络,提出了一种基于该 网络模块化利用一致性分数来预测疾病基因的方法。 关键词:基因调控网络,症状-基因对应关系,疾病基因预测,网络模块,社团结构,谱聚类,动态贝叶斯网络,一致性分数

基于文献挖掘和基因共表达网络的基因与疾病关联分析

基于文献挖掘和基因共表达网络的基因与疾病关联分析 近年来,高通量技术的发展和研究能力的增长带来了大规模的生物数据。生物信息学的主要课题之一是从海量数据中挖掘导致疾病的分子机制。本文基于PubMed文献摘要和由微阵列数据生成的基因共表达网络来挖掘疾病与基因的关联性,并应用于癌症和艾滋病这两种复杂疾病。随着生物医学相关文献的爆炸性增长,从文献中寻找需要的信息变得越来越困难。基于关键词的传统搜索引擎难以满足较复杂的搜索需求。为了解决这一问题,本文提出了语义搜索的广义匹配原则:蕴含检索查询输入语义的目标文本应出现在搜索结果中,并开发 了基于广义匹配原则的语义搜索引擎Sensehit。Sensehit整合了MeSH、Entrez 基因、UniProt、UnitProt Keywords、基因本体、HGNC、miRBase、HomoloGene等数据库中的生物医学背景知识,基于自然语言处理技术提取PubMed文献摘要中的语义,可用于搜索基因调控模式、蛋白质相互作用、蛋白质修饰、因果关系等生物医学相关信息,为疾病分子机制的研究提供方便。近年来,许多研究表明microRNA在癌症中扮演着重要的角色。为了从PubMed文献摘要中寻找和评估microRNA家族与癌症的关联性,本文基于正则表达式识别文本中的microRNA,基于MeSH术语标注获得文献涉及的癌症类型,基于Fisher 精确检验评估microRNA家族和癌症类型的关联性,并建立了记录这 些关联信息的数据库miCancema,可通过Web界面供研究者免费查阅。miCancerna覆盖的文献数是同类数据库miR2Disease的两倍以上,并达到90%以上的精确度。同时,本文进一步将其中显著的microRNA与

计算机网络应用基础试题与答案

计算机网络基础参考试题及答案解析 -、单项选择题 (1)我国在1991年建成第一条与国际互联网连接的专线,与斯坦福大学连接成功,实现者是中国科学院的( )。 A)数学所 B)物理所 C)高能所 D)情报所 答案:B) 解析:1991年6月我国第一条与国际互联网连接的专线建成,它从中国科学院高能物理研究所接到美国斯坦大学的直线加速器中心。 (2)关于计算机网络的讨论中,下列哪个观点是正确的? ( ) A)组建计算机网络的目的是实现局域网的互联 B)联入网络的所有计算机都必须使用同样的操作系统 C)网络必须采用一个具有全局资源调度能力的分布操作系统 D)互联的计算机是分布在不同地理位置的多台独立的自治计算机系统 答案:D) 解析:目前计算机网络的基本特征有:计算机网络建立的主要目的是实现计算机资源的共享;互联的计算机是分布在不同地理位置的多台独立的“自治计算机”;联网计算机之间的通信必须遵循共同的网络协议,并不要求连入网络的计算机使用相同的操作系统。 (3)广域网覆盖的地理范围从几十公里到几千公里。它的通信子网主要使用( )。 A)报文交换技术 B)分组交换技术 C)文件交换技术 D)电路交换技术 答案:B) 解析:广域网的通信子网主要使用分组交换技术,将分布在不同地区的局域网或计算机系统互联起来,达到资源共享的目的。 (4)关于城域网建设方案特点的描述中,下列哪些是正确的? (

) ①主干传输介质采用光纤 ②交换结点采用基于IP交换的高速路由交换机或ATM交换机 ③采用ISO/OSI七层结构模型 ④采用核心交换层,业务汇聚层与接入层3层模式 A)①②④ B)②③ C)①③④ D)①②③ 答案:A) 解析:本题考查城域网建设方案的共同点。目前各 种城域网的建设方案有几个共同点,那就是:传输介质用光纤,交换 结点采用基于IP交换的高速路由交换机或者ATM交换机,在体系结构上 采用核心交换层、业务汇聚层与接入层的3层模式,以适应各种业务需 求、不同协议与不同类型用户的接入需要。 (5)广域网一般采用网状拓扑构型,该构型的系统可靠性高,但是 结构复杂。为了实现正确的传输必须采用( )。 I.光纤传输技术 Ⅱ.路由选择算法 Ⅲ.无线通信技术 Ⅳ.流量控制方法 A)I和Ⅱ B)I和Ⅲ C)Ⅱ和Ⅳ D)Ⅲ和Ⅳ 答案:C) 解析:网状拓扑结点之间的连接是任意的,可靠性 高,结构复杂,广域网基本上都采用这种构型。网状拓扑的优点是系 统可靠性高,但是结构复杂,必须采用路由选择算法与流量控制方法 来实现正确的传输。目前实际存在和使用的广域网基本上都是采用网 状拓扑构型。 (6)常用的数据传输速率单位有Kbps、Mbps、Gbps,lGbps等于( )。 A)1×103Mbps B)1×103Kbps C) l×106Mbps D) 1×109Kbps 答案:A) 解析:本题考查简单的单位换算。所谓数据传输速

【CN109872772A】利用权重基因共表达网络挖掘结直肠癌放疗特异性基因的方法【专利】

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201910114252.X (22)申请日 2019.02.14 (71)申请人 辽宁省肿瘤医院 地址 110042 辽宁省沈阳市大东区小河沿 路44号 (72)发明人 王哲 刘星吾  (74)专利代理机构 沈阳亚泰专利商标代理有限 公司 21107 代理人 史力伏 (51)Int.Cl. G16B 20/00(2019.01) G16B 40/00(2019.01) (54)发明名称 利用权重基因共表达网络挖掘结直肠癌放 疗特异性基因的方法 (57)摘要 本发明涉及权重基因共表达网络,特别涉及 一种利用权重基因共表达网络挖掘结直肠癌放 疗特异性基因的方法。本发明利用权重基因共表 达网络挖掘结直肠癌放疗特异性响应基因的方 法,通过权重基因共表达网络为挖掘结直肠癌放 疗特异性响应基因提供了新途径,为预测结直肠 癌患者生存预后提供了新的依据。针对本发明的 方法发现的靶点基因的放疗可以在一定程度上 提高结直肠癌患者的生存预后,降低结直肠癌患 者死亡率,解决实际的临床问题,为广大患者提 供了更佳的选择。权利要求书3页 说明书7页 附图7页CN 109872772 A 2019.06.11 C N 109872772 A

1.利用权重基因共表达网络挖掘5个结直肠癌放疗特异性响应基因,分别为CCNE1、CDT1、MCM6、DBF4、CENPK。 2.一种利用权重基因共表达网络挖掘结直肠癌放疗特异性响应基因的方法,其特征在于,具体包括以下步骤: 步骤1、下载GEO的基因表达谱数据,将数据标准化后,使用方差分析筛选出在放疗前后在癌细胞与癌旁细胞中表达存在差异的基因,使用WGCNA对这些基因构建加权共表达网络,挖掘共表达模块,并对每一个模块做KEGG富集分析,观察每个模块的功能; 步骤2、计算每个模块与癌症放疗的关系,筛选出与癌症放疗最相关的模块,提取出这些模块的共表达网络,整合人类蛋白质互作网络,构建共表达-互作子网,分析子网中的基因,最终筛选出最合适的目的基因; 步骤3、为证明结果的有效性,再次对目的基因进行KEGG通路分析以及利用gepia在线工具定制化分析关键基因在癌细胞与癌旁细胞中的表达变化。 3.如权利要求所述的利用权重基因共表达网络挖掘结直肠癌放疗特异性响应基因的方法,其特征在于,所述步骤1具体包括以下步骤: 1)GEO数据下载和数据预处理:从GEO数据库下载GSE15781结直肠癌的芯片,为了标记芯片中的基因,需要插入相应的基因探针首先将探针插入到对应基因上,去除掉空载的探针;然后下载数据集Quantile normalized signal intensity;当多个探针对应一个基因时取中位数作为该基因的表达水平; 2)筛选在各类样本中差异的基因:使用方差分析计算每个基因在各类样本中的表达情况以筛选出各类样本中差异的基因,选择p值小于0.05的基因作为后续分析的目标基因; 3)基因共表达网络构建:WGCNA是使用基因表达数据来构建无尺度网络的系统生物学方法,首先构建基因表达相似性矩阵,即计算两两基因之间皮尔森相关系数的绝对值,使用公式1计算基因i和基因j之间的皮尔森相关系数,其中i和j分别是第i个基因和第j个基因 的表达量; 然后使用公式2将基因表达相似性矩阵转换成邻接矩阵,网络类型为signed.,其中β为软阈值,即每对基因的皮尔森相关系数的β次方,这一步能够从指数级别强化强相关性、减 弱弱相关性; 下一步使用公式3将邻接矩阵转换成拓扑矩阵,拓扑重叠可以用来描述基因之间的关联程度;公式3: 权 利 要 求 书1/3页2CN 109872772 A

《网络技术应用》知识点(全面)

《网络技术应用》知识点 班级:: 一.网络的概念 计算机网络是由两台或两台以上的计算机通过网络设备连接起来所组成的一个系统。 二.网络的功能 1. 数据通信 基本功能 2. 资源共享 3. 分布处理协同工作 三.网络的分类 1. 按覆盖围分 1) 局域网(LAN):十公里以 2) 城域网(MAN):几十公里以 3) 广域网(WAN):几十公里~几千公里 2. 按网络拓扑结构分 类型总线型环型星型 结构图 工作原理数据从发送结点开始 向两端扩散,只有与 地址相符的用户才能 接收数据,其它用则 将其忽略 数据绕着环向一个方 向发送,每个用户接 收并响应发送给它的 数据包,然后将其转 发到环中的下一个用 户 用户将数据发送到中 心设备,再由中心设 备将数据转发到包含 目标节点的网络段 结点故障 网络瘫痪 否是否 类型特点例子 电路交换技术独占线路传统 分组交换技术共享线路IP 报文交换技术临时线路电报系统 四.网络的组成 1. 网络硬件 1) 工作站(客户机):享受服务的计算机 2) 服务器:提供服务、管理网络的计算机或软件 3) 传输介质 a) 有线:双绞线、同轴电缆、光纤 类型最大传输 距离 带宽抗干扰能力适用场合 双绞线100米不同型号有最强短距离布线,如:楼布线

4) 通信连接设备:调制解调器、网卡、集线器、交换机、路由器、网桥、中继器、 接线器…… 2. 网络软件 1) 网络操作系统:Win 2000server、Win NT、Unix、Linux…… 2) 网络应用软件:文件上传/下载工具、网络媒体播放器…… 3. 网络协议 五.局域网的组建过程 1. 确定网络规模 2. 确定网络拓扑结构 3. 选择网络硬件设备 4. 安装网卡 5. 连接网线 6. 安装网卡驱动程序 7. 安装网络协议 8. 设置网络参数 9. 实现网络共享 六.网络软件结构:C/S与B/S 浏览器/服务器(B/S,Brower/Server)结构:使用该结构,可以直接在浏览器中操作。 客户机/服务器(C/S,Client/Server)结构:使用该结构,需要安装客户端软件,如CuteFTP等。 七.网络协议 1. 概念 互联网计算机在相互通信时必须遵循同一的规则称为网络协议 2. 作用 信息高速公路上的“交通规则” 3. TCP/IP 4. 其他协议

网络应用基础

网络应用基础 一、实验目的 掌握使用IE浏览器上网浏览、搜索和下载的方法以及收发电子邮件的方法。 二、实验要求 1、掌握IE浏览器的功能和基本使用方法 2、掌握使用IE浏览器上网浏览、搜和下载的方法 3、使用Outlook Express收发电子邮件的方法。 三、实验内容和步骤 1、使用IE浏览器 1)启动IE浏览器,观察其窗口组成。 2)在地址栏中分别输入、、和,看看各网站主页有什么特点。3)使用上述前3个网站的搜索引擎查找“国产汽车”,观察查找的结果有什么差异 4)单击搜狐网站的“新闻”链接,找一个感兴趣的新闻网页,将其添加到收藏夹中。 5)打开“工具”菜单并选“INTERNET选项”,在打开的“INTERNET 选项”对话框中将主页地址改为或,关闭IE浏览器后再次启动,有什么变化 6)再次打开“INTERNET选项”对话框,设置禁止显示图片和弹出式广告窗口,然后刷新网页,会看到什么结果 7)以过客身份到新浪网聊天室看一看。 2、收发电子邮件 1)在提供免费电子邮箱的网站上申请一个电子邮箱。 2)进入该网站,看看刚申请邮箱的收件箱中是否有信,如有,是什么内容 3)启动Outlook Exprss,在“工具”菜单中添加自己的帐号 4)使用Outlook Exprss与其他人互相发送和接收带附件的电子邮件,并将附件保存到“我的文档”文件夹中。 将收到邮件的发件人邮箱地址添加到通讯簿中。

Windows XP基本操作 一、实验目的: 掌握使用Windows XP的基本方法 二、实验要求: 1、观察Windows XP的桌面结构; 2、掌握Windows XP的启动和关闭方法; 3、掌握鼠标器的操作方法; 4、掌握窗口、图标、菜单、工具栏、快捷方式的操作方法。 三、实验内容和步骤: (一)掌握Windows XP的启动和关闭 1、给计算机加电,观察Windows XP操作系统的启动过程。 2、观察Windows XP操作系统启动完成后屏幕的全貌。 3、移动鼠标,观察鼠标指针在屏幕上的运动效果。 4、随意单击几个桌面的图标,注意图标发生何种变化。 5、右击桌面上无图标处,出现了什么现象。描述出现的现象(快捷菜单)。 6、右击桌面上某个图标,出现了什么现象。描述出现的现象(快捷菜单)。 7、单击“开始”按钮,在随后弹出的开始菜单中单击“关闭”选项,观察屏幕是怎样变化的。 (二)窗口操作 1、双击桌面上“我的电脑”图标后观察随后弹出的窗口。 2、单击“最大化”按钮,出现了什么现象。描述出现的内容(窗口最大)。 3、单击“还原”按钮,出现了什么现象。描述出现的内容(还原窗口)。 4、单击“最小化”按钮,出现了什么现象。描述出现的内容(窗口隐藏于任务栏)。 5、单击“关闭”按钮,出现了什么现象。描述出现的内容(窗口关闭)。 6、重复1~5步。 7、将一张已格式化好的软盘放入软盘驱动器中。 8、分别单击窗口内软盘和C盘的图标,出现了什么现象。描述出现的内容(C盘被选定)。

网络分析方法学说明

网络分析方法学说明 生物网络体现了基因之间或者基因与其他功能或通路之间的相互联系,通过网络分析可以发现基因影响生物体的协助脉络,并能在复杂的作用链条中,系统地挖掘基因发挥作用的真实线索。此方法学说明文档包含了6类网络分析方法的详细描述,可参考各标题内容。 一、GeneCoexpressionNetwork分析方法学说明 GCBI实验室通过差异基因组成的表达谱数据来构建基因共表达网络。共表达网络能够层次清晰地展现基因间的相互关系,更深入的发现关键调控基因以及相互作用脉络。共表达(权值)网络借鉴了海量数据所具有的无标度(scale-free)性质,通过基因间的相互作用(相关系数)来拟合基因的无标度网络关系。所以,为了得到比较可靠与准确的基因作用关系与功能,共表达网络分析推荐单次分析总样本数不少于30(GCBI实验室可以实现至少6个样本的分析)以及基因总量不少于200(GCBI实验室原则上无基因数量限制,但是不宜过多)。 基于附录一(权值网络分析简介)的讨论,基因共表达网络采用如下的分析方法:对输入的差异表达谱数据,计算出各基因间的相关系数矩阵( ),依次取β为1到时30间的正整数,分别计算出各个版本(即β的不同取值)的邻接矩阵( )与各节点的连接度。对于计算出的各个版本,对log (p(k))与log (k)作回归分析,找出此两者最接近线性关系,斜率在-1左右,并且保证整体的平均连接度不会太低。然后可计算出各节点间的不相似度,以不相似度作为距离,使用杂交层次聚类算法(hybrid hierarchical clustering algorithm)做聚类分析,从而得到找出不同的模块以及模块的轴心点。模块体现了整个网络中具有紧密作用关系的子节点团体,能够更加准确的定位个体作用关系与整体功能。 另外,如果检查各个版本的邻接矩阵后发现均不满足无标度网络的条件,那么我们采用对相关系数矩阵取硬阈值的办法得到一个无权网络的邻接矩阵,其中无权网络的构建综合考虑了基因间的相互关系以及整体连通度等因素。

《计算机网络应用基础》综合练习一

《计算机网络应用基础》综合练习一 姓名: 一、选择题 1、TCP/IP网络类型中,提供端到端的通信的是() A)应用层 B)传输层C)网络层D)网络接口层 2、网卡是完成()功能的 A)物理层B)数据链路层 C)物理和数据链路层 D)数据链路层和网络层 3、当数据由计算机A传送至计算机B时,不参与数据封装工作的是() A)物理层B)数据链路层C)应用层D)表示层 4、CSMA/CD是IEEE802.3所定义的协议标准,它适用于() A)令牌环网B)令牌总线网C)网络互连D)以太网 5、100BASE-TX中,所用的传输介质是() A)3类双绞线B)5类双绞线 C)1类屏蔽双绞线D)任意双绞线 6、当采用点对点的通信方式将两个局域网互连时一般使用的连接设备是() A)放大器B)网桥C)路由器D)中继器 7、路由器工作在OSI模型的() A)网络层B)传输层C)数据链路层D)物理层 8、下列关于TCP和UDP的描述正确的是() A)TCP和UDP均是面向连接的 B)TCP和UDP均是无连接的 C)TCP是面向连接的,UDP是无连接的 D)UDP是面向连接的,TCP是无连接的 9、PC通过远程拨号访问Internet,除了要有一PC和一个MODEM之外,还要有() A)一块网卡和一部电话机B)一条有效的电话线 C)一条有效的电话线和一部电话机D)一个HUB 10、在配置一个电子邮件客户程序时,需要配置() A)SMTP以便可以发送邮件,POP以便可以接收邮件

B)POP以便可以发送邮件,SMTP以便可以接收邮件 C)SMTP以便可以发送接收邮件 D)POP以便可以发送和接收邮件 11、域名服务DNS的主要功能为() A)通过查询获得主机和网络的相关信息 B)查询主机的MAC地址 C)查询主机的计算机名 D)合理分配IP地址的使用。 12、关于IP地址192.168.0.0-192.168.255.255的正确说法是() A)它们是标准的IP地址可以从internet的NIC分配使用 B)它们已经被保留在internet的NIC内部使用,不能够对外分配使用 C)它们已经留在美国使用 D)它们可以被任何企业用于企业内部网,但是不能够用于internet 13、WWW是internet上的一种() A)浏览B)协议C)协议集D)服务 14、HTML中用于指定超链接的标志是() A)A B)LINK C)HRED D)HLINK 15、第二代计算机网络的主要特点是() A)主机与终端通过通信线路传递数据 B)网络通信的双方都是计算机 C)各计算机制造厂商网络结构标准化 D)产生了网络体系结构的国际化标准 16、以下的网络分类方法中,哪一组分类采用了不同的标准? A)局域网/广域网B)树型网/城域网 C)环型网/星型网D)广播网/点-点网 17、在OSI模型中,第N层和其上的N+1层的关系是() A)N层为N+1层提供服务 B)N+1层将从N层接收的信息增加了一个头 C)N层利用N+1层提供服务

基因组DNA测序文库构建

基因组DNA测序文库构建 1.对收到的DNA样品进行检测,取2-3ul样品,用1%的琼脂糖胶检测,对于纯度不够(含 RNA或蛋白)的DNA样品需要柱纯化后重新检测。 对于细菌基因组需要扩增16S全长序列,进行验证。 对于噬菌体或者质粒样品,若用16S全长引物扩增,无目的条带则无细菌基因组污染,若出现目的条带则存在污染,需要去除后建库。 2.用Qubit检测DNA样品浓度。 3.吸取部分DNA样品,用TE或Elution Buffer稀释,终浓度在10ng/ul-30ng/ul之间, 体积为130ul。用Covaris破碎,破碎时请根据需要片段大小,按标准操作流程操作。 4.样品足够多的情况下,可以取适量破碎后的产物进行PAGE胶或者琼脂糖胶检测。 5.对破碎后的产物进行柱式法(5倍体积的B3+100-200ul异丙醇)浓缩回收,加入50-100ul TE或Elution Buffer洗脱。回收产物用Qubit测值。 6.修平和磷酸化 100ul体系

DNA 1ug 5 X T4 polymerase buffer 20ul BSA (5mg/ml) 2ul ATP (100mm) 1ul dNTP(10mm)10ul T4 DNA Polymerase (5U/ul) 1ul Klenow(10U/ul)1ul T4 PNK (10U/ ul) 1.5ul 22°C反应20min,柱式法纯化,50-100ul TE洗脱。纯化后Qubit测值。 7.加‘A’ 100ul体系 DNA 0.5-2.5ug 10 X klenow buffer 10ul dATP(10mm) 1-3ul Klenow(exon-)(5U/ul)1-3ul 37°反应20min,柱式法纯化,50-100ul TE洗脱。纯化后Qubit测值。 8.连接头 200ul体系 10 X T4 DNA ligase buffer 20ul PEG4000 30ul ATP(100mm) 2ul DNA X 接头 Y T4 DNA ligase 1.5-2ul 加水至 200ul DNA与接头的摩尔比约在1:3至1:10之间。 9.连接产物用柱式法纯化后,跑琼脂糖胶切割目的区域回收。 10.PCR扩增 10 X TagE buffer 5ul Mg2+ 4ul dNTP(10mm) 1ul lib-PCR-F 0.5ul

计算机网络应用基础

计算机网络应用基础 一、单选 1、计算机网络安全体系结构是指(C)? A.各种网络的协议的集合 B.网络安全基本问题应对措施的集合 C.网络层次结构与各层协议的集合 D.网络的层次结构的总称 2、RSA算法是一种基于(C)的公钥体系。 A.素数不能分解 B.大数没有质因数的假设 C.大数不可能质因数分解的假设 D.公钥可以公开的假设 3、现在计算机及网络系统中常用的身份认证的方式主要有以下四种,其中(B)是最简答也是最常用的身份认证方法。 A.IC卡认证 B.用户名/密码方式 https://www.sodocs.net/doc/4d7094330.html,BKey认证 D.动态密码 4、常见的拒绝服务攻击不包括以下哪一项(D) A.广播风暴 B.SYN淹没 C.OoB攻击 D.ARP攻击 5、防火墙截取内网主机与外网通信,由防火墙本身完成与外网主机通信,然后把结果传回给内网主机,这种技术称为(D)。 A.地址转换 B.内容过滤 C.内容中转 D.透明代理 6、下列对子网系统的防火墙的描述错误的是(A)。 A.防止内部和外部的威胁 B.增强保密性 C.集中的安全管理 D.控制对系统的访问 7、仅设立防火墙系统,而没有(B),防火墙就形同虚设。 A.安全操作系统 B.安全策略 C.防毒系统 D.管理员 8、主要用于加密机制的协议是(C) A.FTP B.TELNETD C.SSL D.HTTP 9、在4种常见的防火墙系统构建模型中,最不安全的模型是(A) A.屏蔽主机模型 B.双宿主堡垒主机模型 C.屏蔽防火墙系统模型 D.屏蔽子网模型 10、PKI的全称是(A)。 A.Public Key Infrastructure B.P rivate Key Infrastructure C.Public Key Intrusion D.P rivate Key Intrusion 11、PKI管理对象不包括(D)。 A.证书 B.秘钥 C.证书撤销列表 D.ID和口令 12、哪一个是PKI体系中用以对证书进行访问的协议是(C)。 A.SSL B.CA C.LDAP D.IKE 13、以下关于VPN说法正确的是(B)。 A.VPN指的是用户自己租用线路,和公共网络物理上完全隔离的、安全的线路 B.VPN指的是用户通过公用网络建立的临时的、逻辑隔离的、安全的链接 C.VPN不能收到信息认证和身份认证 D.VPN只能提供身份认证、不能提供加密数据的功能 14、属于第二层的VPN隧道协议有(A)。 A.PPTP B.GRE C.IPSec D.以上皆不是 15、IPSec协议和(C)VPN隧道协议处于同一层。 A.PPTP B.L2TP C.GRE D.以上皆是 16、下面选项中,哪个正确描述了计算机网络安全的特征。(A)

《网络技术应用》全套教案

第一课
认识计算机网络
【教学课题】认识计算机网络 【教学目标】 : 知识技能: (1)了解计算机网络的主要功能、分类和拓扑结构; (2)理解计算机网络的基本概念, (3)列举并解释网络通信中常用的信息交换技术及其用途。 过程与方法: (1)学习计算机网络的相关知识。 (2)能利用所学网络知识对实际问题进行分析探讨。 情感态度价值观: (1)感受网络的神奇作用,激发对网络技术的求知欲,参与网络技术学习 的态度。 (2)认识到信息技术飞速发展的同时,推动人类学习,生活方式的深刻变 革,了解社会发展和科技进步的相互作用。 【教学课时】1 课时 【教学环境】 :硬件:网络教室,投影仪;软件:多媒体辅助教学软件。 【重点】 :计算机网络的功能、组成、定义。 【难点】 :计算机网络的组成 【教学过程】 : 一、引入 计算机网络技术的发展和普及日益改变着我们的学习和生活,各种各样的 网络应用让我们眼花缭乱, 因特网让我们真正体会到信息爆炸的威力??, 这节课我们一起来谈谈我们对计算机网络的认识。 二、新课讲授 (一)计算机网络的功能(阅读课本 P2~P3,并填表1-1) 活动一:小组讨论总结我们生活中有哪些地方使用了计算机网络。 活动二::结合活动一中列举的计算机网络的具体应用实例 ,总结归纳计算 机网络的功能. 总结: 计算机网络的应用虽然已经渗透到生活的方方面面,但所有的应用可 以归结为三大功能:资源共享、数据通信和分布处理与分布控制。 (二)计算机网络的组成与定义 活动三:了解学校计算机网络的建设情况。 总结两点: 1、计算机网络组成:
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