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《生物信息学》复习提纲

《生物信息学》主要知识点

一、基本名词和概念

1、bioinformatics 生物信息学，狭义的生物信息学是指将计算机科学和数学应用于生物大分子信息的获

取、加工、存储、分类、检索与分析，以达到理解这些生物大分子信息的生物学意义的一门

交叉学科。广义上的生物信息学是指运用计算机技术，处理、分析生物学数据，以揭示生物

学数据背后蕴藏的意义的所有知识体系。

2、ORF Open Reading Frame，开放阅读框，是指在给定的阅读框架中，不包含终止密码子的一串

DNA序列

3、CDS Coding sequence，基因的编码区（也叫Coding region），是指DNA或RNA中由外

显子组成，编码蛋白质的部分。

4、UTR Untranslated Regions，即非翻译区，是指mRNA分子两端的非编码片段，包括5'-UTR（或

称“前导序列”）和3'-UTR（或称“尾随序列”）

5、genome 基因组，是指包含在一种生物的单倍体细胞中的全套染色体DNA（部分病毒是RNA）中的

全部遗传信息，包括基因和非编码DNA。

6、proteomics 蛋白质组学，对特定的通路、细胞器、细胞、组织、器官和肌体中包含的所有蛋白质，进

行鉴定、表征和定量，提供关于该系统准确和全面数据的学科。

7、transcriptome 转录组，也称为“转录物组”，广义上指在相同环境（或生理条件）下的一个细胞、组织

或生物体中出现的所有RNA的总和，包括mRNA、rRNA、tRNA及非编码RNA；狭义

上则指细胞所能转录出的所有mRNA。

8、metabonomics 代谢组学，属于系统生物学的一个重要组成部分，效仿基因组学和蛋白质组学的研究思

想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，从而研究生命体对外界刺激、病理生理变化、

以及本身基因突变而产生的其体内代谢物水平的多元动态反应。其研究对象大都是相对

分子质量1000以内的小分子物质。

9、functional genomics 功能基因组学，是一门利用结构基因组学研究所得到的各种信息，建立和发展

各种技术和实验模型来测定基因和基因组非编码序列的生物学功能的学科。10、genomic mapping 基因组作图，就是确定界标或基因在构成基因组的每条染色体上的位置，以及同

条染色体上各个界标或基因之间的相对距离。

11、microarray DNA微阵列，又称基因芯片（gene chip），是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形

成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。

12、nucleotide 核苷酸，是指核苷（Nucleoside）和磷酸（Phosphate groups）结合的化学物质，包括单

核苷酸（如AMP、CMP等）、寡核苷酸（ADP、ATP、GTP等）和多核苷酸（DNA、RNA

等）。

13、Linux 是一种自由和开放源代码的类UNIX操作系统。

14、Perl Practical Extraction and Report Language，实用报表提取语言，是一种特别擅长处理字符串文

本数据的计算机编程语言，兼具脚本语言和高级语言的特征。

15、alignment 序列比对，或叫联配，是指在两条或多条序列中寻找按照相同次序排布的一连串单字符或

字符模块的过程

16、BLAST basic local alignmeng search tools 同源序列比对工具的一个集合，也是一种两两序列比对

算法的名称

17、phylogeny 系统发生（或系统发育），是指生物形成或进化的历史

18、Orthologs 直系同源指来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的基因或蛋白，并且典

型的保留与原始基因或蛋白有相同的功能。

19、Paralogs 旁系同源，是指是指同一基因组(或同系物种的基因组)中，由于始祖基因的加倍而横向

(horizontal)产生的几个同源基因。

20、CADD Computer Aided Drug Design 计算机辅助药物设计

21、HMM Hidden Markov model，隐马尔科夫模型，一种用来描述含有隐含未知参数的马尔可夫

过程的统计模型。

22、CpG岛是指哺乳类生物基因组中长度为0.5～4kb的一段富含胞嘧啶（C）、鸟嘌呤（G）及使两者

相连的磷酸酯键（p）成分的DNA序列，几乎都位于基因的启动子区。

二、常用生物信息学软件或在线工具

1. Clustal（或Clustal X）多序列比对软件（X为视窗版，W为命令行版）

2. Phylip 一种命令行格式的分子系统发育分析软件，包含多种算法

3. BioEdit 一种以序列编辑与分析为主的功能比较全面的综合性软件

4. Mega 一种视窗版的序列统计和进化分析的工具包（具备web序列数据库检索和多序列比对功能）

5. Treeview 进化树图形编辑软件

6. RASMOL 三维分子结构显示和分析软件

7. Primer Premier PCR引物设计软件

8. RNAstructure 建立在Turner热力学数据基础上的RNA二级结构预测软件

9. PromoterScan 一个预测分析启动子区域的在线工具

10. CpGPlot 预测CpG岛的在线平台

11. TMHMM 一个在线分析蛋白质跨膜区的工具

12、PSIPED 采用双层反馈神经网络通过对PST-BLAST搜索同源序列来预测蛋白质二级结构的在线工具。

三、常用生物信息学数据库平台及其支撑机构

1、NCBI National Center of Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心，其下建立的

GenBank是世界三大DNA数据库之一。

2、EBI European Bioinformatics Institute 欧洲生物信息研究所，其下的EMBL（European Molecular

Biology Laboratory）数据库是世界三大DNA数据库之一。

3、DDBJ DNA Data Bank of Japan日本DNA数据库

4、AceDB 最初是为秀丽新小杆线虫建立的基因组数据库，现已发展成为一个灵活和通用的数据库管

理系统，可用于包括从细菌、真菌、寄生虫、植物、昆虫、动物到人类的基因组数据库的数

据分析。

5、PDB Protein Data Bank，是一个专门收录蛋白质及核酸等大分子三维结构资料的数据库。

6、KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes京都基因与基因组百科全书，是一个以基因与分

子网络为特色的一个数据库，帮助研究者了解生物系统（如细胞，生物和生态系统）的高

层次功能，优势在于它所具有的PA THW AY，将各种生化反应以网络图的形式展现。

7、ExPASy Expert Protein Analysis System，蛋白质分析专家系统，是由瑞士生物信息学研究所（Swiss

Institute of Bioinformatics ）维护的一个提供从序列到结构以及二维电泳等全套蛋白质组学

相关操作的综合性在线服务平台。

8、CDD The Conserved Domain Database ，NCBI下的蛋白质保守结构域数据库

四、常用分子系统发育分析算法及其工具

分子进化分析软件包Phylip 中的核酸序列分析程序

分子进化分析软件包Phylip 中的蛋白质序列分析工具

分子进化分析软件Phylip 中的距离矩阵计算工具neighbor

统计分析（Seqboot ，即拨靴法或自举法，用以产生大量的数据组）

分子进化分析软件包Phylip 中的进化树绘制工具

五、常用序列比对得分矩阵的种类和名称

六、基本理论和方法

（1）生物信息学研究的基本方法和前沿技术

基本方法：建立生物数据库，数据库检索，序列分析，统计模型，算法

前沿技术：数据管理技术，数据仓库、数据挖掘与数据库中的知识发现技术，图像处理与可视化技

术

（2）识别基因的主要方法

1、ORF识别法根据终止密码子出现频率、最长ORF法等辨别编码区（主要适用与原核序列）

（下述方法可用于真核序列）

2、基于密码子出现频率或密码子第三位的偏好性的预测方法

3、同源性方法

4、神经网络方法

5、隐马尔科夫模型法

6、模式判断分析法

7、动态规划方法

8、基于剪切比对的识别方法

（3）蛋白质组学与基因组学的异同点

不同点：

a、与基因组的均一性相比，蛋白质组具有多样性。即在同一生物个体的所有体细胞中基因是一样的，

但在生命发育不同阶段的细胞中蛋白质种类及数量却是大相径庭，不同组织中细胞表达的蛋白质也有很大差异；

b、基因组非常稳定，而蛋白质组则是动态变化的。即同一细胞在不同时期、不同条件下，其蛋白质

组也是在不断地改变之中；

c、蛋白质研究技术远比基因技术复杂和困难。

相同点：都运用组学的研究方法，强调全面性和整体性。生物信息学在其中都起到越来越重要的作用。

（4）比较基因组学的基本原理、意义和主要研究方法

基本原理：通过模式生物基因组之间或者模式生物和人类基因组之间的比较和鉴别，在一种生物基因组中找到与另一种生物某个基因功能相似的基因，从而发现新基因。

意义：为研究生物进化、分离人类遗传病的候选基因以及预测新的基因功能提供依据。

主要研究方法：系统发育概形法，Rosetta Stone法，基因邻居法

（5）蛋白质二级结构和高级结构预测方法

1、蛋白质二级结构预测方法主要有3类：

a. 结合人工神经网络、遗传算法等机器学习方法，统计氨基酸出现频率，如Chous-Fasman方法，

b. 基于单一序列或多序列比对信息分析，如GOR方法和PHD方法

c. 以已知二级结构为模板，建立保守片段或位置特异性计分矩阵，通过打分预测，如PSI-BLASTP

方法

2、蛋白质高级结构预测方法主要有：比较建模法（同源建模）、threading法（逆折叠法，也叫穿针

引线法）、从头预测（ab initio）

（6）生物信息学在蛋白组研究中的应用有哪些方面内容？

a.编码的DNA序列的寻找与分析（分析研究对象）；

b.蛋白质序列信息的获取（搜索与测序）；

c.蛋白质鉴定和性质预测;

d.蛋白质序列分析；

e.蛋白质结构和功能预测；

f.数据的分析与整合：大范围基因表达分析；蛋白-蛋白相互作用；蛋白在细胞内的定位；构建通路和

细胞系统；预测和发现新的知识。

材料分析

进化树手工计算和绘制

软件工程重点整理

软件工程重点（吐血整理——林新发）红色的是重点中的重点前面数字是课本页码第一章概论 1 什么是计算机软件计算机软件指计算机系统中的程序及其文档 3软件的特点（1）软件是一种逻辑实体，而不是有形的系统元件，其开发成本和进度难以准确地估算（2）软件是被开发的或被设计的，它没有明显的制造过程，一旦开发成功，只需复制即可，但其维护的工作量大（3）软件的使用没有硬件那样的机械磨损和老化问题 4软件的分类（1）系统软件（如操作系统、编译程序等）、（2）支持软件（如数据库管理系统、网络软件、软件开发环境等）、（3）应用软件（如实时软件、嵌入式软件、科学和工程计算软件、事务处理软件、人工智能软件等） 6软件工程定义软件工程是应用计算机科学、数学及管理科学等原理，以工程化的原则和方法制作软件的工程 7生存周期软件有一个孕育、诞生、成长、成熟、衰亡的生存过程。这个过程即为计算机软件的生存周期软件生存周期大体可分为如下几个活动：计算机系统工程、需求分析、设计、编码、测试、运行和维护 12能力成熟度模型CMM（了解一下）初始级、可重复级、已定义级、已管理级、优化级 18瀑布模型（重）系统工程、需求分析与规约、设计与规约、编码与单元测试、集成测试系统测试、运行与维护第二章系统工程 41系统工程的任务（1）识别用户的要求，确定待开发软件的总体要求和范围，

（2）系统建模和模拟（3）进行成本估算，做出进度安排（4）进行可行性分析，即从经济、技术、法律等方面分析待开发的软件是否有可行的解决方案，并在若干个可行的解决方案中作出选择。（5）生成系统规格说明书 42可行性分析（1）经济可行性（成本、效益、货币的时间价值、投资回收期、纯收入）（2）技术可行性（风险分析、资源分析、技术分析）（3）法律可行性第三章需求工程 48软件需求指用户对目标软件系统在功能、行为、性能、设计约束等方面的期望。包括：功能需求、性能需求、用户或人的需求、环境需求、界面需求、文档需求、数据需求、资源使用需求、安全保密要求、可靠性需求、软件成本消耗与开发进度需求、其他非功能需求 50需求获取方法与策略（重）建立顺畅的通信途径、访谈与调查、观察用户操作流程、组成联合小组、用况 51 图3.2 53 创建用况模型的主要步骤 (1)确定谁会直接使用该系统，即参与者（Actor） (2)选取其中一个参与者 (3)定义该参与者希望系统做什么，参与者希望系统作的每件事将成为一个用况 (4)对每件事来说，何时参与者会使用系统，通常会发生什么，这就是用况的基本过程 (5)描述该用况的基本过程 54需求分析原则（重） 1．必须能够表示和理解问题的信息域 2．必须能够定义软件将完成的功能 3．必须能够表示软件的行为(作为外部事件的结果) 4．必须划分描述数据、功能和行为的模型，从而可以分层次地揭示细节

教育心理学考试知识点

名词解释 1、学习准备：指学生原有的知识水平或心理发展水平对新的学习的适应性，即学生在学习新知识时，那些促进或妨碍学习的个人生理、心理发展的水平和特点。 2、学生的学习：是人类学习中的一种特殊形式。它是在教师的指导下，有目的、有计划、有组织、有系统的进行的，是在较短的时间内接受前人所积累的文化科学知识，并以此来充实自己的过程。 3、人的学习：在社会生活实践中，以语言为中介，自觉地、积极主动地掌握社会的和个体的经验的过程。 4、发现学习：是教师启发学生独立发现事物意义的学习。 5、有意义学习：是指符合所代表的新知识与个体原有认知结构中的适当观念建立实质性的和非人为联系的过程。 6、上位学习：也叫总括学习，即通过综合归纳获得意义的学习。当认知结构中已经形成某些概括程度较低的观念，在这些原有观念的基础上学习一种概括和包容程度更高的概念或命

题时，便产生了上位学习。 7、下为学习：又称类属学习，是一种把新的观念归属于认知结构中原有观念的某一部分，并使之相互联系的过程。下为学习包括两种形式：相关类属学习和派生类属学习。 8、相关类属学习：当新学习的知识从属于原有认知结构中的某一观念，但并非完全包含于原有观念中，并且也不能完全由原有观念所代表，二者仅是一种相互关联的从属关系时，便产生了相关类属学习。 9、自我效能感：最早是由班杜拉提出的，是指人们对于自己能否成功的从事某一成就行为的主观判断。 10、直观：是主体通过对直接感知的教学材料的表层意义、表面特征进行加工，从而形成对有关事物的具体的、特殊的、感性的认识的加工过程。直观是知识获得的首要环节。在教学实际中，直观有三种方式：实物直观、模象直观和言语直观。 11、言语直观：是在形象化的语言作用下，通过学生对语言的物质形式（语音、字形）的感知及语义的理解而进行的一种直观形式。

生物信息学复习题及答案

生物信息学复习题名词解释 1. Homology (同源):来源于共同祖先的序列相似的序列及同源序列。序列相似序列并不一定是同源序列。（直系同源）：指由于物种形成的特殊事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，它们具有相似的功能。（旁系（并系）同源）：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因复制产生的一组基因，这些基因在功能上的可能发生了改变。基因复制事件是促进新基因进化的重要推动力。 (异同源)：通过横向转移，来源于共生或病毒侵染而产生的相似的序列，为异同源。 Score：The sum of the number of identical matches and conservative (high scoring) substitutions in a sequence alignment divided by the total number of aligned sequence characters. Gap总是不计入总数中。 6.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 7. E值：得分大于等于某个分值S的不同的比对的数目在随机的数据库搜索中发生的可能性。衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列。值：得分为所要求的分值比对或更好的比对随机发生的概率。它是将观测得到的比对得分S，与同样长度和组成的随机序列作为查询序列进行数据库搜索进行比较得到的HSP（高分片段对）得分的期望分布联系起来计算的。通常使用低于来定义统计的显著性。P=1-e-E 9.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法,是序列相似性分析的基础，其不同的选择将会出现不同的分析结果。 10．空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。：美国国家生物技术信息学中心，属于美国国立医学图书馆的一部分，具有BLAST, Entrez ,GenBank等工具，还具有PubMed文献数据库。另外还具有Genome, dbEST, dbGSS , dbSTS, MMDB, OMIM, UniGene, Taxonomy, RefSeq, etc. 序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有大于号（>）开始的核苷酸或者氨基酸序列的新文件，其中大于号后可以跟上序列的相关信息，其他无特殊要求。 13genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释，主要包含生物功能或数据库信息；第三部分是feature，对序列的注释；第四部分是序列本身，以“统发生树（Phylogenetic tree ）是研究生物进化和系统发育过程中的一种用树状分支图来概括各种生物之间亲缘关系，是一种亲缘分支分类方法。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。是用来研究物种进化与多样性的基础，是相近物种相关生物学数据的来源。17.基因树与物种树：物种树反映一组物种进化历程的系统树，其中每一个内部节点就代表一个物种形成的过程，而基因树则是代表来源于不同物种的单个同源基因的差异构建的系统树，而其内部的一个节点则代表一个祖先基因分化为两个新的独特的基因序列的事件。基因

软件需求工程复习题

需求工程练习题一、单选题（每空1分，共20分，请在备选答案中选择唯一一个正确的选项） 1、产品特性可以称为质量属性，在众多质量属性中，对于开发人员来说重要的属性有哪些（B ） A 有效性、效率、灵活性、互操作性 B 可维护性、可移植性、可重用性、可测试性 C 完整性、可靠性、健壮性、可用性 D 容错性、易用性、简洁性、正确性 2、需求包括11个方面的内容，其中网络和操作系统的要求属于（B），如何隔离用户之间的数据属于（C），执行速度、相应时间及吞吐量属于（D），规定系统平均出错时间属于（A ）。 A 质量保证 B环境需求 C安全保密需求 D 性能需求 3、需求分析过程应该建立3种模型，它们分别是数据模型、功能模型、行为模型。以下几种图形中，（B）属于功能模型，（A）属于数据模型，（C）属于行为模型。 A 实体-联系图(ERD) B 数据流图(DFD) C 状态转换图(STD) D鱼骨图 4、常用的需求分析方法有：面向数据流的结构化分析方法（SA），面向对象的分析方法（OOA），下列(D)不是结构化分析方法的图形工具。 A决策树 B数据流图 C数据字典 D快速原型 5、软件开发中，原型是软件的一个早期可运行的版本，它反映最终系统的部分重要特性。其中，（B）和（C）用完就可以丢弃，而（A）围绕原型修改、增加。 A 进化型 B 探索型 C实验型 D 以上都是 6、（D）用于描述数据的处理过程。 A 数据字典 B决策树 C决策表 D 数据流图 7、DFD的基本符号不包括下列哪种（A） A 数据字典 B 加工 C 外部实体 D 数据流 E 数据存储文件 8、DD的主要字典条目包括以下哪种（E） A数据流 B文件 C 数据项 D加工 E以上都是 9、常用的动态分析方法不包括以下哪种（B） A 状态迁移图 B 层次方框图 C时序图 D Petri网 10、需求分析阶段的文档包括以下哪些（E） A 软件需求规格说明书 B数据要求说明书 C初步的用户手册 D修改、完善与确定软件开发实施计划 E以上都是 11、需求验证应该从下述几个方面进行验证：（C） A 可靠性、可用性、易用性、重用性B可维护性、可移植性、可重用性、可测试性 C一致性、现实性、完整性、有效性 D 功能性、非功能性 12、风险管理的要素包括哪项（D） A风险评价 B风险避免 C风险控制 D以上都是 13、下列描述中错误的是（D） A每一个集成的需求变更必须能跟踪到一个经核准的变更请求。 B变更过程应该做成文档，尽可能简单，当然首要的是有效性。 C所有需求变更必须遵循过程，按照此过程，如果一个变更需求未被采纳，则其后过程不再予以考虑。 D可以从数据库中删除或修改变更请求的原始文档

教师考编教育心理学知识点总结(精心整理)

第一章教育心理学概述第一节基本内涵研究对象&内容：教育心理学是研究教育教学情境中学与教的基本心理规律的科学。是应用心理学的一种，同时又是教育学和心理学的交叉学科。学习心理是教育心理学的核心。教育心理学的作用：对教育实践具有描述、解释、预测和控制的作用。具体来说包括： a.帮助教师准确的了解问题； b.为实际教学提供科学的理论指导； c.帮助教师预测并干预学生的行为； d.帮助教师结合实际教学进行教育研究。第二节发展一、初创时期（20世纪20年代以前）世界上第一本以“教育心理学”命名的书是1877年出版的卡普捷列夫的《教育心理学》。 1903年，桑代克出版《教育心理学》该书奠定了教育心理学发展的基础，西方教育心理学的名称和体系由此确立，教育心理学由此成为一门独立的学科，桑代克也因此被称为“教育心理学之父”。二、发展时期（20世纪20年代到50年代末） 1924年，廖世承编写了我国第一本《教育心理学》教科书。三、成熟时期：学科体系基本形成（20世纪60年代至70年代末）四、完善时期（20世纪80年代以后）第三节研究方法教育心理学的研究要遵循客观性、系统性、教育性、理论联系实际等原则，常用的研究方法有以下几种：实验法、观察法、调查法、个案法、教育经验总结法。第二章心理发展及个别差异第一节心理发展概述一、个体心理发展心理发展是指个体从出生、成熟、衰老直至死亡的整个生命进程中所发生的一系列心理变化。 ★★（一）个体心理发展的一般特征……简答题 1. 连续性与阶段性。 2. 定向性与顺序性。 3. 不平衡性。关键期：个体发展过程中环境影响能起最大作用的时期。（劳伦兹首先提出了关键期的概念） 4. 差异性。（二）中小学生心理发展的阶段……填空题 1.童年期。 2.少年期。也被称为“危险期”或“心理断乳期”。……填空题 3.青年初期。二、心理发展的理论 ★（一）皮亚杰认知发展阶段论

生物信息学习题

一：名词解释 1.生物信息学 2.NCBI 3.PubMed 4.生物芯片 5.BLAST 6.UniProt 7.电子克隆 8.EMBL 二：填空题 1.基因芯片可以分为 2. 人类基因组全序列分析分两大步骤即制图和测序，并最终绘制出四张图谱： 3. 分子系统发生分析主要分为三个步骤即 4. 国际上最主要的三大核酸序列数据库分别是 5. 蛋白质得分矩阵有 7. 文献是掌握科研进展的最直接方式，目前由NCBI维护的大型文献资源是。 3. 用于核酸序列比对中常见的三种得分矩阵，分别为 4. 根据生物芯片探针分子类型的不同，可以将生物芯片哪三种， 5. 核酸序列分析所获得的信息主要有（举例说明四个） 6. 限制性酶切分析是分子生物学实验中的日常工作之一，这方面最好的

限制酶数据库是三：选择题 1、如果试图确定一个新蛋白质序列属于哪一个蛋白质家族，或该序列可能包含何种结构域或功能位点，应使用：（） A: PROSITE数据库 B: DDBJ数据库 C: PIR数据库 D: PDB数据库 2、构建序列进化树的一般步骤不包括：（） A：建立DNA文库 B：建立数据模型 C：建立取代模型 D：建立进化树3、BLAST教案所程序中，哪个方法是不存在的？（） A：BLASTP B：BLASTN C：BLASTX D:BLASTQ 4. 以下常见的几个物种，哪一个目前还没有完成全基因组测序：（）A: 茶树 B: 玉米 C: 水稻 D: 小鼠 5、向核酸序列数据库（GenBank/EMBL/DDBJ）提交数据，应该使用下面哪个软件：（）。 A： Blast B：Sequin C：SRS D：Swiss-Model 6、在蛋白质序列数据库中比较查询手头未知的蛋白质序列，应使用Blast中哪个具体的算法：（）。 A：BLASTX B：tBLASTN C：BLASTP D：BLASTN 7、下列中属于一级蛋白质结构数据库的是：（） A：EMBL B：DDBJ C：PDB D：SWISS-PROT 8、下面不属于SWISS-PROT蛋白质数据库的注释范畴的是：（）A: 与其它蛋白质的相似性 B: 蛋白质的二级结构 C: 由于缺乏该蛋白质而引起的疾病 D: 核酸的功能描述 9、下列属于蛋白质二级结构预测的软件程序是（） A： BLASTX B：SOPMA C：DNAstar D：GO

需求工程期末复习

第一章：需求工程导论 1.需求工程定义：是所有需求处理活动的和，它收集信息、分析问题、整合观点、记录需求并验证其正确性，最终反映软件被应用后与其环境互动形成的期望效应。 2.需求工程的基本活动： 1）需求开发：需求获取，需求分析，需求规格说明，需求验证 2）需求管理 3.各个活动的目的： 1）需求获取的目的是从项目的战略规划开始建立最初的原始需求； 2）需求分析的目的是保证需求的完整性和一致性； 3）需求规格说明的目的是将完整、一致的需求与能够满足需求的软件行为以文档的方式明确地固定下来； 4）需求验证的首要目的是保证需求及其文档的正确性，即需求正确的反映了用户的真实意图；另一个目标是通过检查和修正，保证需求及其文档的完整性和一致性； 5）需求管理的主要工作是跟踪后继阶段中的需求实现与需求变更情况，确定需求得到了正确的理解并被正确的是想到了软件产品中。 4.软件需求规格说明定义：软件需求开发用来确定系统需求中应该由软件满足的部分，将其映射为软件行为，产生软件需求规格说明。第二章：需求基础 5.软件系统能够与问题域进行交互和相互影响的原因在于，软件系统中的某些部分对问题域中的某些部分具有模拟特性。 6.需求分类： 1）功能需求：业务需求，用户需求，系统需求 2）性能需求 3）质量属性 4）对外接口 5）约束第三章：（不考）第四章：需求获取概述 7.需求工程需要获取的内容主要有三种： 1）需求 2）问题域描述 3）环境与约束 8.需求获取信息的主要来源： 1）涉众 2）硬数据 3）相关产品 4）重要文档 5）相关技术标准和法规 9.获取信息的方法： 1）传统方法：问卷调查，面谈，文档分析，文档检查，需求剥离 2）集体获取方法：头脑风暴，专题讨论会，JAD，JRP 3）原型

教育心理学复习章节知识点

教育心理学第一章 1、教育心理学:就是研究学与教的基本心理规律的科学。 2、学习:就是个体由于与外界环境的互动经验而产生的行为表现或心理的持久变化。 3、学习理论就是教育心理学最核心的研究内容。 4、量化研究与质性研究就是当前社会科学研究中的两种基本范式。 5、几种具体的研究方法:问卷法,实验法,观察法,访谈法,微观发生法。 6、1903年,美国心理学家桑代克出版《教育心理学》第四章 1、学习:就是指基于经验而导致行为或行为潜能发生相对一致变化的过程 2、学习的作用:(1)学习就是有机体与环境取得平衡的条件。(2)学习可以影响成熟。(3)学习能激发人脑潜能。 3、按学习主体分类:动物学习与人类学习 4、加涅的学习水平分类:(1)信号学习。(2)刺激-反应学习。(3)连锁学习。(4)言语联想学习。(5)辨别学习。(6)概念学习。(7)规则的学习。(8)解决问题的学习。

5、加涅的学习结果分类:(1)言语信息。(2)智力技能。(3)认知策略。 (4)态度。(5)动作技能。 6、学习性质与形式分类:(1)据学习方式分为接受的与发现的。(2)据学习材料与学习者原有知识的关系分为机械的与有意义的。 7、学习的意识水平分类:(1)内隐学习:个体不知不觉的获得经验,并引起相应行为变化的学习。(2)外显学习:指有意识的、需要付出心理努力并需按照规则做出反应的学习。 8、(1)外显记忆:长时记忆中能够在意识水平上加以回想与思考的知识。(2)内隐记忆:无法在意识水平上加以回想,但不知不觉地影响着行为与思维的学习。 9、学习的相关概念:(1)终身学习。(2)远程学习。(3)机器学习。(4)学习科学。 10、学习理论的发展:(1)两种倾向学习理论体系的建立与初步发展:行为主义学派与德国的格式塔学派。(2)行为、认知倾向学习理论的相互吸收。(3)认知学习理论的发展与人本主义学习理论的出现。(4)构建主义学习理论的兴起。 11、亚里士多德认为人的记忆遵循三条联想律:相似律、相对律与邻近律。 12、巴甫洛夫的经典性条件作用:(1)无条件刺激:本来就能引起某种固定反应的刺激。(2)无条件反应:指由无条件刺激原本就可以引起的固定反应。(3)中性刺激:给狗呈现刺激如铃声,狗不会产生唾液分泌的反应,铃声被称为中性刺激。(4)条件刺激:原来的中性刺激,它并不能引起无条件反应,但与无条件刺激多次在时间上

教科版六年级科学第一学期《校园生物大搜索》教案设计

教科版六年级科学第一学期《校园生物大搜索》教案设计、校园生物大搜索【教学目标】科学概念：我们周围生活的生物是多种多样的。过程与方法：分区域调查，认识多种多样的生物。选用适合的工具对生物进行调查和记录。情感、态度、价值观：感受校园生物的美丽。体会到用心观察会有许多新的发现，发展科学学习的欢乐。【教学重难点】会选用适合的工具对校园生物进行调查和记录。【教学准备】分组准备：记录本，记录工具，观察工具，调查表为整个班级准备：校园多见生物的照片。【教学过程】一、引入：、校园里有很多植物和动物，认识下面这些动物和植物吗？用幻灯片放校园内多见植物和动物，让学生辨认和观察。 2、：校园里还有哪些植物和动物？我们校园里有多少种植物，多少种动物？让我们一起去调查。二、设计调查方案、师：如何去调查呢？ 2、学生分组制定调查计划，汇报，师点拨： A像科学家那样，将校园分为几个区域分别进行调查；B要对校园生物展开全面调查，包括土壤中和曾经来过的动物；调查时不仅要记录地面看的见的动

物和植物，还要搜索地下的动物，要根据所发现的动物踪迹推测哪些动物也在这里生活过。将这些发现都及时记录下来。 c用绘画、拍照等合适的方法记录不知名的动植物；D将调查的校园生物分为动物和植物两类分别记录，既要记录生物的名称、又要记录它们生长和经常活动的地点。 E在调查时可能会出现具有例外特征的同一种生物，比如例外花色的蝴蝶；开黄、白、红例外颜色花的郁金香等，记录时可以都记录成蝴蝶或郁金香，也可分别记录某某样的蝴蝶；某某颜色的郁金香。 F要爱护动植物三、开展校园动植物调查活动将校园划分为几个区域，每个小组确定一个区域作为调查的重点，开展调查活动，边调查边记录，尽量不要漏掉校园中的任一种动植物，鼓励学生认真记录，对认真调查的组给予加星评价。（意图：为后面形成生物种类多种多样，同种生物也具有千差万别的例外个体这样一个生物多样性的认识积累感性经验。）四、课外延伸：对不知名的动物和植物，回家查找资料

软件需求工程选择题

选择题 1.软件生命周期包括哪些阶段A A. 需求、设计、编码、单元测试、接收测试和维护阶段。 B. 设计、编码、单元测试、接收测试和维护阶段。 C. 需求、设计、编码、单元测试和接收测试阶段。 D. 需求、设计和编码阶段。 2. 好的软件需求具有哪些特性A A. 一致性和全面性。 B. 易读性和充分性。 C.充分性。 D.易读性。 3.RUP的十大要素是：开发一个前景、达成计划、标识和减小风险、分配和跟踪任务、检查商业理由、设计组件构架、对产品进行增量式的构建和测试、验证和评价结果、_________和_________。A A. 管理和控制变化及提供用户支持。 B. 迭代的开发和提供用户支持。 C. 迭代的开发和管理和控制变化。 D. 建立模版和迭代的开发。 4.下列哪个不是RUP的核心工作流C A. 业务建模 B. 分析和设计 C. 用户需求了解。 D. 需求 5.RAD的缺点不包括___D______。 A. 如果用户不能持续地参与整个生命周期中，最终产品会受到负面影响。 B. 要求系统能适当模块化，如果没有可重用的组件，它的效率就会下降。 C. 盲目应用时，会缺乏成本概念和项目完成的时间限制。项目有永远不能完结的风险。 D. 工作重点从文档转为构建，所见即所得。 6.螺旋模型的优点不包括____C______。 A. 能够及时找到项目存在的风险，避免因为克服不了的困难而造成大的损失。 B. 使用户能够尽早将信息经常反馈给开发人员，保证了产品的正确性和高质量。 C. 大量的中间阶段会产生额外的内外部文档。 D. 可以方便地评估和验证每次迭代的成果；实现从开发到维护的无缝连接。 7.迭代方法中的常见问题不包括___B________。 A. 过分详细的规划 B. 项目收敛 C. 回避棘手问题 D. 不同的小组按自己的进度进行工作 8.用户故事的书写遵循一定的原则，其中不包括___C_____。 A. 作为（系统的一个涉众） B. 我想要（做一件事） C. 是什么（用户的需求是什么） D. 从而（达到一个商业价值）

高等教育心理学考试知识点

心理学一、填空题（有15空，共15分） 1、1903年，美国心理学家（桑代克）出版了《教育心理学》，这是西方第一本以教育心理学命名的专著。P22 2、高等教育心理学史研究高等教育情境中学生的学与教师的教的（基本心理规律）的科学。P27 3、本着实事求是的精神，按照客观事物的本来面目反映事物，这是高等教育心理学研究中的（客观性）原则。P35 4、教育心理学的研究方法应避免违背教育的原则和规律，给学生的身心健康带来不良影响。这是教育心理学研究中的（教育性）原则。P35 5、高等教育心理学的研究课题必须来源于高等教育实践，它的研究成果也必须能够付诸于高等教育实践，这是高等教育心理学研究中的（理论联系实际）原则。P35 6、典型的教学风格有两种形式，即（学生中心的教学风格）和（教师中心的教学风格）的教学风格。P46 7、教师的领导方式包括强硬专断（仁慈专断型）（放任自流型）（民主型）四种类型。P46 8、教师的教学效能感可以分为（一般教育效能感）和（个人教学效能感）两个方面。P51 9、反思包括对于活动的反思、（活动中的反思）和（为活动的反思）三种类型。P58 10、教学反思分为具体经验阶段、（观察与分析阶段）、（重新概括阶段）和（积极的验证阶段）四个环节。P59 11、研究者提出了四种反思方法，反思日记、（详细描述）（实际讨论）和（行动研究）。P61 12、广义的学习指人和动物在生活过程中，凭借（经验）而产生的（行为）或（行为潜能）的相对持久的变化。P82 13、通过厌恶刺激的排除来增加反应在将来发生的概率，这是（负强化），通过厌恶刺激的呈现来降低反应在将来发生的概率，这是（惩罚）。P97 14、在高等教育过程中，教师应多用（正强化）手段来塑造学生的良性行为，用（不予强化）的方法来消除消极行为，而应慎重地对待惩罚。P97 15、美国教育心理学家奥苏伯尔曾根据学习进行的方式把学习分为（接受学习）和（发现学习），又根据学习材料与原有知识结构的关系把学习分为（机械学习）和（意义学习）。P101 16、奥苏伯尔认为意义学习就是符号所代表的新知识与学习者认知结构中已有的适当观念建立起（非人为）和（实质性）的联系。P103 17、奥苏伯尔认为，学校情境中的成就动机主要由（认知内驱力）、（自我提高的内驱力）和（附属内驱力）三个方面的内驱力组成。P112 18、动机具有三种功能，（激活）功能（指向）功能（强化）功能。P112 19、成就动机的三个组成部分通常随着年龄等因素的变化而变化，在儿童早期，（附属内驱力）最为突出，而到了青年期（认知）内驱力和（自我提高）内驱力成为学生学习的主要动力。P113 20、根据动机的动力来源，可以把动机分为（内部学习动机）和（外部学习动机）两种类型。这是唯一得到心理学家公认的动机分类反思。P116 21、阿特金森将个体的成就动机分为（力求成功的动机）和（避免失败的动机）两个部分。P122 22、美国心理学家维纳把归因分为（内部归因和外部归因）（稳定性归因和非稳定性归因）和（可控归因和不可控归因）三个维度。P123 23、马斯洛认为自我实现作为一种最高级的需要包括（认知）（审美）和（创造）需要。P124 24、最早有关学习迁移现象的系统假说是（形式训练说），它的心理学基础是（官能心理学）P142 25、认知结构的三个变量对学习迁移会产生直接影响，它们是认知结构的（学习者原有知识的实质性的内容特征）（学生个人的知识的组织特征）和（它的巩固性）。P145 26、记忆包括（识记）（保持）（再现）三个环节。P178 27、从信息加工的观点来看，记忆就是人脑对外界输入信息进行（编码）（存贮）和（提取）的

2019版国科大生物信息学期末考试复习题

中科院生物信息学期末考试复习题陈润生老师部分： 1.什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？答：生物信息学有三个方面的含义： 1)生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面，是基因组研究不可分割的部分。 2)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测；其本质是识别基因信号。 3)生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。它是当今自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。 2.如何利用数据库信息发现新基因，其算法本质是什么？答：利用数据库资源发现新基因，根据数据源不同，可分2种不同的查找方式： 1)从大规模基因组测序得到的数据出发，经过基因识别发现新基因：（利用统计，神经网络，分维，复杂度，密码学，HMM，多序列比对等方法识别特殊序列，预测新ORF。但因为基因组中编码区少，所以关键是“数据识别”问题。）利用大规模拼接好的基因组，使用不同数据方法，进行标识查找，并将找到的可能的新基因同数据库中已有的基因对比，从而确定是否为新基因。可分为：①基于信号，如剪切位点、序列中的启动子与终止子等。②基于组分，即基因家族、特殊序列间比较，Complexity analysis，Neural Network 2)利用EST数据库发现新基因和新SNPs：（归属于同一基因的EST片断一定有overlapping，通过alignment可组装成一完整的基因，但EST片断太小，不存在数据来源，主要是拼接问题）数据来源于大量的序列小片段，EST较短，故关键在正确拼接。方法有基因组序列比对、拼接、组装法等。经常采用SiClone策略。其主要步骤有：构建数据库；将序列纯化格式标准化；从种子库中取序列和大库序列比对；延长种子序列，至不能再延长；放入contig库①构建若干数据库：总的纯化的EST数据库，种子数据库，载体数据库，杂质、引物数据库，蛋白数据库，cDNA数据库； ②用所用种子数据库和杂质、引物数据库及载体数据库比对，去除杂质； ③用种子和纯化的EST数据库比对 ④用经过一次比对得到的长的片段和蛋白数据库、cDNA数据库比较，判断是否为已有序列，再利用该大片段与纯化的EST数据库比对，重复以上步骤，直到序列不能再延伸； ⑤判断是否为全长cDNA序列。（利用EST数据库：原理：当测序获得一条EST序列时，它来自哪一个基因的哪个区域是未知的（随机的），所以属于同一个基因的不同EST序列之间常有交叠的区域。根据这种“交叠”现象，就能找出属于同一个基因的所有EST序列，进而将它们拼接成和完整基因相对应的全长cDNA序列。而到目前为止，公共EST数据库(dbEST)中已经收集到约800万条的人的EST序列。估计这些序列已覆盖了人类全部基因的95%以上，平均起来每个基因有10倍以上的覆盖率。）

教科版小学科学校园生物大搜索教案

校园生物大搜索【教材分析】本课教材以校园生物为研究对象，组织学生认识常见的校园动植物以及调查校园中的动植物，目的是通过对校园生物种类的调查，感受校园生物的多种多样，帮助学生初步构建生物多样性的概念。调查活动强调分区域进行，及时记录，学生已经能清楚地区分植物和动物，让学生将校园生物分为植物和动物两类进行记录，旨在发展学生运用分类的方法研究事物或现象的意识。本课教学内容主要分为两部分。第一部分：认识常见的动物和植物。教材通过图片展示了校园中常见的动物和植物，在实际教学中，教师可以根据各校的不同情况展示不同的动植物。通过展示引起学生对校园中常见植物和动物的关注，并回忆在三年级时观察生物的方法，为本节课的调查活动打下基础。第二部分：调查校园中的动植物。教材上的参考资料图片意在使学生知道生物学家也要进行调查活动，且也是对某一区域进行调查，从而引出学生对校园中生物的调查。教材通过卡通人物的对话展示了活动应该注意的事项。下面的记录表格提示学生要对调查结果及时记录，同时提示学生不要漏掉校园中的每一种动植物。【学生分析】经历了3年的科学学习，学生对于生物多样性已经有了自己的认识，但这样的认识，在学生的头脑中是模糊的、凌乱的。生物物种的多样性描述着生物种类的丰富程度，对于小学生来说，从这个角度理解生物多样性比较直观、具体，但是，学生对于生物种类和生物个体还是不能分清楚，因此，本课帮助学生梳理知识，建立生物多样性的概念，是六年级学生发展的需要。【教学目标】科学概念：知道在我们校园里面生活的生物是多种多样的。过程与方法： 1．在校园内分区域调查，认识多种多样的生物。 2．选用适合的工具对生物进行调查和记录。情感态度价值观：

软件需求期末考试资料整理

软件需求工程期末考试复习资料第一讲 1.什么是需求分层？为什么要进行需求分层？【P6~P9】一些基本术语和概念，需求，软件需求工程，需求分析（1）软件需求包括三个不同的层次—业务需求、用户需求和功能需求，除此之外，每个系统还有各种非功能需求。业务需求( business requirement)反映了组织机构或客户对系统、产品高层次的目标要求，它们在前景和范围文档中予以说明。用户需求(user requirement) 文档描述了用户使用产品必须要完成的任务，这在使用实例(use case)文档或方案脚本(scenario)说明中予以说明。功能需求(functional requirement)定义了开发人员必须实现的软件功能，使得用户能完成他们的任务，从而满足了业务需求。所谓特性(feature)是指逻辑上相关的功能需求的集合，给用户提供处理能力并满足业务需求。（2）需求具有多个视图，从不同的角度定义不同项目涉众所关注的相同问题。软件需求的层次划分可以满足需求的多视图需要。具体而言，管理人员或市场营销人员负责定义软件的业务需求，以提高公司的运营效率（对信息系统而言）或产品的市场竞争力（对商业软件而言）。所有的用户需求都必须符合业务需求，需求分析员从用户需求中推导出产品应具备哪些对用户有帮助的功能。开发人员则根据功能需求和非功能需求设计解决方案，在约束条件的限制范围内实现必需的功能，并达到规定的质量和性能指标。 2.需求开发和需求管理是按照什么来划分的？它们各自包含哪些活动？【P9~P10】按照需求基线来划分的，即：按照某一时刻，对特定版本中已达成一致的需求内容为界限。它们各自包含的活动有：【参见课本】 3.好的需求是什么样的？【P15~P16】单条需求（即需求声明）的特点：【P15】 SRS作为整体应具备的特点：【P16】 4.如何去理解需求签约以及如何认识？【P25】客户和开发人员之间合作伙伴关系的核心是就产品的需求达成一致，很多组织把在需求文档上签字作为客户认可需求的标志。 “签字”的核心在于建立需求协议的基线，即某一时刻需求的瞬态图。在需求规格说明书上签字表示，同意这份文档所描述的系统能够满足客户的需求，进一步的变更将在此基础上，依照项目定义的变更过程进行。在实务操作中，“签字”常出现如下问题：一是客户代表把在需求文档上签字当做毫无意义的仪式；二是开发经理把签字当做冻结需求的方法。这些都是需要规避的，即不能把“签字”当做武器，而应该将之视为项目的一个里程碑，对于签字之前应进行哪些活动，以及签字对将来变更的影响，各方应形成明确一致的理解。

教师资格证考试：教育心理学知识点归纳

教育心理学第一章教育心理学概述 1、教育心理学是一门研究学校情境中学与教的基本心理规律的科学。（研究对象） 2、教育心理学研究范围：学与教相互作用过程包括五要素：学生（学习主体）、教师（指导地位）、教学内容（教学大纲、教材和课程）教学媒体（载体，表现形式）、教学环境（物质和社会）三过程：学习过程（教育心理学研究的核心内容）、教学过程、评价|反思过程。 3、作用：帮助教师准确地了解问题；为实际教学提供科学的理论指导；帮助教师预测并干预学生；帮助教师结合实际教学进行研究。 4、发展状况：初创时期（20 世纪20 年代以前）桑代克《教育心理学》：西方第一本以教育心理学命名的专著。后又发展为《教育心理大纲》：奠定了教心发展的基础，西方教心的名称和体系确立。发展时期（20世纪20年代到50 年代末）尚未成为一门具有独立理论体系的学科成熟时期（20 世纪60 年代到70 年代末）正在形成完善时期（20 世纪80 年代以后）廖世承《教育心理学》：我国第一本、第二章、中学生的心理发展与教育 1、心理发展，是指个体从出生、成熟、衰老直至死亡的整个生命进程中所发生的一系列心理变化。四个基本特征：连续性与阶段性；定向性与顺序性；不平衡性；差异性。 2、阶段特征少年期（11、12 岁到14、15岁）初中阶段，半成熟、半幼稚。青年期（14、15 岁到17、18岁）高中阶段 3、学习准备：是指学生原有的知识水平或心理发展水平对新的学习的适应性，即学生在学习新知识时，那些促进或妨碍学习的个人生理、心理发展的水平和特点。 4、关键期：2岁—口头语言发展；4岁- 形状知觉形成；4-5 岁- 学习书面语言 5、认知发展的阶段理论（皮亚杰）感知运动阶段（0-2 岁）：感觉和动作分化前运算阶段（2-7 ）：语言出现和发展具体运算阶段（7-11）：抽象概念，逻辑推理形式运算阶段（11-15）：命题之间关系，假设- 演绎推理，抽象逻辑思维，可逆与补偿，思维的灵活性。 5、认知发展与教学的关系：认知发展制约教学的内容和方法，教学促进学生的认知发展，关于最近发展区（维果斯基：现有水平和即将达到的发展水平之间的过渡状态） 6、人格：又称个性，是指决定个体的外显行为和内隐行为并使其与他人的行为有稳定区别的综合心理特征 7、人格发展理论：埃里克森 8、影响人格发展的社会因素：家庭教养模式（专制型、放纵型、民主型）；学校教育；同辈群体 9、自我意识：是个体对自己以及自己与周围事物的关系的意识（自我认识、自我体验、自我监控），是让人格的重要组成部分，是使人格各部分整合和统一起来的核心力量 10、自我意识的发展：生理自我（最原始，3 岁）；社会自我（少年期）；心理自我 11、认知过程：是指学生借以获得信息、做出计划和解决问题的心理过程。 12、认知方式：又称认知风格，是个体在知觉、思维、记忆和解决问题等认知活动中加工和组织信息时所显示出来的独特而稳定的风格。差异表现：场独立（自己内部参照，不易受外来的因素影响和干扰）与场依存（外部参照）沉思型与冲动型（反应时间与精确性）辐合型（辐合思维，唯一正解）与发散型（发散思维，非唯一正解） 13、世界上最著名的智力量表：斯坦福- 比纳量表（S-B 量表）比纳，西蒙，推孟 14、韦克斯勒量表 15、智力：个体先天禀赋和后天环境相互作用的结果

生物信息学复习题及答案(陶士珩)

生物信息学复习题一、名词解释生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。￥ 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列 9）什么是多序列比对过程的三个步骤 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 ? 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。[ 3）三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999