生物软件大全
生物类相关软件大全
1． DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，
足可满足一般实验室的要求。
2. DNATools 5.1
DNATools设计的用户友好、强壮，以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。若你的序列是DNATools格式时（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列，而不必通过它们的文件名。为避免丢失数据-和你的工作-DNATools包括几个挽救丢失数据的功能：一个5层的撤销/重复功能，重新获得原始序列的恢复功能，项目中加入新文件时的安全备份功能，以及在一定的时间间
隔作完全备份或备份你的工。
3. DNAClub
DNA Club是一个简单的对DNA进行与PCR有关的操作的软件。它的功能有： 1、输入DNA 序列； 2、查找ORF序列； 3、把DNA翻译成蛋白序列； 4、查找酶切位点； 5、查找PCR 引物序列。功能虽然都很简单，但非常实用，一般的用户都可以很方便地使用。
4. Premier
5.0
是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。这里我们主要介绍其引物设计功能，顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。
其功能绝不在Oligo 5.0之下！
5. GeneDoc 3.2
GeneDoc能用用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，输出的格式一目了然，而且可以报告为进化树的格式。选择项多，可以达到所需的要求。功能多又强，但要完全掌握，并不是
很轻松的事。
6. MACAW 2.05
MACAW 是多序列构建与分析工作台软件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一个用来构建与分析多序列片段的交互式软件。MACAW具有几个特点：1. 新的搜索算法查寻类似区，消除了先前技术的许多限制。2. 应用一个最近发展的数学原理计算block类似性的统计学显著性。3. 使用各种视图工具，可以评估一个候选block包含在一个多序列中的可能性。4．可以很容易地编辑每一个block。在多序列中查找一个类似片段并不是一件简单的事，主要是因为要查找的量极大。这正式MACAW所要解决的问题。
7. Clustal X
Clustal X 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较（multiple sequence alignment）的软件。多序列比较在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明
序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，Clustal X很适合这些方面的要求。
8. Winplas 2.6
该软件用来绘制发表质量的质粒图，可广泛应用与论文、教材的质粒插图。其特性包括：1.知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图；2. 可读入各种流行序列格式文件引入序列信息；
3. 自动识别限制位点可构建序列结构，功能包括：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等；
4. 绘图功能强大，功能包括：位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形序列绘制、可输出到剪贴板、可输出到图像文件；
5. 限制酶消化分析报
告输出与序列输入报告功能
9. RNAdraw 1.1b2
是一个进行RNA二级结构计算的软件。 1. 它是Windows下的多文档窗口 (multiple document interface) 软件，允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。2. RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。 3. RNA文库（RNA Library）用一种容易操作
的方式来组织你所有的RNA数据文件。
10. RNAStructure 3.5
RNA Structure 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。
11. Cn3D
是由NCBI开发的用于观看蛋白质三维结构的软件，其设计的主要目的是为NCBI在其站点中的蛋白质结构数据库MMDB提供专业的结构观察软件，其主要的操作界面分为两个窗口，如右图所示，一个为结构窗口，另一个为序列窗口。与其他的类似的软件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在结构观察方面主要功能上基本相似，但是图形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在与网络连接上，该软件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB结构数据库，能直接根据输入的序列号从数据库中利用其内嵌的Entrez搜索引擎调出蛋白结构来进行观察，比其他软件要简便。而Cn3D主要的特点是能够将两个蛋白放在一起直观地进行三维结构上的比较，如下图中是将两种核酸外切酶的三维结构通过VAST对准得到的结构比较图：同样，Cn3D在结构比较方面也能利用其内嵌的Blast搜索引擎直接访问Genbank 数据库找到具有局部相似性的结构数据，并在三维结构图中显示出二者具有相似性的结构区
域
12. Seqverter 1.3
Seqverter 1.3使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。而且能够转换的格式非常之多是其它软件所无法比拟的。另外，它可在线升级以读写更多格式文件。
13. Visual Sequence Editor 1.1
1.可以同时显示编辑多达200个核酸蛋白序列
2.将所有程序打包成一个库文件
3.可以输入输出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；
Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接读取MACAW的文件，并能将各序列中的同源顺序标出 5.根据遗传密码（可以自定义）读出一种或六种阅读框 6.查看的字体大小，
字母间隔等灵活可调 7.模糊查找特定序列。
14. band leader 3.0
提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。
15. Sequin 2.90
能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列库递交序列。可以不用仔细考虑各数据库文件的具体格式，以问答填表格的形式，将需递交的序列和相关资料填好。可以在线直接发送，也可
以生成相应格式文件，以e-mail形式发送。
16. Omiga 2.0
实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA 链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。
17. TreeView
Tree View是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格
式文件，生成进化树,并输出到打印机。
18. Antheprot
蛋白质序列分析软件包ANTHEPROT 4.5是位于法国的蛋白质生物与化学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟出未知蛋白的高级结构。
19. BioEdit
是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、等等等等。总之，功能强大，人人需要。
20. DNAMend
DNAmend是一名德国人编写的用于对DNA序列进行分析，编辑的专业软件，主要的用途是在基因克隆过程中，利用其提供的对DNA序列的限制性酶切分析，开读框搜索，序列转译，末端修剪等功能对DNA序列进行酶切、连接、末端补平等模拟操作，为克隆流程设计及克隆过程监视提供直观的控制工具，便于对克隆中可能出现的问题进行分析，并可将结果输出用于
发表文章。
21. Bioperl 常用的分子生物学编程语言
22. Biojave常用的分子生物学编程语言
23. Oligo 2.7M
引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度
（Tm）和理论预测序列二级结构。
24. Pcgene
pcgene在任何时候均有帮助，包括操作和pcgene计算所采取的理论原理。
pcgene软件功能有：
一、根据胶板读出序列（需特殊硬件支持）
二、核酸蛋白序列输入、修改、编辑和打印输出，物化参数计算（组成、分子量、等电点等）、
特殊蛋白序列显示方式、语音序列读出
三、序列分析：
1.核酸一级结构分析：查找子序列、正向反向重复序列查找、pcr引物序列分析、转译成蛋
白序列、使用embl cds自动转译、遗传密码更改
2.核酸位点分析：真核生物起始区位点分析，特殊位点检测（核糖体可能结合位点等）
3.核酸表达区分析、序列比较、限制酶位点分析、核酸同源性比较、核酸序列参数统计信息
4.核酸二级结构分析：回行结构分析、RNA结构、DNA螺旋、tRNA序列查找
5.蛋白一级结构分析：查找子序列、蛋白->核酸序列、最佳寡核甘酸探针
6.蛋白位点分析、断点分析、同源序列比较、二级结构分析、序列统计结果
7.序列可以是单个的，也可以将它装入数据库分子生物应用软件pcgene共四张（1.44M） rar
压缩。
25. Blast 2.2.3 2002-5-15
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的计说明。BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所
查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序
列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作
一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻
译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸
序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36
种比对阵列。
26. EndNote
老牌的文献管理软件。
EndNote 6 smartly advances research and publishing by organizing images with text, and by providing built-in Microsoft? Word templates for a variety of journals. Long known for Bibliographies Made Easy, EndNote 6 now defines Manuscripts Made Easy. Organize images and files in your EndNote 6 library EndNote 6 allows you to organize more than just text. Any type of generic image (e.g., BMP, TIFF, JPEG) or application file (e.g., Microsoft Excel, PhotoShop, ChemDraw) can be managed along with your text references using the new image and caption fields in any reference type. Now you can apply keywords and search for nontextual data the same way you do for
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常用生物学软件简介
网址： https://www.sodocs.net/doc/5311039459.html,/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。 网址： Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：https://www.sodocs.net/doc/5311039459.html,/Soft/2006/112.htm Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） Oligo 6 Tour 主要功能介绍 https://www.sodocs.net/doc/5311039459.html,/ 2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot 是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直 接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBan k、EMBL或FASTA文件。Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、B last Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。 网址： Vector NTI7.0 中文使用手册 Vector NTI Suite 9.1 Demo（综合性蛋白核酸分析工具包）https://www.sodocs.net/doc/5311039459.html,/Soft/2007 /460.htm https://www.sodocs.net/doc/5311039459.html,/solutions/vectornti/index.html 3．DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简 介 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退
海洋浮游生物期末模拟试题
海南大学海洋学院海洋浮游生物学期末模拟试题 11海科曾奇整理 （注：红色字体的为我认为出题概率更大的题目，没时间的至少把红色部分看下。另外下面题目纯属本人猜测，红黑勿怪。希望能对大家有所帮助，考个好成绩） 第一题：名词解释 1、世代交替：某种生物在其生活史的某一阶段进行有性生殖，而在另外的阶段 进行无性生殖，两种过程交替出现。 2、囊壳：某些藻类具有的特殊细胞壁状的构造，无纤维质，但常有钙或铁化合 物的沉积，常呈现黄色、棕色甚至棕红色。 3、周质体：藻体细胞表层特化的一层坚韧而有弹性的构造，藻体形态较稳定。 4、海洋浮游植物：是无胚具有叶绿素的自养叶状体孢子植物。 5、蛋白核：是绿藻、隐藻等藻类中常见的一种细胞器，通常由蛋白质核心和淀 粉鞘组成，有的无鞘。 6、壳套：壳面向相连带转弯的部分。 7、相连带：与壳套相连和壳面垂直的部分。 8、隔片：具间生带的种类，有向细胞腔内伸展成片状的结构。 9、假隔片：隔片的一端是游离的。 10、壳缝：从壳面沿着纵轴的一条裂缝，又叫纵沟。 11、相连带：上壳连接带和下壳连接带相连接的部分。 12、龙骨点：管壳缝内的每一个大孔就叫龙骨点。 13、管壳缝：菱形藻等壳缝呈管状，故叫管壳缝。 14、假空泡：又叫伪空泡，是蓝藻细胞内具有的气泡，在光学显微镜下呈现 黑色红色或紫色，可使植物体漂浮。 15、厚壁孢子：由普通营养细胞增大体积，积累丰富的营养，然后细胞壁增 厚形成。
16、段殖体：蓝藻藻丝上两个营养细胞间生出的胶质隔片或由间生异形胞断 开后形成的若干短的藻丝分段。 17、胞器：细胞质内具有一定功能和结构的小单位。 18、伪足：一些原生动物运动和取食的一种细胞器，由部分细胞质暂时突出 而成. 19、纤毛：是从一些原核细胞和真核细胞表面伸出的、能运动的突起。 20、焰茎球：轮虫等原肾管的收集端由合胞体组成的囊状结构，其内腔的顶端 具有可摆动如火焰的纤毛。纤毛摆动帮助所收集的液体往排泄孔的方向流动。 21、咀嚼器：为轮虫类咽下部的咀嚼囊内的几丁质（亦称石灰质）构造，由中 央的1块砧骨（incus）和左右对称的2块锤骨（malleus）组成，通过咀嚼囊肌肉的运动使锤骨与砧骨相碰撞以磨碎食物。 22、孤雌生殖：也称单性生殖，即卵不经过受精也能发育成正常的新个体。 23、混交雌体：轮虫动物门中进行有性生殖的雌体。环境恶劣时，混交雌体以 减数分裂的方式产生单倍染色体的需精卵，一部分需精卵不受精，产生雄卵，孵出雄轮虫。雄轮虫和其他混交雌体交配、受精后在混交雌体内形成厚壳的休眠卵（resting egg）。休眠卵可以对抗各种不良环境长达数月之久，待环境转好时，再孵化成非混交雌虫，又可以进行孤雌生殖。 24、休眠卵：在动物繁殖的过程中，为了应对恶劣的环境，一些动物的胚胎外 面会被一层包被膜所包裹，此时，动物的胚胎发育处于休眠期，等到条件合适的时候再发育，这样的动物胚胎就叫做休眠卵。 25、触手：系存在于多数低等动物身体前端或口周围等处，能自由伸屈之突起 物的总称。 26、刚毛式：第二触角的内外肢的节数以及刚毛的多少与排列各属不同，常用 一定的序列来表示。这种序列成为第二触角刚毛式。 27、壳腺：又名颚腺，1对，生于前胸两侧，由末端囊和细长盘曲的肾管组成， 是枝角类主要的排泄器官。 28、无节幼体：是低等甲壳类孵化后最初的幼体，身体尚不分为头胸部和腹部， 呈扁平椭圆形，在正中线前方有无节幼体眼1个，其后方有口和消化管（肛门尚未开启），左右具第一触角、第二触角和大颚等3对附肢，这一阶段称为无节幼体。 29、桡足幼体：甲壳动物桡足类的后无节幼体经最后一次蜕皮后变成的幼体。 30、复大孢子：硅藻细胞经过多次分裂后，个体逐渐缩小，等到了一个限度， 这种小细胞将不再分裂，而是产生一种孢子，以恢复原来的大小。这种孢子就叫复大孢子。 第二题：填空题 1、藻类的色素成分极为复杂，可分为四大类，即叶绿素、胡萝卜素、叶黄素、 和藻胆素。 2、枝角类的消化道内已证实的有蛋白酶、肽酶、酯酶和淀粉酶。 3、金藻特有的生殖方式为内生孢子。
生物信息学软件及使用概述
生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.sodocs.net/doc/5311039459.html, 用概述 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念： 科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点） 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m
生物学软件_大全
生物学软件大全 1.三维分子类 RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构 RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看3D分子 MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序 Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子 Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具 ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示 CN3D：3D分子结构观察软件 WPDB：PDB文件检索显示分析软件 DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序 Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具 gopenmol：显示并分析分子结构及其特性 POV-Rayv：生成三维图像工具软件 MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件 Mol2Mol：分子文件格式转换软件 PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件 Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图 PLATON：通用结晶学软件工具 Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件 Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件 DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件 StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件 JMVC：使用JA V A技术编写的三维分子查看器 ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件 Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包 Moilin：分子构建与观察软件 Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模 Biodesigner：免费的分子建模与显示软件 MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件 MarvinView：JA V A语言编写的化学分子二维与三维显示程序 ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件 Amira：高等三维显示建模系统 AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包
浮游生物和气候
浮游生物与气候 概述：浮游生物的全球重要性 与陆地被大量不可动的植物占据不同，海洋的主体原理海底并充满着只有在显微镜下才可见的漂流初级生产者。这些生物被称为浮游植物，他们被同样渺小的浮游动物所捕食。“浮游生物”一词来时古希腊语，意为“漂流”。虽然许多浮游植物（借助于纤毛的援助）和浮游动物都可以游动，但它们都抵制不了洋流对它们的影响。虽然很多浮游生物都是只能在显微镜下可见，但有些也能生物（如水母）的直径也能达到两米，体重达200公斤。浮游生物群落高度多样化，几乎包含所有的门目。 与陆地植物相似的是，浮游植物在阳光照射下进行光合作用，吸收CO2并释放O2。这就意为着浮游植物为了生存必须生活在可以被太阳照射到得海洋上层并且获得充足的氮、磷等营养物质。每天，浮游植物几乎进行着地球上近一半的光合作用，以CO2的形式吸收了1亿多吨的碳，并释放5000多万吨的氧气。 浮游植物的光合作用几乎直接或间接的维持了整个海洋生物的生命。浮游植物是鱼苗、一些小的表层寄居鱼类（如沙丁鱼）、近海岸滤食性动物（如蚌类、牡蛎等）的主要食物来源。但是，能量向高营养水平传递的主要通道是通过浮游动物（海洋中主要的掠食者）。一个浮游动物群体，如桡足类，它们几乎是世界上最庞大的多细胞动物群，其数量可能超过昆虫数量3个数量级。浮游生物养活了食物网中众多生物：鱼类，海鸟，企鹅，海洋哺乳动物以及海龟。浮游动物的尸体和粪粒慢慢的沉入冰冷阴暗的海底，养活了海底寄居的海绵，海葵，螃蟹和鱼类。 浮游植物影响着人类的健康。当一些物种大规模繁殖并产生毒素后，它们对自然生态系统和人类来说就会变成一个问题。这些大规模的繁殖被称为赤潮。在赤潮泛滥期间，浮游动物中的许多物种以及以浮游植物为食的贝类就有把这些毒素吸入体内。吃掉这些有毒的浮游动物和贝类的鱼类、海鸥和鲸鱼将会对它们的生存产生威胁。这些毒素也会对人类造成头晕、腹泻或者麻痹性贝类中毒，导致水产养殖甚至野生渔场的被迫关闭。 虽然浮游生物体积一般较小，但是通过对碳循环的作用，它们在气候变化的速度和程度上发挥着重要的作用。海洋之所以具有CO2存储器的能力，很大程度上是因为浮游生物的“生物泵”作用。浮游植物通过光合作用的吸收减少了海洋表面CO2的浓度，因此大气层中会有更多的CO2溶入表层海水。这个过程持续不断的将CO2注入海洋，人类活动产生近一半的CO2都通过这个过程分布在了海洋中。浮游生物在生物泵中起到更大的作用是因为当浮游植物没有被吃掉或者被浮游动物吃掉后产生粪粒时，浮游植物吸收的CO2就沉入海底。这样碳元素就被锁定在这些沉淀物中。 浮游植物帮助塑造气候同样可以通过增加太阳光线的反射量。一些浮游植物能产生二甲基锍丙酸，它是二硫化物的初期形式。这些二硫化物从海洋中蒸发，与大气中的硫发生氧化作用，然后产生云凝结核。这导致更多的太阳光线被反射入太空，使气温降低。 如有没有浮游生物所起的这些作用，我们的海洋将变的荒凉，被污染，几乎没有生命存在，而且地球将对人类活动产生的大量CO2失去很大弹性。 气候变化的指示灯 由于很多原因，使浮游生物成为气候变化理想的指示灯。首先，浮游生物是变温生物，
常用生物软件简介汇总(window 版)
一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：69 00美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理
的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，E XCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Tr eeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一
生物学软件大全
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AlgaeC型浮游生物智能鉴定计数仪
杭州万深检测科技有限公司本款计数仪，是专门为水环境与海洋环境生物监测提供的智能图像分析工具，采用了新开发的浮游生物分析模块：全新扩容的浮游生物数据库和生物相似性高精度藻种智能搜索功能，实现了藻种的快速辅助鉴定。同时还配备了景深拓展拼接、生物量分析、单细胞微藻自动计数等多种藻类分析功能。 一、用途：浮游生物（浮游植物、浮游动物）的快速计数、辅助鉴定，以及显微分析等，用于水质等的一体化监测评价。 二、主要配置： 1.专业级2000万像素彩色CMOS相机（索尼1”大芯片）、三目显微镜标准C接口
杭州万深检测科技有限公司 2.AlgaeCTM浮游生物计数分析智能鉴定系统软件（含显微分析软件） 1套 3.品牌一体机电脑（酷睿双核CPU/4G内存/500G硬盘/19.5"彩显/无线网卡，专业版Windows 7或10操作系统下使用）1台 三、主要性能指标： 1.显微成像：实现手动与自动拍摄。可人工控制显微图片的观察、拍摄、存储并自动拍摄多达200张图片；在自动模式下可实现连续自动等间隔图片拍摄。具有实时预览饱和警告、自动背景矫正特性。 2.中文、拉丁文双语显示的浮游生物专家图库：a、浮游藻类类群：蓝藻、绿藻、硅藻、裸藻、黄藻、褐藻、甲藻、隐藻、金藻、红藻、轮藻、灰色藻、定鞭藻、原绿藻、针胞藻共15个门、1585个属、14045个种的藻类；b、浮游动物类群：原生动物鞭毛虫类、原生动物肉足虫类、原生动物纤毛虫类、轮虫类、枝角类、桡足类、腔肠动物、被囊动物、毛颚动物等共24大类、1881个属、9267个种的浮游动物。内容包括浮游生物形态文字介绍、手绘图、显微照片。各图库属种和内容可自行扩充（已有有效图片量已达24.0258万张）。
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、
生物常用软件学习
Excel 提速12招 https://www.sodocs.net/doc/5311039459.html,生物谷网站Excel是一个全能的电子表格，它功能强大、操作方便，除了可以快速地生成、格式化各种表格外，还可以对表格中的数据完成很多数据库的功能。下面向您介绍几个快速使用Excel的方法技巧。 1、快速启动Excel。若您日常工作中要经常使用Excel，可以在启动Windows时启动它，设置方法： （1）启动“我的电脑”进入Windows目录，依照路径“Start Menu\Programs\启动”来打开“启动”文件夹； （2）打开Excel 所在的文件夹，用鼠标将Excel图标拖到“启动”文件夹，这时Excel的快捷方式就被复制到“启动”文件夹中，下次启动Windows就可快速启动Excel了。 若Windows已启动，您可用以下方法快速启动Excel。方法一：双击“开始”菜单中的“文档”命令里的任一Excel工作簿即可。 方法二：用鼠标从“我的电脑”中将Excel应用程序拖到桌面上，然后从快捷菜单中选择“在当前位置创建快捷方式”以创建它的快捷方式，启动时只需双击其快捷方式即可。 2、快速获取帮助。对于工具栏或屏幕区，您只需按组合键Shift＋F1，然后用鼠标单击工具栏按钮或屏幕区，它就会弹出一 个帮助窗口，上面会告诉该元素的详细帮助信息。 3、快速移动或复制单元格。先选定单元格，然后移动鼠标指针到单元格边框上，按下鼠标左键并拖动到新位置，然后释放 按键即可移动。若要复制单元格，则在释放鼠标之前按下Ctrl即可。 4、快速查找工作簿。您可以利用在工作表中的任何文字进行搜寻，方法为：(1)单击工具栏中的“打开”按钮，在“打开”对话 框里，输入文件的全名或部分名，可以用通配符代替；(2)在“文本属性”编辑框中，输入想要搜寻的文字，最好是您认为是唯一的单词或短语，以便搜寻更容易成功；(3)选择“开始查找”即可。在找到满足条件的文件前，“打开”对话框的状态栏都会显示“找到了0个文件”的信息，您应该耐心等待，只有当“打开”按钮由灰化状态变成可用状态时，才表明搜寻结束。 5、快速打印工作表。若选择“文件”菜单中“打印”命令来打印，会出现“打印”对话框让您选择，程序繁琐。若要跳过该对话 框，您可以单击“常用”工具栏上的“打印”按钮或者按下Shift键并单击“打印预览”按钮，Excel将使用“选定工作表”选项打印。 6、快速切换工作表。按Ctrl＋PageUp组合键可激活前一个工作表，按Ctrl＋PageDown组合键可激活后一个工作表。您还可 用鼠标去控制工作表底部的标签滚动按钮快速地移动工作表的名字，然后单击工作表进行切换。 7、快速切换工作簿。对于较少工作簿切换，可单击工作簿所在窗口。要对多个窗口下的多个工作进行切换，用“窗口”菜单 最方便。“窗口”菜单的底部列出了已打开了工作簿的名字，要直接切换到一个工作簿，从“窗口”菜单选择它的名字即可。“窗口” 菜单最多能列出9个工作簿，若多于9个，“窗口”菜单则包含一个名为“多窗口”的命令，选用该命令，则出现一个按字母顺序列出所有已打开的工作簿名字的对话框，只需单击其中需要的名字即可。 8、快速插入Word表格。Excel可以处理Word表格中列出的数据，您可用以下方法快速插入Word表格：(1)打开Word表 格所在的文件；(2)打开要处理Word表格的Excel文件，并调整好两窗口的位置，以便能看见表格和要插入表格的区域；(3)选中Word中的表格；(4)按住鼠标左键，将表格拖到Excel窗口中，松开鼠标左键将表格放在需要的位置即可。 9、快速链接网上的数据。您可以用以下方法快速建立与网上工作簿中数据的链接：(1)打开Internet上含有需要链接数据的 工作簿，并在工作簿选定数据，然后单击“编辑”菜单的“复制”命令；(2)打开需要创建链接的Excel工作簿，在需要显示链接数据的区域中，单击左上角单元格；(3)单击“编辑”菜单中的“选择性粘贴”命令，在“选择性粘贴”对话框中，选择“粘贴链接”按钮即可。 若您想在创建链接时不打开Internet工作簿，可单击需要链接处的单元格，然后键入(=)和URL地址及工作簿位置，如：=https://www.sodocs.net/doc/5311039459.html,/[filel.xls]。
海洋浮游生物的发展简史与展望
海洋浮游生物的发展简史与展望 前言 水生生物，广义上来说包括水中生活的各种各样的生物，范围十分广泛。而海洋面积大约占地球总面积的百分之七十一，因此，水生生物的分布也是非常广泛的。随着时代的发展，人类对水生生物，特别是海洋生物的研究愈加深入和重视，从而对其的进化与发展有了更加深入的研究和了解。 而我们所学的海洋浮游生物是海洋生物中的重要组成部分，包括海洋浮游植物和海洋浮游动物两大类。我们除了要学习它们的形态、分类、生理、生化、生态等各个方面，还要了解它们的发展简史，以便我们去学习和了解它们；另外，在学习海洋浮游生物的生物学知识的基础上，我们更要去思考它们对于保护环境、保护生物多样性和对人类的发展的有益的方面，为海洋生物资源的可持续发展做出贡献。 海洋浮游生物的发展简史 人类在与海洋、湖川、池沼各类水域的接触和利用中，逐渐发现和记录了水生生物的种类及其分布和生活史，首先被注意的是鱼类和其他大型水生生物。对于大多数为小型生物的海洋浮游生物的研究，最早是在列文虎克研制出显微镜之后才开始的，自此微型和小型生物才得以深入研究，列文虎克更是首先发现轮虫和一些单细胞生物。1815年，Forbes用底拖网采集并观察了海岸底栖生物的分带现象。1845年，穆勒（J.Muller）在德国沿海用浮游生物网采集浮游生物并进行浮游生物研究。1867年，德国学者汉生（Hensen）率远征队去大西洋采集和调查浮游生物的种类和分布，首先创用“浮游生物（plankton）”一词。1868年，穆勒首次用拖网在瑞士湖泊采集浮游生物并做了很多分类工作。此外，还有很多学者早期在水生生物形态分类研究中做出贡献。早期对海洋浮游生物的研究为其发展的第一阶段，偏重于采集观察和形态分类。 进入20世纪后，海洋浮游生物的形态、分类的工作仍在继续，但其研究中心逐渐转向生态、生理等方面。20世纪20年代，人类着重研究它们的时间、空间分布及其与海洋环境的关系，各种环境因子对各类海洋浮游生物生长、发育及繁殖的影响等。这段时期以及之后的一段时间都为海洋浮游生物研究的第二阶段。 到了20世纪60年代后，属于海洋浮游生物研究的第三阶段。主要是海洋浮
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由T urner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠
浮游生物学试题及答案
水产养殖学专业专科升本科（函授）考试 《浮游生物学》试卷（必修，A卷） （考试时间：90分钟，满分：100分） 用题年级、专业（班级）：2008级 一、名词解释：（每小题4分，共20分） 1．浮游生物 2. 腔肠动物 3. 面盘幼虫 4. 生物学季节 5. 种群
二、填空题（每空1分，共20分） 1．浮游生物是一个庞大而复杂的生态类群，包括、两大类。 2. 硅藻的细胞壁是由、组成的。 3. 根据Eriksson 的分类系统，枝角目分为、两个亚目。 4. 桡足类神经系统包括、、。 5. 桡足类的摄食方式包括下列三种类型：、、。 6. 磷虾类的发育过程包括、。 7. 海绵动物的幼虫称为。 8. 浮游幼虫根据它们经过变态之后的生活状况，在生态学上可以分为两大类群：、。 9.依据浮游生物垂直分布的深度不同，因研究的需要，按照具体海区还可以将它们分为三 种：、、。 2（）有孔虫大多数种类营浮游生活，仅少数为底栖种类。 3（）所有水母部是海产。 4（）所有的水母类都没有外壳和骨路组织。 5（）水母类一般都有很强的再生能力，切割其任何一部分都能再生，凡是有感觉器的部分其再生 能力更强。 6.（）介形类是一类小型低等的甲壳动物，一般体长0.5毫米左右，最大可达5—6毫米。 7. （）轮虫的寿命一般为5—8天，寿命比较长的矩形龟甲轮虫能活半年之久。 8. （）轮虫绝大多数为淡水产，营浮游生活，此外也有营固着生活和寄生生活，真正远洋的种类 很少。 9.（）浮游生物虽然没有发达的运动器官，但也有微弱的主动性运动，这样可使生物向前运动和 在水中保持悬浮状态。 10.（）三角褐指藻在6—25°C范围内细胞生长正常。但是最适宜的温度是25一30°C。
生物软件
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浮游生物(藻类,浮游动物)鉴定计数仪
国家高新技术企业——杭州万深检测科技有限公司 一、用途： 浮游生物（浮游植物、浮游动物）的快速计数、辅助鉴定，以及显微分析等，用 于水质等的一体化监测评价。 二、主要性能指标： 1）显微成像：实现手动与自动拍摄。可人工控制显微图片的观察、拍摄、存储并自动拍摄多达200张图片；在自动模式下可实现连续自动等间隔图片拍摄。★具有实 时预览饱和警告、自动背景矫正特性。 2）★中文、拉丁文双语显示的浮游生物专家图库：a、浮游藻类类群：蓝藻、绿藻、硅藻、裸藻、黄藻、褐藻、甲藻、隐藻、金藻、红藻、轮藻、灰色藻、定鞭藻、 原绿藻、针胞藻共15个门、1588个属、14107个种的藻类；b、浮游动物类群：原生动物鞭毛虫类、原生动物肉足虫类、原生动物纤毛虫类、轮虫类、枝角类、桡足类、 腔肠动物、被囊动物、毛颚动物等共24大类、1933个属、9423个种的浮游动物。内容包括浮游生物形态文字介绍、手绘图、显微照片。各图库属种和内容可自行扩充（已有有效图片量已达24.3687万张）。 3）★浮游生物计数：a、浮游生物分类标记：采用不同颜色、不同大小的色圈标 记各种浮游生物，并对200张所拍摄图片内的各种浮游生物，按类点击、自动累积计 数（可合并不同倍率计数结果、多个样品计数结果）；b、优势种自动排序、按门（类）排序、优势群落组成百分比分析；c、可自动计算香农-威纳指数、均匀性指数、藻密 度自动换算、浮游动物丰度自动换算；d、按大量形状模型来辅助计算浮游生物的生物量（内置34种几何模型，通过测量少量参数即可计算个体/细胞体积）。内置常见淡
国家高新技术企业——杭州万深检测科技有限公司水藻、常见海洋藻等计数表，并可自行编辑、导出、导入计数表。数据管理：自动保 存每批显微照片、统计标识和统计数据；提供报告编写模板、文本输入、打印预览。 微囊藻分析模块能自动学习与分析团状微囊藻群体含细胞数，实现颗粒或单细胞 微藻自动计数。 4）★藻类、浮游动物智能鉴定：具有按相似度自动比对浮游生物图像的图像式智能搜索特性。通过形态学搜索、关键词搜索、常见浮游生物搜索、分类学搜索，经图像、文字对比，快速鉴定浮游生物。能自动索引浮游生物的用户计数表成所在流域小 图库，使【以图搜图】更快捷。 5）浮游生物形态测量功能：a、视野面积、藻群体面积、浮游动物个体面积测量； b、细胞直径、藻丝、鞭毛长度、浮游动物体长及触角测量； c、枝角分枝角度测量等。 6）★超强的景深扩展的多聚焦融合3D高清晰成像。多视野图像的自动拼接、剪 裁编辑修正特性。有藻类、浮游动物的颜色、形状自动学习分类特性，可监视修正转 换藻类、浮游动物类别，并二次学习和保存分类特征。具有在线自主升级特性。 7）★按形状特征搜索、模糊关键词搜索、常见藻及浮游动物搜索、分类学搜索，快速获取与显微观察中未知藻形态相似的所有藻类、浮游动物，经图像、文字对比， 快速鉴定其分类学归属。其中的一级形态搜索有：单细胞、多细胞群体、管状体、丝 状体、链状体、膜状体、网状体；二级形态搜索有：群体形态（不定型群体、球形/椭球形、平板片状、放射状/带状、盘状/星状、栅格/扇状、桃形/心形/多角形、囊状）、子细胞排列（有规律、无规律）、子细胞形态（球形、长形、其它形状）等。其还包 含了对常见有毒藻、水华藻等的搜索特性。