NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA

数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：

1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI的在线BLAST：https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/Blast.cgi

下面是具体操作方法

1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。

4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。

5，blast结果的图形显示。没啥好说的。

6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。

7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一点。由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的。有时也要注意3'端的。

附：

E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。

一致性(Identities)：或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。

缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用"—"来表示。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST： 下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5，blast结果的图形显示。没啥好说的。 6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一

Blast本地化详细流程

Blast 2.4.0+本地化详细流程（基于Windows系统） 1.程序获得。从NCBI上下载Blast本地化程序，下载地址： ftp://https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/blast/executables/blast+/LATEST/ 64×安装版▲ 64×解压（绿色）版▲ 最好安装或解压到X盘根目录：如X:\blast，尽量简短，方便后边命令输入。 2.原始序列获得。方法1：找到转录组测序数据unigene数据库文件：unigene.fasta 或unigene.fa，若为unigene.fa则直接改后缀为.fasta即可。找到或修改后将数据库文件移动至Blast本地化程序目录“X:\blast\bin”。方法2：从NCBI中的ftp 库下载所需要库，链ftp://https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/blast/db/FASTA/，其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库，month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用WINRAR解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。方法3：利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序。 注释：上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是NCBI 中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。 3.用文本编辑器（txt文件改名字及后缀）创建一个ncbi.ini文件，文件包含下 面内容：[NCBI]Data="C:\blast\data\" 先新建TXT文件，然后改属性，将ncbi.ini文件存放到C:\Windows 4.将Blast本地化程序目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的操作带来 方便），方法： a)右击我的电脑选择属性，选择高级，点击环境变量，设置环境变量 b)系统变量中，选择Path，点击“编辑”，在变量值的后面添加Blast本地化 程序所在路径，E:\blast 点击确定，将安装路径添加到path。 5.运行MS-DOC。打开DOC窗口（点击开始，选择运行，打开的输入框中输 入“CMD”，确定），访问Blast本地化程序所在文件夹，依次输入：（1）X: 回车；（2）cd blast\bin，回车。

ncbi的使用方法

NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册 作者：未知来源：中科院上海生命科学研究院生物信息中心时间：2006-12-27 NCBI 资源介绍 本文目录： NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI 站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI－Coffee Break NCBI－基因和疾病 NCBI－UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins （COG）介绍 Gene Expression Omnibus （GEO）介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq：NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立

法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分 析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能 的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain 和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型，和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件

本地blast的详细用法∷柳城

本地blast的详细用法 Posted on 03 四月 2009 by 柳城，阅读 9,626 本地blast的详细使用方法 blast all -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10 解释如下： blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字！(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助，但是英文的) -p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸 blastp 是蛋白质对蛋白质序列等等，一共5个自程序。 -i: i 是input的简写，意思是输入文件，就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式） -d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb) -o: o是output的简写，意思是结果文件名字，这个根据你自己的习惯起名字，可以带路径，(上边两个参数-i -d 也都可以带路径) *注意以上4个参数是必须的，缺一不可，下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数，如果你不加也没有关系，blastall程序本身会给一个默认值！ -a: 是指计算时要用的CPU个数，我的机器有两个CPU，所以用-a 2，这样可以并行化进行计算，提高速度，当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数，系统默认值为1,就是一个CPU -F: 是filter的简写，blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调，默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项，T/F T就是ture,真，你可以理解为打开该功能; F就是false，假，理解为关闭该功能) -T: 是HTML的简写，是指blast结果文件是否用HTML格式，默认是F!如果你想用IE看，我建议用-T T -e: 是Expectation value，期望值，默认是10，我用的10-10！ BLASTALL 用法 a.格式化序列数据库 格式化序列数据库— —formatdb formatdb简单介绍: formatdb处理的都是格式为 ASN.1和FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。 formatdb命令行参数: formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍， 主要参数的说明:

ncbi中文说明书

NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 [url]https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/[/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括： 1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2．Molecular Databases（分子数据库）： Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。 Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。 Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3．Literature Databases（文献数据库） （1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 （2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库，用户可以免费获取PMC的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。 （3）OMIM（孟德尔人类遗传）：有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的，由NCBI网站负责开发，其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录，以及NCBI中其他有关资源的链接。

一步一步教你使用NCBI

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等 作者：urbest 2007-8-1 苏州大学生命科学学院

最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……，这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！ 我分以下几个部分说一下NCBI的使用： Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用STS查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！ 从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！ 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充 First of all，还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、 启动子（Promoter） 下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤 1．打开Map viewer页面，网址为：https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/mapview/index.html 在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： 2．点击“GO”出现如下页面：

本地Blast

本地Blast使用说明 一、软件的下载安装 1.1安装流程 建议安装在非系统盘，如将下载的 BLAST 程序安装到 E:\blast，生成bin、doc 两个子目录，其中 bin 是程序目录，doc 是文档目录，这样就安装完毕了。 1.2 设置环境变量 右键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1)，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即“E:\Blast\bin”。此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径，图2)。 二、查看程序版本信息 点击 Windows 的“开始”菜单下的“运行”，输入“cmd”调出 MS-DOS 命令行，转到 Blast 安装目录，输入命令“blastn -version”即可查看版本，若能显示说明本地blast 已经安装成功。 三、使用 3.1本地数据库的构建 下载所需的数据（Fasta格式），将X 放到E：\blast\db 文件夹下，然后调出MS-DOS 命令行，转到E：\blast\db 文件夹下运行以下命令：格式化

数据库，命令为： makeblastdb -in 数据库文件 -dbtype 序列类型（核酸：nul;蛋白：prot）-title database_title-parse_seqids -out database_name-logfile File_Name 格式化数据库后，创建三个主要的文件——库索引(indices)，序列(sequences)和头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别是：.pin、.psq、.phr（对蛋白质序列）或.nin、.nsq、.nhr（对核酸序列）。而其他的序列识别符和索引则包含在.psi和.psd（或.nsi 和.nsd）中。 3.2核酸序列相似性搜索 blastn -db database_name -query input_file -out output_file -outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos" 备注：qacc：查询序列Acession号；sacc：目标序列Acession号； qstart qend：分别表示查询序列比对上的起始、终止位置； sstart send：分别表示目标序列比对上的起始、终止位置； length：长度； bitscore：得分； evalue：E-Value值； pident：一致性； ppos：相似性 3.3 查看并获取目标序列： blastdbcmd -db refseq_rna -entry 224071016 -out test.fa 可以从数据库中提取gi号为224071016的序列,并且以fasta格式存入文 件 3.4蛋白质序列相似性搜索 Blastp -db database_name-query input_file -out output_file -outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos" 3.5 查看并获取目标序列：重复3.3

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST：下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。

NCBI中Blast种类及使用简介

NCBI中Blast种类及使用简介 NCBI中Blast种类简介 1． Blast Assembled Genomes 在一个选择的物种基因组序列中去搜索。 2．Basic Blast 2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序 2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。 2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较 2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。 2.2 Protein Blast 2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。 2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。 2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。 2.3 Translating BLAST 2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。 2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成

Blast本地化安装图解

Blast本地化：window平台下blast软件的安装boyun发表于 2009-07-09 17:08 | 阅读 1 views 1.对于windows 2000/xp 用户，下载blast- 2.2.18-ia32-win32.exe安装文件 ftp://https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/blast/executables/LATEST/blast- 2.2.18-ia32-win32.exe 2.创建一个新目录，例如C:\blast，将下载的文件blast-2.2.18-ia32-win32.exe复制到该目录，双击这个文件，自解压产生bin、data、doc 三个目录，bin是程序目录，data是程序使用数据的目录，doc是文档目录。 表：bin目录中的程序 程序说明 bl2seq.exe进行两条序列比对 blastall.exe做普通的blast比对 blastclust.exe blastpgp.exe copymat.exe fastacmd.exe通过gi号，接收号等，在数据库中检索序 列 formatdb.exe格式化数据库 formatrpsdb.exe impala.exe makemat.exe megablast.exe megablast程序 rpsblast.exe seedtop.exe 3.用文本编辑器创建一个ncbi.ini文件，文件包含下面内容：[NCBI] Data="C:\blast\data\" 将ncbi.ini文件存放到系统的Windows 或者 WINNT目录。 4.将”C:\blast\bin”目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的操作带来方便），方法：

NCBI资源介绍及使用手册

NCBI资源介绍及使用手册 NCBI资源介绍 本文目录： NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 NCBI站点地图 NCBI癌症基因组研究 NCBI－Coffee Break NCBI－基因和疾病 NCBI－UniGene Cluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介绍 Gene Expression Omnibus （GEO）介绍 LocusLink介绍 关于RefSeq：NCBI参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍 理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立 后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了

在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 基本研究 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是：检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显著性评估的数学模型，和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。 数据库和软件 在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。 GenBank是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。 GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近，GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。 孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合

怎么使用NCBI[1]

怎么使用NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 [url][/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括： 1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2．Molecular Databases（分子数据库）： Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。 Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。 Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。 Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。 3．Literature Databases（文献数据库） （1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。 （2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库，用户可以免费获取PMC的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。 （3）OMIM（孟德尔人类遗传）：有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick 和他的同事共同创造和编辑的，由NCBI网站负责开发，其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录，以及NCBI中其他有关资源的链接。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

N C B I在线B L A S T使用 方法与结果详解 This model paper was revised by the Standardization Office on December 10, 2020

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST： 下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5，blast结果的图形显示。没啥好说的。 6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序

NCBI使用方法

NCBI使用方法 NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息 中心 [url]https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/[/url] NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括： 1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。 2．Molecular Databases（分子数据库）： Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核 酸序列，提供直接的检索。 Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编 译整理的，方便研究者的直接查询。 Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍 射和NMR色谱分析。 Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。其目的是为序列数据库建立一个一 致的种系发生分类学。 3．Literature Databases（文献数据库） （1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络 站点的全文文章和其他相关资源。 （2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库，用户可以免费获取PMC的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。 （3）OMIM（孟德尔人类遗传）：有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick和他的同事共同创造和编辑的，由NCBI网站负责开发，其中也包括对MEDINE 众多资源和Entrez系统的序列记录，以及NCBI中其他有关资源的链接。 （4）Books：NCBI的书库不断收集生物医学方面的书籍，提供这些书籍的出版信息、摘要、目录和全文的连接，用户可以直接在检索文本框内输入一个观念就可以查询。 4．NCBI提供的附加的软件工具有：

一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、... 最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自 己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使 用心得，让我们共同进步！ 我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用： Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！ 从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我 投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！ 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高 的战友给予补充 First of all，还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、 启动子（Promoter） 下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤 1．打开Map viewer 页面，网址为： https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：

2．点击“GO”出现如下页面： 3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：

Windows下本地blast安装方法

Windows系统下本地BLAST安装方法 1．下载安装文件： 以blast-2.2.23-ia32-win32.exe为例，将此安装文件放至指定目录，以G:\blast-\为例，如图所示： 2. 运行安装程序： 双击上述安装文件，单击运行： 程序会自动在blast-文件夹下生成3个文件夹：\bin\、\data\和\doc\：

3. 添加配置文件： 在桌面（任意可以新建文件的地方）新建一个.txt文件，然后将其重命名为NCBI.ini，在提示更改后缀名的对话框中点是。打开NCBI.ini，在其中写入如下两行内容： [NCBI] Data="path\data\" 上边的path是你的blast安装路径，在本例中为G:\blast-，因此，NCBI.ini中的内容为： [NCBI] Data="G:\blast-\data\" 写完后保存，然后将该文件复制至C:\Windows目录下： 至此，本地blast-2.2.23-ia32-win32安装完毕。 4. 导入数据库：

从ftp://https://www.sodocs.net/doc/5b15907255.html,/blast/db/上，可下载各类数据库文件，下载完毕后，将其解压至G:\blast-\data\目录下。 注意事项： 1.NCBI.ini中的路径为blast所在安装路径； 2.此安装办法适用与指定版本，对于blast+版本不适用，若想安装新 版本，可自行到网站查阅安装办法； 附：运行示例： 1.打开cmd命令行；

2.通过cd命令到达安装目录的bin\目录下 3.通过dir命令查看全部可执行的子程序： 4.使用blastall.exe进行比对： 输入blastall.exe -d refseq_rna.01 -i G:\blast-\data\test_query.fa -p blastn 该命令各部分的含义为： ①blastall.exe：blast主程序； ②-d refseq_rna.01：选择refseq_rna.01为被搜索的数据库，其数

Blast软件的详细使用方法

Blast软件的详细使用方法 blastall -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10 解释如下： blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字！(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助，但是英文的) -p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸blastp 是蛋白质对蛋白质序列等等，一共5个自程序。 -i: i 是input的简写，意思是输入文件，就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式）-d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb) -o: o是output的简写，意思是结果文件名字，这个根据你自己的习惯起名字，可以带路径，(上边两个参数-i -d 也都可以带路径) *注意以上4个参数是必须的，缺一不可，下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数，如果你不加也没有关系，blastall程序本身会给一个默认值！ -a: 是指计算时要用的CPU个数，我的机器有两个CPU，所以用-a 2，这样可以并行化进行计算，提高速度，当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数，系统默认值为1,就是一个CPU -F: 是filter的简写，blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调，默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项，T/F T就是ture,真，你可以理解为打开该功能; F就是false，假，理解为关闭该功能) -T: 是HTML的简写，是指blast结果文件是否用HTML格式，默认是F!如果你想用IE看，我建议用-T T -e: 是Expectation value，期望值，默认是10，我用的10-10！ BLASTALL 用法 a.格式化序列数据库 格式化序列数据库——formatdb formatdb简单介绍: formatdb处理的都是格式为ASN.1和FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。 formatdb命令行参数: formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍， 主要参数的说明: -i 输入需要格式化的源数据库名称Optional -p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库 T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T -a 输入数据库的格式是ASN.1（否则是FASTA） T - True, F - False. [T/F] Optional default = F