引物-生产及使用详解
引物-生产及使用详解
（一）引物的合成和纯化
1. 引物是如何合成的？
目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种,无论采用什么机器合成，合成的原理都相同，主要差别在于合成产率的高低，试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。安基生物公司采用的合成仪为最新引进的
Dr.Oligo192高通量合成仪，效率高，合成量大，质量稳定。
亚磷酰胺三酯法合成DNA片段，具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。该方法具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。主要是将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的，合成的方向是由待合成引物的3'端向5'端合成的，相邻的核苷酸通过3'→5'磷酸二酯键连接。
固相亚磷酰胺三酯法合成引物的具体步骤如下：
第一步：将预先连接在固相载体CPG上的活性基团被保护的核苷酸与三氯乙酸反应，脱去其5'-羟基的保护基团DMT，获得游离的5'-羟基。
第二步：合成DNA的原料，亚磷酰胺保护核苷酸单体，与活化剂四氮唑混合，得到核苷亚磷酸活化中间体，它的3'端被活化，5'-羟基仍然被DMT保护，与溶液中游离的5'-羟基发生缩合反应。
第三步：带帽(capping)反应，缩合反应中可能有极少数5'-羟基没有参加反应(少于2%)，用乙酸酐和1-甲基咪唑终止其后继续发生反应，这种短片段可以在纯化时分离掉。
第四步：在氧化剂碘的作用下，亚磷酰形式转变为更稳定的磷酸三酯。
经过以上四个步骤，一个脱氧核苷酸被连接到固相载体的核苷酸上。再以三氯乙酸脱去它的5'-羟基上的保护基团DMT，重复以上步骤，直到所有要求合成的碱基被接上去。合成过程中可以观察TCA处理阶段的颜色判定合成效率。
通过氨水高温处理，连接在CPG上的引物被切下来，通过OPC、PAGE等手段纯化引物，成品引物用C18浓缩，脱盐，沉淀。沉淀后的引物用水悬浮，测定OD260定量，根据定单要求分装。
2. DNA合成粗产物中含有什么杂质？
主要是合成反应过程中产生的短片段以及脱保护基团时产生的铵盐。
3. 引物纯化方式有哪些？
引物常用的纯化方式C18脱盐、OPC纯化、PAGE纯化、HPLC纯化。
纯化方式详细说明
C18柱脱盐 又称为简易反相柱，对DNA有特异性吸
附，可被有机溶液洗脱，但不会被水洗
脱，因此能有效地去除盐分，但不能有
效去除比目的片段短的小片段。该方法
一般不会对普通PCR反应产生影响。对
于需要用于测序、克隆的引物不能使用
这个级别。
OPC纯化 OPC柱纯化，OPC柱中装有对DMT具有
亲和力的树脂，合成DNA片段时保留5'
端最后一个碱基上的DMT，所有合成产
物吸附在OPC柱上以后，用稀的有机溶
剂洗柱，带有DMT的片段吸附能力强，
不易被洗脱，不带有DMT的片段吸附能
力弱，被洗脱。然后用三氟乙酸TFA或
三氯乙酸TCA脱去DMT基团，再用浓一
点的有机溶剂洗脱DNA。这种方法的优
点是快速，简易，可以有效的去除短片
段，纯度高于C18柱脱盐纯化，适用于
40 mer以下引物的纯化
PAGE纯化 PAGE纯化法是使用变性聚丙烯酰胺凝
胶电泳，对引物DNA进行分离，然后从
凝胶中回收目的DNA。PAGE纯化法也是
一种非常有效的DNA纯化方法，纯化后
的DNA纯度大于90%，对长链Oligo DNA
(大于50 mer)的纯化特别有效。 HPLC纯化 HPLC纯化是使用高效液相色谱的原理，
对引物DNA进行纯化。该方法用于分离
纯化或分析时能达到很高的纯度和灵
敏度。在引物DNA的分析和纯化中，常
用的有离子交换（ion-exchange）HPLC
和反相（reverse-phase）HPLC。reverse
phase HPLC：纯度大于90%；ion
exchange HPLC：纯度大于95%，可以有
效的去除N-1短片段。HPLC纯化主要用
于短链和修饰引物的纯化。该法的缺点
是成本较高，批量生产效率不高。
4. 引物纯化方式如何选择？
客户可根据实验需要，确定订购引物的纯化方式。
应用引物长度要求纯度级别要求
一般PCR扩增< 45 base OPC
> 45 base PAGE
诊断PCR扩增 < 40 base OPC, PAGE
DNA测序 20 base左右 PAGE
亚克隆，点突变等 根据实验需要 OPC, PAGE, HPLC
基因构建（全基因合成） 根据实验需要 PAGE
反义核酸 根据实验需要 PAGE
修饰引物 根据实验需要 PAGE, HPLC
5. 合成的引物5’端是否有磷酸化？
合成的引物5’端为羟基，没有磷酸基团。
6. 最长可以合成多长的引物？
引物越长，出现问题的概率就越大。除非有特殊需要，我们建议合成片段长度不要超过80 mer,按照目前的引物合成效率，80 mer的粗产品，全长引物的百分比不会超过40%，后续处理还会丢失很多，因此最后的产量很低。安基生物最长可合成100 base的引物。
7. 为何长链引物的收费要比短链引物要高？
在合成长链引物时，所需要的试剂比短链引物要多，尤其是长度大于90 base 的引物。由于成本的增加，从而导致价格较高。
8. 交付引物质量好坏的判断标准是什么？
合成的引物和您的定单序列一致，而不是能否扩增出您所需要的产物。
9. PCR产物经过克隆以后测序发现引物区与合成序列不相符合，怎么办？
多数情况是PCR过程和克隆过程中引入的错误。遇到这种情况，请您
1) 重新多挑取几个克隆测序，找到正确克隆的可能性更大
2) 可以要求我们重新免费合成引物。
10. 测序发现引物有突变是怎么回事？
引物合成是一种多步骤的化学反应，每一步的合成效率最高也就是99%，副产品不可避免。链越长，突变的频率累加起来就越高。在您PCR扩增后克隆测序的时候，为了节约时间和提高成功率，我们有如下建议：
1)请您在检测到阳性克隆后准备2~3个阳性克隆子的菌液，尽量送测2个或以上克隆，这样成功率将大大提高，也节约很多时间；
2)也可以先送测1个克隆，其余两个克隆子的菌液在冰箱4度保存，一旦出现个
别点突变或缺失，立即将余下的两个克隆送测；
3）这样得到正确的序列可能性将非常高，并且可以免去重新PCR、连接、克隆
以及筛选的一系列实验操作，更省去了很多时间；
如您发现2~3个以上克隆都在引物区存在突变，经确认是由引物的原因引起的话，我们将会立即安排加急免费重合，并以最快的速度送到您的手里。
（二）引物的定量、保存和溶解
11. 如何确定需要合成多少OD值的引物？
根据实验目的确定。一般PCR扩增，20个碱基左右引物2 OD，可以做400次50 μl标准PCR反应。如果是做基因拼接或退火后做连接，1 OD就足够了。
12. 如何测定引物的OD值？
合成引物的OD值是这样测定的：用紫外分光光度计，波长260 nm，石英比色杯，光程为1厘米，测定溶液的光密度。测定时溶液的光密度最好稀释到0.2-0.8
之间。DNA干粉用一定体积的水充分振荡溶解以后，用1 ml水稀释测OD值。需要根据稀释倍数换算出母液的OD值。例如，验证2 OD引物量是否准确，简单的做法是：加入1 ml水，彻底溶解混匀后，取100 μl, 加入900 μl水，用光
径为1 cm的石英比色杯，波长260 nm，此时光吸收的读数为0.2。
13. 如何通过OD值计算引物的浓度？
安基生物的合成报告单和引物标签上都会标识OD值与摩尔量。引物保存在高浓度的状况下比较稳定。溶解前您需要核对合成报告单和引物标签上的引物OD值是否一致。如果不一致，请及时和我们联系。我们可以根据生产记录查到实际产量是多少。
根据国际统一标准: 1OD引物干粉约为33微克； 引物的摩尔数(μmol) =质量
数 / 引物分子量 =(OD数×33)/引物分子量
如您拿到1管2 OD的引物, 分子量是6565.3 引物的摩尔数(μmol) =（2×33）/6565.3 ≈0.010μmol=10 nmol
O或10 mM 若您需要溶解为10μM (=10pmol/μl)的溶液，只需加入1 ml无菌ddH
2
pH7.5 TE缓冲液充分溶解即可。
14. 引物（含修饰）的分子量是如何确定的？
武汉安基生物生物科技有限公司所提供的Oligo分子量均按照精确算法进行计算。
分子量计算公式：MW= A×313.21 + G×329.21 + C×289.18 + T×304.2 +
M×301.2 +R×321.21 + W×308.71 + S×309.2 +Y×296.69 + K×316.71 +
V×310.53 + H×302.2 + D×315.54 + B×307.53 + N×308.95 +16×Ns + 修饰基团分子量 - 61.96
公式中Ns为硫代数目，硫代每个位置增加分子量16，其余字母均代表相应碱基的个数。兼并碱基分子量取相应碱基分子量的平均值，如
M=A/C=(313.21+289.18)/2 常用的兼并碱基代码：M=A/C R=A/G W=A/T S=G/C Y=C/T K=G/T V=A/G/C H=A/C/T D=A/G/T B=G/C/T N=A/G/C/T
常规修饰基团分子量
修饰基团 分子量 修饰基团 分子量 5’-Biotin 405.45 3’-TAMARA 623.60 5’-(6 FAM) 537.46 3’-Dabsyl 498.49 5’-HEX 744.13 3’-(6 FAM) 569.46
5’-TET 675.24 3’-Amino
Modifier C3
153.07
5’-Cy5 533.63 3’-Amino
Modifier C7
209.18
5’-Cy3 507.59 3’-Thiol
Modifier C3
154.12
15. 如何保存引物？
引物合成后，经过一系列处理和纯化步骤，旋转干燥而成片状物质。没有溶解的引物非常稳定，-20 ℃下可保存2-3年，甚至更长。溶解后的引物-20 ℃下避免反复冻融，可以保存至少半年以上。如果对实验的重复性要求较高，合成的OD 值较大，建议将溶解好的引物事先稀释为100 μmol/L的储存液，分装数份保存于-20 ℃冰箱。使用前，将浓溶液稀释成工作液（10 pmol/ml或20 pmol/ml）后进行实验。修饰荧光引物需要避光保存。
16. 引物在常温下运输，会降解吗？
不会降解，干燥的引物在常温至少可以稳定存放二周以上。而一般的运输时间通常都在1-3天，所以您收到的引物不会降解。
17. 如何溶解引物？
干燥后的引物质地非常疏松，开启瓶盖溶解之前最好在3000-4000转/分钟 的转速下离心1分钟，或管垂直向上在桌面上轻敲几次，将引物粉末收集到管底，防止开盖时引物散失。根据计算出的体积加入去离子无菌水或10 mM Tris pH 7.5缓冲液，室温放置几分钟，上下混匀振荡，离心将溶液收集到管底。溶解引物用的水一般不要用蒸馏水，因为有些蒸馏水的pH值比较低（pH 4-5），引物在这种条件下不稳定。
我们的合成报告单给出了每管引物稀释为100 μmol/L（即100 pmol/μl）浓度的加水量，您可以根椐您的实验需要加入适量的无核酸酶的双蒸水（PH > 6.0）或TE缓冲液（PH 7.5-8.0）。
18. 已经溶解的引物，为什么原先使用正常，而过一段时间再使用就不好了？
如果您溶解引物的水PH过低或污染了菌或核酸酶，会使引物降解。使用时没有充分解冻混合，液体不均匀也可能会造成引物加入量不准确。建议分装引物，避免反复冻融，并使用10 mM Tris pH 7.5缓冲液溶解引物。还有一种可能性是引物没有问题，而是PCR使用材料特别是模板的质量与先前使用的不完全一致。
19. 如何检测引物的纯度？
实验室常见方法是用PAGE法。使用加有7 M尿素的聚丙烯酰胺凝胶进行电泳，碱基数小于12个的引物用20%的胶，12-60个碱基的引物用16%的胶，大于60
个碱基的引物用12%的胶。取0.2-0.5 OD的引物，用尿素饱和液溶解或引物溶
液中加入尿素干粉直到饱和，上样前加热变性（95 ℃，2 min）。加入尿素的目的一是变性，二是增加样品比重，容易加样。600 V电压进行电泳，一定时间后（约2-3小时），剥胶，用荧光TLC板在紫外灯下检测带型，在主带之下没有杂带，说明纯度是好的。(有时由于变性不充分，主带之上可能会有条带，乃是引物二级结构条带。)
20. 当引物的OD260/OD280小于1.8时，引物的纯度合格吗？
OD260/OD280的比值不能用来衡量引物的纯度。OD260/OD280的比值过低一般是由于引物中C/T 的含量比较高所致。下表是一个20 mer 同聚体引物的
OD260/OD280的比值，清楚表明OD260/OD280的比值与引物的碱基组成密切相关。
碱基组成 OD260/OD280
5-AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-3 2.50
5-GGGGGGGGGGGGGGGGGGGG-3 1.85
5-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-3 1.15
5-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-3 1.14
5-AAAAAGGGGGTTTTTCCCCC-3 1.66
21. 同样的OD用PAGE检测，EB染色为什么深浅不一？
通常可以用EB染色的方法来判断双链DNA的量(如质粒DNA)，因为EB是通过嵌入到核酸的双螺旋间而使其着色的。而合成的单链DNA，只有通过自身回折形成局部发夹环结构或链间形成部分双螺旋结构,才能被EB染色。由于碱基组成不同，不同引物形成二级结构的可能性不同，EB的染色程度也会有差异，比如Oligo(dT)等不形成二级结构，EB染色效果就非常差。因此不能用EB染色的方法来进行定量，而应用紫外分光光度计检测。
22. 进行PAGE电泳时，长度完全一样的Oligo DNA为什么泳带不在同一位置？
这种情况在Oligo DNA越短时越容易发生，长链Oligo DNA之间差别较小。主要有两个原因：
1) A、G、C、T的组份不同，电泳速度不同；
2) DNA的立体结构不同，电泳速度不同。
23. 能否使用Agarose凝胶电泳分析合成的引物？
对引物进行电泳一定要使用变性PAGE电泳。由于引物是单链DNA，容易形成复杂的立体结构，因此进行Agarose电泳时，容易出现多条泳带或无条带的现象，更无法用Agarose电泳进行定量了。
24. 有时候干燥后的引物呈黄褐色，这是DNA的本身颜色吗？
合成的引物可能呈黄褐色，白色或者透明色，这与引物的碱基组成和合成的制备过程有关，序列中A和G含量多的以及OD值大的引物通常呈黄褐色，所以呈黄褐色的引物不会对实验产生任何影响。
25. PCR扩增不出来，跟引物有关吗？
基本上不是。当今发展出各色各样的PCR扩增技术，各色各样的高温聚合酶，就是来解决PCR扩增中遇到的扩不出，扩增效率低的问题。如槽式PCR就是扩增那些拷贝数很低的基因片段。有些重复片段、GC含量高的片段扩增，必须采用特殊扩增手段才能扩增出来。
扩增不出，主要是下列两种情况比较常见：
1) RT-PCR。很多基因通过常规RT-PCR方法是很难扩增出来的。RT- PCR成功的关键在于RT反应的RNA质量和目标基因在特定组织和细胞中的含量。
2) 从基因组中扩增。一般情况下，基因在基因组中都是单拷贝，基因组作为模板需要严格控制用量。基因组DNA过高，会影响反应体系中的Mg2+浓度和pH。
26. 合成的引物进行PCR反应时无目的带，怎么办?
PCR反应失败的原因很多，可以从以下几个方面考虑：
1) 引物和模板是否配对，同源性有多大?
2) 引物本身是否有立体结构，或者二条引物之间是否形成高次结构?
3) PCR反应用试剂是否能正常工作?
4) PCR仪是否工作正常?
5) PCR反应条件是否合适?
如果一切正常，还无法解决问题时，我们可以免费为您重新合成引物一次。
27. PCR扩增有很强的非特异条带，说明引物有污染吗？
不能。我们曾分析过一些非特异条带，测序发现在这些非特异性片段的两头至少可以发现一条引物序列。因此非特异性扩增一般是模板污染（如RNA中污染基因组）或扩增条件不合适所致。
28. 如何将两条互补的单链退火形成双链？
用退火缓冲液（10 mM Tris，pH 7.5-8.0，50 mM NaCl，1 mM EDTA）溶解引物, 将要退火的引物等摩尔数混合，总体积不要超过500 μl，加热到95 ℃ 2 min，然后缓慢冷却至室温（低于30 ℃）即可。退火的产物可以放在4 ℃待用。
29. 引物片段退火后不能连接到载体上是什么问题？
连接反应需要引物的5’磷酸基团。如果需要将合成的引物退火直接连接相应的载体上，引物需要磷酸化。磷酸化的产物如果还不能连接载体上，需要检查载体的酶切效果，需要改善引物退火的条件。siRNA分子具有特殊的对称结构，退火的难度较大，退火时需要提高退火温度。
30. 引物设计的基本原则是什么？
引物设计的下列原则供您参考：
1) 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。
2) 引物长度一般在15-30碱基之间。
3) 引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72 ℃。
4) 引物3′端要避开密码子的第3位。
5) 引物3′端不能选择A，最好选择T。
6) 碱基要随机分布。
7) 引物自身及引物之间不应存在互补序列。
8) 引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。
9) 引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。
10) 扩增产物的单链不能形成二级结构。
11) 引物应具有特异性。
31. 常用引物设计软件有哪些？
常用的软件有Oligo 6和Primer Premier 5.0。引物设计软件是根据引物设计的指导意见设计而成。其实，PCR扩增的成败最关键的是反应模板的制备和反应条件的控制。引物设计软件的缺点是，有时判断为该基因没有一段区域满足标准引物的要求。
32. 文献上找到的引物和探针序列能否直接使用？
通常国外的文献可信度比较高，可直接使用；但为了保险起见，最好用blast
对引物探针的序列进行必要的验证；或者再进一步用引物设计软件对引物探针的二级结构和退火温度进行分析，这样更有利于您对整个实验的把握。
33. 如何计算引物的Tm值？
Tm值的概念：
DNA熔解温度，指把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度，亦即DNA 变性过程中，紫外吸收值达到最大值的50%时的温度称为 DNA 的解链温度(Tm)。
武汉安基生物采用以下方法计算Tm值：
长度为20 mer及以下的引物，Tm计算公式为： Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)。但这个公式只适用于14~20个碱基的引物，引物的TM值还与引物长度、碱基组成、引物使用缓冲溶液的离子强度等有关。
对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为： Tm = 0.41(% of GC) – 675/L + 81.5 注：L：引物碱基数；% of GC：引物GC含量；% of GC = GC个数/引物总碱基
数
34. 常见的引物修饰的有哪些?
修饰说明
磷酸化（Phosphorylation）5'磷酸化可用于接头、克隆和基因构建
以及连接酶催化的连接反应。3'磷酸化
可抗3'外切酶消化的相关实验中，也用
于阻止DNA聚合酶催化的DNA链延伸反
应。
生物素（Biotin）引物生物素标记，可用于非放射性免疫
分析来检测蛋白质、胞内化学染色、细
胞分离、核酸分离、杂交检测特异性的
DNA/RNA序列、离子通道构象变化等。地高新（Digoxigenin）地高新经由一个11个原子的间臂连接
到脲嘧啶的C5位置，杂交的地高新探
针可以由抗地高新抗体来检测。地高新
标记的探针可用于各种杂交反应，如
DNA-DNA杂交（Southern blotting）、
DNA-RNA杂交（Northern blotting）、
斑点杂交（Dot blotting）、克隆杂交、
原位杂交以及酶联免疫分析（ELISA）。内部氨基修饰 主要用C6-dT aminolinker来加到胸腺
嘧啶残基上来进行内部修饰。修饰后氨
基与主链相距10个原子距离，可用于
进一步的标记和酶连接（如碱性磷酸
酶），目前提供内部氨基修饰介导的
dT-Dabcyl、dT-Biotin和
dT-Digoxingenin 修饰。
5'氨基修饰 可用于制备功能化的寡核苷酸，广泛应
用在DNA芯片（DNA Microarray）和多
重标记诊断系统。目前提供5' C6 氨基
修饰和5' C12氨基修饰两种，前者可
用于连接一些即便靠近寡核苷酸也不
会影响其功能的化合物，后者用于亲和
纯化基团的连接和一些荧光标记，尤其
是当荧光可能会因标记太靠近DNA链而
被淬灭时。
3'氨基修饰 目前提供3' C6 氨基修饰。它可用于设
计新的诊断探针和反义核苷酸，例如5'
端可用高度敏感的32P或荧光素标记的
同时3'可用氨基修饰以进行其他的连
接。此外，3'修饰可以抑制3'外切酶酶
解，从而可用于反义实验。
巯基（Thiol） 5'-巯基在很多方面与氨基修饰类似。
巯基可用于加附各种修饰如荧光标记
物和生物素。例如可以在碘乙酸和马来
酰亚胺衍生物存在下来制作巯基连接
的荧光探针。5'的巯基修饰主要用5'
巯基修饰单体（5'-Thiol-Modifier
C6-CE Phosphoramidite 或
Thiol-Modifier C6 S-S CE
Phosphoramidite）。用
5'-Thiol-Modifier C6-CE单体修饰后
必须进行硝酸银氧化以去除保护基
（trityl），而Thiol-Modifier C6 S-S
CE单体修饰后须用DTT将二硫键还原
成巯基。
间臂（Spacer） Spacer 可为寡核苷酸标记提供必要的
间隔以减少标记基团与寡核苷酸间的
相互作用，主要应用于DNA发夹结构和
双链结构研究。C3 spacer 主要用于模
仿核糖的3'和5'羟基间的三碳间隔，
或“替代”一个序列中未知的碱基。
3'-Spacer C3用于引进一个3'间臂从
而阻止3'端外切酶和3'端聚合酶发挥
作用。 Spacer 18 常用于引进一个强
疏水基团。
硫代（Phosphorthioate） 硫代修饰的寡核苷酸主要用于反义实
验中防止被核酸酶降解。您可以选择全
硫代，但随着硫代碱基的增加，寡核苷
酸的Tm值会降低，为了降低这种这种
影响，可以对引物两端2-5个碱基进行
硫代修饰，通常可以选择5'和3'各3
个碱基进行硫代修饰。
脱氧脲嘧啶（DeoxyUridine，dU） 脱氧脲嘧啶可以插进寡核苷酸来增加
双链的熔点温度从而增长双链的稳定
性。每个脱氧胸腺嘧啶被脱氧脲嘧啶替
代可以增长双链熔点温度1.7 ℃。
脱氧次黄嘌呤（deoxyInosine，dI） 脱氧次黄嘌呤是一个自然存在的碱基，
虽然不是真正意义上的通用碱基，但当
与其它碱基结合时，会比其它碱基错配
相对更稳定。脱氧次黄嘌呤与其它碱基
的结合能力为dI:dC > dI:dA > dI:dG >
dI:dT. 在DNA聚合酶的催化下，脱氧
次黄嘌呤首选与dC结合。
35. 为什么修饰引物的产量要比一般引物低，价格要高?
主要因为是修饰单体稳定性较差，偶联时间长，效率低，最后得到的产量自然低于一般的引物。修饰引物通常需要PAGE或HPLC纯化，纯化过程损失大。修饰引物使用的原料是一般引物原料的几百倍，所以产品的价格自然高。
引物保护碱基列表--百度文库
11月13日 引物合成的详解 4.需要什么级别的引物？ 答：引物常用的纯化方式C18脱盐，OPC纯化，PAGE纯化，HPLC纯化。根据实验需要，确定订购引物的纯度级别。 应用引物长度要求纯度级别要求 一般PCR扩增<45 base OPC 一般PCR扩增>45 base PAGE 诊断PCR扩增< 40base OPC, PAGE DNA测序20base左右OPC 亚克隆，点突变等根据实验要求定OPC, PAGE，HPLC 根据实验要求定PAGE 基因构建（全基因合成） 反义核酸根据实验要求定PAGE PAGE, HPLC 修饰引物根据实验要求定 8.如何计算引物的浓度？ 答：引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成 10-50pmol/ul。一般情况下，建议将引物的浓度配制成50pmol/ul，加水的体积（微升）按下列方式计算：V (微升)= OD数*（乘）33 *（乘）*（乘）20000 / (除) 引物的分子量。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度，按上述公式换算。 注意：1 OD260= 33 ug/ml. 9.如何计算引物的Tm值？ 答：引物设计软件都可以给出Tm，与引物长度、碱基组成、引物使用缓冲的离子强度有关。
长度为25mer以下的引物，Tm计算公式为：Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T) 对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为： Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size 公式中，Size = 引物长度。 11.如何溶解引物？ 答：干燥后的引物质地非常疏松，开盖前最好离心一下，或管垂直向上在桌面上敲敲，将引物粉末收集到管底。根据计算出的体积加入去离子无菌水或10mM Tris pH7.5缓冲液，室温放置几分钟，振荡助溶，离心将溶液收集到管底。溶解引物用的水一般不要用蒸馏水，因为有些蒸馏水的pH值比较低（pH4-5）,引物在这种条件下不稳定。 12.如何保存引物？ 答：引物合成后，经过一系列处理和纯化步骤，旋转干燥而成片状物质。引物在溶解前，室温状态下可以长期保存。溶解后的引物-20度可以长期保存。如果对实验的重复性要求较高，合成的OD数较大，建议分装，避免反复冻融。修饰荧光引物需要避光保存。 13.合成的引物5’端是否有磷酸化 答：合成的引物5’为羟基，没有磷酸基团。如果需要您可以用多核苷酸激酶进行5′端磷酸化，或者要求引物合成公司合成时直接在5′或3′端进行磷酸化，需要另外收费。 14.引物片段退火后不能连接到载体上是什么问题？ 连接反应需要引物的5’磷酸基团。如果需要将合成的引物退火直接连
引物设计的原理与方法
引物设计的原理与方法 This model paper was revised by the Standardization Office on December 10, 2020
PCR引物设计的原理及方法 阎振鑫S111666(四川大学生命科学学院细胞生物学成都 610014) 摘要：自20世纪后期发展了PCR技术以来，PCR已经改变了整个生物学研究的进程。而PCR反应的第一步就是设计引物，引物设计的好坏直接关系到PCR的成败。PCR引物设计有许多的原则必须要遵循：引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，引物与模板的序列要紧密互补。引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应等。另外，引物的设计方法也越来越多，出现了许多专门的设计软件和网站，如：PrimerPremier5.0等。 关键词：PCR 引物原理方法 NCBI PrimerPremier5.0 PCR primer design principle and method YanZhenxin (sichuan Univercity, Life science college cell biology chengdu 610014 ) Abstract: When PCR technology was find, PCR has changed all of the program in research of biology. The design of primer is the frist step of PCR. It is relation to the fate of PCR. There are some principals must be obey: dipolymer and hairpin structure must be avoid between different primers. The DNA polymerization reaction should not be triggered at the wrong site. Therefore, there are more and more methods of design primer, include the professional softwares and professional web site. Key word: PCR primer principle NCBI PrimerPremier5.0 聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction。PCR)是20世纪后期发展起来的 一种体外扩增特异DNA片断的技术。具有快速、简便及高度敏感等优点，能极大地缩短目的基因扩增时间[1]。因此，其一直是生物学者们致力于构建cDNA文库、基因克隆以及表达调控研究的必要前提和基础[2]。PCR的第一步就是引物设计。引物设计的好坏，直接影响了PCR的结果，因此这一步很关键。成功的PCR反应既要高效，又要特异性扩增产物，因此对引物设计提出了较高的要求。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。在某些情况比如构建文库的时候也会在不知道模板序列的情况下进行设计。这个时候随机核苷酸序列
测序引物设计指南
测序引物设计指南 ?P CR引物设计方法： 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度（primerlength）常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA 聚合酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。 GC含量（composition）过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外，上下游引物的Tm值（meltingtemperature）是寡核苷酸的解链温度，即在一定盐浓度条件下，50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度，一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm=4（G+C）+2（A+T）估计引物的Tm值，则有效引物的Tm为55~80℃，其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。 5.引物3′端不能选择A，最好选择T。 引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G和C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。 6.碱基要随机分布。 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（Falsepriming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 7.引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′端的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Crossdimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使P CR反应不能正常进行。
测序常用名词解释整理
高通量测序领域常用名词解释大全 什么是高通量测序？ 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 什么是Sanger法测序（一代测序） Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
什么是基因组重测序（Genome Re-sequencing） 全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序，实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点，以及结构变异等，具有重大的科研和产业价值。 什么是de novo测序 de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。随着新一代测序技术的飞速发展，基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低，大规模基因组测序渐入佳境，基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。
引物设计的原理和程序
1 引物的设计以及初步筛选 引物的设计与初步筛选基本上通过一些分子生物学软件和相关网站来完成的，目前运用软件Primer Premier 5 或美国 whitehead 生物医学研究所基因组研究中心在因特网上提供的一款免费在线PCR引物设计程序 Primer 3来设计引物，再用软件Oligo 6进行引物评估，就可以初步获得一组比较满意的引物。但是对于初学者来说，运用软件和程序来设计引物好象无从着手，其实只要我们掌握了引物设计的基本原则和注意事项，所有问题便迎刃而解。因为无论是软件还是程序，都是以这些基本原则和注意事项为默认标准来进行引物设计的。所以，我们在进行引物设计的时候大可不必在软件和程序的参数上花费过多的时间来思考，如果没有特殊要求我们完全可以把一些参数设为默认值。下面我们主要讨论一下引物设计的原则和注意事项。 ①引物的长度一般为15-30 bp，最好在18~24 bp，因为太短易形成错配(False pr iming) 降低特异性，而太长也会降低特异性，并且降低产量[21。 ②引物在模板内最好具有单一性，也就是说在模板内部没有错配。特别是3’端，一定要避免连续4个以上的碱基互补错配。 ③引物序列的GC 含量最好在40％一60％，且上下游引物序列GC含量的差异不要太大，3’端最后5个碱基最好不要富含GC，特别是连续3个的G或C。 ④DNA双链形成所需的自由能AG，应该以5’端向3’端递减，3’端AG最好不要高于9．0 keaf mol[31。 ⑤避免形成稳定的引物二聚体(Dimer and Cross DimeO 和发夹结构(Hairpin)，AG 高于4．5 keal／mol时易引发上述两种结构的产生。 ⑥引物所在的模板区域应该位于外显子区，最好跨越一个内含子区，这样便于对扩增出来的片段进行功能鉴定和表型分析。 ⑦如果以DNA为模板设计引物，产物长度在100—600 bp比较理想。而以mRNA为模板设计引物时，产物长度在150—300 bp比较理想。 ⑧5’ 端对PCR影响不太大，可以引进修饰位点和标记物[2]。只要掌握了以上原则和注意事项，我们可以在软件和程序设计的一组引物中筛选出几对我们需要的目标引物。Primer Premier 5和Oligo 6可以在https://www.sodocs.net/doc/69984589.html,/soft/下载，primer3的主页位置在h ttp://https://www.sodocs.net/doc/69984589.html,。 2 引物的二次筛选 引物的二次筛选是指在初次筛选出的几对引物中进一步筛选出适合我们进行特异、高效PCR扩增的那对引物。本步应注意以下两点，一是得到的一系列引物分别在Genebank 中进行回检。也就是把每条引物在比对工具(https://www.sodocs.net/doc/69984589.html,/blast/) 的bl astnr中进行同源性检索，弃掉与基因组其它部分同源性比较高的引物，也就是有可能形成错配的引物。一般连续10 bp以上的同源有可能形成比较稳定的错配，特别是引物的3’端应避免连续5-6 bp的同源。二是以mRNA为模板设计引物时要先利用生物信息学的知识大致判断外显子与内含子的剪接位点(例如https://www.sodocs.net/doc/69984589.html,/GENESCAN.html的GENESCA N工具或者GeneParser软，然后弃掉正好位于剪接位点的引物。
microRNA反转和定量引物设计原理、实验方法
microRNA的引物设计 以ssc-miR-222-3p为例设计引物，其成熟体序列为：AGCTACATCTGGCTACTGGGTCT 反向引物：每个反向引物的都带有一段固定的序列，可以形成一个茎环， 固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3， 在这个序列后加上八个碱基，这八个碱基是ssc-miR-222-3p从后面数八个碱基的反向互补序列，就是CTGGGTCT的反向互补：AGACCCAG ，最后得到的反向引物的序列为 5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG AGACCCAG -3， 正向引物：每个正向引物也带有一段固定的序列，固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG 在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列，成熟体除掉后面六个碱基后序列为：AGCTACATCTGGCTACT 5，-ACACTCCAGCTGGG AGCTACATCTGGCTACT -3， URP：统一反向引物，也是一段固定的序列，TGGTGTCGTGGAGTCG U6引物F-CTCGCTTCGGCAGCACA ，R-AACGCTTCACGAATTTGCGT 使用方法： 1逆转的引物：所有要做的miRNA反向引物的混合，每个10微升 2PCR的引物：50微升的体系，30微升的水，10微升的正向引物，10微升的URP
2．hsa-miR-124（hsmq-0032 引物） 推荐退火温度：60℃ hsa-miR-124 扩增曲线示意图hsa-miR-124 融解曲线示意图 3．hsa-miR-125b(hsmq-0034 引物) 推荐退火温度：60℃ hsa-miR-125b 扩增曲线示意图hsa-miR-125b 融解曲线示意图
LAMP技术原理和引物设计
LAMP原理及引物设计与实例 ．LAMP引物的设计 LAMP引物的设计主要是针对靶基因的六个不同的区域，基于靶基因3' 端的F3c、F2c和Flc区以及5' 端的Bl、B2和B3区等6个不同的位点设计4种引物。 FIP(Forward Inner Primer)：上游内部引物，由F2区和F1C区域组成，F2区与靶基因3’端的F2c区域互补，F1C区与靶基因5' 端的Flc区域序列相同。 F3引物：上游外部引物(Forward Outer Primer)，由F3区组成，并与靶基因的F3c区域互补。 BIP引物：下游内部引物(Backward Inner Primer )，由B1C和B2区域组成，B2区与靶基因3' 端的B2c区域互补，B1C域与靶基因5' 端的Blc区域序列相同. B3引物：下游外部引物(Backward Outer Primer )，由B3区域组成，和靶基因的B3c区域互补。 2．扩增原理 60-65℃是双链DNA复性及延伸的中间温度，DNA在65℃左右处于动态平衡状态。因此，DNA在此温度下合成是可能的。利用4种特异引物依靠一种高活性链置换DNA聚合酶。使得链置换DNA合成在不停地自我循环。扩增分两个阶段。 第1阶段为起始阶段，任何一个引物向双链DNA的互补部位进行碱基配对延伸时，另一条链就会解离，变成单链。上游内部引物FIP的F2序列首先与模板F2c结合（如图B所示），在链置换型DNA聚合酶的作用下向前延伸启动链置换合成。外部引物F3与模板F3c结合并延伸，置换出完整的FIP连接的互补单链（如图C所示）。FIP上的F1c与此单链上的Fl 为互补结构。自我碱基配对形成环状结构（如图C所示）。以此链为模板。下游引物BIP与B3先后启动类似于FIP和F3的合成，形成哑铃状结构的单链。迅速以3' 末端的Fl区段为起点。以自身为模板，进行DNA合成延伸形成茎环状结构。该结构是LAMP基因扩增循环的起始结构。 第2阶段是扩增循环阶段。以茎环状结构为模板，FIP与茎环的F2c区结合。开始链置换合成，解离出的单链核酸上也会形成环状结构。迅速以3’末端的B1区段为起点，以自身为模板。进行DNA合成延伸及链置换．形成长短不一的2条新茎环状结构的DNA，BIP引物上的B2与其杂交。启动新一轮扩增。且产物DNA长度增加一倍。在反应体系中添加2条环状引物LF和LB，它们也分别与茎环状结构结合启动链置换合成，周而复始。扩增的最后产物是具有不同个数茎环结构、不同长度DNA的混合物。且产物DNA为扩增靶序列的交替反向重复序列。 https://www.sodocs.net/doc/69984589.html,MP的特点 LAMP与以往的核酸扩增方法相比具有如下优点： (1)操作简单，LAMP核酸扩增是在等温条件下进行，对于中小医院只需要水浴锅即可，产
引物设计的原理与方法
PCR引物设计的原理及方法 阎振鑫S111666(四川大学生命科学学院细胞生物学成都610014) 摘要：自20世纪后期发展了PCR技术以来，PCR已经改变了整个生物学研究的进程。而PCR反应的第一步就是设计引物，引物设计的好坏直接关系到PCR的成败。PCR引物设计有许多的原则必须要遵循：引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，引物与模板的序列要紧密互补。引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应等。另外，引物的设计方法也越来越多，出现了许多专门的设计软件和网站，如：PrimerPremier5.0等。 关键词：PCR 引物原理方法NCBI PrimerPremier5.0 PCR primer design principle and method YanZhenxin (sichuan Univercity, Life science college cell biology chengdu 610014 ) Abstract: When PCR technology was find, PCR has changed all of the program in research of biology. The design of primer is the frist step of PCR. It is relation to the fate of PCR. There are some principals must be obey: dipolymer and hairpin structure must be avoid between different primers. The DNA polymerization reaction should not be triggered at the wrong site. Therefore, there are more and more methods of design primer, include the professional softwares and professional web site. Key word: PCR primer principle NCBI PrimerPremier5.0 聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction。PCR)是20世纪后期发展起来的一种体外扩增特异DNA片断的技术。具有快速、简便及高度敏感等优点，能极大地缩短目的基因扩增时间[1]。因此，其一直是生物学者们致力于构建cDNA文库、基因克隆以及表达调控研究的必要前提和基础[2]。PCR的第一步就是引物设计。引物设计的好坏，直接影响了PCR的结果，因此这一步很关键。成功的PCR反应既要高效，又要特异性扩增产物，因此对引物设计提出了较高的要求。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。在某些情况比如构建文库的时候也会在不知道模板序列的情况下进行设计。这个时候随机核苷酸序列就与模板不是完全匹配。我们通常指的设计引物都是在已知模板序列的情况下进行。设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率。
常见载体的测序引物
常见载体的测序引物： Primer of Vector: Vector：Primer(F)；Primer(R) pACT T7 T3 pACT2 GAL4 AD pACT2-R pAS2-1 GAL4 BD pAS2-1.R pB42AD pB42ADF pB42ADR pBACPAK8 BAC1 BAC2 pBK-CMV T7 T3 PBS(SK/KS)/M13- M13F/T7 T3/M13R pBV220 PBV220F PBV220R pCAMBIA 1301(1300) P1 P2 pCAMBIA 2300 M13R(-48) M13F(-47) PCANTB5E S1/M13R S6 pCAT3-enhancer RVP3 此载体无反向引物pcDNA3.0 CMV-F/T7 SP6/BGH pcDNA3.1 T7 BGH pcDNA4 T7/CMV-F BGH pcDNA6 T7/CMV-F(J21025在T7前面）BGH pcDNAII T7 SP6 pCE2.1 M13F M13R pCEP4 pCEP-F EBV-R
pCF-T M13F M13R pCI T7（17Base）此载体无反向引物 pCI-neo T7（17Base）T3 pCMS-EGFP T7 T3 pCMV-3Tag-4A T3 /PFLAG-CMV-F T7 pCMV5 pCMV5F pCMV5R pCMV5-Flag pCMV5F pCMV5R pCMV-MYC/HA pCMV-F pCMV-R pCMV-Sport M13F/T7 SP6/M13R pCMV-Tag(KAN+) T3 T7 pCR2.1-TOPO M13F/T7 M13R pCR3.1 T7 BGH pCS2 SP6 T7 pDonar M13F M13R pDONR221 M13F M13R pDrive T7 SP6 pDRIveR(KAN+) T7 SP6 pDsRED1-C1 pDsRED-ex-C1-F pEGFP-N-3’(距离很近,一般不用) pDsRED2-C1(KAN+) pDsRED-ex-C1-F pEGFP-N-3’ pDSRED-N1(KAN+) pEGFP-N-5’ PDSRED-N-R pECFP-C pEGFP-C-5’ pECFP-C-3' pECFP-N1 pEGFP-N-5’ pEGFP-N-3’
20个测序常见的问题
20个测序常见的问题 1．为什么需要新鲜的菌液？ 首先，新鲜的菌液易于培养，可以获得更多的DNA，同时最大限度地保证菌种的纯度。2．如何提供菌液？ 如果您提供新鲜菌液，用封口膜封口以免泄漏；也可以将培养好的4～5ml菌液沉淀下来，倒去上清以方便邮寄。同时邮寄时最好用盒子以免邮寄过程中压破。 3．如何制作穿刺菌？ 用灭菌过1.5ml或2ml离心管加入LB琼脂(7g/L)斜面凝固，用接种针挑取分散良好的单菌落穿过琼脂直达管底，不完全盖紧管盖适当温度培养过夜，然后盖紧盖子加封口膜，室温或4度保存。 4．PCR产物直接测序有什么要求？ （1)扩增产物必须特异性扩增，条带单一。如果扩增产物中存在非特异性扩增产物，一般难以得到好的测序结果； (2）必须进行胶回收纯化； (3）DNA纯度在1.6—2.0之间，浓度50ng/ul以上。 5．为什么PCR产物直接测序必须进行Agarose胶纯化？ 如果不进行胶纯化而直接用试剂盒回收，经常会导致测序出现双峰甚至乱峰，这主要是非特异性扩增产物或者原来的PCR引物去除不干净所导致。大多所谓的PCR“纯化试剂盒”实际上只是回收产物而不能起到纯化的作用的。对于非特异性扩增产物肯定无法去除，而且通常他们不能够完全去除所有的PCR引物，这会造成残留的引物在测序反应过程中参与反应而导致乱峰。 6．如何进行PCR产物纯化？ PCR产物首先必须用Agarose胶电泳，将特异扩增的条带切割下，然后纯化。使用凝胶回收试剂盒回收，产物用ddH2O溶解。 7．PCR产物直接测序的好处？ （1) PCR产物直接测序可以反映模板的真实情况； （2) 省去克隆的实验费用和时间； （3) PCR产物测序正确的片段进行下一步克隆实验使结果更有保障； （4) 混合模板进行PCR的产物直接测序可以发现其中的点突变。 8．对用于测序的质粒DNA的要求有哪些？ 对测序模板DNA的一般要求：（1)DNA纯度要求高，1.6—2.0之间，不能有混合模板，也不能含有RNA，染色体DNA，蛋白质等；（2)溶于ddH2O中，溶液不能含杂质，如盐类，或EDTA等螯合剂，将干扰测序反应正常进行。 9．如何鉴定质粒DNA浓度和纯度？ 我们使用水平琼脂糖凝胶电泳，并在胶中加入0.5ug/ml的EB(电泳缓冲液中不必加E，加一个已知浓度的标准样品。电泳结束以后在紫外灯下比较亮度，判断浓度和纯度。此方法可以更直接、准确地判断样品中是否含有染色体DNA、RNA等，也可以鉴别抽提的质粒DNA 的不同构型。 质粒DNA的3种构型是指在抽提质粒DNA过程中，由于各种原因的影响，使得超螺旋的共价闭合环状结构的质粒(SC)的一条链断裂，变成开环状(OC)分子，如果两条链发生断裂，就变成为线状(L)分子。这3种分子有不同的迁移率，通常，超螺旋型(SC)迁移速度最快，其次为线状(L)分子，最慢为开环状(OC)分子。使用紫外分光光度计检测，或者用溴乙锭-标准浓度DNA比较法只能检测抽提到的产物中的浓度，甚至由于抽提的质粒DNA中含有RNA、蛋白质、染色体DNA等因素的干扰，浓度检测的数值也是没有多少意义的。
引物设计的原理与方法
引物设计的原理与方法 The latest revision on November 22, 2020
PCR引物设计的原理及方法 阎振鑫S111666(四川大学生命科学学院细胞生物学成都 610014) 摘要：自20世纪后期发展了PCR技术以来，PCR已经改变了整个生物学研究的进程。而PCR反应的第一步就是设计引物，引物设计的好坏直接关系到PCR的成败。PCR引物设计有许多的原则必须要遵循：引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，引物与模板的序列要紧密互补。引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应等。另外，引物的设计方法也越来越多，出现了许多专门的设计软件和网站，如：PrimerPremier5.0等。 关键词：PCR 引物原理方法 NCBI PrimerPremier5.0 PCR primer design principle and method YanZhenxin (sichuan Univercity, Life science college cell biology chengdu 610014 ) Abstract: When PCR technology was find, PCR has changed all of the program in research of biology. The design of primer is the frist step of PCR. It is relation to the fate of PCR. There are some principals must be obey: dipolymer and hairpin structure must be avoid between different primers. The DNA polymerization reaction should not be triggered at the wrong site. Therefore, there are more and more methods of design primer, include the professional softwares and professional web site. Key word: PCR primer principle NCBI PrimerPremier5.0 聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction。PCR)是20世纪后期发展起来的 一种体外扩增特异DNA片断的技术。具有快速、简便及高度敏感等优点，能极大地缩短目的基因扩增时间[1]。因此，其一直是生物学者们致力于构建cDNA文库、基因克隆以及表达调控研究的必要前提和基础[2]。PCR的第一步就是引物设计。引物设计的好坏，直接影响了PCR的结果，因此这一步很关键。成功的PCR反应既要高效，又要特异性扩增产物，因此对引物设计提出了较高的要求。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。在某些情况比如构建文库的时候也会在不知道模板序列的情况下进行设计。这个时候随机核苷酸序列
Invitrogen中国测序通用引物序列
Invitrogen中国测序通用引物序列 引物名称序列(5'-3') M13R CAG GAA ACA GCT A TG ACC M13F TGT AAA ACG ACG GCC AGT M13F(-47) CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC M13R(-48) AGC GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGA M13(-96) CCC TCA TAG TTA GCG TAA CG SP6 A TT TAG GTG ACA CTA TAG T7 TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG T7 terminator TGC TAG TTA TTG CTC AGC GG T3 A TT AAC CCT CAC TAA AGG GA pGEX-4T-5' GGG CTG GCA AGC CAC GTT TGG TG pGEX-4T-3' CCG GGA GCT GCA TGT GTC AGA GG GLp1 TGT A TC TTA TGG TAC TGT AAC TG GLp2 CTT TA T GTT TTT GGC GTC TTC CA RVp3 CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC RVp4 GAC GA T AGT CA T GCC CCG CG pcDNA3.1R TAG AAG GCA CAG TCG AGG PinPoint primer CGT GAC GCG GTG CAG GGC G pCMV-F TCT AAA AGC TGC GGA A TT GT pCMV-R TCCAAACTCA TCAA TGTA TC pTRC99C-F: TTG CGC CGA CA T CA T AAC pTRC99C-R: CTGCGTTCTGA TTTAA TCTG pCEP-F: AGA GCT CGT TTA GTG AAC CG EBV-R : GTG GTT TGT CCA AAC TCA TC pIRES2-EGFP.P5’:GTA GGC GTG TAC GGT GGG AG pIRES2-EGFP.P3’: AAC GCA CAC CGG CCT TA T TC 3'AD: AGA TGG TGC ACG A TG CAC AG CMV -F CGC AAA TGG GCG GTA GGC GTG S1 CAA CGT GAA AAA A TT A TT A TT CGC S6 GTA AA T GAA TTT TCT GTA GTA GG 5`AOX1 GAC TGG TTC CAA TTG ACA AGC 3`AOX1 GCA AA T GGC A TT CTG ACA TCC α-Factor TAC TA T TGC CAG CA T TGC TGC GAL4 AD TAC CAC TAC AA T GGA TG pACT2-R GTGCACGA TGCACAGTTGAA pB42ADF: CCA GCC TCT TGC TGA GTG GAG A TG
常用引物信息列表
3’AOX5′-GGCAAATGGCATTCTGACAT-3‘ 3‘AD5′- AGA TGG TGC ACG ATG CAC AG-3‘ 3‘BD5′-TAA GAG TCA CTT TAA AAT TTG TAT C-3‘5’AOX5′-GACTGGTTCCAATTGACAAGC-3‘ A-FACTOR5′-TAC TAT TGC CAG CAT TGC TGC-3‘ CMV-F5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3‘ CMV-R5′-GTTCACGGTGCCCTCC-3‘ EGFP-Nrev5′-CGT CGC CGT CCA GCT C-3‘ GLP15′-TGT ATC TTA TGG TAC TGT AAC TG-3‘GLP25′-CTT TAT GTT TTT GGC GTC TTC CA-3‘ M13(-96)5′-CCCTCATAGTTAGCGTAACG-3‘ M13-205′-GTA AAA CGA CGG CCA GTG-3‘ M13F5′-TGTAAAACGACGGCCAGT-3‘ M13F（-47）5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC-3‘ M13F-215′-TGT AAA ACG ACG GCC AGT-3‘ M13R5′-CAGGAAACAGCTATGACC-3‘ M13R（-48）5′-AGCGGATAACAATTTCACACAGGA-3‘ P125845′-TTTTCAGTATCTACGAT-3’ P171105′-TACCACTACAATGGATG-3’ pbd-gal4-f5′-GCCTCTAACATTGAGACAGC-3‘ pbd-gal4-r5′-AAGAGTTACTCAAGAACAAGAA-3‘ pbi-121(35s)5′-GACGCACAATCCCACTATCC-3‘ PBV220F5′-AAGAAGGGCAGCATTCAAAG-3‘ PBV220R5′-CTG CGT TCT GAT TTA ATC TG-3‘ PCDNA3.0-R25′-GGC AAC TAG AAG GCA CAG TC-3‘PCDNA3.1F5′-CTAGAGAACCCACTGCTTAC-3’ PCDNA3.1R5′-TAGAAGGCACAGTCGAGG-3’ PCMV-F5′-TCTAAAAGCTGCGGAATTGT-3‘ PCMV-5F5′-TTCCAAAATGTCGTAATAAC-3‘ PCMV-R5′-TCCAAACTCATCAATGTATC-3‘ PCMV-5R5′-ATTATAGAGGACACCTAGTC-3‘ PEGFP-C-3’5′-TATGGCTGATTATGATCAGT-3‘ PEGFP-C-5’5′-CATGGTCCTGCTGGAGTTCGTG-3‘ PEGFP-N-3’5′-CGTCGCCGTCCAGCTCGACCAG-3‘ PEGFP-N-5’5′-TGGGAGGTCTATATAAGCAGAG-3‘ PGEX-3’5′-CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG-3‘ PGEX-5’5′-GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG-3‘PIRES2-EGFP-F5′-GTA GGC GTG TAC GGT GGG AG-3‘PIRES3-EGFP-R5′-AAC GCA CAC CGG CCT TAT TC-3‘ pMAL-C2X-F5′-TGC GTA CTG CGG TGA TCA AC-3’ pMAL-C2X-R5′-CTG CAA GGC GAT TAA GTT GG-3’ PQE30F5′- TGA GCG GAT AAC AAT TTC AC-3‘ PQE30R5′- GTT CTG AGG TCA TTA CTG G-3‘ RVP35′-CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC-3‘
常用pGEX载体图谱
Rosetta系列的表达菌株可以提供T7 RNA聚合酶，它能表达PET系列载体上的外源基因。。。pGEX系列载体上的外源基因不需要T7 RNA聚合酶，普通的大肠杆菌经IPTG诱导即可表达 Tac启动子是一组由Lac和trp启动子人工构建的杂合启动子，受Lac阻遏蛋白的负调节，它的启动能力比Lac和trp都强。其中Tac 1是由Trp启动子的－35区加上一个合成的46 bp DNA片段(包括Pribnow 盒)和Lac操纵基因构成，Tac 12是由Trp的启动子-35区和Lac 启动子的-10区，加上Lac操纵子中的操纵基因部分和SD序列融合而成 蛋白标签：
pGEX4T1载体基本信息 出品公司: GE 别名: pGEX-4T-1, pGEX4T1, pGEX 4T 1 质粒类型: 大肠杆菌蛋白表达载体 表达水平: 高拷贝 启动子: Tac 克隆方法: 多克隆位点，限制性内切酶 载体大小: 4969 bp 5' 测序引物及序列: pGEX5': GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG 3' 测序引物及序列: pGEX3': CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG 载体标签: N-GST 载体抗性: Ampicillin 氨苄 备注: 复制子是pMB1 产品目录号: 27-4580-01 稳定性: 瞬时表达 Transient 组成型: 诱导表达 病毒/非病毒: 非病毒 pGEX4T1载体质粒图谱和多克隆位点信息 原核生物DNA复制起始点，是DNA链上独特的具有起始DNA复制功能的碱基序列。大肠杆菌的复制起
pGEX4T1载体简介 pGEX4T1载体序列 LOCUS pGEX-4T-1 4969 bp DNA circular SYN DEFINITION pGEX-4T-1 ACCESSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM other sequences; artificial sequences; vectors. COMMENT This file is created by Vector NTI https://www.sodocs.net/doc/69984589.html,/ COMMENT VNTAUTHORNAME|https://www.sodocs.net/doc/69984589.html,| FEATURES Location/Qualifiers source 1..4969 /organism="pGEX-4T-1" /mol_type="other DNA" promoter 184..212 /label="tac_promoter" misc_feature 224..246 /label="M13_pUC_rev_primer" gene 258..977 /label="GST (variant)" /gene="GST (variant)" CDS 258..977 /label="ORF frame 3"
PCR引物设计原理及原则
PCR引物设计原理及原则 PCR引物设计原理PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。因此，引物的优劣直接关系 PCR引物设计原理 PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。因此，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。 要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能形成二级结构，那就可以在这一区域设计引物。 现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基，扩增片段长度为100~600碱基对。 让我们先看看P1引物。一般引物序列中G+C含量一般为40%~60%。而且四种碱基的分布最好随机。不要有聚嘌呤或聚嘧啶存在。否则P1引物设计的就不合理。应重新寻找区域设计引物。 同时引物之间也不能有互补性，一般一对引物间不应多于4个连续碱基的互补。 引物确定以后，可以对引物进行必要的修饰，例如可以在引物的5′端加酶切位点序列；标记生物素、荧光素、地高辛等，这对扩增的特异性影响不大。但3′端绝对不能进行任何修饰，因为引物的延伸是从3′端开始的。这里还需提醒的是3′端不要终止于密码子的第3位，因为密码子第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。 PCR引物的设计原则： ①引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。 ②产物不能形成二级结构。 ③引物长度一般在15~30碱基之间。
④G+C含量在40%~60%之间。 ⑤碱基要随机分布。 ⑥引物自身不能有连续4个碱基的互补。 ⑦引物之间不能有连续4个碱基的互补。 ⑧引物5′端可以修饰。 ⑨引物3′端不可修饰。 ⑩引物3′端要避开密码子的第3位。 PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功，但遵循某些原则，则有助于引物的设计。 1.引物的特异性 引物与非特异扩增序列的同源性不要超过70%或有连续8个互补碱基同源。 2.避开产物的二级结构区 某些引物无效的主要原因是引物重复区DNA二级结构的影响，选择扩增片段时最好避开二级结构区域。用有关计算机软件可以预测估计mRNA的稳定二级结构，有助于选择模板。实验表明，待扩区域自由能（△G°）小于 58.6lkJ/mol时，扩增往往不能成功。若不能避开这一区域时，用7-deaza-2′-脱氧GTP取代dGTP对扩增的成功是有帮助的。 3.长度 寡核苷酸引物长度为15~30bp，一般为20~27mer。引物的有效长度：Ln=2（G+C）+（A+T+，Ln值不能大于38，因为>38时，最适延伸温度会超过Taq DNA聚合酶的最适温度（74℃),不能保证产物的特异性。4.G+C含量