Autodock分子对接2015中文版

分子对接

AutoDock和AutoDock Tools 使用教程 一、分子对接简介及软件介绍 1．分子对接理论基础 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配而相互识别的过程。分子对接在酶学研究以及药物设计中具有十分重要的意义。在酶激活剂、酶抑制剂与酶相互作用以及药物分子产生药理反应的过程中，小分子（通常意义上的Ligand）与靶酶（通常意义上的Receptor）相互互结合，首先就需要两个分子充分接近，采取合适的取向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象，特别是底物构象在形成复合物过程中的变化，是确定酶激活剂、抑制剂作用机制以及药物作用机制，设计新药的基础。 分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接最初思想起源于Fisher E.的“锁和钥匙模型”（图），认为“锁”和“钥匙”的相识别的首要条件是他们在空间形状上要互相匹配。然而，配体和受体分子之间的识别要比“锁和钥匙”模型复杂的多。首先，配体和受体分子的构象是变化的，而不是刚性的，配体和受体在对接过程中互相适应对方，从而达到更完美的匹配。其次，分子对接不但要满足空间形状的匹配，还要满足能量的匹配。配体和受体之间的通过底物分子与靶酶分子能否结合以及结合的强度最终是由形成此复合物过程的结合自由能变化ΔG bind所决定的。 互补性（complementarity）和预组坦织（pre-organization）是决定分子对接过程的两个重要原则，前者决定识别过程的选择性，而后者决定识别过理的结合能力。互补性包括空间结构的互补性和电学性质的互补性。1958年Koshland提出了分子识别过程中的诱导契合（induced fit）概念，指出配体与受体相互结合时，受体将采取一个能同底物达到最佳结合的构象（图1）。而受体与配体分子在识别之前将受体中容纳配体的环境组织的越好，其溶剂化能力越低，则它们的识别效果越佳，形成的复合物也就越稳定。

2020年(生物科技行业)CLSI临床微生物实验室标准解读

（生物科技行业）CLSI临床微生物实验室标准解读

CLSI临床微生物实验室标准解读 CLSI2010更新 CLSI临床微生物实验室标准解读第三辑 2010年CLSI药敏试验的更新 中国医学科学院北京协和医学院杨启文王辉 美国临床和实验室标准化研究所(TheClinicalandLaboratoryStandardsInstitute,CLSI)是壹个国际性、跨学科、非营利的、致力于发展操作标准的教育组织。其抗菌药物敏感性试验小组委员会(SubcommitteeonAntimicrobialSusceptibilitytesting)每年组织该领域专家和药厂代表等对药敏相关文件M100进行壹次修订。目前我国的临床微生物实验室均以CLSI文件作为药敏指导文件进行试验操作和报告，本文将CLSIM100-S20(2010年)的主要更新点总结如下： 壹、主要格式的更新： 下表显示了壹些在M100-S19(2009年)中位于最后的附录在M100-S20(2010年)文件中新的命名、编号和位置。表1.M100-S20的格式更新 (1)修订了“非敏感”的定义：M100-S20中对“非敏感”的定义是由于耐药菌株缺失或稀少因而仅确立了敏感性解释标准。当药物对菌株的MIC高于或抑菌圈直径低于此折点时需报告为非敏感。非敏感且不意味着菌株携带某种耐药机制。有可能MIC高于敏感折点的菌株缺乏耐药机制且且属于野生菌株，只不过其出现于敏感性折点确立后。对于“非敏感”的菌株，菌株鉴定和药敏结果需被再次确认。 (2)对“使用头孢噻吩的折点仅用于预测对其他头孢菌素的敏感性”增加注释：在M100-S20中，头孢噻吩的折点仅可用于预测菌株对口服药物，包括孢羟氨苄，头孢泊肟，头孢氨苄和氯碳头孢的敏感性。旧的数据认为头孢噻吩的结果能够预测某些其他头孢菌素的敏感性可能仍然正确，但目前的数据尚不能支持此论点。 (3)在M100-S20的第26页增加第VII部分来描述筛选试验且总结他们的局限性以及对应的确证试验。该部分总结了 肠杆菌科菌、金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌和肺炎链球菌的耐药表型初筛试验和对应的确证试验。 (4)在表1和1A的警告框内，M100-S20将头霉素类药物加入脑脊液分离菌株中不能常规报告的抗菌药物列表中。在M100-S19中，口服抗菌药物、第壹代和第二代头孢菌素(除外静脉用头孢呋辛)、克林霉素、大环内酯类、四环素类和氟喹诺酮类被列为脑脊液分离菌株中不能常规报告的抗菌药物，因为这些药物不是脑脊髓感染的选择药物，在M100-S20中，头霉素类药物(如头孢西丁、头孢美唑和头孢替坦)也被纳入此类药物。 三、肠杆菌科菌相关的更新 (1)修订了头孢唑啉、头孢噻肟、头孢他啶、头孢唑肟、头孢曲松和氨曲南的折点，且在折点后增加了对应 的用药方案。

AutoDock分子对接_中文

分子对接 ——使用AutoDock和AutoDock Tools 一、分子对接简介及软件介绍 二、对接准备及对接操作 三、结果分析 一、分子对接简介及软件介绍 1．分子对接理论基础 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配而相互识别的过程。分子对接在酶学研究以及药物设计中具有十分重要的意义。在酶激活剂、酶抑制剂与酶相互作用以及药物分子产生药理反应的过程中，小分子（通常意义上的Ligand）与靶酶（通常意义上的Receptor）相互 分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象，特别是底物构象在形成复合物过程中的变化，是确定酶激活剂、抑制剂作用机制以及药物作用机制，设计新药的基础。 互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接最初思想起源于Fisher E.的“锁和钥匙模型”（图），认为“锁”和“钥匙”的相识别的首要条件是他们在空间形状上要互相匹配。然而，配体和受体分子之间的识别要比“锁和钥匙”模型复杂的多。首先，配体和受体分子的构象是变化的，而不是刚性的，配体和受体在对接过程中互相适应 程的结合自由能变化ΔG bind所决定的。 互补性（complementarity）和预组坦织（pre-organization）是决定分子对接过程的两个重要原则，前者决定识别过程的选择性，而后者决定识别过理的结合能力。互补性包括空间结构的互补性和电学性质的互补性。1958年Koshland提出了分子识别过程中的诱导契合（induced fit）概念，指出配体与受体相互结合时，受体将采取一个能同底物达到最佳结合的构象（图1）。而受体与配体分子在识别之前将受体中容纳配体的环境组织的越好，其溶剂化能力越低，则它们的识别效果越佳，形成的复合物也就越稳定。

分子对接的原理,方法及应用

分子对接的原理，方法及应用 （PPT里弄一些分子对接的照片，照片素材文件里有） 分子对接 是将已知三维结构数据库中的分子逐一放在靶标分子的活性位点处。通过不断优化受体化合物的位置、构象、分子内部可旋转键的二面角和受体的氨基酸残基侧链和骨架，寻找受体小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象，并预测其结合模式、亲和力和通过打分函数挑选出接近天然构象的与受体亲和力最佳的配体的一种理论模拟分子间作用的方法。 通过研究配体小分子和受体生物大分子的相互作用，预测其亲和力，实现基于结构的药物设计的一种重要方法。 原理： 按照受体与配体的形状互补，性质互补原则，对于相关的受体按其三维结构在小分子数据库直接搜索可能的配体，并将它放置在受体的活性位点处，寻找其合理的放置取向和构象，使得配体与受体形状互补，性质互补为最佳匹配 （配体与受体结合时，彼此存在静电相互作用，氢键相互作用，范德华相互作用和疏水相互作用，配体与受体结合必须满足互相匹配原则，即配体与受体几何形状互补匹配，静电相互作用互补匹配，氢键相互作用互补匹配，疏水相互作用互补匹配） 目的： 找到底物分子和受体分子的最佳结合位置 问题： 如何找到最佳的结合位置以及如何评价对接分子之间的结合强度 方法： 1、首先建立大量化合物的三维结构数据库 2、将库中的分子逐一与靶分子进行“对接” 3、通过不断优化小分子化合物的位置以及分子内部柔性键的二面角，寻找小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象，计算其相互作用及结合能 4、在库中所有分子均完成了对接计算之后，即可从中找出与靶标分子结合的最佳分子 应用： 1）直接揭示药物分子和靶点之间的相互作用方式 2）预测小分子与靶点蛋白结合时的构象 3）基于分子对接方法对化合物数据库进行虚拟筛选，用于先导化合物的发现

2016年CLSI-M100S主要更新内容解读

2016年CLSI M100S（第26版）主要更新内容解读 张雅薇? ? 王辉（通讯作者） 北京大学人民医院检验科 此文发表在《中华检验医学杂志》 2016年3月第39卷第3期，165-169建立和完善病原菌鉴定和体外药敏试验的标准化操作规程，是加强微生物室能力建设的基本要求之一。其对优化临床药物选择、减缓耐药菌的产生具有重要意义。CLSI 制定的药敏试验标准是我国实验室遵循的指导性文件。作为CLSI批准的药敏试验标准（包括M02-A12、M07-A10和M11-A8）的补充文件，2016年M100-S26正式更名为M100S（第26版）。本文将重点解读CLSI M100S（第26版）文件[1]中的主要更新内容，以供临床实验室参考。 一、常规试验及报告药物的更新 CLSI M100S（第26版）文件新增了多种目前新上市的新药如ceftolozane-他唑巴坦、奥利万星、泰地唑胺和特拉万星作为临床选择性报告的药物，并修订了几种抗菌药物的临床药敏报告组别，见表1。

注：a A组：常规测试并报告的药物。b B组：常规测试，但选择性报告的药物。c C组：补充性抗菌药物，选择性地报告。d U组：仅用于泌尿道感染的抗菌药物。e O组：其他药物，是指对微生物有作用，但在美国不常规要求测试的药物。f其他非肠杆菌科：包括假单胞菌属和其他非苛养、非发酵糖革兰阴性杆菌（除外铜绿假单胞菌、不动杆菌属、洋葱伯克霍尔德菌和嗜麦芽窄食单胞菌）。 二、药敏折点的相关更新 2016年CLSI M100S（第26版）文件修订了头孢唑林对肠杆菌科的纸片法和MIC折点，并建议将头孢唑林药敏结果用于预测口服头孢菌素的药敏。当头孢唑林用于治疗由大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌引起的非复杂性尿路感染时，建议使用新修订的折点，见表2，

分子对接简要介绍

分子对接简介 分子对接(molecular docking)是通过研究小分子配体与受体生物大分子相互作用，预测其结合模式和亲和力进而实现基于结构的药物设计的一种重要的方法。其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。 分子对接的基本原理 分子对接的最初思想起源于Fisher E提出的“锁和钥匙模型”，即受体与配体的相互识别首要条件是空间结构的匹配。 分子对接锁和钥匙模型 分子对接方法的两大课题是分子之间的空间识别和能量识别。空间匹配是分子间发生相互作用的基础，能量匹配是分子间保持稳定结合的基础。对于空间匹配的计算，通常采用格点计算、片断生长等方法，能量计算则使用模拟退火、遗传算法等方法。各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类： 刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。比较有代表性的是Wodak和Janin研发的分子对接算法和Jiang等发展的软对接(soft dock)方法。 半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子构像发生一定程度的变化，但通常会固定大分子的构像，另外小分子构像的调整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非关键部位的键长、键角等，半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力，是应用比较广泛的对接方法之一。由于小分子相对较小，因此在一定程度考察柔性的基础上，仍可以保持很高的计算效率，在药物设计中，特别是在基于分子对接的数据库搜索中，多采用半柔性分子方

分子对接步骤(详细)

软件安装： 将D软件中pymol-1.5.0.3.win32-py2.7文件夹中的文件按序号安装，安装3_mgltools_win32_1.5.6_Setup.exe文件时如出错，则直接点开U盘中的mgltools_win32_1.5.6_Setup.exe安装，一直安装到5. 安装后将pymol27 解压后复制到C盘将原有的pymol27文件替换 新建一个文件夹存储要做分子对接的“E盘科研，实验方法，分子对接饶燊强，P2X4 and 青藤碱”这个不行,因为文件名要在英文输入状态，不能有空格，不能有中文，而且要区分大小写E/dock/P2X4_s inomenine 在C盘打开Program files （x86），打开The Scripps Research Institute文件夹，打开Autodock，打开4.2.6 将autogrid4.exe，autodock4.exe和The Scripps Research Institute文件夹中Vina中的vina.exe这三个文件同时复制到新建的存储文件夹中“E盘科研，实验方法，分子对接饶燊强，P2X4 and 青藤碱” 1 用pymol打开E/dock/P2X4_sinomenine中的P2X4.pdb文件 Display sequence 找到ATP和其他天然配体分子（绿色的）

去水加氢后直接将4DW1.pdb命名为P2X4.pdb 保存为P2X4.pdb 2打开软件autodock tools ,打开受体文件处理过的文件P2X4.pdb 受体

计算吉布斯能：菜单栏Edit ——Charges ——Compute Gasteiger 转换文件格式：ADT4.2 菜单Grid——Macromolecule——Choose——P2X4 选择p2x4 后，弹出一个提醒框 点击确认，跳出一个文件保存框，把文件保存到工作文件夹（注意：在这里在命名后加上”.pdbqt”）就是P2X4.pdbqt 配体

【指南与规范】2016年CLSI M100S(第26版)主要更新内容解读

一、常规试验及报告药物的更新 CLSI M100S（第26版）文件新增了多种目前新上市的新药如ceftolozane-他唑巴坦、奥利万星、泰地唑胺和特拉万星作为临床选择性报告的药物，并修订了几种抗菌药物的临床药敏报告组别，见表1。 注：a A组：常规测试并报告的药物。b B组：常规测试，但选择性报告的药物。c C组：补充性抗菌药物，选择性地报告。d U组：仅用于泌尿道感染的抗菌药物。e O组：其他药物，是指对微生物有作用，但在美国不常规要求测试的药物。f其他非肠杆菌科：包括假单胞菌属和其他非苛养、非发酵糖革兰阴性杆菌（除外铜绿假单胞菌、不动杆菌属、洋葱伯克霍尔德菌和嗜麦芽窄食单胞菌）。 二、药敏折点的相关更新 2016年CLSI M100S（第26版）文件修订了头孢唑林对肠杆菌科的纸片法和MIC折点，并建议将头孢唑林药敏结果用于预测口服头孢菌素的药敏。当头孢唑林用于治疗由大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌引起的非复杂性尿路感染时，建议使用新修订的折点，见表2，折点建立基于的给药方案为

1g每12h；除非复杂性尿路感染外，当患者为其他感染时，仍沿用M100-S25中头孢唑林对肠杆菌科的折点。 新版标准删除了下列药物对各菌种的折点：替卡西林和头孢噻吩对肠杆菌科的折点；替卡西林对铜绿假单胞菌；替卡西林和美洛西林对不动杆菌属；美洛西林、替卡西林和氨苄西林对其他非肠杆菌科（包括假单胞菌属和其他非苛养、非发酵糖革兰阴性杆菌，除外铜绿假单胞菌、不动杆菌属、洋葱伯克霍尔德菌和嗜麦芽窄食单胞菌）的折点。同时也删除了美洛西林和替卡西林对厌氧菌的折点。

三、常规药敏试验、补充药敏试验、初筛试验、替代药物检测法和等效药物检测法鉴定抗菌药物的敏感和耐药 M100S（第26版）增加了常规药敏试验、补充药敏试验、初筛试验、替代药物检测法和等效药物检测法的说明，见表3～7。 1.常规药敏试验：用于临床常规检测的纸片扩散法、肉汤或琼脂稀释法。 2.补充（非常规）药敏试验：通过常规纸片扩散法、肉汤或琼脂稀释法以外的方法检测某种或某类药物的敏感性或耐药性，且该方法无需额外试验确证药物的敏感性或耐药性。 3.初筛药敏试验：结果用于预测，需要额外的试验确证药物的敏感性或耐药性。 4.替代药物检测法：当目标抗菌药物的药敏无法检测或替代药物的药敏操作优于目标抗菌药物时，该药物可替代目标抗菌药物进行药敏试验。 5.等效药物检测法：可预测与其密切相关的同类药物的药敏结果，并通过减少多种密切相关药物的药敏检测数量以提高检测效率。

2016年CLSI-M100S(第26版)主要更新内容解读

2016年CLSI-M100S(第26版)主要更新内容解读

2016年CLSI M100S（第26版）主要更新内容解读 张雅薇王辉（通讯作者） 北京大学人民医院检验科 此文发表在《中华检验医学杂志》 2016年3月第39卷第3期，165-169建立和完善病原菌鉴定和体外药敏试验的标准化操作规程，是加强微生物室能力建设的基本要求之一。其对优化临床药物选择、减缓耐药菌的产生具有重要意义。CLSI制定的药敏试验标准是我国实验室遵循的指导性文件。作为CLSI 批准的药敏试验标准（包括M02-A12、M07-A10和M11-A8）的补充文件，2016 年M100-S26正式更名为M100S（第26版）。本文将重点解读CLSI M100S（第26版）文件[1]中的主要更新内容，以供临床实验室参考。 一、常规试验及报告药物的更新 CLSI M100S（第26版）文件新增了多种目前新上市的新药如ceftolozane-他唑巴坦、奥利万星、泰地唑胺和特拉万星作为临床选择性报告的药物，并修订了几种抗菌药物的临床药敏报告组别，见表1。

注：a A组：常规测试并报告的药物。b B组：常规测试，但选择性报告的药物。c C组：补充性抗菌药物，选择性地报告。d U组：仅用于泌尿道感染的抗菌药物。e O组：其他药物，是指对微生物有作用，但在美国不常规要求测试的药物。f其他非肠杆菌科：包括假单胞菌属和其他非苛养、非发酵糖革兰阴性杆菌（除外铜绿假单胞菌、不动杆菌属、洋葱伯克霍尔德菌和嗜麦芽窄 食单胞菌）。 二、药敏折点的相关更新 2016年CLSI M100S（第26版）文件修订了头孢唑林对肠杆菌科的纸片法和MIC折点，并建议将头孢唑林药敏结果用于预测口服头孢菌素的药敏。当头孢唑林用于治疗由大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌引起的非复杂性尿路感染时，建议使用新修订的折点，见表2，

分子对接

网址：https://www.sodocs.net/doc/6216036634.html,/s/blog_602a741d0100lw4g.html 分子对接 分类：AUTODOCK 标签： 杂谈 一：概述 分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程，在药物设计中有十分重要的意义。药物分子在产生药效的过程中，需要与靶酶相互结合，这就要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象特别是底物构象在形成复合物过程的变化是确定药物作用机制，设计新药的基础。 分子对接计算把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来评价药物和受体相互作用的好坏，并找出两个分子之间最佳的结合模式。由于分子对接考虑了受体结构的信息以及受体和药物分子之间的相互作用信息，因此从原理上讲，它比仅仅从配体结构出发的药物设计方法更加合理。同时，分子对接筛选的化合物库往往采用的是商用数据库，比如可用化合物数据库（ACD）、剑桥晶体结构数据库（CSD）、世界药物索引（WDL）、药用化合物数据库（CMC）以及可用化合物搜索数据库（ACDSC）等等，因此筛选出来的化合物都为已知化合物，而且相当大一部份可以通过购买得到，这为科研提供了很大的方便，近年来，随着计算机技术的发展、靶酶晶体结构的快速增长以及商用小分子数据库的不断更新，分子对接在药物设计中取得了巨大成功，已经成为基于结构药物分子设计中最为重要的方法。 分子对接的最初思想源自于“锁和钥匙”的模型，即“一把钥匙开一把锁”。不过分子对接， 也就是药物分子和靶酶分子间的识别要比“钥匙和锁”的模型要复杂的多，首先表现在药物分子和靶酶分子是柔性的，这样就要求在对接过程中要相互适应以达到最佳匹配；再者，分 子对接不仅要满足空间形状的匹配，还要满足能量的匹配，底物分子与靶酶分子能否结合 以及结合的强度最终是由形成此复合物过程的结合自由能的变化值决定。互补性和预组织是

DOCK进行分子对接的步骤

用DOCK做分子对接计算的基本步骤 一、受体文件和配体文件的准备 需要用到Chimera软件（下载网址https://www.sodocs.net/doc/6216036634.html,/chimera）。1.受体的准备： 用Chimera打开受体文件，没去除配体和水的要先去除配体和水（在Select 选单中选择相应结构直接删掉即可）。然后，选择Tools ->Structure Editi ng ->Dock Prep，对受体分子进行处理，如下图。 如果受体文件参数不全，则不能使用Dock Prep模块，这时需手动选择Struc ture Editing中的AddH和Add Charge对分子进行处理，并保存为mol2格式文件。 之后，删除受体文件中所有的氢，并将重原子保存为pdb文件。 2.配体的准备： 手动给配体加H，加电子，并将配体保存为mol2文件。 二、生成负模 1.生成靶蛋白的分子表面： 需要用到dms程序，命令：“dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms”，参数如下： -a #使用所有原子，而非仅仅是氨基酸的原子 -d #改变点的密度 -g #输出到文件 -i #只计算指定原子所构成的表面 -n #计算表面点的垂直面 -w #改变探针半径 -v #详细输出 -o #指定输出文件名称 (必须的) 2. 生成负模 可以使用DOCK中附带的sphgen程序去生成对接需要的球形负模（需要一个I

NSPH文件，DOCK中的Demo里有吧，复制过来就OK），输入命令sphgen就可以了，得到rec.sph。 3.选择一簇负模进行对接计算 运行命令“showsphere < sphgen_cluster.in”将sph文件转换成pdb文件。其输入文件的参数如下： rec.sph #负模聚类文件 1 #选择处理哪个簇 (<=0 为所有簇) N #以PDB文件的形式来生成表面 selected_cluster.pdb #输出文件的名 这是最一般的方法，选择的是最大的负模簇，也可以指定某处附近的簇，方法略。 三、生成栅格 1. 在活性位点周围生成一个盒子 输入命令：“showbox < box.in”，box.in文件也可以不写，程序会以问答方式进行。 2. 生成栅格 运行命令：“nohup grid -i grid.in -o grid.out>grid.log&”，运行这一步能够大大节省对接计算时间。我的grid.in文件在这里：UploadFiles/200 6-11/1120179826.rar Grid的参数以后再解释，不写在这里了。 四、刚性对接和柔性对接 刚性对接与柔性对接的不同只在于选择参数的不同，就不分开写了。命令都一样：“nohu p dock5 -i dock.in -o dock.out>dock.log&”，写不同的dock. in文件就行了。 我的刚性对接的dock.in文件：UploadFiles/2006-11/1120460197.rar；柔性

clsi 2015 b.天然耐药中文版

警告：在菌株为沙门菌属和志贺菌属时。氨基糖甙类，一代和二代头孢菌素类在体外可能显示活性，但临床无效，不应报告敏感。 * 变形杆菌属、普罗威登斯菌属和摩氏摩根菌属可能通过产生碳青霉烯升高除亚胺培南外的最小抑菌浓度，菌株敏感试验应报告为敏感。 ?雷氏普罗威登斯菌应考虑庆大霉素，奈替米星和妥布霉素耐药，但不应考虑阿米卡星天然耐药。

注1：肠杆菌属对三代头孢菌素，头孢吡肟，氨曲南，替卡西林-克拉维酸，哌拉西林-他唑巴坦和碳烯青霉素不存在天然耐药，所以未列出。 注2：肠杆菌属同时也对克林霉素，达托霉素，夫西地酸，糖肽类（万古霉素、替考拉宁），利奈唑胺，大环内酯类（红霉素、克拉霉素、阿奇霉素），奎奴普丁-达福普汀，利福平天然耐药。但是有些大环内酯类例外（如大环内酯类对沙门氏菌和志贺氏菌）。 * 鲍曼/醋酸钙不动杆菌复合体可能对氨苄西林舒巴坦敏感。 ?嗜麦芽窄食单胞菌对四环素类天然耐药，但是对强力霉素、米诺环素、替加环素不耐药。 注：非发酵革兰氏阴性菌也对青霉素类（如：青霉素），一代头孢菌素（头孢噻吩，头孢唑啉），二代头孢菌素（头孢呋辛），头孢霉素类（头孢西丁、头孢替坦），克林霉素，达托霉素，夫西地酸，糖肽类（万古霉素、替考拉宁），利奈唑胺，大环内酯类（红霉素、阿奇霉素、克拉霉素），奎奴普汀-达福普汀，利福平天然耐药。

注1：革兰阳性菌对氨曲南、多粘菌素B/粘菌素E和萘啶酸天然耐药。 注2：苯唑西林耐药的金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性的葡萄球菌（耐甲氧西林葡萄球菌[MRS]），同时对其他β-内酰胺类类耐药，如：青霉素类，β-内酰胺类/β-内酰酶抑制剂复合物，头孢霉素类（除具有抗MRSA活性的头孢菌素类）和碳青霉烯类。大多数病例证明β-内酰胺类治疗MRSA效果较差，目前没有可信度高的临床资料出现。

分子对接

分子对接技术简介 胡远东 1. Docking small molecules with LibDock tutorial 目的：给一组配体分子和蛋白活性部位，探索使用LibDock进行对接和分析 所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client, DS LibDock, 和DS Catalyst Conformation. 所需数据文件：pdb1kim_protH.msv和TK_xray_ligs.sd. 所需时间：20分钟 介绍 本教程中，一组配体分子将被对接到胸苷激酶（thymidine kinase）中，本教程包括： ?准备分子对接体系，执行分子对接计算 ?分析配体对接姿态 准备分子对接体系，执行分子对接计算 1.定义受体分子To define the protein as the receptor 在文件浏览器中找到数据文件pdb1kim_protH.msv，鼠标双击，该蛋白将在一个新的三维窗口中出现。在系统视图中，展开，点击1kim_proth选择它。然后在工具浏览器中从下拉列表中选择Receptor-Ligand Interactions，打开Receptor-Ligand Interactions工具面板，在Binding Site工具面板下的Definition工具组中点击“Define Selected Molecule as Receptor”将前面选择的蛋白分子1kim定义为受体分子供下一步使用。 2.发现受体中可能的结合部位 在Binding Site工具面板中点击Find Sites from Receptor Cavities发现受体中可能的结合部位。 在系统视图中展开1kim_proth，可以看到识别出9个可能的结合位点，最大的可能的结合位点被展示在图形视图中。 注：使用Display工具组中的Next Site和Previous Site观看其它结合位点 图受体活性位点示意图

微生物CLSI更新摘要

CLSI 主要更新摘要 葡萄球菌 苯唑西林: 1、删除苯唑西林对凝固酶阴性葡萄球菌纸片扩散法折点 对凝固酶阴性葡萄球菌头孢西丁与苯唑西林纸片试验之间敏感性相同，但特异性高于苯唑西林 2、检测mecA介导的耐药试验： 头孢西丁纸片扩散法或MIC法试验结果可用于预报金黄色葡萄球菌和路登葡萄球菌分离株是否存在mecA介导的苯唑西林耐药性。对于凝固酶阴性葡萄球菌（路登葡萄球菌除外），检测mecA介导的苯唑西林耐药性，首选方法是头孢西丁纸片扩散法。头孢西丁可被用于检测苯唑西林耐药性替代品；根据头孢西丁结果来报告其敏感或耐药 青霉素： 当葡萄球菌分离株对青霉素MICs≤0.12或抑菌环直径≥29mm，在报告青霉素结果为敏感前，应进行诱导β-内酰胺酶试验，β-内酰胺酶试验阳性表明对青霉素、氨苄西林、阿莫西林、羧苄西林、替卡西林、美洛西林和哌拉西林耐药。 对苯唑西林耐药葡萄球菌，报告青霉素耐药或不报告。 万古霉素： 1、删除万古霉素对葡萄球菌纸片扩散法的折点 2、测定所有葡萄球菌分离株对万古霉素敏感性执行MIC试验。纸片扩散试验既不能将万古霉素敏感金黄色葡萄球菌与中介菌株区别开来，也不能区别万古霉素敏感、中介和药敏凝固酶阴性葡萄球菌 3、万古霉素纸片试验可检测VRSA（含VanA耐药基因）。上述菌株纸片周围表现无抑菌环（直径=6mm），应重复确定鉴定结果。凡万古霉素抑菌环直径≥7mm葡萄球菌分离株，应测定万古霉素MIC 替考拉宁： 在最近研究期间，替考拉宁制片扩散法折点值没有与万古霉素一起被重新评估。因此，替考拉宁折点值区分替考拉宁中介、耐药与敏感葡萄球菌的能力还未知 肠杆菌科 头霉素类： 在B组中增加头孢替坦 喹诺酮、氟喹诺酮类： 删除有关粪便中沙门菌或志贺菌分离株报告“喹诺酮”的建议，保留“氟喹诺酮” 碳青霉烯类： 改良Hodge试验测试肠杆菌科细菌产碳青霉烯酶注释： 对于三代头孢菌素耐药的肠杆菌科细菌可能产碳青霉烯酶，导致对于碳青霉烯类抗生素MIC 值的升高，或抑菌环直径的降低。但其MIC值或抑菌环直径仍可落在敏感范围内，需要根据MIC值或抑菌环直径判断是否需要使用改良Hodge试验作为筛选试验。 肉汤微量稀释法测定结果：亚胺培南2-4μg/ml，美罗培南2-4μg/ml，厄他培南2μg/ml 纸片扩散法测定结果：美罗培南16-21mm，厄他培南19-21mm 当筛选试验结果在以上范围时，应进行改良Hodge试验作为确证试验，该方法检测肠杆菌科细菌产碳青霉烯酶的敏感性和特异性大于90%

AutoDock-分子对接步骤

Discovery studio: File -> New -> molecule window : 出现如下窗口，将所要处理的分子*.sdf文件拖入，Chemistry -> hydrogens -> dele 去掉所有氢，选中质子化的氮原子 选中质子化的氮原子，Chemistry -> charge:+1. Chemistry -> hydrogens -> add.（加上所有氢，包括质子化的氢原子） Pdbqt格式准备（pymol）： 4M48-DA T.pdb用pymol读入：点右下方S键, 在左上方显示序列，选中21B，右侧显示有sele后，file -> save molecular: sele - OK -重命名ligand.pdb File -> open -> Duloxetine_3d.sdf Save > molecular : Duloxetine-3d.pdb 受体准备： 1. Pymol软件：pymol打开两个蛋白分子的pdb格式，将SERT-model叠合到4M48-DA T上，保存叠合后的SERT-model.pdb。（此步骤是重新定义SERT-model的坐标） 2.AutoDockTools: file -> ReadMolecule: SERT-moldel-align.pdb Edit -> Hydrogens : polar Only -> Ok Grid -> Macromolecule -> choose : SERT-moldel-align. 保存为:SERT-moldel-align.pdbqt 配体准备： Ligand -> input -> open : (*.pdb) ligand.pdb | Duloxetine-3d.pdb Ligand -> Output -> Save as PDBQT: 保存为*.PDBQT文件。 找活性位点，计算格点： Grid -> Macromolecule -> open : SERT_model_align.pdbqt 弹出对话框：NO、确定、确定Ligand -> input -> open ：ligand.pdbqt 弹出对话框：确定 Grid -> set map types -> choose ligand : ligand Grid -> GridBox -> center -> center on ligand : 存图片或output grid dimensions file | close

2015年CLSI药敏试验标准引入Carba NP试验

2015年CLSI药敏试验标准引入Carba NP试验 检测碳青霉烯酶 我国微生物实验室药敏试验均遵循美国临床与实验室标准化协会（Clinical and Laboratory Standards Institute，CLSI）制定的药敏试验标准。CLSI2015年药敏标准（M100-S25）的最大改变之处在于引入Carba NP试验和流行病学cut off值的概念。本文将重点推介Carba NP试验，以供实验室参考。 Carba NP确证试验是一种肠杆菌科、铜绿假单胞菌和不动菌属细菌中碳青霉烯酶的表型检测方法。该试验采用比色法，目前主要用于流行病学研究或感染控制，尚不推荐作为临床常规使用。研究表明，Carba NP试验在检测KPC、NDM、VIM、IMP、SPM和SME型碳青霉烯酶方面具有较好的敏感性（>90%）和特异性（>90%）。 1. Carba NP试验试剂配制说明（表1）。 表1. Carba NP试验试剂的配制 名称配制过程储存 10 mM七水硫酸锌溶液1)称量1.4g ZnSO4×7H2O1年或不超过各成分保质期 2)加入500ml试剂级纯水 3)混合，室温保存 0.5%酚红溶液1)称量1.25g粉红粉末1年或不超过各成分保质期 2)加入250ml试剂级纯水 3) 混合，室温保存 4)使用前混匀 0.1 N氢氧化钠溶液1)将20ml 1N NaOH加入180ml试剂级 纯水中 1年或不超过各成分保质期2) 室温保存 Carba NP试剂A 溶液1)取25-50ml烧杯，将2ml 0.5%酚红 溶液加入到16.6ml试剂级纯水中 2周或不超过各成分保质期 （溶液应为红色或橙色，其 他颜色均不可使用） 2)加入180ml 10mM硫酸锌溶液 3)使用0.1N NaOH溶液（或10% HCl） 调整pH值为7.8±0.1 4)4-8℃小瓶保存，避免长时间光照 Carba NP试剂B 溶液（A液+6mg/ml 亚胺培南）1)计算B液的需要量，需考虑每株待 测菌100ml/管、质控菌株和未经处理 的试剂质控。如检测两株待测菌，阳 性和阴性对照、未经处理的试剂质控， 共需500ml B液。 最多3天（4-8℃） 2)称量约10-20mg亚胺培南粉末。建 议至少称量10mg粉末。将实际称重量 除以6，以计算所需加入的A液量。 2.Carba NP试验的结果解读（图1）