系统发育树构建方法优劣

1．邻接法邻接法(neighbor-joiningmethod，NJ)由Saitou和Nei(1987)提出，NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它不检验所有可能的拓扑结构，能同时给出拓扑结构和分支长度。在重建系统发生树时，它取消了UPGMA法所做的假定，认为在进化分支上，发生趋异的次数可以不同。最近的计算机模拟已表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方法之一。该方法通过确定距离最近(或相邻)的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。它的特点是重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得一棵树。其缺点主要表现在将序列上的所有位点等同对待，且所分析序列的进化距离不能太大。故NJ法适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。邻接法在距离建树中经常会用到，而不用理会使用什么样的优化标准。完全解析出的进化树是通过对完全没有解析出的“星型”进化树进行“分解”得到的，分解的步骤是连续不断地在最接近(实际上是最孤立的)的序列对中插入树枝，而保留进化树的终端。于是，最接近的序列对被巩固了，而“星型”进化树被改善了，这个过程将不断重复。这个方法相对而言很快，也就是说，对于一个50个序列的进化树，只需要若干秒甚至更少。

2．最大简约法最大简约法(maximum parsimony method，MP)最早是基于形态特征分类的需要发展起来的，具体的算法有许多不同版本，其中有些已被广泛地应用于分子进化研究中。利用MP方法重建系统发生树，实际上是一个对给定OTUs其所有可能的树进行比较的过程。对某一个可能的树，首先对每个位点祖先序列的核苷酸组成做出推断，然后统计每个位点用来阐明差异的核苷酸最小替换数目。在整个树中，所有信息简约位点最小核苷酸替换数的总和称为树的长度(常青和周开亚，1998)。MP法是一种优化标准，这种标准遵循“奥卡姆剃刀原则(Occam’S Razor principle)”：对数据最好的解释也是最简单的，而最简单的所需要的特别假定也最少。MP法基于进化过程中所需核苷酸(或氨基酸)替代数目最少的假说，对所有可能正确的拓扑结构进行计算并挑选出所需替代数最小的拓扑结构作为最优系统树，也就是通过比较所有可能树，选择其中长度最小的树作为最终的系统发生树，即最大简约树(maximum parsimony tree)。与其他建树方法相比，MP法无需引入处理核苷酸或者氨基酸替代时所必需的假设(替代模型)。同时，MP法对于分析某些特殊的分子数据(如插入序列和插入／缺失)有用。在分析的序列位点上没有回复突变或平行突变，且被检验的序列位点数很大的时候，MP法能够获得正确的(真实)系统树。但MP法推导的树不是唯一的，在分析序列上存在较多的回复突变或平行突变，而被检验的序列位点数又比较少的时候，最大简约法可能会出现建树错误。故MP法适用于序列残基差别小，具有近似变异率，包含信息位点比较多的长序列。

3．最大似然法最大似然法(maximum likelihood method，MI。)是20世纪60年代末期由于对地生物信息学分析实践震波和水声信号等处理的需要而发展起来的一种非线性谱估计方法。最早由凯佩用这种方法对空间阵列接收信号进行频率波数谱估值，后来推广到对时问信号序列的功率谱估值。

最大似然法最早应用于系统发育分析是在对基因频率数据的分析上。其原理是考虑到每个位点出现残基的似然值，将每个位置所有可能出现的残基替换概率进行累加，产生特定位点的似然值。MI。法对所有可能的系统发育树都计算似然函数，似然函数值最大的那棵树即为最可能的系统发育树。利用最大似然法来推断一组序列的系统发生树，需首先确定序列进化的模型，如Jukes—Cantor模型、Kimura二参数模型及一般二参数模型等。在进化模型选择合理的情况下，MI。法是与进化事实吻合最好的建树算法。其缺点是计算强度非常大，极为耗时。

4．贝叶斯法

贝叶斯法(Bayesianmethod，BI)是近年来发展起来的一种新的利用贝叶斯演绎法预测种系发生史的系统进化分析方法，它既保留了最大似然法的基本原理，又引进了马尔科夫链的蒙特卡洛方法(markovchainmontecarloprocess)，来模拟演化树的较晚期可能性分布，并使计算时间大大缩短。贝叶斯法根据多种分子进化模型，利用马尔科夫链的蒙特卡洛方法产生所有参数的后验概率(posteriorprobability)估计值，这些参数包括拓扑结构、分支长度和替代模型各参数的估计。该方法不仅可以对模型的参数进行直接量化，而且可以分析很大的数据集，因其以后验概率来表示各分支的可信性而不需用自引导法(bootstrap)进行检验(徐广等，2003)。Huelsenbeck等(2001)认为贝叶斯法的优点在于：推导系统树、评估系统树的不确定性、检测选择作用、比较系统树、参考化石记录计算分歧时间和检测分子钟。贝叶斯法得到的系统进化树不需要利用自引导法进行检验，其后验概率直观地反映了系统进化树的可信程度，是一种系统进化分析的好方法，它既能根据分子进化的现有理论和各种模型用概率重建系统进化关系，又克服了最大似然法计算速度慢、不适用于大数据集样本的缺陷。贝叶斯法可以选择适当的模型来拟合数据，它和最大似然法相似，都是选定一个进化模型，然后通过程序搜索模型和序列数据一致的最优系统树。但二者基本的不同在于，最大似然法是以观察数据的最大概率来拟合系统树，贝叶斯法是通过系统树对数据及进化模型的最大拟合概率而得到系统树；最大似然法给出的是数据的概率，而贝叶斯法给出的是模型的概率；最大似然法搜索单一的最相似系统树，贝叶斯法得到的是具有大致相等似然的系统树集合。另外，通过贝叶斯法分析得到的结果很容易解释，系统树分支上的数值就表明了该分支的概率，而且通过贝叶斯法，我们可以利用复杂的碱基替代模型快速而有效地分析大的数据(徐广等，2003)。

5．常用构树方法的比较甄选从上述我们可以了解到，重建系统发生树的方法有很多，也各有优缺点。因此在实际操作中，往往需要根据自己的研究需要联合使用不同的构树方法以获得最佳分析结果。比较以上几种主要的构树方法，一般情况下，若有合适的分子进化模型可供选择，用最大似然法构树获得的结果较好；对于近缘物种序列，通常情况下使用最大简约法；而对于远缘物种序列，一般使用邻接法或最大似然法。对于相似度很低的序列，邻接法往往出现I．BA(10ng—branchattraction，长枝吸引)现象，有时严重干扰进化树的构建。对于各种方法重建进化树的准确性，Hall(2005)认为贝叶斯法最好，其次是最大似然法，然后是最大简约法。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。邻接法和最大似然法是需要选择模型的。蛋白质序列和DNA序列的模型选择是不同的。蛋白质序列的构树模型一般选择Poissoncorrection(泊松修正)，而核酸序列的构树模型一般选择Kimura2-parameter(Kimura一2参数)。如果对各种模型的理解并不深入，最好不要使用其他复杂的模型。参数的设置推荐使用缺省的参数。在重建进化树过程中，均需选择bootstrap进行树的检验。一般bootstrap的值>70，则认为重建的进化树较为可靠。如果bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误，进化树是不可靠的。因此，一般推荐用两种以上不同的方法构建进化树，如果所得到的进化树类似，且bootstrap值总体较高，则得到的结果较为可靠。通常情况下，只要选择了合适的方法和模型，构出的树均是有意义的，研究者可根据自己研究的需要选择最佳的树进行分析。

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系统发育树构建步骤

如何建树 step 1. 将16S rDNA序列在NCBI上进行BLAST比对(https://www.sodocs.net/doc/6f7977915.html,/BLAST/) BLAST是目前常用的数据库搜索程序，它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，意为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990 [62];1997[63])。国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段，并作为内核向两端延伸，以找出尽可能长的相似序列片段。首先登录到提供BLAST服务的常用网站，比如国内的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。这些网站提供的BLAST服务在界面上差不多，但所用的程序有所差异。它们都有一个大的文本框，用于粘贴需要搜索的序列。把序列以FASTA格式(即第一行为说明行，以“>”符号开始，后面是序列的名称、说明等，其中“>”是必需的，名称及说明等可以是任意形式，换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框，选择合适的BLAST程序和数据库，就可以开始搜索了。如果是DNA序列，一般选择BLASTN搜索DNA数据库。这里以NCBI为例。登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!-点击Format-得到result of BLAST。BLASTN结果如何分析(参数意义)： 例如： >gi|28171832|gb|AY155203.1| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, complete sequence Score = 2020 bits (1019), Expect = 0.0 Identities = 1382/1497 (92%), Gaps = 8/1497 (0%) Strand = Plus / Plus Query: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggtaaggcccttc--ggggt 58 Query: 61 actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc 120 || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| Sbjct: 59 acacgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtgatctgcctcgtactctgggataagc 118 其中，Score指的是提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似。Expect指的是比对的期望值。比对越好，expect越小，一般在核酸层次的比对，expect小于1e-10，就比对很好了，多数情况下为0。Identities指的是提交的序列和参比序列的相似性，如上所指为1497个核苷酸中二者有1382个相同。Gaps指的是一般翻译成空位，指的是对不上的碱基数目。Strand指的是链的方向，Plus / Minus意味着提交的序列和参比序列是反向互补的，如果是Plus / Plus则二者皆为正向。 挑选与目的菌株具有较近亲源关系的模式种（type strain）序列将这些序列用记事本保存成dna.seq文件。 >M.mulatta AAGCTTTTCT GGCGCAACCA TCCTCATGAT >M.fascicularis AAGCTTCTCC GGCGCAACCA CCCTTA TAA T step 2. 用CLUSTALX对已知DNA序列做多序列比对 1 双击clustalx.exe运行程序。 2 点File→Load Sequence，打开dna.seq。

树的成长-企业文化

树的成长-浅议监狱企业文化建设 近几年，随着监狱企业的发展，企业文化建设被越来越多的监狱企业列入中长期发展规划。这种情况的产生，不是因为监狱企业跟风附势，而是企业在自身发展中有了需求。回顾监狱企业的发展，大部分经历了三个阶段：创业阶段，探寻发展之路，确定发展方向；膨胀阶段，提升劳动率，快速发展壮大；升华阶段，形成高效、科学、规范的管理体系，企业凝聚力、执行力、竞争力得到增强。目前我省监狱企业基本都发展到了第三阶段，在这个阶段，企业不断开展多种尝试，努力推动企业向社会化、国际化转型，企业文化建设正是在这一阶段应声而出，帮助企业完成最终蜕变，实现升华。 要建设企业文化，就要对企业文化有所了解，不同行业、不同社会环境形成不同的企业文化，不同的人对企业文化也有不同的解读，我认为，企业文化是企业全体员工为实现共同目标而表现出来的精神面貌、价值观、行为态度和人际关系的总和，是对理想信念的孕育发展而产生的连锁反应的长久积淀。企业文化建设就像种树，必须从根上下功夫，先播种种子然后浇水施肥，一步一步培育起来。目前很多企业对于企业文化建设认识不清，认为搞搞宣传、喊喊口号就能形成企业文化，把企业文化做在表面。其实，宣传和口号都是浇水施肥的工作，在没有种子的前提下，这种活动毫无意义，除了应付检查收不来半点成效。企业文化建设是一个长期的过程，没有效率一说，更没有拿来主义，要形成枝繁叶茂的企业文化体系必须循序渐进： 一、播种种子。 种子是成长的根基，有了种子才能生根发芽，有了种子就有了发展的希望。对于企业来说，种子就是企业的发展目标，或是中远期发展规划。一个明确的目标对于形成有合力的团队，对于促进部门之间的协调配合，对于员工的心理暗示都有非常重要的作用。尤

石榴树的生长过程

石榴树的生长过程标准化管理处编码[BBX968T-XBB8968-NNJ668-MM9N]

石榴树的生长过程 一月，中龄树开始修剪，下旬准备贮藏果运销，供应市场。 二月，春节过后，土壤解冻，石榴根系开始第一次生长高峰，应酌情做好以下工作：一是春季施肥，以氮肥为主，干旱时进行春灌，蓄积营养，增强树势；二是对清园未结束的园块，继续做好清园工作；三是完成中龄树的冬季修剪 三月，气温回升，应注意耕地保墒，防止春旱，继续清园，萌芽前喷施5°be石硫合剂，铲除病源。进行初挂果树的冬季修剪，凡计划果园生草的园地应尽早整地，适时播种白三叶。 四月，根系停止生长，地上萌芽，展叶抽枝，一、二批花芽继续分化，同时第三批花芽分化进入高峰(多形成钟状花)。此时，管理上要尽量节约养分，保证树体正常生长。主要任务是除萌和对强梢摘心。下旬对幼旺树及冬季甩放的强枝适时拉枝，调节树冠整体光照，控制局部旺长，促进首批功能叶面积尽快形成。 五月，树冠叶面积已形成，叶片光合能力日渐增强，花蕾日见明显，中旬始花，下旬大量开花，首批花以叶丛枝及短枝顶花为主，侧花随后开放，树体营养竞争激烈。 大量退化花的开放，对坐果威胁很大。必要时，此期可叶面追肥，用尿素磷酸二氢钾硼肥 600倍多菌灵，晴天上午8—10时喷雾。喷雾时必须均匀周到，雾化水平要高，切忌喷洒。也可试用高美施等有机多元复合肥，切忌大量追施氮肥，特别是幼旺树，以防旺长，诱发落花。中旬用25对硫磷微胶囊剂处理园地，消灭在土中越冬的桃小食心虫，控制后期上树入果为害。 六月，是盛花期，保花保果是中心。必须控制徒长，可用摘心、扭梢、疏枝、拉枝等手法保持树体健壮。影响坐果的关键因素是本月上中旬的连阴雨。若遇阴雨，则6月5日

构建进化树方法比较

【转载】分子进化树构建及数据分析的简介 分子进化树构建及数据分析的简介 mediocrebeing, rodger, lylover[1], klaus, oldfish, yzwpf [1] lylover. Email: lylover_2005@https://www.sodocs.net/doc/6f7977915.html, 一、引言 开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化分析求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：1．涉及基本概念。例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。 2．关于构建进化树的方法的选择。例如，“用boostrap NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请问与上个树比，哪个更好”，等等。 3．关于软件的选择。例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用clustalx做出来的进化树与phylip做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。 4．蛋白家族的分类问题。例如，“搜集所有的关于一个特定domain的序列，共141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。 5．新基因功能的推断。例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树，这个进化树能否说明这个新基因A和B同源，属于同一基因家族”，等等。 6．计算基因分化的年代。例如，“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种之间的进化年代的远近，具体推算出他们之间的分歧时间”，“如何估计病毒进化中变异所需时间”，等等。 7．进化树的编辑。例如生成的进化树图片，如何进行后续的编辑，比如希望在图片上标注某些特定的内容，等等。 由于相关的帖子太多，作者在这里对无法阅读全部的相关内容而致以歉意。同时，作者归纳的这七个问题也并不完全代表所有的提问。对于问题1所涉及到的基本的概念，作者推荐读者可参考由Masatoshi Nei与Sudhir Kumar所撰写的《分子进化与系统发育》（Molecular Evolution and Phylogenetics）一书，以及相关的分子进化方面的最新文献。对于问题7，作者之一lylover一般使用Powerpoint 进行编辑，而Photoshop、Illustrator及Windows自带的画图工具等都可以使用。

分子进化与系统进化树的构建

分子进化与系统进化树的构建 分子进化与系统进化树的构建 分子进化与系统进化树的构建 主要内容： 1、分子进化的研究方法 2、系统进化树的构建方法 3、系统进化树构建常用软件汇集 4、系统进化树构建方法及软件的选择 5、Phylip分子进化分析软件包简介及使用 6、如何利用MEGA3.1构建进化树 声明： 1、本篇涉及的资源主要源于网络及相关书籍，由酷友搜集、分析、整理、审改，供大家学习参考用，如有转载、传播请注明源于基因酷及本篇的工作人员；若本篇侵犯了您的版权或有任何不妥，请Email genecool@https://www.sodocs.net/doc/6f7977915.html,告知。 2、由于我们的学识、经验有限，本篇难免会存在一些错误及缺陷，敬请不吝赐教：请到基因酷论坛（https://www.sodocs.net/doc/6f7977915.html,/bbs）本篇对应的专题跟贴指出或Email genecool@https://www.sodocs.net/doc/6f7977915.html,。 致谢： 整编者：flashhyh 主要参考资料：《生物信息学札记》樊龙江；《分子进化分析与相关软件的应用》作者不详；《进化树构建》ZHAO Yangguo；《如何用MEGA 3.1构建进化树》作者不详；《MEGA3指南》作者不详； 分子进化的研究方法 分子进化的研究方法 分子进化的研究方法 分子进化研究的意义 自20世纪中叶，随着分子生物学的不断发展，进化研究也进入了分子进化(molecularevolution)研究水平，并建立了一套依赖于核酸、蛋白质序列信息的理论和方法。随着基因组测序计划的实施，基因组的巨量信息对若干生物领域重大问题的研究提

供了有力的帮助，分子进化研究再次成为生命科学中最引人注目的领域之一。这些重大问题包括：遗传密码的起源、基因组结构的形成与演化、进化的动力、生物进化等等。分子进化研究目前更多地是集中在分子序列上，但随着越来越多生物基因组的测序完成，从基因组水平上探索进化奥秘，将开创进化研究的新天地。 分子进化研究最根本的目的就是从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。通过核酸、蛋白质序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。 分子进化研究的基础 假设假设：：核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息。。 分子钟理论：在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。如下图： 直系同源与旁系同源 直系同源(orthologs):同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的； 旁系同源(paralogs):同源的基因是由于基因复制产生的。 两者之间的关系如下图所示： 注：用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的 用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。 分子进化研究的基本方法 对于进化研究，主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。 表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath 和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性，而遗传性关系含有祖先的信息，因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间，而表型分枝图则不需要时间概念。文献中，更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径，另外还有系统发育树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称. 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。下图表示了

一棵树的成长历程.

一棵树的成长历程 春风刚刚将冬天最后的痕迹吹散,森林某处一颗泥土里不自在已有一个冬天的种子, 终于有了出去看看的机会了---还是种子的他对外界充满了好奇心.上帝已注定了他要 蜕变,放弃自己那身陈旧结实的外套...... 他用尽整个冬天积累的力量,为的是将头探出那片黑暗的泥层,他那嫩嫩的头如同 新生的婴儿,如同透明的绿宝石,叫人不得不产生怜爱之心. 自从春天里的第一束阳光照在他身上使他全身充满了力量以后,在温暖的阳光下他 就从没有停止过生长......五年后,他已长成一棵小树,拇指大的树干,笔直笔直的.然 而一棵普普通通的小树,同样要接受残酷的竞争,哪里阳光充足,就要尽可能把枝叶往哪 伸,哪里养分肥裕就要尽全力使根长到哪里.一阵风吹过,依然要抖擞一下枝叶.然而在 密集的森林里,高大的树木早已把大部分的阳光尽收千万只手中,留下零星的几束让小树 去争享,他就如同一个充满活力的小乞丐.当然他还算是幸运的,至少不会因缺少阳光而 死掉.所以说,他非常明白阳光的作用.

生长----但生长过程是复杂的,难免会有一些磕磕碰碰,恼人的事.就如脚底下茂密的 青草,风吹不断,火烧不尽,他们只需少许的养料便会生长的很好.能否战胜这些小草是他 生命中的第一难关.他尽力让自己的根札的更深更宽,这样也就不会再担心那些可怜又 可怕的小草,忘记了这些曾使他郁闷了好几个年轮的琐碎烦恼. 为了生长,也为了生存,他不得不把自己的枝叶扩宽---不断的扩宽.就在这时!他碰到 了草藤,而不是挤一挤就会相让的别的树.草藤如同要他命的魔鬼,缠住了他的枝干,一天 比一天缠得紧.开始之时他并不在意---因为他的无知.但随着感觉的加深,树干有了缠痕, 慢慢加深的缠痕开始让他担心,慢慢的,佛枝干就要被折断一样.可是季节的交替总免不了 要有叶长叶落,草枯藤死.草藤也害怕岁月的摧残拼命往他"胳膊"里挤.越挤---他越发难受 .但是这场痛与死的争战中,结局永远是有规可循的---最后草藤在寒雪风霜中荣归故土. 转瞬又几年过去了......经历了几许挫折的他身上已是伤痕累累了.他竟把这些 伤痕当成自豪的依据.(也许他真的太无知了)---竟然嘲笑起他旁边

系统发育树构建方法优劣

1．邻接法邻接法(neighbor-joiningmethod，NJ)由Saitou和Nei(1987)提出，NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它不检验所有可能的拓扑结构，能同时给出拓扑结构和分支长度。在重建系统发生树时，它取消了UPGMA法所做的假定，认为在进化分支上，发生趋异的次数可以不同。最近的计算机模拟已表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方法之一。该方法通过确定距离最近(或相邻)的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。它的特点是重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得一棵树。其缺点主要表现在将序列上的所有位点等同对待，且所分析序列的进化距离不能太大。故NJ法适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。邻接法在距离建树中经常会用到，而不用理会使用什么样的优化标准。完全解析出的进化树是通过对完全没有解析出的“星型”进化树进行“分解”得到的，分解的步骤是连续不断地在最接近(实际上是最孤立的)的序列对中插入树枝，而保留进化树的终端。于是，最接近的序列对被巩固了，而“星型”进化树被改善了，这个过程将不断重复。这个方法相对而言很快，也就是说，对于一个50个序列的进化树，只需要若干秒甚至更少。 2．最大简约法最大简约法(maximum parsimony method，MP)最早是基于形态特征分类的需要发展起来的，具体的算法有许多不同版本，其中有些已被广泛地应用于分子进化研究中。利用MP方法重建系统发生树，实际上是一个对给定OTUs其所有可能的树进行比较的过程。对某一个可能的树，首先对每个位点祖先序列的核苷酸组成做出推断，然后统计每个位点用来阐明差异的核苷酸最小替换数目。在整个树中，所有信息简约位点最小核苷酸替换数的总和称为树的长度(常青和周开亚，1998)。MP法是一种优化标准，这种标准遵循“奥卡姆剃刀原则(Occam’S Razor principle)”：对数据最好的解释也是最简单的，而最简单的所需要的特别假定也最少。MP法基于进化过程中所需核苷酸(或氨基酸)替代数目最少的假说，对所有可能正确的拓扑结构进行计算并挑选出所需替代数最小的拓扑结构作为最优系统树，也就是通过比较所有可能树，选择其中长度最小的树作为最终的系统发生树，即最大简约树(maximum parsimony tree)。与其他建树方法相比，MP法无需引入处理核苷酸或者氨基酸替代时所必需的假设(替代模型)。同时，MP法对于分析某些特殊的分子数据(如插入序列和插入／缺失)有用。在分析的序列位点上没有回复突变或平行突变，且被检验的序列位点数很大的时候，MP法能够获得正确的(真实)系统树。但MP法推导的树不是唯一的，在分析序列上存在较多的回复突变或平行突变，而被检验的序列位点数又比较少的时候，最大简约法可能会出现建树错误。故MP法适用于序列残基差别小，具有近似变异率，包含信息位点比较多的长序列。 3．最大似然法最大似然法(maximum likelihood method，MI。)是20世纪60年代末期由于对地生物信息学分析实践震波和水声信号等处理的需要而发展起来的一种非线性谱估计方法。最早由凯佩用这种方法对空间阵列接收信号进行频率波数谱估值，后来推广到对时问信号序列的功率谱估值。 最大似然法最早应用于系统发育分析是在对基因频率数据的分析上。其原理是考虑到每个位点出现残基的似然值，将每个位置所有可能出现的残基替换概率进行累加，产生特定位点的似然值。MI。法对所有可能的系统发育树都计算似然函数，似然函数值最大的那棵树即为最可能的系统发育树。利用最大似然法来推断一组序列的系统发生树，需首先确定序列进化的模型，如Jukes—Cantor模型、Kimura二参数模型及一般二参数模型等。在进化模型选择合理的情况下，MI。法是与进化事实吻合最好的建树算法。其缺点是计算强度非常大，极为耗时。

一棵树的成长需要精心浇灌

一棵树的成长需要精心浇灌，我们的（家庭）就像一棵树需要全体家庭的 （共同努力）才能长成参天大树。我是家庭中的一员，在这个大家庭里，我和家人 一起（共同承担）这各种责任。 （家庭）是社会的细胞，家庭模式的变迁是（社会变化）的缩影。从人类最 早的（血缘）家庭到（一夫一妻制） ，从夏商周时期的（宗族）大家庭，到秦汉 时期的（小家庭）以及后来同居共财的（大家族）、（大家庭），家庭经历了漫长的历程变化。 3、家庭的稳定关系到社会的（稳定），因此，历代统治者都很重视家庭问题。“修身齐家治国平天下，“（欲治其国者，先治其家”，家庭的重要性由此可见。 4、1980年我国颁布了（计划生育）政策，计划生育政策有效地控制了我国人口 的自然增长速率，为提高我国人口素质创造了有利条件，（独生子女）已成为我 国一个庞大的社会群体。 5、家庭的（模式）不断变化演变，家庭的（功能）也在不断发生着变化，但家庭的（亲情）是延续不断的，（家）是我们永远的港湾。 6、（父母）是我特别的朋友，理解是沟通的（桥梁），家庭生活（民主化）是家 庭幸福的源泉。现代社会的（家庭）关系日趋民主和平等，父母对孩子来说，不仅是（长辈），更是特别的（朋友）。我们可以尝试着与父母进行（沟通），（理解）父母，和父母做（朋友）。 7、当我们遇到了（困难）和（挫折）时要积极的与父母倾诉、沟通和交流，要常与父母（聊天）、（交谈），敞开心扉说出自己的真实感受。（理解）是沟通的桥梁，父母应（理解）我们，我们也要（理解）父母。用（信任）在亲子的（心灵）之间架起一座沟通的桥，一座充满爱和快乐的（桥）。 8、（健康）、（文明）、（科学）的家庭生活有助于家庭幸福和个人身心健康。我是文明家庭的（一分子），我要养成良好的生活和（学习习惯）。文明家庭意味着家庭关系的（和谐），家人与邻居彼此（尊重），家庭对社会有所贡献。 第二单元成长的摇篮 （第21页——41页） 1、母校，是我们心灵的（故乡），是哺育我们成长的（摇篮），给我们（知识）和（力量）的精神家园，母校的发展离不开（社会）的支持。 2、从幼稚的孩童到有（理想）、有（知识）的学生，是学校哺育我们成长。难 忘同学的（手足情谊），难忘老师的（谆谆教悔），难忘亲爱的母校。 3、在学校里，每天我有亲爱的同学伙伴，我快乐地（学习），快乐地（成长），我们的校园生活（充满阳光）。 4、是（老师）引领我们走进知识的大门，是（老师）开启我们混沌的心灵，是老师园丁般呵护我们茁壮成长，我要把最美的（赞歌）献给您。 5、老师，多么圣神的字眼，古往今来，留下了多少尊师重教的佳话，古有（孔子）“不耻下问”，“教学相长”的典故，今有（毛泽东）和徐特立先生的绵绵师生情。1985年月，全国人民代表大会常务委员会做出决定，将每年的9月10日定为（教师）节，积极倡导不忘师恩。 6、要理解和尊重老师，就要了解身边的老师，就要尊重老师的（劳动），老师被尊称为（园丁）、人类灵魂的（工程师）。 7、（陈嘉庚）是近代众多杰出的华侨领袖，著名的实业家、教育家和活动家。他将一生积累的资产创办和资助了海内外近百所学校，培养了大批人才，被视 为“华侨爱国爱乡热爱教育事业的楷模”，毛泽东赞誉他是“（华侨旗帜），（民族光辉）”。

构建系统进化树的方法步骤

构建系统进化树的方法步骤 1. 建树前的准备工作 1.1 相似序列的获得——BLAST BLAST是目前常用的数据库搜索程序，它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，意为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990[62];1997[63])。国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段，并作为内核向两端延伸，以找出尽可能长的相似序列片段。 首先登录到提供BLAST服务的常用网站，比如国内的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。这些网站提供的BLAST服务在界面上差不多，但所用的程序有所差异。它们都有一个大的文本框，用于粘贴需要搜索的序列。把序列以FASTA格式(即第一行为说明行，以“>”符号开始，后面是序列的名称、说明等，其中“>”是必需的，名称及说明等可以是任意形式，换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框，选择合适的BLAST程序和数据库，就可以开始搜索了。如果是DNA序列，一般选择BLASTN搜索DNA数据库。 这里以NCBI为例。登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!-点击Format-得到result of BLAST。 BLASTN结果如何分析(参数意义)： >gi|28171832|gb|AY155203.1| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, complete sequence Score = 2020 bits (1019), Expect = 0.0 Identities = 1382/1497 (92%), Gaps = 8/1497 (0%) Strand = Plus / Plus Query: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggtaaggcccttc--ggggt 58 Query: 61 actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc 120 || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| Sbjct: 59 acacgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtgatctgcctcgtactctgggataagc 118 Score ：指的是提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似；

小树的成长

小树的成长 ——“好家长”事迹简介 家长是孩子的第一任老师。孩子的成长离不开原生家庭的影响，家庭教育相当重要。就像小树的成长离不开土地的滋润，阳光的沐浴，雨露的洗礼。 1.蹲下身来，倾听心语。 孩子的世界我们不一定懂得，但是作为父母我们必须走进她的世界，蹲下身来，观察她们眼中的世界，倾听她们的心声。让孩子愿意跟我说，乐意跟我说。即使每天再忙，放学回到家里，我都会问上一句：“宝贝，你有什么开心的事吗？”“有什么需要妈妈帮忙的吗？”孩子一般会很乐于跟我交流，我也很认真地听着，不时地发表一点自己的看法。遇到有争议的问题，我们会各抒己见，并保留各自的意见。不是非要把孩子变成第二个自己，孩子有自己的思想，自己的世界，我们可以驻足，可以欣赏，也可以参与，但不可以主宰。 2.养成教育，德育先行。 小树在成长的过程中会遇到狂风暴雨，病虫灾害，如果及时加以修正、施救，经历坎坷依然可以长成参天大树。孩子成长的道路上难免会受到社会环境的影响，有阳光也有阴霾。我做到凡事从正面教育孩子，帮助孩子明辨是非、真善、美丑，培养孩子真诚、乐观、宽容、勤奋、积极向上、尊老爱幼的品质。同时也注重培养孩子良好的行为习惯，培养她独立思考、主动学习、自己的事情自己做的习惯。教育孩子，尺有所短寸有所长；教育孩子，赠人玫瑰手有余香；教育孩子，细节决定成败；教育孩子，梅花香自苦寒来……孩子的心很真，孩子的眼很纯，成长的路上，我引导着她，呵护着她，严厉着，也慈祥着。不经历风雨，怎么见彩虹？小树该浇水施肥还得浇水施肥，该修枝剪叶的还是要修枝剪叶。 3.以身作则，爱要有度。 平时无论学习、工作，还是为人处世，我都尽量树立一个良好的榜样，潜移默化，润物无声。比如每天上下班，睡觉前，我都会跟父母，女儿道一声“再见”“晚安”，女儿也学会了这些。爱孩子，是每一位母亲的共性。这爱不是溺爱，是真爱，是科学的爱。爱放在心中，在点点滴滴的言行中去表达，但是爱不是一味地去满足孩子的要求。对于那些不合理的要求，可以肯定地告诉孩子“不可以”，

构建系统进化树的详细步骤

构建系统进化树的详细步骤 1. 建树前的准备工作 1.1 相似序列的获得——BLAST BLAST是目前常用的数据库搜索程序，它是Basic Local Alignment Search Tool 的缩写，意 为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990[62];1997[63])。国际著名生物信息中心 都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序 列之间相似性程度最高的片段，并作为核向两端延伸，以找出尽可能长的相似序列片段。 首先登录到提供BLAST服务的常用，比如国的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。这些提供的BLAST服务在界面上差不多，但所用的程序有所差异。它 们都有一个大的文本框，用于粘贴需要搜索的序列。把序列以FASTA格式(即第一行为说明 行，以“>”符号开始，后面是序列的名称、说明等，其中“>”是必需的，名称及说明等可以是 任意形式，换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框，选择合适的BLAST程序和数据库，就 可以开始搜索了。如果是DNA序列，一般选择BLASTN搜索DNA数据库。 这里以NCBI为例。登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!-点击Format-得到result of BLAST。 BLASTN结果如何分析(参数意义): >gi|28171832|gb|AY155203.1| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, complete sequence Score = 2020 bits (1019), Expect = 0.0 Identities = 1382/1497 (92%), Gaps = 8/1497 (0%) Strand = Plus / Plus

系统发育树构建方法研究_冯思玲

中图分类号:TP39 文献标识码:A 文章编号:1009-2552(2009)06-0038-03 系统发育树构建方法研究 冯思玲 (海南大学信息科学技术学院,海口570228) 摘 要:系统发育树的构建与分析是生物信息学中的一个重要分支。研究系统发育树可以重建祖先序列和估计分歧时间。对构建系统发育树的四种方法进行概述,主要包括基于距离的方法,简约法(MP),最大似然法(ML)和贝叶斯树估计方法。并对基于这些方法的软件进行简要介绍,最后对系统发育树构建技术中的难点问题进行分析。 关键词:系统发育树;基于距离方法;简约法;最大似然法;贝叶斯树估计方法Research on method of the construction of phylogenetic trees FENG Si ling (School of Information Science&Technology,Hainan University,Haikou570228,China) Abstract:The construction and analysis of phylogenetic trees is an important part in bioinformatics.The main objectives of studying the construction of phylogenetic trees can reconstruct ancestors sequences and estimate the time of divergence.The four methods about construc ting phylogenetic trees are described,which are based on distance method,parsimony method,maximum likelihood methods and Bayesian tree estimate methods. The software package based on these methods is briefly introduced,at last the difficult points about tree building techniques are analyzed. Key words:phylogenetic trees;distance based methods;parsimony method;maximum likelihood methods; Bayesian tree estimate methods 0 引言 系统发育树也称系统进化树(phylogenetic tree),它是用类似树状分支的图来表示各种(类)生物之间的亲缘关系,通过对生物序列的研究来推测物种的进化历史。主要是通过DNA序列,蛋白质序列,蛋白质结构等来构建系统发育树,或者通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树。研究系统发育树的目的可以重建祖先序列 性状;估计来自于同一个祖先的不同生物之间的分歧时间;识别和疾病关联的突变等。近些年随着基因数据的爆炸增长,系统发育树的构建越来越流行。基于分子的进化研究已经应用到许多方面,如基因进化,物群划分,交配系统,父亲身份测试,环境监视以及已经转移物种的疾病源的研究等。 从数学的观点看,系统发育树是一颗树叶有标签的有根二叉树,根表示祖先序列。系统发育树主要是它的拓扑结构和分支长度。分支长度表示突变的时间。拓扑表示树的分支模式,有N个叶子可生成无根树的数目根据Schroder公式有(2N-5)!!,对每个无根树有(2N-3)种可能的分枝。因此,有根树的树目是(2N-3)(2N-5)!!=(2N-3)!![1]。 系统发育树的叶子在生物上称作操作分类单元OTU(operational taxonomic units),OTU代表构建的系谱的不同生物。构建系统发育树所用的数据用矩阵X N K表示,N表示氨基酸或核苷酸的序列数,即有N个叶子的树。K表示序列的字符数(列数)。构建树分析主要有二步:第一步用X N K矩阵产生树 T并 收稿日期:2009-03-06 基金项目:海南省自然科学基金项目(80637);海南大学校科研基金项目(kyjj0609) 作者简介:冯思玲(1973-),女,讲师,硕士,研究方向为生物信息学算法研究。 38

成长树,伴我成长

成长树，伴我成长 ——全面评价，促全面发展 佛冈县水头中心小学林翠银 [摘要] “成长树”评价活动就是一个快乐的游戏；“成长树”评价方式全面具体；成长树是家长了解孩子的助手；成长树是班级文化建设一道亮丽的风景。“成长树”活动的评价内容主要要包括学生的学业成绩，行为规范、集体观念、责任心、上进心、个性发展等方面。这样，才有可能改变长期以来“唯分数论”的评价观念，关注学生的各个方面，客观地反映学生的成长面貌。“成长树”评价活动的宗旨是：“只要你努力，都可以让自己的成长树绿叶成荫，硕果累累”。它关注学生成长与发展的每一点进步。 [关键词] 成长树评价发展 [正文] 旧的评价方式常常是“一考定山河”，很多家长也只看重孩子的学习成绩。我认为教育的价值是促进人的成长和全面发展，包括知识，能力，道德情感等。因此，我们需要一套全面的评价方案，来促进学生的全面发展。对学生的评价内容要包括学生的学业成绩，行为规范、集体观念、责任心、上进心、个性发展等方面。这样，才有可能改变长期以来“唯分数论”的评价观念，关注学生的各个方面，客观地反映学生的成长面貌。 为了摸索合适的评价方式，我在班里实验了“成长树”的综合评价方法。用一个有趣的游戏，代替了以往死板的评价，让学生亲手栽种自己的成长树，并通过辛勤培育，让成长树枝繁叶茂。 一、“成长树”活动的设计 1、我们利用课室后墙作为活动基地，成长树就长在上面。我把全班同学分为4个小组。每个小组亲自制作了一棵成长树：粗壮的树干，可是没有叶子。每棵树上有14个树杈，一个树杈代表一个组员，写上组员的名字，也可以贴张照片。

2、民主商议确定奖励方案 最有效果的事情，是自己愿意做的事情，所以，我觉得民主相当重要，我努力调动学生的积极性，积极采纳学生的意见，让学生以主人公身份参与评价活动。学生以小组为单位，商议奖励方案，用书面形式上交老师。 综合大家的意见，我确定了奖励的方案。奖励分为：学习方面，纪律方面，劳动方面，好人好事，为班争光，在家表现，个性特长，改正自身缺点等等。我把细则列举出来，张贴在课室里，让学生熟悉。每做好一件事，就得一片绿叶。有些是随时发的奖励，有些是一个星期积累发一次的。获奖学生在叶子上写上自己的名字和获奖原因，贴在自己的树杈上。小组的成长树上积累10片叶子，就可以结一个大苹果。苹果上可以写组员的感想，或者喜欢的励志名言。 这里要着重说明的是：改正自身缺点这项奖励。学生给自己找一个需要改正的缺点，写在叶子上，把叶子交给老师保管，并在桌子面上贴一张同样写着这个改正目标的叶子，提醒自己。两周内能改正的，可以到老师那里取回叶子，老师额外加奖一片叶子。 3、持续鼓励 学生的热情就像星星之火，需要我们不断填柴扇风，才可以燎原，学生对绿叶，苹果的追求必须得到升华，才能正真地得到心灵的鼓励。否则，一大堆的叶子苹果，很快就淹没了他们的热情，迷失了追求的方向。 我每个月利用一节班会课，召开一次隆重的表彰大会，隆重其事地向家长发出邀请函，邀请个别家长来参加。会上，我总结本月里取得的各项成绩，学生的进步；表扬先进的同学；让部分同学谈感想，说说自己的进步与自己未来的期望；让家长做颁奖嘉宾，给优秀学生和优秀小组颁奖。 我还会把学生的进步，用校讯通发到家长的手机上，让家长跟孩子一起分享进步的快乐。 二、成长树评价活动的宗旨 “成长树”的宗旨是：“只要你努力，都可以让自己的成长树绿叶成荫，硕果累累”。它关注学生成长与发展的每一点进步。帮助学生发现自己，肯定自己，激励更多的孩子勇于表现，培养他们健康的心态和健全的人格。因为成长树是以小组为单位的，每个树杈又代表自己的成绩，所以它既关注了学生个人

像树一样成长 -成长作文

像树一样成长-成长作文 最近聊天时，朋友问我:“你理想中的成长是怎样的？”我当时愣住了，没回答出来，像树一样成长。后来想了半天，得出了一个结论---像树一样成长，像树一样按着自己的内心成长。 当一颗树的种子埋入泥土里时，它就开始成长。无论它长得或快或慢，都没有人会去告诉它：“你得快快地长大。”种子的成长是完全按着自己的步伐长大的。 我想像树一样成长，按着自己心灵的足迹去长大。我想去田野里散步，我想去草地上放风筝，我想看着蓝天放飞我无边无际的想象。不想家长反复叮嘱：你要好好学习，不要再去疯玩；不想老师总是告诫：你要珍惜时间，不要浪费光阴。可是，我亲爱的父母和老师，我会努力学习，但我不想只在课本中遨游，我有自己的想法。你们要知道，树的种子没有大树的叮咛，它也知道要努力长大，破土而出。 当一棵树苗开始成长时，没有人知道它会长成什么样，也没有人告诉它它必须长成什么样。小树苗是完全按着自己的心思去成长的。 我想像树一样成长，踏着自己的梦想去长大。我想用自己的笔去创造精彩的未来，我想用自己的画笔描绘多彩的明天，我想用自己的心灵打造不一样的未来。不想家长在耳边阻止：放弃吧，按我们的计划成长，你才会有光明的将来；不想老师在眼前劝告:放弃吧，听老师一声劝，时下上学才是最重要的，成长作文《像树一样成长》

(https://unjs)。可是，我亲爱的父母和老师 我会努力学习，但我不想只在你们设计好的道路上成长，我有自己的梦想。你们要知道，小树苗成长时没有大树告诉它该怎么做，它也知道要茁壮成长，努力成材。 当一棵大树将成材时，没有人知道它将有什么用途，也没有人告诉它它必须有什么用途。大树是完全按着自己的想法去成材的。 我想象一棵树一样成长，循着内心最渴望的方式去成才。我想去当厨师，为人们做出美味佳肴；我想去做建筑工人，为我们的城市添砖加瓦；我想去当小丑，给人们送去快乐。不想家长总是念叨：你要成为鼎鼎有名的人物，让祖国为你而骄傲；不想老师时刻训导：你要考上重点高中，重点大学，为祖国建设做贡献。可是，我亲爱的父母和老师，我会努力学习，但我不想只成为你们口中的大人物，小人物也有自己的精彩，他们也为社会的进步做出自己的贡献。你们要知道，没有一棵树是没有用途的，我们每个孩子都像大树一样有着自己的价值。 我想像树一样成长，按着自己的想法，坚定快乐地成长。我更想让每个孩子都像树一样成长，没有压力，轻松快乐地成长。

松树幼苗生长过程图片

松树幼苗生长过程图片 松树具有阳刚之美，它的枝干更是具有柔中有刚的特征，松的叶给人以清脱之感。下面小编为大家带来松树幼苗生长过程图片，希望大家多多阅读！ 松树幼苗生长过程图片1 松树幼苗生长过程图片2 关于松树幼苗生长过程的作文 我们校园里有几棵高大、粗壮的松树。她们的树根又粗又壮，树也长得很旺盛、美观。 这几棵高大、粗壮的松树是我上一年级时候从别的学校移栽过来的，听说有十几岁了。每棵松树上分出十几个大树杈儿，每个大树杈上又分出许许多多小树杈儿，这些小树杈儿像比赛似的伸展出去。远看去这四棵松树像一座座青塔，也像一个个守卫在校园里的卫士，还像一把把参天的大伞。 松树的树叶非常稠密，它们长在小树杈儿的顶端和中间，一簇簇的，每簇上车五根叶子像四五个兄弟姐妹一样聚在一起。春暖花开时，像绣花针样的'松树叶有两种颜色：一种是翠绿色的、另一种是深绿色的。翠绿的叶子是刚长出来的，手摸上去软乎乎的。而深绿色的叶子是长出来有一段时

间了，手摸上去硬梆梆的，一不小心碰上了叶尖，就会感觉有点痛，又有点痒痒的好舒服啊。 松树一年四季长青。无论是炎热的夏天，还是寒冷的冬天，她们总量像精力旺盛的年轻人一样充满着生机。 我们学校自从有了这四棵松树，校园似乎变得更美丽了。 我喜欢这四棵松树! 有关松树幼苗生长过程的作文 校园里有几棵小松树。我很喜欢它们。 松树的树干是深褐色的，有的地方都裂开了，好象是被用刀劈开了一样。树冠整整齐齐地像一座小宝塔似的。树叶细细的，尖尖的，像针一样扎手，一束束散开着像一朵美丽的小花。 松树虽然不开美丽的鲜花，但是它四季常青，更让人难忘。 当第一缕春风吹来的时候，松树墨绿的树冠上浮起一层嫩绿，那是新生的小芽在悄悄地生长。 夏天，它的叶子变得碧绿碧绿的，浑身上下散发着一种勃勃的生机。风雨来了，花、草、树木都被风吹得摇摇晃晃，在风雨中艰难地支撑着。只有松树不管怎样打雷、闪电，都依然顽强地挺立着，不曾有丝毫的歪斜。大雨过后，松树在晴空下显得更加挺拔，郁郁葱葱。