samtools 官方手册
Workflows
?WES Mapping to Variant Calls - Version 1.0
?Using CRAM within Samtools
WGS/WES Mapping to Variant Calls - Version 1.0
The standard workflow for working with DNA sequence data consists of three major steps:
?Mapping
?Improvement
?Variant Calling
Mapping
For reads from 70bp up to a few megabases we recommend using BWA MEM(https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/)to map the data to a given reference genome. The reference you use will differ depending on the species your data came from and the resources you want to use with it. For example for a new research project consisting of Human data you would probably use the Genome Reference Consortium’s build 38 analysis set
(ftp://https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/genbank/genomes/Eukaryotes/vertebrates_mammals/Homo_sapiens/GRCh38//seqs_for_alignment_pipelines"). Note that with BWA 0.7.10, mapping to alternative haplotypes has been deemed unready for production use, so you will probably wish to use the analysis set that does not contain them.
To prepare the reference for mapping you must first index it by typing the following command where
bwa index
This may take several hours as it prepares the Burrows Wheeler Transform index for the reference, allowing the aligner to locate where your reads map within that reference.
Once you have finished preparing your indexed reference you can map your reads to the reference:
bwa mem -R '@RG\tID:foo\tSM:bar\tLB:library1'
Typically your reads will be supplied to you in two files written in the FASTQ format. It is particularly important to ensure that the @RG information here is correct as this information is used by later tools. The SM field must be set to the name of the sample being processed, and LB field to the library. The resulting mapped reads will be delivered to you in a mapping format known as SAM(http://samtools.github.io/hts-specs/).
Because BWA can sometimes leave unusual FLAG information on SAM records, it is helpful when working with many tools to first clean up read pairing information and flags: samtools fixmate -O bam
To sort them from name order into coordinate order:
samtools sort -O bam -o
Improvement
In order to reduce the number of miscalls of INDELs in your data it is helpful to realign your raw gapped alignment with the Broad’s GATK(https://https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/gatk/) Realigner.
java -Xmx2g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T RealignerTargetCreator -R
java -Xmx4g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T IndelRealigner -R
BQSR from the Broad’s GATK allows you to reduce the effects of analysis artefacts produced by your sequencing machines. It does this in two steps, the first analyses your data to detect covariates and the second compensates for those covariates by adjusting quality scores.
java -Xmx4g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T BaseRecalibrator -R
java -Xmx2g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R
It is helpful at this point to compile all of the reads from each library together into one BAM, which can be done at the same time as marking PCR and optical duplicates. To identify duplicates we currently recommend the use of either the Picard(https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/command-line-overview.shtml#MarkDuplicates)or biobambam’s
(https://https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/gt1/biobambam)mark duplicates tool.
java -Xmx2g -jar MarkDuplicates.jar VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT INPUT=
Once this is done you can perform another merge step to produce your sample BAM files.
samtools merge
samtools index
If you have the computational time and resources available it is helpful to realign your INDELS again:
java -Xmx2g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T RealignerTargetCreator -R
Lastly we index our BAM using samtools:
samtools index
Variant Calling
To convert your BAM file into genomic positions we first use mpileup to produce a BCF file that contains all of the locations in the genome. We use this information to call genotypes and reduce our list of sites to those found to be variant by passing this file into bcftools call.
You can do this using a pipe as shown here:
samtools mpileup -ugf
Alternatively if you need to see why a specific site was not called by examining the BCF, or wish to spread the load slightly you can break it down into two steps as follows:
samtools mpileup -go
To prepare our VCF for querying we next index it using tabix:
tabix -p vcf
Additionally you may find it helpful to prepare graphs and statistics to assist you in filtering your variants:这次没有找到变异位点，试一下这个思路，分开跑一下，看看是什么原因；
bcftools stats -F
mkdir plots
plot-vcfstats -p plots/
Finally you will probably need to filter your data using commands such as:
bcftools filter -O z -o
Variant filtration is a subject worthy of an article in itself and the exact filters you will need to use will depend on the purpose of your study and quality and depth of the data used to call the variants.
References
?The 1000 Genomes Project Consortium - An Integrated map of genetic variation from 1092 human genomes Nature 491, 56–65 (01 November 2012) doi:10.1038/nature11632 (https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/10.1038/nature11632)
?GATK Best Practices(https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/gatk/guide/best-practices)
Using CRAM within Samtools
CRAM is primarily a reference-based compressed format, meaning that only differences between the stored sequences and the reference are stored.
For a workflow this has a few fundamental effects:
1.Alignments should be kept in chromosome/position sort order.
2.The reference must be available at all times. Losing it may be equivalent to losing all your read sequences.
Technically CRAM can work with other orders but it can become inefficient due to a large amount of random access across the reference genome. The current implementation of CRAM in htslib 1.0 is also inefficient in size for unsorted data, although this will be rectified in upcoming releases.
In CRAM format the reference sequence is linked to by the md5sum (M5 auxiliary tag) in the CRAM header (@SQ tags). This is mandatory and part of the CRAM specification. In SAM/BAM format, these M5 tags are optional. Therefore converting from SAM/BAM to CRAM requires some additional overhead to link the CRAM to the correct reference sequence.
A Worked Example
Obtain some public data
We will use the first 100,000 read-pairs from a yeast data set.
curl ftp://https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/vol1/fastq/SRR507/SRR507778/SRR507778_1.fastq.gz|gzip -d | head -100000 > y1.fastq
curl ftp://https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/vol1/fastq/SRR507/SRR507778/SRR507778_2.fastq.gz|gzip -d | head -100000 > y2.fastq
curl ftp://https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/pub/current_fasta/saccharomyces_cerevisiae/dna/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_sm.toplevel.fa.gz > yeast.fasta
Prepare the BWA indices
We need to ensure there exists a .fai fasta index and also indices for whichever aligner we are using (Bwa-mem in this example).
samtools faidx yeast.fasta
bwa index yeast.fasta
Produce the alignments
The aligner is likely to output SAM in the same order or similar order to the input fastq files. It won’t be outputting in chromosome position order, so the output is typically not well suited to CRAM.
bwa mem -R '@RG\tID:foo\tSM:bar\tLB:library1' yeast.fasta y1.fastq y2.fastq > yeast.sam
The -R option adds a read-group line and applies that read-group to all aligned sequence records. It is not necessary, but a recommended practice.
Sort into chromosome/positon order
Ideally at this point we would be outputting CRAM directly, but at present samtools 1.0 does not have a way to indicate the reference on the command line. We can output to BAM instead and convert (below), or modify the SAM @SQ header to include MD5 sums in the M5: field.
samtools sort -O bam -T /tmp -l 0 -o yeast.bam yeast.sam
The “-l 0” indicates to use no compression in the BAM file, as it is transitory and will be replaced by CRAM soon. We may wish to use -l 1 if disk space is short and we wish to reduce temporary file size.
Convert to CRAM format
samtools view -T yeast.fasta -C -o yeast.cram yeast.bam
Note that since the BAM file did not have M5 tags for the reference sequences, they are computed by Samtools and added to the CRAM. In a production environment, this step can be avoided by ensuring that the M5 tags are already in the SAM/BAM header.
The last 3 steps can be combined into a pipeline to reduce disk I/O:
bwa mem yeast.fasta y1.fastq y2.fastq | \
samtools sort -O bam -l 0 -T /tmp - | \
samtools view -T yeast.fasta -C -o yeast.cram -
Viewing in alignment and pileup format
See the variant calling workflow for more advanced examples.
samtools view yeast.cram
samtools mpileup -f yeast.fasta yeast.cram
The REF_PATH and REF_CACHE
One of the key concepts in CRAM is that it is uses reference based compression. This means that Samtools needs the reference genome sequence in order to decode a CRAM file. Samtools uses the MD5 sum of the each reference sequence as the key to link a CRAM file to the reference genome used to generate it. By default Samtools checks the reference MD5 sums (@SQ “M5” auxiliary tag) in the directory pointed to by $REF_PATH environment variable (if it exists), falling back to querying the European Bioinformatics Institute (EBI) reference genome server, and further falling back to the @SQ “UR” field if these are not found.
While the EBI have an MD5 reference server for downloading reference sequences over http, we recommend use of a local MD5 cache. We have provided with Samtools a basic script (misc/seq_cache_populate.pl) to convert your local yeast.fasta to a directory tree of reference sequence MD5 sums:
export REF_PATH=/some_dir/cache/%2s/%2s/%s:https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,/ena/cram/md5/%s
export REF_CACHE=/some_dir/cache/%2s/%2s/%s
REF_PATH is a colon separated list of directories in which to search for files named after the sequence M5 field. The : in http:// is not considered to be a separator. Hence using the above setting, any CRAM files that are not cached locally may still be looked up remotely.
In this example “%2s/%2s/%s” means the first two digits of the M5 field followed by slash, the next two digits and slash, and then the remaining 28 digits. This helps to avoid one large directory with thousands of files in it.
The REF_CACHE environment variable is used to indicate that any downloaded reference sequences should be stored locally in this directory in order to avoid subsequent downloads. This should normally be set to the same location as the first directory in REF_PATH.
Copyright ? 2014 Genome Research Limited (reg no. 2742969) is a charity registered in England with number 1021457. Terms and conditions(/terms).
企业用户手册版
企业用户手册版 LG GROUP system office room 【LGA16H-LGYY-LGUA8Q8-LGA162】
目录 目录................................................... 第1章进入系统 .......................................... 登录.................................................... 退出.................................................... 第2章报名业务 .......................................... 证书新办................................................ 申请新办............................................. 提交审核............................................. 已提交申请........................................... 证书复检................................................ 证书变更................................................ 证书补办................................................
PDMS中文教程结构建库
VPD VANTAGE Plant Design System 工厂三维布置设计管理系统 PDMS结构建库 培训手册
型钢库 PDMS已经提供了较完善的元件库，包括型材截面、配件和节点库。但不一定十分齐全，所以PDMS提供了非常方便的建库工具，这些功能都可在PARAGON中实现。 设计库、元件库和等级库之间的关系 等级库（Specificaion）是设计库与元件库之间的桥梁。设计者在等级库中选择元件后，等级中的元件自动找到对应的元件库中的元件；元件库中的几何形状和数据被设计库参考。如下图。 型钢库层次结构 型钢库World下包含了许多元件库和等级库，它们也是一种树状结构库。下图就是型钢库层次结构： 型钢等级库层次结构 等级库相当于元件库的索引，其目的是为设计人员提供一个选择元件的界面，它的层次结构既与界面的关系如下图所示。 本章主要内容： １．定义型钢截面（Profile） ２．定义型钢配件（Fitting） ３．定义节点（Joint） 定义型钢截面（Profile） 练习一：定义型钢截面库 １．元件库最终的层次结构如下： ２．以管理员身份（如SYSTEM）登录PARAGON模块，再进入Paragon>Steelwork子模块。 ３．在 ４．选择菜单Create>Section，创建新的STSE， ５．在刚创建的STSE下，选择菜单Create>Element，创建三个元素：“ref.DTSE”、“ref.GMSS”和“ref.PTSS”。 现在的数据库结构如下： ６．设置。选择Settings>Referance Data… 和Display>Members…按下图设置： ７．鼠标指向CATA层，选择菜单Create>Section，创建新的STSE：example/PRFL/BOX。８．选择菜单Create>Category>For Profiles，创建新的STCA，如下图： ９．鼠标指向STCA：example/PRFL/REF.DTSE层，在命令行中键入命令：“NEW DTSE /BOX/EQUAL/DTSE”,这样新建了一个DTSE，如下图。 １０．创建截面本身。选择菜单Create>Profile，按下图设置：
用户手册说明书
1引言 1.1编写目的 本用户手册的编写目的是帮助用户了解《图书管理系统》，并学会对系统的操作。本用户手册的读者对象为：使用该软件的图书馆管理员、工作人员和学校的教师、学生。 1.2背景 随着人们知识层次的提高，图书馆成为日常生活中不可缺少的一部分。而图书馆的存数量和业务量庞大，仅仅靠传统的记账式管理是不可行的。图书馆管理系统应运而生，逐渐成为信息化建设的重要组成部分。图书馆管理系统为学校或社会型图书馆的管理员提供所有借阅者的详细信息，以及馆内库存的详细情况，对借书和还书两大功能进行合理操纵并登记。 说明： 开发软件名称：图书管理系统。 项目开发者：××学院计算机科学系“图书管理系统”开发小组： ×××(×号，组长)，×××(×号)，…… 用户单位：××大学 1.3定义 主键 (Primary Key) ：每一笔资料中的主键都是表格中的唯一值。换言之，它是用来独一无二地确认一个表格中的每一行资料
外键（Foreign Key）：设表t1,t2中都有一个name字段,而且是t1的主键，那 么如果设t2中的name为外键的话，向t2中添加数据的时候,如果name值不在t1之中就会报错。 1.4参考资料 张海藩：《软件工程导论》第五版清华大学出版社 肖刚等：《实用软件文档写作》清华大学出版社 李涛等：Visual C# SQL Server 数据库开发与实例清华大学出版社 2用途 2.1功能 需求规定的详细内容，请参考独立文档《软件需求说明书》。 2.2性能 2.2.1精度 根据使用需要，在各项数据的输入、输出即传输过程中，可以满足各种精度的需求。如：根据关键字精度的不同，查找可分为精确查找和泛型查找，精确查找可精确匹配读者已知的图书，泛型查找只要满足与输入的关键字相匹配的书目即输出，可供读者查找。2.2.2时间特性 查询速度：不超过10秒； 其它所有交互功能反应速度：不超过3秒；
Plaxis中常见问题集锦
1 问：Geo FEM，Plaxis，Z-Soil软件比较？ 2008/6/5 9:34:48 答：三者针对某个算例计算结果相差不大，误差在可接受范围之内。 就易用性来说，Plaxis好于Z-Soil好于GEO。Plaxis大家都用得很多了，Z-Soil的建模可以在前 处理模块中用CAD元素绘制，或者通过dxf文件导入；GEO4只能输入剖面线的坐标，比较烦琐。 Plaxis和Z-soil基本可以解决岩土工程所有问题，但GEO4由于建模功能的限制，只能解决隧道、 边坡等相关问题；Plaxis和Z-Soil可以进行渗流分析（非饱和）包括流固偶合分析。 总的来说，Plaxis和Z-Soil是专业的岩土工程有限元程序；GEO FEM是GEO4里面的一个工具 包，而GEO4类似于国内的理正一样，是遵循Eurocode的设计软件。 2 问：在plaxis中，用折减系数作出它的几个滑裂面，如何查看滑裂面的角度、圆心、半径等 这些滑裂面的相关参数呢？ 2008/6/5 9:36:26 答：使用强度折减法，不用假定slip surface，故不会有这些数据。 3 问：Plaxis怎么模拟路堤分步填筑？在实际施工中，填筑不是一次加载的，可能先填一半， 过个月再填一半，而且这一半也不是一次填完，要在几天内完成，请问怎么在Plaxis中模拟，怎 么设置可以反应填筑速率，请高手指教？ 2008/6/5 9:47:25 答：手册里有相关例子，你可以参考一下lesson 5。 堆载速率可以通过设置堆载这个stage的时间间隔来设置。如果只有基本模块，可以设置mstage 的数值。mstage=1.0，说明100％施加上去了，mstage＝0.1，说明只有10%的荷载。由于Plaxis 不能设置load function，比较麻烦。当然，你可以将一层土细分成几个stage完成，也可以实现。 4 问：Plaxis 3D 用这个软件分析基坑时，基坑是钢格栅喷混凝土支护，支护用板来模拟，ＥＩ 和ＥＡ中的Ｉ和Ａ分别指哪个面的惯性矩和面积，以及单位后面的／ｍ应该是哪个长度？ 2008/6/5 9:49:13 答：应该是：A=沿着洞轴方向L×厚度d E是弹性模量I是惯性矩 5 问：在网上看到有人怀疑Plaxis 3D Foundation和3D Tunnel的真三维性，有人说它们不是 真正的三维计算，有谁知道是怎么回事吗？ 2008/6/5 9:59:42 答：Plaxis 3D Tunnel计算内核是三维的。但是目前只支持平面拉伸建模，建附加模型还存在困 难。3D Tunnel的确不能生成复杂的斜交隧道。 3D Foundation是专门解决基础问题的三维有限元计算软件。其解决基础问题要比FLAC3D要专 业，特别是考虑了一些工程实际，但开放性不如FLAC3d。近期3D Foundation将在此方面有重 大改进，新版本前处理借用GID作为前处理工具。Plaxis 系列优点长处是其理论，尤其是hs和 hs-small模型。 6 问：最近在算一个基坑,很好的地质条件，桩、撑刚度都取得很大，居然算出来水平位移始终 都有70mm左右，但用同济启明星算水土分算，并且参数都没有取最大值，算的结果只有17mm 左右。深圳规范要求水平位移不超过30mm，要是用Plaxis是很难算出小于规范值的结果的，事 实上，也不至于有那么大的位移的？ 2008/6/5 10:05:32 答：主要问题是现在很多地质报告都不提供三轴的试验参数：例如E50模量，Eur模量，Es模量， 有效强度指标等；土体的本构参数比较特殊，要做特殊的试验，因此一般的项目参数方面的确有 问题。不过，即便是只有Es模量和直剪固快指标，通过换算和引入K0、孔隙比、Cc，Cs等其 他参数，也是可以得到其他需要的参数，不过这需要比较扎实的本构模型方面的知识和岩土工程 经验，知道不同的本构适合模拟什么土层，知道本构的优点和局限性，这对使用者的要求的确比 较高。 7 问：隧道已经组成一个类组，所以一定要对其进行材料定义。如果不定义得话，就不能对其 进行网格划分，这要怎么解决呢？ 2008/6/5 10:08:42 答：你是不是只想模拟基坑开挖对既有隧道结构的影响，而省略掉前面隧道开挖过程的模拟。 这样的话，结果恐怕很难正确，而且会碰到你所说的问题。因为隧道在基坑开挖前，有一定的受
游戏用户手册
《英雄》用户手册 第六组
目录 1主要内容 (3) 1.1 游戏配置要求 (3) 1.2 执行游戏和片头动画 (3) 1.3 主菜单 (3) 1.4 游戏操作 (3) 1.5 游戏动作 (4) 1.6 战斗 (4) 2问题和回答（F A Q） (5) 3官方游戏攻略（提示） (5) 3.1 主线剧情 (5) 3.2 支线剧情 (5) 4结语 (6)
欢迎来到游戏《英雄》Demo的用户说明文档。这里我们将为你解决游戏内外遇到的种种问题，当你在游戏里遇到困难时可以参考这个文档。 1 主要内容 1.1 游戏配置要求 ?200M 硬盘空间 ?DirectX 9.0 ?MediaPlayer 9.0 ?256M内存 ?推荐P4 1.6G以上CPU ?声卡 1.2 执行游戏和片头动画 ?打开文件夹双击hero.exe执行文件即可。 ?执行游戏后出现的是片头动画，片头动画交待故事背景，可以按Esc键调过。 1.3 主菜单 ?主菜单有三个选项：“进入游戏”，“制作团队”，“退出游戏”。 ?“进入游戏”，从头开始游戏，先交代剧情。 ?“制作团队”播放的是第六小组的全体工作人员和分工动画。 ?“退出游戏”，就是退出游戏。 1.4 游戏操作 1.4.1 普通行走状态下的操作（下图左）：
?方向键 - 移动人物 ?F1 - 人物属性菜单 ?F2 - 物品菜单 ?Enter - 调查/拣物品 ?Esc - 关闭菜单 ?退出- Alt + F4 (对不起，由于是Demo版，所以现在只能这样) 1.4.2 战斗状态下的操作（上图右）： ?方向键 – 选择动作 ?F1 - 人物属性菜单 ?F2 - 物品菜单 ?Enter - 使用物品 ?Esc - 关闭菜单 1.4.3 菜单操作(F1和F2呼出菜单后)： ?方向键 – 选择物品或者状态 ?Enter - 使用物品 1.5 游戏动作 1.5.1 NPC（电脑角色） ?游戏里除主角外每个电脑都可以对话，调查和战斗。地下室里的虫子会自动靠近主角然后转入战斗。 ?对话会促进剧情发展，是游戏进行的必然环节。 ?战斗也是游戏进行的必然环节之一，但不是每一个电脑人物都要战斗。有些 NPC是主角打不赢的，比如管家和栓柱。 1.5.2 物品 ?在游戏各个场景里都能“搜索”到各式各样的物品。 ?物品在战斗中和平时走动中都可以使用。 ?有些物品可以增加生命，有些物品可以增加法术值。 1.5.3 法术 ?只能在战斗中使用法术。 ?法术可以治疗自己或者打击敌人。 1.6 战斗 ?生命值。生命值显示的是主角和敌人现在的可战斗状态，每当收到攻击都会降低。 当生命值降到0的时候该方战败，战斗结束， ?法术值。使用法术时要消耗法术值。 ?攻击。攻击有多种选择，不同的选择有不同的生命值降低。
中文参考手册-PLAXIS 2D--岩土三维建模分析
参 考 手 册
目录 1简介 (7) 2 一般说明 (7) 2.2 文件处理 (9) 2.3 帮助工具 (9) 2.4 输入方法 (10) 3 输入前处理 (10) 3.1 输入程序 (10) 3.5 荷载和边界条件 (28) 4 材料属性和材料数据组 (33) 4.1 模拟土体及界面行为 (35) 4.1.1 一般标签页 (35) 4.1.2 参数标签页 (39) 4.1.3 渗流参数标签页 (50) 4.1.4 界面标签页 (56) 4.1.5 初始标签页 (61) 4.2 不排水行为模拟 (63) 4.2.1 不排水（A） (64) 4.2.2 不排水（B） (64) 4.2.3 不排水（C） (64) 4.3 土工试验模拟 (64) 4.3.1 三轴试验 (67) 4.3.2 固结仪试验 (68) 4.3.3 CRS (68) 4.3.4 DDS (69) 4.3.6 结果 (70) 4.4 板的材料数据组 (70) 4.4.1 材料数据组 (71) 4.4.2 属性 (71)
4.5.1 材料数据组 (74) 4.5.2 属性 (74) 4.6 锚杆的材料数据组 (75) 4.6.1 材料数据组 (76) 4.6.2 属性 (76) 4.7 几何构件的材料数据组赋值 (76) 5 计算 (77) 5.1 计算程序界面 (77) 5.2 计算菜单 (78) 5.3 计算模式 (79) 5.3.1 经典模式 (80) 5.3.2 高级模式 (80) 5.3.3 渗流模式 (81) 5.4 定义计算阶段 (81) 5.4.1 计算标签页 (81) 5.4.2 插入或删除计算阶段 (82) 5.4.3 计算阶段的标识和顺序 (82) 5.5 分析类型 (83) 5.5.1 初始应力生成 (83) 5.5.2 塑性计算 (85) 5.5.3塑性（排水）计算 (85) 5.5.4 固结（EPP）分析 (85) 5.5.5 固结（TPP）分析 (86) 5.5.6 安全性（PHI/C折减） (86) 5.5.7 动力分析 (87) 5.5.8 自由振动 (87) 5.5.9 地下水渗流（稳态） (88) 5.5.10 地下水渗流（瞬态） (88) 5.5.11 塑性零增长步 (88)
软件用户手册(软件使用说明书)-用户手册使用说明完整版.doc
大连化学物理研究所项目管理系统 用 户 使 用 手 册 2015年1月
目录 1引言 (3) 1.1编写目的 (3) 1.2背景 (3) 2. 软件概述 (3) 2.1目标 (3) 2.2功能概述 (3) 3. 运行环境 (3) 3.1硬件 (3) 3.2支持软件客户程序软件 (3) 4. 使用说明 (4) 4.1登录系统 (4) 4.2 系统菜单说明 (5) 4.3新建合同 (6) 4.4合同登记 (8) 4.5经费上账/预开发票 (9)
1引言 1.1编写目的 本文档是中科院大连化学物理研究所项目管理系统（以下简称为“项目管理系统”）针对用户所编写的使用说明手册，在本文档中通过对项目管理系统中的研究组用户进行了详细而具体的操作描述，通过该文档读者可以了解该系统的所有功能以及用户的具体权限。 1.2背景 项目的委托单位：大连化学物理研究所科技处 2. 软件概述 2.1目标 使用户能够轻松掌握本软件的使用。 2.2功能概述 研究组用户： 系统登录 录入合同、编辑合同、提交合同，合同执行过程中提交附件等 输出合同/协议审批单，提出预开发票申请、开发票申请、上账申请 合同查询，输出报表 3. 运行环境 3.1硬件 服务器支持PHP、MySQL服务，支持web服务 3.2支持软件客户程序软件 支持IE8到IE10版本、以及使用IE内核或者IE兼容模式的其他浏览器；IE11浏览器需要
将本系统加入到兼容性列表中；谷歌、火狐等浏览器有可能不能正常使用本系统的一些功能4. 使用说明 4.1登录系统 打开浏览器，输入系统地址，进入系统登录界面： 研究组用户，直接输入用户名密码点击登录系统。登录成功将会弹出成功信息： 如果出现登录错误的状况，系统会给出错误的原因提示：
用户手册编写规范
用户手册编写规范https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,work Information Technology Company.2020YEAR
用户手册编写规范
目录 1.用户手册格式的统一规定 1.1章、节标题 1.2版面设置 2.用户手册的内容 2.1用户手册的目标 2.2用户手册的内容 2.3用户手册的风格
1. 用户手册格式的统一规定 1.1 章、节标题 一般情况下，用户手册用章、节来划分其内容。如果有的系统很大，其用户手册所包含的内容繁多，那么请根据其内容把用户手册划分为几个分册。每一分册根据本规定独立进行章、节编号。 1.1.1 章标题 每章的编号用阿拉伯数字表示，采用“第1章”、“第2章”、……的形式表示章的编号，章的编号后面空一个半角的格，然后是这一章的标题。 1）每一章必须另起一页开始； 2）章的编号和标题采用左对齐的格式放在行的左边； 3）章的编号和标题采用黑体小三号字； 4）章的编号和标题与其篇眉之间空一行，和其正文之间空三行。 1.1.2 节标题 节的编号格式为“§x.y”。其中，x为章的号码，y为节的号码，用阿拉伯数字表示。节的编号后面空一个半角的格，然后是这一节的标题。 1）每一节必须另起一页开始； 2）节的编号和标题采用左对齐的格式放在行的左边； 3）节的编号和标题采用黑体四号字； 4）节的编号和标题与其篇眉、正文之间均空一行。 1.1.3 小节标题 小节的编号格式为“§x.y.z”。其中，x为章的号码，y为节的号码，z为小节号码，用阿拉伯数字表示。小节的编号后面空一个半角的格，然后是这一小节的标题。 1）不必专为小节另起一页开始； 2）小节的编号和标题从左边开始顶格书写； 3）小节的编号和标题采用黑体小四号字； 4）小节的编号和标题与其前后的正文之间均空一行。 【注意】 1）一般情况下，章的下面可以划分为节和小节，但要具体情况具体分析。如果没有划分小节的必要，则可以划分到节为止；而且，如果有必要，还可以在小节下面划分更小的节，我们暂且称之为小小节。
Plaxis中常见问题集锦
1 问：Geo FEM，Plaxis，Z-Soil软件比较？2008/6/5 9:34:48 答：三者针对某个算例计算结果相差不大，误差在可接受围之。 就易用性来说，Plaxis好于Z-Soil好于GEO。Plaxis大家都用得很多了，Z-Soil的建模可以在前处理模块中用CAD元素绘制，或者通过dxf文件导入；GEO4只能输入剖面线的坐标，比较烦琐。Plaxis和Z-soil基本可以解决岩土工程所有问题，但GEO4由于建模功能的限制，只能解决隧道、边坡等相关问题；Plaxis和Z-Soil可以进行渗流分析（非饱和）包括流固偶合分析。 总的来说，Plaxis和Z-Soil是专业的岩土工程有限元程序；GEO FEM是GEO4里面的一个工具包，而GEO4类似于国的理正一样，是遵循Eurocode的设计软件。 2 问：在plaxis中，用折减系数作出它的几个滑裂面，如何查看滑裂面的角度、圆心、半径等 这些滑裂面的相关参数呢？ 2008/6/5 9:36:26 答：使用强度折减法，不用假定slip surface，故不会有这些数据。 3 问：Plaxis怎么模拟路堤分步填筑？在实际施工中，填筑不是一次加载的，可能先填一半， 过个月再填一半，而且这一半也不是一次填完，要在几天完成，请问怎么在Plaxis中模拟，怎么 设置可以反应填筑速率，请高手指教？ 2008/6/5 9:47:25 答：手册里有相关例子，你可以参考一下lesson 5。 堆载速率可以通过设置堆载这个stage的时间间隔来设置。如果只有基本模块，可以设置mstage 的数值。mstage=1.0，说明100％施加上去了，mstage＝0.1，说明只有10%的荷载。由于Plaxis 不能设置load function，比较麻烦。当然，你可以将一层土细分成几个stage完成，也可以实现。 4 问：Plaxis 3D 用这个软件分析基坑时，基坑是钢格栅喷混凝土支护，支护用板来模拟，ＥＩ 和ＥＡ中的Ｉ和Ａ分别指哪个面的惯性矩和面积，以及单位后面的／ｍ应该是哪个长度？ 2008/6/5 9:49:13 答：应该是：A=沿着洞轴方向L×厚度d E是弹性模量I是惯性矩 5 问：在网上看到有人怀疑Plaxis 3D Foundation和3D Tunnel的真三维性，有人说它们不是 真正的三维计算，有谁知道是怎么回事吗？ 2008/6/5 9:59:42 答：Plaxis 3D Tunnel计算核是三维的。但是目前只支持平面拉伸建模，建附加模型还存在困难。 3D Tunnel的确不能生成复杂的斜交隧道。 3D Foundation是专门解决基础问题的三维有限元计算软件。其解决基础问题要比FLAC3D要专 业，特别是考虑了一些工程实际，但开放性不如FLAC3d。近期3D Foundation将在此方面有重 大改进，新版本前处理借用GID作为前处理工具。Plaxis 系列优点长处是其理论，尤其是hs和 hs-small模型。 6 问：最近在算一个基坑,很好的地质条件，桩、撑刚度都取得很大，居然算出来水平位移始终 都有70mm左右，但用同济启明星算水土分算，并且参数都没有取最大值，算的结果只有17mm 左右。规要求水平位移不超过30mm，要是用Plaxis是很难算出小于规值的结果的，事实上，也 不至于有那么大的位移的？ 2008/6/5 10:05:32 答：主要问题是现在很多地质报告都不提供三轴的试验参数：例如E50模量，Eur模量，Es模量， 有效强度指标等；土体的本构参数比较特殊，要做特殊的试验，因此一般的项目参数方面的确有 问题。不过，即便是只有Es模量和直剪固快指标，通过换算和引入K0、孔隙比、Cc，Cs等其 他参数，也是可以得到其他需要的参数，不过这需要比较扎实的本构模型方面的知识和岩土工程 经验，知道不同的本构适合模拟什么土层，知道本构的优点和局限性，这对使用者的要求的确比 较高。 7 问：隧道已经组成一个类组，所以一定要对其进行材料定义。如果不定义得话，就不能对其 进行网格划分，这要怎么解决呢？ 2008/6/5 10:08:42 答：你是不是只想模拟基坑开挖对既有隧道结构的影响，而省略掉前面隧道开挖过程的模拟。 这样的话，结果恐怕很难正确，而且会碰到你所说的问题。因为隧道在基坑开挖前，有一定的受 力状况，这需要模拟隧道开挖过程才能得到其受力状况，基坑开挖的影响也是在其这个受力状况 上产生的。你现在的目的是让基坑开挖前，隧道结构的力和弯矩都为零了，所以结果很难正确。
ST官方电机控制套件用户手册
UM0709 User Manual STM8/128-MCKIT motor control starter kit 1 Introduction The STM8/128-MCKIT starter kit is an integrated system designed to provide a complete, ready-to-use motor control application developed around the STMicroelectronics STM8 microcontroller. This starter kit is particularly suited to drive 3-phase brushless motors (either AC induction or permanent magnet types) and demonstrates how effectively the STM8 microcontrollers can be used in real-world motor control applications. ●Drive is based on scalar control (BLDC or ACIM) for three-phase motors. ●Position and/or speed measurement is implemented using Hall sensors or a tachometer. ●Sensorless control is also implemented. ●The inverter is driven using the PWM modulation technique. The STM8/128-MCKIT starter kit can be run in various ways: ●As a plug-and play demo, out of the box, with the provided BLDC motor, in sensorless speed control mode. ●With an AC induction motor, after reprogramming the microcontroller, in open loop or in speed control mode. However, the main advantage of the STM8/128-MCKIT is that you can use it to create your own applications and re-program the STM8 microcontroller. Y ou can develop your own applications using the dedicated software libraries provided in the starter kit in conjunction with a third-party IDE and C compiler. This manual describes: ●The STM8/128-MCKIT starter kit components, and how to set up the hardware to run the provided BLDC motor or an AC induction motor. ●How to run the STM8/128-MCKIT starter kit in standalone mode. ●The BLDC daughterboard (MB843). For information about the STM8 microcontroller features, refer to the datasheet. The STM8 evaluation board features, peripherals, and connectors are described in the STM8/128- EVAL user manual (UM0482). For information on the BLDC and AC induction motor software libraries and how to use them in motor control application development projects, refer to the STM8S three-phase BLDC software library (UM0708) and the STM8S three-phase AC induction motor software library user manual (UM0712) respectively. Y ou will find these manuals, and all related documentation on the STM8/128-MCKIT CD-ROM. June 2009Doc ID 15774 Rev 21/22 https://www.sodocs.net/doc/6518639620.html,
地铁地表沉降外文翻译(适用于毕业论文外文翻译+中英文对照)
外文原文 Surface settlement predictions for Istanbul Metro tunnels excavated by EPB-TBM S. G. Ercelebi ?H. Copur ?I. Ocak Abstract In this study, short-term surface settlements are predicted for twin tunnels, which are to be excavated in the chainage of 0 ? 850 to 0 ? 900 m between the Esenler and Kirazl?stations of the Istanbul Metro line, which is 4 km in length. The total length of the excavation line is 21.2 km between Esenler and Basaksehir. Tunnels are excavated by employing two earth pressure balance (EPB) tunnel boring machines (TBMs) that have twin tubes of 6.5 m diameter and with 14 m distance from center to center. The TBM in the right tube follows about 100 m behind the other tube. Segmental lining of 1.4 m length is currently employed as the final support. Settlement predictions are performed with finite element method by using Plaxis finite element program. Excavation, ground support and face support steps in FEM analyses are simulated as applied in the field. Predictions are performed for a typical geological zone, which is considered as critical in terms of surface settlement. Geology in the study area is composed of fill, very stiff clay, dense sand, very dense sand and hard clay, respectively, starting from the surface. In addition to finite element modeling, the surface settlements are also predicted by using semi-theoretical (semi-empirical) and analytical methods. The results indicate that the FE model predicts well the short-term surface settlements for a given volume loss value. The results of semi-theoretical and analytical methods are found to be in good agreement with the FE model. The results of predictions are compared and verified by field measurements. It is suggested that grouting of the excavation void should be performed as fast as possible after excavation of a section as a precaution against surface settlements during excavation. Face pressure of the TBMs should be closely monitored and adjusted for different zones. Keywords Surface settlement prediction _ Finite element method _ Analytical method _ Semi-theoretical method _ EPB-TBM tunneling _ Istanbul Metro Introduction Increasing demand on infrastructures increases attention to shallow soft ground tunneling methods in urbanized areas. Many surface and sub-surface structures make underground construction works very delicate due to the influence of ground deformation, which should be definitely limited/controlled to acceptable levels. Independent of the excavation method, the short- and long-term surface and sub-surface ground deformations should be predicted and remedial precautions against any damage to existing structures planned prior to construction. Tunneling cost substantially increases due to damages to structures resulting from surface settlements, which are above tolerable limits (Bilgin et al. 2009).
Plaxis中常见问题集锦
1 问：Geo FEM， Plaxis， Z-Soil软件比较？2008/6/5 9:34:48 答：三者针对某个算例计算结果相差不大，误差在可接受范围之内。 就易用性来说，Plaxis好于Z-Soil好于GEO。Plaxis大家都用得很多了，Z-Soil的建模可以在前处理模块中用CAD元素绘制，或者通过dxf文件导入；GEO4只能输入剖面线的坐标，比较烦琐。Plaxis和Z-soil基本可以解决岩土工程所有问题，但GEO4由于建模功能的限制，只能解决隧道、边坡等相关问题；Plaxis和Z-Soil可以进行渗流分析（非饱和）包括流固偶合分析。 总的来说，Plaxis和Z-Soil是专业的岩土工程有限元程序；GEO FEM是GEO4里面的一个工具包，而GEO4类似于国内的理正一样，是遵循Eurocode的设计软件。 2 问：在plaxis中，用折减系数作出它的几个滑裂面，如何查看滑裂面的角度、圆心、半径等 这些滑裂面的相关参数呢？ 2008/6/5 9:36:26 答：使用强度折减法，不用假定slip surface，故不会有这些数据。 3 问：Plaxis怎么模拟路堤分步填筑？在实际施工中，填筑不是一次加载的，可能先填一半， 过个月再填一半，而且这一半也不是一次填完，要在几天内完成，请问怎么在Plaxis中模拟，怎 么设置可以反应填筑速率，请高手指教？ 2008/6/5 9:47:25 答：手册里有相关例子，你可以参考一下lesson 5。 堆载速率可以通过设置堆载这个stage的时间间隔来设置。如果只有基本模块，可以设置mstage 的数值。mstage=1.0，说明100％施加上去了，mstage＝0.1，说明只有10%的荷载。由于Plaxis 不能设置load function，比较麻烦。当然，你可以将一层土细分成几个stage完成，也可以实 现。 4 问：Plaxis 3D 用这个软件分析基坑时，基坑是钢格栅喷混凝土支护，支护用板来模拟，Ｅ Ｉ和ＥＡ中的Ｉ和Ａ分别指哪个面的惯性矩和面积，以及单位后面的／ｍ应该是哪个长度？ 2008/6/5 9:49:13 答：应该是： A=沿着洞轴方向L×厚度d E是弹性模量 I是惯性矩 5 问：在网上看到有人怀疑Plaxis 3D Foundation和3D Tunnel的真三维性，有人说它们不是 真正的三维计算，有谁知道是怎么回事吗？ 2008/6/5 9:59:42 答：Plaxis 3D Tunnel计算内核是三维的。但是目前只支持平面拉伸建模，建附加模型还存在困 难。3D Tunnel的确不能生成复杂的斜交隧道。 3D Foundation是专门解决基础问题的三维有限元计算软件。其解决基础问题要比FLAC3D要专 业，特别是考虑了一些工程实际，但开放性不如FLAC3d。近期3D Foundation将在此方面有重大 改进，新版本前处理借用GID作为前处理工具。Plaxis 系列优点长处是其理论，尤其是hs和 hs-small模型。 6 问：最近在算一个基坑,很好的地质条件，桩、撑刚度都取得很大，居然算出来水平位移始终 都有70mm左右，但用同济启明星算水土分算，并且参数都没有取最大值，算的结果只有17mm左 右。深圳规范要求水平位移不超过30mm，要是用Plaxis是很难算出小于规范值的结果的，事实 上，也不至于有那么大的位移的？ 2008/6/5 10:05:32 答：主要问题是现在很多地质报告都不提供三轴的试验参数：例如E50模量，Eur模量，Es模量， 有效强度指标等；土体的本构参数比较特殊，要做特殊的试验，因此一般的项目参数方面的确有 问题。不过，即便是只有Es模量和直剪固快指标，通过换算和引入K0、孔隙比、Cc，Cs等其他 参数，也是可以得到其他需要的参数，不过这需要比较扎实的本构模型方面的知识和岩土工程经 验，知道不同的本构适合模拟什么土层，知道本构的优点和局限性，这对使用者的要求的确比较 高。 7 问：隧道已经组成一个类组，所以一定要对其进行材料定义。如果不定义得话，就不能对其 进行网格划分，这要怎么解决呢？ 2008/6/5 10:08:42 答：你是不是只想模拟基坑开挖对既有隧道结构的影响，而省略掉前面隧道开挖过程的模拟。 这样的话，结果恐怕很难正确，而且会碰到你所说的问题。因为隧道在基坑开挖前，有一定的受 力状况，这需要模拟隧道开挖过程才能得到其受力状况，基坑开挖的影响也是在其这个受力状况
企业版-用户手册
上海市特种设备使用单位隐患排查系统操作手册 2018年6月 上海市质量技术监督局特种设备监察处 上海九雏信息技术有限公司
目录 1.首次使用 (1) 1.1.首次登录需要使用法人一证通 (1) 1.1.1.安装“协卡助手”软件 (1) 1.1.2.使用法人一证通登录 (2) 1.2.初始化设置 (3) 1.2.1.企业信息确认 (4) 1.2.2.特种设备信息确认 (4) 1.2.3.初始管理账号创建 (5) 1.2.4.管理单元配置 (5) 1.2.5.人员及账号配置 (6) 2.电脑管理端使用 (7) 2.1.用户登录 (7) 2.2.排查计划 (8) 2.3.日常排查 (9) 2.3.1.排查记录 (9) 2.3.2.排查登记 (10) 2.4.问题识别 (11) 2.5.隐患管理 (13) 2.6.统计分析 (15) 2.6.1.常用报表 (15) 2.6.2.图表分析 (15) 3.手机端App使用 (16) 3.1.下载与安装 (16) 3.2.登录与首页 (18) 3.3.日常排查 (19) 3.3.1.新建排查记录 (19) 3.3.2.问题整改 (23) 3.3.3.隐患治理 (24)
3.4.辅助功能 (26) 3.4.1.设备信息 (26) 3.4.2.排查记录 (28) 3.4.3.知识库 (28) 3.4.4.企业信息 (29) 3.4.5.人员管理 (29) 3.4.6.管理单元 (30) 3.4.7.修改密码 (30)
1.首次使用 1.1.首次登录需要使用法人一证通 首次登录必须使用法人一证通，请准备法人一证通USB介质。 图1-1上海市法人一证通 为什么要使用“法人一证通”？ “法人一证通”是法人网上身份统一认证的一项重要的网络安全基础服务。隐患排查系统通过该服务，实现对企业身份信息的快速、可靠、安全的认证。 是否每次登录都要使用“法人一证通”？ 不是，仅首次登录需要。首次登录成功后，可自行创建账号密码，后续可使用账号密码直接登录。 1.1.1.安装“协卡助手”软件 在插入USB介质之前，请先安装“协卡助手”软件，可从系统登录界面上的链接下载（见图1-1），点击该链接后，会打开上海市法人一证通官方网站的协卡助手下载页面，点击该页右侧的红色“下载”按钮，待下载完成后安装即可。
材料模型手册
材料模型手册
目录 1 简介 (5) 1.1 不同模型的选用 (5) 1.2 局限性 (7) 2 材料模拟初步 (9) 2.1 应力的一般定义 (9) 2.2 应变的一般定义 (11) 2.3 弹性应变 (12) 2.4 用有效参数进行的不排水分析 (14) 2.5 用有效强度参数进行不排水有效应力分析 (18) 2.6 用不排水强度参数进行不排水有效应力分析(不排水B) (19) 2.7 用不排水参数进行不排水总应力分析 (19) 2.8 高级模型中的初始预固结应力 (20) 2.9 关于初始应力 (21) 4 霍克布朗模型（岩石行为） (32) 4.1 霍克布朗模型公式 (33) 4.2 霍克-布朗与莫尔-库伦之间的转换 (36) 4.3 霍克-布朗模型中的参数 (36) 5 土体硬化模型（各向同性） (41) 5.1 标准排水三轴试验的双曲线关系 (42) 5.2 土体硬化模型的双曲线近似 (43) 5.3 三轴应力状态下的塑性体积应变 (45) 5.4 土体硬化模型的参数 (46) 5.5 土体硬化模型中帽盖屈服面 (52) 6 小应变土体硬化模型(HSS) (54) 6.1 用双曲线准则描述小应变刚度 (55) 6. 2 HS 模型中使用HARDIN-DRNEVICH 关系 (56) 6.3 初始加载VS 卸载/重加载 (58) 6.4模型参数 (59) 6.5 参数0G 和0.7γ (61) 6.6 模型初始化 (62) 6.7 与土体硬化模型的其他区别 (63) 7 软土模型 (64) 7.1 应力和应变的各向同性状态（123'''σσσ==） (64)