pymol做图简单教程

pymol做图简单教程

1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个

2.M erge后export structure,存成pdb格式

3.在pymol中打开.pdb

4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename

Rename这个ligand,这里命名为lig

5.选all,H(hide)everthing

6.选lig，S(show)sticks

7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon

8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element

2j50选white

9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了

思维导图中文教程大全

思维导图中文教程大全 导语： 或许你之前用过好几款思维导图软件，但基本都是英文版，MindMaster是一款支持中文操作的思维导图软件，你可以通过本文的介绍了解思维导图以及操作流程。 什么是思维导图？ 思维导图又叫心智导图，是，它简单却又很有效，是一种革命性的思维工具。思维导图运用图文并重的技巧，把各级主题的关系用相互隶属与相关的层级图表现出来，把主题关键词与图像、颜色等建立记忆链接。 免费获取MindMaster思维导图软件：https://www.sodocs.net/doc/7018578179.html,/mindmaster/ 中文版思维导图软件 中文版思维导图软件MindMaster，其特点是拥有无限的扩展性，可以不受限制的自由组合，还可以快捷添加文字、图片、音频、超链接等等，而且修改起来也十分方便。对电脑上常用的三大系统：Windows、Mac和Linux的支持都比较好，软件除了简体中文版界面，还可以自由切换成繁体中文、英语、日语、法语、德语界面。 除了思维导图工具常用的一些功能，MindMaster还提供了丰富的思维导图模板、可以将文件一键生成PPT幻灯片页面，并导出为可以再次编辑的PPT格

式。即便你想直接在软件中进行幻灯片演示，也可以在软件所提供的多种演示模式中找到你想要的。 如何下载使用中文版思维导图软件MindMaster 1、首先打开百度浏览器，搜索“亿图MindMaster”进入亿图官网，然后找到MindMaster进行下载安装，因为是国产软件，所以下载的界面语言默认为中文版，当然你也可以自己选择英语、德语、法语、日语等等。 2、然后打开MindMaster思维导图软件，点击“新建”，这个时候可以看到有很多的思维导图模板可以使用，我们可以双击任意模板进入画布，也可以点击

APBS教程

目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件（PDB2PQR） 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献 ５.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子 ６.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点

8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例 方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程 这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.sodocs.net/doc/7018578179.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。 重要信息 注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现，而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。 提示 本教程仍在完善之中，并且会在下一版本的APBS 开 发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。

【最新精选】简单思维导图教程

【最新精选】简单思维导图教程 一信息全力阅读 (一)怎样缩短80%的学习时间，却记住更多 在任何课本中，只有20%的词语包含着你真正需要的信息，这些词语被叫做关键词。剩下的80%的词语根本就不包含任何有用的信息，这些非关键词通常是一些连接词，如“是”、“的”、“而且”、“但是”等等。如果这些词语不包含任何信息，它们在课本中起什么作用呢,它们的唯一目的就是将关键词连接起来形成句子。它们能够帮助你在第一次阅读的时候理解所读的内容，但是在记忆和复习的阶段，它们就是在浪费时间了。因此，我们应该学会收集信息，即收集关键词。 (二)全力阅读就是收集关键词 要成为一个有效率的学习者，你就应该只通读课本和课程材料一遍。你在通读的时候，将“精华”或“信息”以核心观点或关键词的形式提取出来。之后，你只把这些核心观点和关键词记在笔记——思维导图，为复习做准备。你可以将剩下的80%的非关键词永远忽略和抛弃。在即将到来的复习中，你就只需要复习这思维导图中的20%的关键词，却能获得100%的信息，你将有效地节省80%的时间。 从课本中采集关键词就像从一大片农田中采集谷物或稻米一样。最开始要花费几个小时走完整片田地，找出能够食用的谷物。但是一旦采集完毕之后，我们只需要食用整片田地的精华——谷物，而不是包括稻草、土石、蝗虫在内的东西。 (三)关键词的作用 我们展示一下关键词的力量。请阅读下面的段落(145字): 很长时间以来，人们已经知道人类大脑可以被分为两个部分:左脑和右脑。人们也知道左脑控制人的右半边身体而右脑则控制着人的左半边身体。人们还发现当左脑受到损坏的时候，人的右半边身体就会瘫痪。同样的，如果右脑受到损坏，人

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.

GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).

思维导图怎么画超详细教程

思维导图怎么画超详细教程 导语： 作为21世纪全球革命性思维工具、学习工具、管理工具，思维导图已经应用于生活和工作的各个方面，包括学习、写作、沟通、家庭、教育、演讲、管理、会议等，运用思维导图带来的学习能力和清晰的思维方式已经成功改变了 2.5亿人的思维习惯。鉴于很多人还不知道思维导图怎么绘制，下面为大家详细讲解一下关于思维导图软件绘制思维导图的画法介绍。 用什么软件绘制思维导图？ 对于新手来说，用MindMaster思维导图是一个不错的选择。MindMaster思维导图软件操作界面如Office界面一样简单，不需太多的学习，随意便可上手。软件内有上百种现有模板可供使用，主题一键切换；大量剪贴画素材可以用来丰富你的思维导图；软件支持导出JPG、PDF、PPT等多种格式，还支持跨平台使用。 免费获取MindMaster思维导图软件：https://www.sodocs.net/doc/7018578179.html,/mindmaster/ 新手如何使用MindMaster绘制思维导图？ 1、首先当然需要在电脑上下载安装好MindMaster，在官网下载的时候可以根据自己的电脑系统来选择对应的版本，安装好之后双击打开运行。

2、接着打开MindMaster思维导图软件，点击“新建”，选择任意模板开启绘图之旅，也可以点击右侧“创建”一个空白模板进入画布。 3、进入之后会看到有一个中心主题，你可以用鼠标双击来进行编辑。如果你想添加子主题的话，可以用鼠标移动到中心主题附件，当出现一个“+”符号时点击一下就可以自动添加，当然你也可以在上方菜单栏里进行添加。

初始的主题样式看起来会比较单调，可以通过右侧来对思维导图的主体框架、样式、颜色、线条粗细等进行编辑设置，丰富主题，让思维导图看起来更漂亮。 5、当然软件中还有许多可爱的剪贴画也是可以使用的，除此之外你还可以插入图片、评论、超链接、注释、附件等等。

思维导图学习小学数学

今天讲座的主要内容如下： 一、思维导图简介 二、了解形象思维 三、思维导图学习小学数学 在正式开始之前，大家先热热身，做一个游戏。 24点游戏：4个数字用加减乘除或括号的形式运算，得数24.方法越多越好：大家做做，开始 3,3,3,3；4,4,4,4； 5,5,5,5；6,6,6,6； 接下来：7,7,7,7；4,4,10,10； 一、思维导图简介 思维导图(Mind Mapping)是一种将发散性思考(Radiant Thinking)具体化的方法。 通俗地说，思维导图是一个简单、有效、美丽的思维工具。它依据全脑的概念，按照大脑自身的规律进行思考，全面调动左脑的逻辑、顺序、条例、文字、数字以及右脑的图像、想象、颜色、空间、整体思维，使大脑潜能得到最充分的开发，从而极大地发掘人的记忆、创造、身体、语言、精神、社交等各方面的潜能。 思维导图基于对人脑的模拟，它的整个画面正像一个人大脑的结构图（分布着许多“沟”与“回”）；其次，这种模拟突出了思维内容的重心和层次；第三，这种模拟强化了联想功能，正像大脑细胞之间无限丰富的连接；第四，人脑对图像的加工记忆能力大约是文字的1000倍。让你更有效地把信息放进你的大脑，或是把信息从你的大脑中取出来，一幅思维导图是最简单的方法——这就是作为一种思维工具的思维导图所要做的工作。 思维导图通常从一个主要的概念开始，随着个人思维的延伸，向周围发散为～个树状的结构，能同日寸体现思维的广度与深度，利于学习者发散思维的形成，根据个人绘制的思维导图，能较快地理清思维的整个过程。 从思维导图自身特点来看，我们既可以把它视为一种图形，也可以理解为一种工具。首先，把它视为图形，主要是从思维导图呈现知识的形式来说，它把学习者线性的语言和思维方式，用图形的方式组织起来，这不仅从表面上美化了笔记形式，而且有利于唤起学习者对先前知识的刺激，更有利于他们之间对各自隐性知识的获得，对学习群体将有大的促进作用；把思维导图视为一种工具，我们可以利用它自身的优点，来辅助我们在教学与学习的过程中

pymol使用教程

pymol使用教程

简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.sodocs.net/doc/7018578179.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译

pymol 基本操作

简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 2.然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 3.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svnpymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install

cad里面动态块的制作教程

cad里面动态块的制作教程 创建CAD动态块的一般步骤 将一个或多个单一的实体对象整合为一个对象，这个对象就是图块。图块中的各实体可以具有各自的图层、线性、颜色等特征。在应用时，图块作为一个独立的、完整的对象进行操作，可以根据需要按一定比例和角度将图块插入到需要的位置。向块中添加参数集与添加参数所使用的方法相同。参数集中包含的动作将自动添加到块定义中，并与添加的参数相关联。接着，必须将选择集（几何图形）与各个动作相关联。 首次向动态块定义添加参数集时，每个动作旁边都会显示一个黄 色警告图标。这表示需要将选择集与各个动作相关联。可以双击该黄色警示图标，然后按照命令行上的提示将动作与选择集相关联。 如果插入的是查寻参数集，双击黄色警示图标时将会显示“特性 查寻表”对话框。与查寻动作相关联的是添加到此表中的数据，而不是选择集。 为了得到高质量的动态块，提高块的效率，避免重复修改，我们 一般可以通过以下几个步骤完成动态块的创建。

步骤1：规划 在创建动态块之前，有必要对动态块进行必要的规划，规划动态块要实现的功能、外观，在图形中的使用方式，以及要实现预期功能需要使用哪些参数和动作。 步骤2：绘制几何图形 绘制动态块中所包含的基本图元，当然，这些图元也可以在块器中绘制。步骤3：添加参数和动作 这是动态块创建过程中最关键的环节，参数和动作的不但要考虑到动态块功能的实现，同时也要考虑到动态块的可读性及修改的方便性，尽可能将参数的作用点吸咐在对应的图元上，且动作应摆放在其关联参数附近，参数和动作较多时还需要为其重命名，以便理解、和修改。 步骤4：测试动态块 保存并退出块器后，对动态块进行效果测试，检测是否能达到预期的效果。

在线版思维导图插入图片教程

在线版思维导图插入图片教程 导语： 随着科技的发展，制作思维导图的方式已经越来越多，最开始是手绘，后面大家又开始用软件，如今在线版思维导图因为其便捷性也逐渐成为了新宠。下面就让我们一起来看看在线版思维导图的优势有哪些吧。 免费获取MindMaster思维导图软件：https://www.sodocs.net/doc/7018578179.html,/mindmaster/ 在线的思维导图的工具有哪些？ 在线的思维导图工具主要有MindMaster、百度脑图等，相比之下，还是MindMaster用起来是比较方便。MindMaster思维导图在线版工具，可以同步PC 端和移动端的数据，功能无异于PC端，无论何时何地都可使用MindMaster查看编辑文件。内置大量思维导图模板实例，和丰富的剪贴画素材，支持保存office、图片、PDF等格式。

MindMaster思维导图软件功能：

MindMaster在线版的优势 一、基本功能完备 MindMaster思维导图在线版，作为一款通用性很强的思维导图工具，不仅提供大量免费思维导图模板，还可以通过功能键快速切换主题、布局样式、颜色搭配，甚至是给思维导图添加附件、外框、标签、概要等元素。 二、容易上手 用过MindMaster思维导图PC版的应该都清楚，这款软件拥有非常简洁的界面、通俗易懂的功能、丰富多彩的模板，以及多种风格的布局样式，只需要简单的操作，就能完成各种风格的思维导图。同样MindMaster在线版思维导图延续了PC 版的风格，无论你是职场新手，还是在校的学生，都能很快上手使用。 三、免费而且国产 MindMaster是一款国产思维导图软件，无论你是职场人士，还是在校的学生，用的是电脑、平板，还是手机，都可以用MindMaster免费版本制作出专业又好看的思维导图。

简单思维导图教程

一信息全力阅读 （一）怎样缩短80%的学习时间，却记住更多 在任何课本中，只有20%的词语包含着你真正需要的信息，这些词语被叫做关键词。剩下的80%的词语根本就不包含任何有用的信息，这些非关键词通常是一些连接词，如“是”、“的”、“而且”、“但是”等等。如果这些词语不包含任何信息，它们在课本中起什么作用呢？它们的唯一目的就是将关键词连接起来形成句子。它们能够帮助你在第一次阅读的时候理解所读的内容，但是在记忆和复习的阶段，它们就是在浪费时间了。因此，我们应该学会收集信息，即收集关键词。 （二）全力阅读就是收集关键词 要成为一个有效率的学习者，你就应该只通读课本和课程材料一遍。你在通读的时候，将“精华”或“信息”以核心观点或关键词的形式提取出来。之后，你只把这些核心观点和关键词记在笔记——思维导图，为复习做准备。你可以将剩下的80%的非关键词永远忽略和抛弃。在即将到来的复习中，你就只需要复习这思维导图中的20%的关键词，却能获得100%的信息，你将有效地节省80%的时间。 从课本中采集关键词就像从一大片农田中采集谷物或稻米一样。最开始要花费几个小时走完整片田地，找出能够食用的谷物。但是一旦采集完毕之后，我们只需要食用整片田地的精华——谷物，而不是包括稻草、土石、蝗虫在内的东西。 （三）关键词的作用

我们展示一下关键词的力量。请阅读下面的段落（145字）： 很长时间以来，人们已经知道人类大脑可以被分为两个部分：左脑和右脑。人们也知道左脑控制人的右半边身体而右脑则控制着人的左半边身体。人们还发现当左脑受到损坏的时候，人的右半边身体就会瘫痪。同样的，如果右脑受到损坏，人的左半边身体就会瘫痪。换句话说，一边大脑受到损伤将会导致相对应的一边身体瘫痪。 再请阅读下面的关键词进行对比，我们是不是还能获得上面段落展示的所有信息呢？ 人类大脑分为两部分：左脑和右脑。 左脑控制右半边身体，右脑控制左半边身体 左脑受损坏，右半边身体会瘫痪 右脑受损坏，左半边身体会瘫痪 我们浓缩出了令人惊讶的63字的关键词。 我敢肯定仅仅阅读这些关键词，你就能获得同样的信息。没有信息会丢失。我们来阅读一下那些占大多数内容的非关键词所组成的段落吧。

《走进思维导图》教学设计

走进思维导图 南京市科利华中学包桂霞 ■教材分析 思维导图又称心智图，由英国教育学家托尼.博赞创造。它依据人类大脑思维的放射性特点，利用简单直观的图示或者结构图，借助线条、图形、文字、代码、颜色等，将某个信息作为中心主题向外发散，与其他相关主题进行链接从而形成放射状的结构，其他主题又可以成为新的中心再次向外发散产生连接。如此反复，从而形成反映思维特征的树状图示。因此思维导图是一种能够聚焦主题、促进发散思维并能对思维活动进行整理的图形工具。思维导图的应用十分广泛，如：知识整理、头脑风暴、小组讨论、计划、写作、深度阅读、笔记等。它是学生改进学习方式、提高学习效能的有效工具，因此我校将其纳入信息技术校本化课程中，在初一年级进行普及性教育。 借助思维导图软件可以快速、高效地制作思维导图作品，它是信息技术时代加工与表达信息的重要工具。《江苏省义务教育信息技术课程指导纲要》中指出信息技术课程旨在帮助学生掌握信息时代生存与发展必需的信息技术基础知识和基本技能，形成在日常生活与学习中应用信息技术解决问题的基本态度与基本能力。因此在初中信息技术课堂中推广思维导图教学不仅与信息技术的课程目标吻合,还体现了信息技术的学科价值。 ■学情分析 学生曾见识过思维导图作品，但是没有亲自制作思维导图作品，这节课将引导学生从兴趣及需要出发制作简单的思维导图作品；课堂中选择使用简单易学的MindMaster软件降低学生学习和制作思维导图的难度。因思维导图的应用十分广泛，本课的学习将促进他们应用新的信息技术工具和方法去解决学习和生活中的问题。因此学生对本课有一定的兴趣和学习动力。 ■教学目标 1．知识与技能 （1）了解思维导图的概念和形式，感受思维导图的价值。 （2）初步学会使用MindMaster软件创建、编辑、美化、分享思维导图作品。 2．过程与方法 （1）通过分析和制作思维导图作品，掌握思维导图的制作流程及方法，体验思维导图软件技术价值之简。 （2）通过了解思维导图在学习和生活中的各种应用，体验思维导图应用价值之广。 （3）在小组合作探究中掌握“浏览教程”、“分析范例”、“大胆尝试”等探究式学习方法。 3．情感态度与价值观 感受思维导图的魅力，借助思维导图提高发散思维的能力，体验其思维价值之美。 4．行为与创新 将思维导图应用于学习或生活，并使用MindMaster制作出个性化的思维导图作品。 ■教学目标重点与难点 重点：编辑思维导图作品，体验思维导图软件的技术价值 难点：设计思维导图作品，体验思维导图的思维价值 ■教学方法与手段小组合作自主探究 ■教学准备PPT教学课件范例教程

最新pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action， S：显示这个对象的某种样式， H：隐藏某种样式， L：显示某种label， C：显示的颜色 下面是操作过程： 点击all中的H，选择everything，隐藏所有 点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择 点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体 点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选 择rename selection，窗口中出现，更改sele 为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调 整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键： IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择 red red，把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是

residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键 ，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing 转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改 pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png

思维导图经典案例讲解

思维导图经典案例讲解 思维导图又叫心智导图，是表达发散性思维的有效图形思维工具，它简单却又很有效，是一种实用性的思维工具。思维导图运用图文并重的技巧，把各级主题的关系用相互隶属与相关的层级图表现出来，把主题关键词与图像、颜色等建立记忆链接。思维导图充分运用左右脑的机能，利用记忆、阅读、思维的规律，协助人们在科学与艺术、逻辑与想象之间平衡发展，从而开启人类大脑的无限潜能。思维导图因此具有人类思维的强大功能。 阅读书籍如果是理论性书籍,很多情况下前后章节连续性不是很强，可以读完一章之后进行一次整理，如果是整体性较强的书籍，并且在短时间内可以阅读完成，可以读完全书一并制作思维导图，这个大家根据实践情况和书籍难度自行判断。 1、构建框架 可以直接将书籍的目录录入到思维导图中，也可以选择比较重要的部分录入。主要的目标是将书籍中最重视的部分框架清晰的反映在思维导图中。 2、录入重点 将书中的重点论证部分录入思维导图，同时将自己摘录、勾画的部分录入，这个时候不必变更书中原句，简单的录入即可。这时有两种内容，第一种是和书籍框架及论证有关的，放入导图的对应分支下;第二种是与框架无关，可以在导图中建立一个“杂项”的分支，将所有内容统统扔进这个分支下。

3、调整方式 如果读书的目的不是为了了解作者的思路或者纯粹和作者有关的东西，那么绝对不关心作 者或者本书的思维框架如何，但是在书中可能关心其中某些部分。比如《如何阅读一本书》中，关心如何做分析阅读，如何做检视阅读，如何做主题阅读，那么可能要做三个主要的分支。 4、论证引入 将内容和论证放入相应分枝中,完成了整体框架的构建，这时候就是该细化的时候了。 5、细化语言 细化每个分支的逻辑性和语言。框架已经有了，每个分支下也有了一定内容，但是每个独 立分支下的逻辑性并不清楚，需要将书中原话转变成自己理解的话语，尽力简化。同时，将这 些句子的逻辑关系理清，用分支的形式体现出来，这时就有了一个层次、逻辑清楚的思维导图了。 6、处理杂项 大家没有忘记杂项中还有很多内容吧，处理一下这些句子，有些内容可以放入前面整理出 的框架中，有些东西则和全书整体框架并不相关。 7、内容归档 比如管理一个专门的导图，日常杂项一个导图，谈读书系列一个导图。将杂项中的内容分 门别类的归入这些导图中去，不必太过在意构架和体系，可以同样在它们中建立杂项，扔进去

pymol用法(教程二)

[转载]PyMOL用法（教程二） 基础Pymol命令 这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全： Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录，只需要键入： Pymol> log_close 好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）： Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项

目的名字（如test）： Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。 首先： Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。 使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入： Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： Pymol> label all, chains

八种基本的思维导图word版本

思维导图，英文叫Mind Map，也称 Thinking Map ，就是借助图表来分析问题、理清思路。今天介绍的都是思维图的基本款，体现了基础的思维框架。但是每种图都能有无限的延伸，甚至不同种图可以结合起来一起用，可以变得非常复杂。常见的思维图有这八种：Circle Map 圆圈图、Tree Map 树状图、Bubble Map 气泡图、Double Bubble Map 双重气泡图、Flow Map 流程图、Multi-flow Map 多重流程图、Brace Map 括号图，和Bridge Map 桥型图。

1、圆圈图，定义一件事（Circle Maps - Defining in Context ） Circle map 主要用于把一个主题展开来，联想或描述细节。它有两个圆圈，里面的小圈圈是主题，而外面的大圈圈里放的是和这个主题有关的细节或特征。基本形状是这样的： 下面是国外一个幼儿园孩子做的圆圈图练习。左边是一个典型的联想型圆圈图；主题是海滩，可以联想到螃蟹、鱼、遮阳伞、海草、游泳衣、海豚，等等。而右边的图，反过来，从现象、特征（details）让孩子去推断相关的主题是什么？思维练习的开始就是这么简单！

还可以用圆圈图帮孩子理解数学概念，虽然是一个简简单单的10以下数字，也可以让孩子展开很多思考和联想呢！ 2、气泡图，描述事物性质和特征（Bubble Maps -Describing Qualities ） 国外很多幼儿园和小学都在用Bubble Map 来帮助孩子学习知识、描述事物，因为这个真的比较简单和管用，最基本的气泡图是这样的：

思维导图总结!绘制思维导图的简单方法

思维导图总结！绘制思维导图的简单方法 导语： 思维导图怎么画？其实思维导图的画法主要是分为软件绘图和手工绘图。对于新手而言，更推荐使用电脑软件绘图，只需要安装一个思维导图软件，就能画出精彩的思维导图。本文为你介绍简单画法！ 用什么软件绘制思维导图？ 对于新手来说，用MindMaster思维导图是一个不错的选择。MindMaster思维导图软件操作界面如Office界面一样简单，不需太多的学习，便可上手。软件内有上百种现有模板可供使用，主题样式可一键切换；大量剪贴画素材可以用来丰富你的思维导图；软件可支持导出JPG、Word、PPT等多种格式。 免费获取MindMaster思维导图软件：https://www.sodocs.net/doc/7018578179.html,/mindmaster/ MindMaster软件里的思维导图怎么画出来的呢？ 1、首先要在电脑上下载安装好思维导图软件MindMaster，直接百度搜索亿图官网进去即可下载。

2、然后打开MindMaster思维导图软件，点击“新建”，选择任意模板双击即可进入绘图界面，新手建议从模板开始入手。 3、进入之后会出现一个中心主题，双击即可进行编辑，之后便是添加子主题了。你可以点击菜单栏上的插入子主题进行添加，也可以点击中心主题右侧的+进行添加，还可以使用超级方便的快捷键Ctrl+Enter进行添加。注意的是，如果你想添加同级主体的话，只需要按Enter即可。

4、MindMaster还有一个十分适合新手的技能，就是一键自由更换主题，如果你觉得默认主题不好看，很简单，只需要用鼠标轻轻一点，即可自由更换各种靓丽的主题啦。 5、除此之外还有许多剪贴画以及图标也可以自由使用，同样的用鼠标直接拖入画布中就可以啦。

制作高清GIF图教程【GIF制作教程】

制作高清GIF图教程【GIF制作教程】 首先，需要两个软件，分别是Potplayer，这是个播放器，免费的，可以去百度一下，很容 易找到，找到合适自己电脑的版本，就装进电脑吧。主要是分64位和32位两个版本，楼 主我就是苦逼的XP。。。。。。←就是它 另一个是Photoscape，这软件也很好找，是个适合初学者用的简单的GIF合成软件。 ←就是它。 首先我们用Potplayer打开要截取的视频。 打开视频之后找到要截取的画面后，按Ctrl+G可以打开这个截图的文件夹，顶上可以设置

截取的图片路径，其他可以和我做一样的设置，尺寸设置一栏可以选择原始尺寸，但是如果截取很卡，可以改为自定义尺寸。需要字幕的话可以点上同时截取字幕。 并在右键菜单字幕设置中选择非图层输出。

这里还有一点很重要的是帧设置，截取帧数可以设置大一点，因为可以随时开始停止所以设置1000或10000都没关系，重要的是截取间隔，如果想要时间截取的长一点，可以像楼上那张图一样设置成100，要让画面更流畅，可以设置成70-80左右。 PS，不推荐50或者以下，因为如果间隔太小，一个是会大大缩减截取时间，一个是会截取很多相同的帧，而且帧数过高经证明会有浏览器出现卡顿现象。 点击开始就可以开始截图了，点击停止就能停止连续截图，这里就不上图解释了。 接下来我们打开截图文件夹。

就像这样，按住Ctrl来多选。选中所有的要做成GIF的图片。 接下来打开Photoscape来合成GIF图片。 找到四点钟方向的GIF动画，打开。 然后打开截图文件夹，点住要做GIF的第一张（也就是楼上那张图里面第一行从右往左数第二张，这很重要。）拖入下图所示的位置。

新手思维导图教程完整版

新手思维导图教程完整版 导读： 思维导图帮助人们发散思维，将想法一条一条记录下来。现在有许多新手愿意学习和使用思维导图高边自己。那么新手又该如何入门学习思维导图呢？一起来看完整版介绍！ 什么是思维导图？ 思维导图是发散性的思维工具，像大脑的神经元一样，以中心关键词开始，逐层的发散出去。思维导图通过色彩、图形、文字等将层级关系进行有效的连接，充分运用左右脑的机能，协调人们逻辑与想象、科学与艺术之间的平衡，开发人类无限的潜力。 思维导图的作用被人们运用的越来越好，适用人群也越来越多，市面上的思维导图工具也不少，但真正良心的软件并没有几款，你一不小心可能就进了什么流氓软件的陷阱，被强制付费了发现软件还不好用，所以选一款良心好用的思维导图软件很重要！ 免费获取MindMaster思维导图软件：https://www.sodocs.net/doc/7018578179.html,/mindmaster/ 良心好用的思维导图软件推荐 MindMaster提供了思维导图、甘特图、时间线、鱼骨图、组织架构图和团

队协作功能，无论是企业还是教育机构都很适用。这款强大的思维导图工具可以让你在一个单一的视图组织你的想法，在这里你可以轻松地拖放操作和优先考虑你的想法。添加图像、视频、超链接和附件都非常简单，让你简单、便捷的把想法付诸行动。 为什么推荐MindMaster思维导图？ 一、历经多年研发，打造超级思维导图工具 MindMaster是由亿图软件公司独立开发的一款跨平台、多功能的思维导图软件。软件分为免费版和专业版，完美解决了思维导图软件好用则价高，免费则难用的尴尬局面。MindMaster结合了精美的设计元素，预置丰富的主题样式，再配以超人性化的布局模式和展示模式，使得亿图思维导图软件正努力成为一款真正的效率神器。

pymol 基本操作

简介＆安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py"表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子(molucule）的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧. 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 ＄ mkdir pymol—src ＄ svn co pymol-src 然后进入源代码目录 ＃ cd pymol-src 开始依次编译 ＃ python setup.py install # python setup2。py install