生物信息学作业二(二)

生物信息学实验作业二

1.了解什么是BLAST，它有哪些应用。

答：Blast，全称 Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast具有较快的比对速度和较高的比对精度，适用于多种序列比对的情况，在常规双序列比对分析中应用最为广泛。可以毫不夸张的说，blast是做比较基因组学乃至整个生物信息学研究所必须掌握的一种比对工具。

Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。

Blast的应用：Blast是一个集成的程序包，通过调用不同的比对程序，blast 实现了五种可能的序列比对方式：

Blastp：蛋白序列与蛋白库做比对，直接比对蛋白序列的同源性。

Blastx：核酸序列对蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列（根据相位可以翻译为6种可能的蛋白序列），再与蛋白库做比对。

Blastn：核酸序列对核酸库的比对，直接比较核酸序列的同源性。

Tblastn：蛋白序列对核酸库的比对，将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，比对蛋白序列的同源性。

Tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后对蛋白序。

Blastclust:通过blast聚类。

Blast提供了核酸和蛋白序列之间所有可能的比对方式，同时具有较快的比对速度和较高的比对精度，因此在常规双序列比对分析中应用最为广泛。可以毫不夸张的说，blast是做比较基因组学乃至整个生物信息学研究所必须掌握的一种比对工具。

2.请在NCBI中查找你感兴趣的某一基因或蛋白，通过BLAST工具检

索与其高度相似的序列，并将你查到的这一基因或蛋白与你检索到的与其相似的序列（其中一条）的比对结果列出来，简单说明序列比对评分和检索过程。

答：

过程：

（1）在NCBI 下载一条序列（用FASTA 格式）

（2）在BLAST 中载入该序列文件

（3）调节各种参数

（4）点击BLAST 进行比对

生物信息学作业

生物信息学试题 1、构建分子系统树得主要方法有哪些？并简要说明构建分子进化树 得一般步骤。（20分） 答：（1）构建进化树得方法包括两种：一类就是序列类似性比较，主要就是基于氨基酸相对突变率矩阵（常用PAM250）计算不同序列差异性积分作为它们得差异性量度（序列进化树）；另一类在难以通过序列比较构建序列进化树得情况下，通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合与多结构特征比较等方法建立结构进化树 (2)序列比对——选取所需序列——软件绘制 具体如下： a测序获取序列或者在NCBI上搜索所需得目得序列 b在NCBI上做blast：比对相似度较高得基因，并以fast格式下载，整合在*txt文档中。 c比对序列，比对序列转化成*meg格式 d打开保存得*meg格式文件，构建系统进化树 2、氨基酸序列打分矩阵PAM与BLOSUM中序号有什么意义？它们各自 得规律就是什么？（10分） （1）PAM矩阵：基于进化得点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就就是一个进化得变异单位, 即1%得氨基酸改变。 BLOSUM矩阵：首先寻找氨基酸模式，即有意义得一段氨基酸片断，分别比较相同得氨基酸模式之间氨基酸得保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸得取代数据），然后，以所有60％保守性得氨基酸模式之间得比较数据为根据，产生BLOSUM60；以所有80％保守性得氨基酸模式之间得比较数据为根据，产生BLOSUM80。

（2）PAM用于家族内成员相比，然后把所有家族中对某种氨基酸得比较结果加与在一起，产生“取代”数据（PAM-1 ）；PAM-1自乘n次，得PAM-n。 PAM-n中，n 越小，表示氨基酸变异得可能性越小；相似得序列之间比较应该选用n值小得矩阵，不太相似得序列之间比较应该选用n值大得矩阵。PAM-250用于约 20%相同序列之间得比较。 BLOSUM-n中，n越小，表示氨基酸相似得可能性越小；相似得序列之间比较应该选用 n 值大得矩阵，不太相似得序列之间比较应该选用n值小得矩阵。BLOSUM-62用来比较62％相似度得序列，BLOSUM-80用来比较80％左右得序列。 3、蛋白质三维结构预测得主要方法有哪些？试选择其中得一种方 法，说明蛋白质三维结构预测得一般步骤。（10分） （1） a同源建模（序列相似性低于30%得蛋白质难以得到理想得结构模型 b折叠识别(已知结模板得序列一致率小于25%) c从头预测得方法(无已知结构蛋白质模板)。 （2） 4、您所熟悉得生物信息学软件有哪些？请选择其中得至少一种软 件，结合自己得研究课题，谈谈您所选择软件得基本原理，使用

精选大二医学生暑假社会实践报告(1)

精选大二医学生暑假社会实践报告 Social practice report of selected sophomore medical students i n summer vacation 汇报人：JinTai College

精选大二医学生暑假社会实践报告 前言：报告是按照上级部署或工作计划，每完成一项任务，一般都要向上级写报告，反映工作中的基本情况、工作中取得的经验教训、存在的问题以及今后工作设想等，以取得上级领导部门的指导。本文档根据申请报告内容要求展开说明，具有实践指 导意义，便于学习和使用，本文档下载后内容可按需编辑修改及打印。 想起曾经的我，还是懵懂的医学生，此时，却已要迎接 大三的生活了。在这个时间充足却又丰富多彩的暑假，作为一个医学生的我，觉得自己有必要通过社会实践活动来锻炼自己。由于医学生的特殊性，我非常有幸地得到了见习一周的机会。短短的几天社会实践也许并不能代表什么，也许不能改变什么，但我所看重的是能从这短短的几天收获什么，我所要学习的就是一种认真的态度，待人接物的方式，这次社会实践对我意义非凡。 在现今社会，招聘会上的大字板都总写着“有经验者优先”，可是还在校园里面的我们大学生社会经验又会拥有多少呢?我总觉得校园里总少不了那份纯真，那份真诚，尽管是大 学高校，学生还终归保持着学生身份。于是我进行了这次暑期社会实践。在这次实践中，我感受很深。在学校，理论学习的很多，而且是多方面的，几乎是面面俱到的，而实际工作中，可能会遇到书本上没学到的，又可能是书本上的知识一点都用

不上的情况。这正是对我们的应用的考验，熟话说熟能生巧，只有完全掌握好书本的知识，才能灵活运用。我也深刻的感觉到了实践的必要性。 实践的第一天，刚走入医院大楼，吸入鼻腔的消毒水的 味道提醒我，这是一个庄重又需要安静的地方，这也是我即将实践的地方。我调整了自己的心情，精神饱满地来到了医生办公室，接待我的主任医师和蔼地为我递过一件白大褂，看到镜子前身穿白大褂的，脑海中不由浮想联翩，几年之后，我将成为一名优秀的医生，我为我的工作而自豪。 整理完毕后，我们开始了一天的交班仪式，医生和护士 们都来到了医生办公室，大家神情肃穆，双手背后，整齐有序，规范统一。先由一名值班护士开始汇报从昨日到今天早上，住院病人的身体状况，她语言流利，声音洪亮，我想这样的白衣天使完全能让今天当班的医生和护士正确了解病人的最新身体情况。下面又由一名值班医生进行汇报，他汇报的十分详细，面面俱到。在他们汇报完之后交班仪式结束后，我们这批当班医生开始了一天的工作。 交班结束后，医生们紧接着开始进行每天极为重要的查 房工作，以了解病人的病情变化和他们的需要。看到医生们关心又细致的询问着每一位病人的情况，身体感受，这种无微不

基因组学与生物信息学教案

《基因组学与生物信息学》教案 授课专业：生物学大类各专业 课程名称：基因组学与生物信息学 主讲教师：夏庆友程道军赵萍徐汉福

课程说明 一、课程名称：基因组学与生物信息学 二、总课时数：36学时（理论27学时实验9学时） 三、先修课程：遗传学、分子生物学、基因工程 四、使用教材： 杨金水. 基因组学. 北京:高等教育出版社,2002. 张成岗. 贺福初, 生物信息学方法与实践. 北京:科学出版社，2002. 五、教学参考书： T.A.布朗著，袁建刚译著，基因组(2rd版)，北京：科学出版社,2006. 沈桂芳，丁仁瑞，走向后基因组时代的分子生物学，杭州：浙江教育出版社，2005. 罗静初译，生物信息学概论，北京：北京大学出版社，2002. 六、考核方式：考查 七、教案编写说明： 教案又称课时授课计划,是任课教师的教学实施方案。任课教师应遵循专业教学计划制订的培养目标，以教学大纲为依据，在熟悉教材、了解学生的基础上，结合教学实践经验，提前编写设计好每门课程每个章、节或主题的全部教学活动。教案可以按每堂课（指同一主题连续1~2节课）设计编写。教案编写说明如下： 1、编号：按施教的顺序标明序号。 2、教学课型表示所授课程的类型，请在相应课型栏内选择打“√”。 3、题目：标明章、节或主题。 4、教学内容：是授课的核心。将授课的内容按逻辑层次，有序设计编排，必要时标以“*”、“#”“？” 符号分别表示重点、难点或疑点。 5、教学方式既教学方法，如讲授、讨论、示教、指导等。教学手段指教科书、板书、多媒体、模型、 标本、挂图、音像等教学工具。 6、讨论、思考题和作业：提出若干问题以供讨论，或作为课后复习时思考，亦可要求学生作为作业 来完成，以供考核之用。 7、参考书目：列出参考书籍、有关资料。 8、日期的填写系指本堂课授课的时间。

生物信息学作业1实验2

上海师范大学实验报告 实验二 一、实验原理 答：利用Blast全球联网数据库，对输入的序列进行生物信息学分析，给出与输入序列相关性最大的对应的基因信息，比较两者的同源性。 二、操作步骤 答：（1）先打开网址https://www.sodocs.net/doc/813872545.html,/ （2）点击右边的Blast链接，打开Blast数据库，进入Blast界面 （3）在Basic Blast中选择nucleotide blast （4）在对话框中输入核苷酸序列，在choose search set下的Database选项中选择Others (nr etc.) （5）把网页拉到最下方，点击Blast按钮 （6）在Descriptions 栏下找到Max ident 百分率最高的序列名称 （7）再往下拉，找到Alignments项下第一个序列，可以找到输入序列相关信息 （8）点击Accession，即能找到更多输入序列的相关信息。 1. tttcactcca tagttactcc ccaggtga 1.1它属于哪类生物? 答：属于Hepatitis C virus （丙型肝炎病毒） 1.2它属于哪类基因？ 答：属于non-structural protein 5B gene 1.3它在该基因的什么位置？ 答：它在该基因的第749-776这个位置。 1.4它与你搜索到的序列的同源性（Identities）是多少？ 答：同源性100% 2．（1）ccacccactg aaactgcaca gacaaatttg tacataagag 1.1它属于哪类生物? 答：属于Influenza A virus (A/chicken/Iran261/01(H9N2)) hemagglutinin (HA) gene （A型流感病毒，A型伊朗型261鸡流感病毒，H9N2病毒，血细胞凝集素抗原基因为依据） 1.2它属于哪类基因？ 答：属于ssRNA negative-strand viruses Orthomyxoviridae （单链RNA，负义链病毒，正粘病毒科） 1.3它在该基因的什么位置？ 答：它在该基因的第1-40这个位置 1.4它与你搜索到的序列的同源性（Identities）是多少？

大二暑假社会实践报告3篇

大二暑假社会实践报告3篇 大二暑假社会实践报告怎么写？我们在刚工作的时候， 要作出自己对工作的心得和体会，才能认识自我，提升自我，以 下是为您整理的大二暑假社会实践报告3篇相关资料，欢迎阅读！ 在酷热中，我又迎来了在大学生生活中的第二个暑假。 在我看来，当今社会，作为一个大学生有别于中学生就在于他更 重视培养学生的实践能力，在注重素质教育的今天，社会实践活 动一直被视为高校培养德、智、体、美、劳全面发展的新世纪优 秀人才的重要途径。暑期社会实践活动是学校教育向课堂外的一 种延伸,也是推进素质教育进程的重要手段.它有助于我们当代大 学生接触社会,了解社会.同时实践也是我们学习知识,运用知识， 锻炼才干的有效途径,更是我们服务社区,回报社会的一种良好形式。所以为了同一个目标,同一种信念,为了在社会实践中完善自己、锻炼自己，我加入了暑期社会实践活动的行列。 比较幸运的是我选择的实践活动是担任的是最普通的工 作之一—家教，更确切的说是义务的家教，教的是我妈妈一朋友 家的儿子，他上初二，下学期将升入初三了，但是成绩较差，所 以请我辅导一下。在过去的一年里，我一直不敢尝试，原因之一，我一直对自己缺乏方自信，不相信自己的实力，总害怕误人子弟。原因之二，求学在外，家长一直也不放心，迟迟不敢迈出第一步。所以，这次我不能再让机会悄悄溜走，不管有多艰辛，我都要坚 持下去。因为我知道这就是考验，这就是体验，这就是奉献，我 为之无怨无悔。 在这短短的一个月中我受过累，碰过壁，流过汗，但我 却成长了，我主要是教他英语和数学这两门功课，他英语基础比

较差，词汇量很少，单词不会拼甚至不会读，基本句型掌握不扎实，最重要的是，他对英语学习没有兴趣，为此，我尽量减少学 英语的枯燥与乏味，充分调动他学习的积极性。虽然我带着他一 个单词一个单词的念，但是他不一会就忘记了这个单词的读法， 所以我干脆从音标开始教，这样下来好多了，单词自己能慢慢读 出来了。不过背诵又是一大问题，总是记不住，我就反复的给他 默写，虽然不免枯燥，但这是学习英语不可避免的。其次他的数 学基础也比较薄弱，像因式分解、解二次方程，分式化简什么的 都不会，我只能耐下心来一题一题的讲解给他听，为了了解他的 明白程度我又找了许多类似的题目给他练习，直到他真正弄懂弄 会为止。说实在的，他比较贪玩，有时候我不在，他就玩游戏、 看电视，一点点自觉性都没有，我看到这些又急又气，我又不能 骂他，这可以通过其它方式来激发他的学习积极性，这可锻炼了 我的耐心，像以前我绝对受不了这反复的讲解，有几次因为他的 错误非常想发火，但我都忍住了。 做家教的日子，有喜有忧，有欢乐，也有苦累，也许这 就是生活吧。我不知道多少人有过这种感觉，但总的来说，这次 的家教生活是我人生中迈向社会的重要一步，是值得回忆的。现 在想来，一个月的家教生活，所学到的生活的道理是我在学校里 无法体会的，这次亲身体验让我有了深刻感触，这不仅是一次实践，还是一次人生经历，是一生宝贵的财富。同时，在这次社会 实践中，我充分的体会到了父母们“望子成龙”的殷切期盼，更 体味了父母的艰辛。值得欣慰的是，在这次学习过程中，我得到 了学生家长的肯定，他们的支持给了我极大地鼓励与支持‘同时，我也发现了自己的不足，有时，上完课，回到家，我会通过不同 途径寻找答案，在这一过程中，我也学到了很多以前没有接触的 知识，对自身学习也有了一定的认识与提高。

生物信息学课程论文 作业题目 分配表

生物技术12-1 生物技术12-1 学号姓名性 别 签名学号姓名性别签名学号姓名性 别 签名 12114350101陈丽娜女大肠杆菌连接 酶 12114350104黄少敏女人的胰蛋白 酶 12114350105黄晓静女T4噬菌体 DNA聚合酶12114350106纪秀玲女人的肌红蛋白12114350107列泳婵女蛋白酶K序 列 12114350108石彩虹女小鼠P53基 因12114350110周海琪女拟南芥端粒酶 序列 12114350111曹杰濠男淀粉酶12114350113陈永成男G-谷氨酰转 肽酶12114350115方壮杰男乳酸脱氢酶12114350116冯健锋男肝癌铁蛋白12114350118黄静云男牛血清白蛋 白12114350119李树森男18S rDNA 12114350120李涛男ATP合成酶12114350121林秀尧男谷氨酸脱羧 酶12114350123刘国标男CDK4 12114350124罗皓炽男胃蛋白酶12114350125阮永刚男鲨烯合酶基 因12114350126石晓洲男肌动蛋白12114350129王佐正男肥胖基因相 关蛋白 12114350130吴文祯男柑橘果胶酯 酶12114350131吴永鹏男凝血酶原12114350132徐国相男维生素C合 成基因 12114350133叶业林男葡萄糖脱氢 酶

12114350134张维彬男大肠杆菌Β-半 乳糖苷酶 12114350135张伟龙男抗干旱基因12114350136郑晓坤男人血红蛋白 12114350142郑桂捷男磷酸酶的蛋白 质12114350138黄忠海男牛凝乳酶原 基因 12114350139徐少东男岩藻糖苷酶 12114350141王晓敏女木瓜蛋白酶 本班总人数：31 生物技术12-2 生物技术12-2 学号姓名性别签名学号姓名性别签名学号姓名性别签名12114350201黄雪梅女人的胰岛素12114350202李晨晨女热震惊蛋白/ 热击蛋白 1211435020 3 廖垭娣女乙肝病毒 CABYR- binding prot ein 12114350204冉梦梦女腺苷酸环化酶12114350205魏丹璇女DNA ase I 1211435020 6 吴彩凤女纤维素酶 12114350207武亦婷女18 rDNA 12114350208叶国玲女谷胱甘肽1211435020 9 叶锦玉女线粒体基因

最新生物信息学名词解释(个人整理)

一、名词解释： 1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。 2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。 3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。 4.genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。 5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。 6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。P94 7.查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。P98 8.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。P29 10.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。P37 11.E值：衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列，E 值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义。P95 12.低复杂度区域：BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域，如poly（A）。 13.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 14.多序列比对：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。 15.分子钟：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。 16.系统发育分析：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。 17.进化树的二歧分叉结构：指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。 系统发育图：用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。 18.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。）

生物信息学课程作业

生物信息学作业 1. Align the leghemoglobin protein from soy bean and myoglobin from human with global and local alignment software (ex. needle and water) respectively and interpret the results. ANSWER: (1)Use Needle to Align the two sequence： Aligned_sequences: 2 # 1: CAA38024.1 # 2: NP_001157488.1 # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # Length: 203 # Identity: 43/203 (21.2%) # Similarity: 58/203 (28.6%) # Gaps: 90/203 (44.3%) # Score: 30.0 (2)Use Water to Align the two sequence： Aligned_sequences: 2 # 1: CAA38024.1 # 2: NP_001157488.1 # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 14 # Extend_penalty: 4 # Length: 32 # Identity: 11/32 (34.4%) # Similarity: 15/32 (46.9%) # Gaps: 0/32 ( 0.0%) # Score: 35 两种软件虽然使用同一罚分标准但得分不同。因为Needle程序实现标准pairwise全局比对，而Water则是局部比对。全局比对因为是比对全长序列，所以空位罚分多，得分较局部比对低。

生物信息学名词解释

1.计算生物信息学（Computational Bioinformatics）是生命科学与计算机科学、数理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科，以生物数据作为研究对象，研究理论模型和计算方法，开发分析工具，进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。 2.油包水PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA片段和捕获磁珠混合; 2) 矿物油和水相的剧烈震荡产生油包水环境; 3) DNA片段在油包水环境中扩增;4) 破油并富集有效扩增磁珠。 3.双碱基编码技术：在测序过程中对每个碱基判读两遍，从而减少原始数据错误，提供内在的校对功能。代表测序方法：solid 测序。 4.焦磷酸测序法：焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应,适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳,也不需要对DNA样品进行任何特殊形式的标记和染色,具备同时对大量样品进行测序分析的能力。在单核苷酸多态性、病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。例如：454测序仪 ：用蛋白质序列查找核苷酸序列。 :STS是序列标记位点（sequence-tagged site）的缩写，是指染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断，一般长200bp －500bp。它可用PCR方法加以验证。将不同的STS依照它们在染色体上的位置依次排列构建的图为STS图。在基因组作图和测序研究时，当各个实验室发表其DNA测序数据或构建成的物理图时，可用STS来加以鉴定和验证，并确定这些测序的DNA片段在染色体上的位置；还有利于汇集分析各实验室发表的数据和资料，保证作图和测序的准确性。 :表达序列标签技术（EST，Expressed Sequence Tags）EST技术直接起源于人类基因组计划。 ：生物信息学数据库。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因。 :开放阅读框（ORF，open reading frame )是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。编码一个蛋白质的外显子连接成为一个连续的ORF。 10.分子钟检验：只有分子钟的，没听过分子钟检验。一种关于分子进化的假说，认为两个物种的同源基因之间的差异程度与它们的共同祖先的存在时间(即两者的分歧时间)有一定的数量关系

《生物信息学》上机作业

《生物信息学》上机作业 题目：对人血红蛋白（HBA1）编码基因序列的生物信息分析

目录 引言 .............................................................................................................................................. - 1 -1 正文......................................................................................................................................... - 2 - 1.1 NCBI上对相关核苷酸序列的查找............................................................................ - 2 - 1.2 BLAST运行及其结果.................................................................................................. - 2 - 1.3 BLASTX运行及其结果................................................................................................ - 6 - 2 其他软件的运行及其结果..................................................................................................... - 8 - 2.1 Clustal W运行及其结果 ............................................................................................. - 9 - 2.2 MEGA4.0运行及其结果............................................................................................. - 10 -结论 ............................................................................................................................................ - 10 -

大二暑假社会实践报告(精编版)

大二暑假社会实践报告-社会实践报告 时间转眼就过去了，暑假社会实践也结束，作为大学生一定要有一颗敢于实践的心态，暑期进行社会实践，去体会社会的工作是怎么样，为今后毕业进入社会提前去做好准备。下面就让带你去看看大二暑假社会实践报告范文5篇，希望对你有所帮助吧 大二社会实践报告1活动内容:家教09级化学一班梁俊实践目的：第一，勤工俭学;第二，丰富假期生活;第三，锻炼自己与人交往的能力，增加社会经验实践经历及收获。 这个暑假可以用“一波三折”四个字形容，其中有欢乐，有汗水，当然也有收获，可以说是我最难忘的一个暑假。 记得那天离开家的时候，天正下着雨，而且是久旱逢甘霖。父母忙着要下地，我又不得不离开家，开始我的暑假生活。无奈的坐上了前往临泉现成的汽车，当时的心情很复杂，因为我即将面临一个新的工作——全职老师，可以说是对自己的挑战。 我所要工作的地方是在我姨家，她每年都开办辅导班。今年也不例外，然而却出现了意外。因为她前期的招生工作没做到位，至今找到的学生寥寥无几。因为离七月九号开课还有几天，我则就负责继续招生的工作，但是结果依然不是很理想，总共有二十人报名，综合所有情况，今年的暑假班办不起来了。此刻的我却着急起来了，如果不能工作，我就只能回家呆着，暑假正三千元的目标就会泡汤!

正在我举足无措的情况下，我的室友马双同学打来了电话。他向我说了他所在的辅导班的情况，现在正缺老师。挂完电话后，心里的石头算是落地了。下午就来到了一对一辅导中心，暑假工作算是正式开始。来上我第一课的是一个临泉一中高一女孩，她叫杨宇。因为它所要补的科目是数学，由于之前我带过高中的数学课，所以胸有成竹。刚给她上十分钟的课时，我顿时感到有压力，因为她基础太好了，书上的内容没有不会的，而且不停的发问，问的我心里发慌，后来才知道他是一中实验班的，成绩是名列前茅，心中才有点安慰。因为之前有过家教经验，我深深的知道绝不能让学生强者老师的鼻子走。于是就决定打击打击他，故意找来了难题，结果她无从下笔，我心中窃喜，总算是找到她的弱点了，当然乘胜追击，将她的弱点放大，于是她嚣张的气焰被我空自主。在以后的学习日子里，学习的态度得到改善，弱点也得到了强化。接着我迎来了我的二为学生，他叫邓玉飞。从我跟他的一段接触来看，它属于那种学习态度诚恳，为人忠厚老实的类型。他的成绩一般化，基础知识不扎实，学习方法不当。于是我就给他制定了复习计划“学习不会的，强化薄弱的”。因为高中函数是数学的基础，我决定从函数开始复习。先复习函数的基本性质，定义域，值域单调性奇偶性周期性，然后依次介绍定义域的求法，比如二次跟好下面代数式要大于零，分母不等于零等等，然后介绍了求函数值域的方法，像观察法，分离常说法，换元法等等。像这样系统的让他掌握解题的方法，效果是立竿见影。但是也会碰到难题，像讲到抽象函数时就比较麻烦。为了解决这个问题，我主动找其他老师善谈，这一块

生物信息学作业

CDK2基因和蛋白质序列的生物信息学分析 姓名： 学号： 专业： 1前言 细胞周期蛋白依赖激酶2(cyclin-dependent kinase 2,CDK2)，又名细胞分裂激酶2(cell division kinase 2)或p33蛋白激酶(p33 protein kinase)，其基因定位于人类基因组的12号染色体上的q13染色带上。CDK2基因全长6013bp，这部分中有7个外显子和6个内含子，7个外显子的长度依次为353bp、78bp、121bp、171bp、102bp、204bp、1264bp(可依次记为外显子1-7)。在翻译过程中，该基因转录成的mRNA的外显子1的前137bp和外显子7的后1159bp不进行翻译，属于调控序列。mRNA上只有中间的部分编码蛋白质。 CDK2基因可以转录为两种mRNA。其中，变体1长度为2325bp，编码298个氨基酸；变体2长度为2223bp，编码264个氨基酸。这两种蛋白质为CDK2的同型蛋白，功能相同，具有调控细胞分裂的功能，主要在G1期到S期和S期到G2期这两个阶段起作用。CDK2广泛分布在生物体的各种细胞的胞质溶胶和细胞核质中，但只在进行分裂的细胞中行使功能，这是因为CDK2只有与不同的细胞周期蛋白(cyclin)结合后才具有活性。CDK2可以与细胞周期蛋白A、B1、B3、E等结合后，参与细胞周期调控。由于CDK2在细胞内的数量变化有可能导致细胞周期异常而产生癌症，故CDK2基因可以被看作癌基因，其活性和表达量可以作为衡量癌症的指标。CDK2与周期蛋白E的复合体不仅能直接参与中心体复制的起始调控，还能与类Rb蛋白p107或转录因子E2F结合，促进细胞从G1期向S期转化或调控DNA复制有关的基因转录。而CDK2与周期蛋白A的复合体可以增强DNA复制因子RF-A的活性。 在CDK2分子中，被称为T环的氨基酸环阻断了活性部位，妨碍激酶履行它的酶功能，而且活性部位的氨基酸形成一种难于为蛋白质结合的形状。CDK2与周期蛋白结合时，周期蛋白将T环转出2nm以上，又将CDK2中的PSTAIRE螺旋部分转了, 并把活性部位氨基酸变成能与底物蛋白结合的正确构象。CDK2的活性不仅与周期蛋白有关，还与其上的Thr-15、Tyr-15、Thr-160三个位点是否磷酸化有关。一般情况下，与周期蛋白结合的CDK2的上述三个位点被Wee/Mik1和CAK激酶磷酸化，但此时复合体还没有活性，只有当Cdc25c将Thr-15、Tyr-15两个位点去磷酸化后，复合体才有活性。细胞中存在多种因子对CDK2进行修饰调节，此外还存在对其活性起负性调控的蛋白质，即CDK激酶抑制物，例如p21CIP/WAF1、p27KIP2等。 前面提到，CDK2基因转录的产物有两种。这两种mRNA的不同之处在于变体1由全部7个外显子组成，而变体2缺失外显子5，由剩余的6个外显子组成。这样翻译成的两种同型蛋白的长度就相差34个氨基酸。 2 材料和方法： 2.1序列数据来源 采用蛋白质名称对NCBI非冗余蛋白质数据库进行检索，CDK2蛋白的记录有1013个。而采用基因名称对NCBI非冗余核酸数据库进行检索，CDK2蛋白的记录有680个。 采用人(Homo sapiens)的CDK2蛋白序列进行BLAST搜索。 2.2序列分析方法

2020年暑假大学生社会实践报告范文6篇

2020年暑假大学生社会实践报告范文6篇 2020暑假大学生社会实践报告范文6篇20xx大学生暑假社会实践报告范文一今年暑假我参加了系组织的暑期社会实践活动，虽然一个月的时间活动让我觉得很累很辛苦，但我从中锻炼了自己，并且学到了很多课堂上学不到的东西。也通过一个月的实践，使我有了些关于社会基层建设的心得体会。 炎炎夏日列日当头。正是因为有这样的环境，正激起了我要在暑假参加社会实践的决心。我要看看我能否在恶劣的环境中有能力依靠自己的双手和大脑维持自己的生存，同时，也想通过亲身体验社会实践让自己更进一步了解社会，在实践中增长见识，锻炼自己的才干，培养自己的韧性，更为重要的是检验一下自己所学的东西能否被社会所用，自己的能力能否被社会所承认。想通过社会实践，找出自己的不足和差距所在。 社会实践活动给生活在都市象牙塔中的大学生们提供了广泛接触基层、了解基层的机会。深入基层，同基层领导谈心交流，思想碰撞出了新的火花。从中学到了很多书本上学不到的东西，汲取了丰富的营养，理解了从群众中来，到群众中去的真正涵义，认识到只有到实践中去、到基层中去，把个人的命运同社会、同国家的命运联系起来，才是青年成长成才的正确之路。 艰辛知人生，实践长才干。通过开展丰富多彩的社会实践活动，使我逐步了解了社会，开阔了视野，增长了才干，并在社会

实践活动中认清了自己的位置，发现了自己的不足，对自身价值能够进行客观评价。这在无形中使我对自己有一个正确的定位，增强了我努力学习的信心和毅力。我是一名大一学生，即将走上社会，更应该提早走进社会、认识社会、适应社会。 纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行。社会实践使同学们找到了理论与实践的最佳结合点。尤其是我们学生，只重视理论学习，忽视实践环节，往往在实际工作岗位上发挥的不很理想。通过实践所学的专业理论知识得到巩固和提高。就是紧密结合自身专业特色，在实践中检验自己的知识和水平。通过实践，原来理论上模糊和印象不深的得到了巩固，原先理论上欠缺的在实践环节中得到补偿，加深了对基本原理的理解和消化每一天，捧着厚厚的问卷，怀着一份份坚定的信念，我们在烈日下奔跑着。 感谢这次暑期实践活动，让我们在这过程中成长了不少，懂得了不少。 做为一名大学生，我深深地感到初会实践的重要性。并希望以后能够经常参加实践，这种社会实践活动是在大学中的社团生活所无法比拟的，只有在真正的社会实践活动中体验生活，亲身的接触社会、了解社会，才能使自己得到锻炼，才能使自己所学的理论知识得以运用到实践，才能使自己成为真正有用于实际，使自己成为真正有用于社会的学生。社会实践弥补了理论与实际的差距和不足，社会实践的意义也在于此。

生物信息学数据库或软件

一、搜索生物信息学数据库或者软件 数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。 核酸序列数据库有GenBank，EMBL，DDB等，核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank ，欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL），日本遗传研究所的DDBJ 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT，PIR，OWL，NRL3D，TrEMBL等， 蛋白质片段数据库有PROSITE，BLOCKS，PRINTS等， 三维结构数据库有PDB，NDB，BioMagResBank，CCSD等， 与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP，CATH，FSSP，3D-ALI，DSSP等， 与基因组有关的数据库还有ESTdb，OMIM，GDB，GSDB等， 文献数据库有Medline，Uncover等。 另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。

生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。 二、搜索生物信息学软件 生物信息学软件的主要功能有： 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间； 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；寻找、预测新基因及预测其结构、功能； 蛋白高级结构预测。 如：核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等；序列相似性搜索BLAST；多重系列比对软件Clustalx；系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等；PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等；蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。 NCBI的网址是：https://www.sodocs.net/doc/813872545.html,。 Entrez的网址是：https://www.sodocs.net/doc/813872545.html,/entrez/。 BankIt的网址是：https://www.sodocs.net/doc/813872545.html,/BankIt。 Sequin的相关网址是：https://www.sodocs.net/doc/813872545.html,/Sequin/。 数据库网址是：https://www.sodocs.net/doc/813872545.html,/embl/。

大二暑期社会实践感想总结.doc

大二暑期社会实践感想总 结

大二的这次暑假我做了一次新的尝试，去创业公司实习。然而作为工商管理本科专业的学生来说，踏入做时装行业的电商互联网公司确实有很大偏差，但是，左思右想之后，还是勇敢的投递了简历里，成功拿到面试OFFER，并愉快的经历了两个月的实习经历。很累很辛苦，但也有在校园里无法学习到的许多东西。我实习的公司，是刚起步一年的中高端服饰二手交易的电商平台。公司位于北京，意味着自己要跑到北京去，必须要自己想办法先解决住行问题。但是，作为一个女孩子，带着对时尚服饰的憧憬和向往，即使在面临创业公司微薄的工资待遇时，我还是欣然前往实习工作。我面试的是电商编辑运营的实习岗位，每天作为电商编辑团队的一员要为上百件卖家寄来的二手商品做商品详情介绍。而对于一家刚刚成立的创业公司来讲，仅仅二十多人的团队，就要面临着一人多用的问题。所以我不仅有内容编辑的工作，还要在晚上下班之前处理物流工作。上班第一天的印象特别深刻，当时内容编辑的实习生很少，有一个专门备货的同学一直没来，另外的一名正式员工还在休假，所以那个第一天非常非常忙。我刚了解完内容编辑的工作之后，就被叫去处理拍照的备货问题，当时跟我一起工作这块的姐姐已经怀孕了，我俩非常赶时间的弄衣服，不然下一步骤的拍照就要被推迟。然而，衣服在拍照之前还要经过熨烫处理，又是我的工作。那天，办公大楼还处于新楼在建阶段，空调不能运行，酷暑七月，我拿着冒着滚滚热气的熨衣器熨衣服，汗一直在衣服里面流淌，下班之后发现脖子周围起了痱子。很忙很累，而且上班的第一天又是星期五，发货任务繁重，几个人手忙脚乱的发掉了一百多件商品。当时的发货流程非常混乱，导致我们发错了两件商品，带来的麻烦就是既要和卖家沟通，又要联系物流找到发错的商品，再去和买家沟通。整个一天的工作下来我发现非常辛苦，累到小腿发抖，但是效率又很低，好像公司里的一部分人都会做一些无用功。晚上下班都已经八点，骑车小黄车往租住的房子赶，周围都是飞奔而去的汽车，七月的北京非常闷热，一身的汗臭味，饿到反酸的胃口，我佝偻着背，使劲骑车爬一段上坡路。我哭了。很难受，也说不清楚原因，说不明白心情，就是要哭要流眼泪。我意识到要工作两个月，赶紧在脑子里打消这个概念，因为我怕自己更加坚持不下去，会更容易哭，容易每天都要哭一次。所以，我开始想，在天津的家，周末就可以回家了，没几天就可以回家了。随着公司人

生物信息学作业题

生物信息学作业题 绪论 1．什么是生物信息学？ 2．生物信息学有哪些主要研究领域？ 第一章生物信息学的分子生物学基础 1．DNA的双螺旋结构要点是什么？ 2．什么是基因组和蛋白质组？对它们的研究有何意义？ 第二章生物信息学的计算机基础 1．简述网络操作系统的类型。 第三章核酸序列分析 1．什么是全局比对？ 2．什么是局部比对？有哪些优点？ 第四章分子进化分析 1．分子进化分析具有哪些优点？ 2. 简述分子进化的中性学说。 第五章基因组分析 1. 什么是基因组学？其主要研究内容是什么？ 2．简述基因预测分析的一般步骤。 第六章蛋白质组分析 1. 蛋白质组学的概念和主要研究的大致方向是什么？ 2. 蛋白质组功能预测的程序是怎样的？ 第七章生物芯片数据分析 1. 什么是生物芯片? 2. 生物芯片有哪些方面的应用? 第八章核酸与蛋白质结构预测 1. RNA二级结构典型的预测方法有哪些？ 2. 基于统计学的预测蛋白质二级结构的方法有哪些？ 第九章生物信息学平台与工具软件 1. 请利用Clustal X软件对下列6条蛋白质序列进行多重比对（比对结果用BioEdit软件打开，用“截图”方式显示比对结果）。 >1 mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk >2 mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl >3

mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk >4 mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl >5 mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk >6 mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl 2. 现有一ZmPti1b蛋白质序列，请用DNAMAN软件分析其二级结构，给出分析结果。 1 MSCFACCGDE DTQVPDTRAQ YPGHHPARAD AYRPSDQPPK GPQPVKMQPI AVPAIPVDEI 61 REVTKGFGDE ALIGEGSFGR VYLGVLRNGR SAAVKKLDSN KQPDQEFLAQ VSMVSRLKHE 121 NVVELLGYCA DGTLRVLAYE FATMGSLHDM LRGRKGVKGA QPGPVLSWSQ RVKIAVGAAK 181 GLEYLHEKAQ PHIIHRDIKS SNVLLFDDDV AKIADFDLSN QAPDMAARLH STRVLGTFGY 241 HAPEYAMTGQ LSSKSDVYSF GVVLLELLTG RKPVDHTLPR GQQSLVTWAT PRLSEDKVRQ 301 CVDSRLGGDY PPKAVAKFAA VAALCVQYEA DFRPNMSIVV KALQPLLNAH ARATNPGDHA 361 GS