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pymol作图的一个实例

pymol作图的一个实例
pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例

这是一个只是用鼠标操作的初步教程

Pdb文件3ODU.pdb

打开文件

pymol右侧

All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)是选择的对象

按钮A:代表对这个对象的各种action,

S:显示这个对象的某种样式,

H:隐藏某种样式,

L:显示某种label,

C:显示的颜色

下面是操作过程:

点击all中的H,选择everything,隐藏所有

点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质

点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色,选择

点击右下角的S,窗口上面出现蛋白质氨基酸序列,找到1164位ITD,是配体

点击选择ITD ,此时sele中就包含ITD这个残基,点击(sele)行的A,选

择rename selection,窗口中出现,更改sele

为IDT,点击(IDT)行的S选择sticks,点击C,选择by element,选择,,调

整窗口使此分子清楚显示。

寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键:

IDT行点击A 选择find,选择polar contacts,再根据需要选择,这里选择to other atoms in

object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线,IDT行下面出现了新的一行,这就是氢键的对象,点击这一行的C,选择

red red,把氢键显示为红色。

接着再显示跟IDT形成氢键的残基

点击3ODU行的S,选择lines,显示出所有残基的侧链,使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基,分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是

residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基(sele)改名为s1。点击S1行的S选择sticks,C选

择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基,另一个找不到,这是因为这个氢键可能是与水分子形成的,水分子在pdb文件中只用一个O表示,sticks显示方式没有显示出来水分子,点击all行S选择nonbonded,此时就看到一个水与N形成氢键

,点击分子空白处,然后点击选择这个水分子,更改它的名字为w。在all 行点击H,选择lines,在选择nonbonded,把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres.

到目前为止已经差不多了

下面是一些细节的调整

残基名称位置的调整:点击右下角是3-button viewing

转变为3-button viewing editing,这样就可以编辑修改

pdb文件了,咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label,鼠标拖拽到适合的部位,是显示更清晰。

然后调整视角方向直到显示满意为止,这时就可以保存图片了,file>>save image as>>png

这样的图片勉强能用,为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理

Setting >> cartoon>>highlight color

Setting >> cartoon>>fancy helix

Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度

Setting >>label>>size 可以调节label字体大小

Display>>background color>>white 背景设置为白色

此时窗口中的图像应该不怎么好看,点击右上角的ray

,等待一会,完成后就发现图片好多了,这时千万不要再在图片上点击了,赶快保存图片。

最后再介绍几个命令,还是命令更厉害

set label_size,28 设置字体大小

在最后一步ray的时候,可以输入命令ray,要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y

如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。

打包的文件包括3ODU.pdb 3ODU.pse 1.png 2.png打开pse文件可以直接看到制作完成时的样子

飞毛腿2011-4-18

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the 4.5.x series.

Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, em acs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate (i.e., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP). Now that the crystal waters are gone and we have verified that all the necessary atoms are present, the PDB file should contain only protein atoms, and is ready to be input into the first GROMACS tool, pdb2gmx. The purpose of pdb2gmx is to generate three files: 1.The topology for the molecule. 2. A position restraint file. 3. A post-processed structure file. The topology (topol.top by default) contains all the information necessary to define the molecule within a simulation. This information includes nonbonded parameters (atom types and charges) as well as bonded parameters (bonds, angles, and dihedrals). We will take a more detailed look at the topology once it has been generated. Execute pdb2gmx by issuing the following command: pdb2gmx -f 1AKI.pdb-o 1AKI_processed.gro-water spce The structure will be processed by pdb2gmx, and you will be prompted to choose a force

APBS教程

目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件(PDB2PQR) 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献 5.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子 6.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点

8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例 方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程 这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.sodocs.net/doc/8615558839.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。 重要信息 注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现,而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。 提示 本教程仍在完善之中,并且会在下一版本的APBS 开 发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。

Windows系统自带画图工具教程87586

1.如何使用画图工具 想在电脑上画画吗?很简单,Windows 已经给你设计了一个简洁好用的画图工具,它在开始菜单的程序项里的附件中,名字就叫做“画图”。 启动它后,屏幕右边的这一大块白色就是你的画布了。左边是工具箱,下面是颜色板。 现在的画布已经超过了屏幕的可显示范围,如果你觉得它太大了,那么可以用鼠标拖曳角落的小方块,就可以改变大小了。 首先在工具箱中选中铅笔,然后在画布上拖曳鼠标,就可以画出线条了,还可以在颜色板上选择其它颜色画图,鼠标左键选择的是前景色,右键选择的是背景色,在画图的时候,左键拖曳画出的就是前景色,右键画的是背景色。

选择刷子工具,它不像铅笔只有一种粗细,而是可以选择笔尖的大小和形状,在这里单击任意一种笔尖,画出的线条就和原来不一样了。 图画错了就需要修改,这时可以使用橡皮工具。橡皮工具选定后,可以用左键或右键进行擦除,这两种擦除方法适用于不同的情况。左键擦除是把画面上的图像擦除,并用背景色填充经过的区域。试验一下就知道了,我们先用蓝色画上一些线条,再用红色画一些,然后选择橡皮,让前景色是黑色,背景色是白色,然后在线条上用左键拖曳,可以看见经过的区域变成了白色。现在把背景色变成绿色,再用左键擦除,可以看到擦过的区域变成绿色了。 现在我们看看右键擦除:将前景色变成蓝色,背景色还是绿色,在画面的蓝色线条和红色线条上用鼠标右键拖曳,可以看见蓝色的线条被替换成了绿色,而红色线条没有变化。这表示,右键擦除可以只擦除指定的颜色--就是所选定的前景色,而对其它的颜色没有影响。这就是橡皮的分色擦除功能。 再来看看其它画图工具。 是“用颜料填充”,就是把一个封闭区域内都填上颜色。 是喷枪,它画出的是一些烟雾状的细点,可以用来画云或烟等。 是文字工具,在画面上拖曳出写字的范围,就可以输入文字了,而且还可以选择字体和字号。 是直线工具,用鼠标拖曳可以画出直线。

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.

GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).

统计作图

,,, 本科学生实验报告 学号:¥¥¥¥¥¥姓名:&&&&&&& 学院:生命科学学院专业、班级:11级应用生物教育A班实验课程名称:生物统计学实验 教师:孟丽华(教授) 开课学期:2012至2013学年下学期 填报时间:2013年6月05日 云南师范大学教务处编印

2、条形图:用一个单位长度(如1厘米)表示一定的数量,根据数量的多少,画成长短相应成比例的直条,并按一定顺序排列起来,这样的统计图,称为条形统计图。条形统计图可以清楚地表明各种数量的多少。条形图是统计图资料分析中最常用的图形。按照排列方式的不同,可分为纵式条形图和横式条形图;按照分析作用的不同,可分为条形比较图和条形结构图; 条形统计图的特点:1)能够使人们一眼看出各个数据的大小;2)易于比较数据之间的差别;3)能清楚的表示出数量的多少; 3、扇形图:以一个圆的面积表示事物的总体,以扇形面积表示占总体的百分数的统计图,叫作扇形统计图。也叫作百分数比较图。扇形统计图可以比较清楚地反映出部分与部分、部分与整体之间的数量关系。 扇形统计图的特点:1)用扇形的面积表示部分在总体中所占的百分比;2)易于显示每组数据相对于总数的大小; 4、折线统计图:以折线的上升或下降来表示统计数量的增减变化的统计图,叫作折线统计图。与条形统计图比较,折线统计图不仅可以表示数量的多少,而且可以反映同一事物在不同时间里的发展变化的情况。折线图在生活中运用的非常普遍,虽然它不直接给出精确的数据,但只要掌握了一定的技巧,熟练运用“坐标法”也可以很快地确定某个具体的数据。折线统计图的特点:能够显示数据的变化趋势,反映事物的变化情况; 5、网状图:网状统计图的特点是:母代表的意义,在具体的答题过程中就可以脱离字母,较简便找出答案。统计图的意义:表示现象间的对比关系;揭露总体结构;检查计划的执行情况;揭示现象间的依存关系,反映总体单位的分配情况;说明现象在空间上的分布情况; 6、直方图:直方图(Histogram)又称柱状图、质量分布图。是一种统计报告图,由一系列高度不等的纵向条纹或线段表示数据分布的情况。一般用横轴表

pymol使用教程

pymol使用教程

简介&安装 Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1.如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 2.如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.sodocs.net/doc/8615558839.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译

细节决定成败——认识“画图”软件教学案例

细节决定成败 ——认识“画图”软件教学案例 【事件背景】 2014年9月29日按照学校教学安排,把精心准备的《认识“画图”软件》一课在学科组内做了认真的课堂展示。这节课是小学三年级的课,前节课学生初步认识了纸牌游戏软件,对在Windows中打开软件、认识窗口有了初步的了解。但是学生初学画图,鼠标拖动操作还不熟练,在技巧上还有待于逐步尝试掌握。根据学生原有的水平我提出了一个设计思路,即“作品欣赏,激发兴趣,互相讨论,任务驱动,指导点评”。 课堂中重难点的处理我主要是采用任务驱动教学法,设置了三个学习任务,分别以不同形式完成。对于第一个任务:启动“画图”软件,让学生自学教材P31,完成“画图”软件的启动。是为培养学生的自主学习能力,多数学生都能顺利启动后,找两个同学示范启动,锻炼了学生的动手操作和语言表达能力。第二个任务:认识“画图”软件的窗口组成我主要是用事先录制好的微课展示让学生记住。学生对这种形式感到很新奇,自然很快就记住了。第三个任务是这节课的重点也是难点:尝试用画图工具简单作画。 【事件描述】 根据教学设计,我全身心的投入到本节课的教学实践之中,课堂伊始效果良好,学生不仅对学习内容表现出了极大的兴趣,而且行为表现也很规范,学习状态认真。所以很顺畅的完成了第一个学习任务,紧接着便进入第二个环节的学习,即认识画图软件的窗口。为了很好的完成这一重要的学习任务,我对教学设计几经修改,最后决定采用‘微课’的形式,我便精心制作课件,录音合成,以图示加拟人风格的自述形式进行软件的自我介绍。当初我想这样做一定会收到事半功倍的效果,期待着在课堂上那称心一幕的出现。事实又是怎样的呢?

pymol 基本操作

简介&安装 Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1.如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 2.然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 3.如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svnpymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install

概率统计及作图

一、对称 1、(2010?兰州)观察下列银行标志,从图案看是中心对称图形的有()个. A.1个B.2个C.3个D.4个 2、(4分)(2014?兰州)在以下绿色食品、回收、节能、节水四个标志中,是轴对称图形 . B . C.D. 二、三视图 1、(2010?兰州)已知一个几何体的三种视图如图所示,则这个几何体是() A.圆柱 B.圆锥 C.球体 D.正方体 2、(2011?兰州)如图是由几个小立方块所搭几何体的俯视图,小正方形的数字表示在该位置的小立方块的个数,这个几何体的主视图是() A、B、C、D、 3、一个长方体的左视图、俯视图及相关数据如图所示,则其主视图的面积为( )

A.6B.8C.12 D.24 4、(4分)(2009?仙桃天门潜江江汉)如图是由八个相同小正方体组合而成的几何体,则其左视图是() A.B.C.D. 5、由五个同样大小的立方体组成如图的几何体,则关于此几何体三种视图叙述正确的是() A.左视图与俯视图相同B.左视图与主视图相同 C.主视图与俯视图相同D.三种视图都相同 6、如图是由5 个大小相同的正方体组成的几何体,则该几何体的主视图是()

(A)(B)(C)(D) 7、(4分)(2017?兰州)如图所示,该几何体的左视图是() A.B. C. D. 三、尺规作图 1、(2010?兰州)小明家的房前有一块矩形的空地,空地上有三棵树A、B、C,小明想建一个圆形花坛,使三棵树都在花坛的边上. 请你帮小明把花坛的位置画出来(尺规作图,不写作法,保留作图痕迹); 2、(5分)(2013?兰州)如图,两条公路OA和OB相交于O点,在∠AOB的内部有工厂C和D,现要修建一个货站P,使货站P到两条公路OA、OB的距

最全的几何画板实例教程

上篇用几何画板做数理实验 图1-0.1 我们主要认识一下工具箱和状态栏,其它的功能在今后的学习过程中将学会使用。 案例一四人分饼 有一块厚度均匀的三角形薄饼,现在要把它平 均分给四个人,应该如何分? 图1-1.1 思路:这个问题在数学上就是如何把一个三角形分成面积相等的四部分。 方案一:画三角形的三条中位线,分三角形所成的四部 分面积相等,(其实四个三角形全等)。如图1-1.2。 图1-1.2

方案二:四等分三角形的任意一边,由等底等高的三角 形面积相等,可以得出四部分面积相等,如图1-1.3。 图1-1.3 用几何画板验证: 第一步:打开几何画板程序,这时出现一个新绘图文件。 说明:如果几何画板程序已经打开,只要由菜单“文件” “新绘图”,也可以新建一个绘图文件。第二步:(1)在工具箱中选取“画线段”工具; (2)在工作区中按住鼠标左键拖动,画出一条线段。如图 1-1.4。 注意:在几何画板中,点用一个空心的圈表示。 图1-1.4 第三步:(1)选取“文本”工具;(2)在画好的点上单击左 键,可以标出两点的标签,如图1-1.5: 注意:如果再点一次,又可以隐藏标签,如果想改标签 为其它字母,可以这样做: 用“文本”工具双击显示的标签,在弹出的对话框中进 行修改,(本例中我们不做修改)。如图1-1.6 图1-1.6 在后面的操作中,请观察图形,根据需要标出点或线的 标签,不再一一说明 B 图1-1.5 第四步:(1)再次选取“画线段”工具,移动鼠标与点A 重合,按左键拖动画出线段AC;(2)画线段BC,标出标 签C,如图1-1.7。 注意:在熟悉后,可以先画好首尾相接的三条线段后再 标上标签更方便。 B 图1-1.7

Eviews操作入门输入数据,对数据进行描述统计和画图

Eviews操作入门:输入数据,对数据进行描述统计和画图 首先是打开Eviews软件,可以双击桌面上的图标,或者从windows开始菜单中寻找Eviews,打开Eviews后,可以看到下面的窗口如图F1-1。 图F1-1 Eviews窗口 关于Eviews的操作可以点击F1-1的Help,进行自学。 打开Eviews后,第一项任务就是建立一个新Workfile或者打开一个已有的Workfile,单击File,然后光标放在New上,最后单击Workfile。如图F1-2 图F1-2 图F1-2左上角点击向下的三角可以选则数据类型,如同F1-3。数据类型分三类截面数据,时间序列数据和面板数据。

图F1-3 图F1-2右上角可以选中时间序列数据的频率,见图F1-4。 图F1-4 对话框中选择数据的频率:年、半年、季度、月度、周、天(5天一周或7天1周)或日内数据(用integer data)来表示。 对时间序列数据选择一个频率,填写开始日期和结束日期, 日期格式: 年:1997 季度:1997:1 月度:1997:01 周和日:8:10:1997表示1997年8月10号,美式表达日期法。 8:10:1997表示1997年10月8号,欧式表达日期法。 如何选择欧式和美式日期格式呢?从Eviews窗口点击Options再点击dates and Frequency conversion,得到窗口F1-5。F1-5的右上角可以选择日期格式。

图F1-5 假设建立一个月度数据的workfile,填写完后点OK,一个新Workfile就建好了。见图F1-6。保存该workfile,单击Eviews窗口的save命令,选择保存位置即可。 图F1-6 新建立的workfile之后,第二件事就是输入数据。数据输入有多种方法。 1)直接输入数据,见F1-7 在Eviews窗口下,单击Quick,再单击Empty group(edit series),直接输数值即可。注意在该窗口中命令行有一个Edit+/-,可以点一下Edit+/-就可以变成如图所示的空白格,输完数据后,为了避免不小心改变数据,可以再点一下Edit+/-,这时数据就不能被修改了。

画图工具教程

画图工具阶段教学指引如何使用画图工具 画图工具妙用文字工具 画图工具妙用圆形工具 画图工具妙用曲线工具 如何让画图工具存JPG格式 Win98 画图工具持JPG图片一法 Win98 画图工具持JPG图片二法 画图工具应用之屏幕拷贝 画图工具应用之双色汉字 画图工具应用之放大修改 画图工具应用之工具与颜色配置 画图工具应用之灵活编辑 画图工具操作技巧 画图工具应用技巧 画图工具另类技巧检测LCD的暗点

如何使用画图工具 想在电脑上画画吗?很简单,Windows 已经给你设计了一个简洁好用的画图工具,它在开始菜单的程序项里的附件中,名字就叫做“画图”。 启动它后,屏幕右边的这一大块白色就是你的画布了。左边是工具箱,下面是颜色板。 现在的画布已经超过了屏幕的可显示范围,如果你觉得它太大了,那么可以用鼠标拖曳角落的小方块,就可以改变大小了。 首先在工具箱中选中铅笔,然后在画布上拖曳鼠标,就可以画出线条了,还可以在颜色板上选择其它颜色画图,鼠标左键选择的是前景色,右键选择的是背景色,在画图的时候,左键拖曳画出的就是前景色,右键画的是背景色。

选择刷子工具,它不像铅笔只有一种粗细,而是可以选择笔尖的大小和形状,在这里单击任意一种笔尖,画出的线条就和原来不一样了。 图画错了就需要修改,这时可以使用橡皮工具。橡皮工具选定后,可以用左键或右键进行擦除,这两种擦除方法适用于不同的情况。左键擦除是把画面上的图像擦除,并用背景色填充经过的区域。试验一下就知道了,我们先用蓝色画上一些线条,再用红色画一些,然后选择橡皮,让前景色是黑色,背景色是白色,然后在线条上用左键拖曳,可以看见经过的区域变成了白色。现在把背景色变成绿色,再用左键擦除,可以看到擦过的区域变成绿色了。 现在我们看看右键擦除:将前景色变成蓝色,背景色还是绿色,在画面的蓝色线条和红色线条上用鼠标右键拖曳,可以看见蓝色的线条被替换成了绿色,而红色线条没有变化。这表示,右键擦除可以只擦除指定的颜色--就是所选定的前景色,而对其它的颜色没有影响。这就是橡皮的分色擦除功能。 再来看看其它画图工具。 是“用颜料填充”,就是把一个封闭区域内都填上颜色。 是喷枪,它画出的是一些烟雾状的细点,可以用来画云或烟等。 是文字工具,在画面上拖曳出写字的范围,就可以输入文字了,而且还可以选择字体和字号。 是直线工具,用鼠标拖曳可以画出直线。 是曲线工具,它的用法是先拖曳画出一条线段,然后再在线段上拖曳,可以把线段上从拖曳的起点向一个方向弯曲,然后再拖曳另一处,可以反向弯曲,两次弯曲后曲线就确定了。 是矩形工具,是多边形工具,是椭圆工具,是圆角矩形,多边形工具的用法是先拖曳一条线段,然后就可以在画面任意处单击,画笔会自动将单击点连接

最新pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action, S:显示这个对象的某种样式, H:隐藏某种样式, L:显示某种label, C:显示的颜色 下面是操作过程: 点击all中的H,选择everything,隐藏所有 点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色,选择 点击右下角的S,窗口上面出现蛋白质氨基酸序列,找到1164位ITD,是配体 点击选择ITD ,此时sele中就包含ITD这个残基,点击(sele)行的A,选 择rename selection,窗口中出现,更改sele 为IDT,点击(IDT)行的S选择sticks,点击C,选择by element,选择,,调 整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键: IDT行点击A 选择find,选择polar contacts,再根据需要选择,这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线,IDT行下面出现了新的一行,这就是氢键的对象,点击这一行的C,选择 red red,把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S,选择lines,显示出所有残基的侧链,使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基,分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是

residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基(sele)改名为s1。点击S1行的S选择sticks,C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基,另一个找不到,这是因为这个氢键可能是与水分子形成的,水分子在pdb文件中只用一个O表示,sticks显示方式没有显示出来水分子,点击all行S选择nonbonded,此时就看到一个水与N形成氢键 ,点击分子空白处,然后点击选择这个水分子,更改它的名字为w。在all 行点击H,选择lines,在选择nonbonded,把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整:点击右下角是3-button viewing 转变为3-button viewing editing,这样就可以编辑修改 pdb文件了,咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label,鼠标拖拽到适合的部位,是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止,这时就可以保存图片了,file>>save image as>>png

pymol用法(教程二)

[转载]PyMOL用法(教程二) 基础Pymol命令 这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样,要想更好的操作Pymol,掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写,所以记住,所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时,你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令,以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到,该文件的后缀名应为.pml,记住,Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全: Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录,只需要键入: Pymol> log_close 好了,现在载入pdb文件(继续前用的pdb文件): Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象,你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项

目的名字(如test): Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。 首先: Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为:cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。 使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入: Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果:也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子,只是方向不同而已,那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢?首先输入如下命令: Pymol> label all, chains

认识画图软件教案

《认识画图软件》教学设计 任教教师:苗丽娟 所在学校:复兴小学

《认识画图软件》教学设计 教学目标: 1、能熟练启动并退出画图软件; 2、认识画图软件的窗口并了解各种绘画工具的使用; 3、能绘制简单的图形。 重点难点: 了解各种绘画工具的使用。 教学时间:一课时 课前准备: 课件 教学过程: 一、导入 1、今天的天气真好,阳光明媚,老师和大家一起来欣赏一些作品(出示课件) 师:这些画漂不漂亮,它们不仅漂亮而且还很神奇。因为不是用笔和纸画出来的,而是用电脑上的画图软件画出来的。同学们想不想成为一名电脑绘画小高手。那就和老师一起来学习这一课:认识画图软件(课件出示) 二、新授 1、启动画图软件: 课件出示启动画图软件的方法,请同学们根据课件演示操作。 2、认识画图软件窗口: 课件出示画图软件窗口。 3、认识工具箱 (1)师问:工具箱中有多少个按钮? 师:告诉大家一个方法,当我们把鼠标指针放到某个工具上时就会在它的旁边出现它的名字,而且下面任务栏中会出现对这个工具使用方法的介绍。 现在就请大家发挥你的小组合作能力,自主的探究一下这些工具: (2)课件出示:合作探究:工具箱中的各种工具有些什么作用?怎样使用?

(3)师说明活动要求:两人为一个小组进行合作,解决上述问题。 (4)学生操作。师和学生单独交流,了解学生学习情况,收集学生问题。(5)师问:谁愿意说说你对哪个工具最了解?它的名称是什么?怎样使用?(学生边说边演示,鼓励台下学生向台上演示的学生提出不懂的问题并寻求解决方法) 4、认识调色板: 课件出示选色框图:上面框中的颜色称为前景色,下面框中的颜色称为背景色 我们已经简单的认识了一些工具,现在我们画一个简单的图形并给它涂上颜色。 生画完后,师:在刚才的上色过程中为什么只有前景色会变化?背景色怎样改变?大家尝试一下。 师总结:单击左键拾取前景色,单击右键拾取背景色。 课件出示儿歌: 调色板儿真方便,多种颜色我来选。 单击左键前景色,单击右键背景色。 前景背景不一样,两键单击记心间。 三、退出画图软件 师:当图软件用完之后,怎样退出呢?聪明的你们能不能从课本上找到答案?有几种方法? 第一种: 单击“文件(F)”菜单中的“退出(X)”命令,可以退出“画图”程序。 第二种:按一下右上角的× 师:如果还没有保存画好或修改过的图形,则在退出“画图”程序时,屏幕上会出现“画图”对话框,这时,如果单击“是(Y)”按钮,则保存图形后再退出;如果单击“否(N)”按钮,则不保存图形就退出;如果单击“取消”按钮,则不退出“画图”程序。 四、赛一赛

用SPSS生成统计图

用SPSS生成统计图 第五章:SPSS统计绘图功能详解 5.1 常用统计图 5.1.1 操作界面介绍(条图) 5.1.1.1 条图的通用界面 5.1.1.2 复式条图与分段条图的界面 5.1.2 其他常用统计图 5.1.2.1 散点图 5.1.2.2 线图 5.1.2.3 饼图 5.1.2.4 面积图 5.1.2.5 直方图 5.1.2.6 其他 5.1.3 常用统计图编辑方法详解 5.2 交互式统计图 5.3 统计地图 在常用的统计软件中,SAS绘制的统计图不太美观;而SPSS绘制的统计图较为美观,可以满足大多数情况下的要求;STATA绘制的统计图形最为精美,但由于它采用命令行方式操作,美观的图形需要添加大量选项,普通人不易掌握;而S-PLUS、MATHLAB等偏数理统计的软件虽然绘图能力也非常强,但由于自身的定位问题,并不为大多数人所熟悉。因此,在各种统计软件中,以SPSS制作的统计图应用最为广泛。 EXECL的统计绘图功能非常的强,我们还有必要学习SPSS的绘图功能吗? 这个问题我的看法是:EXCEL由于它的纯中文界面和简单而强大的绘图功能,使得可以用它来直接绘制各种简单的统计图,但是,EXCEL可以直接绘制的统计图种类有限,象误差条图、自回归图等它就无能为力,即是它支持的线图、条图等,如果过于复杂,如叠式条图、累计条图等也无法作出,而这些图在统计中是经常会碰到的,此时就只有采用统计软件来绘制,SPSS就是其中的佼佼者。 §5.1 常用统计图 在SPSS 10.0版中,除了生存分析所用的生存曲线图被整合到ANALYZE菜单中外,其他的统计绘图功能均放置在graph菜单中。该菜单具体分为以下几部分: ?Gallery:相当于一个自学向导,将统计绘图功能做了简单的介绍,初学者可以通过它对SPSS的绘图能力有一个大致的了解。 ?Interactive:交互式统计图,这是SPSS 9.0版新增的内容。 ?Map:统计地图,这是SPSS 10.0版新增的内容。 市面上所能见到的SPSS 10.0 D版由于执照不全,并不能安装统计地图模块。 ?下方的其他菜单项是我们最为常用的普通统计图,具体来说有:

使用画图工具

如何使用画图工具 想在电脑上画画吗?很简单,Windows 已经给你设计了一个简洁好用的画图工具,它在开始菜单的程序项里的附件中,名字就叫做 “画图”。 启动它后,屏幕右边的这一大块白色就是你的画布了。左边是 工具箱,下面是颜色板。 现在的画布已经超过了屏幕的可显示范围,如果你觉得它太大了,那么可以用鼠标拖曳角落的小方块,就可以改变大小了。 首先在工具箱中选中铅笔,然后在画布上拖曳鼠标,就可以画出线条了,还可以在颜色板上选择其它颜色画图,鼠标左键选择的是

前景色,右键选择的是背景色,在画图的时候,左键拖曳画出的就是前 景色,右键画的是背景色。 选择刷子工具,它不像铅笔只有一种粗细,而是可以选择笔尖的大小和形状,在这里单击任意一种笔尖,画出的线条就和原来不一 样了。 图画错了就需要修改,这时可以使用橡皮工具。橡皮工具选定后,可以用左键或右键进行擦除,这两种擦除方法适用于不同的情况。左键擦除是把画面上的图像擦除,并用背景色填充经过的区域。试验一下就知道了,我们先用蓝色画上一些线条,再用红色画一些,然后选择橡皮,让前景色是黑色,背景色是白色,然后在线条上用左键拖曳,可以看见经过的区域变成了白色。现在把背景色变成绿色,再用左键擦除,可以看到擦过的区域变成绿色了。 现在我们看看右键擦除:将前景色变成蓝色,背景色还是绿色,在画面的蓝色线条和红色线条上用鼠标右键拖曳,可以看见蓝色的线条被替换成了绿色,而红色线条没有变化。这表示,右键擦除可以只擦除指定的颜色--就是所选定的前景色,而对其它的颜色没有影响。 这就是橡皮的分色擦除功能。 再来看看其它画图工具。 是“用颜料填充”,就是把一个封闭区域内都填上颜色。 是喷枪,它画出的是一些烟雾状的细点,可以用来画云或烟 等。

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