vmd指南
Auto-Psf builder
它可以自动为已知的pdb文件生成psf文件（自动添加H），但需要已知pdb文件
中所有残基的top文件，top文件的格式为charmm。
操作步骤：
在Vmd的主菜单下选择
File – new molecule – browse 选项，从窗口中选择pdb文件
注意：vmd不能识别中文目录
选择HDL_7.0ns.pdb，点load。
这样我们就能在图像窗口中看到载入的分子
在Vmd的主菜单下选择
Extensions – Modeling – Automatic PSF Builder
这样就能调出PSF Builder对话框
在step1中选择分子，输入Output basename，点击load input files
在step2中选择你所需要的分子。如果你想选择磷脂，在other 选项前的方框中打√，
在后面对话框输入not protein。点击下面的按钮。
最后，在最下面选择I am feeling lucky，生成pdb与psf 文件。
Representations
主菜单下选Graphics – Representations 在selected atoms中输入resid 12 13 选
择所需要的磷脂。
根据自己的偏好自由选择draw style下的color method 和drawing method，得
到自己满意的图像。
（命令的详细解释可参考vmd user’s guide 第5章）
标定和移动分子
主菜单下选mouse – label – atom 标定需要移动的分子中的原子，图像窗口中会显
示POPC35:C3 其中的35，就是该分子的resid 。
主菜单下选mouse – move – residue 移动分子到需要的位置。
在Tkconsole中输入：
set a [atomelect top “resid 35”]
$a set resid 235
$a writepdb aa.pdb
这样，我们得到了移动后分子的pdb文件
除坐标以外，所有的参数都相同的两个分子，Auto-Psf builder是无法识别的，所以
需要修改resid ，所有磷脂分子的resid不能重复。
Tkconsole
cd dir 与dos下的功能相同
命令的详细解释可参考vmd user’s guide P90-94
常用命令set a [atomelect top protein]
set 是命令，a是变量，[]内是赋给a 的值
红色的是我们可以更改的部分，可接受的值有“resid X Y Z …”“name CA OX …”
“not protein”“not water”“segname X Y Z …”
$a writepdb xx.pdb
将赋给a 的值写入xx.pdb的文件里
引用前面赋过值的变量时，用$变量名
可以用上述命令从含蛋白质和磷脂的pdb文件中取出磷脂，比如resid为15、18
的磷脂
可用：
set a [atomelect top“resid 15 18 ”]
$a writepdb aa.pdb
这样两个磷脂就被写进aa.pdb中
添加磷脂：
用写字板打开aa.pdb，Ctrl+A选择所有的内容，复制到蛋白质的pdb文件中，删除
aa.pdb中结尾的END。
溶解蛋白质：
package require solvate
solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
第一行表示需要溶解蛋白质
第二行依次为蛋白质的psf pdb文件，-t表示包围分子水层的厚度，-o表示输出文
件的名称。
set everyone [atomelect top all]
measure minmax $everyone
measure center $everyone
第一行，选择pdb文件中的所有原子
第二、三行，测量原子坐标的最大值、最小值和中心坐标
max – min 的值就是晶格基矢的坐标
center 的值就是晶格的初始位置
将这些值写入Namd的config文件对应项里
Namd config files
将蛋白质分子做好，融于水之后，就可进行模拟。Namd 模拟需要四个文件，分别
是：
Pdb文件
Psf文件
Par参数文件
Namd config 文件
将四个文件放在同一个文件夹下（d:/hdl）
Config文件示例如下
#############################################################
## JOB DESCRIPTION ##
#############################################################
# This is what this job does
#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
#############################################################
structure 109pr_wb.psf psf文件
coordinates 109pr_wb.pdb pdb文件
outputName 109pr_wb_eq 输出文件名
set temperature 310 模拟的温度
# Continuing a job from the restart files
if {0} {
set inputname myinput
binCoordinates $inputname.restart.coor
binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this!
extendedSystem $inputname.xsc
}
firsttimestep 0
#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS ##
#############################################################
# Input
paraTypeCharmm on
parameters par_all27_prot_lipid.inp 参数文件
# NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you
# have also specified a .vel restart file!
temperature $temperature
# Periodic Boundary conditions
# NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also
# specified an .xsc restart file!
if {1} {
cellBasisVector1 150. 0. 0. 晶格基矢X
cellBasisVector2 0. 138. 0. 晶格基矢Y
cellBasisVector3 0. 0. 148. 晶格基矢Z
cellOrigin 8.81 -4.10 4.94 晶格中心
#晶格基矢 {X Y Z}={MAX}-{MIN} MAX MIN 是所有原子坐标的最大至于最小值
#cellOrigin 是晶格中心坐标
}
wrapAll on
# Force-Field Parameters
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
cutoff 12.
switching on
switchdist 10.
pairlistdist 13.5
# Integrator Parameters
timestep 10.0 ;# 10fs/step 时间步长，单位fs
rigidBonds all ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq 1
fullElectFrequency 2
stepspercycle 10
#PME (for full-system periodic electrostatics)
if {1} {
PME yes
PMEGridSizeX 160 略大于X，最好是2 3 5的倍数PMEGridSizeY 144 略大于Y，最好是2 3 5的倍数PMEGridSizeZ 150 略大于Z，最好是2 3 5的倍数
}
# Constant Temperature Control
langevin on ;# do langevin dynamics
langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature
langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens
# Constant Pressure Control (variable volume)
if {1} {
useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps
useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane
langevinPiston on
langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod 100.
langevinPistonDecay 50.
langevinPistonTemp $temperature
}
restartfreq 1000 ;# 1000steps = every 10ps 隔1000步存储重启文件dcdfreq 1000 隔1000步记录dcd坐标
xstFreq 1000
outputEnergies 100
outputPressure 100
#############################################################
## EXTRA PARAMETERS ##
#############################################################
# Put here any custom parameters that are specific to
# this job (e.g., SMD, TclForces, etc...)
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT ##
#############################################################
# Minimization
if {1} {
minimize 5000 最小化的步数，作用是防止出现BAD CONTACT推荐10000
reinitvels $temperature
}
run 100000 ;# 10ps 运行的步数
#以上是NAMD的config文件
注意：红色的部分表示需要我们根据实际情况修改的内容，蓝色内容是对红色内容的注释
运行NAMD:
打开命令提示符，到存放上面四个文件的文件夹下
d:
cd hdl
假设namd2.exe位于（d:\works\namd）
在文件夹hdl中运行namd2.exe
命令如下：
D:\hdl>d:\works\namd\namd2.exe +p