数据库学习
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SQL Server数据库入门学习总结
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经过一段时间的学习，也对数据库有了一些认识,数据库基本是由表，关系，操作组成；对于初学者首先要学的
一图胜“十”言：SQL Server 数据库总结
一个大概的总结
经过一段时间的学习，也对数据库有了一些认识。
数据库基本是由表，关系，操作组成；对于初学者首先要学的：
1.数据库是如何存储数据的
表，约束，触发器
2.数据库是如何操作数据的
insert，update，delete T-sql 函数存储过程触发器
3.数据库是如何显示数据的
select
SQLServer数据库学习总结
1.SQL基础
SQL Server2000安装、配置，服务器启动、停止，企业管理器、查询分析器
第一代数据库--网状数据库和层次数据库；第二代数据库--关系数据库
数据库（DB）；数据库管理系统（DBMS）；数据库系统（DBS）
SQL Server 2000 提供了不同版本：企业版、标准版、个人版、开发版
SQL Server中的数据类型：整数：int,smallint,tinyint,bigint;浮点数：real,float,decimal;二进制：binary,va rbinary;逻辑：bit；字符：char,nchar,varchar,nvarchar；文本和图形：text,ntext,image；日期和时间：da tetime,smalldatetime；货币：money,smallmoney
数据库的创建和删除；数据库表的创建、修改和删除
数据完整性：实体完整性：Primary Key,Unique Key,Unique Index,Identity Column；域完整性：Default, Check,Foreign Key,Data type，Rule；参照完整性：Foreign Key,Check,Triggers,Procedure；用户定义完整性：Rule,Triggers,Procedure;Create Table中得全部列级和表级约束
SQL Server中有5种约束：主键约束（Primary Key Constraint）、默认约束（Default Constraint）、检查约束（Check Constraint）、唯一性约束（Unique Constraint）、外键约束（Foreign Key Constraint）.
关系图
数据库设计的步骤：需求分析、概念结构设计、逻辑结构设计、数据库物理设计、数据库实施、数据库运行和维护
两个实体之间的联系：一对一（1:1）、一对多（1：n）、多对多（m：n）
实体关系模型-- E-R图
数据库规范化：将数据库的结构精简为最简单的形式；从表中删除冗余列；标识所有依赖于其他数据库的数据。
数据库三范式：第一范式就是无重复的列；第二范式就是非主属性非部分依赖于主关键字；第三范式就是属性不依赖于其他非主属性
2.SQL语句
SQL全称是“结构化查询语言（Structured Query Language）”
SQL的4个部分：
数据定义语言DDL（Data Definition Language）用来定义数据的结构：create、alter、drop。
数据控制语言DCL（Data Control Language）用来控制数据库组件的存取许可、存取权限等得命令：gra nt、revoke。
数据操纵语言DML（Data Manipulation Language）用来操纵数据库中得数据的命令：insert、update、d elete。
数据查询语言DQL（Data Query Language）用来查询数据库中得数据的命令：select。
SQL中得运算符：算术运算符、位运算符、比较运算符、逻辑运算符、通配运算符、字符串连接符、赋值运算符
3.查询
简单查询,使用TOP子句
查询结果排序order by
带条件的查询where,使用算术表达式，使用逻辑表达式，使用between关键字，使用in关键字，
模糊查询like
在查询中使用聚合函数：sum(x),avg(x),min(x),max(x),count(x),count(*)
使用分组查询group by，having子句
distinct关键字
列别名
select top 6 * from sales order by qty desc
select au_id,au_fname,au_lname from authors where state in('ks','ca','mi')
select au_fname,au_lname,phone from authors where au_id like '72[234]-%'
select type,sum(price),avg(price),count(*) from titles group by type having type in('business','psych eology')
简单子查询：嵌套子查询、相关子查询；子查询的select语句中不能使用order by子句，roder by子句只能对最终查询结果排序。
嵌套子查询：执行过程，先执行子查询，子查询得到的结果不被显示，而是传给外层查询，作为外层查询的条件，然后执行外层查询，并显示结果。
嵌套子查询的执行不依赖于外层查询，子查询只执行一次。
带有比较运算符的子查询，带有in和not in的子查询，带有any或all的子查询
相关子查询：子查询为外层查询的每一行执行一次，外层查询将子查询引用的列的值传给了子查询。
相关子查询的执行依赖于外层查询，子查询需要重复的执行。
带有exists和not exists的相关子查询。
多表联接查询：内联接（inner join）、外联接（（left、right、full）outer join）、自联接（self join）和交叉联接（cross join）
在查询上创建新表：select into语句首先创建一个新表，然后用查询的结果填充新表。
表别名
select coursename from course where courseid in(select distinct courseid from grade where grad e>10)
select studname from student where sudbirthday > any (select studbirthday from student where cl ass = '信息系') and class<>'信息系'
select studname from student where exists (select * from grade where studid = student.studid an d courseid = '01')
select stud1.* from student as stud1 join student as stud2 on stud2.studname = 'mm' and stud1. studsex = stud2.studsex
select * into girls from student where studsex='m'
4.视图、索引和事务
视图是由一个或多个数据表（基本表）导出的虚拟表或者查询表，是关系数据库系统提供给用户以多种角度观察数据库中数据的重要机制。
视图的好处：能够简化用户的操作；视图能够对机密数据提供安全保护。
创建视图时，视图的名称存在sysobjects表中。有关视图中所定义列的信息添加到syscolumns表中，而有关视图相关性的信息添加到sysdepends表中。另外，create view语句的文本添加到syscomments表中。在通过视图向表中插入数据时，如果insert语句列表中包含有视图中没有选择的列和不允许为空值的列，这种操作是不允许的。
创建视图：create view view_employee as select emp_id,fname,lname from employee
使用视图：select * from view_employee
修改视图：alter view view_employee as select emp_id,fname,job_id from employee where job_id>1 0
删除视图：drop veiw view_employee
查看视图结构：exec sp_help view_employee
查看视图定义信息：exec sp_helptext 'view_employee'
索引提供了一种基于一列或多列的值对表的数据行进行快速访问的方法。索引提供的是表中得逻辑顺序。聚集索引基于数据行的键值在表内排序和存储这些数据行。当数据表以某列为关键字建立聚集索引时，表中得数据行就以该列（聚集索引键）的排序次序进行存储。每个表只能有一个聚集索引。
非聚集索引具有完全独立于数据行的结构，一个表可以建立多个非聚集索引。
创建聚集索引：create clustered index studid_ind on stud(studid)
创建非聚集索引：create unique index studfullname_ind on stud(fname desc,lname)
删除索引：drop index stud.studid_ind
查看stud表上得索引：exec sp_helpindex stud
事务是一种机制，是一个操作序列，它包含了一组数据库操作命令，并且所有的命令作为一个整体一起向系统提交或撤销操作请求。
事务的特性：原子性（Atomicity）、一致性（Consistenty）、隔离性（Isolation）、永久性（Durability）。事务分类：显示事务、隐性事务、自动提交事务。
视图、索引和事务的创建、使用、修改和删除
5.Transact—SQL编程
全局变量：由系统定义和维护，其名称以@@字符开头
局部变量：由用户定义和赋值，其名称以@字符开头
输出语句：print
逻辑控制语句：begin...end ;break ;case ;continue ; goto ; if...else ;return ; while
常用函数：行集函数，聚合函数，标量函数
转换函数：convert(dt,e,s),cast()
数学函数：绝对值abs(n),向上取整ceiling(n),向下取整floor(n),指定次幂power(n,y),四舍五入round(n,le ngth),求符号sign(n),平方根sqrt(n)
日期和时间函数：dateadd(datepart,num,date),datediff(datepart,date1,date2),datename(datepart,date), datepart(datepart,date),getdate(),year(date),month(date),day(date)
字符串函数：lower(e),upper(e),left(e,i),right(e,i),replace(s1,s2,s3)用3替换1中的2，replicate(e,i)重复指定次数，stuff(s1,start,length,s2)用2替换1中指定位置，substring(expression,start,length)
元数据函数：db_id('database_name'),db_name(datebase_id),object_id('obj_name'),object_name(obj_id), col_length('table','column'),col_name(table_id,col_id)
聚合函数：avg(expr),count(expr),count(*),max(expr),min(expr),sum(expr)
select au_lname,au_fname,contory =
case state
when 'ut' then 'utah'
when 'ca' then 'california'
else 'world'
end,city from authors order by state desc
while(select avg(price) from titles)<30
begin
update titles set price = price * 2
if(select max(price) from titles)>50 break
else continue
end
print '价格太高'
begin
insert into jobs values('a',80,234)
if @@error<>0 print '数据插入失败'
else goto M
end
M:print '数据插入成功'
6.游标
游标是一种能从包含多条数据记录的结果集中每次提取一条记录的机制。将批操作变成行操作，对结果集中得某行进行操作。
declare author_csr cursor read_only for --定义只读游标
select au_fname,au_lname from authors where state = 'ca' order by au_fname,au_lname declare @lname varchar(20),@fname varchar(20) --定义变量
open author_csr --打开游标
fetch next from author_csr into @lname,@fname --执行一次数据读取操作
while @@fetch_status=0 --循环游标读取数据
begin
print 'author name:'+@lname+''+@fname
fetch next from author_csr into @lname,@fname
end
close author_csr --关闭游标
deallocate author_csr --释放游标
7.存储过程
存储过程（stored procedure）类似c语言中的函数，是一组为了完成特定功能的SQL语句集，经编译后存储在数据库中。用户通过指定存储过程的名字饼给出参数来执行它。
常用的系统存储过程：sp_database,sp_helpdb,sp_renamedb,sp_tables,sp_column,sp_help,sp_helpconstr aint,sp_helpindex,sp_stored_procedure,sp_password
创建存储过程：
create procedure book_num (@book_name varchar(26),@starttime datetime,@endtime datetime,@to tal int output)
as
select @total=count(jy.askbookid) from book,jyls jy where bookname like @book_name and book.is bn=jy.isbn and jy.starttime>=@starttime and endtime<=@endtime
使用存储过程：
declare @book_name char(26),@total int
set @book_name='面向对象分析和设计'
exec book_num @book_name,'2007-01-01','2007-11-01',@total output
select @book_name as bookname,@total as num
8.触发器
触发器是一种特殊类型的存储过程，主要是通过实践进行触发而被执行。
触发器的主要作用就是能够实现由主键和外键所不能保证的复杂的参照完整性和数据的一致性。其他功能：强化约束，跟踪变化，级联运行，存储过程调用。
SQL Server 2000支持两种类型触发器：
after触发器：要求只有执行某一操作之后，触发器才被执行，且只能在表上定义。
instead of触发器：表示并不执行其所定义的操作，而仅是执行触发器本身。既可以在表上定义，也可以在视图上定义，但对同一操作只能定义一个instead of触发器。
工作原理：
当触发insert触发器时，新的数据行就会被插入到触发器表和inserted表中。触发器通过检查inserted表来确定是否执行触发器动作或如何执行。
当在定义有触发器的表上执行update语句时，原始行被移入到deleted表，更新行被移入inserted表。触发器检查deleted表和inserted表以及被更新的表，来确定是否更新了多行以及如何执行触发器动作。
当触发deleted触发器后，从受影响的表中删除的行将被放置到一个特殊的deleted表中。
create trigger update_smoke_t_sale on smoke_t_sale for update
as
declare @newsalenum int,@smokeproductname varchar(40)
select @newsalenum= salenum from inserted
select @smokeproductname=smokeproductname from inserted
if update(salenum) --判断是否更新
begin
update smoke_t_sale set saletotalprice=@newsalenum * saleprice where smokeproductname=@smo keproductname
insert into smoke_log(logContent) values('更新成功')
end
else
print '未更新'
9.数据库高级管理
SQL Server安全体系结构，4个等级：客户机操作系统的安全性，SQL Server的登录安全性，数据库的使用安全性，数据对象的使用安全性
SQL Server验证模式：windows身份验证模式和混合模式（windows身份验证和SQL Server身份验证）登录账户：用户登录（连接）SQL Server服务器的账户和密码。
角色管理：服务器角色（负责管理和维护SQL Server的组）；数据库角色（是对某个数据库具有相同访问权限的用户账户和组的集合）
数据库用户：对于每个要求访问数据库的登录账户，必须在要访问的数据库中建立该数据库的访问账户，且与其登录账户链接关联，才可进入该数据库访问。
权限管理：是指用户是否能进行访问数据库资源的相应操作。权限包括：语句权限、对象权限和暗示权限。
授予权限：
grant 语句[...] to 安全账户[...]
grant 权限[...] on 表或视图[(列[,...])]|on 存储过程|on用户自定义函数to 安全账户[，...]
拒绝权限：
deny 语句[...] to 安全账户[...]
deny 权限[...] on 表或视图[(列[,...])]|on 存储过程|on用户自定义函数to 安全账户[，...]
撤销权限：
revoke 语句[...] from 安全账户[...]
revoke 权限[...] on 表或视图[(列[,...])]|on 存储过程|on用户自定义函数from 安全账户[，...]
备份和恢复：
数据库备份设备,在进行数据库备份之前，首先要创建备份设备。包括：磁盘、磁带和命名管道
SQL Server 备份策略：只备份数据库、备份数据库和事务日志、差异备份。
backup database medicaldb to disk='medical_bk1' with name='medicaldb backup' description='medi caldb fullbackup' init
restore database medicaldb from medical_bk1
导入导出：
DTS（Data Transformation Service）是SQL Server提供的数据传输服务。使用户可以将来自完全不同数据源的数据析取、转换并合并到单个或多个目的。
分离与附加：创建可移动的数据库。
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Tags：SQL Server数据库入门
浅谈代谢组学常用数据库类型
代谢组是指某一生物或细胞、组织在一特定生理时期内所有的低分子量代谢产物的集合，主要是指分子量小1000 Da的内源性小分子。根据不同的理化属性可以将代谢组学所包含的物质主要分为氨基酸类(amino acid)、肽类(peptide)、碳水化合物类(carbohydrate)、能量类(energy)、脂类(lipid)、核苷酸(nucleotide)、维生素和辅助因子(cofactors andvitamins)及外源化合物（xenobiotics)，面对种类如此繁多复杂的物质，代谢物鉴定成为代谢组学研究的重点，也是目前主要的技术瓶颈。代谢物的鉴定高度依赖于代谢物标准品库，今天小编就主要介绍下代谢组学常用数据库。 1、HMDB HMDB即人类代谢组数据库于2007年发布，目前是世界上较大、较全面的特定生物体代谢组学数据库。该数据库包含或链接三种数据：化学数据、临床数据和分子生物学/生物化学数据。数据库中含有114162个代谢物条目，包括水溶性和脂溶性代谢物，以及被视为丰富（> 1 uM）或相对稀有（<1 nM）的代谢物，涉及25770个代谢途径、18192个代谢反应。
2、METLIN METLIN起源于表征已知代谢物的数据库，目前已扩展为用于鉴定已知和未知代谢物及其他化学实体的技术平台。该数据库超过一百万个分子，包括脂质、氨基酸、碳水化合物、毒素、小肽和天然产物等。METLIN的高分辨率串联质谱（MS/MS）数据库来自于标准品及其标记的稳定同位素类似物生成的数据，在鉴定代谢物过程中起着关键作用。并且METLIN可通过MS/MS数据和片段相似度搜索功能识别未知代谢物。 3、MassBank MassBank,一个高质量质谱数据库，旨在公开分享从代谢物的化学标准品得到的质谱图以方便用户进行代谢物的鉴定。MassBank包含了
药物基因组学相关数据库
药物基因组学数据库 1、Drugbank .drugbank.ca/ 2、dgidb https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/ 3、pharmGKB https://https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/ 4、cancercommon cancercommon./ 5、ChEMBL https://https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/chembldb/ 6、mycancergenome https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/ 7、TTD https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,.sg/group/cjttd/ 8、guidetopharmcology https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/ 9、clearityfoundation https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/ 10、CIViC https://https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/#/home 11、DoCM https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/ 1 Drugbank 药物和药物靶标资源库。DrugBank是一个独特的生物信息学/化学信息学资源，它结合了详细的药物（例如化学制品）数据和综合的药物靶点（即：蛋白质）信息。该数据库包含了超过4100个药物条目，包括超过800个FDA认可的小分子和生物技术药物，以及超过3200个试验性药物。此外，超过1.4万条蛋白质或药物靶序列被到这些药物条目。每个DrugCard条目包含超过80个数据域，其中一半信息致力于药物/化学制品数据，另一半致力于药物靶点和蛋白质数据。许多数据域超到其他数据库（KEGG、PubChem、ChEBI、Swiss-Prot和GenBank）和各种结构查看小应用程序。该数据库是完全可搜索的，支持大量的文本、序列、化学结构和关系查询搜索。DrugBank的潜在应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、药物对接或筛选、药物代预测、药物相互作用预测和普通药学教育。DrugBank可以在www.drugbank.ca使用。广泛应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛选、药物活性和作用预测等。
生物信息数据库大全
生物信息(bioinformation)数据库大全 摘要: [生物信息(bioinformation)数据库大全] http: smartli77 cctrblog net cmd html?do=blogs&id=548&uid=1511 生物信息(bioinformation)数据 库一．数据库目录2000年，出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个 数据库目录网页，这个网页把数据库分成18类在郝柏林、张淑誉编著的《生物 信息(bioin……[关键词:数据库序列基因基因组蛋白质蛋白质序列基因 图谱]…… 关键词:数据库序列基因基因组蛋白质蛋白质序列基因图谱 https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/cmd.html?do=blogs&id=548&uid=1511 生物信息(bioinformation)数据库 一．数据库目录 2000年，出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个数据库目录网页，这个网页把数据库分成18类在郝柏林、张淑誉编著的《生物信息(bioinformation)学手册》中，他们进行了合并，又把数据库目录、农林牧有关数据库、医学数据库和文献单独列出，分成以下16类： 1.数据库目录 2.综合数据库包括DNA序列阵：EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene 3.DNA序列数据库主要是与基因结构和认定有关的数据库，如密码子使用频度表、
真核生物启动子库、内含子和外显子库等 4.RNA序列和核糖体数据库 5.基因图谱数据库 6.人类基因组数据库 7.其他物种基因组数据库 8.基因表达数据库 9.基因突变、病理和免疫数据库 10.蛋白质序列数据库 11.蛋白质结构数据库 12.比较基因组学(comparative genomics)和蛋白质组学(Proteomics)数据库 13.代谢途径和细胞调控数据库 14.与农林牧有关数据库 15.医学数据库 16.其他数据库 二．综合数据库 INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）
组学原始数据归档库(GSA)使用说明
组学原始数据归档库（GSA）使用说明 系统简介 (2) 用户注册 (2) GSA数据集创建 (3) GSA数据集修改、删除和追加 (13) GSA数据集发布 (15) GSA数据集分享链接生成 (16) 数据文件上传 (17) Aspera命令行上传（推荐） (17) FTP上传 (18) Aspera Connect浏览器插件上传 (18) 协助上传 (19) 数据触发机制说明 (20) 提交状态与操作说明 (21)
系统简介 组学原始数据归档库（Genome Sequence Archive, GSA）是组学原始数据汇交、存储、管理与共享系统。GSA遵循INSDC数据库系统的数据标准和数据结构，主要汇交实验信息（Experiment Metadata）、测序反应信息（Run Metadata）信息以及归档测序文件数据（Sequence Data file）。GSA用户可通过大数据中心生物数据统一汇交入口——生物数据递交系统（BIG Submission，BIG Sub）完成一站式数据递交。 用户注册 请您进入生物数据递交系统（BIG Submission，BIG Sub，https://https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/gsub/）完成账号注册，建议使用实验室公共邮箱进行注册。如果您在账号注册和使用过程中遇到任何问题，请联系bigd-admin@https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,。
GSA数据集创建 为保证元数据信息与测序数据文件的一致性与完整性，便于后续数据使用者检索与使用，通过BIG Sub统一入口递交GSA数据信息时，用户需要为GSA数据集的研究任务创建BioProject，并为数据集的实验样本创建相应的BioSample(s)。GSA各类数据信息间是线性的、一对多的关联关系，数据结构如下图。 具体提交操作步骤如下： 本系统支持中英文双语言模式，可随时自由切换
生物信息学数据库综述
生物信息学数据库综述 摘要本文对生物信息学常见的数据库进行了汇总。常见数据库分为三类：核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、三维分子结构数据库。并分别对其中常见数据库进行了介绍。对于生物信息学数据库的现存问题也进行了论述。 关键词数据库；核酸序列数据库；蛋白质序列数据库；三维分子结构数据库； 随着生物信息的发展，生物信息学数据库的数量在不断的递增，内部结构也不断的复杂化，功能也越来越细化。根据数据的类型可以将数据库分为核酸序列数据库、蛋白质序列数据库三维分子结构数据库。本文将比较常见的数据进行了汇总。 1 核酸序列数据库 常用的核酸序列数据库有GenBank核酸序列数据库、EMBL核酸数据库、DDBJ数据库、GDBD等。 1.1GenBank Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(N CBI)建立和维护的。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EM BL)的数据库，和日本的DNA 数据库(DDBJ)交换数据，使这三个数据库的数据同步。Genbank的数据可以从N CBI的FrP服务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。N CBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务，用户可以从N CBI的主页上找到这些服务。Gel~ bank 库里的所有数据记录被划分在若干个文件里，如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类，以及EST数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等16类，其中EST数据等又被各自分成若干个文件 1.2 EM BL核酸序列数据库 EM BL 核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，由于与Genbank和DDBJ的数据合作交换，它也是一个全面的核酸序列数据库。该数据库由Oracal数据库系统管理维护，查询检索可以通过因特网上的序列提取系统(SRS)N务完成l 6J。向E M BL核酸序列数据库提交序列可以通过基于W eb的WEBI N工具,也可以用Sequi n 软件来完成。 1.3 DD BJ 数据库 D D BJ数据库创建于1984 年，由日本国立遗传学研究所遗传信息中心维护。它首先反映日本所产生的DNA数据，同时与Genbank、EMBL合作互通有无，同步更新，每年四版。日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库。可以使用其主页上提供的SAS工具进行数据检索和分析。可以用Sequin 软件向该数据库提交序列。 1 ．4 G D B 人类基因组数据库(GD B)是人类基因图谱和疾病的数据库。GDB的目标是构建关于人类基因组图谱和测序。目前GDB中有：人类基因组区域(包括基因、克隆、amplimersPCR标记、断点breakpoint细胞遗传标记cytogenetic markers、
生物信息学数据库大全
综合数据库 ★INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。 ★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/embl.html ★GenBank ，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/Web/Genbank/ ★DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。http://www.ddbj.nig.ac.jp/ ★GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/gsdb/ ★TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/tdb/hcd/overview.html DNA序列数据库 包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。 ★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。 https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/ ★CUTG,MM子使用频度表。 http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html http://www.kazusa.or.jp/codon/ http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html ★EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。 http://www.epd.isb-sib.ch/ ★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。 http://transfac.gbf.de/TRANSFAC ★TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。 http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ ★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。 https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/ ★RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。 https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/~server/repbase.html ★MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。 https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html ★ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。 https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,(/pub/jmc/alu/) ★Simple Repeats,简单重复序列库。 https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html, ★COMPEL,复合元件数据库。 ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/) ★MPDB,分子探针数据库。 http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html ★HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/ ★PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。 http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
生物信息学数据库
数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。核酸序列数据库有GenBank, EMBL, DDBJ等，蛋白质序列数据库有SWISS-PROT, PIR, OWL, NRL3D, TrEMBL等，蛋白质片段数据库有PROSITE, BLOCKS, PRINTS等，三维结构数据库有PDB, NDB, BioMagResBank, CCSD等，与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP, CATH, FSSP, 3D-ALI, DSSP等，与基因组有关的数据库还有ESTdb, OMIM, GDB, GSDB等，文献数据库有Medline, Uncover等。另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。 基因和基因组数据库 1. Genbank Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机
构协作交换数据而来。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库，和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据，使这三个数据库的数据同步。Genbank的数据可以从NCBI的FTP服务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。NCBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务，用户可
国外代谢组学数据库的简介
国外代谢组学常见数据库列表和简介 李克峰博士 背景介绍 新一代的代谢组学(Next-Generation Metabolomics)，在全世界范围内都是刚刚兴起。随着仪器分析工具的迅猛发展，代谢组学的研究也逐年增多，成为后基因组学时代，系统生物学的主要研究手段之一。代谢组分析产生了大量的生物信息数据(Big Data)。代谢数据库的开发对于归纳总结这些大数据、方便后续的代谢组学数据分析、揭示隐藏在大数据背后的生物学机理具有十分重要的作用。本文归纳总结了代谢组学研究和分析检测常用的一些国外的代谢组学数据库，为从事代谢组学研究和应用方面工作的科研人员提供方便。 [1] HumanMetabolome Database（人类代谢组数据库） 简介和特点：Human Metabolome Database (HMDB) 数据库是由加拿大代谢组学创新中心[The Metabolomics Innovation Centre (TMIC)]于2007年创立的代谢组学综合数据库。网站主要收录人体内源性代谢产物，包括化合物简介、化学式、分子量、化学分类、化学性质、代谢通路、部分代谢产物的浓度，部分MS/MS图谱等。该数据库目前化合物名字搜索、分子量搜索、分子结构搜索, MS/MS搜索。 该数据库的主要缺点：目前不支持批量搜索，仅限于单个代谢产物搜索，搜索效率较低。不支持代谢通路搜索、代谢化合物浓度搜索等。 [2]Metlin (Scripps Center for Metabolomics) 简介和特点：Metlin数据库，是由The Scripps Institute Gary Siuzdak组创立，主要侧重用于非靶向代谢组学(Non-targeted Metabolomics)代谢产物鉴定用。网站的主要特征是具有大量的代谢产物的MS/MS图谱，而且每个化合物物都有不同的碰撞能
生物信息学数据库列表
生物信息学数据库列表 美国生物技术信息中心(NCBI)GenBank （https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/Web/Genbank/index.html） 欧洲分子生物学实验室（EMBL）EMBL-Bank(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/embl/index.html) 日本遗传研究所DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) 基因组数据库： NCBI基因组数据库Entrez Genmous (https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/entrez/query.fcgi?db=Genome) 人类基因组计划图谱数据库：GDB(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/) 酵母基因组数据库：SGD(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/) 小鼠基因组信息学数据库：MGI(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/) 果蝇基因组数据库：FlyBase(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/) 线虫基因组数据库：WormBase(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/) 综合基因组数据库：Ensembl(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/) 表达序列标记数据库dbEST(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/dbEST/) 序列标记位点数据库dbSTS(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/dbSTS/) 蛋白质序列数据库 PIR(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/pir/) SWISS-PROT(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/swissprot/) TrEMBL(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/trembl/index.html) 蛋白质数据仓库Uniprot(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/uniprot.index.html) 生物大分子结构数据库 PDB（protein date bank）(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/pdb/) MMDB(molecular modeling database) (https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/Structure/MMDB/mmdb.shtml) 单碱基多态性数据库dbSNP(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/SNP/) 蛋白质结构分类数据库SCOP(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/scop/) 蛋白质二级结构数据库DSSP(http://www.sander.embl-heidelberg.de/dssp/) 蛋白质同源序列比对数据库HSSP(http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/) 序列模式数据库PROSITE(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/prosite/) 蛋白质指纹数据库PRINTS(https://www.sodocs.net/doc/ae1604196.html,/dbbrowser/PRINTS/)