大规模表达序列标签(EST)测定及分析

表达序列标签及其应用

万方数据

表达序列标签及其应用 作者：王忠华， 周美园， 夏英武 作者单位：王忠华(浙江大学农业与生物技术学院核农所,)， 周美园(浙江华川专修学院,)， 夏英武(浙江大学农业与生物技术学院核农所,;v) 刊名： 生物化学与生物物理进展 英文刊名：PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS 年，卷(期)：2001,28(1) 被引用次数：3次 本文读者也读过(6条) 1.房学爽.徐刚标.FANG Xue-shuang.XU Gang-biao表达序列标签技术及其应用[期刊论文]-经济林研究 2008,26(2) 2.陈红歌.贾新成表达序列标签及其应用[期刊论文]-生物技术通讯2003,14(1) 3.孙亮先.谢进金.黄周英表达序列标记(EST)研究进展[期刊论文]-泉州师范学院学报2002,20(4) 4.田小军.薛燕萍.TIAN Xiao-jun.XUE Yan-ping表达序列标签在寄生虫功能基因组学研究中的应用[期刊论文]-中国病原生物学杂志2008,3(3) 5.于凤池.Yu Fengchi EST技术及其应用综述[期刊论文]-中国农学通报2005,21(2) 6.吕桂云.张海英.郭绍贵.许勇表达序列标签(EST)分析方法及在植物抗病研究中的应用[期刊论文]-中国农学通报2010,26(8) 引证文献(3条) 1.陈云天.徐树青.童晓梅.郑晓光.于军.格日力藏族外周血淋巴细胞表达序列标签分析[期刊论文]-山东医药2010(44) 2.房学爽.徐刚标表达序列标签技术及其应用[期刊论文]-经济林研究 2008(2) 3.褚延广星星草耐盐分子机理研究及相关基因的克隆[学位论文]硕士 2005 本文链接：https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,/Periodical_swhx200101033.aspx

各种标签Tag的核苷酸与氨基酸序列

V5-tag 5ˊGGT AAG CCT ATC CCT AAC CCT CTC CTC GGT CTC GAT TCT ACG 3ˊ G K P I P N P L L G L D S T 6 X His tag CAT CAT CAC CAT CAC CAT H H H H H H S-tag AAA GAA ACC GCT GCT GCT AAA TTC GAA CGC CAG CAC A TG GAC A GC KETAAAKFERQHMDS Flag-Tag GAT TAC AAG GAT GAC GAC GAT AAG D Y K D D D D K

Myc-Tag GAG CAG AAA CTC ATC TCT GAA GAG GAT CTG HA-Tag TAC CCA TAC GAC GTC CCA GAC TAC GCT VSV-G: TATACAGACATAGAGATGAACCGACTTGGAAAG Thrombin recognises the consensus sequence Leu-Val-Pro-Arg-Gly-Ser Sequence：CTG GTT CCG CGT GGA TCC 重组蛋白表达技术现已经广泛应用于生物学各个具体领域。特别是体内功能研究和蛋白质的大规模生产都需要应用重组蛋白表达载体。 美国GeneCopoeia的蛋白表达载体按照表达宿主的不同新推出3类，分别为表达宿主为 大肠杆菌，哺乳动物细胞的，以及慢病毒载体，宿主可以为哺乳动物细胞和原代细胞。 除了必要的复制和筛选的元件，协助表达和翻译的元件外，本文将各类载体分别按照功能标签的不同确定种类并将个标签的功能初步介绍如下： His6： His6是指六个组氨酸残基组成的融合标签，可插入在目的蛋白的C末端或N末端。当某 一个标签的使用，一是能构成表位利于纯化和检测；二是构成独特的结构特征（结合配体）利于纯化。组氨酸残基侧链与固态的镍有强烈的吸引力，可用于固定化金属螯合层析(IMAC)，对重组蛋白进行分离纯化。 使用His-tag有下面优点： 1.标签的分子量小，只有~0.84KD，而GST和蛋白A分别为~26KD和~30KD，一般不影响目标蛋白的功能； 2.His标签融合蛋白可以在非离子型表面活性剂存在的条件下或变性条件下纯化，前者在纯

表达序列标签在药用植物研究中的应用

表达序列标签在药用植物研究中的应用 作者：吴春颖， 宋经元， 陈士林， WU Chun-ying， SONG Jing-yuan， CHEN Shi-lin 作者单位：吴春颖,WU Chun-ying(中国医学科学院中国协和医科大学药用植物研究所,北京,100094;北京林业大学,北京,100083)， 宋经元,陈士林,SONG Jing-yuan,CHEN Shi-lin(中国医学科学 院中国协和医科大学药用植物研究所,北京,100094) 刊名： 中草药 英文刊名：CHINESE TRADITIONAL AND HERBAL DRUGS 年，卷(期)：2008,39(5) 被引用次数：5次 参考文献(39条) 1.Adams M D;Kelley J M;Gocayne J D Complementary DNA sequencing:expressed sequence tags and human genome project[外文期刊] 1991(5013) 2.Boguski M S The turning point in genome research[外文期刊] 1995(08) 3.王伟;朱平;程克棣药用植物基因组及ESTs研究[期刊论文]-中国生物工程杂志 2004(01) 4.朱平;王伟;程克棣药用植物功能基因[期刊论文]-中国生物工程杂志 2004(02) 5.万海伟;杜立新表达序列标签(ESTs)在基因组学研究中的应用[期刊论文]-生物技术通报 2004(01) 6.White J A;Todd J-Newman T A new set of Arabidopsis expressed sequence tags from developing seeds The metabolic pathway from carbohydrates to seed oil[外文期刊] 2000(04) 7.Pereirao S L;Leonard A E;Huang Y S Identification of two novel microalgal enzymes involved in the conversion of the omega3-fatty acid,eicosapentaenoic acid,into docosahexaenoic acid[外文期刊] 2004 8.于凤池ESTs技术及其应用综述[期刊论文]-中国农学通报 2005(02) 9.Wu J;Maehara T Shimokawa T A comprehensive rice transcript map containing 6591 expressed sequence tag sites[外文期刊] 2002(03) 10.Venter J C;Adams M D;Eugene W M The sequence of the human genome[外文期刊] 2001 11.Goff S A;Ricke D;Lan T H A draft sequence of the rice genome(Oryza sativa L.ssp.japonica)[外文期刊] 2002(5565) 12.Collins F S;Patrinos A;Jordan E New goals for the U.S.human genome project:1998-2003[外文期刊] 1998(5389) 13.Hattori M;Tsukahara F;Furuhata Y A novel method for making nested deletions and its application for sequencing of a 300 kb region of human APP locus[外文期刊] 1997(09) 14.Liu C J;Huhman D;Sumner L W Regiospecific hydroxylation of isoflavones by cytochrome p450 81E enzymes from Medicago truncatula[外文期刊] 2003(04) 15.Murata J;Bienzle D;Brandle J E Expressed sequence tags from Madagascar periwinkle(Catharanthus roseus) 2006(18) 16.Kim M K;Lee B S;In J G Comparative analysis of expressed sequence tags(ESTss)of ginseng leaf[外文期刊] 2006(06) 17.郭强;项安玲;杨清利用ESTs及生物信息学方法挖掘马铃薯中miRNA及其靶基因[期刊论文]-科学通报 2007(14) 18.Lee M H;Jeong J H;Seo J W Enhanced triterpene and phytosterol biosynthesis in Panax ginseng overexpressing squalene synthase gene[外文期刊] 2004(08)

EST (Expressed Sequence Tag)表达序列标签

EST (Expressed Sequence Tag）表达序列标签 EST (Expressed Sequence Tag)表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA 克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。由于cDNA 文库的复杂性和测序的随机性，有时多个EST代表同一基因或基因组，将其归类形成EST 簇（EST cluster) 原理： EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。EST 来源于一定环境下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。 技术路线： 首先从样品组织中提取mRNA，在逆转录酶的作用下用oligo (dT) 作为引物进行RT -PCR合成cDNA，再选择合适的载体构建cDNA 文库，对各菌株加以整理，将每一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行两端一次性自动化测序，这就是EST 序列的产生过程。 应用： EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA 序列高度保守而具有自身的特殊 性质，与来自非表达序列的标记（如AFLP、RAPD、SSR等）相比更可能穿越家系与种 的限制，因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息是特别有用。同样，对于一个DNA 序列缺乏的目标物种，来源于其他物种的EST也能用于 该物种有益基因的遗传作图，加速物种间相关信息的迅速转化。具体说，EST的作用表现在：⑴用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱；⑵作为探针用于放射性杂交; ⑶用于 定位克隆；⑷借以寻找新的基因; ⑸作为分子标记；⑹用于研究生物群体多态性；⑺用于研究基因的功能；⑻有助于药物的开发、品种的改良；⑼促进基因芯片的发展等方面。正是因为EST 表现出了这些巨大潜能，使其得到了充分的利用与发展。 在人类基因组研究中，有一个区别于“全基因组战略”的“cDNA战略”，既只测定转录的DNA序列，也就是测定基因转录产物mRNA反转录产生的互补DNA---cDNA.cDNA代表了基因中编码蛋白质的序列。EST则是cDNA的一个片段，一般长200-400个核苷酸对。一个全长的cDNA分子可以有许多个EST，但特定的EST有时可以代表某个特定的cDNA分子。两端有重叠的共有序列的EST可以组装成一个叠连群(contig），直到装配成全长的cDNA 序列，这样就等于是克隆了一个基因的编码序列。将EST定位在基因组，也可作为基因组作图时的一种标记序列。

表达序列标签的应用现状及分析方法研究

表达序列标签的应用现状及 分析方法研究 王晓娜,卢欣石 (北京林业大学草地资源与生态实验室,北京100083) 摘要:表达序列标签是由大规模随机挑取的cDN A克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。1个表达序列标签(EST)代表生物某一时期的某种组织或细胞的1个表达基因。数量迅速增加的表达序列标签已经成为开发分子标记的重要资源。介绍了EST原理、基因表达分析的方法比较、基因测序聚类分析的3个数据库比较及详细方法,表明EST在发现新基因及基因组研究中的应用具有良好的前景。 关键词:表达序列标签;聚类;分析方法 中图分类号:Q78 文献标识码:A 文章编号:1001 0629(2010)05 0076 09 表达序列标签EST(Ex pressed Sequence Tag)是从一个随机选择的cDNA克隆进行5 端和3 端单一次测序获得的短的cDNA部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20~7000bp不等,平均长度为360 120bp。EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊性质,与来自非表达序列的标记(如AFLP、RAPD、SSR等)相比更可能穿越家系与种的限制,因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息上是特别有用的。另外,由于EST来源于一定环境下一个组织总mRNA所构建的cDNA文库,因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。EST s已经被广泛地应用于基因识别,研究发现EST s的数目比GenBank中其他的核苷酸序列多,研究人员更容易在EST库中搜寻到新的基因[1]。由于EST 测序只是测定部分序列,也不需要对克隆进行排序,因而完成EST测定所需要的人力、物力消耗与基因组测序和全长cDNA测序相比要少的多,具有经济和高效的特点。由于DNA测序技术的不断更新和大规模测序技术的出现,在DNA测序中逐步实现了工厂化和流水作业,因此测序费用大幅度降低[2]。 近年来,表达序列标签数据增长迅速。在GenBank102版本数据中,EST序列已经占用了2/3的记录[3]。美国国立生物技术信息中心(Na tional Center for Biotechno logy Information,NC BI)对EST进行了聚类分析,按基因划分EST,组成UniGene数据库。还有一些网站开发了基于Internet的EST延伸服务,如Labonw eb网站的IRACE(http://ww https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,bonw https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,),Bio sino 网站的BioEclone(https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,: 9090/bio eclone.htm l)等[4 5]。 因此对EST的技术要求及应用进行归纳分析,有利于对研究对象分析不同基因的表达水平,为挖掘和克隆基因提供理论支撑。 1 EST特点及其应用 EST计划作为植物基因组计划的一个重要组成部分,已经在多种植物物种中开展起来。相关标记包括EST SSR、EST PCR、EST SNP、EST AFLP、EST RFLP等[6]。近年来,EST的应用已经深入到生物学的领域,其中表达序列标签微卫星(EST SSR)技术的发展和应用较为普遍,根据SSR的来源可将其分为基因组SSR和 76-84 05/2010 草 业 科 学 PRA T A CU L T U RA L SCI EN CE 27卷05期 V ol.27.N o.05 收稿日期:2009 10 15 基金项目: 863 高产、多抗、优质苜蓿新品种分子聚合育种 项目(2008AA10Z149) 作者简介:王晓娜(1986 ),女,河北衡水人,在读硕士生,主要 从事牧草分子标记辅助育种研究。 E_mail:xiaotaoyan5070@https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html, 通信作者:卢欣石 E_m ail:luxins hi304@https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,

各种标签Tag的核苷酸与氨基酸序列

各种标签Tag的核苷酸与氨基酸序列 以下是为大家整理的各种标签Tag的核苷酸与氨基酸序列的相关范文，本文关键词为各种,标签,Tag,核苷酸,氨基酸,序列,V5-tag,gg，您可以从右上方搜索框检索更多相关文章，如果您觉得有用，请继续关注我们并推荐给您的好友，您可以在综合文库中查看更多范文。 *** V5-tag 5ˊggTAAgccTATcccTAAcccTcTccTcggTcTcgATTcTAcg g

K p I p n p L L g L D s 3ˊT 6xhistag cATcATcAccATcAccATh h h h hh s-tagAAAgAAAccgcTgcTgcTAAATTcgAA cgccAgcAcATggAcAgc KeTAAAKFeRQhmDs

Flag-TaggATTAcAAggATgAcgAcgATAAg D Y K D D D D K myc-Tag gAgcAgAAAcTcATcTcTgAAgAggATcTg eQKLIseeDL hA-Tag TAcccATAcgAcgTcccAgAcTAcgcTY p Y D V p D Y A

VsV-g:TATAcAgAcATAgAgATgAAccgAcTTggAAAg ** *** ThrombinrecognisestheconsensussequenceLeu-Val-pro-Arg-gly-serseque nce：cTggTTccgcgTggATcc ** 最后，小编希望文章对您有所帮助，如果有不周到的地方请多谅解，更多相关的文章正在创作中，希望您定期关注。谢谢支持！

如何在DNA序列中找到序列标签位点

如何在DNA 序列中找到序列标签位点（ESTs） NCBI的“electronic PCR（e-PCR）”工具是UniSTS资源库的一部分，可以用来寻找一段目的DNA片段中的STS标记物。UniSTS (https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,/genome/sts/ ) 能提供所有有关STS标记物的资料，包括引物序列、产物大小、作图信息和别名。与之相链接的其他NCBI资源如Entrez、LocusLink 和MapViewer 也同样提供这些信息。e-PCR通过搜寻具有正确的方向和间距的序列且这个序列能代表用于扩增STSs的PCR引物，来寻找一段DNA序列中潜在的STSs。 先在NCBI主页上（https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,/ ）找到e-PCR的主页，然后在右手栏点击“Electronic PCR”链接。再在e-PCR主页的上端大的文本框内粘贴上目的基因序列或键入登陆号（accession number）。例如某个序列的登录号是AF288398，结果显示该序列只包含一个STS： stSG47693（或RH92759），位于此序列的2102和2232核苷之间。 当点击“Marker”下标记物的名称时，从UniSTS中出现STS的详细资料。引物的信息、PCR产物大小以及标记物的替代名称也出现在主页的上端。在不同的图谱中，STSs常有不同的名称。在 “Cross-references”栏目下的 LocusLink、UniGene 和 the Genebridge 4中，将显示这个STS的定位图。在“mapping infor 部分包含能链接到NCBI 的“MapViewer”浏览器。在主页的下端是“Electronic PCR results”，显示了其他序列，包括contigs（重mation”叠

各种标签Tag的核苷酸与氨基酸序列

V5-tag 5ˊGGT AAG CCT ATC CCT AAC CCT CTC CTC GGT CTC GAT TCT ACG 3ˊ 6 X His tag CAT CAT CAC CAT CAC CAT S-tag AAA GAA ACC GCT GCT GCT AAA TTC GAA CGC CAG CAC A TG GAC A GC Flag-Tag GAT TAC AAG GAT GAC GAC GAT AAG

Myc-Tag GAG CAG AAA CTC ATC TCT GAA GAG GAT CTG HA-Tag TAC CCA TAC GAC GTC CCA GAC TAC GCT VSV-G: TATACAGACATAGAGATGAACCGACTTGGAAAG Thrombin recognises the consensus sequence Leu-Val-Pro-Arg-Gly-Ser Sequence：CTG GTT CCG CGT GGA TCC 重组蛋白表达技术现已经广泛应用于生物学各个具体领域。特别是体内功能研究和蛋白质的大规模生产都需要应用重组蛋白表达载体。 美国GeneCopoeia的蛋白表达载体按照表达宿主的不同新推出3类，分别为表达宿主为 大肠杆菌，哺乳动物细胞的，以及慢病毒载体，宿主可以为哺乳动物细胞和原代细胞。 除了必要的复制和筛选的元件，协助表达和翻译的元件外，本文将各类载体分别按照功能标签的不同确定种类并将个标签的功能初步介绍如下： His6： His6是指六个组氨酸残基组成的融合标签，可插入在目的蛋白的C末端或N末端。当某 一个标签的使用，一是能构成表位利于纯化和检测；二是构成独特的结构特征（结合配体）利于纯化。组氨酸残基侧链与固态的镍有强烈的吸引力，可用于固定化金属螯合层析(IMAC)，对重组蛋白进行分离纯化。 使用His-tag有下面优点： 1.标签的分子量小，只有~0.84KD，而GST和蛋白A分别为~26KD和~30KD，一般不影响目标蛋白的功能； 2.His标签融合蛋白可以在非离子型表面活性剂存在的条件下或变性条件下纯化，前者在纯

分子标记技术的类型及其原理

分子标记技术的类型及其原理 08农生1班陈耀光 200830010403 所谓分子标记就是基于基因组DNA 存在极其丰富的多态性而发展的一类可以直接反映生物个体间DNA 水平上差异的新型的遗传标记方法。在遗传学发展过程中，先后出现了形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子标记，其中以分子标记最为理想、可靠，因为DNA分子中碱基的缺失、插入、易位、倒位或是长短与排列不一的重复序列等产生的差异，都可以通过分子标记进行检测。DNA 分子标记较以往的形态标记其优越性表现在：(1)以核酸为研究对象，不受季节、环境限制，不存在基因表达与否的问题，也没有组织或器官特异性；(2)数量的丰富性，遍及整个基因组，标记的数量几乎是无限的； (3)多态性高，自然存在丰富的等位变异；(4)许多标记表现为共显性，能很好地鉴别纯合基因型与杂合基因型；(5)检测手段简便、快速，并且重复性好；(6)既不对目标形状的表达造成影响，也不会与不良性状之间产生必然的关联。 1 分子标记的类型及其原理 分子标记技术自诞生以来，短短的几十年时间中得到突飞猛进的发展，至今被发展和利用的分子标记技术已有二十余种，为不同研究领域提供了有效的技术手段，同时也发挥着至关重要的作用。目前，根据对DNA 多态性检测手段和所应用序列范围的不同，对部分分子标记技术分类如下。 1.1 基于全基因序列的分子标记 RFLP (restriction fragment length polymorphism,限制性片段长度多态性)：RFLP 作为最早发展的分子标记技术由Grozdicker 等于1974 年创建，并由Bostein 等再次提出。RFLP 技术的出现开创了直接在DNA 水平上进行遗传研究的新时代。其基本原理是：基因组DNA中限制性内切酶所识别的序列由于出现碱基变化而致使酶切位点的数量也变化，从而使酶切片段长短发生差异产生长度多态性。利用特定的限制性内切酶切割不同个体的基因组DNA，由于不同个体中酶切位点的差别就得到了长短相异的片段DNA，电泳分离后，借助Southern 杂交将DNA 片段转移至硝酸纤维素膜上，将具有放射性标记的探针与膜上的片段杂交，通过放射自显影技术就可以获得显示物种特异性的多态性图谱。RFLP 标记的等位基因是共显性的，能区分纯合基因型和杂合基因型，结果稳定可靠，重复性好，适合于连锁图谱的建立。但是对DNA 要求较高，检测步骤多，操作复杂，耗时费资，而且需要放射性同位素等，这都在很大程度上限制了RFLP 技术的应用。

表达序列标签有关知识总结

个人总结： 我觉得要做好电子延伸，必须要把它上升到系统的高度。 基本同意starrweb战友的提法（那个图8错）。 电子延伸系统应该有以下几个部分组成： 预处理(pre－processing)、聚类(clustering)、拼接(assembly) 和分析(analysis)。 一.预处理仅仅去除载体序列是不够的： 1.去除载体序列,用crossmatch程序。 载体序列库为ftp://https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,/repository/vector 2.将ESTs序列将与人重复序列库(RepBase, https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html, ) 比较，去除重复序列，这样可以提高拼接的效率。 3.其它潜在的污染序列(如鼠DNA序列、线粒体、核糖体DNA 序列等) 前些时候就发现一些EST数据中存在线粒体序列污染（发了第一个SOS的帖子，得到了我在DXY的第一分），大家应该根据具体的数据来源来分析可能的污染. 4.还有几种污染属于研究前沿，至今没有很好的解决。 包括：来自基因组DNA的污染、来自pre-mRNA的污染、跨越非常规内含子（不是以GT 或GC开头和AG结尾的内含子）的EST，这些都会影响拼接的成功率和正确率。 二.聚类(clustering)： 在对大量ESTs数据进行分析时, 情况比较复杂，从概念上区分“聚类”和“拼接”是必要的。聚类过程的目的是将标记同一基因相同转录本的、具有重叠部分(over－lapping)的ESTs整合至单一的簇(cluster)中。 用BLAST和fasta进行同源性搜索其实就是聚类的前导工作。 搜索UNIGENE数据库也是一个完成聚类的捷径（本论坛https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,/bbs/post/view?b id=73&id=1361500&sty=1&tpg=1&age=0讲了这个方法），但是我的经验是UNIGENE是一个错误比较多的数据库，最好在选取了unigene的某个cluster以后对它进行处理，再在基因组上校正一下错误，我发现unigene的含错率还是比较高的，会对你的下一步拼接造成很大的影响。所以不可偷懒不校正。 另外各种拼接软件拼接前其实也预先完成了一个聚类的过程。 聚类分为不严格的和严格的聚类( loose and stringent clustering )： 不严格的聚类: 不严格的聚类系统产生大的、“松散”的类。在所形成的每一类中, 表达基因ESTs 数据的覆盖率高, 含有同一基因不同的转录形式, 如各种选择性剪接体、由选择不同的多腺苷酸位点(polyadenylation site) 而产生的不同的转录本等。其主要缺点在于每一类中可能包含旁系同源基因(paralogous expressed gene) 的转录 本, 信噪比低, 序列的忠实性低。这种系统的代表, 如STACK 采用的基于字的聚类算法, 即d－square 聚类。 严格的聚类: 严格的聚类系统产生高度相关的聚类成员, 因此忠实性更加可靠。但是, 表达

序列标记位点

序列标记位点(STS)的定义及作图原理 为得到我们需要的大基因组的详细物理图谱，理想状态下，一个高分辨率的作图过程应当快速而不需要复杂的技术。目前为止，限制酶作图和FISH均不能满足这些要求。限制酶作图快速、简便，能提供详细定位信息，但它不能用于大基因组。FISH能应用于大基因组，而且使用改进的方法，如纤维FISH，可以得到高分辨率的数据，但FISH难以操作，数据积累慢，一次实验仅能获得不超过3个或4个标记的图谱位点。因此要使详细的物理图谱成为现实，我们需要更有效的技术。 目前最有效的物理作图技术，也是能对大基因组作出最详尽图谱的技术、是STS作图一个序列标记位点(STS)是一段短的DNA序列，通常长度在100到500bp，易于识别，仅存在于待研究的染色体或基因组中。作一套STS图谱需要收集来自单条染色体或一个完整基因组的重叠的DNA片段。在图1中，从单条染色体中制备一组DNA片段，使染色体上每一点平均有5条片段对应。收集作图必需的数据时，须排列每一STS，了解哪些片段包含有哪些STS。这可以通过杂交分析来完成，但通常使用PCR方法，因为PCR更快捷，更易于自动化，两个STS共存于同—个片段的机率依赖于它们在基因组中的相近程度。如果它们相当接近、它们存在于同一片段的机会就相当大；而如果它们位置相对分开，有时它们会在同一片段上，有时则不会(图1)。因此，这些资料可用来计算两个标记间的距离，其方式与计算连锁分析中计算图距的方式相同；在连锁分析中，两个标记间的图距是根据它们的交换频率来计算的。STS作图与其相比、不同之处仅在于两个标记间的图距是根据分离频率来计算的。

图1适用于STS作图的片段组 这些片段覆盖染色体的全长，染色体上每一点平均有五条片段相对应，染色体图谱上两个接近的标记共同存在于一条片段的可能性就高，相隔较远的标记位于同一条片段中的可能性就较 小。 上面关于STS作图的介绍有—些关键问题未解答：STS的确切定义是什么？DNA片段群是如何获得的。 任何一个惟一的DNA序列均可作为STS 一个DNA序列要成为STS，须满足两个前提。首先它的序列必须是己知的，以便于用PCR方法检测STS在不同DNA片段中存在与否。第二个要求是STS必须在待研究的染色体上有唯一的定位，或当DNA片段群覆盖全基因组时，STS在整个基因组中具有唯一的定位位点。如果STS序列具有多个定位点，那么作图数据将会模糊不清。因此需要确保STS 不包含重复DNA的序列。 上述两个前提易于满足，因此可以通过多种途径获得STS，最常见的来源是： 1表达序列标记：表达序列际记(expressed scquence tag, E5T)是通过互补DNA (cDNA)克隆分析获得的短序列。制备互补DNA是将mRNA转化成双链DNA.由于细胞中mRNA来

序列标签

不同页面相同位置序列生成 在使用领跑条码打印软件中有很多打印排版方式，但是客户在使用中难免会遇到特殊情况。比如说在不同页面的相同位置上实现序列生成的批量打印，算是条码标签打印软件中比较特殊一种排版方式。 那么今天的任务就是介绍不同页面相同位置上实现序列生成的批量打印设置方法，类似这种批量打印的数据比较多的情况下，一般公司都会事先把数据存储起来，在打印设置的时候直接调取就可以了。这里我们就用TXT格式的数据，再设置一个环境是100张纸、每页纸上是20个标签，数据长度为6且生成1—2000个数字为例来讲解吧。 打开领跑标签条码软件在靠左上角的数据库设置中引入你要使用的TXT格式数据到软件中。 在弹出的对话里中选择要引入的文件路径，测试连接出现乱码时可以更换字符集，正常的就是显示选择的数据表名和字段内容，选择数据过滤所有，选择添加按钮就完成了数据引入到条码标签软件中了。

由于要实现这种打印方式，就要把一张纸当做一个标签来使用，所以在文档设置布局中，标签行列数都设为1，其余可以按照实际情况自行测量设置。 先在空白画布上绘制一个矩形框，为了方便设置标签内容之间的距离，再在矩形框内绘制一个一维码。

把矩形框下移到一维码之下，双击一维码在弹出的图形属性窗口字体条形码中适当调整条码数字的大小，在数据源选项卡中删除原有数据，点击添加按钮在弹出的数据对象管理窗口中选择数据类型为数据库导入，连接的是第一步引入到条码标签软件中的TXT格式数据。起始参数表示标签从第几个开始，如起始为2那么第一个标签会从2开始，则每页的对应个标签序列数相对于起始参数为1的参数设置下都会+1。数量表示每个小标签的打印时的次数。间隔表示每页纸张上对应的标签+填入的间隔数字。 设置完毕之后，点击添加按钮。为这个数据对象添加处理方法，在弹出的对话框中选择处理方法类型补齐、目标长度为6、填充字符为0。

序列化标签

XmlTypeAttribute XmlAttributeAttribute XmlElementAttribute XmlTextAttribute XmlIncludeAttribute XmlEnumAttribute XmlChoiceIdentifierAttribute XmlArray XmlArrayItemAttribute XmlArrayItemAttribute https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,/zh-cn/library/system.xml.serialization.xmlarrayattribute(v=VS.80).asp x /* The XmlArrayItemAttribute allows the XmlSerializer to insert both the base type (Employee) and derived type (Manager) into serialized arrays. */ [XmlArrayItem(typeof(Manager)), XmlArrayItem(typeof(Employee))] public Employee[] Employees; /* Use the XmlArrayItemAttribute to specify types allowed in an array of Object items. */ [XmlArray] [XmlArrayItem (typeof(int), ElementName = "MyNumber"), XmlArrayItem (typeof(string), ElementName = "MyString"), XmlArrayItem(typeof(Manager))] public object [] ExtraInfo; XmlArray https://www.sodocs.net/doc/b56097552.html,/zh-cn/library/system.xml.serialization.xmlarrayitemattribute(v=VS.80). aspx // This is the class that will be serialized. public class MyRootClass { private Item [] items; /* Here is a simple way to serialize the array as XML. Using the XmlArrayAttribute, assign an element name and namespace. The