分子生物学常用软件

随着计算机技术和Internet数字化高速公路日新月异的飞速发展，生物信息（Bioinformation）和生物电脑化（Biocomputing）也飞速发展，愈来愈多的生物学家（Bioscientist）根据生物科学（Biosience）研究的实际需要，编写了大量的生物科学应用软件。生物科学软件应用范围非常广泛，从最基本的多媒体互动式教学到最高级的虚拟细胞生命过程的互动式模拟，可谓应有尽有[1，2，3]。这些软件的实际应用，为医学进一步信息数字化、信息全球共享化带来了光明的前景。而分子生物学作为生命科学一个极为重要的分枝，理所当然倍受重视，其相应的生物科学应用软件可谓枚不胜举[2，3，4]。分子生物学专业软件（Molecular Biology Software；Biosoft）的应用，为广大分子生物学研究人员的医、教、研工作带来了极大的便利性。

与普通的应用软件相同，分子生物学专业软件的种类主要有纯商业软件（只提供软件功能演示）、商业共享演示软件（全部或部分软件功能但使用时间极为有限）和免费软件[2]。对于前两种软件而言，只有付出一定的费用，才会得到全功能的商业软件，而后者却完全免费使用。对于大多数资金有限的从事分子生物学研究的教师、工作人员和学生等，免费软件通常是唯一的选择。因此，本文着重介绍在PC机WINDOWS95/98和Mac机OS操作系统上应用的分子生物学免费软件及其重要性，并指出在何处可以找到自己所需的免费软件以及在论文写作和发表中如何处理免费软件应用的相关问题。

一.分子生物学专业软件在分子生物学领域应用的重要性

在分子生物学研究领域中，引物设计、多序列比较分析、基因进化树结构分析、核酸/蛋白质高级结构预测等等，若单纯依靠手工设计与分析，几乎很难达到理想要求。而通过使用分子生物学专业软件，则可以很轻松地设计出符合要求的引物、简便快速地进行多序列的分析比较等。不仅如此，它还可制作具有专业水平的图形图像，如质粒图谱、克隆表达载体构建图谱、限制性酶切片段图谱等。分子生物学专业软件应用可以比较方便地解决分子生物研究人员从立项到最后写论文的实际问题，它在分子生物学的应用范围主要有：研究资料收集整理（如序列查询、文献检索）、序列分析和实验设计（如引物设计、限制性酶切分析、同源序列比较、质粒作图、基序查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构预测、克隆策略图谱、蛋白三级结构显示、序列格式转换、DNA 测序样品原始胶图文件分析等）、实验数据统计和分析（如电泳条带定量分析、数据统计分析作图）、论文写作和发表（如文献引用、生成发表质量的图片、序列递交）。

二、分子生物学免费软件的索取与应用

从国际互联网Internet中可以发现并收集到大量分子生物学医、教、研免费软件。其中，大部分应用软件均由生物学家、化学家和软件开发者所写。

2.1免费软件与商业软件

当分子生物学家的科研需要一类新的分析演算法则时，就将其具体化成软件，如大部分免费的基本分子生物学序列分析软件包均是由生物科学家开发的，包括FastA、BLAST、Clustal、MFOLD、PHYLIP、Paup、CAP等。通常此类软件的源代码属于免费共享。与商业软件相比，免费软件往往在用户界面、易用性及集成性方面稍逊一畴，而且，商业软件包在软件的升级支持、技术支持等方面也有一定的优势。因此，在资金许可的情况下，商业软件通常是一种更好的选择。但免费软件的最大优势就在于它为广大从事分子生物学研究的相关人员提供了专业性相关最好的软件资源，甚至某此免费软件提供的功能比商业软件更强大，或者还提供了商业软件未能提供的功能。

此外，随着生物信息和生物电脑化的飞速发展，许多优秀的程序员都正在开发软件，其中许多人将此类软件作为一种免费软件。现在，许多免费软件都特别注重用户界面、易用性及集成性。对于大部分科学应用软件，由于其潜在的市场非常小，以致于有时免费软件包与昂贵的商业软件包在功能上没有明显的差别。

2.2Internet资源——分子生物学免费软件资源点

自从80年代开始，生物科学免费软件已经可以广泛地通过Internet获得。现在有许多专用于存放生物科学免费软件及其相应资料的档案文件库（Archives），而且，还有许多免费软件作者自己提供的网络服务器，从这些站点上，可以最大限度地收集到各种用途的分子生物学免费软件。

目前，存放分子生物学软件最常用的两个档案库是印地安那州大学的IUBio档案文件库（IUBio）和欧洲生物情报协会（European Bioinformatics Institute，EBI）软件档案文件库，其统一资源定位器（RUL）地址分别是https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/或ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/（IUBio）和https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/或ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/（EBI）。

通过EBI可以连接到EMBL数据库及其它数据库的主页及许多分子生物学软件档案库主页，如生物软件目录表（Bio Catalog of software，https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/biocat/biocat.html）。

IUBio也与许多生物软件主页相连，并提供对GenBank、SwissPort和PIR数据库关键字查询及生物网络新闻档案库服务（Bionet Network News Archives）。IUBio在世界各地有许多镜像站点，包括芬兰、瑞典、日本、英国、法国、西班牙、以色列等。

除上述两个主要的档案库外，还有许多类似的分子生物学免费软件档案库，如https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,:8088/search-launcher/launcher.html、https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/、http://expasy.hcuge.ch/。

2.3查询与索取软件技巧

在知道软件名称及网址时，可直接方便地从网上下载相应的软件。但当不知道软件网址或仅仅想了解大部分软件时，就可以通过Internet上的各类搜索引擎进行查询，如Google（https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,）、Yahoo（https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/）、网易（https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,）、Altavista（https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/）等，此时，以软件名称进行特定的搜索查询，或以其它关键词，如molecular biological software进行广泛的搜索，即可查询到相关软件网址。

索取软件的方式通常有以下几种。首先可在软件所在网站直接下载：如Netscape、Internet Explore及其它网页浏览器均可通过HTTP （超级文本传输协议）或FTP（文件传输协议）下载软件。其次，某些软件还可通过Internet网站向用户以软盘或光盘形式免费提供商业软件演示版本软件包，此外，某些免费软件还可向软件作者直接以电子邮件的形式索取。

要牢记一点的就是软件是不断升级的，如果使用软件版本有问题的话，也许现在或很快就有新的版本。软件作者的主站点是检查软件是否升级的最好的地方，而档案服务器并不总贮存有软件的最新当前版本。

2.4安装和使用

通常，免费软件含有安装说明，但并不总是很详细，或不能涉及软件运行时涉及的所有问题。软件的特殊安装一般只有商业软件才会有，一般而言免费软件是不需要特殊安装的。对于部分特殊软件，特别是用Java或Perl语言写的软件，常会要求您还要安装其它免费的常用软件后才能使用，因此，一定要首先详细地阅读免费软件的安装说明。

2.5多平台软件

以1998年的统计而言，在当年访问IUBio及其它生物网络服务器的INTERNET浏览器中，30-50%的生物学家使用Mac计算机，40-70%使用Wintel系统（Microsoft和Intel的联合），少于10%使用XWindows系统作为工作平台。生物科学家对计算机系统及软件的保持不同，根据软件的运行环境，许多已经使用或将要使用多平台操作系统。在今后，有可能Mac上运行MS Windows软件运行，而在Wintel系统运行一些Mac OS程序。

近年出现的Java语言使得开发跨平台的多种操作系统的软件成为可能，从而使一应用软件可在任何一台计算机上被任何需要它的人所使用，这无疑是软件应用的一种理想境界。诞生于Sun Microsystems（https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,）的Java开发系统虽然与C++、C语言及其它语言所开发的程序相比，Java软件的运行速度还比较慢，但有望开发出多平台操作系统中运行流畅的应用软件。在今后，将会有许多用Java语言开发的生物科学软件，例如来自于Licor的序列分析软件包（https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,）。

2.6客户端服务器软件

许多生命科学软件开发者的观念是将用户界面从分析应用程序中分离出来，从而增强应用程序的易用性。这一观念构成了软件客户端服务器软件的理论基础，如目前可以进行多种数据分析的网页界面的应用程序（如SeqPup）。

SeqPup功能及原理如下：它充许用户使用任何自己需要的分析软件，如Clustal、CAP、tacg、fastDNAml或别的软件，在客户端计算机或服务器计算机上运行。SeqPup提供了序列编辑、多序列比较、序列输入输出选项等功能。并可配置如上所述分析软件。这些分析应用程序通常没有命令行选项，但可对复杂的数据进行编辑和分析。有了如SeqPup的客户端应用程序后，使用这些软件就比较简单，并可按照自己的方法组织和管理自己的数据。

由Peter Rice开发的一套免费分子生物学分析应用软件EMBOSS（https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/Software/EMBOSS/）将运行于UNIX服务器计算机，有命令行界面。EMBOSS将包括多种序列分析项目，而且力求提供与其它公众域（Public Domain，用户可以免费获得公众域的服务或文件）软件包集成的简便性。分析功能包括快速的数据库序列搜索、小片段基因组密码子作用分析、微生物基因序列识别、多序列的快速鉴别、蛋白基序识别、发表论文的出版工具等。

三.优秀免费软件举例

3.1Clustal：多序列比较（sequence alignment）

Clustal是一类多序列比较软件，目前最新版本叫Clustal W，可以应用于MacOS、Wintel、UNIX和VMS计算机。对多个核酸或蛋白序列的比较目前是分子生物学中一类很有用的分析工具，可用于寻找特征化蛋白家族的诊断模式、预测新序列的二级/三级结构、设计PCR引物，以及分析分子演变进程。Clustal可在EBI和IUBio的档案库ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW中下载。此软件的商业版本称之为ClustalX，它提供了一种图形界面，但功能相似。

3.2Entrez：基因组序列搜索引擎及MEDLINE检索工具

Entrez是可通过关键字搜索基因序列和检索MEDLINE文献的多平台操作系统软件，由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）的成员开发，可以从https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/或ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/下载。Entrez的优点之一就是它包含了对MEDLINE的查询，从而可以检索向序列数据库递交的文献摘要。NCBI的万维网（WWW）服务还提供了可以通

过用户网页浏览器进行搜索的另一类型的Entrez。NCBI开发的Entrez应用程序源代码为其它生物科学应用程序提供了一个软件框架，如SeqPup、Clustal-X等。

3.3NIH Image：图像分析

NIH Image是由Wayne Rasband编写的Mac图像分析应用程序，可对图像面积、平均密度、重心及用户定义的多边形区域的分析，自动进行点的分析、测定路径长度和角度。该软件可在ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/pub/nih-image/、https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/nih-image/处下载。目前，已提供了针对MS Windows的新版本，可从https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/处下载。

3.4PHYLIP：系统发生分析

PHYLIP是由Joseph Felsenstein开发的多平台操作系统常用系统发生推论软件（Phylogeny Inference Package），具有DNA和蛋白序列分析、限制性酶切位点分析、距离矩阵和基因频率、进化树绘制，可以通过许多选项精确控制分析过程。PHYLIP的下载网址为https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/或ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/。

3.5RasMol：分子模型浏览

RasMol是一类可以浏览蛋白、核酸和小分子物质的多平台操作系统常用分子图形观察器。此类软件的目的是显示、教学和制作出版质量的图像。RasMol以交互式界面、多种颜色和外形显示分子，并可对分子外框架线条的颜色与粗细、分子空间填充物球形、棒状、实心或空心等进行选择。RasMol下载的主站点是ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/pub/rasmol/。

3.6SeqPup：序列编辑

SeqPup是由Don Gilbert用Java语言开发的多平台操作系统序列编辑和分析软件，其前身称SeqApp，其优势在于可外挂网络服务器及其它序列分析应用程序，如ClustalW、CAP、tacg、fastDNAml及其它相应软件，功能包括多序列的比较和单序列的编辑、读写多种序列文件格式、序列特征编辑等，可在ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/molbio/seqpup/下载。

四.免费软件实际应用相关问题

4.1公众域版权问题

大部分免费软件的版权属于作者或赞助商。他们只是给你免费使用软件的权利，可能只是一种非商业性使用。使用商业软件或其它付款方式使用的软件，则取得作者认可的版权的使用。许多免费软件都一起提供了源代码，因此用户可以修改并进一步开发它。这对于富有经验的用户做自己所需的分析带来的极大的便利性，但必需注意商业软件包是不充许的。如果作者将其作品放在公众域，并不保留任何控制，那么软件就可以用于商业用途。

4.2软件出版索引

若在一项研究中应用了免费软件，则研究论文的发表将涉及到免费软件出版索引问题，正如引用了某篇参考文献一样。那么，如何使用索引呢？一些免费软件有公司出版的相关文章直接引用，而另一些则没有。因此对于后者若在杂志/卷号部分引用软件的Internet URL地址将是非常有用的。就目前Internet的使用情况而言，一般大部分软件可在10年或更长的时间位于Internet的同一个URL地址。因此，保留URL地址对于文献查阅者是非常有用的。下面，是索引的两个例子：

Felsenstein,J.1993.PHYLIP(Phylogeny Inference Package)version 3.5c.Distributed by the author at ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/.Department of Genetics,University of Washington,Seattle.

Gilbert, D.G.,1996.SeqPup,biosequence editor&analysis platform,version0.6.Bionet.Software,July1996. See also ftp://https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/molbio/seqpup/

4.3向免费软件作者表达谢意

出于对生物科学免费软件的尊敬与感谢，当研究者能够在发表的研究论文末对相应的免费软件作者表达一份谢意，则一方面承认了免费软件在研究中的作用，另一方面可激励软件作者进一步开发软件的相关功能，有利于软件的进一步完善。此外，还可到Internet 上专用的一此档案文件库所在地对作者表达自己的感谢，如以前80年代其主站点在Intelligenetics的GenBank就曾有一个免费分子生物学软件的档案文件库。

五.结束语

分子生物学应用软件随着分子生物学研究技术的不断发展和Internet网络资源的不断普及，正以前所未有的速度飞速发展，应用于分子生物学研究领域的软件不断由分子生物学研究及相关人员开发。这些专业性应用软件已经成为分子生物学研究的一类有力的辅助工具，极大地方便了分子生物学研究。相信随着分子生物学、计算机及Internet的进一步发展，分子生物学专业性应用软件将具有更广阔、更有价值的应用前景。

参考文献：

1.Peruski L.F.and Peruski A.H,1997.The Internet and the New Biology:Tools for Genomic and Molecular Research;Library of Congress Cataloging-in-Publication Data,American Society for Microbiology1325Massachusetts Ave.,NW Washington,DC.

2.Don Gilbert,Free Software in Molecular Biology for Macintosh and MS Windows computers (https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/soft/molbio/Listings.html),June1998,Biology Department Indiana University,Bloomington,IN47405

/AboutSnarkware.html),Last updated13March1999,University of Washington

3.Eli Meir,Who is SnarkWare/BeakerWare(https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,

4.Hoyoyo，生物化学分子生物学软件下载区-分子生物一线实验人员软件解决方案，1999,生物化学分子生物学软件下载区（https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,/~hoyoyo/index.htm）

生物信息学的主要研究内容

常用数据库 在DNA序列方面有GenBank、EMBL和等 在蛋白质一级结构方面有SWISS-PROT、PIR和MIPS等 在蛋白质和其它生物大分子的结构方面有PDB等 在蛋白质结构分类方面有SCOP和CATH等 生物信息学的主要研究内容 1、序列比对（Alignment） 基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。序列比对是生物信息学的基础，非常重要。两个序列的比对有较成熟的动态规划算法，以及在此基础上编写的比对软件包BLAST和FASTA，可以免费下载使用。这些软件在数据库查询和搜索中有重要的应用。 2、结构比对 基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性。已有一些算法。 3、蛋白质结构预测，包括2级和3级结构预测，是最重要的课题之一 从方法上来看有演绎法和归纳法两种途径。前者主要是从一些基本原理或假设出发来预测和研究蛋白质的结构和折叠过程。分子力学和分子动力学属这一范畴。后者主要是从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构。同源模建（Homology）和指认（Threading）方法属于这一范畴。虽然经过30余年的努力，蛋白结构预测研究现状远远不能满足实际需要。 4、计算机辅助基因识别(仅指蛋白质编码基因)。最重要的课题之一 基本问题是给定基因组序列后，正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.这是最重要的课题之一，而且越来越重要。经过20余年的努力，提出了数十种算法，有十种左右重要的算法和相应软件上网提供免费服务。原核生物计算机辅助基因识别相对容易些，结果好一些。从具有较多内含子的真核生物基因组序列中正确识别出起始密码子、剪切位点和终止密码子，是个相当困难的问题，研究现状不能令人满意，仍有大量的工作要做。 5、非编码区分析和DNA语言研究，是最重要的课题之一 在人类基因组中，编码部分进展总序列的3~5%，其它通常称为“垃圾”DNA，其实一点也不是垃圾，只是我们暂时还不知道其重要的功能。分析非编码区DNA 序列需要大胆的想象和崭新的研究思路和方法。DNA序列作为一种遗传语言，不仅体现在编码序列之中，而且隐含在非编码序列之中。 6、分子进化和比较基因组学，是最重要的课题之一 早期的工作主要是利用不同物种中同一种基因序列的异同来研究生物的进化，构建进化树。既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做，甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化。以上研究已经积累了大量的工作。近年来由于较多模式生物基因组测序任务的完成，为从整个基因组的角度来研究分子进化提供了条件。 7、序列重叠群（Contigs）装配 一般来说，根据现行的测序技术，每次反应只能测出500或更多一些碱基对的序列，这就有一个把大量的较短的序列全体构成了重叠群（Contigs）。逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群，直至得到完整序列的过程称为重叠群装配。拼接EST数据以发现全长新基因也有类似的问题。已经证明，这是一个NP-完备

生物信息学软件及使用概述

生物信息学软件及使 刘吉平 liujiping@https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html, 用概述 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

生物信息学是一门新兴的交叉学生物信息学的概念： 科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

分析和处理实验数据和公共数据，生物信息学软件主要功能 1.2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3.实验数据的自动化管理 4.寻找、预测新基因及其结构、功能 5.蛋白质高级结构及功能预测（三维建模，目前研究的焦点和难点） 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 ?核酸：序列同源性比较，分子进化树构建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶切点、重复片断、碱基组成和分布、开放阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及外显子预测、RNA 二级结构预测、DNA 片段的拼接； ?蛋白：序列同源性比较，结构信息分析（包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏水性分析)，等电点及二级结构预测等等； ?本地序列与公共序列的联接，成果扩大。 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Dot plot 点阵图能够揭示多个局部相似性的复杂关系 生 物秀-专心做生物！ w w w .b b i o o .c o m

十大常用工具软件集锦

实用为上！十大常用工具软件集锦 随着电脑及互联网的普及，人们传统的工作方式、学习方式及思维方式逐渐发生变化，很多传统的信息查询方式都逐渐被电脑所取代，比如以前我们通常通过去书店买本词典来查询英语单词，而今我们只需安装一款免费的词典软件即可轻松查询单词甚至进行全文翻译，再比如现在很多人喜欢在网上淘宝，买到心仪的商品后很多人喜欢查询快递到达情况，我们再也无需要拿着快递单号去快递公司查询了直接在网上通过软件即可查询。为了生活的更加舒适和便捷，我们需要诸如此类的实用信息查询软件，随着这些软件大多是一些名不见经传的小软件，但是却是日常生活中实用性非常强的好工具，相信有了这些软件的帮助，我们的生活一定会更加舒适和便捷！ 1.淘友必备：快递查询软件推荐——快递精灵 随着互联网的普及和人们消费观念的更新，网上购物已经被越来越多人所接受，网购成了时尚，成了不可阻挡的潮流，即使在全球金融风暴的阵阵寒流中，也依然可以看到“风景这边独好”。网购的不断发展，不仅仅给经营者和消费者带来实实在在的实惠，还带动了诸多行业的飞速发展，尤其是物流快递业，作为卖家与买家之间的纽带，快递业无疑遇到了行业发展的春天！ 很多网友在网购后盼货心情急切，因此对快递跟单查询产生大量需求，一般情况下用户可以进入快递公司的网站进行查询，但是由于快递公司比较多，四处查找快递公司的网址比较不便，因此小编这里为大家推荐一款可以直接查询快递跟单信息的小工具：快递精灵。

快递查询精灵资料： 快递查询精灵软件预览： 快递查询精灵可以帮助用户查询几乎所有快递公司的跟单信息，包括邮政快递、申通快递、圆通快递等淘宝网常见合作快递单位，如图所示，用户只需在程序界面左侧输入快递单号即可轻松跟踪到快递运输情况。注意：快递查询服务必须在联网状态下进行。

软件工程师岗位职责说明

软件工程师岗位职责 1.软件的程序设计与代码编写 2.有关技术方案、文档的编写 3.软件单元的测试 1、根据项目具体要求，承担开发任务，按计划完成任务目标 2、配合系统分析人员完成软件系统及模块的需求调研与需求分析 3、配合系统分析人员完成软件系统及模块的设计 4、独立完成软件系统及模块的编码 5、协助测试人员完成软件系统及模块的测试 6、负责编制与项目相关的技术文档 7、有OA及电子政务软件开发经验或相关背景优先考虑； 1、根据项目具体要求，承担大型设计与开发 2、部分软件功能模块设计和软件界面美化 3、协助测试试人员完成软件系统及模块的测试 系统分析员岗位职责： 1、负责项目开发作业程序的执行，严格执行开发设计工作规； 2、负责进行需求调研分析，制定项目需求规格说明书； 3、负责产品详细设计方案和具体设计的制定、审核； 4、负责具体开发工作，解决项目开发中的各种技术难题； 5、规划项目所需资源，估算项目时间需求，估算项目费用需求，计划项目的其他需求； 6、识别和分析项目的风险，制定应对计划和应急计划； 7、进行项目控制，如进度、费用、质量和风险等，跟踪项目里程碑； 8、发现、分析项目出现的问题，制定解决方案，推动方案执行； 9、对产品设计的进度、质量和技术负主要责任。 1、参与项目的需求调研，进行需求分析，编写需求分析书； 2、负责项目的概要设计，包括功能结构规划、功能子系统划分，实现模型设计，数据库设计； 3、核心、关键模块的算法设计，详细设计； 4、关键、核心的算法或功能编码实现； 5、修正设计、编码错误直至系统能正确、正常运行。 1．负责系统的分析设计，核心代码的研发。 2．协助项目经理管理的开发团队。 3．完成上级主管的安排的其他工作。 岗位职责 1、按系统设计完成功能模块的编写； 2、遵循工作规，和编写要求； 3、编写模块详细设计文档，和相关技术资料；

部分行业常用软件介绍

HydroComp.NavCad.2004.v5.08 用于对船舶航速和动力性能的预测和分析 HydroComp.PropExpert.2004.v5.03用于对工作船和游艇的推进系统进行选择和分析 PROTEUS.ENGINEERING.MAESTRO.V8.7 船舶制造业设计软件 Shape3d.V6.10 根据海浪和帆板的概念，用计算机数控机器设计帆板等3d图形的专业工具。 通用前后处理Samcef Field GT PRO 联合循环和热电联产燃机电厂设计软件 STEAM PRO火电厂设计软件 Steam-MASTER 常规电厂仿真软件 THERMOFLEX通用热能系统设计和仿真软件 常规火力发电STEAM软件 线性分析Samcef Linear, 非线性分析Samcef Mecano 热分析Samcef Thermal 显式分析软件EUROPLEXUS 转子动力学分析Samcef for rotor 机床静动力学仿真分析软件Samcef for Machine Tools 空间展开结构仿真分析软件Samcef for Deployable Structures 充气展开结构仿真分析软件Samcef for Inflatable Structures 断裂力学分析软件Samcef for Fracture Mechanics 复合材料分析软件Samcef for Composite 振动噪声分析软件OOFELIE Vibroacoustics 压电材料分析软件OOFELIE Piezoelectric materials 高压电缆分析软件Samcef HVS 过程管理和多学科优化分析软件Boss Quattro 地层孔隙压力破裂压力预测软件DrillWorks 机械动力学分析软件LMS Virtual Lab 分子动力模拟可视化软件gdpc

生物信息学实验指导讲解

生物信息学实验指导 适用专业：生物技术与制药大类 生物技术 编写：解增言 生物信息学院 2014年9月

目录 实验1 在线BLAST同源序列查询 (3) 实验2 本地BLAST同源序列查询 (8) 实验3 利用ClustalX与MEGA进行多序列比对与分子系统发生树构建 (10) 实验4 利用RNAfold预测RNA二级结构 (14) 实验5 Pfam蛋白质结构域分析 (17) 实验6 利用PSSpred预测蛋白质二级结构 (19) 实验7 利用Cn3D和RasMol分析蛋白质三级结构 (21) 实验8 利用GO及EST数据分析基因功能 (24)

实验1 在线BLAST同源序列查询 一、实验目的 1．了解同源序列查询的原理和用途； 2．掌握利用NCBI在线BLAST工具查找同源序列的方法。 二、实验原理 在生物学种系发生理论中，若两个或多个结构具有相同的祖先，则称它们同源（homologous）。分子生物学中的同源指两条序列来自于一条共同的祖先序列。一般来说，相似超过一定程度的序列具有同源性。在生物信息学研究中，常用序列比对（alignment）来研究序列的同源性以及推测物种之间的关系。 最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系。进一步的比对是将多个蛋白质或核酸同时进行比较，寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域或位点，从而探索导致它们产生共同功能的序列模式。此外，还可以把蛋白质序列与核酸序列相比来探索核酸序列可能的表达框架；把蛋白质序列与具有三维结构信息的蛋白质相比，从而获得蛋白质折叠类型的信息。 比对还是数据库搜索算法的基础，将查询序列与整个数据库]的所有序列进行比对，从数据库中获得与其最相似序列的已有的数据，能最快速的获得有关查询序列的大量有价值的参考信息，对于进一步分析其结构和功能都会有很大的帮助。近年来随着生物信息学数据大量积累和生物学知识的整理，通过比对方法可以有效地分析和预测一些新发现基因的功能。 序列两两比对 序列比对的理论基础是进化学说，如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。序列相似和序列同源是不同的概念，序列之间的相似程度是可以量化的参数，而序列是否同源需要有进化事实的验证。在残基－残基比对中，可以明显看到序列中某些氨基酸残基比其它位置上的残基更保守，这些信息揭示了这些保守位点上的残基对蛋白质的结构和功能是至关重要的，例如它们可能是酶的活性位点残基，形成二硫键的半胱氨酸残基，与配体结合部位的残基，与金属离子结合的残基，形成特定结构motif的残基等等。但并不是所有保守的残基都一定是结构功能重要的，可能它们只是由于历史的原因被保留下来，而不是由于进化压力而保留下来。因此，如果两个序列有显著的保守性，要确定二者具有共同的进化历史，进而认为二者有近似的结构和功能还需要更多实验和信息的支持。通过大量实验和序列比对的分析，一般认为蛋白质的结构和功能比序列具有更大的保守性，因此粗略的说，如果序列之间的相似性超过30%，它们就很可能是同源的。 早期的序列比对是全局的序列比较，但由于蛋白质具有的模块性质，可能由于外显子的交换而产生新蛋白质，因此局部比对会更加合理。通常用打分矩阵描述序列两两比对，两条序列分别作为矩阵的两维，矩阵点是两维上对应两个残基的相似性分数，分数越高则说明两个残基越相似。因此，序列比对问题变成在矩阵里寻找最佳比对路径，目前最有效的方法是Needleman-Wunsch动态规划算法，在此基础上又改良产生了 Smith-Waterman算法和SIM算法。在 FASTA程序包中可以找到用动态规划算法进行序列比对的工具LALIGN，它能给出多个不相互交叉的最佳比对结果。

写论文常用工具简介

写论文，常用工具简介 [阅读制作]Visual CHM-制作CHM文件的工具[阅读制作]SSReader 3.8简体中文 增强版 3.8[阅读制作]SSReader 3.8简体中文标准版 3.8[制图软件]数学公式编辑器MathType V5.2[综合工具]NoteExpress文献管理系统 V1.0.5[综合工具]电子新华字典 2.1[制图软件]抓图工具HyperSnap-DX V5.62.05 [阅读制作]Adobe Acrobat Professional v7.[制图软件]SmartDraw(论文制图) 7.10.301[阅读制作]Adobe Reader 7.0(PDF浏览器) 7.Visual CHM-制作CHM文件的工具 2005-7-5 1580 K 共享资 源·Visual CHM 是一个非常便利的制作CHM文件的工具，完全的可视化操作。多种编译属性，可以使制作出的CHM文件具有非常的专业感。喜欢做电子书，喜欢收集网络文章的朋友，非常值得下载试用。运行环境：Win9x/NT/2000/XP/rar格式/exe格式/ 软件类别：工程软件下载次数：20 SSReader 3.8简体中文增强版3.8 2005-7-2 0 K 共享资源★★★★ · SSReader 3.8主要改进改进文本PDG图书打开效率改进打开新文本PDG的显示方式，默认为自动调节显示比例选取文字以及文字复制，同时选取分为两种方式 --a)按字选取文字 --b)栏选(只标记在鼠标选择区域内的文字) --c)双击选择页面全部文字运行环境：Win9x/NT/2000/XP/ 软件类别：工程软件下载次数：14 SSReader 3.8简体中文标准版3.8 2005-7-2 0 K 共享资源★★★★ · SSRea der 3.8主要改进改进文本PDG 图书打开效率改进打开新文本PDG的显示方式，默认为自动调节显示比例选取文字以及文字复制，同时选取分为两种方式 --a)按字选取文字 --b)栏选(只标记在鼠标选择区域内的文字) --c)双击选择页面全部文字运行环境：Win9x/NT/2000/XP/ 软件类别：工程软件下载次数：12 Adobe Acrobat Professionalv7.0 2005-5-31 206145 K 共享资源 ★★★★ ·Adobe Acrobat 产品家族以其发送文档的智能手段，帮助商业人士、创意人员和技术人员灵活自如地完成工作。此外，用户还能创建交换文档，收集比较批注，并因地制宜地对文档进行安全控制，从而分发出可靠的、经过精心修饰的 Adobe PDF 文档。运行环境：Win9x/NT/2000/XP/ 软件类别：工程软件下载次数：308 Adobe Reader 7.0(PDF 浏览器)7.0 2005-5-16 30000 K 免费资源★★★ ·PDF (Portable Document Format) 文件格式是电子发行文档的事实上的标准，Adobe Acrobat Reader 是一个查看、阅读和打印 PDF 文件的最佳工具。而且它是免费的。新版增加了两个 Acrobat plugs-ins (Acrobat Search and AutoIndx)，它可以在硬盘、CD 和局域网中搜索用 Acrobat Catalog tool 创运行环境：Win9x/NT/2000/XP/ 软件类别：工程软件下载次数：1041

机械行业常用软件与功能分析.

科技信息2009年第19期 SCIENCE&TECHNOLOGY INFORMATION 机械行业常用软件与功能分析 王文明王倩 (邢台职业技术学院机电系河北邢台054035 【摘要】随着计算机技术的迅猛发展和广泛使用,机械行业人员掌握几种常用软件以辅助工作显得非常重要。本文详细介绍了机械行业中的常用软件,对它们的功能特点、结构模块和优缺点进行了介绍和分析,为机械行业人员选用这些软件提供帮助。 【关键词】机械;软件;分析 当今世界上,在制造业的各个领域中,随着CAD、CAM、CAE技术的蓬勃发展和广泛应用,已经在各个方面取得了巨大成功。无论在设计中的高精度复杂计算、制造中的精密加工、产品设计的平面和空间制图以及被广泛用于渲染的模拟效果仿真和三维动画等方面都显示出计算机及软件的非凡能力和表现手法,完成了以前人工无法做到或做好的工作,创造了前所未有的加工品质和设计效率。它的运用,大大地缩短了产品的开发周期。 在机械行业中,有非常丰富的软件,它们的使用减少了繁重的手工劳动,完成了原来无法进行或只有极少数人能够做的工作,因此,它的普及和推广必将极大地推动我国机械行业的发展。 1.综述 机械行业软件中应用的内容主要涉及绘图设计、加工制造、力学分析等许多方面,各个方面都有不少的软件,现将部分常用的软件列表如下。

2.设计类软件 一个机械工程项目中,机械设计是整个工作的重要组成部分,在上个世纪九十年代,这类工作主要由人工完成,既繁琐复杂又不准确。九十年代以后,个人电脑的广泛使用加上相应软件的出现,这个问题已得到解决。不少运算速度快、准确性好、操作方便和效果直观的软件已得到采用。其中CAXA电子图板和AuotCAD主要应用于二维绘图, AuotCAD也有部分三维功能。而MDT、SolidWorks、SolidEdge和CAXA 实体设计主要应用于三维设计,是三维计算机辅助设计软件,它们集参数实体造型、曲面造型、装配造型、二维与三维双向联绘图等于一体,可以方便地完成各种零件和组件的设计。 3.分析类软件 零件设计完成之后,还需要进行机械强度、力学等各方面的校核分析计算,以确保设计质量。以下几款软件是应用较广泛的分析软件。 ADAMS—Automatic Dynamic Analysis of Mechanical System是美国 MDI(Mechanical Dynamics Inc公司开发的机械系统分析软件。它可以对虚拟系统自动进行静力学、运动学和动力学分析,在现实条件下逼真地模拟其所有运动,以便能比较多种设计方案。 Patran,Nastran是大型通用有限元分析软件。这两类软件始终被作为美国联邦航空管理局飞行器适航证领取的唯一验证软件。产品主要应用于各个行业的工程仿真分析,包括国防、航空航天、机械制造、汽车、船舶、兵器、电子、石化等各个工业领域。 ANSYS也是一个强大的有限元分析软件,有着良好的功能。公司由美国著名力学专家、美国匹兹大学力学系教授John Swanson博士创建,目前是世界CAE行业最大的公司。 4.制造类软件

常用的软件滤波方法(工程师必备).

软件滤波在嵌入式的数据采集和处理中有着很重要的作用，这10种方法各有优劣，根据自己的需要选择。同时提供了C语言的参考代码，希望对各位能有帮助。 1、限幅滤波法（又称程序判断滤波法） A、方法： 根据经验判断，确定两次采样允许的最大偏差值（设为A） 每次检测到新值时判断： 如果本次值与上次值之差<=A,则本次值有效 如果本次值与上次值之差>A,则本次值无效,放弃本次值,用上次值代替本次值 B、优点： 能有效克服因偶然因素引起的脉冲干扰 C、缺点 无法抑制那种周期性的干扰 平滑度差 /* A值可根据实际情况调整 value为有效值，new_value为当前采样值 滤波程序返回有效的实际值 */ #define A 10 char value; char filter()

char new_value; new_value = get_ad(); if ( ( new_value - value > A ) || ( value - new_value > A ) return value; return new_value; } 2、中位值滤波法 A、方法： 连续采样N次（N取奇数） 把N次采样值按大小排列 取中间值为本次有效值 B、优点： 能有效克服因偶然因素引起的波动干扰 对温度、液位的变化缓慢的被测参数有良好的滤波效果 C、缺点： 对流量、速度等快速变化的参数不宜 /* N值可根据实际情况调整 排序采用冒泡法*/ #define N 11

char filter() { char value_buf[N]; char count,i,j,temp; for ( count=0;countvalue_buf[i+1] ) { temp = value_buf[i]; value_buf[i] = value_buf[i+1]; value_buf[i+1] = temp; } } }

生物信息学复习题及答案(陶士珩)

生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E 值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致 树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept， 折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。 二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？ 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么？请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？ 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途 什么？ 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列？ 9）什么是多序列比对过程的三个步骤？ 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么？ 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其 含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因？ 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分？ 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。 三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件？解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 2）利用Entrez检索系统，对核酸数据搜索，输入如下信息，将获得什

电子设计常用软件介绍

电子设计常用软件介绍： 电子设计常用软件介绍： 随着计算机在国内的逐渐普及，EDA软件在电子行业的应用也越来越广泛，但和发达国家相比，我国的电子设计水平仍然存在着相当大的差距，而中国已走到了WTO的门口，随着加入WTO，电子行业将会受到较大的冲击，许多从事电子设计工作的人员对EDA软件并不熟悉，笔者因此作此文以让这些同业者对此有些了解，并以此提高他们的电子设计在电脑方面应用的水平。以下是一些国内最为常用的EDA软件。 PROTEL：PROTEL是PORTEL公司在80年代末推出的EDA软件，在电子行业的CAD软件中，它当之无愧地排在众多EDA软件的前面，是电子设计者的首选软件，它较早就在国内开始使用，在国内的普及率也最高，有些高校的电子专业还专门开设了课程来学习它，几乎所有的电子公司都要用到它，许多大公司在招聘电子设计人才时在其条件栏上常会写着要求会使用PROTEL。早期的PROTEL主要作为印制板自动布线工具使用，运汹DOS环境，对硬件的要求很低，在无硬盘286机的1M内存下就能运行，但它的功能也较少，只有电路原理图绘制与印制板设计功能，其印制板自动布线的布通率也低，而现今的PROTEL 已发展到PROTEL99（网络上可下载到它的测试板），是个庞大的EDA软件，完全安装有200多M，它工作在WINDOWS95环境下，是个完整的板级全方位电子设计系统，它包含了电原理图绘制、模拟电路与数字电路混合信号仿真、多层印制电路板设计（包含印制电路板自动布线）、可编程逻辑器件设计、图表生成、电子表格生成、支持宏操作等功能，并具有Client/Server （客户/服务器）体系结构，同时还兼容一些其它设计软件的文件格式，如ORCAD，PSPICE，EXCEL等，其多层印制线路板的自动布线可实现高密度PCB的100％布通率。在国内PROTEL软件较易买到，有关PROTEL软件和使用说明的书也有很多，这为它的普及提供了基础。想更多地了解PROTEL的软件功能或者下载PROTEL99的试用版，可以在INTERNET上访问它的站点：https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html, ORCAD：ORCAD是由ORCAD公司于八十年代末推出的EDA软件，它是世界上使用最广的 EDA软件，每天都有上百万的电子工程师在使用它，相对于其它EDA软件而言，它的功能也是最强大的，由于ORCAD软件使用了软件狗防盗版，因此在国内它并不普及，知名度也比不上PROTEL，只有少数的电子设计者使用它，它进入国内是在电脑刚开始普及的94年，记得笔者当时的电脑还是40M硬盘2M 内存的386，而ORCAD4.0却占据了20多M的硬盘空间，使笔者不得不忍痛删掉它。早在工作于DOS环境的ORCAD4.0，它就集成了电原理图绘制、印制电路板设计、数字电路仿真、可编程逻辑器件设计等功能，而且它的介面友好且直观，它的元器件库也是所有EDA软件中最丰富的，在世界上它一直是EAD软件中的首选。ORCAD公司在今年七月与CADENCE公司合并后，更成为世界上最强大的开发EDA软件的公司，它的产品ORCAD世纪集成版工作于WINDOWS95与WINDOWSNT环境下，集成了电原理图绘制，印制电路板设计、模拟与数字电路混合仿真等功能，它的电路仿真的元器件库更达到了8500个，收入了几乎所有的通用型电子元器件模块，它的强大功能导致了它的售价不菲，在北美地区它的世纪加强版就卖到了＄7995（看清了是＄而不是￥，我仿佛看到了比尔盖茨流下的口水，一套ORCAD可是等于100套WINDOWS98啊），对ORCAD有兴趣的读者可以去访问它的站点：https://www.sodocs.net/doc/b97884338.html,或

生物信息学中的序列比对算法

生物信息学中的序列比对算法 张永１，王瑞２ （１．南昌航空大学计算机学院，江西南昌３３００６３；２．江西大宇职业技术学院，江西南昌３３００３８） 摘要：生物信息学是以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。序列比对是生物信息学中的一个基本问题，设计快速而有效的序列比对算法是生物信息学研究的一个重要内容，通过序列比较可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息，序列比较的基本操作是比对。本文介绍了序列比对算法的发展现状，描述了常用的各类序列比对算法，并分析了它们的优劣。 关键词：生物信息学；双序列比对；多序列比对 中图分类号：ＴＰ３０１文献标识码：Ａ文章编号：１００９－３０４４（２００８）０３－１０１８１－０４ ＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔＡｌｇｏｒｉｔｈｍｓｉｎＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ＺＨＡＮＧＹｏｎｇ１，ＷＡＮＧＲｕｉ２ （１．ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｉｎｇ，ＮａｎｃｈａｎｇＨａｎｇｋｏｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｃｈａｎｇ３３００６３，Ｃｈｉｎａ；２．ＪｉａｎｇｘｉＤａｙｕＶｏｃａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｎａｎｃｈａｎｇ３３００３８，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｉｓｔｈｅｓｕｂｊｅｃｔｏｆｕｓｉｎｇｃｏｍｐｕｔｅｒｔｏｓｔｏｒｅ，ｒｅｔｒｉｅｖｅａｎｄａｎａｌｙｚｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｉｓａｂａ－ｓｉｃｐｒｏｂｌｅｍｉｎＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，ａｎｄｉｔｓｍａｉｎｒｅｓｅａｒｃｈｗｏｒｋｉｓｔｏｄｅｖｅｌｏｐｒａｐｉｄａｎｄｅｆｆｅｃｔｉｖｅｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ．Ｗｅｍａｙｄｉｓｃｏｖ－ｅｒｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ，ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｎｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｅｑｕｅｎｃｅｓｂｙｓｅｑｕｅｎｃｅｃｏｍｐａｒｉｎｇ．Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｉｎｔｒｏｄｕｃｅｓｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐ－ｍｅｎｔａｃｔｕａｌｉｔｙｏｆｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ，ｄｅｓｃｒｉｂｅｓｖａｒｉｅｔｙｏｆｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔａｌｇｏｒｉｔｈｍａｎｄａｎａｌｙｓｅｓｔｈｅａｄｖａｎｔａｇｅｓａｎｄｄｉｓａｄ－ｖａｎｔａｇｅｓｏｆｔｈｅｍ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ；ＰａｉｒｗｉｓｅＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔ；ＭｕｌｔｉｐｌｅＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔ １引言 生物信息学是８０年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新的交叉学科，最初常被称为基因组信息学。生物信息学是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是２１世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白组学两方面，具体说，是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达结构与功能的生物信息。 生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面，具体地说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达结构和功能的生物信息。生物信息学的基本任务是对各种生物分析序列进行分析，也就是研究新的计算机方法，从大量的序列信息中获取基因结构、功能和进化等知识。在从事分子生物学研究的几乎所有实验室中，对所获得的生物序列进行生物信息学分析已经成为下一步实验之前的一个标准操作。而在序列分析中，将未知序列同已知序列进行相似性比较是一种强有力的研究手段，从序列的片段测定，拼接，基因的表达分析，到ＲＮＡ和蛋白质的结构功能预测，物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比较。例如，有关病毒癌基因与细胞癌基因关系的研究，免疫分子相互识别与作用机制的研究，就大量采用了这类比较分析方法。这种相似性比较分析方法就称为系列比对（ＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔ）。目前，国际互联网上提供了众多的序列比对分析软件。然而，不同的分析软件会得到不同的结果，同时所使用的参数在很大程度上影响到分析的结果。有时常常会由于采用了不合适的参数而丢失了弱的但却具有统计学显著性意义的主要信息，导致随后的实验研究走弯路。因此，生物信息学中的序列比对算法的研究具有非常重要的理论与实践意义。 序列比对问题根据同时进行比对的序列数目分为双序列比对和多序列比对。双序列比对有比较成熟的动态规划算法，而多序列比对目前还没有快速而又十分有效的方法。一般来说，评价生物序列比对算法的标准有两个：一为算法的运算速度，二为获得最佳比对结果的敏感性或准确性。人们虽已提出众多的多序列比对算法，但由于问题自身的计算复杂性，它还尚未得到彻底解决，是 收稿日期：２００７－１１－２５ 基金资助：南昌航空大学校自选（ＥＣ２００７０６０８６） 作者简介：张永（１９７７－），男，硕士，辽宁铁岭人，南昌航空大学计算机学院讲师，研究方向：生物信息学、信息处理；王瑞（１９７７－），男，江西大宇职业技术学院外语系助教。

常用统计软件介绍

常用统计软件介绍

常用统计软件介绍 《概率论与数理统计》是一门实践性很强的课程。但是,目前在国内,大多侧重基本方法的介绍,而忽视了统计实验的教学。这样既不利于提高学生创新精神和实践能力,也使得这门课程的教学显得枯燥无味。为此,我们介绍一些常用的统计软件，以使学生对统计软件有初步的认识,为以后应用统计方法解决实际问题奠定初步的基础。 一、统计软件的种类 1.SAS 是目前国际上最为流行的一种大型统计分析系统，被誉为统计分析的标准软件。尽管价格不菲，SAS已被广泛应用于政府行政管理，科研，教育，生产和金融等不同领域，并且发挥着愈来愈重要的作用。目前SAS已在全球100多个国家和地区拥有29000多个客户群，直接用户超过300万人。在我国，国家信息中心，国家统计局，卫生部，中国科学院等都是SAS系统的大用户。尽管现在已经尽量“傻瓜化”，但是仍然需要一定的训练才可以使用。因此,该统计软件主要适合于统计工作者和科研工作者使用。 2.SPSS SPSS作为仅次于SAS的统计软件工具包，在社会科学领域有着广泛的应用。SPSS是世界上最早的统计分析软件，由美国斯坦福大学的三位研究生于20世纪60年代末研制。由于SPSS容易操作，输出漂亮，功能齐全，价格合理,所以很快地应用于自然科学、技术科学、社会科学的各个领域，世界上许多有影响的报刊杂志纷纷就SPSS 的自动统计绘图、数据的深入分析、使用方便、功能齐全等方面给予了高度的评价与称赞。迄今SPSS软件已有30余年的成长历史。全球

约有25万家产品用户，它们分布于通讯、医疗、银行、证券、保险、制造、商业、市场研究、科研教育等多个领域和行业，是世界上应用最广泛的专业统计软件。在国际学术界有条不成文的规定，即在国际学术交流中，凡是用SPSS软件完成的计算和统计分析，可以不必说明算法，由此可见其影响之大和信誉之高。因此,对于非统计工作者是很好的选择。 3.Excel 它严格说来并不是统计软件，但作为数据表格软件，必然有一定统计计算功能。而且凡是有Microsoft Office的计算机，基本上都装有Excel。但要注意，有时在装 Office时没有装数据分析的功能，那就必须装了才行。当然，画图功能是都具备的。对于简单分析，Excel 还算方便，但随着问题的深入，Excel就不那么“傻瓜”，需要使用函数，甚至根本没有相应的方法了。多数专门一些的统计推断问题还需要其他专门的统计软件来处理。 4.S-plus 这是统计学家喜爱的软件。不仅由于其功能齐全，而且由于其强大的编程功能，使得研究人员可以编制自己的程序来实现自己的理论和方法。它也在进行“傻瓜化”,以争取顾客。但仍然以编程方便为顾客所青睐。 5.Minitab 这个软件是很方便的功能强大而又齐全的软件，也已经“傻瓜化”，在我国用的不如SPSS与SAS那么普遍。

软件工程师的年终总结(最新)

( 工作总结 ) 单位：_________________________ 姓名：_________________________ 日期：_________________________ 精品文档 / Word文档 / 文字可改 软件工程师的年终总结(最新) The work summary can correctly recognize the advantages and disadvantages of previous work, clarify the direction of the next work, and improve work efficiency

软件工程师的年终总结(最新) 软件工程师的年终总结范文一 随着互联网技术的快速发展，以及电信行业的第三次重组，给我们通信服务行业带来了巨大的商机，我很荣幸在这个大好时机来到中国网通常州分公司，成为网通公司的一名宽带医生，我非常珍惜这份工作机会。 时间一晃而过，转眼间201x年已接近尾声。回首繁忙而又充实的201x年心中不禁感慨万千，过去的一年中通过自身的不断努力，使得技术水平、沟通技巧等方面都取得了一定的进步，当然亦有需要改进的地方，这是我人生中弥足珍贵的经历，也给我留下了精彩而美好的回忆。 非常幸运能够来到**公司参加工作，上任软件工程师这一职位。

回顾业务培训期的一个月工作，感触很深，收获颇丰，我们首先对宽带医生这项业务的前期推出做了很细致的准备，仔细讨论了在业务推出以后可能遇到的种种困难;然后参加了代维部门的实践学习，深入了解了网络的接入技术，以及在修障过程中遇到的问题，接着参加了为期两天的新员工入职培训班，认真听取了相关领导对公司的发展概况，组织结构，以及各部门职责的介绍，并认真学习了公司的基本业务和增值业务，对公司的产品和服务有了很清楚的认识。 后期在主管的带领下，我们陆续对周边保有用户进行了宽带医生免费体验活动，也让用户知道我们这项延伸服务的推出，树立我们**宽带的品牌形象。 在过去的工作当中，在领导和同事们的悉心关怀和指导下，通过自身的不懈努力，各方面均取得了一定的进步，但那些远远不够，我也在实际工作中认识到自己的不足，业务还不够熟练，很多知识还有欠缺，处理事情不成熟。因此在今后的工作中，我将努力提高自身素质，克服不足，朝着以下几个方向努力： 1、学无止镜，时代的发展瞬息万变，各种学科知识日新月异。

生物信息学考试复习

——古 A．名词解释 1. 生物信息学：广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取，加工，储存，分配，分析和解释。狭义是指综合应用信息科学，数学理论，方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片：将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上，通过物理吸附达到固定化（cDNA芯片），也可以在固相表面直接化学合成，得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交，经过计算机扫描和数据处理，进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI：National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL：European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分，是综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物：PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。

7. BLAST：Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF：Open Reading Frame.由起始密码子开始，到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列，一个未知的基因，理论上具有6个ORF。 9. 启动子：是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成，核心启动子包括-35区（Sextama box）TTGACA，-10区（Pribnow Box）TATAAT，以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成，启动子基本元件包括启动子上游元件（GC岛，CAAT盒），核心启动子（TATA Box，+1区帽子位点）组成。 10. motif：模体，基序，是序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树：通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性：序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 同源性：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。13.

地理、规划、建筑行业常用软件介绍及资源分享

作为地理背景的规划设计狗，整理了一些地理/规划/建筑行业常用软件，简要分享心得以及贴心小资源共享。 1 CAD 是一个可视化的绘图软件，许多命令和操作可以通过菜单选项和工具按钮等多种方式实现。具有丰富的绘图和绘图辅助功能。 CAD主要功能： 1、平面绘图：能以多种方式创建直线、圆、椭圆、多边形、样条曲线等基本图形对象。 2、绘图辅助工具：提供了正交、对象捕捉、极轴追踪、捕捉追踪等绘图辅助工具。 3、三维绘图：可创建3D实体及表面模型 它广泛应用于：（排名要分先后） 机械、建筑、城市规划设计、室内设计与室内装潢设计、航空、航海图、服装设计与裁剪、印刷排版

2 湘源 我们规划常用湘源以辅助制图。 湘源是什么？ 一套基于AutoCAD平台开发的国土空间规划辅助设计软件。适用于国土空间总体规划、国 土空间专项规划、国土空间详细规划、国土空间村庄规划等辅助设计与管理，包含了市政管 网设计、日照分析、土方计算、现状地形分析、制作图则、专项设计等功能。 基于AutoCAD的湘源在进行规划分析以及图则等的绘制方面拥有强大的优势，工作效率up up！ 3 天正 建筑行业则常常湘源插件制图辅助。 cad最初开发时面向很多专业，很多作业需求，因为其功能庞杂，用途众多。而其针对性专 业的绘图效率则有待提升。天正CAD是由我国设计开发，是在CAD基础上的二次开发，严 格地讲天正CAD是CAD的一个插件，其二次开发对CAD建筑设计的相关命令进行了整合 和升级，因而其绘图速度也相对较快。对于建筑天正来讲，由于其在CAD的基础上对墙体、柱网、标注、字体、比例、图层等命令的升级，其绘图速度大大提高。因而建筑设计的学生 应该首选天正cad。