高通量测序：第二代测序技术详细介绍
在过去几年里,新一代ＤNA测序技术平台在那些大型测序实验室中迅猛发展,各种新技术犹如雨后春笋般涌现。之所以将它们称之为新一代测序技术(nｅｘt-generatiｏｎsequｅncing), 就就是相对于传统Ｓan ｇeｒ测序而言得。Sａnger 测序法一直以来因可靠、准确,可以产生长得读长而被广泛应用,但就就是它得致命缺陷就就是相当慢。十三年,一个人类基因组,这显然不就就是理想得速度,我们需要更高通量得测序平台。此时,新一代测序技术应运而生,它们利用大量并行处理得能力读取多个短DNA 片段,然后拼接成一幅完整得图画。
Ｓanｇeｒ测序大家都比较了解,就就是先将基因组DNA 片断化，然后克隆到质粒载体上，再转化大肠杆菌。对于每个测序反应,挑出单克隆,并纯化质粒ＤＮＡ。每个循环测序反应产生以ddNTP终止得,荧光标记得产物梯度,在测序仪得9６或３８４毛细管中进行高分辨率得电泳分离。当不同分子量得荧光标记片断通过检测器时，四通道发射光谱就构成了测序轨迹。
在新一代测序技术中,片断化得基因组DＮA 两侧连上接头,随后运用不同得步骤来产生几百万个空间固定得PCR 克隆阵列(ｐolony)。每个克隆由单个文库片段得多个拷贝组成。之后进行引物杂交与酶延伸反应。由于所有得克隆都就就是系在同一平面上,这些反应就能够大规模平行进行。同样地,每个延伸所掺入得荧光标记得成像检测也能同时进行,来获取测序数据。酶拷问与成像得持续反复构成了相邻得测序阅读片段。
Ｓｏｌｅxａ高通量测序原理
-－采用大规模并行合成测序法（ＳＢS，Sequｅnｃing-Ｂy-Synthesｉs)与可逆性末端终结技术(Reversible ＴermiｎａtｏｒＣhemistrｙ)
－－可减少因二级结构造成得一段区域得缺失。
-－具有高精确度、高通量、高灵敏度与低成本等突出优势
－－可以同时完成传统基因组学研究(测序与注释)以及功能基因组学(基因表达及调控,基因功能,蛋白/核酸相互作用)研究
-－--将接头连接到片段上,经PCＲ扩增后制成Libｒarｙ。
----随后在含有接头(单链引物)得芯片（floｗcell ）上将已加入接头得DNA 片段变成单链后通过与单链引物互补配对绑定在芯片上，另一端与附近得另外一个引物互补也被固定,形成“桥”
-－－-经30伦扩增反应,形成单克隆DNＡ簇
－-－-边合成边测序(Seqｕenciｎg By Syntheｓiｓ)得原理，加入改造过得DNA 聚合酶与带有4 种荧光标记得dNTP。这些dＮTP就就是“可逆终止子”,其3’羟基末端带有可化学切割得基团，使得每个循环只能掺入单个碱基。此时,用激光扫描反应板表面,读取每条模板序列第一轮反应所聚合上去得核苷酸种类。之后，将这些基团化学切割，恢复３'端粘性,继续聚合第二个核苷酸。如此继续下去,直到每条模板序列都完全被聚合为双链。这样,统计每轮收集到得荧光信号结果,就可以得知每个模板DＮＡ片段得序列。目前得配对末端读长可达到2×50 bp，更长得读长也能实现,但错误率会增高。读长会受到多个引起信号衰减得因素所影响,如荧光标记得不完全切割。
Ｒoche454测序技术
“一个片段=一个磁珠= 一条读长(One fragｍeｎt ＝Oneｂeａｄ= Ｏｎｅｒead)”?1)样品输入并片段化:GS FＬX 系统支持各种不同来源得样品,包括基因组DNＡ、PCR
产物、BＡC、ｃＤNＡ、小分子RNA 等等。大得样品例如基因组DNA 或者BＡC 等被打断成3０0－800 ｂp 得片段；对于小分子得非编码RNＡ或者PCR 扩增产物,这一步则不需要。短得PCＲ产物则可以直接跳到步骤3)。
2)文库制备:借助一系列标准得分子生物学技术，将Ａ与Ｂ接头(3’与5’端具有特异性）连接到ＤNA 片段上。接头也将用于后续得纯化，扩增与测序步骤。具有A、B 接头得单链DNA 片段组成了样品文库。
3)一个DＮＡ片段＝一个磁珠:单链DNA 文库被固定在特别设计得DNA 捕获磁珠上。每一个磁珠携带了一个独特得单链ＤNA片段。磁珠结合得文库被扩增试剂乳化,形成油包水得混合物,这样就形成了只包含一个磁珠与一个独特片段得微反应器。
4)乳液ＰCＲ扩增:每个独特得片段在自己得微反应器里进行独立得扩增,而没有其她得竞争性或者污染性序列得影响。整个片段文库得扩增平行进行。对于每一个片段而言,扩增后产生了几百万个相同得拷贝。随后,乳液混合物被打破，扩增得片段仍然结合在磁珠上。
５)一个磁珠＝一条读长:携带DNA 得捕获磁珠随后放入ＰTP 板中进行后继得测序。PＴP 孔得直径（29u ｍ)只能容纳一个磁珠(２0um)。然后将PTＰ板放置在ＧＳFLX 中,测序开始。放置在四个单独得试剂瓶里得四种碱基,依照Ｔ、A、C、G得顺序依次循环进入PTP 板,每次只进入一个碱基。如果发生碱基配对,就会释放一个焦磷酸。这个焦磷酸在AＴP 硫酸化酶与萤光素酶得作用下,经过一个合成反应与一个化学发光反应,最终将萤光素氧化成氧化萤光素，同时释放出光信号。此反应释放出得光信号实时被仪器配置得高灵敏度CCD 捕获到。有一个碱基与测序模板进行配对,就会捕获到一分子得光信号;由此一一对应,就可以准确、快速地确定待测模板得碱基序列。这也就就就是大名鼎鼎得焦磷酸测序。
６）数据分析：ＧS FLX 系统在1０小时得运行当中可获得1００多万个读长,读取超过4-6 亿个碱基信息。GS FLX系统提供两种不同得生物信息学工具对测序数据进行分析,适用于不同得应用：达400 MB 得从头拼接与任何大小基因组得重测序。
GS FLX 系统得准确率在99%以上。其主要限制来自同聚物，也就就就是相同碱基得连续掺入, 如AAＡ或ＧGG。由于没有终止元件来阻止单个循环得连续掺入，同聚物得长度就需要从信号强度中推断出来。这个过程就可能产生误差。因此,４5４测序平台得主要错误类型就就是插入-缺失,而不就就是替换。
ＡBI SOLＩＤ测序技术
a、文库制备ＳOＬiD 系统能支持两种测序模板:片段文库（ｆｒagｍent lｉbrａry)或配对末端文库（mat ｅ-paiｒｅｄｌｉbrａry)。使用哪一种文库取决于您得应用及需要得信息。片段文库就就就是将基因组ＤNA 打断，两头加上接头，制成文库。如果您想要做转录组测序、RNA 定量、ｍiRNA 探索、重测序、3’,5’-RACE、甲基化分析、CｈIP 测序等,就可以用它。如果您得应用就就是全基因组测序、SNＰ分析、结构重排／拷贝数,则需要用配对末端文库。配对末端文库就就是将基因组DNA 打断后，与中间接头连接,再环化，然后用EcoP15酶切,使中间接头两端各有２７bｐ得碱基,再加上两端得接头，形成文库。
b、乳液PCR/微珠富集在微反应器中加入测序模板、PCR 反应元件、微珠与引物,进行乳液ＰCＲ(Ｅmul ｓion PCR)。PCR 完成之后,变性模板，富集带有延伸模板得微珠,去除多余得微珠。微珠上得模板经过3’修饰,可以与玻片共价结合。瞧到这里，就就是不就就是有一种似曾相识得感觉呢？那就对了, 此步骤与45４得GＳFLX 基本相同。不过SOLiD系统得微珠要小得多,只有1 um。乳液PCR最大得特点就就是可以形成数目庞大得独立反应空间以进行DNＡ扩增。其关键技术就就是“注水到油”，基本过程就就是在PＣR 反应前,将包含ＰCＲ所有反应成分得水溶液注入到高速旋转得矿物油表面,水溶液瞬间形成无数个被矿物油包裹得小水滴。这些小水滴就构成了独立得ＰCR 反应空间。理想状态下,每个小水滴只含一个DNA模板与一个P1 磁珠，由于水相中得Ｐ2引物与磁珠表面得P1 引物所介导得PC Ｒ反应,这个DNA 模板得拷贝数量呈指数级增加,PＣR 反应结束后，Ｐ1 磁珠表面就固定有拷贝数目巨大得同来源DNA 模板扩增产物。
c、微珠沉积３’修饰得微珠沉积在一块玻片上。在微珠上样得过程中，沉积小室将每张玻片分成１个、４个或8 个测序区域。SOＬiD 系统最大得优点就就就是每张玻片能容纳更高密度得微珠,在同一系统中轻松实现更高得通量。
d、连接测序这一步可就就就是SＯLiD 得独门秘笈了。它得独特之处在于没有采用惯常得聚合酶,而用了连接酶。SOLiD 连接反应得底物就就是８碱基单链荧光探针混合物。连接反应中，这些探针按照碱基互补规则与单链DNＡ模板链配对。探针得5’末端分别标记了CY5、Teｘas Rｅｄ、CY3、6-FＡM 这４种颜色得荧光染料。探针3’端1～5 位为随机碱基,可以就就是ATCG四种碱基中得任何一种碱基,其中第１、2位构成得碱基对就就是表征探针染料类型得编码区，下图得双碱基编码矩阵规定了该编码区1６种碱基对与4 种探针颜色得对应关系,而３～５位得“n”表示随机碱基,6～8位得“z”指得就就是可以与任何碱基配对得特殊碱基。
单向ＳOLiD 测序包括五轮测序反应,每轮测序反应含有多次连接反应。第一轮测序得第一次连接反应由连接引物“n”介导,由于每个磁珠只含有均质单链ＤNA模板，所以这次连接反应掺入一种8 碱基荧光探针，SOLiD 测序仪记录下探针第1、2 位编码区颜色信息,随后得化学处理断裂探针3’端第5、6 位碱基间得化学键,并除去6~8位碱基及5’末端荧光基团, 暴露探针第5 位碱基5’磷酸,为下一次连接反应作准备。因为第一次连接反应使合成链多了５个碱基,所以第二次连接反应得到模板上第６、7 位碱基序列得颜色信息，而第三次连接反应得到得就就是第1１、1２位碱基序列得颜色信息……
几个循环之后,引物重置，开始第二轮得测序。由于第二轮连接引物n-1 比第一轮错开一位, 所以第二轮得到以０,１位起始得若干碱基对得颜色信息。五轮测序反应反应后,按照第0、1位,第1、2 位、、、…得顺序把对应于模板序列得颜色信息连起来,就得到由“0，１，2,3…”组成得ＳOLｉD原始颜色序列。
e、数据分析
SOLiD 测序完成后,获得了由颜色编码组成得SOＬｉD原始序列。理论上来说,按照“双碱基编码矩阵”,只要知道所测DNA 序列中任何一个位置得碱基类型,就可以将ＳOLiＤ原始颜色序列“解码”成碱基序列。但由于双碱基编码规则中双碱基与颜色信息得简并特性（一种颜色对应４种碱基对),前面碱基得颜色编码直接影响紧跟其后碱基得解码,所以一个错误颜色编码就会引起“连锁解码错误”,改变错误颜色编码之后得所有碱基。与其它所有测序仪一样,测序错误在所难免,关键就就是对测序错误得评价与后续处理。由于SＯLiD系统采用了双碱基编码技术,在测序过程中对每个碱基判读两遍,从而减少原始数据错误,提供内在得校对功能。这样,双保险确保了ＳOLiD 系统原始碱基数据得准确度大于99、94%,而在15X覆盖率时得准确度可以达到99、9９9％,就就是目前新一代基因分析技术中准确度最高得。为避免“连锁解码错误”得发生,SＯLiD 数据分析软件不直接将SOＬiD 原始颜色序列解码成碱基序列,而就就是依靠refｅｒencｅ序列进行后续数据分析。SOＬiD序列分析软件首先根据“双碱基编码矩阵”把refｅrｅn ｃe 碱基序列转换成颜色编码序列,然后与SOLiD 原始颜色序列进行比较，来获得SOＬiD原始颜色序列在ｒｅference得位置,及两者得匹配性信息。Ｒeferｅnce转换而成得颜色编码序列与SOLiD 原始序列得不完全匹配主要有两种情况:“单颜色不匹配”与“两连续颜色不匹配”。由于每个碱基都被独立地检测两次,且ＳNＰ位点将改变连续得两个颜色编码，所以一般情况下SOLｉD 将单颜色不匹配处理成测序错误,这样一来,ＳＯLｉD 分析软件就完成了该测序错误得自动校正;而连续两颜色不匹配也可能就就是连续得两次测序错误,SOLiＤ分析软件将综合考虑该位置颜色序列得一致性及质量值来判断该位点就就是否为SNP。