PyMOL使用笔记

PyMOL使用笔记
1换背景颜色---Display-Background-white/black，一般软件操作用black，比较好看；作图时选用White
2选择select---
the word after the word “select” is of your own creation
Select后边的名字是自己定义的
Select mypolars, symbol O/N
Symbol后边可接元素符号（元素周期表里的化学元素都可以接），多个符号之间用+号连接

name后边可接结构里边定义原子的名称，如CA+CB+CD
resn后边可接氨基酸的名称，Glu+Met+Ala(或其简写），只要前边有resn,选中的都是氨基酸
resi后边可接氨基酸对应的数字，select a(随便定义),resi 1+2+20+55/1-55,前者选中所写的四个氨基酸/后者将选中1-55所有的氨基酸
chain后边可接肽链符号或不对称单元符号，有两条肽链，a链和b链，select a, chain a--即可选中A链
SS后边可接二级结构H代编螺旋，S代表折叠，L代表loop，select a, ss s
在多聚体中如果只想选中a链的某一部分，select my, resi 1-62 and chain a
3颜色color
color命令同select，
color red, ss s;color yellow, chain a
4 命令
mset 1
mdo 1: turn y,5;以y轴为中心，5度旋转
mset 1
mdo 1: turn x,1;以x轴为中心，1度旋转
mset 1
mdo 1: turn z,1;以z轴为中心，1度旋转
此命令可以用来选取一个比较好的作图角度
5 显示蛋白序列
Display---sequence
6 测定两个原子之间的距离
Wizard---measurement然后直接点击要测距的两个原子就可以了
测完之后选择右手边的done；不需要了选delete all measurement
7 Saving a PyMol session
It is a way to save the “current state”of the software with all that it contains.
Later, the file can be opened and everything is restored
8 PyMOL软件打开的图像初始像素为640X480
鼠标键功能 左击 上下左右旋转；中键左右平移；右击放大和缩小
9 做出完美的图片
ray 2000,2000