系统发生树详解
系统发生树构建的步骤一般有下面几步:
I,对文件10.8\protein sequence 的序列进行多序列比对,一般用clustalx/w软件完成.这里我们用软件BioEdit内置的clustalw来做多序列比对;
II,对clustalw产生的多序列比对文件进行修剪,去掉比对后相似序列中没有对应的序列，前后全部对齐;
III,将修剪后的多序列比对文件转换成系统发生软件所需的文件格式并保存.这里我们是采用mega来做系统发生树的,所以须将修剪后的多序列比对文件转成.meg的文件格式;
IV,用系统发生软件构树(采用多种方法UPGMA,N-J, Maximum likelihood等);
具体做法如下:
①将protein sequence 的序列文件导入到BioEdit中做多序列比对,这里有好几种做法: a,将所有的序列文件全部保存在一个txt文件中,然后用BioEdit打开;(该方法比较麻烦) b,用DNASTAR中的Editseq工具将所有文件打开,然后用File菜单中Export all as one…按钮将所有的单蛋白质序列文件保存成一个多蛋白质序列文件,文件格式为.fasta
c,直接用BioEdit中File>new alignment>import>sequences alignment file(这里需要注意的是在导入序列文件时要将导入文件的类型选为All Files否则BioEdit将默认显示phy, gb, aln等文件而看不到其他文件);(推荐)
导入后如图:
alignment，如下图：
比对后产生文件,其序列如下:
③对clustalw产生的多序列比对文件进行修剪, 去掉比对后相似序列中没有对应的序列，前后全部对齐,可以直接用BioEdit的edit mode来做也可以用mega5>align>edit/build
alignment来做这里采用后者;
format来导出文件,其文件内容如图:
④用mega5建树.File>open a file打开已经转好的文件然后
phylogeny下的不同方法UPGMA, N-J, Maximum likelihood得到各种树
选择您感兴趣的基因，进行多物种的基因组搜索，将获得的序列进行基因序列特征分析，并构建多序列比对和系统发生树，请阐明选择基因的目的、试验步骤和进行结果分析。解:本次作业以人类(homo sapiens)的视黄醇结合蛋白RBP4为例来做.其序列文件如下:
>Homo sapiens retinol binding protein 4, plasma (RBP4), mRNA|gi|55743121|ref|NM_006744.3 CGCCTCCCTCGCTCCACGCGCGCCCGGACTCGGCGGCCAGGCTTGCGCGCGGTTCCCCTCCCGGTGGGCG GATTCCTGGGCAAGATGAAGTGGGTGTGGGCGCTCTTGCTGTTGGCGGCGCTGGGCAGCGGCCGCGCGGA GCGCGACTGCCGAGTGAGCAGCTTCCGAGTCAAGGAGAACTTCGACAAGGCTCGCTTCTCTGGGACCTGG TACGCCATGGCCAAGAAGGACCCCGAGGGCCTCTTTCTGCAGGACAACATCGTCGCGGAGTTCTCCGTGG ACGAGACCGGCCAGATGAGCGCCACAGCCAAGGGCCGAGTCCGTCTTTTGAATAACTGGGACGTGTGCGC AGACATGGTGGGCACCTTCACAGACACCGAGGACCCTGCCAAGTTCAAGATGAAGTACTGGGGCGTAGCC TCCTTTCTCCAGAAAGGAAATGATGACCACTGGATCGTCGACACAGACTACGACACGTATGCCGTGCAGT ACTCCTGCCGCCTCCTGAACCTCGATGGCACCTGTGCTGACAGCTACTCCTTCGTGTTTTCCCGGGACCC CAACGGCCTGCCCCCAGAAGCGCAGAAGATTGTAAGGCAGCGGCAGGAGGAGCTGTGCCTGGCCAGGCAG TACAGGCTGATCGTCCACAACGGTTACTGCGATGGCAGATCAGAAAGAAACCTTTTGTAGCAATATCAAG AATCTAGTTTCATCTGAGAACTTCTGATTAGCTCTCAGTCTTCAGCTCTATTTATCTTAGGAGTTTAATT TGCCCTTCTCTCCCCATCTTCCCTCAGTTCCCATAAAACCTTCATTACACATAAAGATACACGTGGGGGT CAGTGAATCTGCTTGCCTTTCCTGAAAGTTTCTGGGGCTTAAGATTCCAGACTCTGATTCATTAAACTAT AGTCACCCGTGTCCTGTGAAAAAAAAAAAAA
通过Genbank（https://www.sodocs.net/doc/064035857.html,/blast/）中的Blastn 检测最相似序列或在GenBank 中下载参考序列，选择Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)。将上述序列粘贴到输入框中，如下图：
点击Blast，得到如下结果：
根据序列相似性大小，将相似性最大的序列下载下来,这里选择如下一些序列:
并与原始文件放在一起形成一个文件:
之后的建树的步骤和上面的实验的步骤就大同小异了:
①多序列比对:
比对后产生的多序列比对文件保存为
②比对后序列修剪(掐头去尾):
修剪后的文件
③系统发生树构建:
这里就用n-j法建树:
得到发生树如下:
系统发育树构建步骤
如何建树 step 1. 将16S rDNA序列在NCBI上进行BLAST比对(https://www.sodocs.net/doc/064035857.html,/BLAST/) BLAST是目前常用的数据库搜索程序，它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，意为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990 [62];1997[63])。国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器。BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段，并作为内核向两端延伸，以找出尽可能长的相似序列片段。首先登录到提供BLAST服务的常用网站，比如国内的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ。这些网站提供的BLAST服务在界面上差不多，但所用的程序有所差异。它们都有一个大的文本框，用于粘贴需要搜索的序列。把序列以FASTA格式(即第一行为说明行，以“>”符号开始，后面是序列的名称、说明等，其中“>”是必需的，名称及说明等可以是任意形式，换行之后是序列)粘贴到那个大的文本框，选择合适的BLAST程序和数据库，就可以开始搜索了。如果是DNA序列，一般选择BLASTN搜索DNA数据库。这里以NCBI为例。登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST!-点击Format-得到result of BLAST。BLASTN结果如何分析(参数意义)： 例如： >gi|28171832|gb|AY155203.1| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, complete sequence Score = 2020 bits (1019), Expect = 0.0 Identities = 1382/1497 (92%), Gaps = 8/1497 (0%) Strand = Plus / Plus Query: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggtaaggcccttc--ggggt 58 Query: 61 actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc 120 || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| Sbjct: 59 acacgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtgatctgcctcgtactctgggataagc 118 其中，Score指的是提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似。Expect指的是比对的期望值。比对越好，expect越小，一般在核酸层次的比对，expect小于1e-10，就比对很好了，多数情况下为0。Identities指的是提交的序列和参比序列的相似性，如上所指为1497个核苷酸中二者有1382个相同。Gaps指的是一般翻译成空位，指的是对不上的碱基数目。Strand指的是链的方向，Plus / Minus意味着提交的序列和参比序列是反向互补的，如果是Plus / Plus则二者皆为正向。 挑选与目的菌株具有较近亲源关系的模式种（type strain）序列将这些序列用记事本保存成dna.seq文件。 >M.mulatta AAGCTTTTCT GGCGCAACCA TCCTCATGAT >M.fascicularis AAGCTTCTCC GGCGCAACCA CCCTTA TAA T step 2. 用CLUSTALX对已知DNA序列做多序列比对 1 双击clustalx.exe运行程序。 2 点File→Load Sequence，打开dna.seq。
生成树协议学习总结
1，交换机的好处，和交换机所带来的问题，就是产生环路。 交换机能够扩大网络直径，能让更多的网络直径参与到网络通信中来，但是交换机同时也带来了一个问题，就是会产生环路。 2，环路是如何产生的？ 交换机基本工作原理是，通过学习维护一个mac和端口对应的表格，交换机只对报文进行透传，不会像路由器那样，对报文添加标记，根据局域网的工作原理，这样就必然会导致环路的产生。如下图例子： 如上图，我们假定终端A是第一次发消息，发出一个消息1发给B，根据局域网的工作原理，该消息会被交换机S1 S2 S3收到，S1透传出消息1，发给终端B，同时也会给该消息发给S2 S3，依次类推，在网络中形成的环路的信息会急剧的增加，迅速将网络堵死。 3，生成树协议概念的产生，生成树是如何避免环路的？ 802标准委员会，为了解决这个问题，提出了STP协议生成树的概念。 生成树就是通过将一个物理上有环存在的网络中，通过逻辑上阻塞某些端口，将网络中存在的环拆解开，使整个网络在逻辑上是一种树状结构，并保证其数据传输的效率。 对上图的说明：图中的每个矩形代表一个网桥，深颜色矩形为跟桥，也就是一棵树的根。深
色端口为阻塞端口，也就是被生成树协议，根据一定的算法，所阻塞掉的端口。这样我们可以从这科树的根出发，走实线的路径，那么我们可以清晰的看到是一棵树的形状，这棵树没有环路。 4，介绍STP。bpdu包结构。其中各个字段的含义。 生成树的基本原理， 1，选择跟桥，在参与本局域网通信的所有网桥中，选择一个网桥作为根网桥，也就是树的根。 2，选择根端口，根端口就是某一网桥通过该端口到达根网桥，路径开销最小。 3，选择指定端口，端口优先级向量劣于根优先级向量的端口。 生成树实现这一机制是通过相互发送BPDU消息来实现的，BPDU中携带一些生成树计算所需要的必要信息。如下BPDU格式：
系统发生树详解
系统发生树构建的步骤一般有下面几步: I,对文件10.8\protein sequence 的序列进行多序列比对,一般用clustalx/w软件完成.这里我们用软件BioEdit内置的clustalw来做多序列比对; II,对clustalw产生的多序列比对文件进行修剪,去掉比对后相似序列中没有对应的序列，前后全部对齐; III,将修剪后的多序列比对文件转换成系统发生软件所需的文件格式并保存.这里我们是采用mega来做系统发生树的,所以须将修剪后的多序列比对文件转成.meg的文件格式; IV,用系统发生软件构树(采用多种方法UPGMA,N-J, Maximum likelihood等); 具体做法如下: ①将protein sequence 的序列文件导入到BioEdit中做多序列比对,这里有好几种做法: a,将所有的序列文件全部保存在一个txt文件中,然后用BioEdit打开;(该方法比较麻烦) b,用DNASTAR中的Editseq工具将所有文件打开,然后用File菜单中Export all as one…按钮将所有的单蛋白质序列文件保存成一个多蛋白质序列文件,文件格式为.fasta c,直接用BioEdit中File>new alignment>import>sequences alignment file(这里需要注意的是在导入序列文件时要将导入文件的类型选为All Files否则BioEdit将默认显示phy, gb, aln等文件而看不到其他文件);(推荐) 导入后如图:
alignment，如下图： 比对后产生文件,其序列如下:
③对clustalw产生的多序列比对文件进行修剪, 去掉比对后相似序列中没有对应的序列，前后全部对齐,可以直接用BioEdit的edit mode来做也可以用mega5>align>edit/build alignment来做这里采用后者; format来导出文件,其文件内容如图:
构建系统发育树需要注意的几个问题
构建系统发育树需要注意的几个问题 1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个祖先进化分歧而来时，它们才是同源的。 2 序列和片段可能会彼此相似，但是有些相似却不是因为进化关系或者生物学功能相近的缘故，序列组成特异或者含有片段重复也许是最明显的例子；再就是非特异性序列相似。 3 系统发育树法：物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系。 4 自然界中的分类系统是武断的，也就是说，没有一个标准的差异衡量方法来定义种、属、科或者目。 5 枝长可以用来表示类间的真实进化距离。 6 重要的是理解系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的基本上就是从许多不正确的树中挑选正确的树。 7 没有一种方法能够保证一颗系统发育树一定代表了真实进化途径。然而，有些方法可以检测系统发育树检测的可靠性。第一，如果用不同方法构建树能得到同样的结果，这可以很好的证明该树是可信的；第二，数据可以被重新取样(bootstrap)，来检测他们统计上的重要性。 分子进化研究的基本方法 对于进化研究，主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。 表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性，而遗传性关系含有祖先的信息，因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间，而表型分枝图则不需要时间概念。文献中，更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径，另外还有系统发育树、物种树(species tree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称。 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基
生成树协议试验范例分析
生成树协议试验范例分析 目录 生成树协议试验范例 (1) 1. 验证内容： (1) 2 试验环境： (1) 3 测试前准备： (3) 4试验过程： (6) 4.1.单独接入： (6) 4.2.基站逐步串接回环： (7) 4.3.66下挂111，使用光模块连接： (8) 4.4.电口向下接入基站31的port1口 (12) 4.5.31基站通port2接交换机，形成环 (16) 4.6.断开port2，66光口恢复 (20) 1.验证内容： 生成树的主要功能，切断阻断冗余拓扑环路，形成树形结构。拓扑改变时阻断能够恢复，避免影响通信。 生成树的工作步骤，选举根桥，确定根端口，指定端口，阻断端口。Tcn发出，阻断端口。拓扑改变时，恢复阻断端口通信。 生成树根据bpdu进行计算的过程。 拓扑改变时，tcn发出，tca的应答，tc+root拓扑改变的发出。 验证端口状态的变化和各定时器大小。 2试验环境： 三个具有生成树协议的基站，一个交换机，一台pc，一个usb转串口。 Ip和mac地址：
基站31,18.250.0.31 00:0e:5e:18:9a:9d 可提供2个fe接口和两个10m光接口。 基站111,18.250.0.111, 00:0e:5e:18:9b:5f,提供一个fe接口，两个10m光接口 基站66,18.250.0.66,00:15:e1:00:04:7c，提供一个fe接口，两个10m光接口 基站上有一个6口的交换芯片，所以相当于交换机相连。交换机是一个没有生成树协议的设备，对bpdu消息当做普通包处理。Putty接基站串口进行基站打印进行跟踪。
RSTP快速生成树协议的配置课程设计
石河子大学 信息科学与技术学院 <网络技术>课程设计成果报告
2014—2015 学年第一学期
题目名称：
利用快速生成树协议（RSTP） 实现现交换机之间的冗余链路备份
专 班 学
业： 级： 号：
计算机科学与技术 计科 2012（一）班 2012508013 蒋 曹 能 传 凯 东
学生姓名： 指导教师：
完成日期：二○一五
年
一 月 七
日
目
录
一 课题介绍 ......................................................................................................................................................... - 3 1.1 课题名称 ............................................................................................................................................... - 3 1.2 课题简介 ............................................................................................................................................... - 3 1.3 课题拓展 ............................................................................................................................................... - 3 二 RSTP 简介....................................................................................................................................................... - 3 三 实验环境介绍 ................................................................................................................................................. - 5 3.1 实验软硬件环境 ................................................................................................................................... - 5 3.2 实验参数 ............................................................................................................................................... - 5 3.3 实验拓扑图 ........................................................................................................................................... - 8 四 实验内容 ......................................................................................................................................................... - 8 五 实验详细步骤 ................................................................................................................................................. - 9 5.1 绘制实验拓扑 ....................................................................................................................................... - 9 5.2 交换机及 PC 的基本配置 .................................................................................................................... - 9 5.3 Spanning-tree 的配置 .......................................................................................................................... - 13 5.3 链路测试 ............................................................................................................................................. - 14 六 课题总结 ....................................................................................................................................................... - 17 附录 A 参考文献................................................................................................................................................ - 18 -
数据结构：树形结构完整代码,各种遍历方法,直接能跑
#include
网站结构
今天和大家分享的是：网站结构 那这个主题我们主要还是会分为五大类： 1、我们要去了解网站结构的定义 2、网站结构对于SEO的影响，包括哪些方面？ 3、那如何帮助我们去新建一个网站的时候要网站的架构注意些什么？或者说怎么去决定这些架构？ 4、也会列举些常见的网站结构上的一些错误 5、最后要分享的是wordpress，它是如何通过固定链接去修改它的链接结构的。 那第一块的话是网站结构的一个定义。 通俗来讲，网站基本可以分为三个结构: 第一个是我们的物理结构：那物理结构主要是体现于真实网页在主机端上它的一个位置。那包括比如说当我们来到我们网站的时候，这是它的首页A，首页下面会有一个目录B，在目录下面会有不同的小页面，那这样是我们称为一个物理结构。那物理结构是在上传你网站文件的时候所处在的这么一个位置，啊~所以他是真实的存在的。 那第二个结构是我们的内链结构，因为我们知道当网站把页面上传到主机端上之后，在用户端或是前端我们看到的页面事实上是传上去这个页面以后所展现的内容，那这样的内容它是可以根据不同级别下面的页面进行这样一个所谓链接的这样一个贯通。因此，内链的结构其实是网页之间的一个枢纽的管道。这里比如说在我们的B栏目下面会有一个D页面，那D 页面原则上从物理结构来讲的话那它是在B下面的，但我们的D页面只要是内容里面有一个内部链接通向我们的C栏目的话，那这样的一个结构就可以看作是我们的一个内链的结
构。那第三个是URL的结构，URL结构的话区别主要是体现说当我们去访问页面的时候，我们在浏览器上方总会是一个URL地址的，而这个地址其实他能代表我们物理结构，那有时候它也是可以不代表我们物理结构的，那比如说像这样的动态页面的时候，那所有的这块内容其实它是抓取它数据库里面的内容，而数据库内容其实不是在我们物理结构里面的。因此网站结构里面少不了我们这样一个URL结构，而URL结构我们通常会说动态的URL去变成一个静态或者伪静态的URL，就比如像这个例子，那之前是ID=22这么一个产品，我们可以把URL重新写或重新替换成d22.html这样一种形式。所以，总体来讲的话，当我们提到网站结构的时候事实上它不仅是我们传统意义上想到网站长成什么样子？事实上它更多牵扯到整体网页部分一个物理的架构，包括物理架构里所有页面里面的相互贯穿的这些内链或内部链接的这么一个结构。那第三块才是我们说有了真实的文件有了文件里面的内链结构，随后那用户去访问的时候这个时候URL结构是什么样的？所以说网站三大结构的话主要是会有这三块。 那我们如何去看我们的物理结构呢？事实上会做网站的基本上会用我们称为FTP这么个工具去上传所有的你本地做好的文件，上传到不管是你的虚拟主机啊还是独立主机，那通常我们会用比如说像这样filezilla像这样的一个工具，它是可以去免费的让我们站长使用，那使用这工具的时候，任何网站它都会有一个主机地址，所以你把主机地址填进去，随后你的网站会有一个用户名和密码的，那基本上只要有这三项信息的话，你就可以去链接到你网站所在的那个主机，那登上去之后的话你就可以看到你整个主机上面的原始的这么一个物理结构了，那一开始的话你没有放网站的话，可能就是非常简单的，譬如说，大无风网的虚拟主机它会是一个public gate目录，所以就是在这个目录下面可以把你所有网站里面的内容给丢上去或者是上传上去，其实物理结构的话就是，他更多的就是通过FTP文件或者是网站，
华为stp生成树协议笔记
STP 为什么会有stp 为了保证可靠，设计了一种环网拓扑，又因为交换机的工作原理，会出现环路问题，为了解决环路，才有了stp生成树 1 mac地址表震荡 2 广播风暴 作用：在保证可靠的基础上，解决环路问题 原理：阻塞端口（预备端口）通过选举阻塞端口，来防止环路 1 根桥（根交换机）： 1 比较每台交换机上的网桥id （优先级+mac地址）越小越优先 默认优先级 32768 修改优先级修改的时候要改成4096的倍数 交换机上有默认的stp版本为mstp （多实例生成树）stp （生成树）rstp (快速生成树) [系统]stp mode stp 修改stp的模式 Stp priority 4096 修改优先级 2 根端口：非根交换机到达根交换机的最优端口 比较规则 1 路径开销值 2 对端网桥id 3 对端对口id 4 本端端口id （hub） 3 指定端口：每条链路上到达根交换机最优端口根交换机上所有端口都是指定端口 比较规则 1 路径开销 2 本端网桥id
3 本端端口id （端口优先级和端口编号）端口优先级默认是128 4 剩下的端口就叫做阻塞端口 Stp中的报文交互 BPDU 桥协议数据单元 两种bpdu 1 配置bpdu 作用：用于角色（端口）选举 维护网络拓扑 2秒1次最多20秒20 秒没有根的回应，则认为根down掉 2 tcn bpdu 拓扑变化bpdu 作用：当拓扑发生变化时，会发tcn bpdu Bpdu 字段 1 bpdu flsges标识字段 Tca 位拓扑变化确认位 Tc 位拓扑变化位 发生变化时置1 2 root identifier 根网桥id 3 root path cost 到达根的开销值 4 bridge id 本交换机的网桥id 5 port id 端口id 0x8001 前面的80 代表优先级128 ， 01代表端口号 6 message age 消息寿命每经过一台交换机message age +1 7 max age 最大寿命 20 秒 8 hello time 2秒 9 forward delay 转发延迟 15秒 端口的状态变化 1 disable 开启stp时特点：不进行stp计算 2 blocking 阻塞端口直接进入blocking 状态 3 listening 非阻塞端口才进入侦听状态特点：加速mac地址表老化 中间有15秒的间隔时间，目的是为了加速mac地址表老化，mac地址表老化时间300秒 4 learning 学习状态 中间有相隔15秒的时间，加速mac地址表的学习 5 forwarding 转发状态
如何做系统进化树
大家好： 我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN （LINUX）。 在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴要对所分析的多序列目标进行排列（To align sequences）。做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。⑵要构建一个进化树（To reconstrut phyligenetic tree）。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了）。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。⑶对进化树进行评估。主要采用Bootstraping法。进化树的构建是一个统计学问题。我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一个适当的方法，那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说，最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基差别小，ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率，iii 没有过多的颠换/转换的倾向，iv 所检验的序列的碱基数目较多（大于几千个碱基）；用最大可能性法分析序列则不需以上的诸多条件，但是此种方法计算极其耗时。如果分析的序列较多，有可能要花上几天的时间才能计算完毕。UPGMAM（Unweighted pair group method with arithmetic mean）假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率，也就
树型结构
数据结构练习——树型结构姓名： 1．按照二叉树的定义，具有3个结点的二叉树有（）种。 A 3 B 4 C 5 D 6 2.若在一个森林中有N个结点，K条边（N>K），则该森林中必有（）棵树。 A K B N C N-K D 1 3.在下列存储形式中，（）不是树的存储形式。 A 双亲表示法 B 孩子链表表示法 C 孩子兄弟表示法 D 顺序表示法 4.设二叉树只有度为0和2的结点，其结点个数为15，则该二叉树的最大深度为（）。 A 4 B 5 C 8 D 9 5.一个具有767个结点的完全二叉树，其叶子结点个数为（）。 A 383 B 384 C 385 D 386 6.若一棵二叉树有126个结点，在第7层至多有（）个结点。 A 32 B 64 C 63 D 不存在第7层 7.若一棵度为7的树有8个度为1的结点，7个度为2的结点，6个度为3的结点，5个度为4的结点，4个度为5的结点，3个度为6的结点，2个度为7的结点，则该树一共有（）个叶子结点。 A 35 B 28 C 77 D 78 8.已知完全二叉树的第7层有10个叶子结点，则整个二叉树的结点数最多是（） A 73 B 127 C 235 D 255 9.任何一棵非空二叉树中的叶子结点在先序遍历、中序遍历、后序遍历的相对位置（） A 都会发生变化 B 不会发生变化 C 有可能发生变化D部分发生变化 10.对于二叉树的两个结点X和Y，应该选择（）两个序列判断X是否为Y的祖先。 A 先序和后序 B 先序和中序 C 中序和后序 D A、B、C都行 11．深度为5的二叉树上至多有（）个结点。 A. 16 B. 32 C. 31 D. 10 12．二叉树的中序序列为ABCDEFG，后序序列为BDCAFGE，则先序序列为（） A. EGFACDB B. EACBDGF C. EAGCFBD D. 上面都不对 13．在线索二叉树中，t所指结点没有左子树的充要条件是（）。 A. t->lchild==NULL B. t->ltag==1 C. t->ltag==1&& t->lchild==NULL D. 上面都不对 14.由权值为9、2、5、7的四个叶子构造一棵哈夫曼树，该树的带权路径长度为（） A 23 B 37 C 44 D 46 15.有五个字符，根据其使用频率设计对应的哈夫曼编码，（）是不可能的哈夫曼编码。 A 000，001，010，011，1 B 0000，0001，001，01，1 C 000，001，01，10，11 D 00，100，101，110，111 16. 若用链表存储一棵二叉树时，每个结点除数据域外，还有指向左孩子和右孩子的两个指针。在这种存储结构中，n个结点的二叉树共有________个指针域，其中有________个指针域是存放了地址，有________________个指针是空指针。 17. 一棵高度为5的二叉树中最少含有_________个结点，最多含有________个结点； 18.设一棵二叉树的前序遍历序列和中序遍历序列均为ABC，则该二叉树的后序遍历序列为__________。 19.设一棵完全二叉树中有21个结点，如果按照从上到下、从左到右的顺序从1开始顺序编号，则编号为8的双亲结点的编号是___________，编号为8的左孩子结点的编号是_____________。 20 已知一棵二叉树的先序和中序序列，求该二叉树的后序遍历序列 先序遍历：A,B,C,D,E,F,G,H,I,J 中序遍历：C,B,A,E,F,D,I,H,J,G 后序遍历：______________________
Mybayes 构建系统发生树方法
简单步骤 1 序列的比对，然后将比对好的序列转化成.nex格式 2 运行MrBayes，简单步骤如下：（依次输入命令，完成简单也最常用的分析）：Execute filename.nex，打开待分析文件，文件必须和mrbayes程序在同一目录下。Lset nst=6 rates=invgamma，该命令设置进化模型为with gamma-distributed rate variation across sites和a proportion of invariable sites的GTR模型。模型可根据需要更改，不过一般无须更改。 3 mcmc ngen=10000 samplefreq=10，保证在后面的可能性分布中probability distribution至少取到1000个样品。默认取样频率：every 100th generation。 4 如果分裂频率分支频率split frequencies的标准偏差standard deviation在100,000代generations以后低于0.01，当程序询问：“Continue the analysis?(yes/no)”，回答no；如果高于0.01，yes继续直到该值低于0.01。 5 sump burnin=250（在此为1000个样品，即任何相当于你取样的25％的值），参数总结summarize the parameter，程序会输出一个关于样品（sample）的替代模型参数的总结表，包括mean，mode和95 % credibility interval of each parameter，要保证所有参数PSRF（the potential scale reduction factor）的值接近1.0，如果不接近，分析时间要延长。 6 sumt burnin=250，总结树summarize tree。程序会输出一个具有每一个分支的posterior probabilities的树以及一个具有平均枝长mean branch lengths的树。这些树会被保存在一个可以由treeview等读取的树文件中。
华为生成树协议STP分析过程与配置方法
华为生成树协议STP分析过程与配置方法 一、学习目的： 1、掌握配置STP的方法 2、掌握修改网桥优先级影响根选举的方法 3、掌握修改端口优先级影响根端口与指定端口选举的方法 4、掌握配置RSTP的方法 5、掌握STP与RSTP的相互兼容问题 6、掌握配置MSTP实现不同vlan负载均衡的方法 7、掌握MSTP与STP的相互兼容问题 8、掌握生成树中的保护方法 二、重点命令 1、开启stp [plain]view plain copy 1.stp enable 2.stp mode stp 2、查看stp状态
[plain]view plain copy 1.dis stp 2.dis stp brief 3、指定stp主根和备根 [plain]view plain copy 1.stp root primary 2.stp root secondary 4、手工指定根桥优先级 [plain]view plain copy 1.stp priority 4096（4096的倍数） 5、指定RP [plain]view plain copy 1.int g0/0/10 2.stp port priority 16（16的倍数）
6、指定DP [plain]view plain copy 1.int g0/0/24 2.stp cost 2000000 7、开启rstp [plain]view plain copy 1.stp enable 2.stp mode rstp 8、配置mstp [plain]view plain copy 1.stp enable 2.stp mode mstp 3.stp region-configuration 4.region-name RG1 5.instance 1 vlan 1 to 10 6.instance 2 vlan 11 to 20 7.active region-configuration
实验四 利用树型结构的搜索算法模拟因特网域名的查询
实验四利用树型结构的搜索算法模拟 因特网域名的查询 问题描述 在第六章树结构中曾讨论Internet的域名系统，以树型结构实现域名的搜索。即输入某站点的域名，在域名系统的树型结构中进行搜索，直至域名全部匹配成功或匹配失败；若成功则给出该站点的IP地址，否则给出找不到该站点的信息。 基本要求 首先要实现一个反映域名结构的树，例如中国科学技术大学https://www.sodocs.net/doc/064035857.html,在该树从根到叶子的各层结点就应是root、cn、edu、ustc、www。叶子结点www另有一个数据域，存放中国科学技术大学站点的IP地址202.38.64.2。 测试数据 可以取常用到的著名站点的域名和IP地址为例构建域名结构的树，一般应有20个左右的站点域名。下面提供了一组测试数据，当输入“https://www.sodocs.net/doc/064035857.html,”输出为“202.38.64.2”；而输入https://www.sodocs.net/doc/064035857.html,时，输出应为“找不到服务器或发生DNS错误”。https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 220.181.27.5 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 66.249.89.104 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 207.46.20.60
https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 64.215.166.127 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 210.254.57.56 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 219.239.195.11 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 218.30.13.51 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 202.38.64.2 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 202.38.64.3 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 162.105.129.12 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 162.105.204.150 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 166.111.4.100 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 166.111.8.229 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 210.73.64.10 https://www.sodocs.net/doc/064035857.html, 61.129.65.58 实现提示 树的存储结构采用孩子兄弟链表。 二叉链表的树结构是一种动态结构，除第一次生成的过程需要人工输入数据外，以后每次进行搜索查询时，应首先从文件中保存的数据自动生成树的结构。为解决二叉链表与文件之间的转换，可以通过先序遍历的办法保存和恢复二叉链表。例如一个二叉链表的文件保存形式如下：
系统发生树构建和分析
系统发生树构建和分析 姓名________ 学号______________ 分组编号_____ 日期________年___月___日 1.参阅ABC网站有关资料，查阅相关文献，说明以下基本概念 1)分子演化和系统发生 2)序列相似性（Similarity）和序列同源性（Homology） 3)直系同源（Ortholog）和旁系同源（Paralog） 4)核苷酸替换模型和氨基酸替换模型 5)突变速率和分子钟 6)进化分支树（Cladogram）和系统发生树（Phylogram） 7)基因树和物种树 8)无根树和有根树 9)分支和节点 10)内部节点和外部节点 11)根节点和叶节点 12)距离法和位点法 13)最大简约法和最大似然法 2.参阅ABC网站中有关资料，查阅相关文献，回答以下问题 1)构建系统发生树的基本步骤 2)构建系统发生树时选择核苷酸序列或氨基酸序列的原则 3)利用自举法（Bootstrap）检验系统发生树稳定性的原理 4)确定无根树根节点的方法 5)如何通过所构建的系统发生树判断“先有物种”还是“先有基因” 6)不同建树方法的基本原理和特点 3.人珠蛋白基因家族系统发生树实例 1)以人珠蛋白基因家族12个成员蛋白质序列，用MEGA邻接法构建系统发生树；选 择不同氨基酸替换模型（Substitution Model），比较所构建的系统发生树的拓扑结 构和稳定性值（Bootstrap value），说明不同替换模型对结果的影响。 2)以人珠蛋白基因家族12个成员编码区序列，用MEGA 邻接法构建系统发生树；， 选择不同核苷酸替换模型，比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值 （Bootstrap value），说明不同替换模型对结果的影响。 3)根据所构建的系统发生树，参阅Burmester 和Hardision论文，说明人珠蛋白基因 家族12个成员之间的演化关系。 4.人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族系统发生树实例 1)以人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族37个成员编码区序列，采用邻接法、最大 简约法和最大似然法构建系统发育树，选择适当的替换模型和参数，比较采用不同 方法、不同模型和不同参数时所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值。 2)根据上述人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族37个成员编码区序列系统发生树， 参阅相关文献，说明珠蛋白基因家族的起源和演化。 5.血红蛋白alpha亚基系统发生树实例 1)从脊椎动物中选取若干代表性物种，根据传统分类学知识，描述它们之间的系统发 生关系，用MEGA软件中User Tree/Display Newick trees绘制系统发生树。 2)从UniProt中提取上述代表性物种的血红蛋白alpha亚基氨基酸序列，用MEGA 构 建系统发生树；选择适当的方法、模型和参数，以获得稳定性较好的系统发生树。