最新pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例

这是一个只是用鼠标操作的初步教程

Pdb文件3ODU.pdb

打开文件

pymol右侧

All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象

按钮A:代表对这个对象的各种action，

S：显示这个对象的某种样式，

H：隐藏某种样式，

L：显示某种label，

C：显示的颜色

下面是操作过程：

点击all中的H，选择everything，隐藏所有

点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质

点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择

点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体

点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选

择rename selection，窗口中出现，更改sele

为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调

整窗口使此分子清楚显示。

寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：

IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in

object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择

red red，把氢键显示为红色。

接着再显示跟IDT形成氢键的残基

点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是

residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键

，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres.

到目前为止已经差不多了

下面是一些细节的调整

残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing

转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改

pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。

然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png

这样的图片勉强能用，为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理

Setting >> cartoon>>highlight color

Setting >> cartoon>>fancy helix

Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度

Setting >>label>>size 可以调节label字体大小

Display>>background color>>white 背景设置为白色

此时窗口中的图像应该不怎么好看，点击右上角的ray

，等待一会，完成后就发现图片好多了，这时千万不要再在图片上点击了，赶快保存图片。

最后再介绍几个命令，还是命令更厉害

set label_size,28 设置字体大小

在最后一步ray的时候，可以输入命令ray，要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y

如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。

打包的文件包括3ODU.pdb 3ODU.pse 1.png 2.png打开pse文件可以直接看到制作完成时的样子

飞毛腿2011-4-18 六年级上册语文第一次月考（三）

一、看拼音，写词语。（5分）

xiǎo xiàng（）里传出了yōu yáng（）的琴声，是谁在为路人yǎn z òu（）？连那qí n miǎn（）的蚂蚁也停下了奔忙的脚步。

二、给带点的字选择正确的读音画上“”线。（3分）

唱和．（héhè）吟诵．（yǒng sòng）刚劲．（jìn jìng）

哈．达（hāhǎ）要挟．（xiá xié）沮丧．（sāng sàng）

三、写出同音字，把词语补充完整。（4分）

mì静（）奥（）蜂（）（）集

yùn 音（）（）含（）船（）育

四、请你为“肖”字加上偏旁，组成新的字填在空格里。（3分）

陡（）的悬崖胜利的（）息俊（）的奶娘

（）好的铅笔弥漫的（）烟畅（）的商品

五、用“和”字组词并填空。（2分）

中国经济发展需要良好的外部环境，只有国际（），国内（），两岸和解，才能实现中国的和平崛起。

六、把下面的成语补充完整。（3分）

（）崖峭壁行色（）（）（）（）讥笑

（）（）安席（）（）望重可见一（）

七、“俏丽、斑斓、粗壮、优美”是《草虫的村落》中的词语，请让它们走进新的语境。（4分）

（）的大树旁，有一片色彩（）的野花，蝴蝶穿着（）的彩衣来了，高兴得在花丛中跳起了（）的舞蹈。

八、在括号里填上带点词语的反义词。（3分）

1、我对母亲的怀念之情竟越发增强

．．，丝毫没有因为岁月的流逝而（）。

2、天空逐渐暗下来，原来清晰

．．的景物，一下子都变得（）。

3、京张铁路的提前竣工，极大地鼓舞

．．了中国人民的士气，给藐视中国人帝国主义者一个沉重的（）。

九、按要求写句子。（7分）

1、我就不相信，这些小精灵会不爱我们祖国的海岛，会不愿在这里安居乐业。

改为肯定句：

2、它们的村子散布在林边缘的小丘上。

缩句：

3、我随手把生日礼物郑重地交给妈妈。

修改病句：

4、根据《詹天佑》课文内容用“虽然……但是……”说一句话：

5、有些战士灰心了，撅着嘴巴，说：“西瓜嫌我们的岛艰苦，不愿在这里安家。”

改为第三人称转述：

6、仿写句子。（2分）

你好，清凉的山泉！你捧出一面明镜，是要我重新梳妆吗？

十、学以致用。（4分）

1、我捡起一朵落花，拾起一片落叶，我看到了它们蕴含的生命的奥秘，这时不禁想起龚

自珍的诗

句：

。

2、秋天来了，树叶一片片往下落，唯有野菊花在山中开得正欢，难怪元稹用

“

”来表达自己对它的喜爱之情。

3、母爱是世界上最伟大的爱，做儿女的怎么能够报答得了母亲的爱呢？这使我们想起了

诗

句：

。

4、关于爱国的名言，我记住了邓小平爷爷的一句

话：

。

十一、回想课文内容填空。（11分）

1、《草虫的村落》一文中的“游侠”指，村落

指。（2分）

2、“彩色的翅膀”借指蝴蝶等小昆虫，也象

征。（1分）

3、《山中访友》：山中的古桥、、等朋友给了“我”好心情，好记忆。

4、詹天佑是我国杰出的爱国工程师。课文

从、、三个方面叙述詹天佑主持修筑京张铁路的过程，他根据居庸关、八达岭不同的山势创造性地设计

了、两种施工方法。作为一名中华少年，我想对詹天佑说：

。（6分）

十二、选择题。（5分）

1、下列说法错误的一项是（）。

A、“望”按部首查字法，应查部首“王”部，在“德高望重”中的理解为“名望”。

B、“水”字应按“先中间后两边”的笔顺规则写。

C、“亚”和“凸”两个字笔画数都相同。

D、“甲”按音序查字法，应查音序“J”，“花甲”指六十岁。

LAMMPS手册-中文版讲解之欧阳家百创编

LAMMPS手册-中文解析 一、 欧阳家百（2021.03.07） 二、简介 本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。 1．什么是LAMMPS? LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。 LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。 LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。 通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。在

并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。 2．LAMMPS的功能 总体功能： 可以串行和并行计算 分布式MPI策略 模拟空间的分解并行机制 开源 高移植性C++语言编写 MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义） 可以方便的为之扩展上新特征和功能 只需一个输入脚本就可运行 有定义和使用变量和方程完备语法规则 在运行过程中循环的控制都有严格的规则 只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务 粒子和模拟的类型： （atom style命令） 原子 粗粒化粒子 全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA

最新pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action， S：显示这个对象的某种样式， H：隐藏某种样式， L：显示某种label， C：显示的颜色 下面是操作过程： 点击all中的H，选择everything，隐藏所有 点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择 点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体 点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选 择rename selection，窗口中出现，更改sele 为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调 整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键： IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择 red red，把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是

residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键 ，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing 转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改 pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png

50款医学软件

一、PPT模板与软件: 1、ScienceSlides: ScienceSlides就是一种PPT插件,可方便的画出各种细胞器化学结构,用来论文画图确实很好用。特别就是用这个与AI(illustrator)结合,画的图可以媲美老外的CNS哦。 2、科研医学美图PPT模板 3、200+套绝美PPT模板 二、代谢与信号分析软件: 1、CellNetAnalyzer: CellNetAnalyzer,就是一种细胞网络分析工具,前身就是FluxAnalyzer,就是基于MatLab的代谢网络与信号传导网络分析模块,。这就是一个典型的代谢流分析工具,可以进行代谢流的计算、预测、目标函数的优化,端途径分析、元素模式分析,以及代谢流之间的对比等。可以基本满足研究一个中型代谢网络的结构尤其就是计算流分配的要求,大部分论文中的代谢网络分析都就是或明或暗的用这个分析的。

2、信号通路图汇总 3、药理学思维导图 三、二维、三维构图软件: 1、DeepViewer _4、10_PC DeepViewer ,曾经也叫做Swiss-PdbViewer,就是一个可以同时分析几个蛋白的应用程序。为了结构比对并且比较活性位点或者任何别的相关部分,蛋白质被分成几个层次。氨基酸突变,氢键,原子间的角与距离在直观的图示与菜单界面上很容易获得。 2、pymol-0_99rc6-bin-win32 PyMOL就是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件。PyMOL适用于创作高品质的小分子或就是生物大分子(特别就是蛋白质)的三维结构图像。PyMOL的源代码目前仍可以免费下载,供使用者编译。对于Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统,非付费用户可以通过自行编译源代码来获得PyMOL执行程式;而对于Windows的使用者,如果不安装第三方软件,则无法编译源代码。 四、分子生物学软件

pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例 这就是一个只就是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU、pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)就是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action, S:显示这个对象的某种样式, H:隐藏某种样式, L:显示某种label, C:显示的颜色 下面就是操作过程: 点击all中的H,选择everything,隐藏所有 点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色,选择 点击右下角的S,窗口上面出现蛋白质氨基酸序列,找到1164位ITD,就是配体 点击选择ITD ,此时sele中就包含ITD这个残基,点击(sele)行的A,选择rename selection,窗口中出现,更改sele为IDT,点击 (IDT)行的S选择sticks,点击C,选择by element,选择,,调整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键: IDT行点击A 选择find,选择polar contacts,再根据需要选择,这里选择to other atoms in object , 分子显示窗口中出现几个黄色的虚线,IDT行下面出现了新的一行 ,这就就是氢键的对象,点击这一行的C,选择red red,把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S,选择lines,显示出所有残基的侧链,使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基,分别点击选择这些残基。注意此时selecting要就是 residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择

pymol作图的一个实例演示教学

p y m o l作图的一个实 例

Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action， S：显示这个对象的某种样式， H：隐藏某种样式， L：显示某种label， C：显示的颜色 下面是操作过程： 点击all中的H，选择everything，隐藏所有 点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择 点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选择rename selection，窗口中出现

，更改sele为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键： IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线 ，IDT行下面出现了新的一行 ，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择red red，把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键

50款医学软件

一、PPT模板与软件： 1.ScienceSlides： ScienceSlides是一种PPT插件，可方便的画出各种细胞器化学结构，用来论文画图确实很好用。特别是用这个和AI（illustrator）结合，画的图可以媲美老外的CNS哦。 2.科研医学美图PPT模板 3.200+套绝美PPT模板 二、代谢与信号分析软件： 1.CellNetAnalyzer： CellNetAnalyzer，是一种细胞网络分析工具，前身是FluxAnalyzer，是基于MatLab的代谢网络和信号传导网络分析模块，。这是一个典型的代谢流分析工具，可以进行代谢流的计算、预测、目标函数的优化，端途径分析、元素模式分析，以及代谢流之间的对比等。可以基本满足研究一个中型代谢网络的结构尤其是计算流分配的要求，大部分论文中的代谢网络分析都是或明或暗的用这个分析的。

2. 信号通路图汇总 3. 药理学思维导图 三、二维、三维构图软件： 1.DeepViewer _4.10_PC DeepViewer ，曾经也叫做Swiss-PdbViewer，是一个可以同时分析几个蛋白的应用程序。为了结构比对并且比较活性位点或者任何别的相关部分，蛋白质被分成几个层次。氨基酸突变，氢键，原子间的角和距离在直观的图示和菜单界面上很容易获得。 2.pymol-0_99rc6-bin-win32 PyMOL是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件。PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。PyMOL的源代码目前仍可以免费下载，供使用者编译。对于Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统，非付费用户可以通过自行编译源代码来获得PyMOL执行程式；而对于Windows的使用者，如果不安装第三方软件，则无法编译源代码。 四、分子生物学软件

蛋白质作图软件pymol教程 Pymol学习笔记

B2WS-6JGH-PV7G-PBKP 什么是结构生物学 结构生物学（Structural biology）是生物领域里面相对较新的一个分支。它主要以生物化学和生物物理学方法来研究生物大分子，特别是蛋白质和核酸，的三维结构，以及与结构相对应的功能。因为几乎所有的细胞内的生命活动都是通过生物大分子来完成的，并且这些大分子完成这些功能的前提是它们必须具有特定的三维结构，因此，对于生物化学家们，这是一个非常具有吸引力的领域。 该领域通常被认为开始于20世纪50年代，Max Perutzhe和Sir John Cowdery Kendrew于1959年各自利用X射线晶体学方法解析了肌红蛋白（Myoglobin）的三维结构，一种在肌肉中运输氧气的蛋白。他们因此分享了1962年的诺贝尔化学奖，并由此揭开了结构生物学的序幕。截止到2008年10月28日，已有53917个生物大分子结构在https://www.sodocs.net/doc/185956414.html, （蛋白质数据库）登记在案。 目前用于研究生物大分子结构的常用方法有X射线晶体学（X-ray crystallography）、核磁共振（NMR）、电子显微学（electron microscopy）、冷冻电子显微学（electron cryomicroscopy = cryo-EM）、超快激光光谱（ultra fast laser spectroscopy）、双偏振极化干涉（Dual Polarisation Interferometry）以及圆二色谱（circular dichroism）等。当中又以X射线晶体学和核磁共振最为常用。 图一：肌红蛋白（Myoglobin）的三维结构，世界上第一个由X射线晶体学解出的蛋白质结构，该蛋白在肌肉中传输氧气。

LAMMPS手册-中文版讲解

LAMMPS手册-中文解析一、简介 本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。 1．什么是LAMMPS? LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。 LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI 的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。 通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。 2．LAMMPS的功能 总体功能： 可以串行和并行计算 分布式MPI策略 模拟空间的分解并行机制 开源 高移植性C++语言编写 MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义） 可以方便的为之扩展上新特征和功能 只需一个输入脚本就可运行 有定义和使用变量和方程完备语法规则 在运行过程中循环的控制都有严格的规则 只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务 粒子和模拟的类型： （atom style命令）原子粗粒化粒子DNA 全原子聚合物，有机分子，蛋白质，联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：）（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style, tabulated.

LAMMPS手册学习

LAMMPS手册学习 一、简介 本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。 1．什么时LAMMPS? LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。 LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。 LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。 通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。 2．LAMMPS的功能 总体功能： 可以串行和并行计算 分布式MPI策略 模拟空间的分解并行机制 开源 高移植性C++语言编写 MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义） 可以方便的为之扩展上新特征和功能 只需一个输入脚本就可运行 有定义和使用变量和方程完备语法规则 在运行过程中循环的控制都有严格的规则 只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务 粒子和模拟的类型：

LAMMPS手册中文讲解

L A M M P S手册中文讲解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】

LAMMPS手册-中文解析 一、简介 本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。 1．什么是LAMMPS? 2． LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。 LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。 LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。 通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

蛋白质相关下载方法及PyMOL简单应用

大目录 一、使用pymol前的准备 小目录 1.确定你的蛋白质（以草酸氧化酶Oxalate oxidase为例） 2.下载蛋白质.PDB 3.下载相关文献 4.通过浏览网页了解蛋白质(unipro,PDBsum) 5.阅读中文文献（万方、知网等） 二、用Pymol进行简单的作图 本文采用从PDB数据库下载的文件1FI2与2ET1（1FI2为天然蛋白，2ET1为与配体结合的蛋白）做操作例子。 小目录 1.导入pdb文件。 2.蛋白质的简单处理（显示二级结构条带模型）。 3.显示活性中心 （1）寻找活性中心金属离子： （2）寻找与活性部位金属离子结合氨基酸残基 （3）标记氨基酸残基 （4）寻找与金属离子结合的水分子 （5）最后的修改。 4.配体的处理。（1FI2是没有配体的，我们打开有配体的2ET1） 5.让模式图更加好看（以活性部位为例）

一、使用pymol前的准备 小目录 1.确定你的蛋白质（以草酸氧化酶Oxalate oxidase为例） 2.下载蛋白质.PDB 3.下载相关文献 4.通过浏览网页了解蛋白质 5.阅读中文文献（万方、知网等） 1.确定你的蛋白质（以草酸氧化酶Oxalate oxidase为例） 在https://www.sodocs.net/doc/185956414.html,中搜索Oxalate oxidase。 下拉网页，一共出现5个结果，找到你需要的。 从下图很明显可以看出第一个是重组蛋白，所以我选择了第二个。 2.下载蛋白质.PDB 3.下载相关文献：

点击PubMed右侧编码，如下 得到新网页，即NCBI中相关文献，如下图，点击右侧会弹出新窗口 下拉新网页，找到真正的下载按钮，下载并了解它。 一般对应的文献会对相关蛋白的结构功能有较清楚的描述。 本例中，我们会发现最初的5个结果中有4个都是大麦中分离的草酸氧化酶的不同三维结构，这四个蛋白，分别为天然草酸氧化酶蛋白，与配体结合的草酸氧化酶蛋白，重组草酸氧化酶蛋白，突变草酸氧化酶蛋白。这些会在文献中告之，我们也可以在https://www.sodocs.net/doc/185956414.html,中发现：