pymol教程-09.7.23
PyMOL用户指南
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一、鼠标操作入门4
(这个数字是超链接，ctrl+左键)
1.启动4
1)通过鼠标4
2)通过命令行4
2.PyMOL窗口4
1)Virewer窗口4
2)外部GUI窗口5
3.下载PDB文件5
4.操控视图6
1)基本鼠标控制6
2)虚拟滚动球旋转7
3)移动截面7
4)改变旋转中心点8
5)简单回顾9
二、命令行操作入门9
1.记录结果9
2.载入数据9
3.操控对象（Object）10
1)原子选择11
2)对象和选择的着色12
3)对象和选择的on/off12
4.改变视点13
5.保存工作13
1)脚本和日志文件13
2)图像文件14
3)会话文件14
6.命令行快捷键14
1)用TAB键完成命令15
2)用TAB键完成文件名15
3)自动推理15
7.其他命令和帮助15
三、命令句法和原子选择16
1.语法16
1)选择表达16
2)原子选择命名16
3)单字选择符
4)属性选择符18
5)选择代数20
6)宏指令21
2.从PyMOL中读取Python 22
四、卡通表示23
1.背景23
1)可达性23
2)美化和精确23
2.定制化25
1)卡通类型25
2)精美螺旋28
3.二级结构归属29
五、光线追踪30
1.重要设置30
2.保存图片31
六、立体效果31
1.支持的立体模式31
2.制作立体图片31
3.相关命令31
七、动画32
1.概念32
2.重要命令32
1)Load
2)Mset
3)Mdo
4)Mmatrix
3.简单举例33
4.复杂举例33
5.预览ray-traced动画图片34 1)Cache_frames
2)mclear
6.保存动画34
八、高级鼠标控制34
1.选择原子和键 34
2.“pk”原子选择的应用举例35
3.“lb”和“rb”选择 35
4.构象编辑 35
九、晶体应用35
1.晶体对称性35
1)Load
2)Symexp
2.电子密度图36
1)Load
2)Isomesh和isodot
十、汇编图形对象（CGO）和Molscript ribbons 37
1.简介 37
2.Molscript ribbons 37
1)Load
2)Using Molscript
3.创建CGOs 38
4.CGO参考 38
NOTES:
?本教程以PyMOL user’s guide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。
?本教程只介绍PyMOL在windows系统下的应用
?本教程以edu1.1版本的PyMOL为准，大硬盘中有此软件
?本教程是PyMOL的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解
?如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令help，查看《PyMOL命令》，登陆PyMOLwiki（https://www.sodocs.net/doc/5e6723929.html,）或咨询他人等途径解决疑难
?本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了，大多是版本问题
?译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！
?本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。
一、鼠标操作入门
1.启动
1)通过鼠标
打开开始菜单，在程序或所有程序中找到PyMOL并单击。
2)通过命令行
在Windows下，打开文件和脚本有多种命令选项。
一般地，在“运行”或“命令提示符”中输入：
c:\program files\delano scientific\PyMOL\PyMOLwin.exe
如果PyMOL没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。
2.PyMOL窗口
PyMOL一般打开两个窗口：Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。如下图所示：
PyMOL的两个窗口
GUI是图形用户界面（Graphical User Interface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。PyMOL默认有两个GUI：内部GUI在Viewer窗口内显示；外部GUI在它自己的窗口显示。之所以这样的原因既烦琐又专业，但我们知道两个GUI最终会统一为一个界面。
1)Viewer窗口
PyMOL的Viewer是PyMOL系统的心脏。这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的3D图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。
PyMOL的Viewer窗口和内部GUI（默认）
窗口内右边的内部GUI可使用户对特定对象（object）和特定原子选择（atom selection注意：原子选择是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等，相对object而言）进行操作。从上到下，内部GUI包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套VCR（动画控制）。
窗口底部还有一个命令输入区。在Viewer窗口也能查看PyMOL的文本输出（text output），任何时候都可以按ESC在文本输出和图形模式间进行切换。
Viewer完全可以自己运行，它拥有PyMOL核心系统的全部功能。如果想这样的话，完全可去除命令和内部GUI。通过标准菜单和控制，许多任务能更简单高效的完成。在外部GUI可以找到绝大部分的功能选项。
2)外部GUI窗口
默认的Tcl/TK外部GUI
默认状态下，外部GUI包括标准菜单栏、输出区、命令输入区和一系列按钮。外部GUI 窗口的一个好处是能够对正文进行剪切和粘贴，而在Viewer中却没有此功能。另外，必须用Ctrl?X、Ctrl?C和Ctrl?V进行剪切、复制和粘贴操作，因为在标准编辑菜单中没有这些功能。
3.下载PDB文件
通过外部GUI菜单：默认的外部GUI在File菜单有Open选项，可由此打开选择的文件。
通过命令：
语法load
fetch
例如load test/dat/pept.pdb
fetch pept
载入pdb文件后的PyMOL
4.操控视图
在PyMOL中，鼠标是主要的控制设备，键盘的修饰按键（SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL）在调整按钮操作时使用。为了有效使用PyMOL，建议选择带有三个按键的鼠标。
1)基本的鼠标控制
鼠标的滚动轮的可当做中键使用。
下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能：
虚拟滚动球
虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时，好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转；在球体上点击拖动就能在XY面上旋转。
3)移动截面
截面是在分子前后想象中的平面。截面外的分子部分将会被切除，从而显示
出内部。在复杂或大分子中截面非常有用。
截面示意图（hither这边的近处的，yon那边的远处的）
PYMOL的截面控制需要鼠标和键盘结合，如下图示：SHIFT+右键，当鼠标上下拖动时会调
整前截面，左右拖动时调整后截面。
截面的控制
也可以对角线拖动改变截面的显示，如下图：
对角移动截面改变可见的“wedge”
4)改变旋转中心点
观察分子图像时，常常需要改变旋转的中心点，快捷方式是“ctrl+shift+中键”点击目标原子。
5)简单回顾
至此，应该能够完成如下任务：
载入PDB。
旋转、平移、缩放图像。
调整前截面和后截面，以便更清楚地观察分子的切片图。
改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。
二、命令行操作入门
此部分介绍典型常用的命令，命令语法的详细内容见《PYMOL命令》。
PYMOL语言是事件敏感的（case-sensitive），但是前一个事件不能应用到当前的命令中，所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。
1.记录结果
当在PYMOL上操作时，如果想记录下完成的操作步骤，可创建一个日志文件（log-file）：语法
log_open log-file-name
例如
PyMOL> log_open log1.pml
无论是输入的还是点击的命令都会记录在log-file中。文件扩展名是“.pml”，这样可以把文件作为脚本在新会话中打开。
输入log_close命令可以停止记录，如果不输入此命令，日志文件会一直记录存盘直到关闭PYMOL。
如果仅想保存PYMOL当前的状态而不关心操作步骤，可创建一个会话文件（session-file）。
2.载入数据
从文件中载入PDB，命令如下
语法
load data-file-name
例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb
命令输入后，PYMOL会打开读取“pept.pdb”，创建并命名相应的对象，在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。
默认状态下，PYMOL会在文件读取后命名对象，当然也可以重命名对象:
语法
load data-file-name,object-name
例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb #对象命名为“pept”
#文件扩展名不会出现在对象名中
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test #对象命名为“test”
（“#”是注释标志，在命令行中，#后输入任何信息都不会被PYMOL读取）
上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词，它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数，这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。一般而言，参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。
3.操控对象(manipulating object)
对象的操控既可用鼠标，也可用命令。例如，改变默认的表示形式（representation）lines 到sticks，首先删除lines然后显示sticks：
语法
hide representation
hide representation
例如
PyMOL>hide lines #以lines显示的对象消失
PyMOL>show sticks #以sticks显示的对象出现
其他的表示形式还有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等（见“表示形式”）。
当用命令show时，新的表示形式出现，但原来的表示形式不消失，非常恼人，可用下面的命令解决这个问题：
语法
as representation
例如
PyMOL>as sticks #不论原来显示多少种表示形式，命令后只显示sticks一种
在显示有配体存在的对象时，有时显示不出配体，可通过下面方法解决：
例如
fetch 1biw #载入对象1biw，它有一个配体
as cartoon #配体存在但却没被显示
然后通过鼠标操作，点击内部GUI的S菜单> organic > spheres，就可以看到配体了。
1)原子选择
原子选择（atom selections）可以操控分子中一部分原子或化学键。PyMOL精于对原子或残基的选择、分组和命名。你可以只用一次选择，也可以重命名以便再次使用。例如你可以缩
放（zoom）选择的“on the fly”：
语法
zoom selection-expressions #选择原子进行缩放
例如
PyMOL>zoom resi 1-10 #resi是选择符
#选择氨基酸残基
#给出PDB序列号
#“1-10”是标识符
Selection-expressions可以是单个词也可以是长复杂句。一个Object-name也可能是selection-expression。默认的selection-expression是all，即当前载入的所有原子。如果命名选
择，你将能够操作它任意次。对象（object）和选择（selection）的名字可以是大小写字母（A/a
到Z/z）、数字（0到9）和下划线（_），下面的字符是不可以的：
! @ # $ % ^ &* ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` <> . ? /
首先，命名选择：
语法
select selection-name,selection-expression
例如
PyMOL>select boy007,resi 1-10 #选择残基并命名为“boy007”
然后使用这个名称：
语法
zoom selection-name
hide representation,selection-name
show representation,selection-name
例如
PyMOL>zoom boy007
PyMOL>hide everything,boy007
PyMOL>show spheres,boy007
当创建一个selection-name后，PYMOL会在控制面板显示出，以便利用面板里的控制功能（见“PYMOL命令”）。
命名的选择（named-selection）如“boy007”和PYMOL的对象（object）是有本质区别的。当载入文件时PYMOL创建object-name用来盛放数据，而选择是指向一组数据
的方式。为了区别selection-names和object-names，在控制面板里selection-names
用括号括起来。当删除了selection-name，在object-name下的数据仍然存在，但这些
数据不再以selection组织起来。相反，当删除了object，必须重新载入数据才能再进行
相关操作。
语法
delete selection-name
delete object-name
例如
PyMOL> delete boy007 #boy007消失，object仍在
PyMOL> delete pept #“pept”里的所有原子和化学键都消失了
2)对象和选择的着色
你可以对selections和objects应用不同的颜色。在settings/colors菜单里有预定义的color-names，也可以在控制面板里进行颜色选择。（更多颜色命令见“设置”部分）
语法
color color-name #整个object被着色
color color-name,selection-expression #selection被着色
例如
PyMOL>color white
PyMOL>color orange,pept
PyMOL>color green,resi 50+35+56
PyMOL>color yellow,resi 24-35
PyMOL>color blue,boy007
PyMOL>color red,ss h
PyMOL>color red,ss s
PyMOL>color green,ss l+’’
最后三个例子中ss是二级结构的选择符，h表示helix，s表示beta sheet，l+’‘表示loops和非特定结构。
3)对象和选择的on/off
PYMOL可同时呈现多个对象。disable和enable命令可以消除对象的显示，但仍能够通过命令控制它的属性。
语法
enable object-name
例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/fc.pdb
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb
PyMOL>disable pept #pept完全从viewer中消失
PyMOL>color yellow,name c+o+n+ca #在fc和pept中的主链原子都被着为黄色，但是pept的原子仍然是不可见的。
PyMOL>enable pept #pept原子可见了并显示为黄色
通过disable命令可以删除命名选择时出现的粉红点（pink dots）：
语法
disable selection-name
例如
PyMOL>select bb,name c+o+n+ca #选中的原子在viewer中以pink dots 显示
PyMOL> disable bb #pink dots消失，命名选择“bb”仍可见PyMOL>color red,bb #仍然可以操控“bb”
4.改变视点
鼠标拖动分子往往是最简单的显示操纵方法，然而输入命令如zoom和orient却是一种不同的方式。Zoom（变焦）命令可使对象或选择在视野中央显示：如果对象或选择没显示在当前的视野，命令会使它显示；如果当前视野仅显示了一小部分，命令会使它充满视野。
语法
zoom selection-expression
当你想重新查看分子时，Orient命令是十分有用的。它会调整对象或选择，使其最大维度水平显示，次最大维度垂直显示：
语法
orient selection-expression
你可以保存定向（store orientation）并在后面的新会话中通过命令view调用（recall）它，保存定向仅是保存viewer中对象的视角（viewpoint），不保存它的表示形式（representation）。为了在新会话中调用，需要命名保存的定向。
语法
view name,action #action是store或recall
例如
PyMOL>view v1,store #当前视野被命名为v1并保存
PyMOL>view v1,recall #调用保存的v1定向
PyMOL>view v1 #recall是默认的view语句，所以此命令行也是调用v1
关键词view仅是在当前会话中保存定向，后面的章节将会讲述如何在不同会话中保存定向。
5.保存工作
PyMOL保存工作的种种过程：1.在给出一系列命令前，启动进程把命令记录在纯文本日志中，并作为脚本使用。2.在会话的任何时候，都可以创建一个会话文件保存程序的内存状态，供以后调用此状态。3.创建图形文件保存viewer中的图像。
1)脚本和日志文件（Scripts and Log Files）
PyMOL的脚本只是个文本文件，如日志文件，它由被回车分隔的命令行组成。当PyMOL 载入脚本时，其中的命令就会被执行。PyMOL脚本文件的扩展名是“.pml”，虽然此扩展名不是严格要求的，但也是最好的选择。
你可以把日志文件当脚本使用，也可以在文本编辑器如emacs，jot或notepad创建脚本。当在单独的窗口使用PyMOL时，打开文本编辑器往往十分有用，命令就可在这两个程序间复制粘贴。
你可以输入命令log_open log-file-name或点击“File”菜单的“log”创建新的日志文件。你也可以在“File”菜单选择“append（附加）”或“resume（重新开始）”，把命令行写入现有的日志文件中。如果点击“resume”，现有的日志文件是第一次作为脚本载入PyMOL，随后的命令会写入此文件。
一旦你创建了日志文件，PyMOL将会记录保存所有的命令信息，不论是输入的命令还是点击的按钮。
但是，为了把分子的定向保存在日志文件中，需输入命令get_view或使用GUI按钮。
在会话中get_view很方便，随后可编辑日志文件选择最好的定向。
Windows系统下，可以双击脚本图标，点击“File”菜单的“Run”选项或者输入命令”@”打开一个脚本：
语法
@scripe-file-name
例如
PyMOL>@my_script.pml
通过命令启动PyMOL时可同时打开目标脚本（在“运行”或“命令提示符”中）
语法
PyMOL scipt-file-name
例如(Windows)
C:\>PyMOL.exe my_script.pml
2)图像文件
当你想保存图片时，最好先光线追踪进行渲染来提高图片的质量。光线追踪（ray tracing）显示了在三维世界中光线是如何反射和影子是如何形成的。关键词ray要求PyMOL 在viewer中重绘（redraw）和显示图片（详情见“光线追踪”部分）。
保存图片到文件，可点击“File”中的“Save image”或输入png命令：
语法
png file-name
例如
PyMOL>png pep #图片pep.png被保存在PyMOL安装默认的文件夹中。
PyMOL>png d:/boy/pep #图片pep.png被保存在d盘的boy文件夹里。
Png格式的图片还可通过ImageMagick等软件转换成其他格式。
注意：图片的大小是随viewer窗口的大小而变化的。
3)会话文件（Session Files）
如果想返回到PyMOL当前的状态，可通过创建会话文件实现（点击File菜单中的Save Session，命名以“.pse”为扩展名的文件）。PyMOL的会话文件是对PyMOL存储状态的符号记录，包括载入或创建的对象、创建的选择和viewer中的显示。
当打开保存的会话文件，PyMOL会返回到保存的状态。因为一个会话文件代表了一个存储状态，所以打开一个会话文件意味着当前PyMOL存储的所有东西都会被清除并被来自会话文件的存储状态替代。
会话文件和日志文件或脚本有许多不同。日志文件必须在你想保存给出的命令前创建，而会话文件可以在任何时候创建。会话文件通过File菜单的Open选项调用，而日志文件被作为脚本通过Run选项启动。会话文件不能被人工编辑，而日志文件和脚本却可以。
在PyMOL会话中，关键点上创建会话文件是个好主意，例如当你决定探讨（explore）多种选项时。通过这种方式，会话文件可被用来替代PyMOL没有的“undo”程序。你完全可以通过连续的会话文件存储PyMOL任意数量的状态，然后由此恢复到这些状态或有效地撤销你的操作。
6.命令行快捷键
1)用TAB键完成命令
输入命令的前几个字母然后按Tab键，PyMOL就会自动完成命令或列出符合语法的命令表，例如：
PyMOL>sel
#按Tab键就会出现下面的显示
PyMOL>select
如果不输入命令直接按Tab键，那么PyMOL会输出全部命令的列表。
2)用TAB键完成文件名
一些要载入的文件有非常长的路径和文件名，当你按Tab键，PyMOL会自动完成明确的路径和文件名，例如：
PyMOL>load cry
#如果cystal.pdb存在于当前工作目录中，按Tab键就会产生下面的命令行
PyMOL>load cystal.pdb
如果文件名含糊不清，PyMOL就会自动匹配并输出目录中匹配的文件名，然后选择一个输入。
3)自动推理
在PyMOL命令中有一小部分的固定字符串，例如：
PyMOL>show sticks中，对show来说sticks就是一个固定的字符语句。因为跟在show后的语句有限，所以当你仅输入几个缩写字母PyMOL就能识别，例如：PyMOL>show st 此命令和show sticks等效。
关键词也可缩写，PyMOL>sh st同样奏效。
注意：PyMOL的命令语言在不断地增长和发展，所以在脚本中使用全长的命令和字符语句非常重要。否则，以后的命令可能使缩写变得含糊不清。例如当“shutoff”加入命令语句后，“sh st”就不会奏效了。
7.其他命令和帮助
此“入门”部分通过简单的例子介绍了常用的命令，在《PyMOL命令》中有全部命令的详细介绍。在PyMOL中可输入help按回车查看全部关键词（keyword）的列表，如果想查看某个命令的帮助：
语法
help keyword
例如
PyMOL>help load
PyMOL将会在外部GUI脚本语言和viewer中显示命令指南。
不必记住所有的关键词，输入help和关键词的前一个或几个字母，然后按Tab键，脚本语言就会显示可能的关键词列表。点击viewer再按Esc键会在分子图像和命令语言显示间来回切换。
三、命令语法和原子选择
1.语法
典型的PyMOL命令总是以指导PyMOL执行一定任务的关键词开始，以回车结束。
最简单的命令仅有关键词，如输入quit将会强制结束PyMOL会话，quit后从不跟其他语句。
许多命令有默认语句，所以当你只输入关键词，PyMOL就会默认剩下的语句。如zoom 的默认语句是选择（selection-expression）all，也就是说不用再输入all了。
有些关键词，需要部分语句，而其余语句被默认。如关键词color需要color—name 语句，而默认语句是all：
语法
Color color-name
Color color-name, selection-expression
例如
PyMOL>color red #所有的显示被着为红色
PyMOL>color red,name ca #仅C-alpha原子被着为红色
当输入一个命令有多个语句时，要用逗号隔开。一次输入多个命令时要用分号隔开。
1)选择表达（selection-expressions）
selection-expressions指PyMOL命令中语句的原子列表，描述了指定引用的一组原子，这些原子大多需要标识符（identifier）来完成指定。如选择符（selector）resi指定残基，标识符给出序列号；选择符name指定原子，标识符给出PDB中描述的名字（ca代表alpha碳，cb代表beta碳）。只有一小部分selection-expressions不需要标识符，但大部分都要。
PyMOL应用逻辑算符增加selection-expressions的一般性和特殊性。选择符逻辑组合能变得很复杂，所以PyMOL能够识别以最少击键输入的缩略语和宏指令。这个部分讲述如何命名选择，然后讲述用缩略语和宏指令做选择的语法。
2)原子选择命名
select命令命名原子选择：
语法
select selection-name, selection-expression
# selection-name和selection-expression是select的两个语句，需用逗号隔开
例如
PyMOL>select bb,name c+o+n+ca
PyMOL>color red,bb
PyMOL>hide lines,bb
PyMOL>show sticks,bb
PyMOL>zoom bb
此例中，selection-expression是属性选择符name，它选择标识符c+o+n+ca完成指定。属性选择符和它的标识符在下面讨论。
命名的原子选择（atom-selections）出现在控制面板的名称列表中，它们被括号括起来以
区别于对象（objects）。控制面板的菜单选项对原子选择和对象是不同的，因为两者的功能有微小的差别。选择是建立在对象下的一组数据的指向，当删除对象，数据就不再可用，任何指向这些数据的选择也都不再可用。但是当删除选择，数据仍然可用。Disable对象是从viewer 显示中删除它，而disable选择仅是关闭viewer中高亮显示选择的粉红点。
原子选择无论命名与否，都能跨越多个对象：
PyMOL>load fc.pdb
PyMOL>load pept.pdb
PyMOL>select alpha_c,name ca #选择包括了两个对象中的原子
PyMOL>color red,name ca
原子选择在分子结构改变后仍然奏效：
PyMOL>load pept.pdb
PyMOL>select bb,name c+n+o+ca
PyMOL>count_atoms bb #bb中数有52个原子
PyMOL>remove resi 5 #从对象中删除残基5中的所有原子
PyMOL>count_atoms bb #现在bb中数有48个原子
原子选择是静态的（static），选择所包含的原子仅仅是选择被定义时刻存在的原子，而不包括其他，即使是在选择范围内后来被载入的原子也不行:
PyMOL>load pept.pdb
PyMOL>select 007,pept #创建选择“007”包括所有的原子
PyMOL>count_atoms 007 #“007”中数有107个原子
PyMOL>h_add #PyMOL在合适的位置加氢
PyMOL>count_atoms 007 #“007”中数有107个原子
PyMOL>count_atoms #而“pept”中却数有200个原子
原子选择能够被后面的原子选择利用：
PyMOL>select bb,name n #选择“bb”包含所有氮原子
PyMOL>select cc,bb or name o #选择“cc”包含所有氮原子和氧原子
注意：逻辑运算符“or”“and”的含义等同于代数中的“或”“且”。
3)单字（single-word）选择符
最简单的selection-expression是单字选择符，这些选择符没有标识符。
单字选择符有缩略形式，一些缩略词后必须跟着圆点或空格，用来界定字符。缩略词和长字符等效，选择你自己喜欢的形式即可：
PyMOL>color blue,all
PyMOL>color blue,* #所有原子变成蓝色
PyMOL>hide hydro
PyMOL>hide h. #所有的氢原子的表示形式被隐藏
PyMOL>show cartoon,hetatm #PDB输入文件中被定义为HETATM的
PyMOL>show cartoon,het #所有原子显示为cartoon
4)属性选择符
PyMOL能够读取PDB,MOL/SDF,Macromodel,ChemPy Model和Tinker XYZ格式的数据文件。这些格式文件的某些数据区允许PyMOL为原子指定属性。根据这些属性，你可以应用属性选择符和标识符对原子进行分组和选择：选择符对应于数据文件的这些数据区，标识符对应于匹配的目标词或目标数字。
在标识符列表中不同的项目仅用“+”连接，不要有空格，连续的选择用“-”连接：PyMOL>select boy,resi 1+2+3 #残基1、2和3被选择
PyMOL>select 007,resi 1-10 #残基1到10被选择
谨记在同一标识符后不可同时出现“+”“-”，如“select bad，resi 1-4+9”。
对于空白数据区，标识符是一对空的双引号：
PyMOL>select blank,ss “”#blank包含非二级结构的所有原子
5)选择代数
通过逻辑运算符的组合，选择更富有精确性或包含性，这些算符即布尔算符包括and，or 和not，它们的含义和代数中的“且”“或”“非”同义。
运算符：
一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程
Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the 4.5.x series.
Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, em acs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate (i.e., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP). Now that the crystal waters are gone and we have verified that all the necessary atoms are present, the PDB file should contain only protein atoms, and is ready to be input into the first GROMACS tool, pdb2gmx. The purpose of pdb2gmx is to generate three files: 1.The topology for the molecule. 2. A position restraint file. 3. A post-processed structure file. The topology (topol.top by default) contains all the information necessary to define the molecule within a simulation. This information includes nonbonded parameters (atom types and charges) as well as bonded parameters (bonds, angles, and dihedrals). We will take a more detailed look at the topology once it has been generated. Execute pdb2gmx by issuing the following command: pdb2gmx -f 1AKI.pdb-o 1AKI_processed.gro-water spce The structure will be processed by pdb2gmx, and you will be prompted to choose a force
APBS教程
目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件（PDB2PQR） 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献 ５.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子 ６.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点
8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例 方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程 这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.sodocs.net/doc/5e6723929.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。 重要信息 注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现，而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。 提示 本教程仍在完善之中，并且会在下一版本的APBS 开 发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。
pymol使用教程
pymol使用教程
简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.sodocs.net/doc/5e6723929.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译
一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程
GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.
GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).
pymol 基本操作
简介&安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 2.然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 3.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia） ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svnpymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install
pymol用法(教程二)
[转载]PyMOL用法（教程二） 基础Pymol命令 这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全： Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录，只需要键入： Pymol> log_close 好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）： Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项
目的名字（如test）： Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。 首先： Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。 使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入： Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： Pymol> label all, chains
最新pymol作图的一个实例
Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action， S：显示这个对象的某种样式， H：隐藏某种样式， L：显示某种label， C：显示的颜色 下面是操作过程： 点击all中的H，选择everything，隐藏所有 点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择 点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体 点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选 择rename selection，窗口中出现，更改sele 为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调 整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键： IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择 red red，把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是
residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键 ，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing 转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改 pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png
pymol 基本操作
简介＆安装 Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py"表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子(molucule）的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧. 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块： ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装： ?Python ?Pmw ?OpenGL driver（我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client（下载源代码需要） 然后下载Pymol的源代码 ＄ mkdir pymol—src ＄ svn co pymol-src 然后进入源代码目录 ＃ cd pymol-src 开始依次编译 ＃ python setup.py install # python setup2。py install
PyMOL Users Manual
4/8/2016PyMOL Users Manual Contents Previous Next Command Syntax and Atom Selections Syntax A typed PyMOL command always starts with a keyword that calls PyMOL to execute an action. It ends with a carriage return ("enter" on your keyboard). The simplest commands consist of a keyword alone. For example, typing quit will end your PyMOL session. The quit command never takes an argument. Many commands have default arguments, so you can type the keyword alone and PyMOL will supply the rest. For example, the default argument to zoom is the selection-expression all: E X A M P L E P y M O L>z o o m#A l l v i s i b l e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e i n c l u d e d i n t h e v i e w. For some keywords, certain arguments are required and others are supplied by default. For example, the keyword color requires one argument, the color-name. As for zoom, the default selection-expression is all: S Y N T A X c o l o r c o l o r-n a m e c o l o r c o l o r-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n E X A M P L E S P y M O L>c o l o r r e d#A l l t h e r e p r e s e n t a t i o n s #a r e c o l o r e d r e d. P y M O L>c o l o r r e d,n a m e c a#O n l y t h e r e p r e s e n t a t i o n s o f #a t o m s n a m e d c-a l p h a a r e c o l o r e d r e d. When you type a command that has more than one argument, color color-name, selection-expression in this case, a comma must separate the arguments. Selection-expression s are an essential type of keyword argument. They can be simple or complex, with several different kinds of syntax. Selection-expressions Selection-expression s stand for lists of atoms in arguments that are subject to PyMOL commands. You can name the selections to facilitate their re-use, or you can specify them anonymously (without names). Object and selection names may include the upper or lower case characters A/a to Z/z, numerals 0 to 9, and the underscore character (_). Characters to avoid include: !@#$%^&*()'"[]{}\|~`<>.?/ Selection-expression s describe the class of atoms you are referencing. Most of them require identi?ers to complete the speci?cation. For example, the selector resi references biopolymer residues by sequence number, and the identi?er gives the number. The selector name references atoms according to the names described in the PDB, and the identi?er gives the name (ca for alpha carbons, cb for beta carbons, etc). A handful of selection-expression s don't require identi?ers, but most do. PyMOL uses several logical operators to increase the generality or speci?city of selection-expression s. Logical combinations of selectors can get complex, so PyMOL accepts short forms and macros that express them with a minimum of keystrokes. This section describes named-selections, and then gives the syntax for making selections in a progression from simple one-word selectors to complex combinations of selectors, using macros and short forms. Named Atom Selections Atom selections can be named for repeated use by using the select command: S Y N T A X s e l e c t s e l e c t i o n-n a m e,s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #T h e s e l e c t i o n-n a m e a n d #t h e s e l e c t i o n-e x p r e s s i o n #a r e b o t h a r g u m e n t s t o s e l e c t #s o t h e y a r e s e p a r a t e d b y a c o m m a. E X A M P L E P y M O L>s e l e c t b b,n a m e c+o+n+c a#C r e a t e a n a t o m s e l e c t i o n n a m e d"b b" #i n c l u d i n g a l l a t o m s n a m e d #"C","O","N",o r"C A"; P y M O L>c o l o r r e d,b b#c o l o r t h e s e l e c t i o n r e d, P y M O L>h i d e l i n e s,b b#h i d e t h e l i n e r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>s h o w s t i c k s,b b#s h o w i t u s i n g t h e s t i c k r e p r e s e n t a t i o n, P y M O L>z o o m b b#a n d z o o m i n o n i t. In this case, the selection-expression is the property selector name, which takes the list of identi?ers ca+c+n+o to complete the speci?cation. Property selectors and their identi?ers are discussed below. Named atom selections appear in the PyMOL names list in the control panel. They are distinguished from objects by a surrounding set of parentheses. The control panel options available under the diamond menu differ between objects and atom-selections, because objects and named selections play slightly different roles in PyMOL. Named selections are pointers to subsets of data that are found under an object name. After an object is deleted, the data are no longer available, unless you reload the object. Any named selections that refer to atoms in that object will no longer work. But when named selections are deleted, the data are still available under the object name. Disabling objects eliminates them from the viewer, but disabling named-selections just turns off the pink dots that highlight them in the viewer. Atom-selections, named or not, can span multiple objects: E X A M P L E https://www.sodocs.net/doc/5e6723929.html,/newman/user/S0220commands.html1/6
(word完整版)pymol教程
PyMOL用户指南 目录 一、鼠标操作入门4(这个数字是超链接，ctrl+左键) 1.启动4 1)通过鼠标4 2)通过命令行4 2.PyMOL窗口4 1)Virewer窗口4 2)外部GUI窗口5 3.下载PDB文件5 4.操控视图6 1)基本鼠标控制6 2)虚拟滚动球旋转7 3)移动截面7 4)改变旋转中心点8 5)简单回顾9 二、命令行操作入门9 1.记录结果9 2.载入数据9 3.操控对象（Object）10 1)原子选择11 2)对象和选择的着色12 3)对象和选择的on/off13 4.改变视点13 5.保存工作14 1)脚本和日志文件14 2)图像文件15 3)会话文件16 6.命令行快捷键16 1)用TAB键完成命令16 2)用TAB键完成文件名17 7.其他命令和帮助17 注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示
三、命令句法和原子选择18 1.语法18 1)选择表达18 2)原子选择命名19 3)单字选择符 4)属性选择符20 5)选择代数22 6)宏指令23 2.从PyMOL中读取Python 24 四、卡通表示25 1.背景25 1)可达性25 2)美化和精确26 2.定制化28 1)卡通类型28 2)精美螺旋31 3.二级结构归属32 五、光线追踪33 1.重要设置33 2.保存图片34 六、立体效果34 1.支持的立体模式34 2.制作立体图片34 3.相关命令34 七、动画35 1.概念35 2.重要命令35 1)Load 2)Mset 3)Mdo 4)Mmatrix 3.简单举例36 4.复杂举例36 5.预览ray-traced动画图片37 1)Cache_frames
Gromacs教程II-MD结果分析
Gromacs 中文教程（II）：结果分析 淮海一粟 MD结果分析 模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。 注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件： ?topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； ?confout.gro: 结构稳健，包含最后一步的坐标和速度； ?traj.trr: 全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力 ?traj.xtc: 压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001 nm)的坐标信息； ?ener.edr: 随时间变化的有关能量数据 ?md.log: 模拟过程的日志 附注：许多分析工具都能生成.xvg文件。这些文件能用xmgr或xmgrace查看，也可用python脚本程序xvg2ascii.py在终端显示出来。 Each group writes one report. For general questions a single answer should be given in the report. Questions specific to each simulation should be given in table, indicated with ( T ). Answers to questions from one section should be combined in a single table if possible. 先检查一下结果 在开始分析前，要确定模拟是否正确地完成。有很多原因会导致模拟中断，尤其是与力场和系统平衡不充分引起的问题。为了检查模拟是否正确完成，运行gmxcheck程序： gmxcheck -f traj.xtc 看看是否执行了10纳秒的模拟。 ==Q== How many frames are in the trajectory file and what is the time resolution? ( T )
pymol 基本操作
简介&安装 Pymol就是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别就是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一就是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则就是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还就是可以免费下载,供使用者编译。如果您与我一样,不想为此花钱的话: 1.如果您就是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 2.如果您就是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的就是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup、py install # python setup2、py install
pymol做图简单教程
1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会 把几个ligand当作一个 2.Merge后export structure,存成pdb格式 3.在pymol中打开.pdb 4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename Rename这个ligand,这里命名为lig 5.选all,H(hide)everthing 6.选lig，S(show)sticks 7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon 8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element
2j50选white 9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了
10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为
这里面点不准） Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为by element 11.再选display，将background改成white 12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residues
https://www.sodocs.net/doc/5e6723929.html,bel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了 12.大体已经完成了,再进行一些修饰
Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小