搜档网
当前位置:搜档网 › pymol 基本操作

pymol 基本操作

pymol 基本操作
pymol 基本操作

简介&安装

Pymol就是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子(特别就是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一就是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则就是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还就是可以免费下载,供使用者编译。如果您与我一样,不想为此花钱的话:

1.如果您就是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。

然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块:

?C++ (gcc or g++ package name)

?Python

?OpenGL

?PNG

然后在源代码目录里面依次运行:

2.如果您就是Linux用户,首先确保以下东东已安装:

?Python

?Pmw

?OpenGL driver(我用的就是NVdia)

?libpng

?Subversion client(下载源代码需要)

然后下载Pymol的源代码

$ mkdir pymol-src

$ svn co pymol-src

然后进入源代码目录

# cd pymol-src

开始依次编译

# python setup、py install

# python setup2、py install

拷贝执行脚本到某个$PATH,安装就搞定了

# cp 、/pymol /usr/bin

如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw",那么您应该运行

# python setup2、py install pmw

如果您在使用Gentoo,请确保编译python时添加了tcl/tk支持,否则运行就是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"

# USE="tcl tk" emerge python

好了,下面我们就可以进入Pymol的世界了。

基本的鼠标操作

里主要介绍一下Pymol的基本操作,包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。

当您打开Pymol后,您将会瞧到如下图所示的界面:

该界面分为2窗口,上面的外部GUI窗口(External GUI)与下面的Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块,左边用来显示结构图像的(Viewer),右边则就是一个内部GUI窗口(Internal GUI)。Viewer自身包含一个命令行(如图中左下方的PyMOL>提示符),可以用来输入Pymol命令;在Inernal GUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意,标准的“复制、剪切与粘贴”操作只能在External GUI中完成,并且必须使用“Ctrl+C、Ctrl+X以及Ctrl+V”来完成,这也就是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。加载文件,有二种方法:

1.在External GUI中选择File - Open

2.使用命令行:

load <>

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the 4.5.x series.

Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, em acs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate (i.e., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP). Now that the crystal waters are gone and we have verified that all the necessary atoms are present, the PDB file should contain only protein atoms, and is ready to be input into the first GROMACS tool, pdb2gmx. The purpose of pdb2gmx is to generate three files: 1.The topology for the molecule. 2. A position restraint file. 3. A post-processed structure file. The topology (topol.top by default) contains all the information necessary to define the molecule within a simulation. This information includes nonbonded parameters (atom types and charges) as well as bonded parameters (bonds, angles, and dihedrals). We will take a more detailed look at the topology once it has been generated. Execute pdb2gmx by issuing the following command: pdb2gmx -f 1AKI.pdb-o 1AKI_processed.gro-water spce The structure will be processed by pdb2gmx, and you will be prompted to choose a force

中控系统操作规程及注意事项正式版

Guide operators to deal with the process of things, and require them to be familiar with the details of safety technology and be able to complete things after special training.中控系统操作规程及注意 事项正式版

中控系统操作规程及注意事项正式版 下载提示:此操作规程资料适用于指导操作人员处理某件事情的流程和主要的行动方向,并要求参加 施工的人员,熟知本工种的安全技术细节和经过专门训练,合格的情况下完成列表中的每个操作事 项。文档可以直接使用,也可根据实际需要修订后使用。 一、操作规程 中控室采用一台IBM计算机和PLC站进行数据交换,显示现场的状态和数据。 1、先开显示器,再开主机,开机后系统直接进入Window2000操作系统。 2、双击桌面上“广饶康达环保水务有限公司中控系统”图标,系统进入泉州宝洲污水处理厂中控系统操作画面,此为登陆画面,点击“登陆”按钮,在User和Password里都输入“1”,点击“OK”,就自动返回登陆界面,然后直接点击“进入”按钮,系统就进入主参数画面。

3、主参数表一显示二期生物池、污泥泵房、二沉池设备操作块按钮及DO、MLSS 等参数,画面左下角为红色菜单按钮,中间为报警信息,右下角为时间信息。 4、点击菜单按钮,选择主参数表二,画面显示为二期曝气沉砂池设备操作块按钮及二期进水流量信息,下面信息跟主参数表一一样。 5、点击菜单按钮,选择工艺流程图,画面显示的为宝洲污水厂的工艺流程图信息。 6、点击菜单按钮,选择厂区总图,画面显示为二期的厂区构筑物布置图,点击相应的构筑物可进入该构筑物相应设备的控制画面。

APBS教程

目录 1.怎样阅读教程 2.怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR格式 2.2XML格式 2.3由PDB文件生成PQR文件(PDB2PQR) 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1极性溶剂化 4.2非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1溶剂化能对结合的贡献 5.2包括库仑力贡献 5.3不行!配体没有设置参数 5.4一个配体结合的例子 6.怎样计算溶剂化力 7.怎样计算PKa? 7.1概况 7.2介绍 7.3应用于溶菌酶 8.我的计算需要的内存太大了! 8.1并行计算:一个例子 8.2异步时序计算 9.如何将APBS用于分子动力学软件(MM/PBSA等)? 10.怎样通过网络运行APBS?(Gemstone) 10.1得到Gemstone 10.2用PDB2PQR来准备结构 10.3用APBS进行静电计算 11.更多例子…… 12.所有这些没有回答我的问题-…… 图像清单 3.1 .弓形阻遏物的等势线(在VMD中) 3.2.弓形阻遏物表面势能(在VMD中) 3.3.FAS2静电势能等势线(+/- KT/e)(在PyMOL中) 3. 4.FAS2静电表面势能(+/- 5KT/e)(在PyMOL中) 3. 5.全溶剂化能循环 5.1. 结合自由能循环 7.1. pK a摄动自由能循环原理图 7.2. HEWL活性位点

8.1.并行计算得到的肌动蛋白二聚体等势线 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算 10.2. Gemstone APBS/Calculation 屏幕 10.3. Gemstone APBS/Grid屏幕 10.4. Gemstone APBS/Physics屏幕 10.5. Gemstone APBS/File I/O屏幕 10.6. Gemstone APBS/Calculation屏幕(运行完成) 表格清单 7.1. 常见可滴定基团的模型氨基酸pKa 值; 数据来自Nielsen et al (见注脚) List of Examples 4.1. 玻恩离子PQR 4.2.玻恩输入文件示例 方程式清单 4.1. 玻恩离子极性溶剂化能 5.1. 结合自由能方程 5.2. 溶剂化对结合自由能的贡献 5.3. 库仑力对结合自由能的贡献 5.4. 结合自由能 7.1. 酸解离自由能 7.2. 迁移自由能 Chapter 1.怎样阅读教程 这本教程是以"怎样做"的形式设计的,使读者能熟悉使用APBS进行静电计算。读者需要最新版本的APBS((https://www.sodocs.net/doc/4710493119.html,)来演示本教程中提供的实例。需要的其他文件列在Individual section里。 重要信息 注意本教程中的许多实例操作也可以通过网络Gemstone实现,而不需要在本地装载APBS 软件。更多信息见Chapter 10, 怎样通过网络运行APBS ? (Gemstone) 。 提示 本教程仍在完善之中,并且会在下一版本的APBS 开 发出之前完成。未完成部分涵盖的许多课题在APBS 实例目录中有所展示。

pymol使用教程

pymol使用教程

简介&安装 Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1.如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 2.如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co https://https://www.sodocs.net/doc/4710493119.html,/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译

一个使用gromacs进行蛋白质模拟的入门教程

GROMACS Tutorial Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using typical settings for general use. This tutorial assumes you are using a GROMACS version in the series.

GROMACS Tutorial Step One: Prepare the Topology We must download the protein structure file we will be working with. For this tutorial, we will utilize hen egg white lysozyme (PDB code 1AKI). Go to the RCSB website and download the PDB text for the crystal structure. Once you have downloaded the structure, you can visualize the structure using a viewing program such as VMD, Chimera, PyMOL, etc. Once you've had a look at the molecule, you are going to want to strip out the crystal waters. Use a plain text editor like vi, emacs (Linux/Mac), or Notepad (Windows). Do not use word processing software! Delete the lines corresponding to these molecules (residue "HOH" in the PDB file). Note that such a procedure is not universally appropriate ., the case of a bound active site water molecule). For our intentions here, we do not need crystal water. Always check your .pdb file for entries listed under the comment MISSING, as these entries indicate either atoms or whole residues that are not present in the crystal structure. Terminal regions may be absent, and may not present a problem for dynamics. Incomplete internal sequences or any amino acid residues that have missing atoms will cause pdb2gmx to fail. These missing atoms/residues must be modeled in using other software packages. Also note that pdb2gmx is not magic. It cannot generate topologies for arbitrary molecules, just the residues defined by the force field (in the *.rtp files - generally proteins, nucleic acids, and a very finite amount of cofactors, like NAD(H) and ATP).

中控系统操作手册

中控系统操作手册 前言 会议系统为集成度高且设备集中的一个弱电子系统,为保证此系统能长时间、稳定运行及请用户单位指派专门管理人员及操作人员进行管理和操作,非相关操作人员禁止动用会议室设备(包括各种遥控器),操作人员请严格遵守以下操作流程进行操作,以免误操作而影响整个会议系统的稳定性,甚至导致设备损坏。 详细操作说明如下: 第一部分:3楼外事会议室操作说明 ` (1号和2号外事会议室和新闻发布中心设备操作一样,下面以1号外事会议室为例说 明) 操作流程 第一步:进入设备间,检查调音台推子是否都拉到最底端,如没在最底端,请全部拉到最底端;然后开启系统电源(中控电源、时序控制器电源、强电控制模块电源及其 它电源)用触摸屏开启系统,点击触摸屏起始页,所有设备即可自行按顺序打开。 系统开启后说明:机柜内所有设备电源开启,投影机供电。。。 · 第二步:检查机柜内设备及调音台的电源开关是否打开,若没打开请手动开启。判断开启与否请通过设备指示灯观察。 第三步:根据实际会议内容需求,通过触摸屏依次开启相应的设备、切换相应的信号(详见“、ST-7600C触摸屏的操作”)推起调音台推子。 注:1、触摸屏方向请指向机房,保证最佳的接收信号 第四步:当会议结束,离开操作间时,首先将调音台推至最底端,然后通过触摸屏关闭系统,待时序电源关闭(关闭系统后3分钟)后方可关闭机房,然后离开。 注:1、中控主机及继电器模块无需关闭,请保持常供电状态 ~ 注:1、开启系统前,确保调音台推子拉到最下面,以免造成设备损伤甚至烧毁。 2、音频信号处理设备,如:调音台,均衡器等设备的相关设置已经调试完毕。如无特 殊需求,请勿随意调整原设备的设置,以免影响会议系统的声效。

pymol 基本操作

简介&安装 Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1.如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 2.然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 3.如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol-src $ svnpymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install

中控系统软件介绍

中控系统 中控系统设备 1)快思聪主机 2)网连网主机两台 3)Clearone TH20两台 4)TAINET 2908网关 5)大触屏 6)小触屏 7)无线路由 8)红外主机 9)调音主机两台 10)电源模块三台 中控控制设备IP表:

网连网主机2端口分配: 红外主机: 1决策室电视左 2决策室电视右 3指挥终端 4会议终端 有线电话内线号码:5111 无线路由: 无线路由管理员密码修改:在IE浏览器中输入路由器的IP地址,按提示输入用户名、密码,登录成功,依次展开“Management”,→“Password”,在“Password Setup”页面输入要修改的用户名、新密码及确认密码,单击“Apply Changes”,保存配置,单击“Reset”,重启生效。

修改无线路由连接密钥:依次展开“Wireless ”,→“Security ”,打开“Wireless Security Setup ”页面,找到“Pre-Shared Key:”项,输入要修改的密钥,单击“Apply Changes ”,保存配置,单击 “Reset ”,重启生效。

软件操作使用手册 大触屏主要功能:大厅控制、图控室控制、电源控制、电话控制、摄像头控制、红外控制、视频矩阵控制、RGB矩阵控制 大屏软件主界面

大厅控制:控制指挥中心大厅DLP大屏、欧帝液晶电视、大小会议室电视、决策室电视、终端切换图像、并控制道路摄像头的推拉摇移。 大厅控制主界面

使用方法:单击对应的显示设备、信号源,实现图像切换。(单击显示设备,显示设备底色变为白色。单击信号源按钮,按钮显示凹下去。) 如:切换大厅左侧液晶1信号为“江苏大厦红绿灯” 步骤一:单击左侧液晶1,如图所示 步骤二:单击信号源“江苏大厦红绿灯”,如图所示 步骤三:图像切换成功,如图所示 此时可以使用“街道信号控制器”,控制“江苏大厦红绿灯”摄像头的推拉摇移。(注:“街道信号控制器”仅支持“云台摄像头”。) 终端图像切换 如:将DLP2屏图像切换为“会议终端”,显示信号为“大厅地插2” 步骤一:单击DLP2,如图所示

中控系统

随着城市建设的不断完善,各种展示人文、历史、城市发展的规划、展示馆、博物馆更趋现代化、智能化和人性化。 一个现代化的展览馆要形象直观的向观众展示相关展品,通常会同时运用声、光、电等多种手段来烘托效果,也就是说,几乎每一件展品都包含了显示、照明、效果灯光、音响及其他一些机械动作,这些多媒体效果的体现,大部分是依靠投影机、LED、电脑摇头灯、染色灯、成像灯和喇叭等设备共同完成的。 一个上规模展览馆,通常会有多个展区,而每个展区又分为多个版块,总体面积达到好几千平方,这样算下来,一个城市规划展览馆就会有几十甚至上百件多媒体展品,要同时控制这么多的设备,让所有的多媒体装备都能听从操作人员或者讲解员的指令,全凭单个设备的手动操作简直就是天方夜谭。另外,从环保的角度来考虑,整个展览馆的设备同时开启的时候,用电量也大得惊人,在能源紧缺的当今,如果某个展区暂时没有游客参观而任凭所有的设备在那里唱唱跳跳,也实在是一件非常不环保的事,但是要工作人员随时守在各个展位前面开关设备对人力资源更是极大的浪费,最好是让设备能够"聪明"起来,做到"人来即开、人走即关",这样才能体现出现代化和智能化的科技发展趋势。 多媒体设备智能控制的实现 要实现上述的功能,我们就需要有很多聪明的投影机、聪明的LED、聪明的电脑摇头灯、染色灯、成像灯和聪明的喇叭等等多媒体设备,那如何将这些原本毫不相干的设备联合在一起实现集中控制和智能模糊控制呢?又如何在一个多楼层的展馆中实现无线触摸屏的整体跨楼层控制呢?首先,中控系统主机包含多种控制接口:RS232、RS485、红外和IO。常用的多媒体设备一般都可以通过这些途径来获得控制。另外,中控主机可以接驳多种周边控制设备,如电源管理器、调光器、DXM512灯光重演器、数字音频处理器等等,有了这些周边控制设备,中控就可以轻松地控制灯光及设备电源的开关、电脑摇头灯的各种变光摆动、多通道音频信号的切换及调节音量大小。当外围设备较多或者楼层跨度较大时,通常在每一个楼层都放置一台中控主机,主机与主机之间通过双向RS232互相连接,这样即使控制距离超过了无线触摸屏的控制范围,我们的智能中控主机也可以轻松应对。 通常在一个高度现代化和自动化的展览馆里,我们力求对受控设备实现无人值守的完美控制。首先,系统指定时间对某些特定的照明、图标进行定时开关,开馆时间提供常规照明和标志、铭牌的指示,闭馆期间提供基本通道的照明。其次,一般的展览设备可以对一些长期开机的设备如服务器进行定时重启。另外根据实际的需求,可以做到人来即开、人走即关等等多种多样的实用效果,比如在一个大型城市仿真模型上方,当讲解员在边上讲解时,需要调暗整体照明灯光、聚光灯适时的照亮某一个区域,大屏幕同时播放相关的视频片段,背景音乐声减小。当讲解员介绍完毕由观众自由参观时,需要打开整体照明,关闭聚光灯指示、增大背景音乐,大屏幕同时播放总体介绍的视频片段。这一系列动作可以由讲解员或操作人员通过便携的手持无线触摸屏进行一键操作,方便快捷并且大大节约了操作成本。另外,有一些小型的展板,在上方安装红外感应器,通过对人流量的检测,中控主机对当前状况进行判断,即有人经过还是驻足停留,行人经过时仅开启展板的照明灯光,当观众在前面停留参观时开启大屏幕开始播放介绍短片。当观众离开,所有的设备经过预定的时间以后又会自动关闭,仅保持基本的照明灯光。有了这样的效果,整个展览馆才能真正的体现出我们的城市向现代化发展大步迈进的信号。 聚创新一代中控系统(JCJK-2012U型)在展览馆中的完美应用 深圳聚创有着多种大型展览馆的多媒体中控系统的设计和施工经验,通过新一代中控系统(JCJK-2012U型)中央控制主机和无线Wi-Fi ipad或安卓系统平板电脑,有效地克服了多媒体展厅中空间大、区域多、形状不规则而引起的控制信号不稳定等无线射频中控系统经常出现的问题,通过编程,全新的JCJK-2012U型中控可以达到跨楼层、跨主机超远程控制的

pymol用法(教程二)

[转载]PyMOL用法(教程二) 基础Pymol命令 这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux 一样,要想更好的操作Pymol,掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写,所以记住,所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Pymol来完成一个项目时,你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令,以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到,该文件的后缀名应为.pml,记住,Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全: Pymol> log_open log-file-name.pml 如果你想终止记录,只需要键入: Pymol> log_close 好了,现在载入pdb文件(继续前用的pdb文件): Pymol> load 2vlo.pdb 现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象,你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项

目的名字(如test): Pymol> load 2vlo.pdb, test 下面说说如何来操作你新建的对象。 首先: Pymol> show representation Pymol> hide representation 其中representation可以为:cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。 使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。 例如当我们键入: Pymol> hide lines Pymol> show ribbon 我们将得到如下结果:也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子,只是方向不同而已,那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢?首先输入如下命令: Pymol> label all, chains

浙大中控DCS系统操作规程

规程编号:KF-HD-CYJSB-*** 版本号:2013-9 受控号: 浙大中控DCS系统 操 作 规 程 实施日期:二零一三年九月 发布单位:开发事业部哈得作业区

目录 一、使用范围和编制依据 二、管辖范围 三、系统介绍 四、主要技术参数 五、风险及控制措施 六、装置介绍 (一)浙大中控JX-300XP集散控制系统 七、操作规定 (一)浙大中控自控系统监控操作 八、注意事项 浙大中控DCS系统操作规程 一、使用范围和编制依据 本规程适用于哈得作业区DCS系统正常维护和操作管理。 本规程依据浙大中控JX-300X DCS系统操作维护手册编制。 二、管辖范围 哈一联、哈四联、天然气站主控室。

三、系统介绍 1、DCS系统由硬件系统和软件系统两部分组成 1)系统硬件 哈四联系统由三个操作站(其中一个兼作工程师站)和3个控制站构成。 哈一联系统由四个操作站(其中一个兼作工程师站)和3个控制站构成。 天然气站系统由三个操作站(其中两个兼作工程师站)和一个控制站构成。 本规程所涉及的操作均在操作站上实现,具体的硬件构成参见相关技术资料。 2)系统软件 系统的所有操作均在Advantrol软件下实现,具体的Advantrol操作参见相关技术手册。 四、主要技术参数 1、浙大中控DCS系统 五、风险及控制措施 六、装置介绍 东河天然气站设计为日处理量22.5万方天然气处理站,配备了一套独立的浙大中控JX-300XP自动化监控系统,本系统由硬件、通讯网络、操作

站计算机、监控软件等组成。 JX-300XP 系统硬件 1、 机柜 天然气站仪控室有I/O 卡件机柜两套,哈四联机柜间有I/O 卡件机柜五套,哈一联机柜间有I/O 卡件机柜五套。 2、 系统软件 系统的所有操作均在Advantrol 软件下实现,具体的Advantrol 操作参见相关 从服务器 主服务器监控机 现场仪器仪 表 现场仪器仪 表

中控操作基本知识一资料

中控操作基本知识一、填空题:1、我公司充气梁篦冷机余热回收的主要用途()、()、()。 2、分解炉内燃料的燃烧方式为()和(),传热方式为()为主。 3、篦式冷却机的篦床传动主要由()和()两种方式。 4、熟料中Cao经高温煅烧后一部分不能完全化合,而是以()形式存在,这种经高温煅烧后不能完全化合的Cao是熟料()不良的主要因至素。 5、旋窑生产用煤时,为了控制火焰的形状和高温带长度,要求煤具有较高的()和(),以用()为宜。 6、熟料急冷主要是防止()矿物在多晶转变中产生不利的晶体转变。 7、我公司篦冷机一段熟料料层一般控制在(),冷却机热回收效率能够达到()。 8、煤灰的掺入,会使熟料的饱和比(),硅率(),铝率()。 9、与传统的湿法、半干法水泥生产相比,新型干法水泥生产具有()、()、()、()、()和()的方大保证体系。10、旋风筒的作用主要是(),传热只完成()。11、在故障停窑时,降温一定要控制好,一般都采用()保温,时间较长时,其降温的速率不要超过(),以免造成耐火材料的爆裂。12、轮带滑移量是反映()与()的相对位移。13、我公司燃烧器为()燃烧器,其中中心风的作用为()、()、()。14、篦冷机的规格为(),篦床面积为()。15、预热器采用高效低压损大锅壳结构的旋风筒,其目的为()、()、()、()。16、预热器一般分为()预热器和()预热器。17、影响物料在预热器旋风筒内预热的因素①()、②()。18、旋风筒的级数较多,预热器出口温度越(),即()越小。19、一级旋风筒的最大目的是①()②()。20、分解炉一般分为()分解炉和()分解炉。21、饱和比的高低,反映了熟料中()含量的高低,也即生料中()含量的高低。22、硅锌酸率的大小,反映了熟料中能形成()的多少,也即在煅烧时()的多少。23、新型干法线均化链的组成()、()、()、()、()。24、正常火焰的温度通过钴玻璃看到:最高温度处火焰发(),两边呈()。25、预分解窑熟料煅烧过程大致可以分为()、()、()三个主要过程。26、()和()的合理配置是降低煤耗的主要措施之一。27、可以通过改变磨擦系数和调整()来控制筒体的上下窜动。28、分解炉是由()、

最新pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb文件3ODU.pdb 打开文件 pymol右侧 All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)是选择的对象 按钮A:代表对这个对象的各种action, S:显示这个对象的某种样式, H:隐藏某种样式, L:显示某种label, C:显示的颜色 下面是操作过程: 点击all中的H,选择everything,隐藏所有 点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色,选择 点击右下角的S,窗口上面出现蛋白质氨基酸序列,找到1164位ITD,是配体 点击选择ITD ,此时sele中就包含ITD这个残基,点击(sele)行的A,选 择rename selection,窗口中出现,更改sele 为IDT,点击(IDT)行的S选择sticks,点击C,选择by element,选择,,调 整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键: IDT行点击A 选择find,选择polar contacts,再根据需要选择,这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线,IDT行下面出现了新的一行,这就是氢键的对象,点击这一行的C,选择 red red,把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT形成氢键的残基 点击3ODU行的S,选择lines,显示出所有残基的侧链,使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基,分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是

residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基(sele)改名为s1。点击S1行的S选择sticks,C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基,另一个找不到,这是因为这个氢键可能是与水分子形成的,水分子在pdb文件中只用一个O表示,sticks显示方式没有显示出来水分子,点击all行S选择nonbonded,此时就看到一个水与N形成氢键 ,点击分子空白处,然后点击选择这个水分子,更改它的名字为w。在all 行点击H,选择lines,在选择nonbonded,把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s 选择nb-spheres. 到目前为止已经差不多了 下面是一些细节的调整 残基名称位置的调整:点击右下角是3-button viewing 转变为3-button viewing editing,这样就可以编辑修改 pdb文件了,咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label,鼠标拖拽到适合的部位,是显示更清晰。 然后调整视角方向直到显示满意为止,这时就可以保存图片了,file>>save image as>>png

中控考勤5.0系统操作说明书

1 中控考勤系统操作说明书 一、部门设置 1、点击系统界面左侧一栏【部门表】 2、在新界面选定【总公司】单击【新设部门】 3、在打开的对话框里面输入要设置的部门。点击确认 4、按照步骤2-3设置其他部门

2 二、员工入职录入 1、在系统界面上侧打开【人员维护】 2.在新打开对话框选定员工所在部门,点击【增加按钮】 3、在新打开页面输入员工信息,并记录该员工考勤号码 4、凭系统中刚输入的该员工考勤号码到其部门考勤机录入指纹即可。 三、排班设置 为了方便进行考勤数据统计分析,需要对员工上下班时间,打卡时间进行设置,也就是班次设置。因每个部门上班时间不同,需要进行早晚班三个班次设置。现以早班为例进行班次设置并进行人员排班。 1、首先进行上下班时间段设置,在考勤系统界面左下角单击【时间段维护】

3 2、在新打开界面输入时间段信息,输入完毕后,点击保存。 3、再次点击【增加】按钮进行设置下午早班,晚上早班,周三早班、周六早班(因公司周三、周六晚班下班时间不同,所以稍微麻烦) 4、输入完成后,如下图: 5、按照1-3的步骤可进行晚班、正常班的时间段设置。然后进行班次管理 6、回至考勤系统界面,点击右下角【班次管理】 7、在新开界面,单击【新增班次】—【修改】输入班次信息—【保存】

8、点击下方【增加时间段】按钮 9、进行周一周二周四周五周天上午、下午、晚上时间段设置,去掉周三、周 六前面的√,选定上午早班、下午早班、晚上早班并点击【确认】。如图: 4 10、点击【增加时间段】添加周三时间段,去掉周一周二周四周五周六 周天前面的√,选定上午早班、下午早班、周三早班时间段,并点击【确认】

pymol 基本操作

简介&安装 Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源:“Py"表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要,本人正在学习该软件,在这里把学习过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧. 自2006年8月1日起,DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。目前,只有付费用户可以取得.不过源代码目前还是可以免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话: 1.如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。 然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块: ?C++ (gcc or g++ package name) ?Python ?OpenGL ?PNG 然后在源代码目录里面依次运行: 2.如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装: ?Python ?Pmw ?OpenGL driver(我用的是NVdia) ?libpng ?Subversion client(下载源代码需要) 然后下载Pymol的源代码 $ mkdir pymol—src $ svn co pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install # python setup2。py install

中控系统

讯维有全系列的中控系统产品,包括:会议室中控系统、电教室中控系统、无线触摸屏等。常规型号可以随时提货,特殊需求可以提前预定!讯维会尽全力为您提供准确、全面的信息,图片仅供参考,请以实物为准。 一、中控系统简介: 中控系统是指对声、光、电等各种设备进行集中控制的设备。它应用于多媒体教室、多功能会议厅、指挥控制中心、智能化家庭等,用户可用按钮式控制面板、计算机显示器、触摸屏和无线遥控等设备,通过计算机和中央控制系统软件控制投影机、展示台、影碟机、录像机、卡座、功放、话筒、计算机、笔记本、电动屏幕、电动窗帘、灯光等设备。 中控系统的产生 中控系统连接图 随着社会的不断发展,信息交流和沟通也就变得越来越频繁,越来越重要。各种视听设备、投影设备,会议系统等开始进入各行各业。会议室、电化教学室等,已经不是以前的一张讲台一张椅子一个话筒了,取而代之的是各种先进的多媒体会议及教学设备。如:投影机、影碟机、录像机、视频展示台、多媒体电脑、电动屏幕,一些大型会议室还配备了同声传译系统、电子表决系统、大屏幕投影、多画面切换系统等。多种设备的使用必定带来烦杂的设备操作。如:要打开多种设备电源,要关闭灯光,要频频切换各种音视频信号,要不断

切换投影画面.....等等。在这种情况下,一种能够集中管理这些设备,并能同时控制会议室、教室各种资源的“中央控制系统”设备便应运而生。 中央控制系统定义 中央控制系统是指对声、光、电等各种设备进行集中控制的设备。 中控系统对灯光的控制 当把几个独立的中央控制系统相互连接起来,就可构成网络化的中央控制系统,可实现资源共享、影音互传和相互监控。协同控制计算机、影碟机、录像机、视频展台等现代视听设备,并集中控制电动窗帘、灯光、幕布等设备,通过大屏幕投影,营造出一个高清晰、高保真、受控声光背景的现代化多媒体视听教学环境。适合学校进行多媒体教学、课件教学、专题演讲、报告会、演示等[2]。 中央控制系统的构成 作为一个系统中央控制系统一般由四部分组成:1. 用户界面;2.中央控制主机;3.各类控制接口;4.受控设备。 中控系统周边组成设备(5张) 具体又可分为以下几个模块: ·音视频切换模块 · VGA电脑信号切换模块 ·红外学习及发射模块 ·设备电源管理模块 ·电动屏幕控制模块 ·音色、音量处理模块

相关主题