Blast软件的详细使用方法

Blast软件的详细使用方法

blastall -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10

解释如下：

blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字！(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助，但是英文的)

-p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸blastp 是蛋白质对蛋白质序列等等，一共5个自程序。

-i: i 是input的简写，意思是输入文件，就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式）-d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb)

-o: o是output的简写，意思是结果文件名字，这个根据你自己的习惯起名字，可以带路径，(上边两个参数-i -d 也都可以带路径)

*注意以上4个参数是必须的，缺一不可，下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数，如果你不加也没有关系，blastall程序本身会给一个默认值！

-a: 是指计算时要用的CPU个数，我的机器有两个CPU，所以用-a 2，这样可以并行化进行计算，提高速度，当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数，系统默认值为1,就是一个CPU

-F: 是filter的简写，blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调，默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项，T/F T就是ture,真，你可以理解为打开该功能; F就是false，假，理解为关闭该功能)

-T: 是HTML的简写，是指blast结果文件是否用HTML格式，默认是F!如果你想用IE看，我建议用-T T

-e: 是Expectation value，期望值，默认是10，我用的10-10！

BLASTALL 用法

a.格式化序列数据库

格式化序列数据库——formatdb

formatdb简单介绍:

formatdb处理的都是格式为ASN.1和FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。

formatdb命令行参数:

formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍，

主要参数的说明:

-i 输入需要格式化的源数据库名称Optional

-p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库

T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T

-a 输入数据库的格式是ASN.1（否则是FASTA）

T - True, F - False. [T/F] Optional default = F

-o 解析选项

T - True: 解析序列标识并且建立目录

F - False: 与上相反

[T/F] Optional default = F命令示例:

formatdb -i ecoli.nt -p F -o T运行此命令就会在当前目录下产生用于BLAST搜索的7个文件，一旦如上的formatdb命令执行完毕，就不再需要ecoli.nt，可以移除。此时，blastall可以直接使用。

b.Blastall常用参数简析

-p Program Name [String]

所用程序名称[String]，用户可以根据需要从blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx中任选一程序。

-d Database [String] default = nr

所用序列数据库的名称[String]，默认为：nr

-i Query File [File In] default = stdin

所用查询序列文件[File In]，默认为：stdin，本文例为test.txt

-e Expectation value (E) [Real] default = 10.0

期望值[Real] 默认为10.0 描述搜索某一特定数据库时，随机出现的匹配序列数目。

-m alignment view options: 比对显示选项，其具体的说明可以用以下的比对实例说明

0 = pairwise,显示具体匹配信息（缺省）

1 = query-anchored showing identities,查询-比上区域，显示一致性

2 = query-anchored no identities,查询-比上区域，不显示一致性

3 = flat query-anchored, show identities,查询-比上区域的屏文形式，显示一致性

4 = flat query-anchored, no identities,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性

5 = query-anchored no identities and blunt ends,查询-比上区域，不显示一致性，无突然的结束

6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性

7 = XML Blast output,XML格式的输出

8 = tabular,TAB格式的输出

9 =tabular with comment lines,带注释行的TAB格式的输出

10 =ASN, text,文本方式的ASN格式输出

11 =ASN, binary [Integer] default = 0,二进制方式的ASN格式输出

-m 8 用法举例说明如下：

A_query B_Sbjct 97.61 585 3 3 309 886 94498 95078 0.0 1017

A_query B_Sbjct 100.00 303 0 0 913 1215 95092 95394 2e-172 601

A_query B_Sbjct 100.00 209 0 0 1 209 94196 94404 3e-116 414

A_query B_Sbjct 100.00 123 0 0 1234 1356 95413 95535 6e-65 244

A_query B_Sbjct 100.00 41 0 0 210 250 94096 94136 5e-16 81.8

A_query B_Sbjct 100.00 35 0 0 251 285 94440 94474 2e-12 69.9

A_query B_Sbjct 100.00 29 0 0 885 913 95747 95775 7e-09 58.0

A_query A_query 97.61

Blast本地化详细流程

Blast 2.4.0+本地化详细流程（基于Windows系统） 1.程序获得。从NCBI上下载Blast本地化程序，下载地址： ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/executables/blast+/LATEST/ 64×安装版▲ 64×解压（绿色）版▲ 最好安装或解压到X盘根目录：如X:\blast，尽量简短，方便后边命令输入。 2.原始序列获得。方法1：找到转录组测序数据unigene数据库文件：unigene.fasta 或unigene.fa，若为unigene.fa则直接改后缀为.fasta即可。找到或修改后将数据库文件移动至Blast本地化程序目录“X:\blast\bin”。方法2：从NCBI中的ftp 库下载所需要库，链ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/db/FASTA/，其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库，month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用WINRAR解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。方法3：利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序。 注释：上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是NCBI 中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。 3.用文本编辑器（txt文件改名字及后缀）创建一个ncbi.ini文件，文件包含下 面内容：[NCBI]Data="C:\blast\data\" 先新建TXT文件，然后改属性，将ncbi.ini文件存放到C:\Windows 4.将Blast本地化程序目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的操作带来 方便），方法： a)右击我的电脑选择属性，选择高级，点击环境变量，设置环境变量 b)系统变量中，选择Path，点击“编辑”，在变量值的后面添加Blast本地化 程序所在路径，E:\blast 点击确定，将安装路径添加到path。 5.运行MS-DOC。打开DOC窗口（点击开始，选择运行，打开的输入框中输 入“CMD”，确定），访问Blast本地化程序所在文件夹，依次输入：（1）X: 回车；（2）cd blast\bin，回车。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST： 下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5，blast结果的图形显示。没啥好说的。 6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一

ZEMAX软件基础介绍

ZEMAX是美国 Radiant Zemax 公司所发展出的光学设计软件，可做光学组件设计与照明系统的照度分析，也可建立反射，折射，绕射等光学模型，并结合优化，公差等分析功能，是套可以运算sequential及Non-Sequential的软件。ZEMAX 有三种不同的版本：Standard 标准版（原SE）；Professional 专业版（原EE）；Premium 旗舰版（原IE）。 1主要特色 1.1分析 提供多功能的分析图形，对话窗式的参数选择，方便分析，且可将分析图形存成图文件，例如：*.BMP， *.JPG．．．等，也可存成文字文件*.txt。 1.2优化 表栏式merit function参数输入，对话窗式预设merit function参数，方便使用者定义，且多种优化方式供使用者使用，诸如Local Optimization可以快速找到佳值，Global/Hammer Optimization可找到最好的参数。 1.3公差分析 表栏式Tolerance参数输入和对话窗式预设Tolerance参数，方便使用者定义。 报表输出 多种图形报表输出，可将结果存成图文件及文字文件。 2应用领域 含括Projector，Camera，Scanner，Telescope，光纤耦合，照明系统、夜视系统等。

Zemax 软件的界面 1 Zemax 软件的工作窗口 Figure 1 Zemax 默认的工作窗口 2 Zemax 透镜数据编辑器（LDE ） 2.1 表面类型 Zemax 在标准面型下有平面、球面和二次曲面等选项。 LDE 的Surface Type （表面类型）栏分为两列，左边一列分为OBJ 、STO 和IMA 三行，它们分别对应物面、光阑面和像面；右边一列的三行是左边三种表面的类型。默认的表面类型是标准型，用Standard 表示。 OBJ 即物面被默认为0面。 表格 1 不同表面的二次曲面系数 菜单栏 工具栏 LDE 表面类型 曲率半径 厚度 玻璃 半口径

本地blast的详细用法∷柳城

本地blast的详细用法 Posted on 03 四月 2009 by 柳城，阅读 9,626 本地blast的详细使用方法 blast all -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10 解释如下： blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字！(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助，但是英文的) -p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸 blastp 是蛋白质对蛋白质序列等等，一共5个自程序。 -i: i 是input的简写，意思是输入文件，就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式） -d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb) -o: o是output的简写，意思是结果文件名字，这个根据你自己的习惯起名字，可以带路径，(上边两个参数-i -d 也都可以带路径) *注意以上4个参数是必须的，缺一不可，下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数，如果你不加也没有关系，blastall程序本身会给一个默认值！ -a: 是指计算时要用的CPU个数，我的机器有两个CPU，所以用-a 2，这样可以并行化进行计算，提高速度，当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数，系统默认值为1,就是一个CPU -F: 是filter的简写，blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调，默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项，T/F T就是ture,真，你可以理解为打开该功能; F就是false，假，理解为关闭该功能) -T: 是HTML的简写，是指blast结果文件是否用HTML格式，默认是F!如果你想用IE看，我建议用-T T -e: 是Expectation value，期望值，默认是10，我用的10-10！ BLASTALL 用法 a.格式化序列数据库 格式化序列数据库— —formatdb formatdb简单介绍: formatdb处理的都是格式为 ASN.1和FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。 formatdb命令行参数: formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍， 主要参数的说明:

ZEMAX软件基础介绍教学文案

Z E M A X软件基础介绍

Zemax软件的介绍 ZEMAX是美国 Radiant Zemax 公司所发展出的光学设计软件，可做光学组件设计与照明系统的照度分析，也可建立反射，折射，绕射等光学模型，并结合优化，公差等分析功能，是套可以运算sequential及Non-Sequential的软件。ZEMAX 有三种不同的版本：Standard 标准版（原SE）；Professional 专业版（原EE）；Premium 旗舰版（原IE）。 1主要特色 1.1分析 提供多功能的分析图形，对话窗式的参数选择，方便分析，且可将分析图形存成图文件，例如：*.BMP， *.JPG．．．等，也可存成文字文件*.txt。 1.2优化 表栏式merit function参数输入，对话窗式预设merit function参数，方便使用者定义，且多种优化方式供使用者使用，诸如Local Optimization可以快速找到佳值，Global/Hammer Optimization可找到最好的参数。 1.3公差分析 表栏式Tolerance参数输入和对话窗式预设Tolerance参数，方便使用者定义。 1.4报表输出 多种图形报表输出，可将结果存成图文件及文字文件。 2应用领域 含括Projector，Camera，Scanner，Telescope，光纤耦合，照明系统、夜视系统等。

Zemax 软件的界面 1 Zemax 软件的工作窗口 Figure 1 Zemax 默认的工作窗口 2 Zemax 透镜数据编辑器（LDE ） 2.1 表面类型 Zemax 在标准面型下有平面、球面和二次曲面等选项。 LDE 的Surface Type （表面类型）栏分为两列，左边一列分为OBJ 、STO 和IMA 三行，它们分别对应物面、光阑面和像面；右边一列的三行是左边三种表面的类型。默认的表面类型是标准型，用Standard 表示。 OBJ 即物面被默认为0面。 表格 1 不同表面的二次曲面系数 菜单栏 工具 LDE 表面类型 曲率半径 厚 度 玻璃 半口径

本地Blast

本地Blast使用说明 一、软件的下载安装 1.1安装流程 建议安装在非系统盘，如将下载的 BLAST 程序安装到 E:\blast，生成bin、doc 两个子目录，其中 bin 是程序目录，doc 是文档目录，这样就安装完毕了。 1.2 设置环境变量 右键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1)，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即“E:\Blast\bin”。此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径，图2)。 二、查看程序版本信息 点击 Windows 的“开始”菜单下的“运行”，输入“cmd”调出 MS-DOS 命令行，转到 Blast 安装目录，输入命令“blastn -version”即可查看版本，若能显示说明本地blast 已经安装成功。 三、使用 3.1本地数据库的构建 下载所需的数据（Fasta格式），将X 放到E：\blast\db 文件夹下，然后调出MS-DOS 命令行，转到E：\blast\db 文件夹下运行以下命令：格式化

数据库，命令为： makeblastdb -in 数据库文件 -dbtype 序列类型（核酸：nul;蛋白：prot）-title database_title-parse_seqids -out database_name-logfile File_Name 格式化数据库后，创建三个主要的文件——库索引(indices)，序列(sequences)和头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别是：.pin、.psq、.phr（对蛋白质序列）或.nin、.nsq、.nhr（对核酸序列）。而其他的序列识别符和索引则包含在.psi和.psd（或.nsi 和.nsd）中。 3.2核酸序列相似性搜索 blastn -db database_name -query input_file -out output_file -outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos" 备注：qacc：查询序列Acession号；sacc：目标序列Acession号； qstart qend：分别表示查询序列比对上的起始、终止位置； sstart send：分别表示目标序列比对上的起始、终止位置； length：长度； bitscore：得分； evalue：E-Value值； pident：一致性； ppos：相似性 3.3 查看并获取目标序列： blastdbcmd -db refseq_rna -entry 224071016 -out test.fa 可以从数据库中提取gi号为224071016的序列,并且以fasta格式存入文 件 3.4蛋白质序列相似性搜索 Blastp -db database_name-query input_file -out output_file -outfmt "7 qacc sacc qstart qend sstart send length bitscore evalue pident ppos" 3.5 查看并获取目标序列：重复3.3

Blast本地化安装图解

Blast本地化：window平台下blast软件的安装boyun发表于 2009-07-09 17:08 | 阅读 1 views 1.对于windows 2000/xp 用户，下载blast- 2.2.18-ia32-win32.exe安装文件 ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/executables/LATEST/blast- 2.2.18-ia32-win32.exe 2.创建一个新目录，例如C:\blast，将下载的文件blast-2.2.18-ia32-win32.exe复制到该目录，双击这个文件，自解压产生bin、data、doc 三个目录，bin是程序目录，data是程序使用数据的目录，doc是文档目录。 表：bin目录中的程序 程序说明 bl2seq.exe进行两条序列比对 blastall.exe做普通的blast比对 blastclust.exe blastpgp.exe copymat.exe fastacmd.exe通过gi号，接收号等，在数据库中检索序 列 formatdb.exe格式化数据库 formatrpsdb.exe impala.exe makemat.exe megablast.exe megablast程序 rpsblast.exe seedtop.exe 3.用文本编辑器创建一个ncbi.ini文件，文件包含下面内容：[NCBI] Data="C:\blast\data\" 将ncbi.ini文件存放到系统的Windows 或者 WINNT目录。 4.将”C:\blast\bin”目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的操作带来方便），方法：

NCBI中Blast种类及使用简介

NCBI中Blast种类及使用简介 NCBI中Blast种类简介 1． Blast Assembled Genomes 在一个选择的物种基因组序列中去搜索。 2．Basic Blast 2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序 2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。 2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较 2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。 2.2 Protein Blast 2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。 2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。 2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。 2.3 Translating BLAST 2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。 2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。

新版blast本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索

新版blast本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索 Ethnobotany 前面记录了blast-2.2.23-ia32-win32的本地化构建及相似性检索，NCBI新近对blast程序做了一些修改推出了blast+，这里结合网上资料、blast+的user manual对blast+的本地化构建及使用作一引荐。 1blast+的本地化构建 链接到：ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/executables/blast+/LATEST 下载ncbi-blast-2.2.23+-ia32-win32.tar.gz（绿色版），解压到d盘，并将文件夹更名为blast（我习惯这样做，因为在dos中写命令时方便），这样就安装完毕了，blast下具2个文件即bin 和doc。 2 数据库下载 2.1法1：直接从NCBI下载subject序列去掉txt的扩展名做成数据库即*db，然后将query 序列的txt扩展名掉做成查询文件*in。（格式必须是fasta，名字可以自己随便命名） 2.2法2：从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为 ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/db/ 2.3法3：利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序。 2.3.1 perl程序的下载和安装 可google“Perl for Windows”获得，也可直接按此连接 https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/releases.html下载并，安装到任何盘均可。 2.3.2运行update_blastdb.pl进行下载 2.3.2.1开始>运行>cmd+确认>进入dos系统>输入以下命令打开bin文件夹。 2.3.2.2接着输入下述命令回车查看操作帮助（这一步可以不做，不妨碍后续操作） 2.3.2.3还可输入下述命令回车查看NCBI中的库（无需登录NCBI你就可以看到你所需要的库） 2.3.2.4以下载载体库（vector）为例演示如何下载库。输入如下命令回车即可。 直到后面出现done即表示已经下载完毕。如果下载其他数据库，你就可以在上面的perl update_blastdb.pl 后面的vector换成其它数据库的名字即可。 再做本地blast时即可以你下载的压缩文件名代替你bin中*db数据库，进行搜索。 上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解

N C B I在线B L A S T使用 方法与结果详解 This model paper was revised by the Standardization Office on December 10, 2020

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线BLAST： 下面是具体操作方法 1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。 3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 5，blast结果的图形显示。没啥好说的。 6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序

ZEMAX软件基础介绍

Zemax软件的介绍 ZEMAX是美国 Radiant Zemax 公司所发展出的光学设计软件，可做光学组件设计与照明系统的照度分析，也可建立反射，折射，绕射等光学模型，并结合优化，公差等分析功能，是套可以运算sequential及Non-Sequential的软件。ZEMAX 有三种不同的版本：Standard 标准版（原SE）；Professional 专业版（原EE）；Premium 旗舰版（原IE）。 1主要特色 1.1分析 提供多功能的分析图形，对话窗式的参数选择，方便分析，且可将分析图形存成图文件，例如：*.BMP， *.JPG．．．等，也可存成文字文件*.txt。 1.2优化 表栏式merit function参数输入，对话窗式预设merit function参数，方便使用者定义，且多种优化方式供使用者使用，诸如Local Optimization可以快速找到佳值，Global/Hammer Optimization可找到最好的参数。 1.3公差分析 表栏式Tolerance参数输入和对话窗式预设Tolerance参数，方便使用者定义。 报表输出 多种图形报表输出，可将结果存成图文件及文字文件。 2应用领域 含括Projector，Camera，Scanner，Telescope，光纤耦合，照明系统、夜视系统等。

Zemax 软件的界面 1 Zemax 软件的工作窗口 Figure 1 Zemax 默认的工作窗口 2 Zemax 透镜数据编辑器（LDE ） 2.1 表面类型 Zemax 在标准面型下有平面、球面和二次曲面等选项。 LDE 的Surface Type （表面类型）栏分为两列，左边一列分为OBJ 、STO 和IMA 三行，它们分别对应物面、光阑面和像面；右边一列的三行是左边三种表面的类型。默认的表面类型是标准型，用Standard 表示。 OBJ 即物面被默认为0面。 表格 1 不同表面的二次曲面系数 菜单栏 工具栏 LDE 表面类型 曲率半径 厚度 玻璃 半口径

zemax操作详解

ZEMAX光学设计软件操作说明详解 找到一些资料希望对大家有用！ 【ZEMAX光学设计软件操作说明详解】 介绍 这一章对本手册的习惯用法和术语进行说明。ZEMAX使用的大部分习惯用法和术语与光学行业都是一致的，但是还是有一些重要的不同点。 活动结构 活动结构是指当前在镜头数据编辑器中显示的结构。详见“多重结构”这一章。角放大率 像空间近轴主光线与物空间近轴主光线角度之比，角度的测量是以近轴入瞳和出瞳的位置为基准。 切迹 切迹指系统入瞳处照明的均匀性。默认情况下，入瞳处是照明均匀的。然而，有时入瞳需要不均匀的照明。为此，ZEMAX支持入瞳切迹，也就是入瞳振幅的变化。 有三种类型的切迹：均匀分布，高斯型分布和切线分布。对每一种分布（均匀分布除外），切迹因素取决于入瞳处的振幅变化率。在“系统菜单”这一章中有关于切迹类型和因子的讨论。 ZEMAX也支持用户定义切迹类型。这可以用于任意表面。表面的切迹不同于入瞳切迹，因为表面不需要放置在入瞳处。对于表面切迹的更多信息，请参看“表

面类型”这一章的“用户定义表面”这节。 后焦距 ZEMAX对后焦距的定义是沿着Z轴的方向从最后一个玻璃面计算到与无限远物体共轭的近轴像面的距离。如果没有玻璃面，后焦距就是从第一面到无限远物体共轭的近轴像面的距离。 基面 基面（又称叫基点）指一些特殊的共轭位置，这些位置对应的物像平面具有特定的放大率。基面包括主面，对应的物像面垂轴放大率为＋1；负主面，垂轴放大率为－1；节平面，对应于角放大率为+1；负节平面，角放大率为－1；焦平面，象空间焦平面放大率为0，物空间焦平面放大率为无穷大。 除焦平面外，所有的基面都对应一对共轭面。比如，像空间主面与物空间主面相共轭，等等。如果透镜系统物空间和像空间介质的折射率相同，那么节面与主面重合。 ZEMAX列出了从象平面到不同象方位置的距离，同时也列出了从第一面到不同物方平面的距离。 主光线 如果没有渐晕，也没有像差，主光线指以一定视场角入射的一束光线中，通过入瞳中央射到象平面的那一条。注意，没有渐晕和像差时，任何穿过入瞳中央的光线也一定会通过光阑和出瞳的中心。 如果使用了渐晕系数，主光线被认为是通过有渐晕入瞳中心的光线，这意味着主光线不一定穿过光阑的中央。 如果有瞳面像差（这是客观存在的），主光线可能会通过近轴入 瞳中心（如果没有使用光线瞄准）或光阑中央（如果使用光线瞄准），但一般说来，不会同时通过二者中心。 如果渐晕系数使入瞳减小，主光线会通过渐晕入瞳中心（如果不使用光线瞄准）或者渐晕光阑中心（如果使用光线瞄准）。 常用的是主光线通过渐晕入瞳的中心，基本光线通过无渐晕的光阑中心。ZEMAX 不使用基本光线。大部分计算都是以主光线或者中心光线作为参考。优先使用中心光线，因为它是基于所有照射到象面的光线聚合效应，而不是基于选择某一条

ZEMAX光学设计软件操作说明详解

ZEMAX光学设计软件操作说明详解】 介绍 这一章对本手册的习惯用法和术语进行说明。ZEMAX使用的大部分习惯用法和术语与光学行业都是一致的，但是还是有一些重要的不同点。 活动结构 活动结构是指当前在镜头数据编辑器中显示的结构。详见“多重结构”这一章。 角放大率 像空间近轴主光线与物空间近轴主光线角度之比，角度的测量是以近轴入瞳和出瞳的位置为基准。 切迹 切迹指系统入瞳处照明的均匀性。默认情况下，入瞳处是照明均匀的。然而，有时入瞳需要不均匀的照明。为此，ZEMAX支持入瞳切迹，也就是入瞳振幅的变化。 有三种类型的切迹：均匀分布，高斯型分布和切线分布。对每一种分布（均匀分布除外），切迹因素取决于入瞳处的振幅变化率。在“系统菜单”这一章中有关于切迹类型和因子的讨论。 ZEMAX也支持用户定义切迹类型。这可以用于任意表面。表面的切迹不同于入瞳切迹，因为表面不需要放置在入瞳处。对于表面切迹的更多信息，请参看“表面类型”这一章的“用户定义表面”这节。 后焦距 ZEMAX对后焦距的定义是沿着Z轴的方向从最后一个玻璃面计算到与无限远物体共轭的近轴像面的距离。如果没有玻璃面，后焦距就是从第一面到无限远物体共轭的近轴像面的距离。基面 基面（又称叫基点）指一些特殊的共轭位置，这些位置对应的物像平面具有特定的放大率。基面包括主面，对应的物像面垂轴放大率为＋1；负主面，垂轴放大率为－1；节平面，对应于角放大率为+1；负节平面，角放大率为－1；焦平面，象空间焦平面放大率为0，物空间焦平面放大率为无穷大。 除焦平面外，所有的基面都对应一对共轭面。比如，像空间主面与物空间主面相共轭，等等。如果透镜系统物空间和像空间介质的折射率相同，那么节面与主面重合。 ZEMAX列出了从象平面到不同象方位置的距离，同时也列出了从第一面到不同物方平面的距离。 主光线 如果没有渐晕，也没有像差，主光线指以一定视场角入射的一束光线中，通过入瞳中央射到象平面的那一条。注意，没有渐晕和像差时，任何穿过入瞳中央的光线也一定会通过光阑和出瞳的中心。 如果使用了渐晕系数，主光线被认为是通过有渐晕入瞳中心的光线，这意味着主光线不一定穿过光阑的中央。 如果有瞳面像差（这是客观存在的），主光线可能会通过近轴入 瞳中心（如果没有使用光线瞄准）或光阑中央（如果使用光线瞄准），但一般说来，不会同时通过二者中心。 如果渐晕系数使入瞳减小，主光线会通过渐晕入瞳中心（如果不使用光线瞄准）或者渐晕光阑中心（如果使用光线瞄准）。 常用的是主光线通过渐晕入瞳的中心，基本光线通过无渐晕的光阑中心。ZEMAX不使用基本光线。大部分计算都是以主光线或者中心光线作为参考。优先使用中心光线，因为它是基

blast2.2.28-详解---本人亲测-20170424

BLAST 2.2.28详解本人亲测 1程序下载 链接到：ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/executables/blast+/2.2.28/ 下载最新的BLAST+ 程序包，推荐版本ncbi-blast-2.2.28+-win32.exe,版本：ncbi-blast-2.2.28+-win32.exe适用于windows32 位系统，ncbi-blast-2.2.28+-win64.exe 适用Windows 64位系统，请注意选择。 2安装流程 建议安装在非系统盘，如将下载的BLAST 程序安装到D:\blast-2.2.28+ ，生成bin、doc两个子目录，其中bin是程序目录，doc是文档目录，这样就安装完毕了。如图1 图1 程序安装位置 3用户环境变量设置 右键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1)，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即“D:\blast-2.2.28+\bin”。此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“D:\blast-2.2.28+\db”(即数据库路径)。如图2

图2 用户环境变量设置 4查看程序版本信息 点击Windows的“开始”菜单，点击“运行”，输入“cmd”（图3-1，图3-2），调出MS-DOS命令行，在命令行中输入“D:”，输入后按下enter键就进入D盘中,输入cd blast-2.2.28+，转到D:\blast-2.2.28+\。安装目录，输入命令“blastn-version”即可查看版本（图3-3）： 图3查看程序版本信息 看到图3 显示说明本地blast已经安装成功。 5blast-2.2.28+本地数据库的构建 数据的获取 法1 ：直接从NCBI 或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta，名字可以自己随便命名，具体做法下面有说明）。 法2 ：从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/db/FASTA/其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库，month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用winrar 解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。 法3 ：利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl

linux下BLAST+(新版blast)本地化步骤

64位LINUX下BLAST+的本地化 以我的计算机(用户名为yonpen)和数据库nr为例，运行psiblast得到PSSM矩阵。 2012-02-18 1下载程序 在ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/executables/blast+/LATEST/下载 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz 2 解压 如解压到用户的主目录(/home/yonpen)下，把解压后的文件夹重新命名为blast，则BLAST+的所有程序在目录/home/yonpen/blast/bin下。 3 添加环境变量 打开终端（Terminal），切换为root用户，执行vim /etc/profile 在最末尾添加export PATH=”/home/yonpen/blast/bin:$PATH”，保存退出。 或直接找到/etc/profile这个文件，在最末尾添加export PATH=”/home/yonpen/blast/bin:$PA TH” 此处若成功，则执行blastn -version会出现版本信息。 4 新建 在目录/home/yonpen/blast下新建一个文件夹，命名为db 在/home/yonpen下新建一个文件，命名为.ncbirc 在文件中添加内容 [BLAST] BLASTDB=/home/yonpen/blast/db 5 下载FASTA格式的数据库 ftp://https://www.sodocs.net/doc/9311529496.html,/blast/db/FASTA/ 如下载nr.gz 6 建立BLAST+可用的数据库 打开终端（Terminal），切换到/home/yonpen/blast/db目录下，执行： makeblastdb –in nr -parse_seqids -hash_index -dbtypeprot 7 使用程序 如使用psiblast 在目录/home/yonpen/blast下新建3个文件夹，分别命名为pssm,input,output 设待查询序列所在文件的名字为3.fasta（一个文件放一条序列，且必须为fasta格式） 执行命令： psiblast -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db nr -query input/3.fasta -out output/3.txt -out_ascii_pssmpssm/3.pssm

Blast软件的详细使用方法

Blast软件的详细使用方法 blastall -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10 解释如下： blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字！(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助，但是英文的) -p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸blastp 是蛋白质对蛋白质序列等等，一共5个自程序。 -i: i 是input的简写，意思是输入文件，就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式）-d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb) -o: o是output的简写，意思是结果文件名字，这个根据你自己的习惯起名字，可以带路径，(上边两个参数-i -d 也都可以带路径) *注意以上4个参数是必须的，缺一不可，下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数，如果你不加也没有关系，blastall程序本身会给一个默认值！ -a: 是指计算时要用的CPU个数，我的机器有两个CPU，所以用-a 2，这样可以并行化进行计算，提高速度，当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数，系统默认值为1,就是一个CPU -F: 是filter的简写，blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调，默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项，T/F T就是ture,真，你可以理解为打开该功能; F就是false，假，理解为关闭该功能) -T: 是HTML的简写，是指blast结果文件是否用HTML格式，默认是F!如果你想用IE看，我建议用-T T -e: 是Expectation value，期望值，默认是10，我用的10-10！ BLASTALL 用法 a.格式化序列数据库 格式化序列数据库——formatdb formatdb简单介绍: formatdb处理的都是格式为ASN.1和FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。 formatdb命令行参数: formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍， 主要参数的说明: -i 输入需要格式化的源数据库名称Optional -p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库 T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T -a 输入数据库的格式是ASN.1（否则是FASTA） T - True, F - False. [T/F] Optional default = F

[计算机软件及应用]ZEMAX软件的中文说明

将镜头元件或镜头组反向排列。 设置： First Surface 被倒置的镜头组的第一面 Last Surface 被倒置的镜头组的最后一面 说明： 如果系统中包括镜面，坐标转折，或其他非标准面，本功能不能正确工作。§19 镜头缩放(Scale Lens) 目的： 用确定的因子缩放整个镜头。例如，将现有的设计缩放成一个新的焦距时，本功能很有用。波长不缩放。缩放镜头功能也可以用来将单位从毫米变为英尺，或其它组合单位类型。 设置： Scale by factor 若选取，则直接输入缩放因子 Scale by units 若选取，则镜头用所选单位变换 §20 生成焦距(Make Focal) 目的： 除了所要的焦距是直接输入的，生成焦距与缩放镜头是相同的。 整个镜头被缩放成焦距为给定值的镜头。 §21 快速调焦(Quick Focus) 目的： 通过调整后截距对光学系统快速调焦。 设置： Size Radial Focus 调焦时使像平面上的点列图的RMS为最佳 Spot Size X 调焦时使像平面X 方向上的点列图的RMS为最佳 Spot Size Y 调焦时使像平面Y 方向上的点列图的RMS为最佳 Wavefront Error 调焦时使像平面波前误差均方根最佳 Use Centroid 使所有的计算都以像平面上光线的重心为参照系（而不是以主光线为参照系），本选项的计算很慢，但对于慧差占主导作用的系统 是很适合的。 说明： 本功能调整像平面前面的厚度。厚度是依照RMS 像差最小化的原则选择的。如上表所列有多种不同的RMS计算方法。最佳调焦位置与标准的选择有关。RMS 用定义的视场，波长和权因子计算整个视场的多色光的平均值。 §22 添加折叠反射镜（Add Fold Mirror） 目的： 为弯曲光束，包括坐标转折，插入一个转折镜。