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Meta分析系列之二_Meta分析的软件

Meta分析系列之二_Meta分析的软件
Meta分析系列之二_Meta分析的软件

·循证理论与实践·

Meta分析系列之二:Meta分析的软件

曾宪涛,Joey S.W.Kwong,田国祥,董圣杰[中图分类号]R4[文献标识码]A[文章编号]1674-4055(2012)02-0089-03

随着循证医学的发展,Meta分析(Meta-analysis)已被公认为客观评价和合成针对某一特定问题研究证据的最佳手段,被视为最高级别的证据,成为循证决策的良好依据[1]。上一篇文章我们对Meta分析的类型进行了介绍[2],为了适应不同类型的需要,多种Meta分析软件被开发出来了。这些软件中有的软件可以进行各种Meta分析,有的仅仅是针对某一种类型的Meta分析开发的;基于的操作系统有Win-dows、DOS、Linux和Mac;按照是否需要编程又分为编程软件和非编程软件(表1)。这些软件为行Meta分析提供了很好的支持,但也为评价者的选择带来了疑惑。鉴于此,本文拟对当前常用的Meta分析的软件进行简介,以期为使用者提供参考。

1编程软件

1.1Stata Stata是基于C语言的一个功能强大而又小巧玲珑的统计分析软件,最初由美国计算机资源中心(Computer Resource Center)研制,现为Stata公司的产品。1985年Stata 1.0版问世,从4.0版起进入Windows时代,当前最新版本为12.0,操作系统还有Linux和Mac[3]。Stata的许多高级统计模块均是程序文件(ado文件),并允许用户自行修改、添加和发布ado文件,用户可随时到Stata网站或者其他个人网站上寻找并免费下载所需的程序包安装后使用。Meta分析通过Stata的meta.ado模块完成,包括metan、metareg、metabias等常用命令,可完成二分类变量、连续性变量、诊断试验、单纯P 值、单组率、剂量反应关系、生存资料的Meta分析,也可以完成Meta回归分析、累积Meta分析、网状Meta分析等几乎所有的Meta分析方法,还可以行Begg's检验和Egger's检验,可绘制Meta分析的相关图形,如森林图(forest plot)、漏斗图(funnel plot)和拉贝图(L'A bbe plot),亦可排除单个研究行敏感性分析。据悉,Stata是目前Meta分析最受推崇的软件,国外高质量杂志更倾向于接收Stata Meta分析图形界面。

1.2R R软件是基于S语言的一种免费开放式的统计编程环境,由Auckland大学Ross Ihaka和Robert Gentlemen及其他志愿者开发,目前由R核心开发小组维护。R软件具备完整的数据处理、计算和作图功能,不依赖于操作系统可以运行于Unix、Linux、Windows及Mac系统[4]。R部分统计功能整合在R语言底层,大多数功能以程序包的形式提供,用户可以从R软件的官方网站(http://www.r-project.org)获取最新的软件及相应的统计包(package)。R软件通过相应的程序包完成Meta分析,具有功能完整、作图精美等优点。目前

基金项目:湖北医药学院2010年教学研究项目(2010017);湖北医药学院2011年度优秀中青年科技创新团队项目(2011CZX01)。

作者单位:442000十堰,湖北医药学院附属太和医院口腔医学中心(曾宪涛);香港中文大学医学院内科及药物治疗学系心脏科(Joey S.W.Kwong);北京军区总医院第二门诊部(田国祥);苏州大学附属第一医院骨科(董圣杰)

通讯作者:田国祥,E-mail:tian-gx@126.com

doi:10.3969/j.issn.1674-4055.2012.02.002常用的Meta分析程序包有metafor、meta、rmeta等,可以完成二分类及连续性变量的Meta分析外,还可以行Meta回归分析、累积Meta分析、非参数剪补法识别和校正有发表偏倚导致的漏斗图的不对称及对发表偏倚的Begg's检验和Egger's 检验。同时可以绘制森林图、漏斗图、星状图(radial plot)、拉贝图以及Q-Q正态分位图(Q-Q normal plot)。其中,Metafor 程序包是R软件Meta分析程序包中唯一可以进行混合效应模型(包括单个、多个分类或连续性调节变量)拟合运算的。据悉,R有取代SPSS而与Stata、SAS并列为新的三大统计学软件的趋势。

2非编程软件

2.1Review Manager Review Manager(RevMan)是国际Co-chrane协作网制作和保存Cochrane系统评价的专用软件,其独特的功能是可以与Archie服务器连接[5]。RevMan由北欧Cochrane中心制作和更新,基于的操作系统有操作系统还有Windows、Linux和Mac。当前最新版本为5.1.6,任何非商业目的的使用者均可免费下载及使用(http://ims.cochrane.org/revman/download)。RevMan5.1与之前版本相比,界面更加方便友好,能够输入中文,增加了风险偏倚评估工具表(rsik of bias tables)、证据结果总结表(summary of findings ta-bles)、计算器(calculator,可输入效应量、可信区间、标准误、Z 值、P值进行效应值的转化)、PRISMA文献检索流程图、森林图小数位数(2位与4位间)的调整等。

RevMan软件中设置了干预措施系统评价、诊断试验精确性系统评价、方法学系统评价和系统评价汇总评价4类格式,支持Windows、Linux和Mac OSX操作平台,可绘制森林图及漏斗图,但不能行Meta回归分析、累积Meta分析、Begg'S 检验、Egger'S检验及绘制拉贝图等。

RevMan是所有Meta分析软件中唯一可与GRADEprofil-er软件相互导入进行证据等级评级的软件[1,6]。RevMan是当前医学领域应用最为广泛的Meta分析软件。

2.2Comprehensive Meta-Analysis Comprehensive Meta-Analy-sis(CMA)软件是由美国国家卫生研究院(NIH)资助、由英国和美国Meta分析领域公认的一群专家制作并进行维护、更新的一款专程设计进行Meta分析软件,当前最新版本为2.1[7]。CMA为是一款商业软件,学术目的购买完整版为99美元/年、终身版795美元,用户可从http://www.meta-analy-sis.com/pages/demo.html免费下载体验版试用30d。CMA 基于的系统为Windows,界面友好,能够输入中文,主要包括数据输入(data entry)、数据分析(data analysis)和高分辨率图形(high resolution plots)三个版块。CMA包除可以完成二分类及连续性变量的Meta分析外,还可以行Meta回归分析、累计Meta分析、单组率Meta分析、剔除单个研究行敏感性分析,但不能行诊断试验的Meta分析;可调整小数位数、绘制森林图、漏斗图等;可行Begg's检验和Egger's检验。CMA是目前非编程软件中唯一可同时行随机与固定效应模型、自动剔除单个研究行敏感性分析、及将多种类型数据(如二分类/连续性变量与OR值)合并分析的软件。

表1常用基于Windows系统的Meta分析软件的比较

软件名称Stata R RevMan CMA Meta-Analyst Meta-Disc MIX MetaWin

操作系统W/M/L W/M/L W/M/L W W W W W

Meta分析界面宏命令宏命令专用图专用图专用图专用图专用图专用图

版本12.02.145.1.62.1测试3.131.42.02.0

可用性收费免费免费收费免费免费收费收费

导入数据√√?√√√√√

二分类变量√√√√√?√√

连续性变量√√√√√?√√

诊断试验数据√√√?√√??

效应值及95%CI值√√配套计算器转换√√??配套计算器转化多种格式数据√√配套计算器转化√???配套计算器转化P值√√?√????

网状Meta分析√√??????

累加Meta分析√√?√√?√√

Meta回归√√?√√√?√

异质性检验P P Q,I2Q,I2Q,I2Q,I2Q,I2Q

亚组分析√√√√√??√

小规模研究效应√√?√??√√

逐次剔除单个研究√√?√√???

固定效应模型√√√√√√√√

随机效应模型√√√√√√√√

混合效应模型√√?√√√??

小数点位数调整√√√√√?√√Egger's检验√√????√?Begg's检验√√?????√

森林图√√√√√√√√

漏斗图√√√√√?√√

拉贝图√√????√?SROC图√√√?√???

Q-Q正态分位图√√?????√

图形导出格式

wmf/emf

/png/tif

/eps/pdf/ps

mf/ps/pdf

/png/bmp

/tif/jpg

emf/eps

/pdf/swf

/png/svg

ppt/wmf/word png

mf/emf

/png/jpg

jpg/wmf

/bmp

jpg/wmf

/bmp

注:W:Windows;M:Mac.;L:Linux;Q:Cochran's Q检验;mf:Metafile

2.3Meta-Analyst Meta-Analyst(MA)是一款基于微软网络框架(Microsoft.NET framework),由美国国立研究资源中心(National Center for Research Resources)和医疗保健和质量研究机构(Agency for Healthcare Research and Quality)资助,开始基于DOS系统后更改为基于Windows的免费Meta分析软件[8]。当前最新版本为测试3.13版(Beta3.13),可从ht-tp://tuftscaes.org/meta_analyst/下载。MA除可行二分类及连续性变量、诊断试验的Meta分析外,还可行单组率Meta分析、累积Meta分析及剔除单个研究行敏感性分析;可制作森林图、漏斗图等。

2.4Meta-Disc Meta-Disc(MD)是一款基于VB语言(Visual Basic6),由西班牙卫生部门基金(Spanish Health Ministry Grants)资助,于2004年推出的诊断试验Meta分析专用软件[9]。当前最新版本为1.4,操作系统为Windows,使用者可从http://www.hrc.es/investigacion/metadisc_en.htm免费下载及使用。MD软件可行异质性检验及Meta回归分析,可生成森林图、ROC平面及SROC曲线图。据悉,MD是当前非编程软件中行诊断性Meta分析的最好软件。

2.5MIX MIX(Meta-analysis with Interactive eXplanations)是一款基于Excel2000及以上版本的,采用VB(VB6和VBA)语言编写的,运行于Windows系统的Meta分析软件[10]。MIX是由日本北里大学(Kitasato University)研究生院资助的,用户可从http://www.meta-analysis-made-easy.com/down-load/index.html免费下载,但需要购买序列号激活后才能使用,当前最新版本为2.0。MIX可用于二分类及连续性变量的Meta分析,亦可行累积Meta分析、Begg's检验和Egger's检验,可绘制森林图、漏斗图、拉贝图、星状图等。

2.6MetaWin MetaWin(MW)是1997年推出的一款基于Windows95及以上系统的的Meta分析专用商业软件,用户可从http://www.metawinsoft.com/mw2demo.html免费下载体验版,当前最新版本为2.0[11]。MW可行二分类及连续性变量的Meta分析,也可行Meta回归分析、累积Meta分析,可绘制森林图、漏斗图、星状图等。与RevMan5相似,MW2.0带有专用计算器,可将统计分析后的数据转化为相应的效应值。

3其他软件

因本文未对仅基于DOS系统及不常用的基于Windows 的Meta分析软件进行介绍,这里仅作提及,想进一步了解的可自行学习。

3.1仅基于DOS操作系统非编程软件先后出现的有:①EasyMA[12]:是一款免费软件,有随机、固定两种效应模型,可行二分类及连续性变量的Meta分析,亦可行累积Meta分析,绘制森林图、漏斗图、拉贝图和星状图;②Meta-Test[13]:是一款免费软件,专用于做诊断试验的Meta分析,据悉,其做诊

断试验的Meta分析的功能比同类软件Meta-Disc更强大;③Meta-Stat[14]:是一款免费软件,由NIH基金支持研发的,可行二分类及连续性变量的Meta分析,能绘制森林图及漏斗图;

④Meta-Analysis5.3[15],EpiMeta[16]、Hepima[17]和DSTAT[18],均为免费软件。

3.2仅基于Windows操作系统的非编程软件除上述介绍的软件之外,先后出现的有还有MetAnalysis[19]、Metaxis[20]和WeasyMA[21],Metaxis除可行二分类及连续性变量的Meta分析外,还可行Meta回归及累积Meta分析。

3.3其他编程软件编程软件除了前面介绍的Stata和R外,还有SAS、SPSS、Matlab、WinBUGS/OpenBUGS[22]。SAS、SPSS、Matlab作Meta分析均没有Stata和R友好,且学习的难度较大,故应用的群体较少。WinBUGS和OpenBUGS适合做贝叶斯meta分析,均可以用R来实现,Winbugs还可以用Sta-ta实现,但通过R或者Stata实现时复杂程度要高于直接使用。

4结语

Meta分析已经成为当今文献定量合成不可或缺的工具,为适应Meta分析的发展,大量软件被开发出来。随着时间的推移,有些Meta分析软件仍停留在原来的版本,有的则随着计算机系统的发展不断更新。再者,各种Meta分析软件在性价比、针对数据类型、使用的难易度方面各有差异。故如何选择最适合自己的软件,无疑是Meta分析能否顺利进行的关键。

笔者认为,各种软件均有其优缺点,没有一种对所有使用者都最适用的软件,本文仅为使用者提供参考,具体选择何种软件得根据使用者的兴趣、分析的数据类型等综合考虑选用。

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(上接88页)

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(收稿日期:2012-02-06;修回日期:2012-03-18)

Meta分析系列之随机对照试验的质量评价工具

·循证理论与实践· Meta分析系列之三:随机对照试验的质量评价工具 曾宪涛,包翠萍,曹世义,刘菊英 [中图分类号]R4 [文献标识码]A [文章编号]1674?4055(2012)03?0183?03 Meta分析是对原始研究的二次综合分析与评价,其质量受纳入原始研究质量、评价的方法、评价者的知识水平及观点的影响。若Meta分析纳入的原始研究质量低,且未对原始研究方法学质量进行正确评价,Meta分析的结果和结论可能是不正确的,从而对临床实践造成误导[1]。因此,对Meta 分析纳入的原始研究质量进行严格的评价尤为重要。原始研究质量评价工具主要根据研究设计、实施、结果分析整个过程中可能出现偏倚的各个因素而确定,目前出现的评价工具较多,主要有单个评价条目(components/items)、清单(checklist/list)和量表(scale)三种类型。前面我们已经对Meta分析的类型[2]、Meta分析的软件[3]进行了介绍,本文将在简要回顾原始研究类型的基础上,对随机对照试验(ran?domized controlled trail,RCT)常用的质量评价工具进行简要分析。 1临床研究类型简介 临床研究按照是否存在人为干预,分为实验性研究(ex?perimental study)和观察性研究(observational study)两大类,观察性研究亦称为非实验研究(non?experimental study)。图1展示了两类研究包括的类型[4?5]。此外,为适应实际情况的需要,又发展出了新的研究类型,如:巢式病例?对照研究(nest case?control study),病例?队列研究(case?cohort study),病例?病例研究(case?case study),自身交叉对照研究(self?cross controlled study),单纯病例研究(case study),前瞻性随机对照试验(prospective randomized controlled study),回顾?前瞻性队列研究(retrospective?prospective study)等。 2常用的RCT质量评价工具 2.1Cochrane风险偏倚评估工具 长期以来,研究质量评价和偏倚风险评价被认为是等同的,但Cochrane系统评价手册认为“研究质量”和“研究偏倚”是有区别的,“偏倚”能更真实的反映研究存在的缺陷,故在5.0及以上的版本中命名为“Cochrane风险偏倚评估工具(Cochrane collaboration's tool for assessing risk of bias)”,要求Cochrane系统评价的制作采用,并不再推荐任何一种评价RCT质量的清单或量表[1]。该工具主要从6个领域对偏倚风险进行评价(domain?based evalu?ation),对每条指标采用“低度偏倚”、“不清楚”、“高度偏倚”进行判定(表1)。 2.2PEDro量表 PEDro(物理治疗证据数据库,Physiotherapy Evidence Database,PEDro)是由位于乔治中心的物理治疗循证中心(CEBP)的一群临床和物理治疗师于1999年所建立, 基金项目:湖北医药学院2011年度优秀中青年科技创新团队项目(2011CZX01) 作者单位:442000十堰,湖北医药学院附属太和医院口腔医学中心(曾宪涛),麻醉科(刘菊英);天津医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室(包翠萍);华中科技大学同济医学院流行病与卫生统计学系(曹世义) 通讯作者:刘菊英,E?mail:liu6119@https://www.sodocs.net/doc/a94901722.html, doi:10.3969/j.issn.1674?4055.2012.03.003 旨在帮助使用最佳证据于临床应用来强化物理治疗服务的有效性。PEDro量表(PEDro scale)是CEBP基于Delphi清单[6]制作的RCT评价量表,上次修订的时间是1999年6月 21日,包括11条,每个条目为1分[7]:⑴受试者的纳入条件有具体说明;⑵受试者被随机分配到各组(在交叉研究中,受试者的治疗顺序是随机安排的);⑶分配方式是隐藏的;⑷就最重要的预后指标而言,各组在基线都是相似的;⑸对受试者全部设盲(实施盲法);⑹对实施治疗的治疗师全部设盲(实施盲法);⑺对至少测量一项主要结果的评定者全部设盲(实施盲法);⑻在最初分配到各组的受试者中,对85%以上的人进行至少一项主要结果的测量;⑼凡是有测量结果的受试者,都必须按照分配方案接受治疗或者对照条件,假如不是这样,那么应对至少有一项主要结果进行“意向治疗分析”;⑽对至少一项主要结果的组间统计结果作出报告;⑾研究将提供至少一项主要结果的点测量值和变异测量值。2.3Delphi清单 Delphi清单(Delphi list)由马斯特里赫特大学Verhagen及其同事1998年依据Maastricht和Chalmers量表[8],遵照Delphi法制作的,用以评价RCT质量,共8个条目,其中第一条又包括了两个部分[6],均采用“是”、“否”及“不知道”进行判定:⑴治疗分组:①是否采用了随机分组? ②是否采用了分配隐藏?⑵各组最重要的预后指标的基线是否相似?⑶是否具体说明了受试者的入选条件?⑷是否对研究结果评价者实施盲法?⑸是否对研究实施者实施盲法?⑹是否对受试者实施盲法?⑺主要结局指标的点测量值和变异测量值是否提供?⑻分析中是否包含了“意向治疗分析”? 2.4CASP清单 CASP(Critical Appraisal Skills Programme)于1993年在英国牛津大学成立,由NHS专项基金资助,旨在倡导运用循证的方法来阅读论文,以真正服务于医疗卫生健康及社会保健研究,并制作了用来评价研究质量的CASP清单(CASP Checklist)。其中,用于评价RCT的清单包括11个条目[9],其中前3条是筛选问题,1~6和9条均用“是”、“否”及“不知道”判定,第10和11条用“是”、“否”判定(表2)。 2.5Jadad量表 Jadad量表(Jadad scale)[10]由Jadad等1996年发布,其最初目的是为了评价疼痛治疗的RCT的质量,从随机方案及其隐匿、盲法、退出与失访病例的原因及例数这3个方面进行评价,采用0~5分记分法,≤2分认定为低质量研究,≥3分则认为质量较高(表3)。 2.6Chalmers量表 Chalmers量表(Chalmers scale)[8]是由Chalmers等1981年首次尝试用评分量表的方式对临床试验质量作评价,分为一般情况记录、研究方案、统计学分析、结果陈述四个部分共36个条目。其中一般情况记录不参与计分,试验设计、统计分析和结果三个部分按6:3:1权重记分,共有27个条目,计100分,报告条目的选择主要根据作者累积的经验,因其现在应用较少,故不具体列出。 2.7CONSORT声明 CONSORT声明(Consolidated Standards of Reporting Trials statement)[11]由报告RCT必备的基本项目清单和描述整个试验过程中受试者流程的流程图组成,主要

不同类别META分析文献质量评价工具及使用word版本

不同类别META分析文献质量评价工具 sisiyang2015-11-20 14:37:54 (一)随机对照试验的质量评价工具:Cochrane风险偏倚评估工具(最常用),PEDro量表,Delphi清单,CASP清单,Jadad量表,Chalmers量表,CONSORT声明(不专用,但可以用)。 (二)观察性研究的质量评价工具:(1)NOS量表(最常用):病例对照研究和队列研究。(2)CASP清单:病例对照研究和队列研究。(3)JBI标准:横断面研究;经验总结、案例分析及专家意见。(4)AHRQ。(5)Combie横断面研究评价工具。(6)STROBE 声明。(7)STREGA声明。 (三)非随机对照实验性研究的质量评价工具:MINORS条目,Reisch 评价工具,TREND声明。 (四)诊断性研究:QUADAS工具,CASP清单,STARD声明(五)动物试验:STAIR清单,CAMARADES清单,ARRIV指南。 这个就用Cochrane风险偏倚评估工具,主要从6个领域条项目队偏倚风险进行评价,对每条指标采用“低度偏倚风险”、“偏倚风险部确定”、“高度偏倚风险”进行判定:

(一)选择偏倚:(1)随机序列产生:详细描述了产生随机分配序列的方法,以便评估组件可比性;(2)分配隐藏:详细描述了隐藏随机分配序列的方法,以便判断干预措施分配情况是否能预知。(二)实施偏倚:(1)对研究者和受试者施盲:详细描述了对研究者和受试者实施盲法的方法,以防其知晓受试者的干预措施。提供了判断盲法是否有效的信息。 (三)测量偏倚:(1)研究结果盲法评价:详细描述了对研究结果评价者实施盲法的方法,以防其知晓受试者的干预措施。提供了判断盲法是否有效的信息。 (四)随访偏倚:(1)结果数据的完整性:完整性的报告了每个主要结局指标的数据,包括失访及退出的。是否明确报道了失访及退出,每组人数(与随机入组的总人数相比),失访/退出的原因,以便系统评价者行相关的处理。 (五)报告偏倚:(1)选择性报告研究结果:描述的信息可供系统评价者判断选择性报告研究结果的可能性及相关情况。 (六)其他偏倚:(1)除上述偏倚外,提供的信息是否可评估存在其他引起偏倚的因素。若是已在计划书中提到某个问题或因素,需给出对应的回答。

R软件实现meta分析

Package‘meta’ January12,2010 Title Meta-Analysis with R Version1.1-8 Depends R(>=2.9.1),grid Author Guido Schwarzer Maintainer Guido Schwarzer Date2010-01-12 Description Fixed and random effects meta-analysis.Functions for tests of bias,forest and funnel plot. License GPL(>=2) Repository CRAN Date/Publication2010-01-1213:14:17 R topics documented: addvar (2) ci (3) Fleiss93 (4) Fleiss93cont (5) forest (6) funnel (10) funnel.meta (12) labbe (16) labbe.metabin (17) metabias (20) metabin (22) metacont (27) metacr (29) metacum (31) metagen (33) metainf (35) 1

2addvar metaprop (37) Olkin95 (39) plot.meta (40) print.meta (43) read.mtv (46) read.rm5 (48) trim?ll (51) trim?ll.meta (53) Index56 addvar Additional functions for objects of class meta Description The as.data.frame method returns a data frame containing information on individual studies, e.g.,estimated treatment effect and its standard error.The function addvar can be used to add a single variable to an object of class meta which for example is useful to conduct sub-group analysis or meta-regression. Usage ##S3method for class'meta': as.data.frame(x,https://www.sodocs.net/doc/a94901722.html,s=NULL,optional=FALSE,...) addvar(x,y,varname,by.x="studlab",by.y=by.x) Arguments x An object of class meta. https://www.sodocs.net/doc/a94901722.html,s NULL or a character vector giving the row names for the data frame. optional logical.If TRUE,setting row names and converting column names(to syntactic names)is optional. y A data frame with an additional covariate varname A character specifying name of additional variable by.x,by.y Speci?cations of the common columns(see merge) ...other arguments Value A data frame is returned by the function as.data.frame. A single covariate is returned by the function addvar which can be added to an object of class meta.Internally,the merge function is utilised.

(完整版)国内外主要有限元分析软件比较

有限元分析是对于结构力学分析迅速发展起来的一种现代计算方法。它是50年代首先在连续体力学领域--飞机结构静、动态特性分析中应用的一种有效的数值分析方法,随后很快广泛的应用于求解热传导、电磁场、流体力学等连续性问题。有限元分析软件目前最流行的有:ANSYS、ADINA、ABAQUS、MSC四个比较知名比较大的公司。 常见软件 有限元分析软件目前最流行的有:ANSYS、ADINA、ABAQUS、MSC四个比较知名比较大的公司,其中ADINA、ABAQUS在非线性分析方面有较强的能力目前是业内最认可的两款有限元分析软件,ANSYS、MSC进入中国比较早所以在国内知名度高应用广泛。目前在多物理场耦合方面几大公司都可以做到结构、流体、热的耦合分析,但是除ADINA以外其它三个必须与别的软件搭配进行迭代分析,唯一能做到真正流固耦合的软件只有ADINA。 软件对比 ANSYS是商业化比较早的一个软件,目前公司收购了很多其他软件在旗下。ABAQUS专注结构分析目前没有流体模块。MSC是比较老的一款软件目前更新速度比较慢。ADINA是在同一体系下开发有结构、流体、热分析的一款软件,功能强大但进入中国时间比较晚市场还没有完全铺开。 结构分析能力排名:1、ABAQUS、ADINA、MSC、ANSYS 流体分析能力排名:1、ANSYS、ADINA、MSC、ABAQUS 耦合分析能力排名:1、ADINA、ANSYS、MSC、ABAQUS 性价比排名:最好的是ADINA,其次ABAQUS、再次ANSYS、最后MSC ABAQUS软件与ANSYS软件的对比分析 1.在世界范围内的知名度 两种软件同为国际知名的有限元分析软件,在世界范围内具有各自广泛的用户群。ANSYS 软件在致力于线性分析的用户中具有很好的声誉,它在计算机资源的利用,用户界面开发等方面也做出了较大的贡献。ABAQUS软件则致力于更复杂和深入的工程问题,其强大的非线性分析功能在设计和研究的高端用户群中得到了广泛的认可。 由于ANSYS产品进入中国市场早于ABAQUS,并且在五年前ANSYS的界面是当时最好的界面之一,所以在中国,ANSYS软件在用户数量和市场推广度方面要高于ABAQUS。但随着ABAQUS北京办事处的成立,ABAQUS软件的用户数目和市场占有率正在大幅度和稳步提高,并可望在今后的几年内赶上和超过ANSYS。 2.应用领域

meta分析及其软件实现

Meta分析及其软件实现 Meta分析概念: Meta分析有广义和狭义两种概念:前者指的是一个科学的临床研究活动,指全面收集所有相关研究(包括已发表和未发表的)并逐个进行严格评价和分析,再用定量合成的方法对资料进行统计学处理得出综合结论的整个过程;后者仅仅是一种单纯的定量合成的统计学方法。 Meta分析的用途: 作为一种整合资料的统计方法,Meta分析具有以下几个方面的用途: (l)提供个体独立研究所达不到的样本量,使得一些较为微弱的效果能够被发现。 (2)对干预的全局性效果提供较为精确的估计。具有相同研究目的的单个独立研究,其研究发现不尽相同,很难直接得出某种干预的效果到底怎么样的总体性结论,meta分析正提供了回答总体性结论的方法。 (3)meta分析可以用来评价不同研究展现出来的相互矛盾的结果,这是对第二个用途的扩展。 (4)如果一项干预是有效的,meta分析可用来评价其在事先定义好的亚组人群中是否同样有效。 (5)改善对剂量反应关系的估计。 Meta分析的基本步骤如下: (1)明确简洁地提出需要解决的问题。 (2)制定检索策略,全面广泛地收集随机对照试验。 (3)确定纳入和排除标准,剔除不符合要求的文献。 (4)资料选择和提取。 (5)各试验的质量评估和特征描述。 (6)统计学处理。 a.异质性检验(齐性检验)。 b.统计合并效应量(加权合并,计算效应尺度及95%的置信区间)并进行统计推断。 c.图示单个试验的结果和合并后的结果。 d.敏感性分析。 e.通过“失安全数”的计算或采用“倒漏斗图”了解潜在的发表偏倚。

(7)结果解释、作出结论及评价。 (8)维护和更新资料。 Meta分析所使用的软件及其使用方法: 可用于Meta Analysis的软件有: 商业软件:COMPREHENSIVE META ANALYSIS,MetaWin,EasyEA 2001 自由软件:RevMan (Review Manager),Meta Stat,Epi Meta 通用统计软件中有Meta analysis的程序: STATA,SAS,WinBUGS,NCSS MetaWin软件特点 MetaWin是一个主要为生态学工作者设计的定量Meta分析软件,操作简单且功能较全,以Windows作支持,用户通过界面与机器直接对话,分析过程简单易学,结果输出明了。其主要特点如下所述。 1. 提供了两种假设模型:这两种假设模型为固定效应模型和混合效应模型,区别主要在于前者假设所综合的研究共享一个真实效应大小,实际测量的效应大小不同是由于随机取样所导致,而后者却假设研究间具有不同的真实效应大小,即所测效应大小的不同是由两部分组成,真实效应的不同,随机取样造成误差。后者更切合实际,区间估计较保守,更受Meta分析家们欢迎。 2. 提供多种可选择的结合统计量:j(其中,Xe、Xc分别为实验组和对照组的测量平均值,S为两组共同标准差,J为小样本较正值),MetaWin还提供了反应比(response ratio):ln(Xe /Xc)(Xe、Xc的意义同上)这是从医学Meta 中新引进的一种结合统计量;此外,MetaWin还为对Meta分析较为熟悉的分析者提供了更多的选择机会,如相关系数(correlation coefficient)等。 3 . 提供了两种数据输入方式: 对有经验的分析者可直接输入效应值、样本方差等所需数据,其格式称效应数据格式。这种数据输入法的好处在于分析者可根据所收集的文献的实际情况来自己构造结合统计量,也即MetaWin为分析者提供了较大的自由。在文献数据满足前两种结合统计量计算情况下,分析者可以输入原文献中的统计数据,如平均值、样本方差、样本大小来进行计算,比较方便,称原始数据格式。 4.提供了一项非参数检验——重取样检验 重取样检验是一种计算机加强(computer intensive)非参数检验方法。MetaWin 中提供了随机化检验法(randomization test)和自助法或靴襻法(bootstrap)。前者常被用来决定一个统计量的显著性水平,后者则用于给出统计量的置信区

Meta分析系列之二_Meta分析的软件

·循证理论与实践· Meta分析系列之二:Meta分析的软件 曾宪涛,Joey S.W.Kwong,田国祥,董圣杰[中图分类号]R4[文献标识码]A[文章编号]1674-4055(2012)02-0089-03 随着循证医学的发展,Meta分析(Meta-analysis)已被公认为客观评价和合成针对某一特定问题研究证据的最佳手段,被视为最高级别的证据,成为循证决策的良好依据[1]。上一篇文章我们对Meta分析的类型进行了介绍[2],为了适应不同类型的需要,多种Meta分析软件被开发出来了。这些软件中有的软件可以进行各种Meta分析,有的仅仅是针对某一种类型的Meta分析开发的;基于的操作系统有Win-dows、DOS、Linux和Mac;按照是否需要编程又分为编程软件和非编程软件(表1)。这些软件为行Meta分析提供了很好的支持,但也为评价者的选择带来了疑惑。鉴于此,本文拟对当前常用的Meta分析的软件进行简介,以期为使用者提供参考。 1编程软件 1.1Stata Stata是基于C语言的一个功能强大而又小巧玲珑的统计分析软件,最初由美国计算机资源中心(Computer Resource Center)研制,现为Stata公司的产品。1985年Stata 1.0版问世,从4.0版起进入Windows时代,当前最新版本为12.0,操作系统还有Linux和Mac[3]。Stata的许多高级统计模块均是程序文件(ado文件),并允许用户自行修改、添加和发布ado文件,用户可随时到Stata网站或者其他个人网站上寻找并免费下载所需的程序包安装后使用。Meta分析通过Stata的meta.ado模块完成,包括metan、metareg、metabias等常用命令,可完成二分类变量、连续性变量、诊断试验、单纯P 值、单组率、剂量反应关系、生存资料的Meta分析,也可以完成Meta回归分析、累积Meta分析、网状Meta分析等几乎所有的Meta分析方法,还可以行Begg's检验和Egger's检验,可绘制Meta分析的相关图形,如森林图(forest plot)、漏斗图(funnel plot)和拉贝图(L'A bbe plot),亦可排除单个研究行敏感性分析。据悉,Stata是目前Meta分析最受推崇的软件,国外高质量杂志更倾向于接收Stata Meta分析图形界面。 1.2R R软件是基于S语言的一种免费开放式的统计编程环境,由Auckland大学Ross Ihaka和Robert Gentlemen及其他志愿者开发,目前由R核心开发小组维护。R软件具备完整的数据处理、计算和作图功能,不依赖于操作系统可以运行于Unix、Linux、Windows及Mac系统[4]。R部分统计功能整合在R语言底层,大多数功能以程序包的形式提供,用户可以从R软件的官方网站(http://www.r-project.org)获取最新的软件及相应的统计包(package)。R软件通过相应的程序包完成Meta分析,具有功能完整、作图精美等优点。目前 基金项目:湖北医药学院2010年教学研究项目(2010017);湖北医药学院2011年度优秀中青年科技创新团队项目(2011CZX01)。 作者单位:442000十堰,湖北医药学院附属太和医院口腔医学中心(曾宪涛);香港中文大学医学院内科及药物治疗学系心脏科(Joey S.W.Kwong);北京军区总医院第二门诊部(田国祥);苏州大学附属第一医院骨科(董圣杰) 通讯作者:田国祥,E-mail:tian-gx@126.com doi:10.3969/j.issn.1674-4055.2012.02.002常用的Meta分析程序包有metafor、meta、rmeta等,可以完成二分类及连续性变量的Meta分析外,还可以行Meta回归分析、累积Meta分析、非参数剪补法识别和校正有发表偏倚导致的漏斗图的不对称及对发表偏倚的Begg's检验和Egger's 检验。同时可以绘制森林图、漏斗图、星状图(radial plot)、拉贝图以及Q-Q正态分位图(Q-Q normal plot)。其中,Metafor 程序包是R软件Meta分析程序包中唯一可以进行混合效应模型(包括单个、多个分类或连续性调节变量)拟合运算的。据悉,R有取代SPSS而与Stata、SAS并列为新的三大统计学软件的趋势。 2非编程软件 2.1Review Manager Review Manager(RevMan)是国际Co-chrane协作网制作和保存Cochrane系统评价的专用软件,其独特的功能是可以与Archie服务器连接[5]。RevMan由北欧Cochrane中心制作和更新,基于的操作系统有操作系统还有Windows、Linux和Mac。当前最新版本为5.1.6,任何非商业目的的使用者均可免费下载及使用(http://ims.cochrane.org/revman/download)。RevMan5.1与之前版本相比,界面更加方便友好,能够输入中文,增加了风险偏倚评估工具表(rsik of bias tables)、证据结果总结表(summary of findings ta-bles)、计算器(calculator,可输入效应量、可信区间、标准误、Z 值、P值进行效应值的转化)、PRISMA文献检索流程图、森林图小数位数(2位与4位间)的调整等。 RevMan软件中设置了干预措施系统评价、诊断试验精确性系统评价、方法学系统评价和系统评价汇总评价4类格式,支持Windows、Linux和Mac OSX操作平台,可绘制森林图及漏斗图,但不能行Meta回归分析、累积Meta分析、Begg'S 检验、Egger'S检验及绘制拉贝图等。 RevMan是所有Meta分析软件中唯一可与GRADEprofil-er软件相互导入进行证据等级评级的软件[1,6]。RevMan是当前医学领域应用最为广泛的Meta分析软件。 2.2Comprehensive Meta-Analysis Comprehensive Meta-Analy-sis(CMA)软件是由美国国家卫生研究院(NIH)资助、由英国和美国Meta分析领域公认的一群专家制作并进行维护、更新的一款专程设计进行Meta分析软件,当前最新版本为2.1[7]。CMA为是一款商业软件,学术目的购买完整版为99美元/年、终身版795美元,用户可从http://www.meta-analy-sis.com/pages/demo.html免费下载体验版试用30d。CMA 基于的系统为Windows,界面友好,能够输入中文,主要包括数据输入(data entry)、数据分析(data analysis)和高分辨率图形(high resolution plots)三个版块。CMA包除可以完成二分类及连续性变量的Meta分析外,还可以行Meta回归分析、累计Meta分析、单组率Meta分析、剔除单个研究行敏感性分析,但不能行诊断试验的Meta分析;可调整小数位数、绘制森林图、漏斗图等;可行Begg's检验和Egger's检验。CMA是目前非编程软件中唯一可同时行随机与固定效应模型、自动剔除单个研究行敏感性分析、及将多种类型数据(如二分类/连续性变量与OR值)合并分析的软件。

meta分析的完整步骤()

Meta分析的完整步骤,根据个人的体会,结合战友的经验总结而成,meta的精髓就是对文献的二次加工和定量合成,所以这个总结也算是对战友经验的meta分析吧。 一、选题和立题 (一)形成需要解决的临床问题: 系统评价可以解决下列临床问题: 1.病因学和危险因素研究; 2.治疗手段的有效性研究; 3.诊断方法评价; 4.预后估计; 5.病人费用和效益分析等。 进行系统评价的最初阶段就应对要解决的问题进行精确描述,包括人群类型(疾病确切分型、分期) 、治疗手段或暴露因素的种类、预期结果等,合理选择进行评价的指标。 (二)指标的选择直接影响文献检索的准确性和敏感性,关系到制定检索策略。(三)制定纳入排除标准。 二、文献检索 (一)检索策略的制定 这是关键,要求查全和查准。推荐Mesh联合free word检索。 (二)文献检索,获取摘要和全文

国内的有维普全文VIP,CNKI,万方数据库,外文的有medline ,SD,OVID等。(三)文献管理 强烈推荐使用endnote,procite,noteexpress等文献管理软件进行检索和管理文献。 查找文献全文的途径: 在这里,讲一下找文献的过程,以请后来的战友们参考(不包括网上有电子全文的): 1.查找免费全文: (1)在pubmed center中看有无免费全文。有的时候虽然没有显示free full text,但是点击进去看全文链接也有提供免费全文的。我就碰到几次。 (2)在google中搜一下。 少数情况下,NCBI没有提供全文的,google有可能会找到,使用“学术搜索”。本人虽然没能在google中找到一篇所需的文献,但发现了一篇非常重要的综述,里面包含了所有我需要的文献(当然不是数据),但起码提供了一个信息,所需要的文献也就这么多了,因为老外的综述也只包含了这么多的内容。这样,到底找多少文献,找什么文献,心里就更有底了。 2.图书馆查馆藏目录: 包括到本校的,当然方便,使用pubmed的linkout看文献收录的数据库,就知道

LinkLab原创:META分析软件的选择

实用到没朋友——META分析软件的选择 所谓“工欲善其事,必先利其器”,随着循证医学的发展,META分析已被公认为客观评价和合并针对某一特定问题研究证据的最佳手段,想要做好META分析,离不开合适的META分析工具。在琳琅满目的各种META分析软件中,该选择哪一款?究竟是免费的好还是收费的好?这是一个大问题! 目前常用的Meta分析软件大抵可分为两种,编程软件和非编程软件。其中好评如潮的Stata 和R软件均属于编程软件,这类软件的优点在于其开放式的编程环境,这就意味着会有不少统计学家为它们量身打造各种优秀的可用于Meta分析的扩展包,作为终端用户只需要在网络上搜寻到这些扩展包,就可以直接坐享其福;当然,使用者也必须对软件的基本模块和命令有一定的了解。另一类非编程软件,如RevMan和Meta-Analyst都属于Meta分析专用软件,这类软件多来源于官方,易于操作、界面简洁友好,操作性更高,但其分析模式和功能相对更为固定。 1.RevMan:Cochrane协作网META分析软件 RevMan(Review Manager)是国际Cochrane协作网提供给评价者准备和维护更新Cochrane系统评价而设计的软件,也可以说是专门为临床医生量身定做的Meta分析软件,它不仅可以协助我们完成Meta 分析的计算过程,还可以帮助我们了解Meta分析的架构并学习系统评价的方法,最后把完成的系统评价制作成易于通过电子转换的文件以标准统一的格式发送到CDSR,便于电子出版和日后更新。 RevMan是所有Meta分析软件中唯一可与GRADEprofile软件相互导入进行证据等级评级的软件,也是当前医学领域应用最广泛的Meta分析软件。RevMan软件中设置了干预措施系统评价、诊断试验精确性系统评价、方法学评价和系统评价汇总评价4类格式,可绘制森林图及漏斗图,但不能进行Meta回归分析、累积Meta分析、BeggS检验、EggerS检验及绘制拉贝图等。 RevMan是一款可以免费下载及使用的软件,能够输入中文,除以上功能外,最新版RevMan还具有风险偏倚评估工具表、证据结果总结表、计算器(可输入效应量、可信区间、标准误、Z值、P值进行效应值的转化)、PRISMA文献检索流程图、森林图小数位数的调整

有限元分析软件的比较

有限元分析软件的比较(购买必看)-转贴 随着现代科学技术的发展,人们正在不断建造更为快速的交通工具、更大规模的建筑物、更大跨度的桥梁、更大功率的发电机组和更为精密的机械设备。这一切都要求工程师在设计阶段就能精确地预测出产品和工程的技术性能,需要对结构的静、动力强度以及温度场、流场、电磁场和渗流等技术参数进行分析计算。例如分析计算高层建筑和大跨度桥梁在地震时所受到的影响,看看是否会发生破坏性事故;分析计算核反应堆的温度场,确定传热和冷却系统是否合理;分析涡轮机叶片内的流体动力学参数,以提高其运转效率。这些都可归结为求解物理问题的控制偏微分方程式,这些问题的解析计算往往是不现实的。近年来在计算机技术和数值分析方法支持下发展起来的有限元分析(FEA,Finite Element Ana lysis)方法则为解决这些复杂的工程分析计算问题提供了有效的途径。在工程实践中,有限元分析软件与CAD系统的集成应用使设计水平发生了质的飞跃,主要表现在以下几个方面: 增加设计功能,减少设计成本; 缩短设计和分析的循环周期; 增加产品和工程的可靠性; 采用优化设计,降低材料的消耗或成本; 在产品制造或工程施工前预先发现潜在的问题; 模拟各种试验方案,减少试验时间和经费; 进行机械事故分析,查找事故原因。 在大力推广CAD技术的今天,从自行车到航天飞机,所有的设计制造都离不开有限元分析计算,FEA在工程设计和分析中将得到越来越广泛的重视。国际上早20世纪在50年代末、60年代初就投入大量的人力和物力开发具有强大功能的有限元分析程序。其中最为著名的是由美国国家宇航局(NASA)在1965年委托美国计算科学公司和贝尔航空系统公司开发的NASTRAN有限元分析系统。该系统发展至今已有几十个版本,是目前世界上规模最大、功能最强的有限元分析系统。从那时到现在,世界各地的研究机构和大学也发展了一批规模较小但使用灵活、价格较低的专用或通用有限元分析软件,主要有德国的ASKA、英国的PAFE C、法国的SYSTUS、美国的ABQUS、ADINA、ANSYS、BERSAFE、BOSOR、COSMOS、E LAS、MARC和STARDYNE等公司的产品。 以下对一些常用的软件进行一些比较分析: 1. LSTC公司的LS-DYNA系列软件

有限元分析软件比较分析

?有限元分析软件 有限元分析是对于结构力学分析迅速发展起来的一种现代计算方法。它是50年代首先在连续体力学领域--飞机结构静、动态特性分析中应用的一种有效的数值分析方法,随后很快广泛的应用于求解热传导、电磁场、流体力学等连续性问题。 有限元分析软件目前最流行的有:ANSYS、ADINA、ABAQUS、MSC 四个比较知名比较大的公司,其中ADINA、ABAQUS在非线性分析方面有较强的能力目前是业内最认可的两款有限元分析软件,ANSYS、MSC 进入中国比较早所以在国内知名度高应用广泛。目前在多物理场耦合方面几大公司都可以做到结构、流体、热的耦合分析,但是除ADINA以外其它三个必须与别的软件搭配进行迭代分析,唯一能做到真正流固耦合的软件只有ADINA。ANSYS 是商业化比较早的一个软件,目前公司收购了很多其他软件在旗下。AB AQUS专注结构分析目前没有流体模块。MSC 是比较老的一款软件目前更新速度比较慢。ADINA 是在同一体系下开发有结构、流体、热分析的一款软件,功能强大但进入中国时间比较晚市场还没有完全铺开。 结构分析能力排名:1、ABAQUS、ADINA、MSC、ANSYS流体分析能力排名:1、ANSYS、ADINA、MSC、ABAQUS 耦合分析能力排名:1、ADINA、ANSYS、MSC、ABAQUS 性价比排名:最好的是ADINA,其次ABAQUS、再次ANSYS、最后MSC ABAQUS软件与ANSYS软件的对比分析: 1.在世界范围内的知名度:两种软件同为国际知名的有限元分析软件,在世界范围内具有各自广泛的用户群。ANSYS 软件在致力于线性分析的用户中具有很好的声誉,它在计算机资源的利用,用户界面开发等方面也做出了较大的贡献。ABAQUS 软件则致力于更复杂和深入的工程问题,其强大的非线性分析功能在设计和研究的高端用户群中得到了广泛的认可。由于ANSYS产品进入中国市场早于ABAQUS,并且在五年前ANSYS 的界面是当时最好的界面之一,所以在中国,ANSYS 软件在用户数量和市场推广度方面要高于ABAQUS。但随着ABAQUS北京办事处的成立,ABAQUS 软件的用户数目和市场占有率正在大幅度和稳步提高,并可望在今后的几年内赶上和超过ANSYS。

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