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本地blast使用说明

先找到程序所在
cd c：\
cd blast
cd bin
格式化数据库
formatdb -i datebase.txt -p F(F是核苷酸库 T是蛋白库)
然后BLAST(blastall下有子程序:blastn blastx blastt)
blastall -p blastn -d datebase.txt -i 待比对.txt -o 结果.txt -e 1e-10
1e-004 差不多全对齐

Microsoft Windows XP [版本 5.1.2600]
(C) 版权所有 1985-2001 Microsoft Corp.

C:\Documents and Settings\Administrator>cd c:\

C:\>dir
驱动器 C 中的卷没有标签。
卷的序列号是 A427-A482

C:\ 的目录

2009-03-09 08:48 39,087 1.txt
2009-03-09 14:36 159 2.txt
2008-11-10 12:46 0 AUTOEXEC.BAT
2009-03-12 15:34

blast
2009-03-06 15:18 11,807,227 blast-2.2.17-ia32-win32.exe
2008-11-10 12:46 0 CONFIG.SYS
2008-11-10 12:50 Documents and Settings
2008-11-10 12:35 Driver
2009-03-06 15:39 18,292 miRNA定位的原始序列.txt
2008-11-21 09:01 Perl
2009-02-27 11:11 Program Files
2009-03-06 12:46 883,494 RNAfold.exe
2009-03-12 15:36 TDDOWNLOAD
2009-03-11 17:28 WINDOWS
2009-03-10 09:26 979 新建文本文档.txt
8 个文件 12,749,238 字节
7 个目录 7,236,440,064 可用字节

C:\>cd blast

C:\blast>dir
驱动器 C 中的卷没有标签。
卷的序列号是 A427-A482

C:\blast 的目录

2009-03-12 15:34 .
2009-03-12 15:34 ..
2009-03-12 15:45 bin
2009-03-06 15:18 11,807,227 blast-2.2.17-ia32-win32.exe
2009-03-12 15:34 data
2009-03-12 15:34 doc
1 个文件 11,807,227 字节
5 个目录 7,236,440,064 可用字节

C:\blast>cd bin

C:\blast\bin>dir
驱动器 C 中的卷没有标签。
卷的序列号是 A427-A482

C:\blast\bin 的目录

2009-03-12 15:45 .
2009-03-12 15:45 ..
2009-03-12 15:39 3,506 1.txt
2009-03-12 15:45 6,356 2.txt
2007-08-23 05:37 2,195,456 bl2seq.exe
2007-08-23 05:37 2,101,248 blastall.exe
2007-08-23 05:37 1,597,440 blastclust.exe
2007-08-23 05:37 1,798,144 blastpgp.exe
2007-08-23 05:38 1,736,704 copymat.exe
2009-03-12 15:39 8,245 database.txt
2009-03-12 15:40 560 database.txt.nhr
2009-03-12 15:40 180 database.txt.nin
2009-03-12 15:40 2,072 database.txt.nsq
2007-08-23 05:38 1,601,536 fastacmd.exe
2007-08-23 05:38 1,634,304 formatdb.exe
2009-03-12 15:40 348 formatdb.log
2007-08-23 05:38 1,744,896 formatrpsdb.exe
2007-08-23 05:38 1,662,976 impala.exe
2007-08-23 05:38 1,572,864 makemat.exe
2007-08-23 05:38 2,

088,960 megablast.exe
2009-03-12 15:41 20,998 result.txt
2007-08-23 05:39 2,068,480 rpsblast.exe
2007-08-23 05:39 1,581,056 seedtop.exe
21 个文件 23,426,329 字节
2 个目录 7,236,440,064 可用字节

C:\blast\bin>fastacmd -d 2.txt -p F
[NULL_Caption] ERROR: ERROR: Cannot initialize readdb for 2.txt database

C:\blast\bin>formatbd -i 2.txt -p F
'fnormatbd' 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序
或批处理文件。

C:\blast\bin>formatdb -i 2.txt -p F

C:\blast\bin>blastall -p blastn -d 2.txt -i 1.txt -o 333.txt -e 1e-10

C:\blast\bin>

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