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生物信息学复习资料

第一讲生物信息学绪论

1、生物信息学诞生于计算机初创时期，1956年在美国田纳西州的Gatlinburg召开了首次“生物学中的信息理论讨论会”

２、20世纪80年代末“林华安”博士创造了”bioinformatics”一词

３、数据库的构建：1979年美国Genbank数据库；1982年欧洲分子生物实验室EMBL核酸序列数据库；1984年日本国家级核酸序列数据库DDBJ

4、专业机构：1988年美国成立了“生物技术信息中心”（NCBI）；欧洲生物信息学研究所（EBI）于1993年构建．

5、生物信息学产生的背景

（１）、传统生物学和现代生物学都是一门实验学科，生物学的发展需要数学模型的介入

（２）、海量生物学数据信息的产生（2002年8月，Genbank中的序列量已达18197000,而碱基对数达22617000000,且以每秒220对的速度增加），数据的分析处理成为生物学发展的“瓶颈”

（３）、新的生物学研究模式的出发点应是理论：从理论出发，再回到实验中追踪或验证这些理论假设

6、生物信息学定义

（广义）：应用信息科学的方法和技术，研究生物体系和生命过程中信息的存贮、信息的内涵和信息的传递，研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程中的各种生物信息，或者也可以说成是生命科学中的信息科学。

狭义：应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。一般提到的“生物信息学”是就指这个狭义的概念，更准确地说，应该是分子生物信息学（Molecular Bioinformatics）

7、生物信息学研究的主要对象——两种信息载体：DNA分子和蛋白质分子

(1)遗传信息的载体——DNA

遗传信息的载体主要是DNA，控制生物体性状的基因是一系列DNA片段，生物体生长发育的本质就是遗传信息的传递和表达

(2)蛋白质的结构决定其功能

蛋白质功能取决于蛋白质的空间结构，蛋白质结构决定于蛋白质的序列（这是目前基本共认的假设），蛋白质结构的信息隐含在蛋白质序列之中。

8、生物分子数据类型：DNA序列数据、蛋白质序列数据、生物分子结构数据、生物分子功能数据、

9、第一步遗传密码和第二部遗传密码

第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少，对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析。无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。

10、分子生物学的三大核心数据库

（1）GenBank核酸序列数据库

（2）SWISS-PROT蛋白质序列数据库

（3）PDB生物大分子结构数据库

11、生物信息学的目标和任务：揭示生物分子数据的内涵是生物信息学的长远目标

（1）收集和管理生物分子数据

（2）数据分析和挖掘

（3）开发分析工具和实用软件

12、生物信息学主要研究内容

1) 破译遗传语言、识别基因

2) 预测蛋白质结构和功能

3) 认识生物界信息存贮和传递的本质

4) 研究药物作用机制和开发新药

13、目前生物信息学主要研究内容

1) 生物分子数据的收集与管理

2) 数据库搜索及序列比较

3) 基因组序列分析

4) 基因表达数据的分析与处理

5) 蛋白质结构预测

14、在二级结构预测方面主要方法有：

立体化学方法、图论方法、统计方法、最邻近决策方法、基于规则的专家系统方法、

分子动力学方法、人工神经网络方法

15、生物信息学研究意义

1）认识生物本质

了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系。

2）改变生物学的研究方式

改变传统研究方式，引进现代信息学方法

3）在医学上的重要意义

为疾病的诊断和治疗提供依据，为设计新药提供依据

16、生物信息学的应用

? 生物信息的经济价值与生物信息学市场

? 基因组分析

? 基因芯片

? 药物开发

? 其他领域

17、生物信息学基本研究方法

? 建立数据库

? 数据库检索

? 序列分析

? 统计模型

? 算法

第二讲生物学知识简介(Part 1)

1、现代生物学的里程碑——DNA双螺旋结构的发现

DNA：遗传物质

Mendel的经典遗传学实验及其经典遗传学规律（1865年）

Morgan学派的基因学说（1915年）

Griffith的肺炎双球菌转化实验（1928年）

Avery的实验以及Hershey、Chase的噬菌体标记实验：DNA是遗传信息的载体（1944～1951年）

2、DNA双螺旋结构模型的意义

1) 为合理解释遗传物质的各种功能、解释生物的遗传和变异、揭

示自然界色彩纷纭的生命现象奠定了理论基础；

2) 揭示了生命世界多样性和生命本质的一致性的辨正统一；

3) 现代生命科学的里程碑。

3、生物分类体系

界（kingdom）动物界(Animalia)

门（phylum）脊索动物门(Chordata) 脊椎动物亚门

(Vertebtata)

纲（class）哺乳动物纲(Mammalia) 真兽亚纲

(Eutheria)

目（order）灵长目(Primates) 类人猿亚目

(Anthropoidea)

科（family）人科(Hominidae)

属（genus）人属(Homo)

种（species）人种(sapiens)

超-（super-）；亚-（sub-）

4、三主干六界说：三主干是真细菌、古细菌和真核生物，六界是真细菌、古细菌、原生生物、真菌、植物、动物

5、四大“模式生物”：酵母、线虫、果蝇、小鼠

6、

7、蛋白质的空间结构：二级结构(secondary structure)氢键形成-螺旋( -helix)

链间形成-折叠(-sheet)

8、生物信息数据库中的核苷酸代码

第三讲生物信息学方法介绍（生物信息学中的数学基础）

1、概率：概率是随机事件发生的可能性大小的数量表示，是定义于事件域?上取值于[0, 1]的函数。

2、条件概率（Conditional probability）：设A、B为试验E的两个事件，且P(B) > 0，称

为在事件B发生的条件下，事件A发生的条件概率。

3、关于条件概率

（1）条件概率P(A|B)的实质：

减小样本空间，定义在样本子空间的概率

P(A) PB(A)即P(A|B)

（2）条件概率也是概率，满足概率公理化定义的三个性质。（证明略）

4、生物序列研究的两类问题

（1）判别问题

Does the sequence belong to a particular family?

（2）信息结构的识别

Assuming the sequence does come from some family, what can we say about its internal structure?

5、例子：人类基因组中与启动子相关的CpG岛信号

在人类基因组的许多基因的转录起始区域，二核苷酸“CG”出现的频率往往要高于基因组其它的区域，因此，“CG”的高含量区（通常长达数百～数千碱基）可能意味着转录启动子的存在，这种“CG”高含量区被称为CpG岛（CpG islands）。对CpG岛的识别，有助于转录起始信号的

识别。

6、例题：已知48条人类DNA序列（全长60kb），每条都含有确认的CpG岛位置、长度注释信息。据此构造训练集：

分别从positive训练集和negative训练集中统计出双核苷酸st的频率，再计算概率转移矩阵：

图的左边是非CpG岛，右边是CpG岛。

据此，可以对某一DNA片段构造判别规则，判定是否CpG岛。

第四讲生物信息学中的计算机技术

1、Unix的组成

1) 内核（Kernel）一个提供硬件抽象层、磁盘及文件系统控制、

多任务等功能的系统软件，是计算机的主要控制程序

2) Shell Unix的一部分，用来解释用户的命令并传递给内核处理

3) 文件系统（File System）存储在计算机中的信息，以目录形

式组织

4) 组件（Utilities） Unix 命令

2、UNIX目录结构

3、Unix常用命令

（1）、Pwd 显示当前工作路径

y 用法：pwd

y 例子：

% pwd

/home/browns02

（2）Ls 列出当前目录下的文件列表

用法：ls -[options] pathname

例子：

% ls

assembin4.fasta Misc test2.txt

使用l参数可以列出更多详细的信息

% ls –l

total 1768

drwxr-x--- 2 browns02 users 8192 Aug 28 18:26 Opioid

4、什么是Perl?

Perl 是Practical Extraction and Report Language 的简写，译为实用摘录和报告语言，Perl由Larry Wall设计的，他曾说过这样一句话：“Perl可能不好看或者不好闻，但是它能完成任务”；Perl具有高级语言（如C）的强大能力和灵活性，许多特性源于C语言；计算机语言的执行分为解释执行(Perl、ASP、PHP )和编译执行(C/C＋＋ )。JAVA是解释和编译型的语言。对于Perl,你要做的只是写出程序并告诉Perl来运行而已

5、Perl程序细节

（1）Perl 程序通常的开始行为如下:

#!/usr/bin/perl

这一行告诉计算机这是个perl程序，并且在哪里执行；带有# 开关的行都是注释，运行时不被Perl解释器执行；Perl语句的每一行以 “ ;”结尾6、常量：

字符串

“Hello world\n”

‘Hello world\n’

第五讲构建生物学数据库

1、数据的定义

数据是人们用于记录事物情况的物理符号。为了描述客观事物而用到的数字、字符以及所有能输入到计算机中并能被计算机处理的符号都可以看作数据

两种基本形式的数据（1）数值型数据、字符型数据（2）图形、图像、声音等多媒体数据

2、信息的定义

信息是数据中所包含的意义。通俗地讲，信息是经过加工处理并对人类社会实践和生产活动产生决策影响的数据

3、信息与数据的区别

信息为经过处理的数据；信息不随表示它的数据形式而改变,而数据则具有任意性，用不同的数据形式可以表示同样的信息

4、数据库

（1）数据库定义：数据库（Database，DB）是长期存储在计算机内、有组织的、可共享的、统一管理的相关数据的集合

（2）DB的特点

A、数据按一定的数据模型组织、描述和储存

B、可为各种用户共享

C、冗余度较小

D、数据独立性较高

E、易扩展

5、数据库管理系统

（1）定义：数据库管理系统（Database Management System，DBMS）DBMS是位于用户与操作系统（OS）之间的一层数据管理软件，它为用户或应用程序提供访问DB的方法，包括DB的建立、查询、更新及各种数据控制

（2）用途：能够科学地组织和存储数据、高效地获取和维护数据（3）依据数据模型，可分为：层次型、网状型、关系型、面向对象型

6、数据库系统

（1）定义：数据库系统（Database System，DBS）是实现有组织地、动态地存储大量关联数据、方便多用户访问的计算机硬件、软件和数据资源组成的系统，即它是采用数据库技术的计算机系统（2）组成：计算机硬件、数据库、数据库管理系统、应用软件、数

据库管理员

第六讲序列比对

1、序列比对(Sequence Alignment)是通过在序列中搜索一系列单个性状或性状模式来比较2个（双序列比对）或更多（多重序列比对）序列的方法

2、序列比对分类

A、双序列比对：两条序列的比对

B、多序列比对：三条或以上序列的比对

3、序列比对两种类型

（1）全局序列比对

定义：在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法

适合于非常相似且长度近似相等的序列

（2）局部序列比对

定义：一种寻找匹配子序列的序列比对方法

适合于一些片段相似而另一些片段相异的序列

4、转换和颠换

表示转换(transition)，表示颠换(transversions)；转换比颠换更容易发生5、PAM( Percent Accepted Mutation)矩阵

氨基酸记分系统需要替换的模式来提高灵敏度以检测弱的相

似性

氨基酸容易被其它生化、物理特性相似的氨基酸替换

PAM矩阵给出了进化过程中同源蛋白质从一个氨基酸变到另

一个氨基酸的似然率(Likelihood)

PAM1(1个PAM单位）被定义为每100个残基出现一个被接受

的点突变(氨基酸的置换不引起蛋白质功能上的显著变化）

PAMn是PAM1自乘n次

PAM250、PAM120、PAM80和PAM60矩阵可用于相似性分别

为20%、40%、50%和60%的序列比对

6、BLOSUM矩阵 (Blocks Substitution Matrix)

模块替换矩阵BLOSUM以序列片段为基础,它是基于蛋白质

模块(Block)数据库而建立起来的

在模块比对的每一列中，分别计算两两氨基酸的替换情况,替

换越普遍，其分值越高。来自所有模块的数值被用来计算

BLOSUM矩阵

矩阵后面的数字表示构建此矩阵所用的序列的相似程度，如

BLOSUM62表示由相似度为62%的序列构建

7、空位罚分(Gap Penalties)

（1）空位为了获得两个序列最佳比对，必须使用空位和空位罚分（2）空位罚分分为：空位开放罚分(Gap opening penalty)和空位扩展罚分(Gap extension penalty)

（3）最优的序列比对通常具有以下两下特征：

? 尽可能多的匹配

? 尽可能少的空位

（4）插入任意多的空位会产生较高的分数，但找到的并不一定是真正相似序列

8、空位罚分公式：Wx=g+r(x-1)

Wx 为总空位记分，g为空位开放罚分，r为空位扩展罚分，x为空位长度

9、双序列比对方法

点阵序列比较(Dot Matrix Sequence Comparison)

动态规划算法(Dynamic Programming Algorithm)

词或K串方法(Word or K-tuple Methods)

贝叶斯统计方法(Bayesian Statistical Methods)

10、动态规划算法(Dynamic Programming Algorithm)是一种计算方法，它的主要思路是把一个问题分成若干个小问题来解决

在序列比对尤其是双序列比对中非常重要，因为其提供了序

列间最优的对位排列

在生物学中应用的两种动态规划算法：Needleman-Wunsch算

法（全局比对）和Smith-Waterman算法（局部比对）

11、Needleman-Wunsch算法

Seq1: M P R C L C Q R J N C B A

Seq2: P B R C K C R N J C J A

STEP1:

采用如左图所示的矩阵，在相匹配的地方填写匹配得分（左图中匹配得分为1，错配(Mismatch)和空位罚分均为0）

STEP2:

利用动态规划的迭代公式进行计算各个位置的得分情况，计算的迭代公式为：

F(i,j)=max{

F(i-1,j-1)+s(xi,yj),

max{F(i-k, j-1)–W(k)+s(xi,yj)},

max{F(i-1,j-l) –W(l)+s(xi,yj)}

}

简言之，就是求出阴影部分所能达到的最大值填入当前位置，并记下到达这一位置的路径。

STEP3:

当完成所有矩阵单元的分值计算后，接下来就是从高分值单元开始找出最大分值路径，也就是找出最佳匹配。这个过程被称为回溯(backtracking)。

由于在计算过程中到达每一个矩阵单元的最优路径都被储存在回溯矩阵中，所以就可以方便地找出最优路径（左图的红色数字表示最优路径）。

最终的比对结果为：　

M P – R C L C Q R – J N C B A

– P B R C K C – R N J – C J A

12、多序列比对方法

（1）全局序列比对

动态规划算法(Dynamic Programming Algorithm)、分而治之方

法(Divide and Conquer Methods)、SP方法(Sum of Pairs

Methods) 、累进方法 (Progressive Methods)、迭代方法 (Iterative

Methods)、遗传算法 (Genetic Algorithms)

（2）局部序列比对

概形分析 (Profile Analysis)、区块分析 (Block Analysis)（3）统计学方法 (Statistical Methods）

13、多序列比对总体思路

第七讲生物信息学的检索

1、Entrez

（1）查询和搜索系统

（2）集成NCBI各种数据库中的信息：核酸序列、蛋白质序列、生物大分子结构、基因组数据、生物分类数据库、孟德尔人类遗传学数据（OMIM）、Pubmed

2、Entrez基本查询功能主题词（Subject）搜索

? 短语（phrase）搜索

? 文献作者（Authous）搜索

? 序列独特识别信息（Unique Identifiers）搜索

? 序列分子量搜索

? 区域搜索

? 通配符搜索

3、Entrez查询策略

快速查询

定制查询

交叉引用的信息查询

批处理查询（Batch Entrez）

4、SRS

SRS（Sequence Retrieval System）是EMBL研制的一个基于WEB的查询系统,是目前生物信息界应用最为广泛的数据库系统。

SRS在中国的镜像站点建立在北京大学生物信息中心。

第八讲数据库搜索

1、最流行的序列数据库快速搜索程序是BLAST 、FastA

2、BLAST与FASTA算法比较

? FASTA（fast alignment）

（1）选定字长参数－ktup，寻找连续配对小片段

（2）利用相似矩阵对每个配对区域记分

（3）将相似区域连接起来，获得最佳序列比对

? BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)基本的局部比对搜索工具

? BLAST的计算过程分为三个阶段：

（1）用统计理论选出相似性高的区域，收集一系列高得分的串，形成高得分单词表

（2）搜索种子

（3）扩展种子

3、比对分数的统计学评价：

期望值（Expectation value，简称E值）

分数

Bit：命中指数

4、BLAST是一个序列数据库搜索程序家族，其中有许多特定用途的程序

生物信息学复习题及答案

生物信息学复习题名词解释 1. Homology (同源):来源于共同祖先的序列相似的序列及同源序列。序列相似序列并不一定是同源序列。（直系同源）：指由于物种形成的特殊事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，它们具有相似的功能。（旁系（并系）同源）：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因复制产生的一组基因，这些基因在功能上的可能发生了改变。基因复制事件是促进新基因进化的重要推动力。 (异同源)：通过横向转移，来源于共生或病毒侵染而产生的相似的序列，为异同源。 Score：The sum of the number of identical matches and conservative (high scoring) substitutions in a sequence alignment divided by the total number of aligned sequence characters. Gap总是不计入总数中。 6.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 7. E值：得分大于等于某个分值S的不同的比对的数目在随机的数据库搜索中发生的可能性。衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列。值：得分为所要求的分值比对或更好的比对随机发生的概率。它是将观测得到的比对得分S，与同样长度和组成的随机序列作为查询序列进行数据库搜索进行比较得到的HSP（高分片段对）得分的期望分布联系起来计算的。通常使用低于来定义统计的显著性。P=1-e-E 9.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法,是序列相似性分析的基础，其不同的选择将会出现不同的分析结果。 10．空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。：美国国家生物技术信息学中心，属于美国国立医学图书馆的一部分，具有BLAST, Entrez ,GenBank等工具，还具有PubMed文献数据库。另外还具有Genome, dbEST, dbGSS , dbSTS, MMDB, OMIM, UniGene, Taxonomy, RefSeq, etc. 序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有大于号（>）开始的核苷酸或者氨基酸序列的新文件，其中大于号后可以跟上序列的相关信息，其他无特殊要求。 13genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释，主要包含生物功能或数据库信息；第三部分是feature，对序列的注释；第四部分是序列本身，以“统发生树（Phylogenetic tree ）是研究生物进化和系统发育过程中的一种用树状分支图来概括各种生物之间亲缘关系，是一种亲缘分支分类方法。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。是用来研究物种进化与多样性的基础，是相近物种相关生物学数据的来源。17.基因树与物种树：物种树反映一组物种进化历程的系统树，其中每一个内部节点就代表一个物种形成的过程，而基因树则是代表来源于不同物种的单个同源基因的差异构建的系统树，而其内部的一个节点则代表一个祖先基因分化为两个新的独特的基因序列的事件。基因

大数据课堂测验2

1、简述大数据的来源与数据类型大数据的来源非常多，如信息管理系统、网络信息系统、物联网系统、科学实验系统等，其数据类型包括结构化数据、半结构化数据和非结构化数据。 2、大数据产生的三个阶段（1）被动式生成数据（2）主动式生成数据（3）感知式生成数据 3、大数据处理的基本流程 1．数据抽取与集成 2．数据分析 3．数据解释 4、大数据的特征 4V1O V olume，Variety，Value，Velocity，On-Line 5、适合大数据的四层堆栈式技术架构 6、大数据的整体技术和关键技术大数据的整体技术一般包括：数据采集、数据存取、基础架构、数据处理、统计分析、数据挖掘、模型预测和结果呈现等。大数据处理关键技术一般包括：大数据采集、大数据预处理、大数据存储及管理、开发大数据安全大数据分析及挖掘、大数据展现和应用（大数据检索、大数据可视化、大数据应用、大数据安全等）。 7、新一代数据体系的分类新一代数据体系中，将传统数据体系中没有考虑过的新数据源进行归纳与分类，可将其归纳到线上行为数据与内容数据两大类别。 8、EDC系统的定义临床试验电子数据采集（Electric Data Capture，EDC）系统，在临床试验中的应用可以有效解决纸质CRF存在的问题。EDC是通过互联网从试验中心（Sites）直接远程收集临床试验数据的一种数据采集系统。 9、EDC系统的基本功能数据录入、数据导出、试验设计、编辑检查、操作痕迹、系统安全、在线交流、医学编码和支持多语言。 10、EDC系统的优点（1）提高了临床研究的效率，缩短了临床研究周期（2）通过逻辑检查提高了数据质量

生物信息学期末考试重点

第一讲生物信息学（Bioinformatics）是20世纪80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新型交叉学科，它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合。生物信息学通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。生物信息学不仅是一门学科，更是一种重要的研究开发平台与工具，是今后进行几乎所有生命科学研究的推手。生物技术与生物信息学的区别及联系生物信息学的发展历史 ?人类基因组计划（HGP） ?人类基因组计划由美国科学家于1985年提出，1990年启动。根据该计划，在2015年要把人体约4万个基因的密码全部揭开，同时绘制出人类基因的谱图，也就是说，要揭开组成人体4万个基因的30亿个碱基对的秘密。HGP与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划，被誉为生命科学的登月计划。(百度百科) 随着基因组计划的不断发展，海量的生物学数据必须通过生物信息学的手段进行收集、分析和整理后，才能成为有用的信息和知识。换句话说，人类基因组计划为生物信息学提供了兴盛的契机。上文所说的基因、碱基对、遗传密码子等术语都是生物信息学需要着重研究的地方。：

】第二讲回顾细胞结构细胞是所有生命形式结构和功能的基本单位细胞组成细胞膜主要由脂类和蛋白质组成的环绕在细胞表面的双层膜结构细胞质细胞膜与细胞核之间的区域：包含液体流质，夹杂物存储的营养、分泌物、天然色素和细胞器细胞器细胞内完成特定功能的结构：线粒体、核糖体、高尔基体、溶酶体等细胞核最大的细胞器 DNA的结构碱基（腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶G）。核苷酸核苷酸是构成DNA分子的重要模块。每个核苷酸分子由一分子称作脱氧核糖的戊糖（五碳糖）、一分子磷酸和一分子碱基构成。每种核苷酸都有一个碱基对，也就是A、T、C、G 基因是什么基因是遗传物质的基本单位基因就是核苷酸序列。大部分的基因大约是1000-4000个核苷酸那么长。基因通过控制蛋白质的合成，从微观和宏观上影响细胞、组织和器官的产生。基因在染色体上。

生物信息学题库说课材料

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■一、选择题: 1.以下哪一个是mRNA条目序列号： A. J01536■. NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506 2.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是：■. Unigene B. Entrez C. LocusLink D. PCR 3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗？■可能 B. 不可能 4.下面哪种数据库源于mRNA信息：■ dbEST B. PDB C. OMIM D. HTGS 5.下面哪个数据库面向人类疾病构建： A. EST B. PDB ■. OMIM D. HTGS 6.Refseq和GenBank有什么区别： A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B. GenBank提供的是非冗余序列 ■. Refseq源于GenBank，提供非冗余序列信息D. GenBank源于Refseq 7.如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择： A. OMIM B. Entrez ■ PubMed D. PROSITE 8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法，下列哪种说法正确：A. 因为GenBank的数据比EMBL更多，Entrez给出的搜索结果将更多B. 搜索结果很可能一样，因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当，但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同 9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于：■ N/W/Y B. Q/W/Y C. F/W/Y D. Q/N/W 10.直系同源定义为：■不同物种中具有共同祖先的同源序列B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列 C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列 D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列 11.下列那个氨基酸最不容易突变： A. 丙氨酸 B. 谷氨酰胺 C. 甲硫氨酸■半胱氨酸 12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变： A. 1% B. 20%■. 80% D. 250% 13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同：A. 全局比对通常用于比对DNA序列，而局部比对通常用于比对蛋白质序列B. 全局比对允许间隙，而局部比对不允许C. 全局比对寻找全局最大化，而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列 14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。为了比较它们，最好使用下列哪个BLOSUM和PAM矩阵：■ BLOSUM45和PAM250 B. BLOSUM45和PAM 1 C. BLOSUM80和PAM250 D. BLOSUM10和PAM1 15.与PAM打分矩阵比较，BLOSUM打分矩阵的最大区别是：A. 最好用于比对相关性高的蛋白B. 它是基于近相关蛋白的全局多序列比对 ■它是基于远相关蛋白的局部多序列比对D. 它结合了全局比对和局部比对 16.如果有一段DNA序列，它可能编码多少种蛋白质序列： A. 1 B. 2 C. 3 ■. 6 17.要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序列，应选择： A. blastn B. blastp C. tblastn D. tblastp■ blastx 18.为什么ClustalW（一个采用了Feng-Doolittle渐进比对算法的程序）不报告E值：A. ClustalW报告E值■使用了全局比对 C. 使用了局部比对 D. 因为是多序列比对 19.Feng-Doolittle方法提出“一旦是空隙，永远是空隙”规则的依据是：A. 保证空隙不会引物序列加入而填充B. 假定进化早期分歧的序列有较高优先级别■假定最近序列空隙应该保留 D. 假定最远序列空隙应该保留 20.根据分子钟假说： A. 所有蛋白质都保持一个相同的恒定进化速率 B. 所有蛋白质的进化速率都与化石记录相符合C. 对于每一个给定的蛋白质，分子进化的速率是逐渐减慢的，就如同不准时的钟■对于每一个给定的蛋白质，其分子进化的速率在所有的进化分支上大致是恒定 21.系统发生树的两个特征是： A. 进化分支和进化节点■树的拓扑结构和分支长度C. 进化分支和树根D. 序列比对和引导检测方法 22.下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法： A. 邻位连接法（NJ法）B. Kimura算法■最大似然法（ML）D. 非加权平均法（UPGMA） 23.基于字母特征和基于距离的系统发生分析的算法的基本差异是：■基于字母特征的算法没有定义分支序列的中间数据矩阵 B. 基于字母特征的算法可应用于DNA或者蛋白质序列，而基于距离仅能用于DNA C. 基于字母特征的算法无法运用简约算法 D. 基于字母特征的算法的进化分支与进化时间无关 24.一个操作分类单元（OTU）可指：A. 多序列比对■蛋白质序列C. 进化分支D. 进化节点 25.构建进化树最直接的错误来源是：■多序列比对错误B. 采样的算法差异C. 假设进化分支是单一起源D. 尝试推测基因的进化关系 26.第一个被完整测定的基因组序列是： A. 啤酒酵母的3号染色体B. 流感病毒■ФX174 D. 人类基因组 27.普通的真核生物线粒体基因组编码大约多少个蛋白质：■ 10 B. 100 C. 1000 D. 10000 28.根据基因组序列预测蛋白质编码基因的算法的最大问题是： A. 软件太难使用■. 假阳性率太高，许多不是外显子的序列部分被错误指定C. 假阳性率太高，许多不是外显子功能未知 D. 假阴性率太高，丢失太多外显子位点 29.HIV病毒亚型的系统演化研究可以： A. 证实HIV病毒是由牛病毒演化而来■. 用于指导开发针对保守蛋白的疫苗C. 证实哪些人类组织最容易遭受病毒侵染 30.一个典型的细菌基因组大小约为多少bp： A. 20000■. 200000 C. 2000000 D. 20000000

2020年秋冬智慧树知道网课《生物信息学》课后章节测试答案

第一章测试 1 【多选题】(2分) 随着人类基因组计划的完成，以下哪些基因组计划是近期启动的计划 A. 我们所有人计划 B. G10K C. 英国十万人基因组计划 D. 中国十万人基因组计划 2 【判断题】(2分) 统计学是一门独特学科，不是生物信息学研究工具和手段之一。 A. 对 B. 错 3 【判断题】(2分) 生物信息学研究任务之一包括SNP的发现和鉴定，对于疾病机理和药物开发靶点发现具有重要意义。

A. 错 B. 对 4 【判断题】(2分) 随着越来越多大规模测序项目的完成，其中最重要的科学使命之一就是要通过比较基因组学方法了解物种的起源和进化过程 A. 对 B. 错 5 【判断题】(2分) 高等生物基因组中含有大量的非编码区，以及可能含有大量的外源病毒序列，只有通过生物信息学方法，解析其中功能和区域，为将来可能通过基因组编辑技术进行疾病机制解析提供基础 A. 错 B. 对

第二章测试 1 【多选题】(2分) 国际核酸数据库由EMBL，DDBJ和GenBank组成，它们在1988年形成国际核酸数据库联合中心，对数据进行 A. 三方共享 B. 数据同步更新 C. 独立分析 D. 数据格式相同 2 【多选题】(2分) GenBank对于核酸数据的显示方式有以下几种 A. ASN.1 B. FASTA C. GBK D. Graph

3 【判断题】(2分) UniprotKB对于生物数据在不同数据库中的链接、调用和标签转换具有非常重要的作用 A. 错 B. 对 4 【多选题】(2分) 生物信息学的研究对象中包括各种数据库，比如 A. PDB B. Uniprot C. GenBank D. KEGG 5

生物信息学考试试卷修订稿

生物信息学考试试卷 WEIHUA system office room 【WEIHUA 16H-WEIHUA WEIHUA8Q8-

一、名词解释(每小题4分,共20分) 1、生物信息学广义：生命科学中的信息科学。生物体系和过程中信息的存贮、传递和表达；细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息。狭义：生物分子信息的获取、存贮、分析和利用。 2、人类基因组计划人类基因组计划准备用15年时间，投入30亿美元，完成人类全部24条染色体的3×109脱氧核苷酸对(bp)的序列测定，主要任务包括作图(遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制)、测序和基因识别。其中还包括模式生物(如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等)基因组的作图和测序，以及信息系统的建立。作图和测序是基本的任务，在此基础上解读和破译生物体生老病死以及和疾病相关的遗传信息。 3、蛋白质的一级结构蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列 4、基因基因--有遗传效应的DNA片断,是控制生物性状的基本遗传单位。 5、中心法则是指遗传信息从传递给，再从RNA传递给，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的复制过程。这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。 6 、DNA序列比较序列比较的根本任务是：（1）发现序列之间的相似性；（2）辨别序列之间的差异目的：相似序列相似的结构，相似的功能判别序列之间的同源性推测序列之间的进化关系 7、一级数据库数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 8、基因识别基因识别，是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。 9、系统发生学系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系。 10、基因芯片基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量cDNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。

生物信息学课后题及答案-推荐下载

生物信息学课后习题及答案（由10级生技一、二班课代表整理）一、绪论 1.你认为，什么是生物信息学？采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。2.你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？（1）主要用于：在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分子进化、蛋白质结构预测等在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS 、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。（2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。 3.人类基因组计划与生物信息学有什么关系？人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为基因组计划的一项重要的工作。而这些数据信息的管理、分析、解释和使用促使了生物信息学的产生和迅速发展。 4简述人类基因组研究计划的历程。通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图，确定人类DNA 的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其他生物进行类似研究。 1990，人类基因组计划正式启动。 1996，完成人类基因组计划的遗传作图，启动模式生物基因组计划。 1998完成人类基因组计划的物理作图，开始人类基因组的大规模测序。Celera 公司加入，与公共领域竞争启动水稻基因组计划。 1999，第五届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度。 2000，Celera 公司宣布完成果蝇基因组测序，国际公共领域宣布完成第一个植物基因组——拟南芥全基因组的测序工作。 2001，人类基因组“中国卷”的绘制工作宣告完成。 2003，中、美、日、德、法、英等6国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功，人类基因组计划的.目标全部实现。2004，人类基因组完成图公布。 2.我国自主知识产权的主要基因组测序计划有哪些？水稻（2002），家鸡（2004），家蚕（2007），家猪（2012），大熊猫（2010） 2．第一章、管路敷设技术通过管线不仅可以解决吊顶层配置不规范高中资料试卷问题，而且可保障各类管路习题到位。在管路敷设过程中，要加强看护关于管路高中资料试卷连接管口处理高中资料试卷弯扁度固定盒位置保护层防腐跨接地线弯曲半径标高等，要求技术交底。管线敷设技术包含线槽、管架等多项方式，为解决高中语文电气课件中管壁薄、接口不严等问题，合理利用管线敷设技术。线缆敷设原则：在分线盒处，当不同电压回路交叉时，应采用金属隔板进行隔开处理；同一线槽内，强电回路须同时切断习题电源，线缆敷设完毕，要进行检查和检测处理。、电气课件中调试对全部高中资料试卷电气设备，在安装过程中以及安装结束后进行高中资料试卷调整试验；通电检查所有设备高中资料试卷相互作用与相互关系，根据生产工艺高中资料试卷要求，对电气设备进行空载与带负荷下高中资料试卷调控试验；对设备进行调整使其在正常工况下与过度工作下都可以正常工作；对于继电保护进行整核对定值，审核与校对图纸，编写复杂设备与装置高中资料试卷调试方案，编写重要设备高中资料试卷试验方案以及系统启动方案；对整套启动过程中高中资料试卷电气设备进行调试工作并且进行过关运行高中资料试卷技术指导。对于调试过程中高中资料试卷技术问题，作为调试人员，需要在事前掌握图纸资料、设备制造厂家出具高中资料试卷试验报告与相关技术资料，并且了解现场设备高中资料试卷布置情况与有关高中资料试卷电气系统接线等情况，然后根据规范与规程规定，制定设备调试高中资料试卷方案。、电气设备调试高中资料试卷技术电力保护装置调试技术，电力保护高中资料试卷配置技术是指机组在进行继电保护高中资料试卷总体配置时，需要在最大限度内来确保机组高中资料试卷安全，并且尽可能地缩小故障高中资料试卷破坏范围，或者对某些异常高中资料试卷工况进行自动处理，尤其要避免错误高中资料试卷保护装置动作，并且拒绝动作，来避免不必要高中资料试卷突然停机。因此，电力高中资料试卷保护装置调试技术，要求电力保护装置做到准确灵活。对于差动保护装置高中资料试卷调试技术是指发电机一变压器组在发生内部故障时，需要进行外部电源高中资料试卷切除从而采用高中资料试卷主要保护装置。

基因组学与生物信息学教案

《基因组学与生物信息学》教案授课专业：生物学大类各专业课程名称：基因组学与生物信息学主讲教师：夏庆友程道军赵萍徐汉福

课程说明一、课程名称：基因组学与生物信息学二、总课时数：36学时（理论27学时实验9学时）三、先修课程：遗传学、分子生物学、基因工程四、使用教材：杨金水. 基因组学. 北京:高等教育出版社,2002. 张成岗. 贺福初, 生物信息学方法与实践. 北京:科学出版社，2002. 五、教学参考书： T.A.布朗著，袁建刚译著，基因组(2rd版)，北京：科学出版社,2006. 沈桂芳，丁仁瑞，走向后基因组时代的分子生物学，杭州：浙江教育出版社，2005. 罗静初译，生物信息学概论，北京：北京大学出版社，2002. 六、考核方式：考查七、教案编写说明：教案又称课时授课计划,是任课教师的教学实施方案。任课教师应遵循专业教学计划制订的培养目标，以教学大纲为依据，在熟悉教材、了解学生的基础上，结合教学实践经验，提前编写设计好每门课程每个章、节或主题的全部教学活动。教案可以按每堂课（指同一主题连续1~2节课）设计编写。教案编写说明如下： 1、编号：按施教的顺序标明序号。 2、教学课型表示所授课程的类型，请在相应课型栏内选择打“√”。 3、题目：标明章、节或主题。 4、教学内容：是授课的核心。将授课的内容按逻辑层次，有序设计编排，必要时标以“*”、“#”“？” 符号分别表示重点、难点或疑点。 5、教学方式既教学方法，如讲授、讨论、示教、指导等。教学手段指教科书、板书、多媒体、模型、标本、挂图、音像等教学工具。 6、讨论、思考题和作业：提出若干问题以供讨论，或作为课后复习时思考，亦可要求学生作为作业来完成，以供考核之用。 7、参考书目：列出参考书籍、有关资料。 8、日期的填写系指本堂课授课的时间。

生物信息学试题整理

UTR的含义是（B ） A.编码区 B. 非编码区 C. motif的含义是（D ）。 A.基序 B. 跨叠克隆群 C. algorithm 的含义是（B ）。 A.登录号 B. 算法 C. RGR^ （D ）。 A.在线人类孟德尔遗传数据 D.水稻基因组计划下列Fasta格式正确的是（B）低复杂度区域 D. 幵放阅读框碱基对 D. 结构域比对 D. 类推 B. 国家核酸数据库 C. 人类基因组计划 A. seql: agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta B. >seq1 agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta C. seq1:agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta D. >seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta 如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（D） A. NDB 数据库 B. PDB 数据库 C. GenBank 数据库 D. SWISS-PROT 数

据库 Bioinformatics 的含义是（A ）。 A. 生物信息学 B. 基因组学 C. 蛋白质组学 D. 表观遗传学 Gen Bank中分类码PLN表示是（D ）。 A.哺乳类序列 B. 细菌序列 C.噬菌体序列 D. 植物、真菌和藻类序列 ortholog 的含义是（A）0 A.直系同源 B.旁系同源 C.直接进化 D.间接进化从cDNA文库中获得的短序列是（D ）o A. STS B. UTR C. CDS D. EST con tig的含义是（B ）o A.基序 B. 跨叠克隆群 C. 碱基对 D. 结构域 TAIR （AtDB）数据库是（C）o A.线虫基因组 B. 果蝇基因组 C. 拟南芥数据库 D. 大肠杆菌基因组ORF的含义是（D ）o A.调控区 B. 非编码区 C.低复杂度区域 D. 幵放阅读框

生物信息学课程设计

生物信息学课程设计报告题目：用blast、clustalx2和mega来分析鼠伤寒沙门氏菌的四环素抗性基因专业：生物技术班级：11-2 学号：11114040235 姓名：邹炜球指导教师：马超广东石油化工学院生物工程系 2013年 12 月 21 日

摘要生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的一门学科，它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。本课程设计主要通过分析鼠伤寒沙门氏菌的四环素抗性基因来介绍生物信息学里面常用的数据库NCBI和一些常用的软件（如blast、clustalx2、Primer Premier 5和mega），由于生物信息学这一门课在生物研究领域所起到的作用非常大，所以熟练一些常用的生物信息学软件和数据库是非常有必要的。关键词：NCBI、blast、clustalx2、Primer Premier 、mega、生物信息学、序列比对、系统发育树

目录 1绪论 (4) 1.1生物信息学的发展概况 (4) 1.2生物信息学的发展展望 (4) 2 课题设计内容 (5) 2.1以某一基因或蛋白为研究对象搜索一条序列（DNA长度为300-1500bp,蛋白质序列为100-500）及相关信息，并分别表示出他的GENBANK和FASTA格式 (6) 2.2以设计内容1为目标序列进行BLAST分析 (7) 2.3通过BLAST或相关软件下载8条基因或蛋白质序列 (9) 2.4以8条基因序列进行多序列比对 (10) 2.5依照设计内容4构建系统发育树 (10) 2.6以其中一条基因序列设计一条长度为200-500bp的一对引物 (12) 参考文献 (16)

生物信息学的主要研究内容

常用数据库在DNA序列方面有GenBank、EMBL和等在蛋白质一级结构方面有SWISS-PROT、PIR和MIPS等在蛋白质和其它生物大分子的结构方面有PDB等在蛋白质结构分类方面有SCOP和CATH等生物信息学的主要研究内容 1、序列比对（Alignment）基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。序列比对是生物信息学的基础，非常重要。两个序列的比对有较成熟的动态规划算法，以及在此基础上编写的比对软件包BLAST和FASTA，可以免费下载使用。这些软件在数据库查询和搜索中有重要的应用。 2、结构比对基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性。已有一些算法。 3、蛋白质结构预测，包括2级和3级结构预测，是最重要的课题之一从方法上来看有演绎法和归纳法两种途径。前者主要是从一些基本原理或假设出发来预测和研究蛋白质的结构和折叠过程。分子力学和分子动力学属这一范畴。后者主要是从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构。同源模建（Homology）和指认（Threading）方法属于这一范畴。虽然经过30余年的努力，蛋白结构预测研究现状远远不能满足实际需要。 4、计算机辅助基因识别(仅指蛋白质编码基因)。最重要的课题之一基本问题是给定基因组序列后，正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.这是最重要的课题之一，而且越来越重要。经过20余年的努力，提出了数十种算法，有十种左右重要的算法和相应软件上网提供免费服务。原核生物计算机辅助基因识别相对容易些，结果好一些。从具有较多内含子的真核生物基因组序列中正确识别出起始密码子、剪切位点和终止密码子，是个相当困难的问题，研究现状不能令人满意，仍有大量的工作要做。 5、非编码区分析和DNA语言研究，是最重要的课题之一在人类基因组中，编码部分进展总序列的3~5%，其它通常称为“垃圾”DNA，其实一点也不是垃圾，只是我们暂时还不知道其重要的功能。分析非编码区DNA 序列需要大胆的想象和崭新的研究思路和方法。DNA序列作为一种遗传语言，不仅体现在编码序列之中，而且隐含在非编码序列之中。 6、分子进化和比较基因组学，是最重要的课题之一早期的工作主要是利用不同物种中同一种基因序列的异同来研究生物的进化，构建进化树。既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做，甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化。以上研究已经积累了大量的工作。近年来由于较多模式生物基因组测序任务的完成，为从整个基因组的角度来研究分子进化提供了条件。 7、序列重叠群（Contigs）装配一般来说，根据现行的测序技术，每次反应只能测出500或更多一些碱基对的序列，这就有一个把大量的较短的序列全体构成了重叠群（Contigs）。逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群，直至得到完整序列的过程称为重叠群装配。拼接EST数据以发现全长新基因也有类似的问题。已经证明，这是一个NP-完备

生物信息学期末考试重点

1、生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。 2、数据库（Database）是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库，它产生于距今六十多年前，随着信息技术和市场的发展，特别是二十世纪九十年代以后，数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种数据管理的方式。数据库有很多种类型，从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。 3、表达序列标签从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。EST 来源于一定环境下一个组织总 mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。 4、开放阅读框是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列，可编码相应的蛋白。 ORF识别包括检测六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的 DNA序列而其内部不包含启动子或终止子，符合这些条件的序列有可能对应一个真正的单一的基因产物。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。 5、蛋白质的一级结构在每种蛋白质中氨基酸按照一定的数目和组成进行排列，并进一步折叠成特定的空间结构前者我们称为蛋白质的一级结构，也叫初级结构或基本结构。蛋白质一级结构是理解蛋白质结构、作用机制以及与其同源蛋白质生理功能的必要基础。 6、基因识别是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别 DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。基因识别是基因组研究的基础。

生物信息学-课堂练习生物信息学蛋白质序列分析-课堂练习

生物信息学蛋白质序列分析-课堂练习 ZNF395, 全称为Zinc Finger Protein395, 又被称为PBF，PRF1，DBP2，PRF-1，Si-1-8-14或DKFZp434K1210。其氨基酸序列为结构域分析：http://www.expasy.ch/prosite/ (一)分析蛋白质的一级结构分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成:Tools and software packages------Identification and characterization-----ProtParam http://www.expasy.ch/tools/protparam.html 分析蛋白质的疏水性:Primary structure analysis-----ProtScale http://www.expasy.ch/tools/protscale.html 分析蛋白质的重复序列:Primary structure analysis-----REP http://www.embl-heidelberg.de/~andrade/papers/rep/search.html (二)分析蛋白质的二级结构预测蛋白质的?－螺旋和?－折叠结构:Secondary structure prediction-----nnPredict https://www.sodocs.net/doc/e48530406.html,/~nomi/nnpredict.html 蛋白质的其它二级结构:Secondary structure prediction-----SOPMA

(三)分析蛋白质的三级结构 molecular modeling:“tertiary structure prediction ”栏目选择选择一个分析工具，email服务 (四)分析膜蛋白质

生物信息学复习题及答案(陶士珩)

生物信息学复习题一、名词解释生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列比对，分子钟，系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。二、问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。￥ 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么 7）简述BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列 9）什么是多序列比对过程的三个步骤 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ML）的算法思想。 ? 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么 16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。 17）试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用BLAST发现新基因 19）试述SCOP蛋白质分类方案。 20）试述SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分 22）试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。[ 3）三、操作与计算题 1）如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999

2012生物信息学试卷(英文)

中南大学研究生《生物信息学》考试试题（2012.10.27） No: name:Tel： Classify the nouns by bioinformation, and to briefly explain they respectively. （20 Points） Problem #1Pairwise sequence alignment（10 Points）（1）match ＋2 Points，mismatch －1 Points， gap open －11 Points ，gap extened －1 Points （2）match and mismatch by BLOSUM62 gap open －11 Points ，gap extened －1 Points （3）What's the difference between (1) and (2)?Which is more appropriate？Why？表1 BLOSUM62矩阵

Problem #2 HMM （10 Points ） A possible hidden Markov model for the protein ACCY . （1） Scoring a Sequence with an HMM along this path: [mach A] [insert C] [mach C] [mach Y] （2） There are three kinds of states represented by three different shapes. What do they all mean? 0.1 0.3 0.3 0.4 0.2 0.6 0.3 0.2 0.5 0.1 0.9 0.1 0.1 0.1 0.5 0.4 0.1 0.6 0.2 0.2 0.6 0.2 0.4 0.7 0.2 0.4 0.7 0.4 0.6 0.7 A 0.3 C 0.5 Y 0.8 Problem #3 The circuits in Single Genes （10 Points ） How much regulatory modules in Endo16 ? Briefly explain the relationship between them. Homework （50 Points ） (1) Serach Uniprot ,GO,KEGG (2) NCBI blast (3) swiss mdel 邮箱：rlf126@https://www.sodocs.net/doc/e48530406.html, 截止日期：2012.11.04 0.2 A 0.5 C 0.3 C

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一、名词解释分子进化中性学说１９６８，木村资生提出，认为多数或绝大多数突变都是中性的，即无所谓有利或不利，因此对于这些中性突变不会发生自然选择与适者生存的情况。生物的进化主要是中性突变在自然群体中进行随机的“遗传漂变”的结果，而与选择无关。相似性不同染色体之间的相似程度同源性两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列的相似程度外显子断裂基因中的编码序列。成熟mRNA上保留下的编码序列，蛋白质生物合成过程中表达为蛋白质。内含子断裂基因的非编码区，可被转录到前体ＲＮＡ，在 mRNA加工过程中被剪切掉，成熟mRNA上无内含子编码序列，无法表达为蛋白质。基于距离构建系统发育树首先获得分类群间的进化距离度量，再依据距离度量来重建一颗系统发育树，并使得该树能最好的反应已知序列之间的距离最大简约法根据离散型性状{包括形态学性状和分子序列（DNA，蛋白质等）}的变异程度，构建生物的系统发育树，并分析生物物种之间的演化关系。最大似然法（ML）是完全基于统计的方法，以一个特定的替代模型分析一组序列数据，使所得的每一个拓扑结构的似然值均为最

大，筛选出最大似然值的拓扑结构为最终树 EST expressed sequence tags，表达序列标签,指从不同组织来源的cDNA序列。 SNP Single Nucleotide Polymorphisms，单核苷酸的多态性二、选择 1、ＲＮＡ不含的碱基 T 2、生物性息学数据库检索６个ｌａｓｔ，五个程序，何时用 3、ＤＮＡ．ＲＮＡ连接方式、方向性、是否重复、ＲＮＡ易被水解？磷酸二酯键都5′→3′------ RNA更易水解

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