计算机集群 fluent计算说明

东五楼计算机集群应用步骤

一、申请账户

通过提交项目基本情况及所需资源来获得账户和密码

二、下载客户端SSH Secure Shell Client，账号连接

图1 客户端界面

1、edit----settings---connection，设置默认连接用户信息，见图2所示：

host：211.69.198.201（学校计算机网络节点IP）

user：申请的用户名

port：端口号22

设置好后，以后每次只要点击就可以通过输入密码连接。

图2 连接设置

2、连接后界面

图3 登陆后界面

3、之后就可以输入命令了。

4、基本常用命令学习

ls 查看该路径下的文档（注:是LS哦，不要搞成1S）vi +文件名对该文件进行编辑

cd+具体路径进入该路径的文件夹下比如：cd /home/liugf/fluent cd空格.. 进入上级文件夹

cd 进入下级文件夹

按键盘delete或者backspace 回删文字

* 表示所有东西

i 编辑模式（用于更改job文件及oar文件，输入i才能更改文件内容）

cp 复制

cp * ../文件名/ 复制所有东西到上一级文件夹里

rm 删除

Esc（键盘按键）: wq ：退出编辑并保存（用于用于更改job文件及oar文件）

oarsub –S ./oar 提交任务（在计算文件存放路径下提交）

oarstat 查看任务

oardel job id（具体任务的ID号）删除任务，用于计算过久或者计算出错时

查看硬盘下还有多少空间du –sh 用户名

三、将linux版本的fluent上传到高性能计算机中心并安装

（liugf的账号已经安装，后来人不用管安装的事了，要学的可以学学）

1、软件下载地址：

ed2k://|file|[Ansys流体动力学系

统].Ansys.Fluent.6.3.Linux.x64.zip|156044630|6cb356346568a23b15c0731378afb0f1|/

2、上传，通过点击进入如下界面：

该界面是一种ftp上传软件，可通过鼠标拖拽，把个人机的文件上传到计算结点给用户分配的存储空间上。左为个人电脑，右为计算结点。

图4 上传文件界面

5、安装fluent

（1）建立安装目录/home/liugf/fluent，把安装文件放在该目录下，liugf为账户名，可根据需要更改。（注：盘符下的文件夹不能有中文名）

（2）本例子中解压缩过程有两种文件，一种是zip文件，一种是tar文件，解压zip文件：unzip 解压文件名（大小写保持一致）

解压tar文件：tar –xvf 解压文件名

-x：提取文件；

-v：处理过程中输出相关信息；

-f：对普通文件操作。

注:不同类型的压缩文件解压缩命令不同，可根据具体情况百度学习。

（3）对tar文件解压缩后出现sh格式的文件，可以直接安装该文件。

安装命令：./xxx.sh

注：XXX为文件名

四、运行计算程序

1、运行前要知道的东西

（1）一次最多只能提交12个任务

（2）每个任务不能计算超过120小时

（3）16个cpu是计算效果最好的，但也要视具体模拟情况而定，要的cpu越多，你的任务越有可能被排到后面。

（4）有四个重要文件host、hostib、job、oar（感谢煤燃烧王林同学的提供^_^），其中job和oar是根据你具体的计算更改的。

（5）每计算一个算例，都要把上面四个文件放在计算文件所在路径下。

（6）Job文件修改简介

假设我的计算文件在这个路径下：

/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes

●首先进入该路径

cd /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes

●想看的话可以查看下该路径下有什么东东

输入ls，就可以看到

[liugf@node01~]$cd /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes

[liugf@node01 8nodes]$ ls

14cap0.002s.cas 14cap0.002s.dat host hostib job oar

●要编辑job文件，输入vi job，进入job文件，可以看到

图5 job文件的内容

编辑oar文件，vi oar

可以看到下面界面（涂色的可以修改）：

#!/bin/sh

### set current work directory

##OAR -cwd

#reserve resource

#OAR -l nodes=2/cpu=4, walltime=120:00:00 注：设置所需的计算资源及计算时间### Job Name

#OAR -n 14capsteady （注：自己定一个区别与别人的作业名）### directory

### Output

#OAR -O out

#OAR -E err

## import the environment varialbes

##$ -V

### Script command

echo

echo ----- Running on host `hostname`

echo ----- Start time is `date`

echo ----- Directory is `pwd`

echo

/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/bin/fluent 3d -g -ssh -cnf=$OAR_NODEFILE -t8 -i job

注：你的fluent的安装路径，要选择二维还是三维求解器，几核，-g是在后台计算的意思

#fluent 3d -g -pib -mpi=mvapich -cnf=host -t1 -i job > output

echo

echo ----- End time is `date`

exit

注:编辑并保存完oar文件后，还需对它进行一次编译，让他变成绿色，oar。编译命令：chmod 755 oar

2、开始计算

（1）把要修改的修改了，那四个文件放在你的计算文件所在文件夹下。

（2）提交作业

●输入命令：oarsub –S ./oar 注:S要大写

●好了，提交成功，那边会给你提供一个作业ID号比如121345，

如果有现成的空结点，就可以直接开始算了，如果没有，只能排

队等了，如果排队时间很长，你又想把计算文件修改一些设置，

可以抓紧时间把计算文件换了，重新上传，文件名不要变就好。

●如果你的计算出错，可以删除作业

oardel 121345(作业id号)

●查看作业运行情况

oarstat

3、可能遇到的问题

●如果你的某个程序变态了没法退出，只能用强制关闭命令：pgrep –u

账户名| xargs kill -9

●如果你的出错文件err里面写了下面的东西，找管理员，让他帮你弄

吧，我也不知道怎么回事，在这个问题上我折腾了很久。期间还遇

上黑客攻击东五楼的情况。

/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6.3.26/cortex/lnamd64/cortex.3.7.3 -f fluent -g -i job (fluent "3d -pethernet -host -r6.3.26 -t8 -mpi=hp -cnf=/tmp/oar_runtime//166754 -path/home/liugf/fluent/Fluent.Inc -ssh") Starting

/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6.3.26/lnamd64/3d_host/fluent.6.3.26 host -cx https://www.sodocs.net/doc/d618962025.html,:58970:42168 "(list (rpsetvar (QUOTE parallel/function) "fluent 3d -node -r6.3.26 -t8 -pethernet -mpi=hp -cnf=/tmp/oar_runtime//166754 -ssh")

(rpsetvar (QUOTE parallel/rhost) "") (rpsetvar (QUOTE parallel/ruser) "") (rpsetvar (QUOTE parallel/nprocs_string) "8") (rpsetvar (QUOTE parallel/auto-spawn?) #t) (rpsetvar (QUOTE parallel/trace-level) 0) (rpsetvar (QUOTE parallel/remote-shell) 1) (rpsetvar (QUOTE parallel/path) "/home/liugf/fluent/Fluent.Inc") (rpsetvar (QUOTE parallel/hostsfile) "/tmp/oar_runtime//166754") )"

Welcome to Fluent 6.3.26

Copyright 2006 Fluent Inc.

All Rights Reserved

Loading "/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6.3.26/lib/flprim.dmp.1119-64"

Done.

Starting

/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6.3.26/multiport/mpi/lnamd64/hp/bin/mpirun

-TCP -f /tmp/fluent-appfile.10892

Host key verification failed.

mpirun: Warning one more more remote shell commands exited with non-zero status, which may indicate a remote access problem.

●有时候产生了err文件，但是没什么大问题，还是可以计算，可以通过

打开out文件，查看残差等信息。

●上面问题都解决的话，基本就没什么大问题了。

2010-6-6撰于化机所