oligo 使用教程及心得

在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法:

1，直接用键盘输入：

a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence 命令，进入序列展示窗口；

b，此时即可键入DNA序列；

c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。

2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open 的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。

3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。

点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。

进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口,以及序列内部碱基稳定性窗口.其中的退火温度窗是我们引物设计的主窗，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。

一，普通引物对的搜索：

以Mouse 4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。

1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框；

2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs.

在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC 含量有限定，d，去除错误引发引物等。

3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。

①单击：“search Ranges”按钮，弹出“Search Ranges”对话框。输入上游引物的范围：1－2000，下游引物的位置：100－2300；PCR产物的长度600－800bp。

②单击“Paramaters”按钮进入“Search Parameters”对话框，对话框种分三个活页，分别是：不同设定，参数以及更多参数。

③在“普通设定”窗口，为我们提供了对引物非常直观的设定方法，从高到低分六个等级，最后还有一个用户定制选项。

④当我们对引物的各种参数的含义及应该设定多大值并不是特别清楚时，就可以直接设定Very high/High等来完成对引物设计参数的设定。

⑤当我们选中“Automatically Change String”后，Oligo会在引物搜索过程中：如果在高等级设定中无法找到引物对时自动降低一个定级来进行搜索，知道找到引物对。在设计反向PCR引物对时，就选中“Inverse PCR”复选框。

⑥我们还可以让引物的长度可以改变，以适应设定的Tm值或PE？（Prime Effitions，

引发效率）。也可以限定所选引物对的最大数目。

⑦在“Parameters”窗口中，实际上需要我们改动的只有引物的长度，根据试验的要求作相应的改变，如23nt。其他参数就使用Oligo的默认值，一般无需改变。在“More Parameters“窗口中，一般也无需作任何改变，直接用Oligo的默认值。

4，点击“确认”－“Ok”进入搜索窗口，再次单击“OK”后，Oligo自动完成引物对的搜索，并出现一个搜索结果窗口。显示出得到的引物对数目。

5，点击“Ok”，出现“PrimerPairs”窗口，在窗口中列出了7对引物的简单信息，引物位置，产物长度，最佳退火温度及GC含量。单击“Sort”按钮，可以按产物长度，最佳退火温度及GC含量从小到大或从大到小的顺序排列。

6，点击任意一对引物，在旁边马上弹出一个叫“PCR”的窗口，在窗口中我们可以看到这对引物在模板中的大概位置，最佳退火温度（该温度可以直接应用于我们实际PCR中的第二步退火）。另外还有引物的Tm值，GC含量，引发效率，同时还计算出了产物的Tm值于引物Tm值的差异以及引物间Tm值的差异。一般我们尽量保持前者在20度以内，后者在5－6度以内。点击不同的引物对时，PCR窗口内容同时作相应的改变。

7，要想了解引物的详细信息，如二聚体，发卡结构形成情况、组成、Tm值和错误引发位点等，这时只需点击“Analyze”菜单中的相应命令，就可以分别得到相关信息。例如点击“Duplex formation”，我们就可以得到上游引物间，下游引物间及上下游引物间形成二聚体的情况。同理，“Hairpin formation”，“Composition and Tm”，“False Priming Sites”等命令就可以显示出相关信息。所有这些分析的结果都有助于我们从Oligo搜索得到的多对引物中选择最佳的引物对。

需要说明的是，1，如果一次搜索得到的引物对太多时，我们可以适当提高选定的条件和规定更合适的搜索范围来减少引物对数；2，引物一般尽量不要在3’端或是离3’端太近的位置形成二聚体，同时二聚体的自有能绝对值尽量小于10；3，对于错误引发，在普通PCR 中，如果引发效率在160 points以上时，就可能出现杂带，在测序反应中，错误引发效率则应该严格控制在120 points以下。

8，Oligo中每对引物的详细信息可以直接导出为一个文本文件：

首先点击“File”菜单中的“Print/Save Options”，在出现的对话框中的普通设定选中“Selected”；在“Analyze I”中选择需要保存的信息，在“Analyze II”中选中PCR。)oSAF?

单击确定按钮退出，这时再次点击“File”菜单，Save浮动命令中的“Data Save as”，选择路径及文件名即可。

二，测序引物的设计：

在oligo中，测序引物设计过程与普通引物设计大部分都很相似。

还是以Mouse 4E为例，假如我们要在600－800bp的位置设计一条测序引物。

Open－Searchr

在“Search”窗口中，选中“Sequece Primer”，同时去除负链Search的选中

在“Search Range”窗口，输入正链的600－800bp

在“Parameters”中选定very high ，引物长度改为18bp

结果得到11条测序引物，与普通引物同理，根据其详细信息就可以挑选到一条最佳的测序引物。

三，探针的设计：

探针的设计与测序引物设计基本相同，只需使“Search”窗口的探针设计选中，改变探针的长度就可以。

四，评估引物对：

我们在各种文献中查到的引物，如果直接进行PCR，往往很难重复别人的实验结果。这时就想到，是不是引物的质量有问题？能不能用软件来对这些问题引物进行一些分析呢？答案时肯定的。

1，点击File菜单中的New命令；

2，在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物；

3，如果该引物的首位置不是1的话，可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字，如20；

4，点击Accept/Discard菜单的Accept命令；

5，如果引物序列长度不同于当前的引物的话，可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度；

6，选取当前序列为上游引物（点击“upper”按钮）；

7，从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令，在Edit Lower窗口中输入下游引物的序列；

8，在Edit窗口的上角处，输入相应的5’位置；

9，选取“Accept and Quit”命令；

如果想让程序给出最佳退火温度，在此时的对话框中输入PCR产物的长度以及GC含量所占百分比，一般哺乳动物的cDNA序列中GC大约占44％。

10，点击OK就可以在“Analyze”菜单中完成各种分析了。

心得 yvette wrote: 对于作PCR的来说，最难的莫过于设计引物了，理论现在已经很多了，但是真正实践起来是要付出一定的心智的，记得曾经看到某一位主任说他设计了上千对引物，从没有失手的时候，真是让我佩服得五体投地。 最近看了一下OLIGO6.0的使用说明，英文的，感觉有很多地方还是讲得不很明白，比如Nested primers design 及multiplex PCR Primer design. 下面我先来讲讲普通的利用OLIGO 设计引物的方法吧： 1 从文件菜单打开模板序列，当然，不是随便什么序列都可以打开的，要有特定的格式，一般扩展名为*.seq的序列可以直接打开，或者就从文件菜单选择new sequence打开一个空窗口，然后利用复制/粘贴也可以导入模板序列，或者直接在该窗口中写，然后要打开文件菜单旁边的accept 菜单，选accept就可以了；这时候有三个窗口，重叠在一起，很不方便看，可以从window菜单选Tile，这样，三个窗口就平行排列了。 2 从search菜单选primers and probes，打开了引物搜索窗 3 点黑PCR下面的compatible pairs 前面的小圆孔 4 在oligonucleotide with GC clamp 及Eliminate false priming 前的小方格里打上勾 5 如果在PCR中可能存在其他的模板，要想使所设计的引物与该模板不会形成错配，可在And continue above search in other files 的条目前方格中打勾，这时会出现一个新的select files窗，导入可能会形成错配的模板序列。点OK 6 点Search ranges按钮，输入你想要的上游和下游引物在模板序列上的区间及想要的产物的长度，点OK 7 点parameters 即引物参数按钮，一般将搜索严谨性设为high，如果搜不到，再降低严谨性，另外，在adjust length to match Tm's前的方格中打

勾。点OK 8 点击OK开始自动搜索 9 搜索完成后，在search status窗口的下部选show:primer primers, 点OK 10 得到的引物可以根据位置、长度、退火温度及GC含量进行排序（sort) 11 点击您所想要的就打开了一个窗口显示引物的位置、退货温度、GC含量、PE(Priming efficiency 引发效率)等。 12 从文件菜单点击"New Database" ，然后从import 菜单点击upper primer 和lower primer 就可以将您所需要的上下游引物序列导入到数据库中，至于如何生成引物报告单我就不甚了了，感觉这个功能不如primer premier好使。还希望知道如何使用的兄弟不吝赐教一下叻。 Nested Primer pairs Search 与上述自动搜索差不多，有一下几点不同： 1 打开search菜单后，不要选定“ And continue above search in other files ” 2 打开parameters菜单后，注意不要选定“ Inverse PCR” 框，同样选定“adjust length to match Tm's” 框 3 开始搜索后得到结果显示在“Primer pairs"窗口中，从analyze菜单中选定multiplexing,得到一个显示所有搜索到的引物在模板上的位置的窗口，直接在该窗口中选择您所要的引物，在您所要的引物的小方块上点击一下，positive strand primer 选定后就从红色变成了绿色，negative strand primer 选定后就从蓝色变成了绿色。先选择巢式PCR的一对外引物，然后选择一对内引物，选定后点击pairs就打开了显示您所选定引物的窗口 4 从文件菜单点击"New Database" ，然后从import菜单点击multiplexed primers就将您所选定的引物导入到一个数据库中，保存。 好像从export 菜单可以生成order form, 但是我实在是太木了，这都大功告成了，到了最后又歇菜了。 还有很重要的功能如搜寻consensus primer pair 和搜寻unique primer pair 来扩增同源性的模板，比如后一个应该就是设计扩增许多同源性很高的序列的保守区吧，我以为我已经找到了尚方宝剑了，可是三条序列试了一下，这三条序列经过multiple align后有很长一段是保守的，您猜怎么着，等了好几分钟，结果没有找到，我又用十条序列，干脆就死机了，可能这一功能需要很大的内存才能使用。也许是我还没有找到窍门，有知道的还请教教我。

Oligo中文使用手册培训资料

O l i g o中文使用手册

Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。 在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法： 1.直接用键盘输入： a.点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口； b.此时即可键入DNA序列； c.如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。 2.利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。 3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。 点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。 进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。

使用oligo 6和primer premier 5.0等软件设计pcr引物

使用Oligo 6和Primer Premier 5.0等软件设计PCR引物 张新宇 （中国医科院肿瘤研究所，北京100021） 电子邮件: zhangxy@https://www.sodocs.net/doc/4512837824.html, 在当今分子生物学研究中，PCR技术已成为使用最多，最广泛的技术之一。而引物设计是PCR技术中至关重要的一环。在PCR扩增以前，一般模板序列已被全部或部分确定。要想扩增出理想的目的片断，一般都得通过正确设计PCR引物。也有的人不经过设计直接取模板序列的两个片段作为引物，这样很可能导致实验失败，如扩增出多条带（引发错配所致），不出目的带或出目的带很弱（引物引发效率低下），引物二聚体带（引物与引物之间形成稳定二聚体）等等。 现在PCR引物设计都通过计算机软件进行。生物信息学发展至今日，具有引物设计功能的软件有很多，其中大部分是免费软件，可直接从网上下载，安装并运行。这类软件大都简单易用，但其引物设计功能一般不很强，通过它们设计的引物常常不尽如人意，而专门进行引物设计的商业版软件功能强大，但使用起来不太容易。本文就这一问题进行探讨。 引物设计的原则 引物设计有几条基本原则： 首先引物要跟模板紧密结合，其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在，再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应(即错配)。 围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度（product length），序列Tm值(melting temperature)，ΔG值(internal stability)，引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin），错误引发位点（false priming site），引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。以使用Oligo软件分析设计引物为例，笔者总结出以下的要点： 1.引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不能大于38，因为过长会导致其延 伸温度大于74℃，即Taq酶的最适温度。 2.引物3’端的序列要比5’端重要。引物3’端的碱基一般不用A，因为A在错误引发位点 的引发效率相对比较高。另外引物间3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR 反应失败。5’端序列对PCR影响不大，因此常用来引进修饰位点或标记物。 3.引物的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含 量不能相差太大。 4.引物所对应模板序列的Tm值最好在72℃左右。 5.ΔG值(自由能)反映了引物与模板结合的强弱程度。一般情况下，引物的ΔG值最好呈 正弦曲线形状，即5’端和中间ΔG值较高，而3’端ΔG值相对较低，且不要超过9（ΔG 值为负值，这里取绝对值），如此则有利于正确引发反应而可防止错误引发。 6.可能的错误引发位点决定于引物序列组成与模板序列组成的相似性，相似性高则错误引 发率高，错误引发的引发率一般不要高过100，如此可保证不出非目的产物的假带。7.引物二聚体及发夹结构的能量一般不要超过4.5，否则容易产生引物二聚体带而且会降

Oligo引物设计软件使用方法

作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。 在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法： 1，直接用键盘输入： a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence 命令，进入序列展示窗口； b，此时即可键入DNA序列； c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。 2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。 3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。 点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。 进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，

siRNA 中文操作手册(lipo2000)

THE RNAi COMPANY RNAi 产品使用手册 上海吉玛制药技术有限公司 Shanghai GenePharma Co.,Ltd.

Ⅰ. RNAi 简介 1 A. RNAi 实验原理 B. RNAi 实验流程 C. RNAi 实验所需试剂 D. 上海吉玛 RNAi 相关产品 Ⅱ. siRNA设计7 A. 哺乳动物siRNA设计 B. 上海吉玛 siRNA 产品特性 C. siRNA oligo 技术数据 Ⅲ. siRNA 对照9 A. 普通阴性对照 B. 荧光标记的阴性对照 C. siRNA阳性对照 D. 转染试剂对照 E. 避免off-target对照 Ⅳ. siRNA 转染10 A.siRNA 转染的方法 B.Lipofectamin2000 转染试剂 C.Lipofectamin2000适用的细胞类型 D.转染前细胞培养 E.Lipofectamin：siRNA/DNA比例 F.贴壁细胞转染程序 G.悬浮细胞siRNA转染程序 H.DNA和siRNA共转染细胞程序 I. 体内siRNA导入方法 J. siRNA转染常见问题与建议 Ⅴ. mRNA水平RNAi效果监测15 A. siRNA细胞转染条件优化 B. Real-Time PCR RNAi 效果检测 C. Real-Time PCR 结果分析 Ⅵ. 蛋白质水平RNAi效果监测20 A. western-blot原理 B.western-blot操作步骤 w C.estern-blot上样液的制备 D.western-blot常用试剂的配制 Ⅶ. RNAi实验常见问题解答22

Ⅰ. RNAi 简介 A. RNAi实验原理 RNA干扰（RNA interfering，RNAi）现象是由与靶基因序列同源的双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）引发的广泛存在于生物体内的序列特异性基因转录后的沉默过程。细胞中的核糖核酸酶III家族成员之一的，dsRNA特异性的核酸酶Dicer将dsRNA裂解成由21-25个核苷酸组成的小干扰RNA (small interfering RNA，siRNA)，随后siRNA作为介导子引起特异性地降解相同序列的mRNA，从而阻断相应基因表达的转录后基因沉默机制。

引物设计软件oligo应用简介

引物设计软件oligo 应用简介 作者： 来源： 时间： 2007-03-07 字体： [大 中 小] 在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。 Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm 图和ΔG 图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq 图。 “Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。 oligo 的下载和安装我就不多说了，打开oligo 相信也无需多讲。打开oligo 的页面如下： 单击file 菜单再点open 或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl＋O”可打开下面的窗口

在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开” 选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”

出现以下窗口，点击“window”再点击“Tile” 出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq，其中Frq是6.0版本的新功能，

为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。 该频率高则可增加错误引发的可能性。 因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从windows菜单改为tile方式。 如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo 5.0，只是显示更清楚了。 ?G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的?G值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低（如图：） Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时，宜选用3’端Frq值相对较低的片段

oligo使用方法说明

Oligo使用方法介绍 作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。 在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法： 1，直接用键盘输入： a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口； b，此时即可键入DNA序列； c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。 2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word 文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。 3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。 点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。 进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。 一， 普通引物对的搜索： 以Mouse 4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。 1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框； 2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs。 在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。 3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。 ①单击：“search Ranges”按钮，弹出“Search Ranges”对话框。输入上游引物的范围：1－2000，下游引物的位置：100－2300；PCR产物的长度600－800bp。 ②单击“Paramaters”按钮进入“Search Parameters”对话框，对话框种分三个活页，分别是：不同设定，参数以及更多参数。 ③在“普通设定”窗口，为我们提供了对引物非常直观的设定方法，从高到低分六个等级，最后还有一个用户定制选项。 ④当我们对引物的各种参数的含义及应该设定多大值并不是特别清楚时，就可以直接设定Very high/High 等来完成对引物设计参数的设定。 ⑤当我们选中“Automatically Change String”后，Oligo会在引物搜索过程中：如果在高等级设定中无法

引物设计OLIGO图解

在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm图和ΔG图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。oligo的下载和安装我就不多说了，打开oligo相信也无需多讲。打开oligo的页面如下： 单击file菜单再点open或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl＋O”可打开下面的窗口：在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开”： 选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”：

出现以下窗口，点击“window”再点击“Tile”： 出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq，其中Frq是6.0版本的新功能，为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误 引发的可能性。因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从 windows菜单改为tile方式。如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo 5.0，只是显示更清楚了： ?G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的?G值在5'端和中间值比较高，而在3'端相 对低（如图）。Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5'到3'的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时，宜选 用3'端Frq值相对较低的片段： 再点击Search再点“Fo'r Primers and probes”或使用快捷键F3：

Nanodrop 2000中文操作手册

Nanodrop 2000/2000C 分光光度计V1.0 用户手册

基因有限公司仪器应用技术支持 亲爱的用户，您好！ 非常感谢您选购我公司代理的仪器。我们将竭诚为您提供优质的售后服务及免费的专业应用培训。 为了更好地进行仪器的应用培训，我们根据您所选购的仪器特点，将需要您配合准备的工作敬告如下： 1. 应用培训内容：仪器操作培训和软件应用培训。仪器操作培训包括：仪器的操作、 维护和仪器使用注意事项。软件应用培训包括：用户本次所购买的同仪器配套的所有软件的软件应用培训。 2. 培训时间：仪器正式安装调试后，由安装工程师现场培训仪器操作。 3. 应用培训中所需准备的试剂、耗材和仪器均需由用户提供，并在系统培训开始前 准备好。 4. 用户签收售后服务工作报告后，基因公司正式的系统培训内容即完成。您以后在 使用的过程中有任何疑问都可以向我们咨询，我们非常乐意为您们解决应用上遇到的问题。 5. 在仪器的使用过程中，无论遇到您认为多么微小或繁琐的问题，请您及时和我们 联系，一个及时的通知能节约您的时间，也能帮助我们更好的了解仪器和软件。6. 联系我们时请您提供：仪器型号、软件名称，版本、错误代码、实验目的、操作 系统（98/2k/xp/NT）、维修历史等相关资料。 本守则提的信息仅供参考，本守则包含的所有信息应该是正确和完整的。如果对本守则中的描述有疑问，请参考厂家的英文操作说明。如果由于您的不正当使用而对仪器造成损坏或者导致仪器的性能损伤，本公司将不会对此负责。

1．仪器介绍 仪器描述 Thermo Scientific NanoDrop 2000/2000C分光光度计可以检测0.5-2ul的样本，而且检测是非常高的准确性和重复性。ND2000C分光光度计不仅提供了NanoDrop 样品保留专利技术的便利性，也可以使用传统的比色皿来进行样本检测。 样本保留系统应用了表面张力来把样本保留在两根检测光纤中间，这使得仪器可以检测较高浓度的样本而不用稀释。应用这个技术，全波长（190－840nm）NanoDrop 2000/2000C分光光度计检测样本的最高浓度是标准比色皿的200倍。 仪器规格 NanoDrop 2000/2000C—基座模式 仪器类型：分光光度计 最小样品量：0.5ul 波长：1mm（可以自动调整到0.05mm） 光源：氙闪烁灯 检测器类型：2048—象素线型硅CCD阵列 波长范围：190－840nm 波长准确性：±1 nm 光谱分辨率：≤1.8nm（FWHM@Hg 253.7nm） 吸收光精确性：0.002吸光值（1mm光程） 吸收光准确性：±2％（257nm波长下，0.76个吸光值） 吸光值范围：0.02—300（等同于10mm光程时） 检测极限：2ng/ul dsDNA 最大检测浓度：15,000ng/ul（dsDNA） 检测时间：<5秒 仪器占地面积; 14cm×20cm 重量：2kg 样本基座材料：303不锈钢以及石英光纤 工作电压; 12V 工作功率：12－18W（最大30W） 软件兼容性; Windows XP 和Vista（32bit） NanoDrop 2000C—比色皿模式 光束高度：8.5mm 加热：37±0.5℃ 搅拌：150－850RPM 光程：10，5，2，1mm 检测极限：0.4ng/ul dsDNA 最大检测浓度：750ng/ul dsDNA 检测时间：<3秒 重量： 2.1 kg

]Oligo设计教程

Oligo 设计教程 在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo 程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入： a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口； b，此时即可键入DNA序列； c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。 2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。 3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。 点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。

进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。 一，普通引物对的搜索： 以Mouse 4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse 4E （2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。 1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框； 2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs。 在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。 ①单击：“search Ranges”按钮，弹出“Search Ranges”对

primer5和oligo使用技巧概况

一、Primer Premier 5.0 的使用技巧简介 1. 功能 “Premier”的主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif查找。“Premier”还具有同源性分析功能,但并非其特长,在此略过。此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。 有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物,由于大多数氨基酸(20 种常见结构氨基酸中的18 种的遗传密码不只一种,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列时,会遇到部分碱基的不确定性。这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物,它们的序列组成大部分相同,但在某些位点有所变化,称之为简并引物。遗传密码规则因物种或细胞亚结构的不同而异,比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。“Premier”可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochon drion、支原体(Mycoplasma、植物线粒体(Plant Mitochondrion、原生动物线粒体(P rotozoan Mitochondrion、一般标准(Standard、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mitochondr ion和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion。 2. 使用步骤及技巧 “Premier”软件启动界面如下: 其主要功能在主界面上一目了然(按钮功能如上述。限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等,按确定即可。常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。进行引物设计时,点击按钮,界面如下: 进一步点击按钮,出现“search criteria”窗口,有多种参数可以调整。搜索目的(Seach For有三种选项,PCR 引物(PCR Primers,测序引物(Sequencing Primers,杂交探

Bio-Rad 核酸蛋白测定仪中文操作说明

SmartSpec? Plus 核酸蛋白测定仪 中文操作指南 （本指南仅供参考，以英文说明书为准）

第一章仪器介绍 SmartSpec Plus 核酸蛋白测定仪比其它许多台式分光光度仪拥有更完善的特点和功能，其性能优越，运行稳定，功能强大。 特别适用于生命科学研究 SmartSpec Plus工作波长在200-800nm，是核酸和蛋白样品常规定量的完美工具。 SmartSpec Plus可用于 ●DNA，RNA 和寡核苷酸的定量 ●用Bradford，Lowry和BCA检测法定量蛋白 ●监控细胞的生长状况 ●简易的动力学分析 ●波长扫描和峰检测 更简单的样品分析 SmartSpec Plus 的设计充分考虑了用户的需求。简易的菜单式界面简化了测试过程，只需触摸一下按键就可以提供常用样品的计算结果。转换因子可以储存和修改。SmartSpec Plus能提供以下计算结果，如： ●显示核酸纯度的A260/A280比率 ●定量分析（考虑稀释因子） ●μg/ml样品浓度（寡核苷酸pmol/μl） ●寡核苷酸的摩尔消光系数和分子量 在测试结束时，打印显示使用者，日期和结果的报告 核酸定量 SmartSpec Plus能满足定量PCR产物、核酸制备或细胞转染样品的定量检测要求。选择定量dsDNA、ssDNA或RNA，并从预设的转换因子中选择或输入一个最适合代测样品的数值。SmartSpec Plus能提供吸收值、浓度和纯度值，确保下游工作的顺利进展。 SmartSpec Plus简化了DNA、RNA寡核苷酸的定量过程。当你输入序列、长度或组成时，SmartSpec Plus会以μg/ml或pmol/μl为单位显示出样品浓度，并计算摩尔消光系数和分子量。 蛋白定量 SmartSpec Plus安装了Bradford，Lowry和BCA蛋白定量检测方法的预编程序，每个检测方法都具有其独特的特性，方便数据收集及对测试

化妆品原料名称对照及用途

原料名称核对及INCI 原料通俗名原料名字标准中文标准INCI 用途用量 （%） 限制用量 （%） 红酒多酚葡萄酒提取 物WINE EXTRACT 皮肤调理 剂 1,3-丁二醇；丁二醇丁二醇BUTYLENE GL YCOL 保湿剂 1,2-丙二醇；丙二醇丙二醇PROPYLEN E GL YCOL 保湿剂 氨基酸保湿剂甜菜碱 BETAINE 保湿剂 纤维素HEC 羟乙基纤维 素HYDROXY ETHYLCEL LULOSE 增稠剂 玻尿酸透明质酸HYALURO NIC ACID 保湿剂 玻尿酸钠透明质酸钠SODIUM HYALURO NATE 保湿剂 香精香精AROMA/PA RFUM 赋香剂仅供参考 绿仙草粉蒲公英 （TARAXAC UM MONGOLIC UM）提取物TARAXAC UM MONGOLIC UM EXTRACT 皮肤调理 剂 芸香苷RUTIN 果胶PECTIN 十六醇鲸蜡醇CETYL ALCOHOL 增稠剂 十八醇硬脂醇STEARYL ALCOHOL 十六十八醇鲸蜡硬脂醇CETEARYL ALCOHOL A165 单硬脂酸甘 油酯甘油硬脂酸 酯 GL YCERYL STEARA TE 乳化剂 PEG-100 硬 脂酸酯 PEG-100 STEARA TE 乳化剂 壬二酸光双甘氨酸钾壬二酰二甘 氨酸钾 POTASSIU M AZELOYL DIGL YCINA TE 皮肤调理 剂

名（%）（%）甘油甘油GL YCERIN 保湿剂 维生素原B5 泛醇PANTHENO L 皮肤调理剂 金缕梅提取物 北美金缕梅 （HAMAME LIS VIRGINIAN A）提取物 HAMAMEL IS VIRGINIAN A EXTRACT 皮肤调理 剂 乙二胺四乙酸二钠EDTA 二钠DISODIUM EDTA 螯合剂 茶树油互生叶白千 层 （MELALEU CA ALTERNIFO LIA）叶油MELALEU CA ALTERNIF OLIA (TEA TREE) LEAF OIL 皮肤调理 剂 洋甘菊精油白花春黄菊 （ANTHEMI S NOBILIS） 花油ANTHEMIS NOBILIS FLOWER OIL 皮肤调理 剂 葵基硅油癸基硅油环己硅氧烷CYCLOHE XASILOXA NE 润肤剂 2EHP 棕榈酸异辛 酯棕榈酸乙基 己酯 ETHYLHEX YL PALMITATE 润肤剂 杰马A 双（羟甲基） 咪唑烷基脲DIAZOLIDI NYL UREA 防腐剂0.3 0.5 杰马115 咪唑烷基脲IMIDAZOLI DINYL UREA 防腐剂0.6 杰马B，杰马BE 双（羟甲基） 咪唑烷基脲 DIAZOLIDI NYL UREA 防腐剂0.3 0.5用量仅 供参考 尼泊金甲酯羟苯甲酯METHYLPA RABEN 防腐剂0.2 0.4用量仅 供参考 尼泊金丙酯羟苯丙酯PROPYLPA RABEN 防腐剂0.1 0.4用量仅 供参考 苯氧乙醇PHENOXYE THANOL 防腐剂0.3 1.0用量仅 供参考 卡波系列卡波姆CARBOME R 增稠剂

Vector NTI 使用中文说明

Vector NTI 它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。 一、Vector NTI 作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。 （一）对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNA Molecule活页中，选中Linear DNA，Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中选Chromosome；4，Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA; 5，在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule”菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件，在File format中选中GenBank Files；点击OK。 （二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。下面一个窗口显示的是序列：默认状态下以双链形式出现，也可以更改为单链显示。1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动鼠标左键，同时在最下端的状态栏中显示出所选区域的范围。2．删除：选中后直接点击键盘上的Delete键，确认后即可删除。3．选中序列片段后，点击Edit菜单，用其中的命令可以完成对此片段的剪切、复制、删除、定义为新的特征区和用其它序列来代替等。4．当点在其一特定位置时，我们也可以在此位置插入新的序列：Edit –New –Insert Sequence as 5．当希望序列显示单链时，点击View –Show Both Strands （三）常规分析：1．设计PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes：选中设计引物的模板区或点击Analyze中的相应命令即可。需要注意的是，在设计前，首先得将序列存入数据库中，具体设计由于我们推荐使用Oligo，所以此处不详述。2．序列基本信息分析：选中序列区段后，选Analyze –Oligo Analysis, 在Oligo Analysis对话框中，点击Analyze按钮，即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、回文结构及重复序列等基本信息。3．酶切图谱分析点击Analyze菜单中Restriction Sites命令，出现“Restriction Map Setup”对话框，点击Add按钮，填入需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点Remove按钮移除。为了显示正确，我们可以设定超过一定位点数量的酶不显示，可以限定分析的区域等。点击OK后程序自动完成酶切分析。4．Motif查找点击Analyze菜单中的Motifs命令，在出现的Motifs Setup 对话框中我们可以添加新的Oligo或从Oligo Database和Oligo List中选取；选中后点击OK按钮，程序完

oligo 使用教程及心得

在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法: 1，直接用键盘输入： a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence 命令，进入序列展示窗口； b，此时即可键入DNA序列； c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。 2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open 的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。 3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。 点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。 进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口,以及序列内部碱基稳定性窗口.其中的退火温度窗是我们引物设计的主窗，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。 一，普通引物对的搜索： 以Mouse 4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。 1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框； 2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs. 在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC 含量有限定，d，去除错误引发引物等。 3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。 ①单击：“search Ranges”按钮，弹出“Search Ranges”对话框。输入上游引物的范围：1－2000，下游引物的位置：100－2300；PCR产物的长度600－800bp。 ②单击“Paramaters”按钮进入“Search Parameters”对话框，对话框种分三个活页，分别是：不同设定，参数以及更多参数。 ③在“普通设定”窗口，为我们提供了对引物非常直观的设定方法，从高到低分六个等级，最后还有一个用户定制选项。 ④当我们对引物的各种参数的含义及应该设定多大值并不是特别清楚时，就可以直接设定Very high/High等来完成对引物设计参数的设定。 ⑤当我们选中“Automatically Change String”后，Oligo会在引物搜索过程中：如果在高等级设定中无法找到引物对时自动降低一个定级来进行搜索，知道找到引物对。在设计反向PCR引物对时，就选中“Inverse PCR”复选框。 ⑥我们还可以让引物的长度可以改变，以适应设定的Tm值或PE？（Prime Effitions，

Oligo引物设计使用手册

引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。 点击查看生.物.秀实验频道与引物设计相关的文章 Oligo使用方法介绍 作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法： 1，直接用键盘输入： a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence 命令，进入序列展示窗口； b，此时即可键入DNA序列； c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。 2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。 3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。wpe.mB0A .

点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。 进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。一，普通引物对的搜索： 以Mouse 4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。 1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框； 2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs。 在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。 3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。n"\ 3i].x ①单击：“search Ranges”按钮，弹出“Search Ranges”对话框。输入上游引物的范围：1－2000，下游引物的位置：100－2300；PCR产物的长度600－800bp。 ②单击“Paramaters”按钮进入“Search Parameters”对话框，对话框种分三个活页，分别是：不同设定，参数以及更多参数。 ③在“普通设定”窗口，为我们提供了对引物非常直观的设定方法，从高到低分六个等级，最后还有一个用户定制选项。 ④当我们对引物的各种参数的含义及应该设定多大值并不是特别清楚时，就可以直接设定Very high/High等来完成对引物设计参数的设定。 ⑤当我们选中“Automatically Change String”后，Oligo会在引物搜索过程中：如果在高等级设定中无法找到引物对时自动降低一个定级来进行搜索，知道找到引物对。在设计反向PCR 引物对时，就选中“Inverse PCR”复选框。 ⑥我们还可以让引物的长度可以改变，以适应设定的Tm值或PE？（Prime Effitions，引发效率）。也可以限定所选引物对的最大数目。 ⑦在“Parameters”窗口中，实际上需要我们改动的只有引物的长度，根据试验的要求作相应

Oligo 7 使用教程 个人总结

Oligo 7使用教程 本人根据自己的使用情况进行了一下总结，由于该软件是新近使用，故有什么不对的地方还望各位专家谅解并进行补充，只希望能对大家有一点帮助。 另附Oligo7软件的下载地址： https://www.sodocs.net/doc/4512837824.html,/bbs/viewthread.php?tid=4770823 首先，同Oligo 6 一样，File菜单下，选择New sequence ,打开窗口将目的序列粘贴进来，或是选择Open定位到目的cDNA序列（在primer中，该序列已经被保存为Seq文件），这是最初打开时的界面：

然后就是进行引物的设计了。Search 菜单下，选择for primes &probes ,即出现引物搜寻窗口: 根据自己的实际情况选择Parameters 或Ranges设置引物的相关参数和范围。然后选择Search即开始进行引物的 搜索，之后会出现软件所列出的依据得分（Score）高低排 列设计的引物。

双击每一行所列出的引物会弹出该对引物的具体信息，以及软件对该对引物的相关评价。 双击之后在最初的Sequence 窗口中就会出现下面的窗口:

点击绿色方形图标前面的i标志可了解对应的具体信息。 之后便是对该引物的具体分析了，这部分的分析同Oligo 6基本上是一样的。选择Analyze菜单，如下图：

（1）Analyze中，第一项为Key info，点击Selected primers，会给出两条引物的概括性信息，其中包括引物的Tm值，此值Oligo是采用nearest neighbor method计算，会比Primer5中引物的Tm值略高，此窗口中还给出引物的Delta G和3’端的Delta G.3’端的Delta G过高，会在错配位点形成双链结构并引起DNA聚合反应，因此此项绝对值应该小一些，最好不要超过9。 （2）Analyze中第二项为Duplex Formation，即二聚体形成分析，可以选择上游引物或下游引物，分析上游引物间二聚体形成情况和下游引物间的二聚体情况，还可以选择Upper/Lower ，即上下游引物之间的二聚体形成情况。引物二聚体是影响PCR反应异常的重要因素，因此应该避免设计的引物存在二聚体，至少也要使设计的引物形成的二聚体是不稳定的，即其Delta G值应该偏低，一般不要使其超过4.5kcal/mol，结合碱基对不要超过3个。Oligo此项的分析窗口中分别给出了3’端和整个引物的二聚体图示和Delta G 值。 （3）Analyze中第三项为Hairpin Formation，即发夹结构分析。可以选择上游或者下游引物，同样，Delta G值