搜档网
当前位置:搜档网 › lamp扩增显色法

lamp扩增显色法

lamp扩增显色法

LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) 是一种新兴的DNA扩增技术,它在一定温

度和时间下,通过酶反应直接在体外扩增特定DNA序列。LAMP技术的突出特点是可以在简

单的实验条件下进行快速和高效的DNA扩增。该技术的主要步骤包括:首先选取目标DNA

片段,设计核酸引物;然后在一个含有核酸引物、DNA模板、反应缓冲液等的反应体系中进

行酶反应;最后通过眼睛观察扩增产物的显色效果来判断扩增是否成功。

显色法是LAMP技术中用于检测扩增产物的一种方法。扩增过程中产生的大量DNA产物可以

与特定的染料结合,在给定的条件下形成可见的显色反应。这种显色法可以直接通过肉眼观察

颜色变化来判断LAMP反应是否成功,无需复杂的仪器设备。

在LAMP显色法中,使用一种称为增色剂的化学物质,它可以在扩增过程中与产生的大量

DNA产物结合形成颜色反应。通常,增色剂会在扩增产物释放时产生颜色变化,这种颜色变

化的出现可以通过目视判断扩增是否成功。常用的增色剂有SYBR Green,这种染料能够与DNA结合并发出荧光,使扩增产物呈现荧光阳性。此外,还有一些其他的染料也可以用于LAMP显色法,具体选择染料应根据实验需要和目标DNA片段的特性来确定。

LAMP扩增显色法具有操作简便、快速、高效、低成本等优点,因此在病原体检测、环境监测、食品安全等领域被广泛应用。

支原体肺炎的核酸检测方法与准确性评估

支原体肺炎的核酸检测方法与准确性评估支原体肺炎是由支原体感染引起的一种常见的呼吸道传染病,其传播速度快、症状复杂多变。准确的检测方法对于支原体肺炎的预防和控制至关重要。本文将介绍支原体肺炎的核酸检测方法及其准确性评估。 一、支原体肺炎的核酸检测方法 1. PCR(聚合酶链反应)法 PCR法是目前最为常用的支原体肺炎核酸检测方法之一。该方法通过扩增支原体DNA或RNA序列,并利用荧光信号检测技术进行定量分析。PCR法具有高度敏感性和特异性的优点,能够迅速准确地检测到支原体感染。同时,PCR法还可以通过测定支原体的定量来判断感染的程度和疾病的发展情况。 2. LAMP(环介导等温扩增)法 LAMP法是一种新型的核酸扩增技术,可以在恒温条件下快速扩增目标序列。与PCR法相比,LAMP法不需要昂贵的仪器设备,操作简便,适用于一线卫生机构进行快速筛查。研究表明,LAMP法对于支原体肺炎的敏感性和特异性较高,可作为一种可靠的检测方法。 3. ISH(原位杂交)法 ISH法是一种基于核酸互补配对原理的细胞分子诊断技术。该方法通过标记特异性探针与支原体RNA、DNA序列发生互补配对,然后通

过显微镜观察探针的信号,确定是否存在支原体感染。ISH法具有较高的特异性和灵敏度,能够明确支原体的感染部位和程度,对于临床诊 断和治疗具有重要意义。 二、核酸检测方法的准确性评估 1. 敏感性 核酸检测方法的敏感性是指检测方法对感染者的阳性检出率。敏感 性较高的检测方法能够更好地检测到低病毒载量的样本,降低假阴性率。对于支原体肺炎的检测,敏感性至关重要,可帮助及早发现患者,采取相应的治疗和隔离措施。 2. 特异性 核酸检测方法的特异性是指检测方法对非感染者的阴性检出率。特 异性较高的检测方法能够减少假阳性率,确保结果的准确性。支原体 肺炎的检测中,特异性评估有助于排除其他肺部疾病引起的类似症状,提高诊断的准确性。 3. 评估方法 对于核酸检测方法的准确性评估,可通过与其他常用检测方法进行 比对,如临床表现、血清学检测、病原学分离鉴定等。同时,还可以 进行重复检测以验证结果的可靠性。此外,参与多个实验室间的多中 心交叉验证研究,也是评估核酸检测方法准确性的重要手段。 综上所述,支原体肺炎的核酸检测方法中,PCR法、LAMP法和 ISH法是常用的技术。这些方法具有敏感性高、特异性好的特点,能够

LAMP技术原理和引物设计

LAMP原理及引物设计与实例 .LAMP引物的设计 LAMP引物的设计主要是针对靶基因的六个不同的区域,基于靶基因3' 端的 F3c、F2c和Flc区以及5' 端的Bl、B2和B3区等6个不同的位点设计4种引物。 FIP(Forward Inner Primer):上游内部引物,由F2区和F1C区域组成,F2区与靶基因3’端的F2c区域互补,F1C区与靶基因5' 端的Flc区域序列相同。 F3引物:上游外部引物(Forward Outer Primer),由F3区组成,并与靶基因的F3c区域互补。 BIP引物:下游内部引物(Backward Inner Primer ),由B1C和B2区域组 成,B2区与靶基因3' 端的B2c区域互补,B1C域与靶基因5' 端的Blc区域序列相同. B3引物:下游外部引物(Backward Outer Primer ),由B3区域组成,和靶基因的B3c区域互补。 2.扩增原理 60-65℃是双链DNA复性及延伸的中间温度,DNA在65℃左右处于动态平衡状态。因此, DNA在此温度下合成是可能的。利用4种特异引物依靠一种高活性链置换DNA聚合酶。使得链置换DNA合成在不停地自我循环。扩增分两个阶段。 第1阶段为起始阶段,任何一个引物向双链DNA的互补部位进行碱基配对延伸时,另一条链就会解离,变成单链。上游内部引物FIP的F2序列首先与模板F2c结合(如图B所示),在链置换型DNA聚合酶的作用下向前延伸启动链置换合成。外部引物F3与模板F3c结合并延伸,置换出完整的FIP连接的互补单链(如图C所示)。FIP上的F1c与此单链上的Fl 为互补结构。自我碱基配对形成环状结构(如图C所

LAMP

LAMP(环介导等温扩增)技术 2011-07-28 11:46 来源:北京蓝谱点击次数:1341 关键词:LAMP PCR技术环介导等温扩 增 分享到:收藏夹腾讯微博新浪微博开心网 PCR方法在人类及动植物疾病基因诊断、食品分析和环境监测等领域发挥着举足轻重的作用,其灵敏度高、特异性好,是目前最精准的基因诊断方法。然而PCR方法操作起来较复杂,对仪器和人员要求比较高,不适合基层或现场快速诊断,因此在国内的推广速度并不是很快。 2000年日本学者Notomi在Nucleic Acids Res杂志上公开了一种新的基因诊断技术,即LAMP (L oop-mediated isothermal amplification),中文名为“环介导等温扩增反应”,受到了世卫组织WHO、各国学者和相关政府部门的关注,短短几年,该技术已成功地应用于SARS、禽流感、HIV等疾病的检测中,在这次甲型H1N1流感事件中,日本荣研化学公司接受WHO的邀请进行H1N1 LAMP试剂盒的研制。通过荣研公司近十年的推广,LAMP技术已广泛应用于日本国内各种病毒、细菌、寄生虫等引起的疾病检测、食品化妆品安全检查及进出口快速诊断中,并得到了欧美国家的认同。LAMP方法的优势除了高特异性、高灵敏度外,操作十分简单,对仪器设备要求低,一台水浴锅或恒温箱就能实现反应,结果的检测也很简单,不需要像PCR那样进行凝胶电泳,LAMP反应的结果通过肉眼观察白色浑浊或绿色荧光的生成来判断,简便快捷,适合基层快速诊断。 可以预见,在未来的基因诊断领域,LAMP方法将占据大壁江山。 目前,在万方数据库搜索LAMP文章500多篇。详见:https://www.sodocs.net/doc/c119097600.html,/paper.asp x?q=loop-mediated+isothermal+amplification&o=sortby+CitedCount+CoreRank+date+relevanc e%2fweight%3d5&f=top&n=10&p=1 1. 优缺点介绍: LAMP方法优点:灵敏度高(比传统的PCR方法高2~5个数量级);反应时间短(30~60min就

LAMP实验简介

通过LAMP实现DNA的线性扩增 一、LAMP 原理 60-65℃是双链DNA复性及延伸的中间温度,DNA在65℃左右处于动态平衡状态。因此,DNA在此温度下合成是可能的。利用4种特异引物依靠一种高活性链置换DNA聚合酶。使得链置换DNA合成在不停地自我循环。 扩增分两个阶段。 第1阶段为起始阶段,任何一个引物向双链DNA的互补部位进行碱基配对延伸时,另一条链就会解离,变成单链。上游内部引物FIP的F2序列首先与模板F2c结合,在链置换型DNA聚合酶的作用下向前延伸启动链置换合成。外部引物F3与模板F3c结合并延伸,置换出完整的FIP连接的互补单链。FIP上的F1c与此单链上的Fl为互补结构。自我碱基配对形成环状结构。 以此链为模板。下游引物BIP与B3先后启动类似于FIP和F3的合成,形成哑铃状结构的单链。迅速以3' 末端的Fl区段为起点。以自身为模板,进行DNA合成延伸形成茎环状结构。该结构是LAMP基因扩增循环的起始结构。 第2阶段是扩增循环阶段。以茎环状结构为模板,FIP与茎环的F2c区结合。开始链置换合成,解离出的单链核酸上也会形成环状结构。迅速以3’末端的B1区段为起点,以自身为模板。进行DNA合成延伸及链置换.形成长短不一的2条新茎环状结构的DNA,BIP引物上的B2与其杂交。启动新一轮扩增。且产物DNA长度增加一倍。在反应体系中添加2条环状引物LF 和LB,它们也分别与茎环状结构结合启动链置换合成,周而复始。扩增的最后产物是具有不同个数茎环结构、不同长度DNA的混合物。且产物DNA为扩增靶序列的交替反向重复序列。

二、实验流程

二、阶段实验及需要解决的问题 (一) 实验准备阶段 1、引物设计 2、模板中引入合适的酶切位点 3、不同梯度拷贝数模板的准备 4、反应仪器的准备 5、具有链置换活性的DNA聚合酶的选择 6、扩增产物的检测方法 7、扩增产物量的检测 (二) 实验阶段 1、反应体系的确定 2、模板浓度的优化 3、反应时间的优化 4、扩增产物的检测 5、以PCR的扩增作为对照 三、具体实验方案 (一) 引物的设计 LAMP引物设计的在线网站(http://primerexplorer.jp/e/),只要导入靶基因就能自动生成成组引物。 1、LAMP引物的设计主要是针对靶基因的六个不同的区域,基于靶基因3' 端的F3c、F2c和Flc区以及5' 端的Bl、B2和B3区等6个不同的位点设计4种引物。 2、引物设计要点 设计合适的引物是进行LAMP反应的关键,通过考虑碱基组成,GC 含量,二级结构的形成,Tm值等。在进行LAMEP引物设计的时候有以下几个关键点需要考虑: ⑴引物之间的距离 F2区段的5’端到B2区段的5’端(LAMP反应扩增的区域)之间的距离建议是120~180bp。F3区段的3’端到F2区段的5’端之间的距离是0~20bp(同

lamp检测技术原理

lamp检测技术原理 LAMP(loop-mediated isothermal amplification)技术是一种新开发的核酸扩增技术,采用了一种较为简单的反应体系,它利用单一的酶就能在恒温下迅速扩增寡核苷酸序列。相对于PCR技术,LAMP技术具有操作简便、响应时间短、在复杂的基因组背景下具有更高的特异性和灵敏度等诸多优点。本文主要介绍LAMP技术的原理和优缺点以及应用前景。 一、LAMP技术原理 LAMP技术的核心是利用反转录酶将RNA模板转录成具有这种序列的cDNA,然后利用核酸聚合酶扩增cDNA。其反应原理基于无需热循环多重扩增(muliple displacement amplification)的核酸扩增技术,主要分为两个阶段: 第一阶段:反应的产物是DNA扩增物。在此过程中,LAMP引物包括两个外部引物F3和B3,以及两个内部引物FIP和BIP。FIP包含与F3序列完全匹配的5'端及与目标序列互补的3'端,BIP则包含与B3序列完全匹配的5'端及与目标序列互补的3'端。引物F3和B3均相似于PCR反应中的起始引物,用于启动扩增反应。内部引物FIP和BIP通常由两个互补的寡核苷酸序列构成,这个引物可以形成一个干扰环(intra-loop),这个结构能够保护引物与目标序列的杂交效率,并促进反向归一分支(reverse transcription displacement loop,RTDL)的形成。… 1. 优点 (1)不需要高昂的设备和专业技术 (2)无需基因分离,避免污染和误差 (3)反应耗时短,使其更易于操作 (4)对反应体系的优化可以大大提高扩增效率 (5)对于丰富的背景DNA和RNA不敏感,具有更高的特异性 (6)精确和准确度高,可以探测到低浓度的目标核酸 2.缺点 (1)由于插入引物扩增导致的较多的非特异性扩增,使得LAMP扩增产品更难直接测序,容易产生误导性解释。 (2)单一目的基因的特异性鉴定

等温扩增原理

等温扩增原理 等温扩增(LAMP)是一种用于DNA的体外扩增技术,由Eiken Chemical Co. Ltd.的Notomi等人于2000年首次报道。相较于PCR技术,LAMP技术具有操作简便、成本低廉、扩增效率高等优点,因此在临床诊断、食品安全监测、环境微生物检测等领域得到了广泛的应用。 LAMP技术的原理基于异热核酸酶的作用,通过四种核酸酶的协同作用,在等温条件下扩增DNA。下面将详细介绍LAMP技术的原理及其特点。 1. 引物设计。 LAMP技术使用6个引物,包括两对外向引物(F3和B3)、内向环引物(FIP 和BIP)以及两个外向环引物(LF和LB)。这些引物能够在等温条件下特异性地识别目标DNA序列,并启动扩增反应。 2. 异热核酸酶的作用。 LAMP技术中使用的异热核酸酶具有多种酶活性,包括DNA依赖DNA聚合酶活性、融合酶活性和核酸内切酶活性。这些酶的协同作用使得LAMP技术在等温条件下能够高效地扩增目标DNA。 3. 扩增过程。 在LAMP技术中,引物结合到目标DNA上,形成环状结构,然后通过异热核酸酶的作用,进行DNA聚合反应,最终产生大量的扩增产物。这一过程在等温条件下进行,无需复杂的温度变化步骤,因此操作简便。 4. 特点及应用。

LAMP技术具有操作简便、扩增效率高、特异性强等特点,因此在临床诊断、食品安全监测、环境微生物检测等领域得到了广泛的应用。同时,LAMP技术还可以用于快速检测病原微生物、农作物病害和害虫等,具有重要的应用前景。 综上所述,LAMP技术是一种操作简便、成本低廉、扩增效率高的DNA扩增技术,其原理基于异热核酸酶的作用,在等温条件下进行。由于其独特的优势,LAMP技术在临床诊断、食品安全监测、环境微生物检测等领域有着广泛的应用前景。随着技术的不断发展,LAMP技术将在更多领域展现出其重要的应用价值。

布鲁氏菌环介导等温扩增(LAMP)可视化检测方法的建立

布鲁氏菌环介导等温扩增(LAMP)可视化检测方法的建立许邹亮;南文龙;周洁;陆明哲;郭玉广;谭鹏飞;毛开荣;彭大新;陈义平 【摘要】应用环介导等温扩增(LAMP)技术建立了布鲁氏菌可视化快速检测方法。针对布鲁氏菌外膜蛋白OMP25基因保守区设计6条特异引物,反应前加入染料羟基萘芬蓝(HNB)作为LAMP扩增的指示剂,63℃恒温反应60min,根据HNB的颜色变化进行结果判定。分别评价所建立LAMP方法的特异性和灵敏性,并对60份牛布鲁氏菌病虎红平板凝集试验(RBT)阳性血清样本,经LAMP和 B4但5-PCR方法进行平行检测。结果显示,本方法最低检出限约为17垃布鲁氏菌基因组DNA。本方法特异性良好,布鲁氏菌反应管均出现特异性LAMP扩%A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was developed for rapid visual detection of Brucella. A set of six specific primers specific to eight regions of OMP25 gene were designed. The reaction was performed in a single tube at 63℃ with the ad 【期刊名称】《中国动物检疫》 【年(卷),期】2011(028)008 【总页数】4页(P37-40) 【关键词】布鲁氏菌;环介导等温扩增(LAMP);可视化检测 【作者】许邹亮;南文龙;周洁;陆明哲;郭玉广;谭鹏飞;毛开荣;彭大新;陈义平 【作者单位】中国动物卫生与流行病学中心诊断液研究室,山东青岛266032;中国动物卫生与流行病学中心诊断液研究室,山东青岛266032;中国动物卫生与流行病学中心诊断液研究室,山东青岛266032;中国动物卫生与流行病学中心诊断液研究

实验丨LAMP荧光探针方案最佳伴侣,非FEN1莫属!

LAMP荧光探针方案最佳伴侣,非FEN1莫属! 环介导等温扩增(LAMP) 技术是一种在恒温条件下进行的DNA扩增技术之一,具有高灵敏度、扩增快速等优点,结合微流控技术和多种终点检测手段方案,在医学诊断、生物安全、农业和环境监测等领域都有广泛的应用前景。 但基于LAMP扩增技术需要精准检测,还是荧光探针法更为合适,目前市面产品,某些厂商推出的主要基于Taqman探针法,而殊不知Bst DNA Polymerase具有极强的链置换功能,即便是具有5’端外切功能的Bst DNA Polymerase,LF也是会先推起退火上去的探针,而先非切割,导致荧光信号曲线不能真实反映扩增过程,所以导致LAMP扩增跑胶结果与荧光曲线表现大相径庭。 那么我们思考发现探针退火模板后,被Bst DNA Polymerase遇到推起,但在那一瞬间会形成一个瓣状结构flap,另一方面FEN1正好具有切割5’flap的酶学功能,这两者之间似乎可以联系在一起。接下来的一些实验和理论依据更加佐证了这两者具有极高的匹配度。 1.热稳定性实验结果表明,FEN1在65℃下具有最高活性(Table 1) Table 1. 不同温度下FEN1活性 TEMPERATURE ACTIVITY% 25°C< 1 % 37°C< 5 % 45°C20 % 50°C50 % 60°C90 % 65°C100 % 70℃95 % 2.我们再基于扩增引物设计探针,后续扩增过程中Bst DNA Polymerase就会遇到已形成二级结构的引物 型探针,将其推起形成5’flap结构不就可以被FEN1直接切割,从而发出荧光(Fig. 1)。 Fig. 1 LAMP结合FEN1荧光探针检测原理示意图

lamp扩增原理

lamp扩增原理 LAMP扩增原理 LAMP是一种用于DNA扩增的方法,它的全称是Loop-mediated isothermal amplification,即环介导等温扩增。与PCR(聚合酶链式反应)相比,LAMP具有更高的扩增效率和更好的特异性,因为它只需要一个酶(Bst DNA polymerase)和四个特异性的引物来进行扩增。本文将介绍LAMP的扩增原理及其基本步骤。 一、LAMP的扩增原理 LAMP的扩增原理是通过“环式扩增”来实现的,其基本过程可以分为两个阶段:第一阶段是DNA的线性扩增,第二阶段是DNA的环式扩增。LAMP的基本原理如下: 1. 首先,一组称为F3和B3的特异引物与DNA靶标结合,形成一个F3/B3复合物。该复合物在特定的温度下,通过Bst DNA polymerase的催化作用,进行线性扩增。在该过程中,F3引物与B3引物结合的区域就会形成一个双链DNA结构,该结构具有一个单股环形DNA的结构,称为“DNA花环”。 2. 在第一阶段完成后,第二组引物(FIP和BIP)与F3/B3复合物结合,即形成FIP/F3/B3/BIP的四元复合物。在特定的温度下,FIP 引物与BIP引物结合的区域就会形成一个新的DNA花环结构,这

个花环嵌套在第一阶段的DNA花环中。这个过程被称为“环式扩增”,在这个过程中,产生大量的DNA产物。 3. 在LAMP反应结束时,可以通过如凝胶电泳、荧光探针或颜色指示剂等多种方法来检测扩增产物。 二、LAMP的基本步骤 LAMP的基本步骤包括:制备反应体系、扩增反应、检测扩增产物等。 1. 制备反应体系 LAMP反应需要一个含有DNA靶标、Bst DNA polymerase、四组引物(F3、B3、FIP、BIP)和一些缓冲剂的反应体系。反应体系的配制需要考虑到反应的温度、pH值等因素。 2. 扩增反应 将反应体系加热到适当的温度,通常为60-65℃,进行扩增反应。反应时间通常为1-2小时。 3. 检测扩增产物 可以通过如凝胶电泳、荧光探针或颜色指示剂等多种方法来检测扩增产物。其中,颜色指示剂是最常用的方法之一。如果扩增产物存

荧光显色在环介导等温扩增(LAMP)检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的应用

荧光显色在环介导等温扩增(LAMP)检测猪繁殖与呼吸综合征 病毒的应用 张跃伟;李旭妮;郭盼盼;付萍;李佳禾;黄书林;蒋菲;吴文学 【期刊名称】《农业生物技术学报》 【年(卷),期】2010(018)003 【摘要】介绍了一种应用荧光显色的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)的检测方法.该方法使用了针对靶序列M+N基因的一组引物,并且能在63 ℃等温条件下30 min内完成反应.在敏感性检测中RT-LAMP与RT-PCR都能检测103个包含靶基因片段的重组质粒.几种其它病原的核酸也被用来比较这两种方法的特异性,两种方法只能检测PRRSV.在荧光显色剂应用试验中,证实0.05 mmol/L钙黄绿素以及0.6 mmol/L锰离子可以用于LAMP扩增产物的判断,并且其判断结果与浊度判断结果一致.在对103个临床血液样本的检测中,RT-LAMP与RT-PCR检出的阳性样本数量分别是56个和48个.结果说明,应用荧光显色剂的RT-LAMP检测方法可以快速检测PRRSV. 【总页数】6页(P508-513) 【作者】张跃伟;李旭妮;郭盼盼;付萍;李佳禾;黄书林;蒋菲;吴文学 【作者单位】中国农业大学动物医学院,北京,100193;中国农业大学动物医学院,北京,100193;中国农业大学动物医学院,北京,100193;中国农业大学动物医学院,北京,100193;中国农业大学动物医学院,北京,100193;中国农业大学动物医学院,北

京,100193;中国农业大学动物医学院,北京,100193;中国农业大学动物医学院,北京,100193 【正文语种】中文 【相关文献】 1.环介导等温扩增技术(LAMP)检测人星状病毒方法的建立及其在再生水检测中的应用 [J], 杨丽;何晓青;韦玉梅;朱轶;程莉;王子健;黄文 2.对虾白斑综合征病毒可视化环介导等温扩增(LAMP)检测技术的建立与应用 [J], 庞耀珊;谢芝勋;谢丽基;谢志勤;邓显文;刘加波;范晴;罗思思 3.传染性造血器官坏死病毒的新型环介导等温扩增(LAMP)荧光检测技术 [J], 何俊强;史秀杰;卢体康;贾鹏;郑晓聪;于力;兰文升;王津津;刘荭 4.猪圆环病毒2型环介导等温扩增(LAMP)检测方法的研究 [J], 何选民;邹国秋;张得玉;罗玉均;曹宗喜;何冉娅;秦宏阳;孔留五;张桂红 5.十足目虹彩病毒(DIV1)环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立及应用 [J], 邹莹;郭晓萌;万晓媛;邱亮;张庆利 因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买

5分钟检测新冠方法

5分钟检测新冠方法 目前,新冠病毒(COVID-19)已经成为全球关注的焦点,快速且准确 的检测方法对于控制传播和保护公众健康至关重要。在COVID-19大流行 期间,各种新的检测方法不断涌现,其中包括可以在5分钟内进行检测的 方法。下面将简要介绍一些目前可用的5分钟内检测新冠的方法。 1.快速试纸测试 快速试纸测试是一种简单且经济实惠的新冠病毒检测方法。这种方法 基于抗原(病毒蛋白)与抗体之间的特定化学反应。只需将样本放置在试 纸上,几分钟后可以通过试纸上显示的线条来判断结果。这种试纸测试方 法虽然速度快,但准确性可能存在一定差异,特别是在感染程度较低的患 者中。 2.CRISPR技术 3.快速核酸扩增技术(RT-LAMP) 快速核酸扩增技术(RT-LAMP)是一种基于反转录和等温扩增的方法,可以在5分钟内检测新冠病毒的存在。这种方法使用专门设计的引物和酶,通过加热反应混合物来扩增病毒核酸。结果可以通过肉眼观察到溶液中的 颜色变化来判断。 4.口腔拭子 传统的新冠病毒检测方法使用鼻腔或咽喉拭子,这可能需要病毒载量 较高的样本才能获得准确结果。然而,一些研究表明,使用口腔拭子也可 以进行快速的新冠病毒检测。这种方法更为舒适且易于操作,而且可以在 短时间内得出结果。

虽然以上列举的方法都有快速检测新冠病毒的优势,但是需要注意的是,准确性和可靠性仍然是至关重要的。根据病毒载量和感染阶段的不同,不同的检测方法可能会产生不同的结果。因此,当选择适合的新冠病毒检 测方法时,需要权衡速度、准确性和成本,并且应该遵循专业医疗机构的 建议和指导。 总之,5分钟内检测新冠的方法已经成为我们应对大流行病的关键工 具之一、虽然这些方法提供了快速的结果,但还需要继续研究和开发,以 提高准确性和可靠性。只有通过合理使用这些检测方法,我们才能更好地 控制疫情的传播,保护公众健康。

LAMP引物设计

LAMP引物设计 LAMP(Loop-mediated isothermal amplification)是一种新兴的核 酸放大技术,它是在恒温条件下进行的一种简便、快速和高效的DNA放大 方法。相比于传统的PCR方法,LAMP优点是不需要复杂的设备和高昂的 费用,而且放大效率高,适用于在野外和资源匮乏的地区进行核酸分析。LAMP技术已经被广泛应用于动植物病原体的检测和研究以及传染病的诊 断等领域。 LAMP反应中的引物设计是非常重要的。一个典型的LAMP反应需要包 含4个特异性的引物,即两对特异性的外部引物(F3、B3)和两对特异性 的内部引物(FIP、BIP)。FIP和BIP分别含有共轭的序列,可以自行形 成结构,它们通过链替换反应和选择性扩增的方式实现循环放大。 在设计LAMP引物时,有一些原则需要考虑: 1.引物长度:引物的长度通常在18到28个碱基对之间。较短的引物 长度可能会导致非特异扩增,而较长的引物长度则可能会影响反应的效率。 2.特异性:引物应该具有高度特异性,以确保只扩增目标序列而不扩 增其他DNA片段。通常,引物的特异性通过BLAST等工具进行预测和验证。 3.引物间的相互作用:引物间的相互作用可能会影响引物的扩增效率 和特异性。因此,在设计引物时,需要避免引物间的相互作用或通过调整 引物的浓度和排列方式来减少相互作用。 4.引物的熔解温度:引物的熔解温度应该相似,通常在60到65摄氏 度之间。这样可以确保引物在LAMP反应温度下能够形成稳定的结构并进 行扩增。

5.引物的GC含量:引物的GC含量应该适中,通常在40%到60%之间。高GC含量会增加引物的稳定性,但可能会导致引物间的相互作用。 在进行实际的LAMP反应时,引物的浓度也是需要考虑的因素。通常 情况下,外部引物的浓度为0.2-0.4μM,内部引物的浓度为0.4-1.6μM,而且各引物之间的浓度应当相等。 此外,为了确保LAMP反应的成功,还需要进行一些实验验证和优化。可以通过改变反应条件(时间、温度等),引物的浓度和排列方式,优化 反应体系,使DNA能够在最佳条件下进行扩增。 综上所述,LAMP引物设计是成功应用LAMP技术的关键步骤之一、通 过考虑引物的长度、特异性、相互作用、熔解温度和GC含量等因素,并 进行实验证明和优化,可以设计出高效、特异性的LAMP引物,从而实现 快速、简便的DNA放大。

恒温扩增技术的原理与用途探究

恒温扩增技术的原理与用途探究 即通过对靶序列的特异性扩增,使其产生大量拷贝,以达到检测水平。主要包括以下技术。环介导等温扩增技术,又称为环媒恒温扩增技术或连环恒温扩增技术,是由Notomi等于2000年所开发的一种核酸扩增技术[7]。LAMP的核心是具有链置换活性的Bst (Bacillusstearothermophilus)DNA聚合酶的应用以及基于靶核酸6个特异性片段(即5’端的F1、F2和F3区和3’端的B3c、B2c和B1c 区,其中F2区和B2区为目的扩增片段)的4条特殊引物的设计,分别为上游内部引物(FIP,由F1c区和F2区组成)、下游内部引物(BIP,由B1c区和B2区组成)、上游外部引物(F3,由F3区组成)及下游外部引物(B3,由B3组成)。整个扩增过程分为起始阶段和循环扩增阶段。⑴起始阶段:FIP的F2序列首先和模板F2c结合,引导合成互补链;随后,F3与模板F3c结合,在BstDNA聚合酶的作用下启动链置换合成并释放出结合有FIP的完整互补链。此单链5’端F1c和F1自我碱基配对形成环状结构。以此链为模版,引物BIP和B3以相同的方式引导另一端链合成、链替换,从而形成哑铃状结构的单链。F1c 末端可自发引导补齐中间单链缺口,使哑铃状单链转化为双链茎环结构。此产物可作为下一阶段的起始物为LAMP基因的扩增循环供应模板。⑵循环扩增阶段:引物FIP与茎环结构结合,以双链中一条链为模板延长,并释放出另一条链,;释出链游离3c端自身成环,引发链延长取代并释放FIP引导合成的链,两产物均可作为下一循环的起始物。引

物BIP和FIP与上述产物的茎环结合重复以上延长过程,使产物延长同时释放新的链成环并作为新的起始物。其最终产物为一系列长度不同的茎环状双链DNA片段。LAMP灵敏度高、特异性好,且操作简便、快速,结果易于判定,这些优点使得该技术自成立十余年以来在病毒、细菌、寄生虫等各类病原体的基因检测上得到了广泛应用。如:Suzuki、Iwata、Ihira等分别建立了巨细胞病毒(CMV)、EB病毒(EBV)、人类疱疹病毒6型(HSV6)的LAMP检测方法[8-10];Iwanoto、Hara-Kudo、Seki等分别针对肺结核分支杆菌、沙门氏菌、肺炎链球菌建立了LAMP 检测体系,并对其灵敏度和特异性进行了评价[11-13];而Lin、Han 等分别以弓形虫病、四种疟原虫疾病为争辩对象,比较了LAMP与real-timePCR、nestedPCR的检测效能,证明LAMP技术可以作为流行区现场快速而简便的疾病筛选工具[14,15]。但因建立时间较短,LAMP 仍存在一些不足,其中最大的缺点就是简洁消灭假阳性。由于LAMP 接受了多条引物,而且是在同一温度条件下扩增,引物之间有可能互补而扩增消灭非特异性条带。此外,产物鉴定只针对有或无,缺乏肯定的特异性。 1989年首先报道的以转录为基础的和核酸扩增技术[16]。该技术从互补的靶核酸(一般为RNA)合成DNA分子开头,以新合成的cDNA 为模版进行转录。反应体系主要涉及三种酶活性(T7RNA聚合酶、核糖核酸酶和逆转录酶)和两条特异引物。整个反应过程可分为非循环相和循环相。在非循环相中,以单链RNA为模板,先后在逆转录酶、核糖核酸酶和DNA聚合酶的催化作用下,生成带有T7RNA启动子的

相关主题